Alfalfa Gene Editing Database
Alfalfa Gene Editing Database
Nr:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene016473.t1 | XP_003628052.3 | 76.9 | 731 | 106 | 3 | 1 | 731 | 739 | 1406 | 0.00E+00 | 1106.3 |
Swissprot:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene016473.t1 | Q9M0X5 | 40.1 | 730 | 361 | 9 | 16 | 731 | 8 | 675 | 8.1e-129 | 462.6 |
Trembl:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene016473.t1 | Q1S5I9 | 77.1 | 724 | 103 | 3 | 8 | 731 | 1 | 661 | 0.0e+00 | 1095.1 |
TFs/TRs:
Protein Kinases:
Network:
Co-expression Network:
| Gene1 | Gene2 | correlation coefficient | p_value | FDR |
|---|---|---|---|---|
| No data available in table | ||||
PPI:
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041890 | 79.558 | 724 | 85 | 5 | 8 | 731 | 1 | 661 | 0.0 | 1122 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041910 | 69.262 | 732 | 157 | 10 | 4 | 731 | 2 | 669 | 0.0 | 1001 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041660 | 66.714 | 703 | 163 | 8 | 29 | 731 | 22 | 653 | 0.0 | 916 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041710 | 61.264 | 728 | 202 | 15 | 8 | 731 | 1 | 652 | 0.0 | 863 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041660 | 64.500 | 600 | 144 | 6 | 29 | 628 | 22 | 552 | 0.0 | 751 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041880 | 83.871 | 403 | 64 | 1 | 329 | 731 | 259 | 660 | 0.0 | 704 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041880 | 75.385 | 260 | 63 | 1 | 8 | 267 | 1 | 259 | 4.43e-139 | 424 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041690 | 58.219 | 584 | 191 | 9 | 199 | 731 | 80 | 661 | 0.0 | 631 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_8g041690 | 51.982 | 227 | 108 | 1 | 29 | 255 | 21 | 246 | 3.21e-77 | 261 |
| MS.gene016473.t1 | MTR_3g415610 | 54.257 | 599 | 190 | 11 | 137 | 731 | 14 | 532 | 0.0 | 598 |
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene016473.t1 | AT4G23140 | 38.375 | 714 | 366 | 11 | 30 | 731 | 23 | 674 | 3.22e-146 | 443 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G23140 | 38.056 | 720 | 366 | 12 | 30 | 731 | 23 | 680 | 7.58e-144 | 437 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G21410 | 36.190 | 735 | 387 | 15 | 20 | 731 | 4 | 679 | 7.15e-143 | 434 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G21390 | 47.266 | 512 | 219 | 8 | 246 | 731 | 363 | 849 | 1.17e-139 | 431 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G23180 | 56.338 | 355 | 149 | 3 | 379 | 731 | 319 | 669 | 1.93e-135 | 415 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G23180 | 29.004 | 231 | 152 | 5 | 30 | 256 | 33 | 255 | 1.30e-25 | 113 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G23240 | 37.739 | 681 | 333 | 13 | 35 | 698 | 16 | 622 | 4.34e-135 | 414 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G03230 | 51.174 | 426 | 188 | 5 | 326 | 731 | 420 | 845 | 2.14e-132 | 412 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G03230 | 51.174 | 426 | 188 | 5 | 326 | 731 | 428 | 853 | 3.38e-132 | 412 |
| MS.gene016473.t1 | AT4G03230 | 51.174 | 426 | 188 | 5 | 326 | 731 | 485 | 910 | 1.03e-131 | 412 |
Find 130 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
| sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
|---|---|---|---|
| AAAAGCATAAGCATCTAGAT+TGG | 0.457670 | 8.2:+58927274 | MS.gene016473:CDS |
| AAAAGGCATGCAGAGATGTC+AGG | 0.516838 | 8.2:+58926816 | MS.gene016473:CDS |
| AAAAGTTGTTAACGTTGGAT+TGG | 0.460971 | 8.2:-58886771 | None:intergenic |
| AAACTCTTCCTGAGGGATTC+TGG | 0.256656 | 8.2:-58887029 | None:intergenic |
| AAATTAGGAGAAGGTGGATT+TGG | 0.345131 | 8.2:+58889701 | MS.gene016473:CDS |
| AACAGATCCAATATCTTTAA+CGG | 0.443222 | 8.2:-58888531 | None:intergenic |
| AACCCAGCCATAGCATATTC+TGG | 0.352682 | 8.2:-58927605 | None:intergenic |
| AACCGTAATTCAACTGGCCA+CGG | 0.528121 | 8.2:+58889658 | MS.gene016473:CDS |
| AACTCCAAAGCTGAAAACAT+CGG | 0.633986 | 8.2:-58927642 | None:intergenic |
| AACTGAAAATGCTGGTTGAT+TGG | 0.389546 | 8.2:-58928283 | None:intergenic |
CRISPR-GE
| Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
|---|---|---|---|---|---|
| chr8.2 | gene | 58886613 | 58928401 | 58886613 | ID=MS.gene016473 |
| chr8.2 | mRNA | 58886613 | 58928401 | 58886613 | ID=MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473 |
| chr8.2 | exon | 58886613 | 58887414 | 58886613 | ID=MS.gene016473.t1.exon1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58886613 | 58887414 | 58886613 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58887559 | 58887638 | 58887559 | ID=MS.gene016473.t1.exon2;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58887559 | 58887638 | 58887559 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58888461 | 58888566 | 58888461 | ID=MS.gene016473.t1.exon3;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58888461 | 58888566 | 58888461 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58889328 | 58889450 | 58889328 | ID=MS.gene016473.t1.exon4;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58889328 | 58889450 | 58889328 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58889564 | 58889736 | 58889564 | ID=MS.gene016473.t1.exon5;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58889564 | 58889736 | 58889564 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58926783 | 58926993 | 58926783 | ID=MS.gene016473.t1.exon6;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58926783 | 58926993 | 58926783 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58927268 | 58927505 | 58927268 | ID=MS.gene016473.t1.exon7;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58927268 | 58927505 | 58927268 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58927592 | 58927742 | 58927592 | ID=MS.gene016473.t1.exon8;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58927592 | 58927742 | 58927592 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | exon | 58928090 | 58928401 | 58928090 | ID=MS.gene016473.t1.exon9;Parent=MS.gene016473.t1 |
| chr8.2 | CDS | 58928090 | 58928401 | 58928090 | ID=cds.MS.gene016473.t1;Parent=MS.gene016473.t1 |
| Gene Sequence |
>MS.gene016473 ATGAAAACTTCAGAACACAACATGACTTGTACTACAAGGTTTCTAAGCTTCATTCTCCTTCATGTCTTCTTCTTCATGATGCTAACGAATGCGCAATCACCATTTTACATGTACAGTTATTGCCAGAATTCAACTGAAAAAACACTCAACACTTCATACCAATCCAACGTTAACAACTTTTTGTCATGGACAACATCGGATTCTGCCAAAGGAACTGTATCTAACCACAACACCATAGGTAGCAACAACAGCAATTATAATGATACGGTTTATGGTTTCTATGATTGTGTAGGCCAGAACACAAGAAGTTTCTGTCAATTTTGCATCAACACTGCTGTTAGAGAAATTGCAAAATATTGTCCCAACAGTGTCTCGGCTATTATATGGTATGATGTATGCATCCTGGCTTACATTAACCAGAATCCCTCAGGAAGAGTTTTTCTAACACCATCATGGAATGTAACCGGATCCAAAAACGTTAAGGACTCAACAGAACTTGGGAAAGCTGAGAATAGCATGACGAGTTTGATACGCAAAGCGACTACAGAAGCGAGTCTCAATTGGGCAACTGATGAGTTCAATTGGAGCGACACTGACAAAAGGTATGGCTTGGTGCAGTGTAATACTGAGCTTAGTAAGGATGGCTGCAGACAGTGTTTGGAGGCTATGTTGGATAGAGTTCCTCAGTGTTGTGGAACAAAGGTAGCATGGATAGTTTTGTCTCCAAGTTGCGGGATAAAGATTGATGATTATAATTTCTACGAACAACAAACAGGATCTCCATCTCCTTTGCCAAATCCAGGTAATATTAATTGTTTGTTTGTTTGTTAATTTGGATGACTTTCAAGGCAGTGAATGGCAGAATCATGTAGTGAGAGCAGCGACATCATAGATTTTAATTTTTATGACCAAGTTTAGTCACAAAAGATTACCTTGACTTTTGGAGACTCGTTTGATGATTGCAATGAAGACTTGCTTTATAAGCCTTATATCTTGATTGCAAGGATCTCAACGAAGATTTTTGAGGTTTGTACAATCACTTTGAACTTCTCTTGTGATGTAGTCGCTCTTCTTATCTCATGAAGCTCCCAAAAAAAATTATTTTTCATGATACACTTCCAATACTGATAGGGCACCAAGGTCCAACAATAGGACTGATGACCTAATCATTGGGACCAACCACTAGCATGATTTCTAGAAGGGAGTAAACTTAGTGTCCAAAGCACTAATTAACTATCGTACCTTCTACTCGTTTCTAGAGATGTCACCGGAAATTTCGAATGGAGAGAAATATAGCTTATGTTGTAGCAGAAAAAACCTATTGATGAGAAAGACTGTGTTGGATAGGATTTACGACAGAAACAGAGATTTTCTCATCAATCTTATTGATAGGACACCAATTTCCAATACAAACATGATTTCTAGAAGGGAGTAGAAGCTGCTGTAAGGCTTAGTGGCATGAACCAAAATCTTAGGAAAGATAATTAATTAGTTGCTTGAGGCACACTTTTAGGAGAATAATTAACTATTGACTTGAGCCACAATTTTAGGACATTATGTTAAGTTTATAAGGGATTAATGAGAGAGTGTAGAACCAAAGTATTTTTTAACGATCCATGTTAGAAGACTCCAGTTCTCTGGTATGAGCCCAAGGCTCTCTGGTTTATCTTAGTTGATGGTGTAAGAGGTTTGCTCACCCTTTTTTTAACAATAACTACTCTATTTCATCCCATAATTCCCACGTTTCTATCATTGTCAAAGTAGAGAATAAACTTCTGTCAACCAAAATAGAGCTTCCATGGACAAAGCACATTGTTCTTGCAGTTTTGCGAACTCCTGTTAACATAGATCGACGGAGTCACGTTTAATCTCGACGATGACGTCAATGGATTCTCCACAAACGGAATTTTCTTCCCCTCCGTTAAAGATATTGGATCTGTTTTCACAGTCCCTTGTTCGTTGAAACATGAAGAAACCTTTGAAGGATGGCCCTCTTGCAGTCTTGCAAACTCCGTTAACATAGATTCATGAAGTTTCTCCAACGCTTAATTCTAAAATGTTTCCACTGTCTCAAGTCGCAATTCCAACGAATTGAGATGTTTAGACATCTTCGAATCTTCACTAGCTCCGCTTCATAATCCGGCAGGTCGGATGAATGATATAAATGCGGGAATCAGTGGATAAGATAGAGTGTTTATTATACAAAAAGTGGTTAGAAAATATCTTACACAAACAAGTAAGGTAAACCAGAGCCAAGGGCTCCTATCAGAGAGTTGGACTATCCTAACAACAATCAATATAAAATACACAATGAAGTAATTATTCTCCTAAAAGTGTGGTTCAGGAAACTAATTTATTATTTTTCCGAAGACTGTGGCTCCCGCCACAAAGCTTCCCTCAGATTCTACTCTCCTTCTAGAAATCAATCCTGTGTTTTTTGGGCCATATGATTGGGTCATCAATCCTGTTGGACCTTGGTGCCCTATCAGATACACATACATAACATATACAAGAAAAATCTGTCTATTGTTTCATATTGTTATTCAGCCTATAAATTAAGAAATTCAGCCTATAACATATACAGGAAAAATCTGTCTATTATGAAAGGAATTCAGCCTATAACATATACAAGAAAAATCTGTCTATTATGAAAGGAATTCAGCCTATAAATTAAGAAAGAAAAAGGCAATGTTTTCATCTATGATAGCGTTGCAGGCAAGCAGGAAGGGGGAAGTAATAAGAAAACCTTGATCATCATCTTAGTATGTGTACTGGTGGGAGTAGCTCTACTGAGTTGCTACGGGTACTACTACTGGAAAAAGAAACGATTAAGTGAAGGTAACTATAACAAGTTGCATCCATGTCGAAAGTTCTATAAGATCCTTTCACAAAATTACCTATGATAAAAAGTCATTATTTAGACTTTTTAGACTTACTAGCTTCCTTGCTAGGTGGTTTGCTGTTGAGAACTGTTACGCCTATGTCTTTCCGTGATCATGTTCAAAGAGACGATTCATTGAATGGAGACCTTCCTATGATTCCTTTAACCGTAATTCAACTGGCCACGGATAACTTTTCCGAGTCATCTAAATTAGGAGAAGGTGGATTTGGCCCTGTTTACAAGGTATGAATAAATTGTATCCTGAAGTCAATCAATGAAGTTATAGTTTTGTATTTTAACTTTGAGAGATTCATCTGTTTACCAGGGTACTTTACCAGATGGCACAGAAGTTGCTGTCAAAAGGCTTGCAGAGATGTCTGGTCAAGGTTCAGAGGAGTTCGAGAATGAAGCCATCTTCATCGCCAATCTGCAACACAGAAACCTCGTGAAACTCTTGGGCTGCTGCATGGAGGAAAATGAAAAAATTCTAGTATATGAATACTTGCAAAATTCAAGCCTTGACTTTCACCTTTTCGGTATGTTCTGACAAAACATGTGTATCACATTTGCTTTAATGATTATTTCTTTTACTTGCTCTGTATGTTCTAATTATTAAAGTACAATTATCATATCCGGTGATTAAATGAATAATCATTACTGGGCATATTATGCATTTTGGAGCATAATTAAAAGATCATATCCAGTGATTATTCCCGTAAAACAACTATGAAGATAAAAATGTATGATAGTCTCCATCCATTGCTATTGTTATTATCAATAACATGAATTCAATGTTCCTCTACTTAATAGATAAGGAAAAGAATAAGCACATAGATTGGAAATTACGACTAAGCATTATCAATGGAATTGCAAAAGGACTGCTATACCTTCACGAGGATTCTCGACTTAGAGTAATCCACAGAGATCTGAAAGCCAGCAATGTTCTTCTAGATGATGAAATGAACCCAAAAATATCAGATTTTGGATTAGCAAGGAGATTTGAAAAAGATCAATGCCCGACAAAAACAGAAAGAGTTTTTGGCACCTAGTAAGCATTATTGACAACTTTTCAAAGCAAATATTAGAAAATTTCACATGATTCACAACTGACAGTGTGTTAAATTTTTACAGTGGATACATGGCTCCAGAATATGCTATGGCTGGCTTATTTTCAGTGAAATCCGATGTTTTCAGTTTTGGAGTTCTTGTATTAGAAATTATTTACGGAAAAAGAAATGGCGAATTCTTTATCTCAGAACATATGCAAAGTCTTCTATTATATGTGAGTTTGCGATAATCCAAGTATTCGAAGACAAAAATAGTTTTATATTTTAATGAAATCACTAACACTACCTTTAAATGAGAGGCTCTTGGATACAAAATATTGATAATATATAAACAAAGCTTGCTACCTCGATCTTGCTTAGAAAAACACATTGGTAGCACATCTGAAATTTCAGATGACTTGGTCATAGGGGTCTAATAGCATATTATGAGCCGACTATCCAAAAAGCTATGATGACACTAATGTATTTTTACTTTTTCTAACAAAATGTATCAAATCAAGTGGTCTAAATGTCCATATTTGTATGCAGATTTGGAAACTCTGGTGTGAAGGAAAAAGTTTAGAATTGATCGACCCATTCCACCAAAAGTCATACATTGAAAGTGAAGTCTTGAAGTGTATACACATTGGTTTATTGTGCGTACAAGAAGACGCAGCAGATCGACCAACGATGTCCACCGTTGTTAGCATGCTAGGGAGTGACACAGTAGACCTTCCAAAACCCAAGCAACCAGCATTTTCAGTTGGTAGAAAACCCAAGAATGAAGATCAAAGTTCAAAAAATTATAAGGATAATTCTGTTGATGAAGAAACCATAACTATGTTTCATCTAGATAGTTGACACTGTGGTTCACTTTGTGCCAGATTCAGAAATGATTGAGTTCTCTTAGAAAAAGTTTGAGTTCGAAAGGGAAGAAAATCATTTTAAGGTCCATGAGTTATGAGTGTAGTGGTAAGAGTTTGACCTTGTAACCTCAAGGGAAGGATTTCAAATCCCATATGGGACGGTTATAAAGTGACCATTGATTCTACTTCCCCAATTTTTCGTTAGAA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