AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180000954.01

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MsG0180000954.01.T01 AT5G24080 44.624 186 91 6 1 180 606 785 1.37e-41 149
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MsG0180000954.01.T01 AT4G23210 34.444 180 116 1 1 180 434 611 4.39e-27 107
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MsG0180000954.01.T01 AT5G18500 36.022 186 107 6 3 182 244 423 5.64e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT5G18500 36.022 186 107 6 3 182 244 423 5.64e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT5G18500 36.022 186 107 6 3 182 244 423 5.64e-27 106
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MsG0180000954.01.T01 AT5G18500 36.022 186 107 6 3 182 244 423 5.64e-27 106
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MsG0180000954.01.T01 AT4G23210 44.531 128 69 1 1 128 434 559 8.31e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT2G13790 36.170 188 106 6 1 180 371 552 8.51e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT4G04510 35.714 182 109 4 1 180 417 592 9.25e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT4G04510 35.714 182 109 4 1 180 415 590 9.88e-27 106
MsG0180000954.01.T01 AT1G73080 34.694 196 104 8 1 180 904 1091 1.05e-26 106
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MsG0180000954.01.T01 AT5G07180 33.889 180 114 4 1 180 631 805 8.05e-26 103
MsG0180000954.01.T01 AT4G00960 40.441 136 71 3 2 129 133 266 8.76e-26 100
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MsG0180000954.01.T01 AT4G01330 36.464 181 107 6 3 179 240 416 1.07e-25 102
MsG0180000954.01.T01 AT4G29180 40.310 129 74 2 1 129 656 781 1.08e-25 103
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MsG0180000954.01.T01 AT4G05200 32.609 184 116 3 1 180 423 602 1.91e-25 102
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MsG0180000954.01.T01 AT4G23320 35.676 185 110 5 1 180 259 439 1.91e-25 102
MsG0180000954.01.T01 AT4G23280 35.519 183 113 3 1 180 418 598 1.93e-25 102
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MsG0180000954.01.T01 AT1G67520 33.333 186 114 4 1 180 364 545 2.01e-25 102
MsG0180000954.01.T01 AT5G59260 40.816 147 79 4 1 145 431 571 2.16e-25 102
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MsG0180000954.01.T01 AT4G23270 32.240 183 119 3 1 180 402 582 3.34e-25 102
MsG0180000954.01.T01 AT4G02630 36.612 183 105 8 3 179 240 417 3.48e-25 101
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MsG0180000954.01.T01 AT2G18470 40.000 130 74 3 1 130 360 485 4.42e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT2G18470 40.000 130 74 3 1 130 360 485 4.42e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT5G01560 38.095 147 81 4 1 145 440 578 4.45e-25 101
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MsG0180000954.01.T01 AT4G34440 43.846 130 69 3 1 130 388 513 4.94e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT1G21240 34.946 186 112 5 1 182 230 410 4.97e-25 100
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MsG0180000954.01.T01 AT2G35620 39.106 179 100 5 1 179 380 549 5.63e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT2G35620 39.106 179 100 5 1 179 380 549 5.63e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT2G35620 39.106 179 100 5 1 179 380 549 5.63e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT1G09970 36.757 185 102 8 1 178 757 933 5.97e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT3G26940 39.259 135 79 2 1 134 150 282 6.18e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT3G02130 40.458 131 72 3 1 131 933 1057 6.20e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT3G02130 40.458 131 72 3 1 131 950 1074 6.21e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT5G53890 34.973 183 111 5 1 179 830 1008 6.25e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT1G29730 38.514 148 85 3 15 162 762 903 6.41e-25 101
MsG0180000954.01.T01 AT2G18890 40.741 108 62 1 19 126 164 269 6.60e-25 97.8
MsG0180000954.01.T01 AT4G00970 41.606 137 75 3 3 136 422 556 7.02e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT1G70520 34.043 188 113 5 1 180 401 585 7.25e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT5G06740 33.158 190 109 6 1 178 405 588 8.00e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT1G29730 41.406 128 72 2 1 128 716 840 8.13e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT5G06740 33.158 190 109 6 1 178 417 600 8.14e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT2G18890 34.940 166 96 5 19 180 164 321 8.45e-25 99.0
MsG0180000954.01.T01 AT2G48010 45.600 125 64 3 3 127 366 486 8.50e-25 100
MsG0180000954.01.T01 AT4G11890 32.222 180 119 2 1 179 113 290 8.62e-25 99.0
MsG0180000954.01.T01 AT4G11890 32.222 180 119 2 1 179 114 291 9.09e-25 99.0
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MsG0180000954.01.T01 AT1G48210 31.383 188 117 4 2 180 144 328 1.38e-23 95.9
MsG0180000954.01.T01 AT1G61420 40.157 127 74 1 1 127 572 696 1.41e-23 97.4
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MsG0180000954.01.T01 AT1G51880 31.148 183 116 4 1 179 667 843 2.08e-22 94.0
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MsG0180000954.01.T01 AT1G61360 38.095 126 76 1 1 126 493 616 2.61e-22 93.6
MsG0180000954.01.T01 AT1G51800 38.095 126 76 1 1 126 661 784 2.75e-22 93.6
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MsG0180000954.01.T01 AT4G23190 38.889 126 75 1 3 128 428 551 2.78e-22 93.6
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MsG0180000954.01.T01 AT1G55610 37.405 131 77 3 4 131 938 1066 3.08e-22 93.6
MsG0180000954.01.T01 AT3G09830 33.121 157 101 3 1 157 170 322 3.09e-22 92.8
MsG0180000954.01.T01 AT3G09830 33.121 157 101 3 1 157 170 322 3.09e-22 92.8
MsG0180000954.01.T01 AT3G09830 33.121 157 101 3 1 157 170 322 3.09e-22 92.8
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MsG0180000954.01.T01 AT3G13690 36.145 166 97 6 3 167 489 646 4.41e-22 93.2
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MsG0180000954.01.T04 AT5G24080 38.750 80 41 3 13 87 709 785 2.26e-11 58.5
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MsG0180000954.01.T03 AT5G24080 44.681 141 67 5 2 137 651 785 3.39e-29 111
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MsG0180000954.01.T03 AT3G09010 39.130 138 78 4 2 137 167 300 2.17e-21 88.6
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MsG0180000954.01.T03 AT1G11303 38.194 144 68 5 1 137 628 757 4.36e-21 88.6
MsG0180000954.01.T03 AT1G70530 34.783 138 85 4 1 137 442 575 6.17e-21 87.8
MsG0180000954.01.T03 AT1G70530 47.059 85 42 2 1 85 442 523 7.37e-21 87.8
MsG0180000954.01.T03 AT3G16030 35.417 144 81 3 1 137 646 784 1.05e-20 87.4
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MsG0180000954.01.T03 AT3G16030 35.417 144 81 3 1 137 667 805 1.14e-20 87.4
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MsG0180000954.01.T03 AT5G47850 35.043 117 70 3 3 116 575 688 1.44e-14 69.7
MsG0180000954.01.T03 AT4G23240 31.690 142 88 3 1 137 454 591 1.46e-14 69.7

Find 28 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 36 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATTAATAACATCATCTTTAG+AGG 0.266914 1:-13613239 None:intergenic
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GCTATAAACATCAGCCTTGT+AGG 0.295833 1:-13613527 None:intergenic
AAGGCTGATGTTTATAGCTT+TGG 0.304878 1:+13613532 MsG0180000954.01.T01:CDS
AAGAGGAACAATTGGTTATA+TGG 0.344090 1:+13613468 MsG0180000954.01.T01:CDS
GTTACAATACTGTTGTCATT+AGG 0.364371 1:-13613433 None:intergenic
TAATCAATTGATTGAAGAAA+AGG 0.374006 1:+13613645 MsG0180000954.01.T01:CDS
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AGACAAAAGTCTGAAACCTT+GGG 0.439819 1:-13613397 None:intergenic
AAGACAAAAGTCTGAAACCT+TGG 0.445300 1:-13613398 None:intergenic
TCCAAAAGGGAAAGAAAAGT+TGG 0.476463 1:-13613618 None:intergenic
CAATTGATTATAAATCCAAA+AGG 0.478888 1:-13613632 None:intergenic
GGAATTGCTTATTTGCATCA+AGG 0.493916 1:+13613307 MsG0180000954.01.T01:CDS
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GTATTTATCAAGAGAGCCGT+TGG 0.529078 1:-13613212 None:intergenic
TGATGAGAACTTTATCCCCA+AGG 0.555062 1:+13613381 MsG0180000954.01.T01:CDS
TATTTATCAAGAGAGCCGTT+GGG 0.555808 1:-13613211 None:intergenic
AATTGATTATAAATCCAAAA+GGG 0.556157 1:-13613631 None:intergenic
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ATATCGCTTGGAGTGGCTCG+TGG 0.586560 1:+13613286 MsG0180000954.01.T01:CDS
GTTTATGAATTCATGCCCAA+CGG 0.589483 1:+13613196 None:intergenic
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TGGCTTGAACGATCCGCATG+TGG 0.612206 1:-13613598 None:intergenic
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AAGAAATTTAAATCCACATG+CGG 0.641943 1:+13613585 MsG0180000954.01.T01:CDS
GTATGAGATATCGCTTGGAG+TGG 0.651673 1:+13613279 MsG0180000954.01.T01:CDS
GACAAAAGTCTGAAACCTTG+GGG 0.689570 1:-13613396 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATTGATTATAAATCCAAAA+GGG - Chr1:13613634-13613653 None:intergenic 15.0%
!! ATTAATAACATCATCTTTAG+AGG - Chr1:13613242-13613261 None:intergenic 20.0%
!! CAATTGATTATAAATCCAAA+AGG - Chr1:13613635-13613654 None:intergenic 20.0%
!! TAATCAATTGATTGAAGAAA+AGG + Chr1:13613645-13613664 MsG0180000954.01.T01:CDS 20.0%
! AAATCTTCTTAGTTGCATTA+TGG + Chr1:13613716-13613735 MsG0180000954.01.T01:CDS 25.0%
! AAGAAATTTAAATCCACATG+CGG + Chr1:13613585-13613604 MsG0180000954.01.T01:CDS 25.0%
! GAGTTGTTCTACAAAAATAT+AGG + Chr1:13613496-13613515 MsG0180000954.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTTCTACAAAAATATAGG+TGG + Chr1:13613499-13613518 MsG0180000954.01.T01:CDS 25.0%
!! CTCATCAAAAAGTATGTTAT+GGG - Chr1:13613368-13613387 None:intergenic 25.0%
!! TCATCAAAAAGTATGTTATG+GGG - Chr1:13613367-13613386 None:intergenic 25.0%
!! TCTCATCAAAAAGTATGTTA+TGG - Chr1:13613369-13613388 None:intergenic 25.0%
!!! ATATTTTTGTAGAACAACTC+AGG - Chr1:13613496-13613515 None:intergenic 25.0%
AAAATGTATGAGATATCGCT+TGG + Chr1:13613274-13613293 MsG0180000954.01.T01:CDS 30.0%
AAGAGGAACAATTGGTTATA+TGG + Chr1:13613468-13613487 MsG0180000954.01.T01:CDS 30.0%
GTTACAATACTGTTGTCATT+AGG - Chr1:13613436-13613455 None:intergenic 30.0%
AAGGCTGATGTTTATAGCTT+TGG + Chr1:13613532-13613551 MsG0180000954.01.T01:CDS 35.0%
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TATTTATCAAGAGAGCCGTT+GGG - Chr1:13613214-13613233 None:intergenic 35.0%
TCCAAAAGGGAAAGAAAAGT+TGG - Chr1:13613621-13613640 None:intergenic 35.0%
! AAGACAAAAGTCTGAAACCT+TGG - Chr1:13613401-13613420 None:intergenic 35.0%
! AGACAAAAGTCTGAAACCTT+GGG - Chr1:13613400-13613419 None:intergenic 35.0%
! TGGAATGCTTTTGATGGAAA+TGG + Chr1:13613552-13613571 MsG0180000954.01.T01:CDS 35.0%
!!! TAGCTTTGGAATGCTTTTGA+TGG + Chr1:13613546-13613565 MsG0180000954.01.T01:CDS 35.0%
GTAACTTTAACTGCAGCAAG+AGG + Chr1:13613451-13613470 MsG0180000954.01.T01:CDS 40.0%
GTATTTATCAAGAGAGCCGT+TGG - Chr1:13613215-13613234 None:intergenic 40.0%
TGAAGAAAAGGAGATCGAGA+TGG + Chr1:13613657-13613676 MsG0180000954.01.T01:CDS 40.0%
TGATGAGAACTTTATCCCCA+AGG + Chr1:13613381-13613400 MsG0180000954.01.T01:CDS 40.0%
! GACAAAAGTCTGAAACCTTG+GGG - Chr1:13613399-13613418 None:intergenic 40.0%
! GCCAACTTTTCTTTCCCTTT+TGG + Chr1:13613617-13613636 MsG0180000954.01.T01:CDS 40.0%
! GCTATAAACATCAGCCTTGT+AGG - Chr1:13613530-13613549 None:intergenic 40.0%
! TATAGGTGGAGTATCCTACA+AGG + Chr1:13613513-13613532 MsG0180000954.01.T01:CDS 40.0%
ACTGCAGCAAGAGGAACAAT+TGG + Chr1:13613460-13613479 MsG0180000954.01.T01:CDS 45.0%
GTATGAGATATCGCTTGGAG+TGG + Chr1:13613279-13613298 MsG0180000954.01.T01:CDS 45.0%
ATATCGCTTGGAGTGGCTCG+TGG + Chr1:13613286-13613305 MsG0180000954.01.T01:CDS 55.0%
TGGCTTGAACGATCCGCATG+TGG - Chr1:13613601-13613620 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 13613208 13613756 13613208 ID=MsG0180000954.01;Name=MsG0180000954.01
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Gene Sequence

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>MsG0180000954.01.T03

ATGCAAATCTTGCATTTTGATATCAAGCCCCATAACATACTTTTTGATGAGAACTTTATCCCCAAGGTTTCAGACTTTTGTCTTGCAAAGCTTTATCCTAATGACAACAGTATTGTAACTTTAACTGCAGCAAGAGGAACAATTGGTTATATGGCTCCTGAGTTGTTCTACAAAAATATAGGTGGAGTATCCTACAAGGCTGATGTTTATAGCTTTGGAATGCTTTTGATGGAAATGGCAAGTAAGCGAAGAAATTTAAATCCACATGCGGATCGTTCAAGCCAACTTTTCTTTCCCTTTTGGATTTATAATCAATTGATTGAAGAAAAGGAGATCGAGATGGATGAAATTACTGATGAGGAAAACAGCAATGTGAAGAAAATCTTCTTAGTTGCATTATGGTGTATACAGTTGATGTAA
Protein sequence

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