AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene070856

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MS.gene070856.t1 AT4G21400 34.559 136 81 2 3 136 396 525 2.60e-23 95.1
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MS.gene070856.t1 AT3G15890 33.582 134 84 1 1 134 84 212 4.09e-23 93.2
MS.gene070856.t1 AT4G29180 40.000 125 68 2 11 135 633 750 4.26e-23 94.4
MS.gene070856.t1 AT1G60800 40.625 128 70 4 15 142 361 482 4.41e-23 94.4
MS.gene070856.t1 AT4G32000 35.075 134 79 2 3 136 219 344 4.62e-23 94.0
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MS.gene070856.t1 AT4G03230 33.333 135 84 1 1 135 735 863 5.03e-23 94.4
MS.gene070856.t1 AT4G33430 35.000 140 85 2 3 142 384 517 5.26e-23 94.0
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MS.gene070856.t1 AT4G03230 33.333 135 84 1 1 135 635 763 5.27e-23 94.0
MS.gene070856.t1 AT4G03230 33.333 135 84 1 1 135 663 791 5.50e-23 94.0
MS.gene070856.t1 AT4G33430 35.000 140 85 2 3 142 337 470 5.52e-23 94.0
MS.gene070856.t1 AT4G03230 33.333 135 84 1 1 135 577 705 5.77e-23 94.0

Find 28 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 33 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGAGGCAAATAACAGAATTT+TGG 0.193821 1.4:+43266481 MS.gene070856:CDS
TGAACACTTTGTGGGGTTAA+TGG 0.227839 1.4:+43266448 MS.gene070856:CDS
GAACACTTTGTGGGGTTAAT+GGG 0.334853 1.4:+43266449 MS.gene070856:CDS
ACAAGAGTCTTGGGAACATT+TGG 0.353209 1.4:+43266877 MS.gene070856:CDS
CAAAGAGTAAAAGTTGCATT+TGG 0.423150 1.4:+43266691 MS.gene070856:CDS
AAGAACCAAGACTTGCATAT+TGG 0.431625 1.4:-43266508 None:intergenic
ACATCTCTATGAACTATAGA+AGG 0.433149 1.4:-43266754 None:intergenic
GTTGCATTTGGTGCAGCAAA+AGG 0.446714 1.4:+43266703 MS.gene070856:CDS
GTTTACCAATATGCAAGTCT+TGG 0.465614 1.4:+43266503 MS.gene070856:CDS
TTTGATGTTCCAGGAAGAAA+AGG 0.466476 1.4:+43266628 MS.gene070856:intron
ACTGAAGAATGAACACTTTG+TGG 0.467029 1.4:+43266439 MS.gene070856:CDS
TTTGCTGTTTAATGATTATG+AGG 0.467540 1.4:+43266792 MS.gene070856:CDS
CTACATTCAACAAGAGTCTT+GGG 0.475263 1.4:+43266868 MS.gene070856:CDS
CCAGGAAGAAAAGGAGTTCA+AGG 0.481962 1.4:+43266637 MS.gene070856:intron
CTGAAGAATGAACACTTTGT+GGG 0.485985 1.4:+43266440 MS.gene070856:CDS
ACTACATTCAACAAGAGTCT+TGG 0.491997 1.4:+43266867 MS.gene070856:CDS
GGAGTTCAAGGGGCTGAACC+TGG 0.518625 1.4:+43266649 MS.gene070856:CDS
GAGTTCAAGCATACATACTC+TGG 0.531354 1.4:-43266910 None:intergenic
ATTAAACAGCAAAACATTGG+TGG 0.533125 1.4:-43266782 None:intergenic
TCTTTGCATGACACATTGCA+CGG 0.540167 1.4:+43266527 MS.gene070856:CDS
ATCATTAAACAGCAAAACAT+TGG 0.541726 1.4:-43266785 None:intergenic
TTCCAACTTAAAATTATACC+AGG 0.577517 1.4:-43266667 None:intergenic
GACAAATCAGTCTTCTGACT+CGG 0.590591 1.4:+43266837 MS.gene070856:CDS
CAGGAAGAAAAGGAGTTCAA+GGG 0.612317 1.4:+43266638 MS.gene070856:intron
GTTAATGGGATATTGTCTTG+AGG 0.650457 1.4:+43266463 MS.gene070856:CDS
AGGAAGAAAAGGAGTTCAAG+GGG 0.655720 1.4:+43266639 MS.gene070856:intron
GTTTCATCAAACTAAGAGTG+AGG 0.664876 1.4:-43266935 None:intergenic
TGAAGAATGAACACTTTGTG+GGG 0.667341 1.4:+43266441 MS.gene070856:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TAACTAACTTCTATATATTA+AGG + chr1.4:43266564-43266583 MS.gene070856:intron 15.0%
!! TAGAAGTTAGTTATATTGTA+AGG - chr1.4:43266557-43266576 None:intergenic 20.0%
! ATCATTAAACAGCAAAACAT+TGG - chr1.4:43266788-43266807 None:intergenic 25.0%
! TTCCAACTTAAAATTATACC+AGG - chr1.4:43266670-43266689 None:intergenic 25.0%
!!! AACCTGGTATAATTTTAAGT+TGG + chr1.4:43266665-43266684 MS.gene070856:CDS 25.0%
!!! TTTGCTGTTTAATGATTATG+AGG + chr1.4:43266792-43266811 MS.gene070856:CDS 25.0%
ACATCTCTATGAACTATAGA+AGG - chr1.4:43266757-43266776 None:intergenic 30.0%
ATTAAACAGCAAAACATTGG+TGG - chr1.4:43266785-43266804 None:intergenic 30.0%
CAAAGAGTAAAAGTTGCATT+TGG + chr1.4:43266691-43266710 MS.gene070856:CDS 30.0%
! CAAATGCAACTTTTACTCTT+TGG - chr1.4:43266693-43266712 None:intergenic 30.0%
! TGAGGCAAATAACAGAATTT+TGG + chr1.4:43266481-43266500 MS.gene070856:CDS 30.0%
AAGAACCAAGACTTGCATAT+TGG - chr1.4:43266511-43266530 None:intergenic 35.0%
ACTACATTCAACAAGAGTCT+TGG + chr1.4:43266867-43266886 MS.gene070856:CDS 35.0%
ACTGAAGAATGAACACTTTG+TGG + chr1.4:43266439-43266458 MS.gene070856:CDS 35.0%
CTACATTCAACAAGAGTCTT+GGG + chr1.4:43266868-43266887 MS.gene070856:CDS 35.0%
CTGAAGAATGAACACTTTGT+GGG + chr1.4:43266440-43266459 MS.gene070856:CDS 35.0%
GTTAATGGGATATTGTCTTG+AGG + chr1.4:43266463-43266482 MS.gene070856:CDS 35.0%
GTTTACCAATATGCAAGTCT+TGG + chr1.4:43266503-43266522 MS.gene070856:CDS 35.0%
TGAAGAATGAACACTTTGTG+GGG + chr1.4:43266441-43266460 MS.gene070856:CDS 35.0%
TTTGATGTTCCAGGAAGAAA+AGG + chr1.4:43266628-43266647 MS.gene070856:intron 35.0%
! TACTAAGCTTTTGATGTTCC+AGG + chr1.4:43266619-43266638 MS.gene070856:intron 35.0%
ACAAGAGTCTTGGGAACATT+TGG + chr1.4:43266877-43266896 MS.gene070856:CDS 40.0%
AGGAAGAAAAGGAGTTCAAG+GGG + chr1.4:43266639-43266658 MS.gene070856:intron 40.0%
CAGGAAGAAAAGGAGTTCAA+GGG + chr1.4:43266638-43266657 MS.gene070856:intron 40.0%
GAACACTTTGTGGGGTTAAT+GGG + chr1.4:43266449-43266468 MS.gene070856:CDS 40.0%
GACAAATCAGTCTTCTGACT+CGG + chr1.4:43266837-43266856 MS.gene070856:CDS 40.0%
GAGTTCAAGCATACATACTC+TGG - chr1.4:43266913-43266932 None:intergenic 40.0%
TCTTTGCATGACACATTGCA+CGG + chr1.4:43266527-43266546 MS.gene070856:CDS 40.0%
TGAACACTTTGTGGGGTTAA+TGG + chr1.4:43266448-43266467 MS.gene070856:CDS 40.0%
CCAGGAAGAAAAGGAGTTCA+AGG + chr1.4:43266637-43266656 MS.gene070856:intron 45.0%
! CCTTGAACTCCTTTTCTTCC+TGG - chr1.4:43266640-43266659 None:intergenic 45.0%
!! GTTGCATTTGGTGCAGCAAA+AGG + chr1.4:43266703-43266722 MS.gene070856:CDS 45.0%
GGAGTTCAAGGGGCTGAACC+TGG + chr1.4:43266649-43266668 MS.gene070856:CDS 60.0%


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr1.4 gene 43266422 43266951 43266422 ID=MS.gene070856
chr1.4 mRNA 43266422 43266951 43266422 ID=MS.gene070856.t1;Parent=MS.gene070856
chr1.4 exon 43266422 43266548 43266422 ID=MS.gene070856.t1.exon1;Parent=MS.gene070856.t1
chr1.4 CDS 43266422 43266548 43266422 ID=cds.MS.gene070856.t1;Parent=MS.gene070856.t1
chr1.4 exon 43266641 43266951 43266641 ID=MS.gene070856.t1.exon2;Parent=MS.gene070856.t1
chr1.4 CDS 43266641 43266951 43266641 ID=cds.MS.gene070856.t1;Parent=MS.gene070856.t1
Gene Sequence

>MS.gene070856

TTAGCAATTGTTTCAAGACTGAAGAATGAACACTTTGTGGGGTTAATGGGATATTGTCTTGAGGCAAATAACAGAATTTTGGTTTACCAATATGCAAGTCTTGGTTCTTTGCATGACACATTGCACGGTAAGCCTTACAATATAACTAACTTCTATATATTAAGGAAATAGTTCGCGTGCGTTAATATGTTGAACACTACTAAGCTTTTGATGTTCCAGGAAGAAAAGGAGTTCAAGGGGCTGAACCTGGTATAATTTTAAGTTGGAACCAAAGAGTAAAAGTTGCATTTGGTGCAGCAAAAGGACTTGAGTTTCTTCACGAGAAAGTTCAACCTTCTATAGTTCATAGAGATGTTAGATCCACCAATGTTTTGCTGTTTAATGATTATGAGGCTAAGATTGCAGATTTCAACTTGACAAATCAGTCTTCTGACTCGGCAGCTCGACTACATTCAACAAGAGTCTTGGGAACATTTGGCTATCATGCTCCAGAGTATGTATGCTTGAACTCTACCTCACTCTTAGTTTGA
Protein sequence

>MS.gene070856.t1

LAIVSRLKNEHFVGLMGYCLEANNRILVYQYASLGSLHDTLHGRKGVQGAEPGIILSWNQRVKVAFGAAKGLEFLHEKVQPSIVHRDVRSTNVLLFNDYEAKIADFNLTNQSSDSAARLHSTRVLGTFGYHAPEYVCLNSTSLLV