AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene09706

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MS.gene09706.t1 AT1G74950 38.136 118 62 2 7 113 112 229 1.89e-20 84.7
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MS.gene09706.t1 AT1G17380 30.952 126 68 3 3 114 58 178 9.59e-13 63.9

Find 26 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TTGAGAGTTAGTAGTTCCTT+TGG 0.375053 5.2:-5499828 None:intergenic
ATTCAGATTTATCAATTACT+AGG 0.446451 5.2:+5512228 MS.gene09706:intron
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ATTGTCATTTGTGCACATCT+AGG 0.463250 5.2:-5499731 None:intergenic
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ATCTATGTCATGGCTCTCCT+TGG 0.508832 5.2:+5516335 MS.gene09706:CDS
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AGATTTATCAATTACTAGGA+AGG 0.513206 5.2:+5512232 MS.gene09706:intron
CTAGGAAGGCTTCACTTCAT+CGG 0.521487 5.2:+5512246 MS.gene09706:CDS
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TCGGTTCTTGGAAAGAAGGA+TGG 0.543639 5.2:+5512265 MS.gene09706:CDS
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AAGTTAAAGAAACACAGAGC+TGG 0.570917 5.2:-5516397 None:intergenic
TCTTGGAAAGAAGGATGGAT+AGG 0.575095 5.2:+5512270 MS.gene09706:CDS
TAATTGATGAATCTATGTCA+TGG 0.610470 5.2:+5516325 MS.gene09706:CDS
TTTACCATAAATAACAGGTG+AGG 0.612964 5.2:-5499942 None:intergenic
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TTCTAGCAAGAAATGATGGG+TGG 0.652275 5.2:-5499889 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr5.2 gene 5499704 5516416 5499704 ID=MS.gene09706
chr5.2 mRNA 5499704 5516416 5499704 ID=MS.gene09706.t1;Parent=MS.gene09706
chr5.2 exon 5499704 5499959 5499704 ID=MS.gene09706.t1.exon1;Parent=MS.gene09706.t1
chr5.2 CDS 5499704 5499959 5499704 ID=cds.MS.gene09706.t1;Parent=MS.gene09706.t1
chr5.2 exon 5512234 5512291 5512234 ID=MS.gene09706.t1.exon2;Parent=MS.gene09706.t1
chr5.2 CDS 5512234 5512291 5512234 ID=cds.MS.gene09706.t1;Parent=MS.gene09706.t1
chr5.2 exon 5516272 5516416 5516272 ID=MS.gene09706.t1.exon3;Parent=MS.gene09706.t1
chr5.2 CDS 5516272 5516416 5516272 ID=cds.MS.gene09706.t1;Parent=MS.gene09706.t1
Gene Sequence

>MS.gene09706

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