AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002801.01

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MsG0180002801.01.T01 AT2G35160 35.443 395 189 10 101 443 392 772 4.81e-64 221
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MsG0180002801.01.T01 AT1G17770 31.597 288 179 11 102 380 255 533 2.32e-34 136
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MsG0180002801.01.T01 AT5G47160 41.406 128 66 4 100 226 288 407 2.11e-14 75.5
MsG0180002801.01.T01 AT5G47160 41.406 128 66 4 100 226 288 407 2.11e-14 75.5
MsG0180002801.01.T01 AT1G57820 38.136 118 65 3 119 230 311 426 4.78e-14 75.1
MsG0180002801.01.T01 AT1G57820 38.136 118 65 3 119 230 311 426 4.78e-14 75.1
MsG0180002801.01.T01 AT1G57820 37.391 115 67 3 119 230 311 423 4.80e-13 71.6
MsG0180002801.01.T01 AT1G66040 35.593 118 68 3 119 230 296 411 2.73e-12 69.3
MsG0180002801.01.T01 AT1G66050 35.593 118 68 3 119 230 296 411 3.17e-12 69.3
MsG0180002801.01.T01 AT5G39550 35.593 118 68 3 119 230 296 411 4.40e-12 68.6

Find 115 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 186 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCTAGGGAGATTAAGAAAAT+TGG 0.151275 1:+45471009 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCTACTAGTGTGATTGTTTC+AGG 0.189529 1:+45470643 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGTTTCTGAAGTTGCGATTA+TGG 0.271621 1:+45470319 MsG0180002801.01.T01:CDS
AAGCAAACCCTGAAGATTAT+AGG 0.291078 1:-45471271 None:intergenic
AATTATTGAGGAGAAGAAAT+TGG 0.298748 1:+45470226 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGAGTTTCCCTATAATCTTC+AGG 0.299770 1:+45471263 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGTAGCTATGGTTAAGAAAA+AGG 0.309499 1:+45470076 None:intergenic
AGCTTGCCCGCCCACTCGTC+AGG 0.315436 1:-45471816 None:intergenic
TGCAACACGATTCCGACAAT+TGG 0.331483 1:-45471346 None:intergenic
AGGTGGTTATGAGGATGATA+TGG 0.333296 1:+45470663 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATACATTTGGACTCGAACTA+TGG 0.339033 1:-45471683 None:intergenic
TTGGGAGGACAAGAGCAAAA+AGG 0.339571 1:-45471327 None:intergenic
TATATAGGATTACTGATTGC+TGG 0.364491 1:+45470893 MsG0180002801.01.T01:CDS
ACCTGATATAGATTATTCTA+TGG 0.365689 1:+45471623 MsG0180002801.01.T01:intron
AGCAAACCCTGAAGATTATA+GGG 0.370075 1:-45471270 None:intergenic
ACAAATTGAACAAATACATT+TGG 0.370419 1:-45471696 None:intergenic
GTGAAAGAAATATTTCAATA+TGG 0.371135 1:-45472006 None:intergenic
ATGTTTATGATGGATTATAT+AGG 0.373190 1:+45470878 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATGTCATTAAATAGCCTAAC+AGG 0.384989 1:-45471093 None:intergenic
CTAGGGAGATTAAGAAAATT+GGG 0.390286 1:+45471010 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGCATAGGTTGGAAGTGTTC+AGG 0.397659 1:+45471382 MsG0180002801.01.T01:CDS
TCGGAATCGTGTTGCACAAA+AGG 0.405257 1:+45471353 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCTCTTGTCCTCCCAATTGT+CGG 0.405346 1:+45471334 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGTAAGGTTTATGTTTATGA+TGG 0.410667 1:+45470868 MsG0180002801.01.T01:CDS
CTGATCACAAATTTGAATTG+AGG 0.414878 1:-45470743 None:intergenic
TCAACATTGCGAAATGTTGC+TGG 0.416135 1:+45471651 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCTTGTGAAAGGGAAGCCTT+TGG 0.419411 1:+45471290 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGCAGTGAAGAGATTGGTTG+AGG 0.423218 1:+45470268 MsG0180002801.01.T01:CDS
TTATGAGGATGATATGGAAT+TGG 0.423427 1:+45470669 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGAGGGTGGAAACCTTGCTT+TGG 0.427528 1:+45470771 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCATTACGGGATCGAGATTA+CGG 0.431456 1:+45470804 MsG0180002801.01.T01:CDS
AATTGAGGGGCAAGCTAAGA+TGG 0.435322 1:+45470966 MsG0180002801.01.T01:CDS
TATAAGTTATTGAGAATTGA+GGG 0.436671 1:+45470952 MsG0180002801.01.T01:CDS
CGGAATCGTGTTGCACAAAA+GGG 0.437967 1:+45471354 MsG0180002801.01.T01:CDS
CATCAGAGCGGGAAAGCTAC+TGG 0.454438 1:+45471183 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGAGAACTCAGCATAGACTA+TGG 0.455539 1:+45471789 MsG0180002801.01.T01:CDS
TTGGAGCGTAGTATGCATTA+CGG 0.455982 1:+45470790 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGGTTTGAAGAAGGGATGTC+TGG 0.461289 1:+45470913 MsG0180002801.01.T01:CDS
GAGTTTCCCTATAATCTTCA+GGG 0.462595 1:+45471264 MsG0180002801.01.T01:CDS
GATTGTTTCAGGTGGTTATG+AGG 0.465005 1:+45470654 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGAAGTTGCGATTATGGAGA+TGG 0.466700 1:+45470325 MsG0180002801.01.T01:CDS
ACAATCACACTAGTAGCAAT+TGG 0.471909 1:-45470637 None:intergenic
ACTGATTGCTGGTTTGAAGA+AGG 0.473748 1:+45470904 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGAGGGAGAATGTTCCTGTT+AGG 0.476652 1:+45471079 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGTAGCAATTGGCTCGCCAT+TGG 0.481657 1:-45470626 None:intergenic
CTTCAGGGTTTGCTTGTGAA+AGG 0.482699 1:+45471279 MsG0180002801.01.T01:CDS
AATTCTTCTTTCTTCCTCCA+TGG 0.483343 1:-45470720 None:intergenic
TGGAGCGTAGTATGCATTAC+GGG 0.484208 1:+45470791 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCAACACGATTCCGACAATT+GGG 0.485278 1:-45471345 None:intergenic
TGCGATTATGGAGATGGAGA+TGG 0.487265 1:+45470331 MsG0180002801.01.T01:CDS
GTATAAGTTATTGAGAATTG+AGG 0.488542 1:+45470951 MsG0180002801.01.T01:CDS
GTGTTCAGGTCTGCGCAAAC+TGG 0.491340 1:+45471396 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGATGAGAAAAGAATTATTG+AGG 0.492648 1:+45470214 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGAGATTAAGAAAATTGGGT+TGG 0.494139 1:+45471014 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGTGGAGGCAGTGAAGAGAT+TGG 0.494725 1:+45470262 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATTGGTTGAGGAGAATATGT+TGG 0.501697 1:+45470280 MsG0180002801.01.T01:CDS
TTCAGGGTTTGCTTGTGAAA+GGG 0.502624 1:+45471280 MsG0180002801.01.T01:CDS
CTTCTTTCTTCCTCCATGGC+CGG 0.504486 1:-45470716 None:intergenic
CTGATTGCTGGTTTGAAGAA+GGG 0.504895 1:+45470905 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGAAGATACTCATAATAAAG+AGG 0.506268 1:-45471132 None:intergenic
TGTGTGGAGGCTTGTACTGA+TGG 0.507598 1:+45471213 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGAATATGTTGGATGAGGAT+AGG 0.509832 1:+45470291 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATCGAGATTACGGTCATTCG+TGG 0.521504 1:+45470814 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCGATTATGGAGATGGAGAT+GGG 0.528244 1:+45470332 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATGGAGATGGAGATGGGAGC+TGG 0.532864 1:+45470338 MsG0180002801.01.T01:CDS
GTAATAATCAATACCGGCCA+TGG 0.534042 1:+45470703 MsG0180002801.01.T01:CDS
TTATGATTCGCTACGTGTGT+TGG 0.545706 1:+45470181 MsG0180002801.01.T01:CDS
AATTTGTGATCAGAAATTAG+AGG 0.546612 1:+45470753 MsG0180002801.01.T01:CDS
AAAGGGGATCAAGCATAGGT+TGG 0.547811 1:+45471371 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGTTTGTGTTTCATCAGAGC+GGG 0.550167 1:+45471172 MsG0180002801.01.T01:CDS
CCGTCTCATGCTATATGCAA+TGG 0.560658 1:+45471749 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGTTGATATTTCACACAAGA+GGG 0.562610 1:+45471062 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGGCAAGTCAGATGCTTGTG+AGG 0.562686 1:+45470096 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGTGATGTAATAATCAATAC+CGG 0.563689 1:+45470697 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGGTGCGTCTAGCTCTGGTA+AGG 0.568302 1:+45470852 MsG0180002801.01.T01:CDS
CTGTTGATATTTCACACAAG+AGG 0.573952 1:+45471061 MsG0180002801.01.T01:CDS
CATTGCATATAGCATGAGAC+GGG 0.574005 1:-45471748 None:intergenic
TTCGTGGGATGAAGTATGAA+GGG 0.576304 1:+45470830 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGGTGATGAGAACATGGAAG+AGG 0.579103 1:+45470358 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGTTTCAGATCTGAGTATGA+AGG 0.579176 1:+45470118 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATTTGTGATCAGAAATTAGA+GGG 0.579266 1:+45470754 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATTCGTGGGATGAAGTATGA+AGG 0.581363 1:+45470829 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCTTGCCCGCCCACTCGTCA+GGG 0.582498 1:-45471815 None:intergenic
GCATACTACGCTCCAAAGCA+AGG 0.582921 1:-45470783 None:intergenic
TGAGGAGAATATGTTGGATG+AGG 0.583666 1:+45470286 MsG0180002801.01.T01:CDS
TTGCATATGCAGATACAAGC+TGG 0.583868 1:+45470574 MsG0180002801.01.T01:intron
TGCTGAGTTCTCTCAATGGA+GGG 0.584149 1:-45471779 None:intergenic
ATTGAGGGGCAAGCTAAGAT+GGG 0.587188 1:+45470967 MsG0180002801.01.T01:CDS
CCATTGCATATAGCATGAGA+CGG 0.588288 1:-45471749 None:intergenic
CTCTGATGAAACACAAACCA+CGG 0.594028 1:-45471168 None:intergenic
AGCTACTGGTTGTGAATGTG+TGG 0.598292 1:+45471197 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGCAAGTCAGATGCTTGTGA+GGG 0.598305 1:+45470097 MsG0180002801.01.T01:CDS
ACTAGTGTGATTGTTTCAGG+TGG 0.600870 1:+45470646 MsG0180002801.01.T01:CDS
TCAACAGAAAGACAATACAT+AGG 0.601273 1:-45471045 None:intergenic
ATGCTGAGTTCTCTCAATGG+AGG 0.603033 1:-45471780 None:intergenic
GGGAGCTGGTGATGAGAACA+TGG 0.604987 1:+45470352 MsG0180002801.01.T01:CDS
TCTATGCTGAGTTCTCTCAA+TGG 0.607917 1:-45471783 None:intergenic
TCGAGATTACGGTCATTCGT+GGG 0.609445 1:+45470815 MsG0180002801.01.T01:CDS
AGATGCATCGCAACATGATG+AGG 0.612112 1:+45470144 MsG0180002801.01.T01:CDS
GCAACATGATGAGGAGAACA+AGG 0.627298 1:+45470153 MsG0180002801.01.T01:CDS
ACGTGTGTTGGAAAGTATTG+AGG 0.633669 1:+45470193 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGGTTTGTGTTTCATCAGAG+CGG 0.634243 1:+45471171 MsG0180002801.01.T01:CDS
TGTGATCAGAAATTAGAGGG+TGG 0.640509 1:+45470757 MsG0180002801.01.T01:CDS
CACAAAAGGGGATCAAGCAT+AGG 0.642092 1:+45471367 MsG0180002801.01.T01:CDS
TACTGGTTGTGAATGTGTGG+AGG 0.644458 1:+45471200 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATAAGTTATTGAGAATTGAG+GGG 0.645000 1:+45470953 MsG0180002801.01.T01:CDS
ACACGATTCCGACAATTGGG+AGG 0.651351 1:-45471342 None:intergenic
TCGTGGGATGAAGTATGAAG+GGG 0.657054 1:+45470831 MsG0180002801.01.T01:CDS
CCTAAAAGTAGGTCTTCCAA+TGG 0.661785 1:+45470610 MsG0180002801.01.T01:CDS
GGAATCGTGTTGCACAAAAG+GGG 0.665750 1:+45471355 MsG0180002801.01.T01:CDS
CGTGGGATGAAGTATGAAGG+GGG 0.704890 1:+45470832 MsG0180002801.01.T01:CDS
GATGATATGGAATTGGACGA+TGG 0.705518 1:+45470676 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATAATCAATACCGGCCATGG+AGG 0.709610 1:+45470706 MsG0180002801.01.T01:CDS
ATTGCATATAGCATGAGACG+GGG 0.721884 1:-45471747 None:intergenic
TTGCATATAGCATGAGACGG+GGG 0.722787 1:-45471746 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACAAATTGAACAAATACATT+TGG - Chr1:45471699-45471718 None:intergenic 20.0%
!! TATAAGTTATTGAGAATTGA+GGG + Chr1:45470952-45470971 MsG0180002801.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATGTTTATGATGGATTATAT+AGG + Chr1:45470878-45470897 MsG0180002801.01.T01:CDS 20.0%
! AACTTGATTATGCAGAAAAA+AGG - Chr1:45471964-45471983 None:intergenic 25.0%
! AATTATTGAGGAGAAGAAAT+TGG + Chr1:45470226-45470245 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
! AATTTGTGATCAGAAATTAG+AGG + Chr1:45470753-45470772 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
! ACCTGATATAGATTATTCTA+TGG + Chr1:45471623-45471642 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
! ATAAGTTATTGAGAATTGAG+GGG + Chr1:45470953-45470972 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
! ATCCAAAAGTTATAGATAGA+TGG + Chr1:45471539-45471558 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
! ATTTGTGATCAGAAATTAGA+GGG + Chr1:45470754-45470773 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
! GTATAAGTTATTGAGAATTG+AGG + Chr1:45470951-45470970 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
! TCAGGTATTAATTGATATGA+TGG - Chr1:45471609-45471628 None:intergenic 25.0%
! TCCAAAAGTTATAGATAGAT+GGG + Chr1:45471540-45471559 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
! TCCATAGAATAATCTATATC+AGG - Chr1:45471627-45471646 None:intergenic 25.0%
!! AGACTGCTAAAATTGTATTT+TGG + Chr1:45471870-45471889 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
!! TTGATTTTCTTCCTAAAAGT+AGG + Chr1:45470599-45470618 MsG0180002801.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTAAAATTGTATTTTGGTCA+TGG + Chr1:45471876-45471895 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
!!! GCTCAAATTTTAACAATGAA+TGG + Chr1:45471502-45471521 MsG0180002801.01.T01:intron 25.0%
ATGTCATTAAATAGCCTAAC+AGG - Chr1:45471096-45471115 None:intergenic 30.0%
CTAGGGAGATTAAGAAAATT+GGG + Chr1:45471010-45471029 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
CTGATCACAAATTTGAATTG+AGG - Chr1:45470746-45470765 None:intergenic 30.0%
GGAAGATACTCATAATAAAG+AGG - Chr1:45471135-45471154 None:intergenic 30.0%
GGATGAGAAAAGAATTATTG+AGG + Chr1:45470214-45470233 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
GGTAAGGTTTATGTTTATGA+TGG + Chr1:45470868-45470887 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
GGTGATGTAATAATCAATAC+CGG + Chr1:45470697-45470716 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
TCAACAGAAAGACAATACAT+AGG - Chr1:45471048-45471067 None:intergenic 30.0%
TGTTGATATTTCACACAAGA+GGG + Chr1:45471062-45471081 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
TTATGAGGATGATATGGAAT+TGG + Chr1:45470669-45470688 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
! ATGGTGGAATTATGTGTAAT+TGG + Chr1:45470550-45470569 MsG0180002801.01.T01:intron 30.0%
! TATATAGGATTACTGATTGC+TGG + Chr1:45470893-45470912 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
!! TGTTGTTCTAAAAAAGGCTA+GGG + Chr1:45470993-45471012 MsG0180002801.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATCTTTTTTACCTAGAGTGA+TGG + Chr1:45471927-45471946 MsG0180002801.01.T01:intron 30.0%
AAGCAAACCCTGAAGATTAT+AGG - Chr1:45471274-45471293 None:intergenic 35.0%
AATTCTTCTTTCTTCCTCCA+TGG - Chr1:45470723-45470742 None:intergenic 35.0%
ACAATCACACTAGTAGCAAT+TGG - Chr1:45470640-45470659 None:intergenic 35.0%
AGAATATGTTGGATGAGGAT+AGG + Chr1:45470291-45470310 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
AGACATCATAATCATAGTCG+TGG + Chr1:45470418-45470437 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
AGAGTTTCCCTATAATCTTC+AGG + Chr1:45471263-45471282 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
AGCAAACCCTGAAGATTATA+GGG - Chr1:45471273-45471292 None:intergenic 35.0%
ATACATTTGGACTCGAACTA+TGG - Chr1:45471686-45471705 None:intergenic 35.0%
ATCATAGTCGTGGTTTCATA+AGG + Chr1:45470428-45470447 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
ATTGGTTGAGGAGAATATGT+TGG + Chr1:45470280-45470299 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
CTGTTGATATTTCACACAAG+AGG + Chr1:45471061-45471080 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
GAGTTTCCCTATAATCTTCA+GGG + Chr1:45471264-45471283 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
GCTAGGGAGATTAAGAAAAT+TGG + Chr1:45471009-45471028 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
GGAGATTAAGAAAATTGGGT+TGG + Chr1:45471014-45471033 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
TAATGAAGGACCGAAAGTTA+TGG + Chr1:45470461-45470480 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
TATAGATAGATGGGCAGAAT+GGG + Chr1:45471549-45471568 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
TCATAGTCGTGGTTTCATAA+GGG + Chr1:45470429-45470448 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
TTATAGATAGATGGGCAGAA+TGG + Chr1:45471548-45471567 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
TTCCCTTGTTAAAATTACCC+CGG - Chr1:45471479-45471498 None:intergenic 35.0%
! AACCACGGAAAAGTAGTTTT+CGG - Chr1:45471156-45471175 None:intergenic 35.0%
! ATTGGCTGATGAAGTTTTTG+TGG + Chr1:45470244-45470263 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
! CGATGTTTTCTTGTATATGG+TGG + Chr1:45470534-45470553 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
! GCCCATCTATCTATAACTTT+TGG - Chr1:45471544-45471563 None:intergenic 35.0%
! TGCTTTTGCTCTATGAAGAA+TGG + Chr1:45471237-45471256 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
! TGGCGATGTTTTCTTGTATA+TGG + Chr1:45470531-45470550 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
! TTTTGCTCTATGAAGAATGG+AGG + Chr1:45471240-45471259 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
!! ATACCGGGGTAATTTTAACA+AGG + Chr1:45471473-45471492 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
!! GGGTAGTGTTGTTCTAAAAA+AGG + Chr1:45470987-45471006 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
!! GTGTTGTTCTAAAAAAGGCT+AGG + Chr1:45470992-45471011 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
!! TACCGGGGTAATTTTAACAA+GGG + Chr1:45471474-45471493 MsG0180002801.01.T01:intron 35.0%
!! TGTTTCTGAAGTTGCGATTA+TGG + Chr1:45470319-45470338 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAGCCTTTGGTTTTTGAATG+TGG + Chr1:45471303-45471322 MsG0180002801.01.T01:CDS 35.0%
AAGAGATCATCCATCACTCT+AGG - Chr1:45471940-45471959 None:intergenic 40.0%
ACTAGTGTGATTGTTTCAGG+TGG + Chr1:45470646-45470665 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
AGAGAACTCAGCATAGACTA+TGG + Chr1:45471789-45471808 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
AGGTGGTTATGAGGATGATA+TGG + Chr1:45470663-45470682 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
ATAGATAGATGGGCAGAATG+GGG + Chr1:45471550-45471569 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
ATTCGTGGGATGAAGTATGA+AGG + Chr1:45470829-45470848 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
ATTGCATATAGCATGAGACG+GGG - Chr1:45471750-45471769 None:intergenic 40.0%
CATCGCGATAAAAGGATAGT+TGG + Chr1:45470487-45470506 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
CATTGCATATAGCATGAGAC+GGG - Chr1:45471751-45471770 None:intergenic 40.0%
CCATTGCATATAGCATGAGA+CGG - Chr1:45471752-45471771 None:intergenic 40.0%
CCTAAAAGTAGGTCTTCCAA+TGG + Chr1:45470610-45470629 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
CTCTGATGAAACACAAACCA+CGG - Chr1:45471171-45471190 None:intergenic 40.0%
GATGATATGGAATTGGACGA+TGG + Chr1:45470676-45470695 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
GCTACTAGTGTGATTGTTTC+AGG + Chr1:45470643-45470662 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTCAGATCTGAGTATGA+AGG + Chr1:45470118-45470137 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
GTAATAATCAATACCGGCCA+TGG + Chr1:45470703-45470722 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TAGGTCCTTGGATCTTATTC+AGG + Chr1:45471429-45471448 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
TATGGTTGCATCGCGATAAA+AGG + Chr1:45470479-45470498 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
TCAACATTGCGAAATGTTGC+TGG + Chr1:45471651-45471670 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TCGATACCTGGAGTTTATGT+TGG + Chr1:45470511-45470530 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
TCTATGCTGAGTTCTCTCAA+TGG - Chr1:45471786-45471805 None:intergenic 40.0%
TGAAGTTGCGATTATGGAGA+TGG + Chr1:45470325-45470344 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TGAGGAGAATATGTTGGATG+AGG + Chr1:45470286-45470305 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TGTGATCAGAAATTAGAGGG+TGG + Chr1:45470757-45470776 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TTATGATTCGCTACGTGTGT+TGG + Chr1:45470181-45470200 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TTCGTGGGATGAAGTATGAA+GGG + Chr1:45470830-45470849 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
TTGCATATGCAGATACAAGC+TGG + Chr1:45470574-45470593 MsG0180002801.01.T01:intron 40.0%
TTGGAGCGTAGTATGCATTA+CGG + Chr1:45470790-45470809 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
! GATTGTTTCAGGTGGTTATG+AGG + Chr1:45470654-45470673 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
! TGGTTTGTGTTTCATCAGAG+CGG + Chr1:45471171-45471190 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
! TTCAGGGTTTGCTTGTGAAA+GGG + Chr1:45471280-45471299 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
!! ACGTGTGTTGGAAAGTATTG+AGG + Chr1:45470193-45470212 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
!! ACTGATTGCTGGTTTGAAGA+AGG + Chr1:45470904-45470923 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
!! CCATTGGAAGACCTACTTTT+AGG - Chr1:45470613-45470632 None:intergenic 40.0%
!! CTGATTGCTGGTTTGAAGAA+GGG + Chr1:45470905-45470924 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
!! TTCCGAAAACTACTTTTCCG+TGG + Chr1:45471151-45471170 MsG0180002801.01.T01:CDS 40.0%
AAAGGGGATCAAGCATAGGT+TGG + Chr1:45471371-45471390 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
AACATGGAAGAGGTAGCAAC+AGG + Chr1:45470368-45470387 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
AATTGAGGGGCAAGCTAAGA+TGG + Chr1:45470966-45470985 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
ACATCGCCAACATAAACTCC+AGG - Chr1:45470520-45470539 None:intergenic 45.0%
ACATGGAAGAGGTAGCAACA+GGG + Chr1:45470369-45470388 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
AGAGGGAGAATGTTCCTGTT+AGG + Chr1:45471079-45471098 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
AGATGCATCGCAACATGATG+AGG + Chr1:45470144-45470163 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
AGGATAGTTGGATCGATACC+TGG + Chr1:45470499-45470518 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
ATAATCAATACCGGCCATGG+AGG + Chr1:45470706-45470725 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
ATCGAGATTACGGTCATTCG+TGG + Chr1:45470814-45470833 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
ATGCTGAGTTCTCTCAATGG+AGG - Chr1:45471783-45471802 None:intergenic 45.0%
ATTGAGGGGCAAGCTAAGAT+GGG + Chr1:45470967-45470986 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
CACAAAAGGGGATCAAGCAT+AGG + Chr1:45471367-45471386 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
CCGTCTCATGCTATATGCAA+TGG + Chr1:45471749-45471768 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
CCTTTATCTGCGAGTATACC+GGG + Chr1:45471458-45471477 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
CGCGATGCAACCATAACTTT+CGG - Chr1:45470474-45470493 None:intergenic 45.0%
CGGAATCGTGTTGCACAAAA+GGG + Chr1:45471354-45471373 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
CTTTATCTGCGAGTATACCG+GGG + Chr1:45471459-45471478 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
GCAACACGATTCCGACAATT+GGG - Chr1:45471348-45471367 None:intergenic 45.0%
GCAACATGATGAGGAGAACA+AGG + Chr1:45470153-45470172 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
GCATTACGGGATCGAGATTA+CGG + Chr1:45470804-45470823 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
GCCTTTATCTGCGAGTATAC+CGG + Chr1:45471457-45471476 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
GCGATTATGGAGATGGAGAT+GGG + Chr1:45470332-45470351 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
GGAATCGTGTTGCACAAAAG+GGG + Chr1:45471355-45471374 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
GGGCCACATTCAAAAACCAA+AGG - Chr1:45471309-45471328 None:intergenic 45.0%
GGTTTGTGTTTCATCAGAGC+GGG + Chr1:45471172-45471191 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TAGATAGATGGGCAGAATGG+GGG + Chr1:45471551-45471570 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
TCCAGCCTGAATAAGATCCA+AGG - Chr1:45471437-45471456 None:intergenic 45.0%
TCCTTGGATCTTATTCAGGC+TGG + Chr1:45471433-45471452 MsG0180002801.01.T01:intron 45.0%
TCGAGATTACGGTCATTCGT+GGG + Chr1:45470815-45470834 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TCGGAATCGTGTTGCACAAA+AGG + Chr1:45471353-45471372 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TCGTGGGATGAAGTATGAAG+GGG + Chr1:45470831-45470850 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TGCAACACGATTCCGACAAT+TGG - Chr1:45471349-45471368 None:intergenic 45.0%
TGCGATTATGGAGATGGAGA+TGG + Chr1:45470331-45470350 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TGCTGAGTTCTCTCAATGGA+GGG - Chr1:45471782-45471801 None:intergenic 45.0%
TGGAGCGTAGTATGCATTAC+GGG + Chr1:45470791-45470810 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TGGGAGGACAAGAGCAAAAA+GGG - Chr1:45471329-45471348 None:intergenic 45.0%
TGGTTTGAAGAAGGGATGTC+TGG + Chr1:45470913-45470932 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
TTGCATATAGCATGAGACGG+GGG - Chr1:45471749-45471768 None:intergenic 45.0%
TTGGGAGGACAAGAGCAAAA+AGG - Chr1:45471330-45471349 None:intergenic 45.0%
! AGCTACTGGTTGTGAATGTG+TGG + Chr1:45471197-45471216 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
! CTTCAGGGTTTGCTTGTGAA+AGG + Chr1:45471279-45471298 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
! GGCTGATGAAGTTTTTGTGG+AGG + Chr1:45470247-45470266 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
! TACTGGTTGTGAATGTGTGG+AGG + Chr1:45471200-45471219 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
! TGGTGATGAGAACATGGAAG+AGG + Chr1:45470358-45470377 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
!! AGCATAGGTTGGAAGTGTTC+AGG + Chr1:45471382-45471401 MsG0180002801.01.T01:CDS 45.0%
AAGGGCTGCGAGGTTAATGA+AGG + Chr1:45470447-45470466 MsG0180002801.01.T01:intron 50.0%
ACACGATTCCGACAATTGGG+AGG - Chr1:45471345-45471364 None:intergenic 50.0%
AGAGGGTGGAAACCTTGCTT+TGG + Chr1:45470771-45470790 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
AGGCAAGTCAGATGCTTGTG+AGG + Chr1:45470096-45470115 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
CATGGAAGAGGTAGCAACAG+GGG + Chr1:45470370-45470389 MsG0180002801.01.T01:intron 50.0%
CCCGGTATACTCGCAGATAA+AGG - Chr1:45471461-45471480 None:intergenic 50.0%
CGTGGGATGAAGTATGAAGG+GGG + Chr1:45470832-45470851 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
CTTCTTTCTTCCTCCATGGC+CGG - Chr1:45470719-45470738 None:intergenic 50.0%
GCATACTACGCTCCAAAGCA+AGG - Chr1:45470786-45470805 None:intergenic 50.0%
GCTCTTGTCCTCCCAATTGT+CGG + Chr1:45471334-45471353 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
GCTTGTGAAAGGGAAGCCTT+TGG + Chr1:45471290-45471309 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
GGCAAGTCAGATGCTTGTGA+GGG + Chr1:45470097-45470116 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
GGTGGAGGGGAAATGTTGAA+TGG + Chr1:45470391-45470410 MsG0180002801.01.T01:intron 50.0%
TGTGGAGGCAGTGAAGAGAT+TGG + Chr1:45470262-45470281 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
TGTGTGGAGGCTTGTACTGA+TGG + Chr1:45471213-45471232 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
! GGCAGTGAAGAGATTGGTTG+AGG + Chr1:45470268-45470287 MsG0180002801.01.T01:CDS 50.0%
!! AGTAGCAATTGGCTCGCCAT+TGG - Chr1:45470629-45470648 None:intergenic 50.0%
ACTATGGCATCCCTGACGAG+TGG + Chr1:45471805-45471824 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
AGGTCTGCGCAAACTGGTTG+GGG + Chr1:45471402-45471421 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
ATGGAGATGGAGATGGGAGC+TGG + Chr1:45470338-45470357 MsG0180002801.01.T01:CDS 55.0%
CAGGTCTGCGCAAACTGGTT+GGG + Chr1:45471401-45471420 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
CATCAGAGCGGGAAAGCTAC+TGG + Chr1:45471183-45471202 MsG0180002801.01.T01:CDS 55.0%
CTATGGCATCCCTGACGAGT+GGG + Chr1:45471806-45471825 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
GCAAACTGGTTGGGGGAGTT+AGG + Chr1:45471410-45471429 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
GTGGTTTCATAAGGGCTGCG+AGG + Chr1:45470437-45470456 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
GTGTTCAGGTCTGCGCAAAC+TGG + Chr1:45471396-45471415 MsG0180002801.01.T01:CDS 55.0%
TCAGGTCTGCGCAAACTGGT+TGG + Chr1:45471400-45471419 MsG0180002801.01.T01:intron 55.0%
! GGGAGCTGGTGATGAGAACA+TGG + Chr1:45470352-45470371 MsG0180002801.01.T01:CDS 55.0%
AGAGGTAGCAACAGGGGTGG+AGG + Chr1:45470376-45470395 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
AGGTAGCAACAGGGGTGGAG+GGG + Chr1:45470378-45470397 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
GAGGTAGCAACAGGGGTGGA+GGG + Chr1:45470377-45470396 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
GGAAGAGGTAGCAACAGGGG+TGG + Chr1:45470373-45470392 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
GGTCTGCGCAAACTGGTTGG+GGG + Chr1:45471403-45471422 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
GGTTGGGGGAGTTAGGTCCT+TGG + Chr1:45471417-45471436 MsG0180002801.01.T01:intron 60.0%
!! GGGTGCGTCTAGCTCTGGTA+AGG + Chr1:45470852-45470871 MsG0180002801.01.T01:CDS 60.0%
TGGCATCCCTGACGAGTGGG+CGG + Chr1:45471809-45471828 MsG0180002801.01.T01:intron 65.0%
! GAAGGGGGTGCGTCTAGCTC+TGG + Chr1:45470847-45470866 MsG0180002801.01.T01:CDS 65.0%
AGCTTGCCCGCCCACTCGTC+AGG - Chr1:45471819-45471838 None:intergenic 70.0%
GCTTGCCCGCCCACTCGTCA+GGG - Chr1:45471818-45471837 None:intergenic 70.0%
GGCATCCCTGACGAGTGGGC+GGG + Chr1:45471810-45471829 MsG0180002801.01.T01:intron 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 45470083 45472014 45470083 ID=MsG0180002801.01;Name=MsG0180002801.01
Chr1 mRNA 45470083 45472014 45470083 ID=MsG0180002801.01.T01;Parent=MsG0180002801.01;Name=MsG0180002801.01.T01;_AED=0.22;_eAED=0.22;_QI=0|0|0|1|0.33|0.25|4|0|463
Chr1 exon 45470083 45470379 45470083 ID=MsG0180002801.01.T01:exon:38614;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 exon 45470586 45471417 45470586 ID=MsG0180002801.01.T01:exon:38615;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 exon 45471634 45471823 45471634 ID=MsG0180002801.01.T01:exon:38616;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 exon 45471942 45472014 45471942 ID=MsG0180002801.01.T01:exon:38617;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 CDS 45470083 45470379 45470083 ID=MsG0180002801.01.T01:cds;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 CDS 45470586 45471417 45470586 ID=MsG0180002801.01.T01:cds;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 CDS 45471634 45471823 45471634 ID=MsG0180002801.01.T01:cds;Parent=MsG0180002801.01.T01
Chr1 CDS 45471942 45472014 45471942 ID=MsG0180002801.01.T01:cds;Parent=MsG0180002801.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180002801.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180002801.01.T01

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