AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene055364

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MS.gene055364.t1 AT5G06710 58.772 114 33 4 90 196 134 240 8.34e-30 112
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MS.gene055364.t1 AT1G69780 42.424 99 47 2 98 196 47 135 3.43e-13 67.0
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MS.gene055364.t1 AT5G65310 47.826 69 36 0 128 196 54 122 3.67e-12 64.3
MS.gene055364.t1 AT5G06710 45.000 100 41 4 91 183 135 227 4.03e-12 63.2
MS.gene055364.t1 AT5G06710 45.000 100 41 4 91 183 135 227 4.03e-12 63.2
MS.gene055364.t1 AT4G40060 54.717 53 24 0 144 196 57 109 6.75e-11 60.5

Find 56 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAAAGATGATGAATTTAGTT+TGG 0.275241 8.1:-87113689 MS.gene055364:CDS
TTAAGCTTGAGTTTAGGATT+TGG 0.367633 8.1:-87113664 MS.gene055364:CDS
AAAGATGATGAATTTAGTTT+GGG 0.373079 8.1:-87113688 MS.gene055364:CDS
CTTTGGTTTGTAACCGTTTG+AGG 0.393528 8.1:+87113583 None:intergenic
TGCGGCGGCCGTCGCCGCCA+TGG 0.395192 8.1:+87113007 None:intergenic
TTGGGTTTAAGCTTGAGTTT+AGG 0.412484 8.1:-87113670 MS.gene055364:CDS
GAGTCACCTTCAAAGGAGTT+TGG 0.430355 8.1:+87113620 None:intergenic
AACCACACCTCCACTTGTCT+TGG 0.434860 8.1:+87098498 None:intergenic
AGTTATTGAAGGAAACCCTT+TGG 0.441554 8.1:+87113566 None:intergenic
CAACAACCAAACTCCTTTGA+AGG 0.444372 8.1:-87113626 MS.gene055364:CDS
GTTGTTGGAAGAAACTTTCA+AGG 0.454317 8.1:-87112769 MS.gene055364:CDS
ATGCTTGACACGGTGCTGTT+CGG 0.456039 8.1:+87112957 None:intergenic
GCGGCCGTCGCCGCCATGGA+TGG 0.472789 8.1:+87113011 None:intergenic
GATGATGACGGCGGAGGTTG+CGG 0.480696 8.1:-87112846 MS.gene055364:CDS
GGCGGAGGTTGCGGTGGCGA+CGG 0.488707 8.1:-87112837 MS.gene055364:CDS
GGTTCATGTTCTCGCGGCGG+CGG 0.496150 8.1:-87112876 MS.gene055364:CDS
GAAGGAACAGTCAATGTTGT+TGG 0.498061 8.1:-87112784 MS.gene055364:CDS
TCATTTCTCCGCGGAATAGA+CGG 0.512734 8.1:-87113047 MS.gene055364:CDS
TGAAAACGACGCCGTCGAAA+GGG 0.514530 8.1:-87112898 MS.gene055364:CDS
AAAATGGAACAAGTTATTGA+AGG 0.520682 8.1:+87113555 None:intergenic
AGGAGCGAAAGAGAAGGAAA+CGG 0.525139 8.1:-87112924 MS.gene055364:CDS
CATGCACAAGCCTCCTCAAA+CGG 0.530251 8.1:-87113596 MS.gene055364:CDS
GGAGCATAATACTCTGAATC+CGG 0.531921 8.1:-87112748 MS.gene055364:intron
GCCGCATTCGACGATGAAAA+CGG 0.539309 8.1:-87112990 MS.gene055364:CDS
TGCATGTGAGTCACCTTCAA+AGG 0.543980 8.1:+87113613 None:intergenic
ACTACCATCCATGGCGGCGA+CGG 0.547385 8.1:-87113015 MS.gene055364:CDS
CAACACTCCACTACCATCCA+TGG 0.551656 8.1:-87113024 MS.gene055364:CDS
TCAGAAACAAAAGCAAGCAT+TGG 0.557840 8.1:-87098541 MS.gene055364:intron
GTCGCCGCCATGGATGGTAG+TGG 0.558543 8.1:+87113017 None:intergenic
CTCAAACGGTTACAAACCAA+AGG 0.569424 8.1:-87113582 MS.gene055364:CDS
GGAAAGAGGAGCGAAAGAGA+AGG 0.571083 8.1:-87112930 MS.gene055364:CDS
ATGAAAACGACGCCGTCGAA+AGG 0.571630 8.1:-87112899 MS.gene055364:CDS
CTTTCCACTGATGCTTGACA+CGG 0.572771 8.1:+87112947 None:intergenic
TCAAACGGTTACAAACCAAA+GGG 0.592760 8.1:-87113581 MS.gene055364:CDS
TGTCAAGCATCAGTGGAAAG+AGG 0.599280 8.1:-87112944 MS.gene055364:CDS
AGCCAAGACAAGTGGAGGTG+TGG 0.599876 8.1:-87098500 MS.gene055364:CDS
TGGTTTGTAACCGTTTGAGG+AGG 0.599884 8.1:+87113586 None:intergenic
AGCACCGTGTCAAGCATCAG+TGG 0.602338 8.1:-87112951 MS.gene055364:CDS
AGAACATGAACCCCTTTCGA+CGG 0.611067 8.1:+87112887 None:intergenic
GAAAACGACGCCGTCGAAAG+GGG 0.619048 8.1:-87112897 MS.gene055364:CDS
GTGGCGACGGTGATTCGTCA+AGG 0.623006 8.1:-87112824 MS.gene055364:CDS
GAATCTGAAGCCAAGACAAG+TGG 0.625066 8.1:-87098508 MS.gene055364:CDS
GATGACGGCGGAGGTTGCGG+TGG 0.629392 8.1:-87112843 MS.gene055364:CDS
GAAGAAGCTGAGGTTGTCGA+AGG 0.629748 8.1:-87112802 MS.gene055364:CDS
AGTGATGATGATGACGGCGG+AGG 0.634764 8.1:-87112852 MS.gene055364:CDS
TCTGAAGCCAAGACAAGTGG+AGG 0.635230 8.1:-87098505 MS.gene055364:CDS
ATTCGTCAAGGAAGAAGCTG+AGG 0.662832 8.1:-87112812 MS.gene055364:CDS
GAAAGGGGTTCATGTTCTCG+CGG 0.668678 8.1:-87112882 MS.gene055364:CDS
GGCGGAAGTGATGATGATGA+CGG 0.668902 8.1:-87112858 MS.gene055364:CDS
GGTTTCAAAACAGAAGAGCA+AGG 0.676969 8.1:-87098479 None:intergenic
CAGATCTAAGCACAGAAACG+AGG 0.678976 8.1:-87113070 MS.gene055364:CDS
GAGTGTTGCCGTCTATTCCG+CGG 0.683806 8.1:+87113039 None:intergenic
AGGGGTTCATGTTCTCGCGG+CGG 0.699189 8.1:-87112879 MS.gene055364:CDS
CACTCCACTACCATCCATGG+CGG 0.704044 8.1:-87113021 MS.gene055364:CDS
GGAAGTGATGATGATGACGG+CGG 0.716365 8.1:-87112855 MS.gene055364:CDS
GAAACGAGGTCATTTCTCCG+CGG 0.771153 8.1:-87113056 MS.gene055364:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr8.1 gene 87098480 87113719 87098480 ID=MS.gene055364
chr8.1 mRNA 87098480 87113719 87098480 ID=MS.gene055364.t1;Parent=MS.gene055364
chr8.1 exon 87113551 87113719 87113551 ID=MS.gene055364.t1.exon1;Parent=MS.gene055364.t1
chr8.1 CDS 87113551 87113719 87113551 ID=cds.MS.gene055364.t1;Parent=MS.gene055364.t1
chr8.1 exon 87112749 87113089 87112749 ID=MS.gene055364.t1.exon2;Parent=MS.gene055364.t1
chr8.1 CDS 87112749 87113089 87112749 ID=cds.MS.gene055364.t1;Parent=MS.gene055364.t1
chr8.1 exon 87098480 87098559 87098480 ID=MS.gene055364.t1.exon3;Parent=MS.gene055364.t1
chr8.1 CDS 87098480 87098559 87098480 ID=cds.MS.gene055364.t1;Parent=MS.gene055364.t1
Gene Sequence

>MS.gene055364

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