Alfalfa Gene Editing Database
Nr:
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---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MS.gene29513.t1 | XP_003616465.1 | 96.8 | 1359 | 44 | 0 | 1 | 1359 | 1 | 1359 | 0.00E+00 | 2591.2 |
Swissprot:
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---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MS.gene29513.t1 | Q42510 | 72.2 | 1354 | 367 | 6 | 5 | 1354 | 3 | 1350 | 0.0e+00 | 1919.8 |
Trembl:
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---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MS.gene29513.t1 | G7KGU6 | 96.8 | 1359 | 44 | 0 | 1 | 1359 | 1 | 1359 | 0.0e+00 | 2591.2 |
TFs/TRs:
Protein Kinases:
Network:
Co-expression Network:
Gene1 | Gene2 | correlation coefficient | p_value | FDR |
---|---|---|---|---|
No data available in table |
PPI:
Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MS.gene29513.t1 | MTR_5g080650 | 98.013 | 1359 | 27 | 0 | 1 | 1359 | 1 | 1359 | 0.0 | 2765 |
MS.gene29513.t1 | MTR_3g068140 | 78.212 | 1331 | 287 | 3 | 1 | 1328 | 1 | 1331 | 0.0 | 2179 |
MS.gene29513.t1 | MTR_3g068130 | 75.272 | 1379 | 332 | 8 | 4 | 1374 | 2 | 1379 | 0.0 | 2121 |
MS.gene29513.t1 | MTR_6g086260 | 39.941 | 1347 | 707 | 24 | 31 | 1354 | 32 | 1299 | 0.0 | 904 |
MS.gene29513.t1 | MTR_5g080660 | 88.115 | 244 | 18 | 3 | 1391 | 1633 | 1 | 234 | 1.51e-143 | 441 |
MS.gene29513.t1 | MTR_8g036080 | 26.468 | 1107 | 675 | 29 | 303 | 1304 | 334 | 1406 | 1.51e-95 | 343 |
MS.gene29513.t1 | MTR_7g075030 | 24.763 | 1369 | 819 | 38 | 103 | 1304 | 81 | 1405 | 7.61e-94 | 337 |
MS.gene29513.t1 | MTR_5g099310 | 25.171 | 1319 | 815 | 43 | 95 | 1306 | 74 | 1327 | 5.00e-86 | 312 |
MS.gene29513.t1 | MTR_5g099310 | 25.652 | 1150 | 709 | 37 | 95 | 1159 | 74 | 1162 | 5.14e-83 | 299 |
MS.gene29513.t1 | MTR_4g124430 | 23.858 | 1270 | 781 | 41 | 115 | 1304 | 138 | 1301 | 2.39e-65 | 246 |
Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MS.gene29513.t1 | AT1G13980 | 71.605 | 1377 | 378 | 8 | 4 | 1374 | 2 | 1371 | 0.0 | 2007 |
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MS.gene29513.t1 | AT5G39500 | 62.138 | 1347 | 473 | 11 | 28 | 1359 | 25 | 1349 | 0.0 | 1696 |
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MS.gene29513.t1 | AT5G19610 | 37.802 | 1365 | 729 | 26 | 31 | 1354 | 14 | 1299 | 0.0 | 874 |
MS.gene29513.t1 | AT1G01960 | 26.371 | 1058 | 633 | 25 | 355 | 1304 | 367 | 1386 | 9.51e-90 | 324 |
MS.gene29513.t1 | AT3G60860 | 23.586 | 1361 | 840 | 41 | 98 | 1304 | 88 | 1402 | 1.07e-83 | 305 |
MS.gene29513.t1 | AT4G38200 | 24.661 | 1253 | 773 | 37 | 159 | 1306 | 131 | 1317 | 2.68e-82 | 300 |
MS.gene29513.t1 | AT4G35380 | 24.063 | 1388 | 869 | 43 | 40 | 1306 | 17 | 1340 | 7.73e-77 | 283 |
MS.gene29513.t1 | AT4G38200 | 26.039 | 818 | 498 | 23 | 561 | 1306 | 115 | 897 | 3.64e-66 | 247 |
Find 319 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
---|---|---|---|
AAAATGCTTCAAGCACCCTC+TGG | 0.475715 | 5.3:-64989681 | None:intergenic |
AAAATTAGATGGAAGTATGT+GGG | 0.581929 | 5.3:-64991222 | None:intergenic |
AAACCCGTCAAATCATCAGA+AGG | 0.629185 | 5.3:+64999564 | MS.gene29513:CDS |
AAAGATGTTGCAGAATATTG+AGG | 0.559616 | 5.3:+64991397 | MS.gene29513:CDS |
AAAGGCTAAGATTGACTCCT+CGG | 0.507561 | 5.3:-64990262 | None:intergenic |
AAAGGCTGGAGATACAAGAC+AGG | 0.539595 | 5.3:-64984089 | None:intergenic |
AAAGGTCTTCAGTTTCTTCA+AGG | 0.411638 | 5.3:+64989427 | MS.gene29513:CDS |
AAATCATCAGAAGGTACCAT+TGG | 0.576544 | 5.3:+64999573 | MS.gene29513:CDS |
AAATGATCATCATAGATTTC+TGG | 0.240116 | 5.3:+65006603 | MS.gene29513:CDS |
AAATGGAAGCACCGCTTTAA+AGG | 0.314011 | 5.3:+64984532 | MS.gene29513:CDS |
CRISPR-GE
Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
---|---|---|---|---|---|
chr5.3 | gene | 64983819 | 65006726 | 64983819 | ID=MS.gene29513 |
chr5.3 | mRNA | 64983819 | 65006726 | 64983819 | ID=MS.gene29513.t1;Parent=MS.gene29513 |
chr5.3 | exon | 64983819 | 64984559 | 64983819 | ID=MS.gene29513.t1.exon1;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | CDS | 64983819 | 64984559 | 64983819 | ID=cds.MS.gene29513.t1;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | exon | 64988425 | 64991746 | 64988425 | ID=MS.gene29513.t1.exon2;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | CDS | 64988425 | 64991746 | 64988425 | ID=cds.MS.gene29513.t1;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | exon | 64999508 | 64999594 | 64999508 | ID=MS.gene29513.t1.exon3;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | CDS | 64999508 | 64999594 | 64999508 | ID=cds.MS.gene29513.t1;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | exon | 65005975 | 65006726 | 65005975 | ID=MS.gene29513.t1.exon4;Parent=MS.gene29513.t1 |
chr5.3 | CDS | 65005975 | 65006726 | 65005975 | ID=cds.MS.gene29513.t1;Parent=MS.gene29513.t1 |
Gene Sequence |
>MS.gene29513 ATGGCACATGCGAAGTTGCAAATGCAAACTGATATCAATGCAATGGAAGAGGAAGCTGGGCAGTGTGGTGTTGGATACCTTAGCAGAACTTCTGTGGCATGCATGATCAATGCAGAAATTGGTGCTGTTTTGGCGGTCATGCGAAGAAATGTTAGATGGGGTGTTCATTATATGTCGGATGATGATCAATTGGAGCATTCCCTTGTTCAATCTTTAAAGGCATTAAGGAGGGAAATTTTTTCTTGGCAGAGTCAGTGGCATGTCATAAACCCTGTCTTGTATCTCCAGCCTTTTCTGGATGTGATTCAATCTGATGAAACTGGTGCACCAATTACTGGTGTTGCTCTGTCGTCTGTTTACAAGATTTTAACTTTGGATGTAATTGATCAAAACACTATCAATGTTGGGGATGCCATGCACTTGGTAGTCGAGGCTGTTACAAGTTGCAGATTTGAGGTGACGGATCCAGGATCCGAAGAAGTGGTGTTGATGAAGATATTGCAAGTTCTTCTAGCATGTGTAAAAAGTAAAGCATCTGTGATGCTAAGTAACCAACATATCTGCACCATAGTAAACACTTGTTTCCGTATAGTTCATCAGGCGGGAACCAAAAGTGAGTTGTTGCAGAGGATAGCGCGCTACACTATGCATGAACTTGTCCGCACAATTTTCTCTCACCTCCAAGACATTGATGTCACAGAGCATGCTTTGGTAAATGGAAGCACCGCTTTAAAGGAAGAGGTATAAATGTTGTGTTACCTTTGCCCTGTTTCTTGCAATCATCTTCTATTTTTGTGACTATTCCATCAGTTGCTACTTTTTAGCGAGGAACATGATTATGAGGAATAATAGGGACCTTAGTGTGGGGTTACAATTCAAATTTATGCTAAAATTTTTGTTACGATGATGTTTTTATTCATTTATCTTCAGCTGACAAATCATAAATCATTGAAACTTACCATATTTTTCTCTTCTTACATTATTGTTAATCACTTTCAATTTTCTAATTTCCATTATTTATTATCGGACAAAACTTAGGTGCATTTCTTTAGGTGCTTTTTATGCTTTTCTTAACTACTCATGATTTCTTCAAACCCATAATTTTCTCAACGTTTGTTTTAACCATAATTTTCTTCAAACTTAAGTGTATTTTGAGAAAAGCAGGAAAAGCTCCTAAGATAAAGGAACCTAAGTTTTGTCCTTTATTATTCCCCTACAAATTGTGTGGTGGTATTTTTGGATTTTAGTATATCATACAATGTTTGATCAGCTTATTAAAACCTAGCTTCTGACTAAGTTTGTAGTCTGACCTAAAATGAACTAAGACCTGCCTTACTGACTTCCCTTCAAATGTAGGAGTGAGACTAATGATTGAGTTATTGTTTTAGATCAAGACCTTGAAAGGTTTTAGGTAGATTCTCTAGATCATACCAGGAAAGAAGGAAATATTTTAGGAGTAATATTATTTAGACATACGTACTGAACACATCCAGATCCAGGAGATGGTGTCACAACGCCTTCTTTCTTCAGATAATATAGTTTTAGTTGGAAATCAAGAGAAAAAGTTAATAGGAAGTCAAAGATATGGGGACAAGCCTGTGAAAACACGATTTCGGGTAAATCACTGTCAAATGCAAGTTTAGCAAGAGACTAACATCTAGCTTAGAGGAAAAAAGTTGTGGAACCATCATGCACAATGATGGGGAGATAGAGGGAGATATCAAACCATAGGATATAGGCAAGGATGGCTAAAATACAAGAATGCTCTAGGAGTGATTTGTGATTGAAAAATACCACTCAAGCTCAGAGAGATATTATATCTATATCACACATTTGTAAAACCTGCATTGTTATACGACGAGACTAGATGTTGGGTTGTAAAGAGTCGCAAGAAAGTAAACTCAGTGACGCAGAGATAGAATGGTATGATGGATTAGTGCTGCGCTAGACAGTAGAAATAGAAATGCAATCATCAGAGAGAAAATTGTGGTAGCTTCCATCGTAAAAGAGATGGTAGACTGTTATCTTGGGTGATTTAGACAAGTTTGGAGTTAGGTTATCAAGAGTTCGCTATAATGGTTGAAGACTTCAGTAGAGTGGTTTAGAGGTGTGCTATAGCCTATAGGGTAATATAAGGGGTTGAAAGAAAATACCATGAGCAGCCATGCGACCCTAGCCTCCTCTCCACCAGCCCCAACCTTTTTATTTTCTACCTCTTTTTTGGGCAAAAGACCACCATCCAAAGTTCAATTAGCTGTGCTTTTCTGCTCTTTAAGTAGAATATTTATTTGAATTTTTAATGTTTAGTTACTTTAATTTAAGCCTTAGAGGCTTAAACTTGTTGAATTCCTTGACTTATGTTGGTATTTACTTCTATGTTTTCCTTAATACCTGTGAGTTTCTTTATTAATTACTTATGAATATTTCATGAAACACAAGTAATTCTTTTAATTCTTCAGTATCAAATATTTATTAAGCCTTAAAAACTACATAATAGATGTCAGCTCGCTATGCGCTATCCTGCTATAGTGTTTTTGGGGTCGGCCACCATTAGAGTTTATAACCACAGTGTGTAGAAGACTGGTAGAGAGATTGGTTGGGAGGGTTGATTAGATGAAGTATAATCCAATAGTTAGCAGTGTTGTCAAATATTGGCTTTCCGCCATGGCCAATTTTGTTAAGGATAGCGGCGCCATTTGTCAGCCGGTATATCGGATTTCTGGCTCTCCGCCATGGTCCGCCATCCTCCATTGACCAGTGGATGATCCAAGAATTTTTTTATGAGGGGGCCGTAATTTTAAAATACATATTTAATATGTCACTATAATTTTAATCTACAGCTACATGTTAAGTGGTTTGGATGTTTGTATTTTCCAACCCAAATACGCATTTTCATGGCCTTTTTTGTATTAAAATACAAAAAATACTGCTGATAGGCTAAAAATGACCAAACTGAGGATCGAACACACGACCTAATTTTATGAGGGGGCCGTAATTTTAAAATACGTATTTAATATGTCACTATAATTTTAATCTACAGCTACATGTCAAGTGGTTTGGATGTTTGTATTTTCCAACCCAAATACGCATTTTCATGGCCTTTTTTGTATTAAAATACAAAAAATACTGCTGATAACCTAAAAATGACCAAACTGAGGATCGAACACACGACCTCCTAAAGCTTATATGTGAGTTGCATGACCACTGCGCCGGATTACATATGAAGGATATGTTATGCAAACGTTAGTATATATATCATATAACAATTAGATAAAATGTGTTTATATTACCTACTAAAAATGAAATTTTTGAGACTTTGGGGAGGCCCTGACCCTCCCTAGTCCCCCCTGGATCCGCCTCTGCCATTGACAACACTGATAGTGGCAAAAGGAGACTGAGAAAAACCATTAGAAGAGACTTAGTTAATTATCTATTTTTGTACATTCTACTACTTGATTGGCTATTATGACATCATTTTTAATAAGTATATGTAGCAACCCTTAATATGTAGCATTTTTACCCCTTTTAAACTTGGGCATAATAATAAAACTAAATGAGGAAATTTCTACAACTTCCCGTAGTCCGCATAGTCAGGCAGATTTTGAGTAAATTAACAAGGGGGACCATTGTGAAAGATTTAACGATGAGTAGGGCTTAATTGATATTTTTCGTTCTTGCAAAAAACCGGAAAAGCAATTTCTTTTGAATAAAAGAAGGGGTTAATACCTCCTCACCTTTAAGGTAGTGCCACCCCTGCATGTTGTATGCTATAGGACTTCAACTGTATTACAATTACCCTAAAATTTCCTAAAGTACTCAATAGAATCCCTAAATATAAAATCTATGAAAATTCCATGAAAATGATAAGAGACCTAGAAATGTTATGTTGACAATTTTTTGGTTCTCCAACACCGTATATATACCGTATAAGTACTGTTTCATTTTAATTAGTTGTTTCTCTCTCTCATAGTCACACTCACATCAATGATATAAACTGTTTATTTTTATACGGTTTGTCAAATAGTTGTTGATTTTTATTTTAGATGTTCAAATAACATTACTCTAAATATAACTGTCCATGTCTTTTCCTGCACCACGTTCTTGTTGGCTGTTGCACCTCCATGAATGGGGAAAAACATTAAAGGTGTGTTTGGATGGAGGGTTTAGGAGGGGAAGGGAGGGGAGGGGAGGGGAGGGCTTACTTTTCTTTTTTAAATTACCGACATTATAAAACGAATTTTAGAAAATTGAATTCACAACATGATTAATGATTATATAATACTTCAAAAACACTTAATTTATTTTAAAAAAACATTTTACATTGTTCGTAATTTAAAAATTAAAAGTGAACCCTCCCCTCTCTTCCCCTCCTAAACCCTCTATCCAAACACACCCAAAAGAGAGTAATTGTTAGTTCGTGTATGTAAGTAAGAGGTTTCTTAATGTATGCAAATACTGATATTTTTATAGTTAATGCTGCAAATTTTCAAAGGGATGCTTTTAGTTGTCATATAAATCAAACTGATCTACTGATGCAAAATTTGACAGCGAGAACATGTATGAACATGTGTATCTAATAACTGATAGCTTTTTATTTTTTTGACAGATTGATGGGCAAAAAAATGAGCATAATTCTACGCACAATCAATTGGAAAATGGTAGTTTGATTTCAGCCAGTGATAGTCAATCTGTATCCACAGACATTGCTTCCAATATCGTGAGTGATGTAGCAGCAGTTATAGTGGATGCAAACACAGCTACGAGCAGTGGCAAGGAGACTGATCTTAATAAACAGCTCATGAATGAACCGCATGGGATTCCCTGCTTGCTGGAAATATTTCACTTCTTATGTTCACTGTTGAATGTTGGTGAGCATATGGGAATGAGTCCTCGATCTAACACAATAGCATTTGATGAAGACGTTCCCCTTTTTGCCTTAACATTGATTAATTCAGCCATAGAGTTGGGAGGTTCTTCCTTTCACCGACACCCTAGATTGT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