AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene21206

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MS.gene21206.t1 AT5G35580 33.110 299 145 10 15 266 88 378 2.54e-34 130
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MS.gene21206.t1 AT3G02810 31.228 285 146 7 11 249 60 340 4.51e-34 130
MS.gene21206.t1 AT3G46330 31.955 266 137 5 21 246 572 833 4.56e-34 131
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MS.gene21206.t1 AT2G30730 31.379 290 147 9 9 250 51 336 5.40e-34 126

Find 47 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 68 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTGAGAAAAGTGATGTTTAT+AGG 0.160285 5.1:+6164097 MS.gene21206:CDS
TCATCAACTTTCCCTGATTT+TGG 0.168392 5.1:-6164216 None:intergenic
AAAGTGAAAGTTGCTAATTT+TGG 0.243478 5.1:+6163974 MS.gene21206:CDS
GCACCTGAGTATGCTTTATA+TGG 0.253408 5.1:+6164066 MS.gene21206:intron
TAAGGCGACAATTATACTTT+TGG 0.272792 5.1:+6163940 MS.gene21206:CDS
AATGAATTCACCAGTTGTTT+TGG 0.303470 5.1:+6164170 MS.gene21206:CDS
ACGGGCCTATCTGGTAAATT+AGG 0.307188 5.1:-6164387 None:intergenic
CCAAGTGGAACGGGCCTATC+TGG 0.323622 5.1:-6164396 None:intergenic
AAAAGTGATGTTTATAGGTT+TGG 0.326273 5.1:+6164102 MS.gene21206:CDS
AGAAATATTCTTGCTTTAAG+AGG 0.337370 5.1:+6163675 MS.gene21206:CDS
TATCAGTTAATGGTGCTAAT+AGG 0.373098 5.1:+6163819 MS.gene21206:intron
GCTTGGACACTTCCAAAATC+AGG 0.387841 5.1:+6164204 MS.gene21206:CDS
CTCATGCAATGGTTGCATTA+AGG 0.388948 5.1:+6164316 MS.gene21206:CDS
ATATTCCTAATTTACCAGAT+AGG 0.423314 5.1:+6164382 MS.gene21206:CDS
TTTATTTAGCAGAAGGGAAA+GGG 0.427828 5.1:-6164453 None:intergenic
AGTATAATATTCTTCCTTTG+TGG 0.435483 5.1:-6163851 None:intergenic
GATTCATGACCAAGTGGAAC+GGG 0.438576 5.1:-6164405 None:intergenic
AACACTTTCAGATGGAACTT+TGG 0.455446 5.1:+6163566 MS.gene21206:CDS
ATTATACTTGATGTGGCTAA+AGG 0.455564 5.1:+6163866 MS.gene21206:CDS
GAGGCAATTAAGATGTTAGA+AGG 0.462503 5.1:+6164351 MS.gene21206:CDS
TTATACTTGATGTGGCTAAA+GGG 0.466093 5.1:+6163867 MS.gene21206:CDS
GATCAAGCAGTTAAAGATGA+AGG 0.473333 5.1:+6164246 MS.gene21206:CDS
ATGGAAAGGTTTGTACCTGT+TGG 0.477891 5.1:+6164282 MS.gene21206:CDS
TTAATTGCCTCAGCAATAGT+AGG 0.487086 5.1:-6164339 None:intergenic
CGATCAGTGACCAAAACAAC+TGG 0.489075 5.1:-6164180 None:intergenic
CCAGATAGGCCCGTTCCACT+TGG 0.492406 5.1:+6164396 MS.gene21206:CDS
ATGATAGGTCAAGGTGGTGA+TGG 0.500290 5.1:+6163528 MS.gene21206:CDS
ATGGTGCTAATAGGCTAACT+TGG 0.531552 5.1:+6163828 MS.gene21206:CDS
AGCAGAAGGGAAAGGGAAAG+TGG 0.546235 5.1:-6164446 None:intergenic
ATATATCAGAGCTAGTGATA+AGG 0.556095 5.1:+6163479 MS.gene21206:CDS
TGAGCACAAAGAATTCCAAC+AGG 0.558576 5.1:-6164297 None:intergenic
GAAGAATATTATACTTGATG+TGG 0.561539 5.1:+6163859 MS.gene21206:CDS
AATTCTTTGTGCTCATGCAA+TGG 0.562123 5.1:+6164305 MS.gene21206:CDS
ATCAAGCAGTTAAAGATGAA+GGG 0.564778 5.1:+6164247 MS.gene21206:CDS
TGAAGGGCCAGAGAAAATCA+TGG 0.568513 5.1:+6164263 MS.gene21206:CDS
CTTGGACACTTCCAAAATCA+GGG 0.571725 5.1:+6164205 MS.gene21206:CDS
AGATTCATGACCAAGTGGAA+CGG 0.573777 5.1:-6164406 None:intergenic
TACAAAGGAACACTTTCAGA+TGG 0.580694 5.1:+6163558 MS.gene21206:CDS
CAGAAGAATATGATAGGTCA+AGG 0.582332 5.1:+6163519 MS.gene21206:CDS
ATAGGCTAACTTGGCCACAA+AGG 0.600736 5.1:+6163837 MS.gene21206:CDS
TGTCCATATAAAGCATACTC+AGG 0.610305 5.1:-6164069 None:intergenic
GGCCAGAGAAAATCATGGAA+AGG 0.613834 5.1:+6164268 MS.gene21206:CDS
AGAAAAGATTCATGACCAAG+TGG 0.631994 5.1:-6164411 None:intergenic
ATTAAGGCCTACTATTGCTG+AGG 0.647873 5.1:+6164332 MS.gene21206:CDS
AAGAATATGATAGGTCAAGG+TGG 0.696121 5.1:+6163522 MS.gene21206:CDS
GGTGATGGTGTTGTGTACAA+AGG 0.702812 5.1:+6163543 MS.gene21206:CDS
GTGATACTTGAGATAATGAG+TGG 0.709839 5.1:+6164129 MS.gene21206:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGTTATCAATTATCAGTTAA+TGG + chr5.1:6163809-6163828 MS.gene21206:intron 20.0%
!! TTAATATTGCGATGAAAAAT+CGG - chr5.1:6163923-6163942 None:intergenic 20.0%
!!! AGTGAAAGTCATTTTTTATT+TGG + chr5.1:6163593-6163612 MS.gene21206:CDS 20.0%
!!! ATTTTTTATTTGGATACTAG+AGG + chr5.1:6163603-6163622 MS.gene21206:CDS 20.0%
!!! TTTTTTATTTGGATACTAGA+GGG + chr5.1:6163604-6163623 MS.gene21206:CDS 20.0%
! AAAAGTGATGTTTATAGGTT+TGG + chr5.1:6164102-6164121 MS.gene21206:CDS 25.0%
! AGTATAATATTCTTCCTTTG+TGG - chr5.1:6163854-6163873 None:intergenic 25.0%
! ATATTCCTAATTTACCAGAT+AGG + chr5.1:6164382-6164401 MS.gene21206:CDS 25.0%
! GAAGAATATTATACTTGATG+TGG + chr5.1:6163859-6163878 MS.gene21206:CDS 25.0%
! TTATCCAAATCTTCTTGATA+AGG + chr5.1:6163772-6163791 MS.gene21206:intron 25.0%
!! AAAGTGAAAGTTGCTAATTT+TGG + chr5.1:6163974-6163993 MS.gene21206:CDS 25.0%
!! AGAAATATTCTTGCTTTAAG+AGG + chr5.1:6163675-6163694 MS.gene21206:CDS 25.0%
!! GATTTTTCATCGCAATATTA+AGG + chr5.1:6163922-6163941 MS.gene21206:CDS 25.0%
!! TTTTCACAGAAGAATATGAT+AGG + chr5.1:6163513-6163532 MS.gene21206:CDS 25.0%
!!! TTTTTATTTGGATACTAGAG+GGG + chr5.1:6163605-6163624 MS.gene21206:CDS 25.0%
AATCTTCTTGATAAGGCTAA+TGG + chr5.1:6163779-6163798 MS.gene21206:intron 30.0%
ATAGTGTAAAACGTAAGAGA+AGG + chr5.1:6163718-6163737 MS.gene21206:intron 30.0%
ATATATCAGAGCTAGTGATA+AGG + chr5.1:6163479-6163498 MS.gene21206:CDS 30.0%
ATCAAGCAGTTAAAGATGAA+GGG + chr5.1:6164247-6164266 MS.gene21206:CDS 30.0%
ATTATACTTGATGTGGCTAA+AGG + chr5.1:6163866-6163885 MS.gene21206:CDS 30.0%
CTGAGAAAAGTGATGTTTAT+AGG + chr5.1:6164097-6164116 MS.gene21206:CDS 30.0%
TTATACTTGATGTGGCTAAA+GGG + chr5.1:6163867-6163886 MS.gene21206:CDS 30.0%
! AATGAATTCACCAGTTGTTT+TGG + chr5.1:6164170-6164189 MS.gene21206:CDS 30.0%
! TAAGGCGACAATTATACTTT+TGG + chr5.1:6163940-6163959 MS.gene21206:CDS 30.0%
! TATCAGTTAATGGTGCTAAT+AGG + chr5.1:6163819-6163838 MS.gene21206:intron 30.0%
!! TTAGCCTTATCAAGAAGATT+TGG - chr5.1:6163779-6163798 None:intergenic 30.0%
!!! AATTTTGGTTTGGCAAAACA+AGG + chr5.1:6163989-6164008 MS.gene21206:CDS 30.0%
!!! GAAAGTTGCTAATTTTGGTT+TGG + chr5.1:6163979-6163998 MS.gene21206:CDS 30.0%
AACACTTTCAGATGGAACTT+TGG + chr5.1:6163566-6163585 MS.gene21206:CDS 35.0%
AAGAATATGATAGGTCAAGG+TGG + chr5.1:6163522-6163541 MS.gene21206:CDS 35.0%
AATTCTTTGTGCTCATGCAA+TGG + chr5.1:6164305-6164324 MS.gene21206:CDS 35.0%
AGAAAAGATTCATGACCAAG+TGG - chr5.1:6164414-6164433 None:intergenic 35.0%
ATATTGCGATGAAAAATCGG+CGG - chr5.1:6163920-6163939 None:intergenic 35.0%
CAGAAGAATATGATAGGTCA+AGG + chr5.1:6163519-6163538 MS.gene21206:CDS 35.0%
GAGGCAATTAAGATGTTAGA+AGG + chr5.1:6164351-6164370 MS.gene21206:CDS 35.0%
GATCAAGCAGTTAAAGATGA+AGG + chr5.1:6164246-6164265 MS.gene21206:CDS 35.0%
GTGATACTTGAGATAATGAG+TGG + chr5.1:6164129-6164148 MS.gene21206:CDS 35.0%
TACAAAGGAACACTTTCAGA+TGG + chr5.1:6163558-6163577 MS.gene21206:CDS 35.0%
TGTCCATATAAAGCATACTC+AGG - chr5.1:6164072-6164091 None:intergenic 35.0%
TTAATTGCCTCAGCAATAGT+AGG - chr5.1:6164342-6164361 None:intergenic 35.0%
TTGGCAAAACAAGGTAATGA+AGG + chr5.1:6163998-6164017 MS.gene21206:intron 35.0%
! AACCTTTCCATGATTTTCTC+TGG - chr5.1:6164273-6164292 None:intergenic 35.0%
! TCATCAACTTTCCCTGATTT+TGG - chr5.1:6164219-6164238 None:intergenic 35.0%
AACAAGAGTAGCTGGACATA+TGG + chr5.1:6164036-6164055 MS.gene21206:intron 40.0%
AGATTCATGACCAAGTGGAA+CGG - chr5.1:6164409-6164428 None:intergenic 40.0%
ATGGAAAGGTTTGTACCTGT+TGG + chr5.1:6164282-6164301 MS.gene21206:CDS 40.0%
ATTAAGGCCTACTATTGCTG+AGG + chr5.1:6164332-6164351 MS.gene21206:CDS 40.0%
CTCATGCAATGGTTGCATTA+AGG + chr5.1:6164316-6164335 MS.gene21206:CDS 40.0%
CTTGGACACTTCCAAAATCA+GGG + chr5.1:6164205-6164224 MS.gene21206:CDS 40.0%
GCACCTGAGTATGCTTTATA+TGG + chr5.1:6164066-6164085 MS.gene21206:intron 40.0%
TGAGCACAAAGAATTCCAAC+AGG - chr5.1:6164300-6164319 None:intergenic 40.0%
! ATGGTGCTAATAGGCTAACT+TGG + chr5.1:6163828-6163847 MS.gene21206:CDS 40.0%
!!! AGTTGTTTTGGTCACTGATC+GGG + chr5.1:6164182-6164201 MS.gene21206:CDS 40.0%
!!! CAGTTGTTTTGGTCACTGAT+CGG + chr5.1:6164181-6164200 MS.gene21206:CDS 40.0%
ACGGGCCTATCTGGTAAATT+AGG - chr5.1:6164390-6164409 None:intergenic 45.0%
ATAGGCTAACTTGGCCACAA+AGG + chr5.1:6163837-6163856 MS.gene21206:CDS 45.0%
ATGATAGGTCAAGGTGGTGA+TGG + chr5.1:6163528-6163547 MS.gene21206:CDS 45.0%
CATCTCACAACAAGAGTAGC+TGG + chr5.1:6164028-6164047 MS.gene21206:intron 45.0%
CGATCAGTGACCAAAACAAC+TGG - chr5.1:6164183-6164202 None:intergenic 45.0%
GATTCATGACCAAGTGGAAC+GGG - chr5.1:6164408-6164427 None:intergenic 45.0%
GCTTGGACACTTCCAAAATC+AGG + chr5.1:6164204-6164223 MS.gene21206:CDS 45.0%
GGCCAGAGAAAATCATGGAA+AGG + chr5.1:6164268-6164287 MS.gene21206:CDS 45.0%
TGAAGGGCCAGAGAAAATCA+TGG + chr5.1:6164263-6164282 MS.gene21206:CDS 45.0%
!! GGTGATGGTGTTGTGTACAA+AGG + chr5.1:6163543-6163562 MS.gene21206:CDS 45.0%
AGCAGAAGGGAAAGGGAAAG+TGG - chr5.1:6164449-6164468 None:intergenic 50.0%
! TTTTGGTCACTGATCGGGCT+TGG + chr5.1:6164187-6164206 MS.gene21206:CDS 50.0%
CCAAGTGGAACGGGCCTATC+TGG - chr5.1:6164399-6164418 None:intergenic 60.0%
CCAGATAGGCCCGTTCCACT+TGG + chr5.1:6164396-6164415 MS.gene21206:CDS 60.0%


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr5.1 gene 6163471 6164470 6163471 ID=MS.gene21206
chr5.1 mRNA 6163471 6164470 6163471 ID=MS.gene21206.t1;Parent=MS.gene21206
chr5.1 exon 6163471 6163729 6163471 ID=MS.gene21206.t1.exon1;Parent=MS.gene21206.t1
chr5.1 CDS 6163471 6163729 6163471 ID=cds.MS.gene21206.t1;Parent=MS.gene21206.t1
chr5.1 exon 6163825 6164010 6163825 ID=MS.gene21206.t1.exon2;Parent=MS.gene21206.t1
chr5.1 CDS 6163825 6164010 6163825 ID=cds.MS.gene21206.t1;Parent=MS.gene21206.t1
chr5.1 exon 6164067 6164470 6164067 ID=MS.gene21206.t1.exon3;Parent=MS.gene21206.t1
chr5.1 CDS 6164067 6164470 6164067 ID=cds.MS.gene21206.t1;Parent=MS.gene21206.t1
Gene Sequence

>MS.gene21206

ATGGTTTCATATATCAGAGCTAGTGATAAGGCTGCAAACAAGTTTTCACAGAAGAATATGATAGGTCAAGGTGGTGATGGTGTTGTGTACAAAGGAACACTTTCAGATGGAACTTTGGTTGCAGTGAAAGTCATTTTTTATTTGGATACTAGAGGGGATGAAGAGTTTTGCTATGAAGTTGAGATTACTAACAAAATAAAGCATAGAAATATTCTTGCTTTAAGAGGTTGTTGTGTTACAACAAGTCATAGTGTAAAACGTAAGAGAAGGTTTTTAGTTTATGATTTGTAACAATTATCAGTTATCCAAATCTTCTTGATAAGGCTAATGGAAGTTTAAGTTATCAATTATCAGTTAATGGTGCTAATAGGCTAACTTGGCCACAAAGGAAGAATATTATACTTGATGTGGCTAAAGGGCTAGCTTATTTGCATTATGAAATCAAACCGCCGATTTTTCATCGCAATATTAAGGCGACAATTATACTTTTGGATTCGAAAATGAAAGTGAAAGTTGCTAATTTTGGTTTGGCAAAACAAGGTAATGAAGGACAATCTCATCTCACAACAAGAGTAGCTGGACATATGGTTGTTTAGCACCTGAGTATGCTTTATATGGACAACTAACTGAGAAAAGTGATGTTTATAGGTTTGGCATTGTGATACTTGAGATAATGAGTGGTAGAAAAGTGCTTGATACAATGAATTCACCAGTTGTTTTGGTCACTGATCGGGCTTGGACACTTCCAAAATCAGGGAAAGTTGATGAAATATTTGATCAAGCAGTTAAAGATGAAGGGCCAGAGAAAATCATGGAAAGGTTTGTACCTGTTGGAATTCTTTGTGCTCATGCAATGGTTGCATTAAGGCCTACTATTGCTGAGGCAATTAAGATGTTAGAAGGTGATATTGATATTCCTAATTTACCAGATAGGCCCGTTCCACTTGGTCATGAATCTTTTCTATCATATTTGATCCACTTTCCCTTTCCCTTCTGCTAA
Protein sequence

>MS.gene21206.t1

MVSYIRASDKAANKFSQKNMIGQGGDGVVYKGTLSDGTLVAVKVIFYLDTRGDEEFCYEVEITNKIKHRNILALRGCCVTTSHSVKLNGANRLTWPQRKNIILDVAKGLAYLHYEIKPPIFHRNIKATIILLDSKMKVKVANFGLAKQAPEYALYGQLTEKSDVYRFGIVILEIMSGRKVLDTMNSPVVLVTDRAWTLPKSGKVDEIFDQAVKDEGPEKIMERFVPVGILCAHAMVALRPTIAEAIKMLEGDIDIPNLPDRPVPLGHESFLSYLIHFPFPFC