AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001121.01

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MsG0180001121.01.T01 AT1G66980 48.036 331 157 8 6 327 807 1131 3.34e-99 317
MsG0180001121.01.T01 AT1G66980 48.036 331 157 8 6 327 805 1129 3.54e-99 317
MsG0180001121.01.T01 AT1G66930 47.742 310 151 6 14 315 329 635 1.87e-96 300
MsG0180001121.01.T01 AT1G66930 47.742 310 151 6 14 315 538 844 2.42e-94 300
MsG0180001121.01.T01 AT1G66920 44.512 328 145 5 19 344 296 588 1.97e-87 275
MsG0180001121.01.T01 AT1G66930 43.689 309 134 6 14 315 329 604 6.59e-79 254
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MsG0180001121.01.T01 AT5G24080 44.554 303 159 6 17 315 390 687 2.90e-77 252
MsG0180001121.01.T01 AT5G24080 44.554 303 159 6 17 315 517 814 1.15e-76 253
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MsG0180001121.01.T01 AT1G56130 37.463 339 193 10 15 348 677 1001 6.98e-61 211
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MsG0180001121.01.T01 AT1G16670 40.541 296 162 9 20 306 29 319 7.44e-60 197
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MsG0180001121.01.T01 AT5G06740 37.072 321 182 9 17 323 327 641 4.58e-59 202
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MsG0180001121.01.T01 AT1G56145 39.726 292 165 7 15 301 670 955 9.21e-59 204
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MsG0180001121.01.T01 AT1G09440 36.271 295 172 7 20 305 145 432 8.61e-57 191
MsG0180001121.01.T01 AT1G67520 36.709 316 189 7 10 318 267 578 1.15e-56 194
MsG0180001121.01.T01 AT1G67520 36.709 316 189 7 10 318 267 578 1.15e-56 194
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MsG0180001121.01.T01 AT5G18500 36.301 292 176 6 20 305 154 441 1.56e-56 191
MsG0180001121.01.T01 AT5G18500 36.301 292 176 6 20 305 154 441 1.56e-56 191
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MsG0180001121.01.T01 AT1G67520 36.709 316 189 7 10 318 475 786 1.06e-55 195
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MsG0180001121.01.T01 AT4G23190 35.890 326 197 7 20 337 260 581 2.77e-55 190
MsG0180001121.01.T01 AT4G23270 35.077 325 198 8 18 334 312 631 3.03e-55 191
MsG0180001121.01.T01 AT4G23270 35.077 325 198 8 18 334 312 631 3.03e-55 191
MsG0180001121.01.T01 AT1G65790 36.246 309 181 7 35 335 524 824 3.09e-55 194
MsG0180001121.01.T01 AT1G69790 37.908 306 159 9 20 305 61 355 3.30e-55 185
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MsG0180001121.01.T01 AT1G61430 36.335 322 191 8 3 317 437 751 3.56e-55 193
MsG0180001121.01.T01 AT1G61430 36.335 322 191 8 3 317 437 751 3.56e-55 193
MsG0180001121.01.T01 AT5G63940 35.354 297 178 6 20 308 350 640 3.69e-55 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G23290 35.569 343 196 11 18 345 306 638 3.83e-55 191
MsG0180001121.01.T01 AT4G23240 35.065 308 186 7 18 317 14 315 4.08e-55 184
MsG0180001121.01.T01 AT1G01540 37.329 292 173 6 20 305 142 429 4.39e-55 187
MsG0180001121.01.T01 AT1G61430 36.335 322 191 8 3 317 460 774 4.58e-55 193
MsG0180001121.01.T01 AT4G21390 37.097 310 186 7 12 317 510 814 4.84e-55 193
MsG0180001121.01.T01 AT3G59110 34.932 292 180 6 20 305 178 465 6.00e-55 188
MsG0180001121.01.T01 AT3G14840 39.249 293 160 6 20 302 660 944 6.07e-55 194
MsG0180001121.01.T01 AT1G70740 36.957 322 183 9 4 315 34 345 6.38e-55 186
MsG0180001121.01.T01 AT1G20650 35.862 290 176 5 20 302 66 352 6.48e-55 184
MsG0180001121.01.T01 AT1G69790 37.908 306 159 9 20 305 72 366 6.54e-55 184
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MsG0180001121.01.T01 AT4G23290 35.569 343 196 11 18 345 349 681 6.68e-55 191
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 530 818 1.00e-54 192
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MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 537 825 1.05e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT5G45780 38.567 293 165 6 19 302 244 530 1.10e-54 188
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MsG0180001121.01.T01 AT4G23280 35.922 309 184 7 18 318 330 632 1.22e-54 190
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 538 826 1.25e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 595 883 1.32e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 595 883 1.32e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G11900 39.203 301 169 8 24 317 529 822 1.42e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 695 983 1.72e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G03230 37.075 294 175 5 35 323 695 983 1.72e-54 192
MsG0180001121.01.T01 AT4G23310 37.621 311 176 10 18 318 454 756 1.76e-54 191
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MsG0180001121.01.T01 AT4G04490 38.870 301 172 7 18 315 326 617 1.84e-54 189
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MsG0180001121.01.T01 AT5G40380 37.618 319 177 10 18 327 301 606 2.42e-54 189
MsG0180001121.01.T01 AT4G00970 35.562 329 190 10 5 321 319 637 2.60e-54 189
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MsG0180001121.01.T01 AT1G11303 36.977 311 172 8 20 321 497 792 4.22e-54 190
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MsG0180001121.01.T01 AT1G56720 34.247 292 182 6 20 305 167 454 5.62e-54 185
MsG0180001121.01.T01 AT1G56720 34.247 292 182 6 20 305 167 454 5.62e-54 185
MsG0180001121.01.T01 AT1G61550 36.304 303 183 6 20 317 477 774 6.25e-54 189
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MsG0180001121.01.T01 AT4G01330 36.644 292 175 6 20 305 150 437 8.25e-54 183
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MsG0180001121.01.T01 AT4G01330 36.644 292 175 6 20 305 150 437 1.34e-53 183
MsG0180001121.01.T01 AT4G04510 38.908 293 165 8 18 304 325 609 1.38e-53 187
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MsG0180001121.01.T01 AT1G77280 33.673 294 185 4 20 306 392 682 2.78e-53 187
MsG0180001121.01.T01 AT2G42960 34.932 292 180 6 20 305 171 458 2.78e-53 183
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MsG0180001121.01.T01 AT2G42960 34.932 292 180 6 20 305 171 458 2.78e-53 183
MsG0180001121.01.T01 AT2G42960 34.932 292 180 6 20 305 171 458 2.78e-53 183
MsG0180001121.01.T01 AT1G52290 37.124 299 161 11 20 302 131 418 2.83e-53 183
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MsG0180001121.01.T01 AT1G29730 38.019 313 173 8 20 321 628 930 3.43e-53 189
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MsG0180001121.01.T01 AT4G23320 35.065 308 186 8 18 317 169 470 4.18e-53 183
MsG0180001121.01.T01 AT4G21230 35.065 308 188 7 18 318 319 621 4.22e-53 185
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MsG0180001121.01.T01 AT4G11480 35.275 309 186 8 18 318 310 612 5.32e-53 185
MsG0180001121.01.T01 AT4G23320 35.065 308 186 8 18 317 190 491 5.50e-53 183
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MsG0180001121.01.T01 AT1G61420 37.000 300 175 8 25 317 489 781 5.68e-53 187
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MsG0180001121.01.T01 AT5G18610 35.739 291 174 7 20 301 71 357 1.05e-52 182
MsG0180001121.01.T01 AT5G18610 35.739 291 174 7 20 301 71 357 1.05e-52 182
MsG0180001121.01.T01 AT4G11460 33.019 318 202 6 18 327 332 646 1.10e-52 185
MsG0180001121.01.T01 AT3G55550 38.514 296 168 10 17 304 331 620 1.14e-52 185
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MsG0180001121.01.T01 AT5G42440 37.299 311 166 11 6 303 60 354 1.25e-52 178
MsG0180001121.01.T01 AT4G33430 37.838 296 165 9 19 302 323 611 1.34e-52 184
MsG0180001121.01.T01 AT1G34210 37.884 293 169 8 19 302 292 580 1.76e-52 183
MsG0180001121.01.T01 AT1G34210 37.884 293 169 8 19 302 292 580 1.76e-52 183
MsG0180001121.01.T01 AT5G59270 34.604 341 197 10 12 344 329 651 1.96e-52 184
MsG0180001121.01.T01 AT1G66150 35.714 294 171 8 21 301 577 865 2.15e-52 186
MsG0180001121.01.T01 AT5G01020 35.987 314 171 11 11 302 42 347 2.26e-52 179
MsG0180001121.01.T01 AT5G59270 34.604 341 197 10 12 344 332 654 2.50e-52 184
MsG0180001121.01.T01 AT1G61380 37.458 299 175 8 25 317 334 626 2.56e-52 183
MsG0180001121.01.T01 AT4G27300 39.931 288 162 7 36 318 506 787 2.85e-52 185
MsG0180001121.01.T01 AT4G29050 36.688 308 178 9 17 316 329 627 3.05e-52 183
MsG0180001121.01.T01 AT1G61490 35.410 305 183 8 20 317 328 625 3.14e-52 183
MsG0180001121.01.T01 AT5G59270 34.604 341 197 10 12 344 348 670 3.17e-52 184
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MsG0180001121.01.T01 AT5G54590 36.452 310 166 9 5 301 85 376 3.23e-52 179
MsG0180001121.01.T01 AT4G21410 35.030 334 191 11 22 337 222 547 3.26e-52 181
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MsG0180001121.01.T01 AT4G11470 34.385 317 194 8 18 326 330 640 5.77e-51 180
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MsG0180001121.01.T01 AT2G28990 35.517 290 177 5 18 303 565 848 7.47e-50 179
MsG0180001121.01.T01 AT5G60270 34.796 319 182 10 17 325 326 628 7.71e-50 177
MsG0180001121.01.T01 AT4G23210 42.081 221 124 3 14 233 342 559 8.82e-50 176
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MsG0180001121.01.T01 AT4G04570 44.292 219 116 4 18 233 334 549 1.12e-49 175
MsG0180001121.01.T01 AT3G53810 35.495 293 174 9 19 302 334 620 1.24e-49 176
MsG0180001121.01.T01 AT5G02290 32.440 336 203 7 20 339 56 383 1.24e-49 171
MsG0180001121.01.T01 AT5G02290 32.440 336 203 7 20 339 56 383 1.24e-49 171
MsG0180001121.01.T01 AT1G14370 34.983 303 174 8 20 305 74 370 1.26e-49 172
MsG0180001121.01.T01 AT4G00960 35.741 263 158 6 62 318 2 259 1.27e-49 168
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MsG0180001121.01.T01 AT1G23540 36.120 299 175 8 18 306 357 649 1.36e-49 177
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MsG0180001121.01.T01 AT4G02410 35.495 293 173 8 19 302 342 627 1.90e-49 176
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MsG0180001121.01.T01 AT2G01820 34.354 294 176 7 21 301 574 863 3.16e-49 177
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MsG0180001121.01.T01 AT1G48210 33.333 309 187 6 24 319 60 362 4.13e-49 169
MsG0180001121.01.T01 AT1G48210 33.333 309 187 6 24 319 60 362 4.13e-49 169
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MsG0180001121.01.T01 AT1G68690 37.374 297 161 10 20 302 365 650 7.75e-49 174
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MsG0180001121.01.T01 AT1G07570 35.000 300 174 8 20 302 56 351 1.68e-48 168
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MsG0180001121.01.T01 AT1G61430 41.202 233 131 4 3 232 460 689 1.06e-47 172
MsG0180001121.01.T01 AT1G11330 42.857 203 112 3 32 233 526 725 1.19e-47 172
MsG0180001121.01.T01 AT1G24030 33.898 295 176 10 20 300 50 339 1.34e-47 165
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MsG0180001121.01.T01 AT1G51880 36.770 291 169 9 19 303 555 836 1.52e-47 172
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MsG0180001121.01.T01 AT1G51880 37.113 291 168 10 19 303 573 854 1.74e-47 172
MsG0180001121.01.T01 AT1G51890 35.294 289 176 7 19 303 559 840 1.80e-47 172
MsG0180001121.01.T01 AT1G51880 37.113 291 168 10 19 303 581 862 1.96e-47 172
MsG0180001121.01.T01 AT2G28590 39.631 217 125 4 20 232 86 300 2.07e-47 163
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MsG0180001121.01.T01 AT5G62710 35.897 273 166 6 36 304 284 551 2.29e-47 169
MsG0180001121.01.T01 AT2G18470 36.149 296 170 10 20 304 272 559 2.33e-47 169
MsG0180001121.01.T01 AT2G18470 36.149 296 170 10 20 304 272 559 2.33e-47 169
MsG0180001121.01.T01 AT2G18470 36.149 296 170 10 20 304 272 559 2.33e-47 169
MsG0180001121.01.T01 AT2G43690 35.410 305 177 10 17 313 286 578 2.39e-47 169
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MsG0180001121.01.T01 AT1G49730 35.314 303 184 6 12 308 339 635 2.55e-47 170
MsG0180001121.01.T01 AT1G24030 33.898 295 176 10 20 300 64 353 2.63e-47 164
MsG0180001121.01.T01 AT5G37450 34.615 312 172 10 20 316 416 710 2.83e-47 171
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MsG0180001121.01.T01 AT2G43690 35.410 305 177 10 17 313 322 614 4.40e-47 169
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MsG0180001121.01.T01 AT3G23750 35.540 287 172 8 25 301 571 854 4.78e-47 171
MsG0180001121.01.T01 AT5G47070 35.714 308 169 10 20 306 74 373 5.09e-47 164
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MsG0180001121.01.T01 AT5G62710 35.897 273 166 6 36 304 318 585 5.25e-47 168
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MsG0180001121.01.T01 AT5G37450 34.615 312 172 10 20 316 595 889 8.23e-47 170
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MsG0180001121.01.T01 AT4G00330 33.882 304 179 9 13 301 100 396 8.87e-47 164
MsG0180001121.01.T01 AT4G00330 33.882 304 179 9 13 301 100 396 8.87e-47 164
MsG0180001121.01.T01 AT4G22130 33.770 305 187 8 7 301 229 528 9.12e-47 167
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MsG0180001121.01.T01 AT5G37450 34.615 312 172 10 20 316 643 937 1.12e-46 170
MsG0180001121.01.T01 AT1G51830 34.948 289 178 6 19 303 375 657 1.13e-46 168
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MsG0180001121.01.T01 AT3G46370 35.294 289 177 6 19 303 476 758 1.24e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT3G46370 35.294 289 177 6 19 303 476 758 1.24e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT1G51830 34.948 289 178 6 19 303 382 664 1.29e-46 168
MsG0180001121.01.T01 AT5G35960 33.681 288 177 8 20 302 122 400 1.30e-46 164
MsG0180001121.01.T01 AT1G55610 35.556 315 165 12 17 306 843 1144 1.45e-46 170
MsG0180001121.01.T01 AT1G55610 35.556 315 165 12 17 306 843 1144 1.45e-46 170
MsG0180001121.01.T01 AT4G21390 41.778 225 124 5 12 233 510 730 1.55e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT1G24030 34.657 277 164 9 36 300 14 285 1.66e-46 160
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MsG0180001121.01.T01 AT3G46760 36.213 301 153 12 17 302 35 311 2.00e-46 161
MsG0180001121.01.T01 AT2G14440 35.640 289 175 6 19 303 553 834 2.06e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT2G04300 34.602 289 179 6 19 303 571 853 2.09e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT1G29730 41.597 238 122 6 20 249 628 856 2.12e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT3G46330 34.375 288 182 5 19 303 531 814 2.18e-46 169
MsG0180001121.01.T01 AT5G56460 34.251 327 184 11 9 312 52 370 2.23e-46 163
MsG0180001121.01.T01 AT3G46330 34.375 288 182 5 19 303 555 838 2.30e-46 169

Find 81 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 84 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCCAAATTTATTTCCCTTTC+TGG 0.050775 1:-16279174 MsG0180001121.01.T01:CDS
TATTGAAGAGAGTAATTCTT+TGG 0.236087 1:-16279548 MsG0180001121.01.T01:CDS
TAGCTTTGGGATGTTGTTAA+TGG 0.239099 1:-16279245 MsG0180001121.01.T01:CDS
AATCCAAAAGTTTCTGATTT+CGG 0.251288 1:-16279397 MsG0180001121.01.T01:CDS
TCCAGAAAGGGAAATAAATT+TGG 0.265240 1:+16279173 None:intergenic
GGATAAAAGTAAGGCTTATT+AGG 0.273777 1:+16278965 None:intergenic
TCTTGTAGCAGTAAAATTAT+TGG 0.278750 1:-16279740 MsG0180001121.01.T01:CDS
AGTCCGAAATCAGAAACTTT+TGG 0.280938 1:+16279394 None:intergenic
TCCTTCAATGGATAAAGTTT+TGG 0.293009 1:-16279026 MsG0180001121.01.T01:CDS
CACAGATCAGGAAATGAAAT+TGG 0.304771 1:-16279104 MsG0180001121.01.T01:CDS
ACATTTCTATAGAATAGTTC+AGG 0.326702 1:+16279298 None:intergenic
AAAGCTGATGTCTATAGCTT+TGG 0.336654 1:-16279259 MsG0180001121.01.T01:CDS
TCTTTGTAAGAGTACCTTAC+TGG 0.347980 1:+16279850 None:intergenic
AAGAGGAACCATTGGATATA+TGG 0.368093 1:-16279323 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAATTGCATGCTATTTCTCT+TGG 0.377857 1:-16279517 MsG0180001121.01.T01:CDS
TCCAAAACTTTATCCATTGA+AGG 0.389083 1:+16279025 None:intergenic
AGCAACTCATGGACTTCTTA+TGG 0.391077 1:-16278902 MsG0180001121.01.T01:CDS
CTTAATGTGGTACAACTCAT+TGG 0.395469 1:-16279652 MsG0180001121.01.T01:CDS
GGCATTGAGTACTTGCATAA+TGG 0.415690 1:-16279484 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAACTAGGAAGTGGAGGTTA+TGG 0.417571 1:-16279796 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAGCTGATGTCTATAGCTTT+GGG 0.418660 1:-16279258 MsG0180001121.01.T01:CDS
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ATTGAAGAGAGTAATTCTTT+GGG 0.435157 1:-16279547 MsG0180001121.01.T01:CDS
AACTAGGAAGTGGAGGTTAT+GGG 0.439959 1:-16279795 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAAATCTTGACCGTCGGACT+TGG 0.443548 1:+16279711 None:intergenic
TGCTTGAAGAAGAAGAAGAT+GGG 0.445407 1:-16279000 MsG0180001121.01.T01:CDS
AGAGATTAGGCTGGTCCCTT+GGG 0.447904 1:+16278863 None:intergenic
ATCAATGAAATTGCTACCAT+TGG 0.452414 1:-16279688 MsG0180001121.01.T01:CDS
TCCATTGAAGGACGATCCTC+GGG 0.453361 1:+16279037 None:intergenic
AAGAGATTAGGCTGGTCCCT+TGG 0.457251 1:+16278862 None:intergenic
ATCCATTGAAGGACGATCCT+CGG 0.459503 1:+16279036 None:intergenic
ATATATGAATTCATGCCAAA+TGG 0.474711 1:-16279598 MsG0180001121.01.T01:CDS
ACCCGAGGATCGTCCTTCAA+TGG 0.480221 1:-16279038 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATAAATTTGGCTAGATTGAT+CGG 0.480331 1:+16279186 None:intergenic
ATGCTTGAAGAAGAAGAAGA+TGG 0.481678 1:-16279001 MsG0180001121.01.T01:CDS
GAACTATTCTATAGAAATGT+TGG 0.484090 1:-16279295 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAGGAAGAATTTGAATGCAT+TGG 0.488265 1:-16279209 MsG0180001121.01.T01:CDS
TAATAGCATTGTGTCATTAA+CGG 0.489327 1:-16279350 MsG0180001121.01.T01:CDS
GATTAAAATTCTCATCAAGA+AGG 0.490269 1:+16279416 None:intergenic
TCCGCTACTGGTGGATCTTG+TGG 0.495894 1:+16278944 None:intergenic
CTAGCTAGACTTTGTCCTAC+AGG 0.499280 1:-16279373 MsG0180001121.01.T01:CDS
GGATCTTGTGGATAAAAGTA+AGG 0.502888 1:+16278956 None:intergenic
ATCGATCATAAATCCAGAAA+GGG 0.509885 1:+16279161 None:intergenic
TCAACTCCAACATCCGCTAC+TGG 0.517766 1:+16278932 None:intergenic
ACAATAGCATCATGCCAGTA+AGG 0.519215 1:-16279864 MsG0180001121.01.T01:CDS
TGGGATGTTGTTAATGGAGA+TGG 0.519352 1:-16279239 MsG0180001121.01.T01:CDS
TATTGAAAATGACACAGATC+AGG 0.520526 1:-16279116 MsG0180001121.01.T01:CDS
AATCGATCATAAATCCAGAA+AGG 0.526506 1:+16279160 None:intergenic
TTCAAGACAAAACTAGGAAG+TGG 0.528475 1:-16279805 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAACAATTCAAGACAAAACT+AGG 0.538665 1:-16279811 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATGAAATTGCTACCATTGGT+AGG 0.546476 1:-16279684 MsG0180001121.01.T01:CDS
TGATCGATTACATGATGGAA+GGG 0.552358 1:-16279146 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATTTATGATCGATTACATGA+TGG 0.554464 1:-16279151 MsG0180001121.01.T01:CDS
CATTTCTATAGAATAGTTCA+GGG 0.556492 1:+16279299 None:intergenic
TTGATAATAGTAGCAACTCA+TGG 0.557923 1:-16278913 MsG0180001121.01.T01:CDS
ACGGCTGCAAGAGGAACCAT+TGG 0.562401 1:-16279331 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAATGATGATCGTGGCTTTG+TGG 0.564962 1:-16279075 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATGATCGATTACATGATGGA+AGG 0.569783 1:-16279147 MsG0180001121.01.T01:CDS
GATCCACCAGTAGCGGATGT+TGG 0.576146 1:-16278938 MsG0180001121.01.T01:CDS
TACATCAGTTAGTGATCCCA+AGG 0.586736 1:-16278879 MsG0180001121.01.T01:CDS
TTCAGGGGCCATATATCCAA+TGG 0.595705 1:+16279315 None:intergenic
TGAGTTGTACCACATTAAGA+TGG 0.602790 1:+16279656 None:intergenic
ATTGATAAAATCTTGACCGT+CGG 0.603445 1:+16279705 None:intergenic
GCTTGAAGAAGAAGAAGATG+GGG 0.604903 1:-16278999 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATTTCTCTTGGAGTAGCTCG+AGG 0.608028 1:-16279505 MsG0180001121.01.T01:CDS
ACTCCAACATCCGCTACTGG+TGG 0.611663 1:+16278935 None:intergenic
TCCACAAGATCCACCAGTAG+CGG 0.613439 1:-16278945 MsG0180001121.01.T01:CDS
GTGTCATTAACGGCTGCAAG+AGG 0.615360 1:-16279340 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAGACAAAACTAGGAAGTGG+AGG 0.627937 1:-16279802 MsG0180001121.01.T01:CDS
TTCAAAGGACAACTTCGAAG+TGG 0.633281 1:-16279766 MsG0180001121.01.T01:CDS
AAGATGGTGAATCCTACCAA+TGG 0.650697 1:+16279672 None:intergenic
TAGGATTCACCATCTTAATG+TGG 0.652397 1:-16279665 MsG0180001121.01.T01:CDS
TTGGACAAAGCCAAGTCCGA+CGG 0.652784 1:-16279721 MsG0180001121.01.T01:CDS
TCATCAAGAAGGATGTTGTG+AGG 0.655592 1:+16279427 None:intergenic
GGCAAAGAAAATGATGATCG+TGG 0.658011 1:-16279083 MsG0180001121.01.T01:CDS
GACACAATGCTATTACCTGT+AGG 0.689797 1:+16279358 None:intergenic
GTGTATACAAACAAAACCCG+AGG 0.693865 1:-16279053 MsG0180001121.01.T01:CDS
CTGGCATGATGCTATTGTCG+CGG 0.695354 1:+16279869 None:intergenic
ACATCAGTTAGTGATCCCAA+GGG 0.705370 1:-16278878 MsG0180001121.01.T01:CDS
ATTTCTATAGAATAGTTCAG+GGG 0.706965 1:+16279300 None:intergenic
AAACATTTATCAATGTACGA+CGG 0.729408 1:-16279910 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AAACAATTCAAGACAAAACT+AGG - Chr1:16278955-16278974 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! AATCCAAAAGTTTCTGATTT+CGG - Chr1:16279369-16279388 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! ACATTTCTATAGAATAGTTC+AGG + Chr1:16279471-16279490 None:intergenic 25.0%
! ATAAATTTGGCTAGATTGAT+CGG + Chr1:16279583-16279602 None:intergenic 25.0%
! ATATATGAATTCATGCCAAA+TGG - Chr1:16279168-16279187 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGAAGAGAGTAATTCTTT+GGG - Chr1:16279219-16279238 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTATGATCGATTACATGA+TGG - Chr1:16279615-16279634 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTCTATAGAATAGTTCAG+GGG + Chr1:16279469-16279488 None:intergenic 25.0%
! CATTTCTATAGAATAGTTCA+GGG + Chr1:16279470-16279489 None:intergenic 25.0%
! GAACTATTCTATAGAAATGT+TGG - Chr1:16279471-16279490 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! GATTAAAATTCTCATCAAGA+AGG + Chr1:16279353-16279372 None:intergenic 25.0%
! TATTGAAGAGAGTAATTCTT+TGG - Chr1:16279218-16279237 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
! TCTTGTAGCAGTAAAATTAT+TGG - Chr1:16279026-16279045 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
!! TAATAGCATTGTGTCATTAA+CGG - Chr1:16279416-16279435 MsG0180001121.01.T01:CDS 25.0%
AAGGAAGAATTTGAATGCAT+TGG - Chr1:16279557-16279576 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
AATCGATCATAAATCCAGAA+AGG + Chr1:16279609-16279628 None:intergenic 30.0%
ATCAATGAAATTGCTACCAT+TGG - Chr1:16279078-16279097 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
ATCGATCATAAATCCAGAAA+GGG + Chr1:16279608-16279627 None:intergenic 30.0%
ATTGATAAAATCTTGACCGT+CGG + Chr1:16279064-16279083 None:intergenic 30.0%
GGATAAAAGTAAGGCTTATT+AGG + Chr1:16279804-16279823 None:intergenic 30.0%
TATTGAAAATGACACAGATC+AGG - Chr1:16279650-16279669 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
TCCAAAACTTTATCCATTGA+AGG + Chr1:16279744-16279763 None:intergenic 30.0%
TCCAGAAAGGGAAATAAATT+TGG + Chr1:16279596-16279615 None:intergenic 30.0%
! TCCTTCAATGGATAAAGTTT+TGG - Chr1:16279740-16279759 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
! TTGATAATAGTAGCAACTCA+TGG - Chr1:16279853-16279872 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
!! AAATTGCATGCTATTTCTCT+TGG - Chr1:16279249-16279268 MsG0180001121.01.T01:CDS 30.0%
!!! TATTTTTCGAGTGATCCATT+TGG + Chr1:16279186-16279205 None:intergenic 30.0%
AAAGCTGATGTCTATAGCTT+TGG - Chr1:16279507-16279526 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
AAGAGGAACCATTGGATATA+TGG - Chr1:16279443-16279462 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
AAGCTGATGTCTATAGCTTT+GGG - Chr1:16279508-16279527 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
ATGAAATTGCTACCATTGGT+AGG - Chr1:16279082-16279101 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
ATGCTTGAAGAAGAAGAAGA+TGG - Chr1:16279765-16279784 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
CACAGATCAGGAAATGAAAT+TGG - Chr1:16279662-16279681 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
CTTAATGTGGTACAACTCAT+TGG - Chr1:16279114-16279133 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
GCCAAATTTATTTCCCTTTC+TGG - Chr1:16279592-16279611 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
GGATCTTGTGGATAAAAGTA+AGG + Chr1:16279813-16279832 None:intergenic 35.0%
TAGGATTCACCATCTTAATG+TGG - Chr1:16279101-16279120 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
TGAGTTGTACCACATTAAGA+TGG + Chr1:16279113-16279132 None:intergenic 35.0%
TGCTTGAAGAAGAAGAAGAT+GGG - Chr1:16279766-16279785 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
TTCAAGACAAAACTAGGAAG+TGG - Chr1:16278961-16278980 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
! AGTCCGAAATCAGAAACTTT+TGG + Chr1:16279375-16279394 None:intergenic 35.0%
! ATGATCGATTACATGATGGA+AGG - Chr1:16279619-16279638 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
! TGATCGATTACATGATGGAA+GGG - Chr1:16279620-16279639 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
!! TAGCTTTGGGATGTTGTTAA+TGG - Chr1:16279521-16279540 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
!! TCTTTGTAAGAGTACCTTAC+TGG + Chr1:16278919-16278938 None:intergenic 35.0%
!!! ACAACTCATTGGTTTTTGTG+TGG - Chr1:16279125-16279144 MsG0180001121.01.T01:CDS 35.0%
AAACTAGGAAGTGGAGGTTA+TGG - Chr1:16278970-16278989 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
AACTAGGAAGTGGAGGTTAT+GGG - Chr1:16278971-16278990 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
AAGACAAAACTAGGAAGTGG+AGG - Chr1:16278964-16278983 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
AAGATGGTGAATCCTACCAA+TGG + Chr1:16279097-16279116 None:intergenic 40.0%
ACAATAGCATCATGCCAGTA+AGG - Chr1:16278902-16278921 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
ACATCAGTTAGTGATCCCAA+GGG - Chr1:16279888-16279907 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
AGCAACTCATGGACTTCTTA+TGG - Chr1:16279864-16279883 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
GACACAATGCTATTACCTGT+AGG + Chr1:16279411-16279430 None:intergenic 40.0%
GCTTGAAGAAGAAGAAGATG+GGG - Chr1:16279767-16279786 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
GGCAAAGAAAATGATGATCG+TGG - Chr1:16279683-16279702 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
GTGTATACAAACAAAACCCG+AGG - Chr1:16279713-16279732 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
TAATGGAGATGGCAAGTAGA+AGG - Chr1:16279538-16279557 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
TACATCAGTTAGTGATCCCA+AGG - Chr1:16279887-16279906 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
TCATCAAGAAGGATGTTGTG+AGG + Chr1:16279342-16279361 None:intergenic 40.0%
TGGGATGTTGTTAATGGAGA+TGG - Chr1:16279527-16279546 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
TTCAAAGGACAACTTCGAAG+TGG - Chr1:16279000-16279019 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
! AAATGATGATCGTGGCTTTG+TGG - Chr1:16279691-16279710 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
! GGCATTGAGTACTTGCATAA+TGG - Chr1:16279282-16279301 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
! GGTTATGGGTCAGTTTTCAA+AGG - Chr1:16278985-16279004 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
!!! ACTCATTGGTTTTTGTGTGG+AGG - Chr1:16279128-16279147 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
!!! CTCATTGGTTTTTGTGTGGA+GGG - Chr1:16279129-16279148 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
!!! TCATTGGTTTTTGTGTGGAG+GGG - Chr1:16279130-16279149 MsG0180001121.01.T01:CDS 40.0%
AAAATCTTGACCGTCGGACT+TGG + Chr1:16279058-16279077 None:intergenic 45.0%
ATCCATTGAAGGACGATCCT+CGG + Chr1:16279733-16279752 None:intergenic 45.0%
ATTTCTCTTGGAGTAGCTCG+AGG - Chr1:16279261-16279280 MsG0180001121.01.T01:CDS 45.0%
CTAGCTAGACTTTGTCCTAC+AGG - Chr1:16279393-16279412 MsG0180001121.01.T01:CDS 45.0%
TTCAGGGGCCATATATCCAA+TGG + Chr1:16279454-16279473 None:intergenic 45.0%
CTGGCATGATGCTATTGTCG+CGG + Chr1:16278900-16278919 None:intergenic 50.0%
TCAACTCCAACATCCGCTAC+TGG + Chr1:16279837-16279856 None:intergenic 50.0%
TCCACAAGATCCACCAGTAG+CGG - Chr1:16279821-16279840 MsG0180001121.01.T01:CDS 50.0%
TCCATTGAAGGACGATCCTC+GGG + Chr1:16279732-16279751 None:intergenic 50.0%
TTGGACAAAGCCAAGTCCGA+CGG - Chr1:16279045-16279064 MsG0180001121.01.T01:CDS 50.0%
! GTGTCATTAACGGCTGCAAG+AGG - Chr1:16279426-16279445 MsG0180001121.01.T01:CDS 50.0%
ACCCGAGGATCGTCCTTCAA+TGG - Chr1:16279728-16279747 MsG0180001121.01.T01:CDS 55.0%
ACGGCTGCAAGAGGAACCAT+TGG - Chr1:16279435-16279454 MsG0180001121.01.T01:CDS 55.0%
ACTCCAACATCCGCTACTGG+TGG + Chr1:16279834-16279853 None:intergenic 55.0%
! TCCGCTACTGGTGGATCTTG+TGG + Chr1:16279825-16279844 None:intergenic 55.0%
!! GATCCACCAGTAGCGGATGT+TGG - Chr1:16279828-16279847 MsG0180001121.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 16278868 16279920 16278868 ID=MsG0180001121.01;Name=MsG0180001121.01
Chr1 mRNA 16278868 16279920 16278868 ID=MsG0180001121.01.T01;Parent=MsG0180001121.01;Name=MsG0180001121.01.T01;_AED=0.46;_eAED=0.46;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|350
Chr1 exon 16278868 16279920 16278868 ID=MsG0180001121.01.T01:exon:31303;Parent=MsG0180001121.01.T01
Chr1 CDS 16278868 16279920 16278868 ID=MsG0180001121.01.T01:cds;Parent=MsG0180001121.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001121.01.T01

ATGTACGACGGCATTGAAAGTTTTCTACGCCGCGACAATAGCATCATGCCAGTAAGGTACTCTTACAAAGACATAAAAAAGATAACAAAACAATTCAAGACAAAACTAGGAAGTGGAGGTTATGGGTCAGTTTTCAAAGGACAACTTCGAAGTGGTCGTCTTGTAGCAGTAAAATTATTGGACAAAGCCAAGTCCGACGGTCAAGATTTTATCAATGAAATTGCTACCATTGGTAGGATTCACCATCTTAATGTGGTACAACTCATTGGTTTTTGTGTGGAGGGGTCAAAACGTGCTCTTATATATGAATTCATGCCAAATGGATCACTCGAAAAATACATATTTTCTCATATTGAAGAGAGTAATTCTTTGGGTTGCAAAAAATTGCATGCTATTTCTCTTGGAGTAGCTCGAGGCATTGAGTACTTGCATAATGGATGCAATATGAAAATTCTACACTTTGATATAAAGCCTCACAACATCCTTCTTGATGAGAATTTTAATCCAAAAGTTTCTGATTTCGGACTAGCTAGACTTTGTCCTACAGGTAATAGCATTGTGTCATTAACGGCTGCAAGAGGAACCATTGGATATATGGCCCCTGAACTATTCTATAGAAATGTTGGCACAATATCTTACAAAGCTGATGTCTATAGCTTTGGGATGTTGTTAATGGAGATGGCAAGTAGAAGGAAGAATTTGAATGCATTGGCCGATCAATCTAGCCAAATTTATTTCCCTTTCTGGATTTATGATCGATTACATGATGGAAGGGAAGTATCTATTGAAAATGACACAGATCAGGAAATGAAATTGGCAAAGAAAATGATGATCGTGGCTTTGTGGTGTATACAAACAAAACCCGAGGATCGTCCTTCAATGGATAAAGTTTTGGAGATGCTTGAAGAAGAAGAAGATGGGGTGTTGCAAATTCCTAATAAGCCTTACTTTTATCCACAAGATCCACCAGTAGCGGATGTTGGAGTTGATAATAGTAGCAACTCATGGACTTCTTATGGTACATCAGTTAGTGATCCCAAGGGACCAGCCTAA
Protein sequence

>MsG0180001121.01.T01

MYDGIESFLRRDNSIMPVRYSYKDIKKITKQFKTKLGSGGYGSVFKGQLRSGRLVAVKLLDKAKSDGQDFINEIATIGRIHHLNVVQLIGFCVEGSKRALIYEFMPNGSLEKYIFSHIEESNSLGCKKLHAISLGVARGIEYLHNGCNMKILHFDIKPHNILLDENFNPKVSDFGLARLCPTGNSIVSLTAARGTIGYMAPELFYRNVGTISYKADVYSFGMLLMEMASRRKNLNALADQSSQIYFPFWIYDRLHDGREVSIENDTDQEMKLAKKMMIVALWCIQTKPEDRPSMDKVLEMLEEEEDGVLQIPNKPYFYPQDPPVADVGVDNSSNSWTSYGTSVSDPKGPA*