AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene026885

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene026885.t1 MTR_2g075700 92.073 164 13 0 1 164 1 164 3.46e-100 293
MS.gene026885.t1 MTR_2g075680 80.357 168 29 3 1 164 1 168 2.42e-81 245
MS.gene026885.t1 MTR_2g075690 64.767 193 54 5 1 187 1 185 1.40e-77 235
MS.gene026885.t1 MTR_7g073380 34.595 185 85 6 11 187 11 167 2.32e-21 89.7
MS.gene026885.t1 MTR_7g073430 34.810 158 82 2 7 164 6 142 1.62e-20 87.4
MS.gene026885.t1 MTR_8g005750 36.054 147 63 3 18 164 8 123 6.18e-18 80.5
MS.gene026885.t1 MTR_2g075730 42.342 111 54 6 8 116 6 108 2.15e-17 75.1
MS.gene026885.t1 MTR_2g075640 42.342 111 54 6 8 116 6 108 8.83e-17 73.6
MS.gene026885.t1 MTR_0002s1250 35.484 155 74 7 10 164 3 131 2.69e-16 75.5
MS.gene026885.t1 MTR_5g085600 64.151 53 18 1 82 133 11 63 7.70e-14 64.3
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 37 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GACAAGATCTCCAGCAATTA+AGG 0.210019 2.3:-21120789 None:intergenic
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ATTGCTTTCTTGCCATTTGT+TGG 0.339828 2.3:-21120647 None:intergenic
TGACTTATCATCATATGTTA+TGG 0.341599 2.3:-21120720 None:intergenic
CCAGCAATTAAGGGTAAAAC+TGG 0.365538 2.3:-21120779 None:intergenic
AGGCGTGGCAGTCTTGCGTC+AGG 0.372828 2.3:+21127237 MS.gene026885:intron
CTGCTTTGGCTTCCAACAAA+TGG 0.408980 2.3:+21120635 MS.gene026885:CDS
GGTCATACTTGGAGAAAGTA+TGG 0.428672 2.3:+21124428 MS.gene026885:CDS
TAAGGTCAATTTCGCCAACT+TGG 0.434948 2.3:+21124375 MS.gene026885:intron
TGATTGATGACGGTCATACT+TGG 0.450773 2.3:+21124417 MS.gene026885:CDS
TATTGGAACAGCCACATCAT+TGG 0.456556 2.3:-21120870 None:intergenic
GGATAATGGAGAATCTGCTT+TGG 0.464816 2.3:+21120621 None:intergenic
ACAAGATCTCCAGCAATTAA+GGG 0.474137 2.3:-21120788 None:intergenic
GATGGTGGTCGCGGTCGAAA+TGG 0.511390 2.3:+21128393 MS.gene026885:CDS
AAGGTCAATTTCGCCAACTT+GGG 0.514084 2.3:+21124376 MS.gene026885:intron
ATGGAAGAAGAGCTTATAAG+AGG 0.516162 2.3:+21120668 MS.gene026885:CDS
ACTGCTGGAAGTTTGCGTCC+AGG 0.533619 2.3:+21127278 MS.gene026885:CDS
AGTCAAATATAGAAGTGAAA+GGG 0.551702 2.3:+21120738 MS.gene026885:CDS
AAGTCAAATATAGAAGTGAA+AGG 0.557104 2.3:+21120737 MS.gene026885:CDS
AGTGGTGGCGATGGTGGTCG+CGG 0.559099 2.3:+21128384 MS.gene026885:CDS
AAGCTTGAGGAGGATTTGGA+TGG 0.559719 2.3:+21120929 MS.gene026885:CDS
TCGCAAATACGAAATACTAC+AGG 0.562971 2.3:+21124462 MS.gene026885:CDS
AGTGGCAGTGGTGGCGATGG+TGG 0.575810 2.3:+21128378 MS.gene026885:CDS
ACTTCAATATTGATTGATGA+CGG 0.580045 2.3:+21124407 MS.gene026885:CDS
AGAAGTGGCAGTGGTGGCGA+TGG 0.586410 2.3:+21128375 MS.gene026885:CDS
AACGAATTGCAACAAGCTTG+AGG 0.590596 2.3:+21120916 MS.gene026885:CDS
GGCGTGGCAGTCTTGCGTCA+GGG 0.590904 2.3:+21127238 MS.gene026885:intron
TTTCTCTTGTTCGACCCTGT+AGG 0.601177 2.3:-21120989 None:intergenic
AACAAATGGCAAGAAAGCAA+TGG 0.602679 2.3:+21120649 MS.gene026885:CDS
CGCCAAAGACTCCAATGATG+TGG 0.609286 2.3:+21120859 MS.gene026885:CDS
GCTTATAAGAGGACGTGACA+TGG 0.611904 2.3:+21120679 MS.gene026885:CDS
TCAATGATTTAAGTACCTCA+CGG 0.616583 2.3:-21120811 None:intergenic
GTAGATGCAAGAAGTGGCAG+TGG 0.639668 2.3:+21128366 MS.gene026885:intron
TGCTGGAGATCTTGTCCGTG+AGG 0.652783 2.3:+21120796 MS.gene026885:CDS
GAATTGCAACAAGCTTGAGG+AGG 0.664236 2.3:+21120919 MS.gene026885:CDS
GATGCAAGAAGTGGCAGTGG+TGG 0.676252 2.3:+21128369 MS.gene026885:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.3 gene 21120626 21129653 21120626 ID=MS.gene026885
chr2.3 mRNA 21120626 21129653 21120626 ID=MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885
chr2.3 exon 21120626 21121011 21120626 ID=MS.gene026885.t1.exon1;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 CDS 21120626 21121011 21120626 ID=cds.MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 exon 21124379 21124483 21124379 ID=MS.gene026885.t1.exon2;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 CDS 21124379 21124483 21124379 ID=cds.MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 exon 21127239 21127299 21127239 ID=MS.gene026885.t1.exon3;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 CDS 21127239 21127299 21127239 ID=cds.MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 exon 21128370 21128449 21128370 ID=MS.gene026885.t1.exon4;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 CDS 21128370 21128449 21128370 ID=cds.MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 exon 21129632 21129653 21129632 ID=MS.gene026885.t1.exon5;Parent=MS.gene026885.t1
chr2.3 CDS 21129632 21129653 21129632 ID=cds.MS.gene026885.t1;Parent=MS.gene026885.t1
Gene Sequence

>MS.gene026885

ATGGAGAATCTGCTTTGGCTTCCAACAAATGGCAAGAAAGCAATGGAAGAAGAGCTTATAAGAGGACGTGACATGGCAAATCAATTACTTGAAGCCATAACATATGATGATAAGTCAAATATAGAAGTGAAAGGGTCAAACTCAAAATCATCACCAGTTTTACCCTTAATTGCTGGAGATCTTGTCCGTGAGGTACTTAAATCATTGACAAATACACTTTTACTCTTGAATAACGCCAAAGACTCCAATGATGTGGCTGTTCCAATAAGTGTTAGTGATTTTTCTTTCTCAACGAATTGCAACAAGCTTGAGGAGGATTTGGATGGATCTTGCAAGAAACTAAAGACTCTCAACACCAAAAATCCTACAGGGTCGAACAAGAGAAAGTAAGATTCATAATCTATGTCTTATAGACTTATACTAAGTTACTTTGAGTATTTGACTTATTTCAAAGGTTTTCTACTATATTACTTCTCATATACCCCAGTAAAAAAAGAGTTATTTCATATATAATTTAGATGGTCGTTACAGTGATGATGTTAATGTCACGAAACTGGTCCGGGGCCATCGAGTTAAGATTTTAGAGGGGAGAAATAAATTTTTATTTTATTTTATTTAGGTGTTTGTTGAAAAGATAAAAATGAAAAATGAAGGGAAAAGAAGATCTGTTCATCCTAAAATTAAATTAGTGTTATTCTCTTCTTCAAATCCATAAATTTAACAAGAAATTTTGATTTTGTGTTTTTTCTTTGTTCTATTTATGTTTCCCTTTCATAAGTAACTCATTTTCTAACTTTCTAAATATGCTCTTTTTATTAGAAATATATAATTTGTATTAAACTAACTCATTATGTCAAAAACGATTTGTATGGTGATTATTGTCCCTACTTATAAACACCTCTATTATGTCTATGGCTGGACATCTGAAGCGCGACCCAAGTCGTTCGATAGCGGAAATCAAATAACATGTGATCTAACAGATTATATGGATAGACTCTGATACTATATTGGACTTTAGATCGGGCATGACCCTACCTTATAAAACTTACTTTAAGATTAGAGTTGTCGCCACTTATAAACAAATGTTTAAACCTTATTTCATCAAATGTGAGATGCTTAACACACCCCCTCACGCTCAAGTCTAGACATCTGGAGCGTGGCCTGTTTTGCGTTTCAAGTATAAGTGATTAGGTCCCACATCACTGATGAATGAGTAAAATGTTGGATATATATAAGAGAGGTGAGCATTATACTTTATGTCTTAAGGTTTTGGGTGGAGATGTGATGTCTTCGTCACTTGTGGTACTTGAGCATTTGTCTCCAAACTCCCCAACAAGGATATTGGGGCTATGATACGATTCTATGGAGGAGTGGATCTTGGTATTGGATTAGGTGTAGGAAGTGAGAACTCACACTTAGGGAGAGATTGTTGGGCTTCAAGTGTGATTGGTCAAGTCCCACATCGCCTATAAGTGGGTGAAATATTTGATATGTAAGTTGGCTAACTTAGTTTTACCAAACCGATTTTGGATAGAATTTGGATTATGTCTAACTCAACGGTGAGCAGATCCCCTAAAATAATAGACTTTTTTTTTTTGTAGAAAAGAGGGTAAAAGCACAAATTAATAGACTTTAATCGAGCTTATTCTTAATCTTTGAAGAACTTTAGTAGAGCTAAGTGTGAGGAAGTGTATTGAGAAAAATCAAATGACAAATAAACCACAAATAAGGTTTAATTTATAAAGAGTGATATTTTTTACCTTACAAGTCAGTATATGTAAGGTTGAGTTAAGCTCATCCAAACTGCAATACTTTCACCACCAATTAACGCTCTTATCACGGTAGCCCACAACCCTTCACTCATTTTTGTCACAGAAATTGTCATGTCCTTTCAAACACTTTTCCCACCTATATGCTATTATATGTTTGCTCTTTCGTGTTCTTTTAACCTAAATCTTCAGCAAGATGATTTTCACTCGTCACTTTGATTTACAATATAGCGGCCACATCACGTTACGTTATACGATCCACAATATATAGTGGCATTAAGTTACAAGGGTTTACTGAATGGTTTTTTTATTACATAGTACTATTCCGTTCATCATGGCTCTAGCTAACAAGTAGTTATAAATCCTCCCCTCAAAAAAAAGTTATAAACCCTAATTATTGTTAAGACAGTGAGAAAGAACCCTAATTTAACTTTATTTTTAGGACAAACATATTTTTTATTTTATGGAGAATGCTAATGAGTACCTTTGGGGTATCGATTAAAGTACTCAAATAAGTAGTTTGTATAAAAAAAGTGGTGTAATTATTGTTAGGACAACACTAAAAACTCGCATATTCAAGAAAAAGTTTCTACTAATGGATTCTTTAACCAATTCCCTTATGGTCTGTTTGGATGATCAAAGAAAGTGAAAGGAAAGAAAGAGTGAGGAAAGATTATATGAGGAAAGAAAAAGAATAGAAAGTGAGAGGATTGTTTTGGTTGTTTGGTATAAAAGAAAGTGGAATAGAAAGTGAAAGGAAAGAGTGATGTGTATATTTGTAAAAAGACAATTACATCCTTGAAATGTTTTGGCTACATGTCATTTTAAATTAAATATTGTATCTACATATGTGTCAAAATCATAATTTTCTTGTACTATGCACTAGCACCATGTTAATGCTCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACCATGTTTTTTTTAACGGAAAAAGCACCATGTTAATTCCTAAAAAAAAAATGTACAATGCAAATAATATATGATATTGAGGGTATTTTGGGTATTTTACCATGAAATTGATGCATTCCTCCTGTTTCCGTCTTTGCAGCTGCGGAAAGTTTTTGAGTGTGGGTCCCACCTCAAAACTTTCTTTCCCTATCCTTTCCTTGTCCTGCCAAACGGTGGAAAACTACTGTATCCACTCACTTTCTTTCCCTATCCTTTCTTTCCCTTGTCTTTCCATGGATCCAAACATACCCTTAGAGTACTGATTAGCATGCAAAACCTTTATTTTATAAATAAAAATAAATTTATTTTTTTTCTCACTAAAATCCTAGTACATCAACTACATAACATTCACAATAATAGTATAACAAATTTAAAGTTAGAGTTACATATATAGCACATCTCTAAATGGACTTAATCCATTAAAATTGACACCGAAAGAAATCGAACCAAACACTTTAGAAAAAGCACATTTCATGGTTCAAGCCAACTTCATTAGACTTACTCAAATGGGTTATTTTTGTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAAACTTGAGTTTGGATAATTCATTCATGTGGGATTGGGTACACAAACCATTATTTTATACTTGTATATTTATCATCGCTCTAATTAATTCTCCAATCTTTTCATTCTTTTATACTTTTATTGCCCCCTCCCCTAACAAAACAAAAGTATACTTGTCAGTACCCTTTCGTTAGGGAATATATGTCTGTATCCTTTTTTTTAGGAGATGTGCTGTATACTTAAAGGACGAATTTAAGAATAAAAAATAACATGTATGTGATGCCTCGAGTAGAATTTGATCCTTTTAATCTGCAGCACAGCTAGACCTCCAGACATACATAATTATCATTACATACTTAATAGAATGATTATAGATCTATTAATAGTTTTATAGTTTATTTATATTTTTCTGGTACATGTTTATAAATATTTTTGTCAATTGATTAATGTATTATACTCTTTATTAATTGATATTATTGTCTTCATACTTAAGGTCAATTTCGCCAACTTGGGAAAAAAGCACTTCAATATTGATTGATGACGGTCATACTTGGAGAAAGTATGGACAAAAAAAGATCGCAAATACGAAATACTACAGGTATATATTCATCAGGTTGCATCTACACATTCACATGAGAAAAAAGATTAGTTAACATTATGTACCAATTTTTGTAATTTTAATATAGTTTATAAATGTGAGAAATTCTATCAATCTATAACATTTGAATTAAAAGTTCTTATAAAAGAAATTAAATTCCTTGTGATAATTTAATACATATACAGAAAATTACATGTGAAAGACAAGCATGCAACAAATTGCGCCGCTAAGTCTCAATCTTCTTAAACACAAAATTCATCGATTTATGAGACATAATATTGTTATCCACGACCTTTCAAAAATTAAATAATTTTTTTGTATACTTCGAAACTAATAATTAATTGGTAATATGTATGCAGGAGCTACTATAGGTGCACACACATGAACGATCAACATTGTGAAGCAATCAAACATGTTCAAAGAACTCAAGAGAACCCTCCTTTGTACAGGACTACATATTATGGCCATCACACTTGCAAAACCTATTTGCATTCAGATATAAATTTGGAATCCACTTTGTCATGTGATGACTCTTCTATATTACTTAGCTTCGATAATAATATTCCAATTAAAGAAGAAAACTCGTTTCTACCATCACCATCACAATTTCTTGCATCTACAAAAGAGGATCCCAAGGAAGAGATCCATGATGATTATTCTTCTCAAAATCAATTTTTTTCATCAGATAACCTCATATCATGTAACTTTGAAGTTTATTTTGATTATTTGAGACATGCCACTATGCTATCATCGATTGAATCATTTGAATTTGAGAATGTTTATGACCAGTTAGGATTTTGATGGTTATGGATATGTTTGTGTCTAAGTGTAAATTTATTTTCAAAGTTTGGCATTGGAGTATAATCAGTATGTCAAATAATATAGTGGTTATTTTTTTTTTTAGAATTTTTTTTTATAAAGTAAATTTAACTTGATTGTTATTTGGCATTTAAGTGTCTTGTTGTGTTCAACTATCTTGTTAAAGATGATTTTAGACTTCATCTTGTTAGTACATATATCCTACATACTTGACTACACAATTAATAGACTTTATTTCTGTACTAACTTGATTCATACAATGAAGATCATTCTTGGTTGTAGTGGAGGGTGCATTAGTTCTATTATGAATGGTGTGTTGATCC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Protein sequence

>MS.gene026885.t1

MENLLWLPTNGKKAMEEELIRGRDMANQLLEAITYDDKSNIEVKGSNSKSSPVLPLIAGDLVREVLKSLTNTLLLLNNAKDSNDVAVPISVSDFSFSTNCNKLEEDLDGSCKKLKTLNTKNPTGSNKRKSISPTWEKSTSILIDDGHTWRKYGQKKIANTKYYRRGSLASGHKKLCSLLEVCVQMQEVAVVAMVVAVEMDIHVHLKCCYRKNKTTTF