AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene42936

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GCAAGTGACTCTAAGGATTT+TGG 0.185099 6.4:+43567597 None:intergenic
GAAGCATTGGATATACTATT+TGG 0.185409 6.4:+43568479 None:intergenic
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TCAATCCCTGGTACAATTAA+AGG 0.188710 6.4:-43568107 MS.gene42936:CDS
GTTAATGAACCTATGGTTTC+AGG 0.193521 6.4:+43567741 None:intergenic
TTCATTTGTTGGCTTCTTTC+CGG 0.199376 6.4:+43566187 None:intergenic
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AAGGGAATCATTTCAGTTAA+AGG 0.217002 6.4:-43566251 MS.gene42936:CDS
CTTCCATCAAATTTGGGATT+TGG 0.221357 6.4:-43568557 MS.gene42936:CDS
TCTCAAAGAGATGTTGAAAA+TGG 0.236929 6.4:+43579209 None:intergenic
AATTGTTGTGTTAGGCATTT+TGG 0.237486 6.4:-43567373 MS.gene42936:CDS
TTTCAATTTAATCTTCTCTT+TGG 0.238336 6.4:-43584073 MS.gene42936:CDS
TCCCACAACACTTGGTGATT+TGG 0.245973 6.4:-43567670 MS.gene42936:CDS
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CTCGAATTTCTCAACATAAA+TGG 0.262233 6.4:-43568380 MS.gene42936:CDS
GTAAGATCACCAATTTCTTT+TGG 0.264446 6.4:+43584115 None:intergenic
TTGATGAGCTTTGTGAAATT+AGG 0.273757 6.4:-43568028 MS.gene42936:CDS
TTACTTGGAAGGGGTGGTTT+TGG 0.277987 6.4:-43567207 MS.gene42936:CDS
GGAATTATGCCTGATTCTTT+AGG 0.282785 6.4:-43568416 MS.gene42936:CDS
TCTGAAAACATTTCATTTGT+TGG 0.288817 6.4:+43566176 None:intergenic
TGACACCAGTAAGAAGATTA+TGG 0.297922 6.4:+43567622 None:intergenic
AGGACATATACCATCTGATT+TGG 0.298352 6.4:-43583822 MS.gene42936:CDS
TTAGCAAATAACTCCTTATC+AGG 0.299223 6.4:-43585807 MS.gene42936:intron
AAACTTCAACAATTGGATAT+TGG 0.303009 6.4:-43586044 MS.gene42936:CDS
TCATAATAGGAAATCCTTCT+TGG 0.310728 6.4:+43567267 None:intergenic
TTGCAATAACGCCAAACTTT+TGG 0.311916 6.4:+43583887 None:intergenic
GGAGAAATTCCAAAAGAAAT+TGG 0.313528 6.4:-43584124 MS.gene42936:CDS
TCGAATGCATAAAAGGAAAA+AGG 0.314630 6.4:-43567331 MS.gene42936:CDS
ATCACTAGAGATTTGAAATC+AGG 0.316977 6.4:+43567024 None:intergenic
TAATACTTCGAATGCATAAA+AGG 0.318810 6.4:-43567338 MS.gene42936:CDS
AATCCTTGACATAAATTTGA+TGG 0.330840 6.4:+43583962 None:intergenic
AAGATAGGCAAGTGACTCTA+AGG 0.332414 6.4:+43567590 None:intergenic
AGATAGAGTAATCTAAGATT+TGG 0.334999 6.4:+43583938 None:intergenic
TTGTCCCATAATCTTCTTAC+TGG 0.335749 6.4:-43567627 MS.gene42936:CDS
TGGAGCGTTACCAACATGTT+TGG 0.336823 6.4:-43567967 MS.gene42936:CDS
CAAACACGACTAGTTCTTGT+AGG 0.338707 6.4:+43568525 None:intergenic
AAAATTGATACTTTCAAGAT+AGG 0.351343 6.4:+43567575 None:intergenic
TTGGCAAGATGCCAAAAGTT+TGG 0.357999 6.4:-43583898 MS.gene42936:CDS
CACAGCTTCCATACTGGAAT+TGG 0.363149 6.4:+43566115 None:intergenic
GGCATGCTTCCATCAAATTT+GGG 0.363687 6.4:-43568563 MS.gene42936:CDS
TGCTTGCACGAGTTCATAAT+AGG 0.365097 6.4:+43567254 None:intergenic
AGGTACCATTTCTCCTCAAT+TGG 0.365762 6.4:-43586222 MS.gene42936:CDS
CTTAATAACATGGGCCTTGA+AGG 0.367546 6.4:-43586242 None:intergenic
CTCAATTCACTTATCTCAAA+TGG 0.369741 6.4:+43567813 None:intergenic
CTTATCAAAACTTCAACAAT+TGG 0.370909 6.4:-43586051 MS.gene42936:CDS
CTTAAATCTCCTAAAGAATC+AGG 0.372136 6.4:+43568407 None:intergenic
ACTTGGTGATTTGGTAAACT+TGG 0.373642 6.4:-43567661 MS.gene42936:CDS
ATATACAGAGTATGGATCTA+AGG 0.374631 6.4:-43566270 MS.gene42936:intron
CTATTTGTTAATAACATTGA+AGG 0.380898 6.4:-43579102 MS.gene42936:CDS
CAACTTCAGCTTCTAGCAAT+AGG 0.382309 6.4:-43568674 MS.gene42936:CDS
GGAGCGTTACCAACATGTTT+GGG 0.382870 6.4:-43567966 MS.gene42936:CDS
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CAATTTAAATGGAACTCTTC+CGG 0.383696 6.4:-43579166 MS.gene42936:CDS
GATAAGTCCCCTATCCTTGA+AGG 0.387772 6.4:+43586068 None:intergenic
CGGTTAGAGATAATTGAATC+AGG 0.388432 6.4:+43568147 None:intergenic
TTAGCAAATAACAAATTGTA+TGG 0.390764 6.4:-43567699 MS.gene42936:CDS
AGTTCGACATAGGATCTAAT+AGG 0.390786 6.4:-43567923 MS.gene42936:CDS
GAAGCCTAGTAATGTGTTAC+TGG 0.393787 6.4:-43566848 MS.gene42936:CDS
AGTCCAAATCCCAAATTTGA+TGG 0.399508 6.4:+43568554 None:intergenic
CTACAAGAACTAGTCGTGTT+TGG 0.399902 6.4:-43568524 MS.gene42936:CDS
AATTTCTCCAACAAAATCAT+TGG 0.401278 6.4:+43586091 None:intergenic
GAACTCGTGCAAGCAACTAA+TGG 0.405667 6.4:-43567246 MS.gene42936:CDS
CATTTAAATTGTTATAATCA+AGG 0.406238 6.4:+43579178 None:intergenic
CAGAGTTGTTAATGAACCTA+TGG 0.410921 6.4:+43567734 None:intergenic
GGAACCATTCCACATGCTAT+TGG 0.411240 6.4:-43585933 MS.gene42936:CDS
AAGGGTTAAGCTTGAAGACT+TGG 0.411969 6.4:-43566154 MS.gene42936:CDS
TGATCCACTCAAATCATTAT+CGG 0.413964 6.4:+43568127 None:intergenic
GTGATGGAGTTTATGTCAAA+TGG 0.417717 6.4:-43567006 MS.gene42936:CDS
GGACATATACCATCTGATTT+GGG 0.422866 6.4:-43583821 MS.gene42936:CDS
ATTTCCCAATTGAGGAGAAA+TGG 0.424146 6.4:+43586217 None:intergenic
GGTTGAAAGTCCACTTGAAA+GGG 0.425892 6.4:-43567310 MS.gene42936:CDS
GAGTCTCAAAGATATCTTAG+AGG 0.427266 6.4:-43567871 MS.gene42936:CDS
GAGATGTTGAAAATGGATAT+AGG 0.432399 6.4:+43579216 None:intergenic
CCTTCTTGGAACTCCTATAG+TGG 0.436575 6.4:+43567281 None:intergenic
AATAATAACAGGCTGCTGTC+TGG 0.440918 6.4:-43585879 MS.gene42936:CDS
GGTTCGATACCAATGGAGAT+TGG 0.442030 6.4:-43568707 MS.gene42936:CDS
ATTGGCGATAATAATATTGT+TGG 0.442502 6.4:-43586026 MS.gene42936:CDS
AGATAAGTTTCCAATGGACT+TGG 0.442930 6.4:+43568241 None:intergenic
GAAAGGGGTTTATCCACTAT+AGG 0.445066 6.4:-43567294 MS.gene42936:CDS
GGAAACATTCCACTAGAAAT+CGG 0.445111 6.4:-43568182 MS.gene42936:CDS
TCATCCAGTAACACATTACT+AGG 0.445494 6.4:+43566844 None:intergenic
CTTCTTGTTCTTGATCTACA+AGG 0.451703 6.4:-43586185 MS.gene42936:CDS
GTGTTTGGAAACAAACTTGT+TGG 0.451863 6.4:-43568509 MS.gene42936:CDS
AATCTTACCCTCCAAGTTGT+TGG 0.452594 6.4:+43583763 None:intergenic
GGTACCATTTCTCCTCAATT+GGG 0.453173 6.4:-43586221 MS.gene42936:CDS
CTCATGTTTCCGATTTCTAG+TGG 0.454855 6.4:+43568173 None:intergenic
TGAGTATATCATACCTGATA+AGG 0.459754 6.4:+43585794 None:intergenic
AAAGGAGATGTGTACAGCTA+TGG 0.460020 6.4:-43566233 MS.gene42936:CDS
GTAATCCACAGCTTCCATAC+TGG 0.460080 6.4:+43566109 None:intergenic
ATGTATAATGAAGCACTTTG+TGG 0.461289 6.4:-43567483 MS.gene42936:CDS
GACACCAGTAAGAAGATTAT+GGG 0.461582 6.4:+43567623 None:intergenic
GAGAAATTCCTTCAAGGATA+GGG 0.467185 6.4:-43586076 MS.gene42936:CDS
CAATCCCTGGTACAATTAAA+GGG 0.469476 6.4:-43568106 MS.gene42936:CDS
ATCAATGGCCAATTCCAGTA+TGG 0.472821 6.4:-43566123 MS.gene42936:CDS
TGCAACCCTTTAATTGTACC+AGG 0.473409 6.4:+43568101 None:intergenic
AAGATTTCCAATTAAAGCAT+TGG 0.473733 6.4:+43567836 None:intergenic
ACAGAAACTTTAGCTACTCT+TGG 0.474313 6.4:-43566751 MS.gene42936:CDS
TATAAAGGAATGCTTTCTAG+TGG 0.476990 6.4:-43567177 MS.gene42936:CDS
ACCAAATCACCAAGTGTTGT+GGG 0.479179 6.4:+43567669 None:intergenic
TTCAGTGAGACTAATTTACT+TGG 0.479750 6.4:-43567222 MS.gene42936:CDS
GTGAGACTAATTTACTTGGA+AGG 0.480297 6.4:-43567218 MS.gene42936:CDS
ATACAATTTGTTATTTGCTA+AGG 0.481617 6.4:+43567701 None:intergenic
TTCACAAAGCTCATCAATGA+TGG 0.482006 6.4:+43568034 None:intergenic
ATTTCCAAGCTCTTGGATGA+AGG 0.482394 6.4:-43566790 MS.gene42936:CDS
GAGGAGAAATGGTACCTTCA+AGG 0.484229 6.4:+43586228 None:intergenic
ATTTCCAATTAAAGCATTGG+TGG 0.484845 6.4:+43567839 None:intergenic
GGAGAAATTCCTTCAAGGAT+AGG 0.485402 6.4:-43586077 MS.gene42936:CDS
GGGAAAATTCCCACAACACT+TGG 0.486291 6.4:-43567678 MS.gene42936:CDS
ACCTCCATGTGATCAACATA+AGG 0.487218 6.4:-43567442 MS.gene42936:CDS
AAGATACAAATCTTGAAGCT+TGG 0.487438 6.4:+43583790 None:intergenic
TGCAACTTGTAAGTGAAGTA+AGG 0.488757 6.4:+43568315 None:intergenic
AAAGAGAGATTTCCCAATTG+AGG 0.494784 6.4:+43586209 None:intergenic
TACCAAATCACCAAGTGTTG+TGG 0.495795 6.4:+43567668 None:intergenic
GTCATATTAATCCGAGCCTC+CGG 0.496247 6.4:+43566014 None:intergenic
ACAATTTAGGTTCACAACAC+TGG 0.496400 6.4:-43566088 MS.gene42936:CDS
TGAGACTAATTTACTTGGAA+GGG 0.496958 6.4:-43567217 MS.gene42936:CDS
TTGTTGCAAATATTGGGGCT+TGG 0.500724 6.4:-43584010 MS.gene42936:CDS
TCAAAACTTCCCAAGTCCAT+TGG 0.501064 6.4:-43568251 MS.gene42936:CDS
GACATGTTGGAAATTGTTGT+TGG 0.503123 6.4:+43585849 None:intergenic
CTTCCATCAAATTTATGTCA+AGG 0.504750 6.4:-43583965 MS.gene42936:CDS
CTTGGTGATTTGGTAAACTT+GGG 0.508224 6.4:-43567660 MS.gene42936:CDS
AGGTTGAAAGTCCACTTGAA+AGG 0.509072 6.4:-43567311 MS.gene42936:CDS
TTGTTGGAGAAATTCCTTCA+AGG 0.512076 6.4:-43586082 MS.gene42936:CDS
GACTTGGATTAGTGAATCAA+TGG 0.513399 6.4:-43566138 MS.gene42936:CDS
CATACAATATGTTACAAGGA+AGG 0.515795 6.4:-43567551 MS.gene42936:CDS
CTGGTATTGAAGAGCCATGA+TGG 0.516548 6.4:+43566887 None:intergenic
AAATGATGACACATCTCGTC+CGG 0.517877 6.4:+43579147 None:intergenic
CCACTATAGGAGTTCCAAGA+AGG 0.518200 6.4:-43567281 MS.gene42936:CDS
TCTTTCTACCAACAACTTGG+AGG 0.518472 6.4:-43583771 MS.gene42936:CDS
GTATCTTTCTACCAACAACT+TGG 0.519719 6.4:-43583774 MS.gene42936:CDS
GTGAAGATTCACCGGAGGCT+CGG 0.521155 6.4:-43566025 MS.gene42936:CDS
TCGAACTAGATTTGAAGCAT+TGG 0.521339 6.4:+43568466 None:intergenic
CTTGAACTAAACTCTCTCTC+AGG 0.522609 6.4:-43568584 MS.gene42936:CDS
TTGGCGTTATTGCAAAGAGT+TGG 0.525367 6.4:-43583879 MS.gene42936:CDS
GTCATATTTCCCAAACATGT+TGG 0.526089 6.4:+43567957 None:intergenic
TCTCTTAGAAAGTTCGACAT+AGG 0.526745 6.4:-43567933 MS.gene42936:CDS
ATCAAGACCTCATTATCATC+GGG 0.529353 6.4:-43565966 MS.gene42936:CDS
CATCATTGTTGCAAATATTG+GGG 0.529611 6.4:-43584015 MS.gene42936:CDS
CTGAGATGGCCAATCTCCAT+TGG 0.530648 6.4:+43568698 None:intergenic
GAACGAGATTTCTATGTCGA+AGG 0.531969 6.4:+43567070 None:intergenic
GGAGTCATCCCACGATCCAT+TGG 0.532978 6.4:-43579081 MS.gene42936:CDS
CTACAAGGCAATAGTTTCCA+TGG 0.533060 6.4:-43586170 MS.gene42936:CDS
GTTAAGTTTCCCAAATCAGA+TGG 0.533621 6.4:+43583812 None:intergenic
AAGGAGATGTGTACAGCTAT+GGG 0.538595 6.4:-43566232 MS.gene42936:CDS
GATCAAGACCTCATTATCAT+CGG 0.541020 6.4:-43565967 MS.gene42936:CDS
ATGCTGATGGAAATGTTCAC+CGG 0.549398 6.4:-43566206 MS.gene42936:CDS
TACTTCAAGTGATGACATGT+TGG 0.550380 6.4:+43585836 None:intergenic
AGAGAAAATAATTCAAGTTG+AGG 0.551603 6.4:+43579123 None:intergenic
ATGTCCTTCATCCAAGAGCT+TGG 0.553863 6.4:+43566786 None:intergenic
TATACAGAGTATGGATCTAA+GGG 0.557241 6.4:-43566269 MS.gene42936:intron
TAACGATGTGCAGTTGCCAA+TGG 0.557257 6.4:+43579065 None:intergenic
GAGACTAATTTACTTGGAAG+GGG 0.558490 6.4:-43567216 MS.gene42936:CDS
ACTAATTTACTTGGAAGGGG+TGG 0.562669 6.4:-43567213 MS.gene42936:CDS
CAGCTATGGGATAATGCTGA+TGG 0.564127 6.4:-43566219 MS.gene42936:CDS
TTCTACAGATAAGTTTCCAA+TGG 0.564215 6.4:+43568235 None:intergenic
GAGATGTTGTGAAGATTCAC+CGG 0.565289 6.4:-43566033 MS.gene42936:CDS
GAAGCTGAAGTTGACTGAGA+TGG 0.567503 6.4:+43568684 None:intergenic
TTGAAATCAAATCACATCAA+AGG 0.568226 6.4:-43585954 MS.gene42936:CDS
CTTTCTACCAACAACTTGGA+GGG 0.568704 6.4:-43583770 MS.gene42936:intron
TTCAAGTCACAATGAACCAC+TGG 0.573908 6.4:+43566868 None:intergenic
TAGCAAATAACAAATTGTAT+GGG 0.576335 6.4:-43567698 MS.gene42936:CDS
GTTTATGTCAAATGGAAATG+TGG 0.576339 6.4:-43566998 MS.gene42936:CDS
TTGGTCAACTTCGTCAGTTG+AGG 0.578945 6.4:-43585914 MS.gene42936:CDS
GATAAGTTTCCAATGGACTT+GGG 0.579456 6.4:+43568242 None:intergenic
GCAATGGAGTATCTCCATCA+TGG 0.581512 6.4:-43566901 MS.gene42936:CDS
ACTCTTGGCTATGTTGCACC+AGG 0.581709 6.4:-43566736 MS.gene42936:intron
CTTGTAGATCAAGAACAAGA+AGG 0.583064 6.4:+43586186 None:intergenic
TGATTTCAAATCTCTAGTGA+TGG 0.587312 6.4:-43567022 MS.gene42936:CDS
CTTAGCTACAACGGACTGCA+AGG 0.589138 6.4:-43568059 MS.gene42936:CDS
GATTTGAGTGGATCAATCCC+TGG 0.589968 6.4:-43568119 MS.gene42936:CDS
CTTGGTTCTAATCATCTGAT+CGG 0.591859 6.4:-43583992 MS.gene42936:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
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chr6.4 CDS 43583771 43584145 43583771 ID=cds.MS.gene42936.t1;Parent=MS.gene42936.t1
chr6.4 exon 43579031 43579246 43579031 ID=MS.gene42936.t1.exon3;Parent=MS.gene42936.t1
chr6.4 CDS 43579031 43579246 43579031 ID=cds.MS.gene42936.t1;Parent=MS.gene42936.t1
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chr6.4 exon 43565962 43566284 43565962 ID=MS.gene42936.t1.exon5;Parent=MS.gene42936.t1
chr6.4 CDS 43565962 43566284 43565962 ID=cds.MS.gene42936.t1;Parent=MS.gene42936.t1
Gene Sequence

>MS.gene42936

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Protein sequence

>MS.gene42936.t1

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