AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004637.01

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MsG0180004637.01.T01 AT4G33450 39.252 107 64 1 5 111 4 109 3.04e-22 88.2
MsG0180004637.01.T01 AT5G40350 60.000 65 26 0 49 113 3 67 4.79e-22 85.9
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MsG0180004637.01.T01 AT3G27810 61.290 62 24 0 52 113 5 66 1.16e-21 85.1
MsG0180004637.01.T01 AT2G39880 44.000 100 55 1 12 111 42 140 2.80e-21 87.4
MsG0180004637.01.T01 AT3G09370 45.745 94 50 1 18 111 133 225 2.81e-21 88.2
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MsG0180004637.01.T01 AT3G09370 45.745 94 50 1 18 111 141 233 2.96e-21 88.2
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MsG0180004637.01.T01 AT5G26660 58.065 62 26 0 52 113 15 76 3.09e-21 86.7
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MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 45.745 94 50 1 18 111 65 157 1.03e-20 86.7
MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 44.792 96 47 3 20 112 15 107 6.01e-15 70.1
MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 45.745 94 50 1 18 111 125 217 1.21e-20 86.3
MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 44.792 96 47 3 20 112 75 167 6.51e-15 70.1
MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 45.745 94 50 1 18 111 125 217 1.21e-20 86.3
MsG0180004637.01.T01 AT5G02320 44.792 96 47 3 20 112 75 167 6.51e-15 70.1
MsG0180004637.01.T01 AT1G26780 41.053 95 55 1 17 111 95 188 1.58e-20 84.3
MsG0180004637.01.T01 AT3G55730 45.652 92 49 1 20 111 56 146 1.89e-20 85.5
MsG0180004637.01.T01 AT5G58850 46.809 94 49 1 18 111 103 195 1.92e-20 85.5
MsG0180004637.01.T01 AT1G69560 38.947 95 57 1 17 111 104 197 2.45e-20 84.3
MsG0180004637.01.T01 AT2G23290 44.565 92 50 1 20 111 13 103 2.55e-20 84.3
MsG0180004637.01.T01 AT5G14750 54.237 59 27 0 53 111 17 75 2.59e-20 81.3
MsG0180004637.01.T01 AT1G69560 38.947 95 57 1 17 111 120 213 2.93e-20 84.3
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 44.681 94 51 1 18 111 85 177 3.18e-20 85.5
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 40.777 103 55 3 13 112 28 127 3.18e-13 65.5
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 44.681 94 51 1 18 111 85 177 3.41e-20 85.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 40.777 103 55 3 13 112 28 127 3.62e-13 65.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 44.681 94 51 1 18 111 85 177 3.41e-20 85.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 40.777 103 55 3 13 112 28 127 3.62e-13 65.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 44.681 94 51 1 18 111 85 177 3.41e-20 85.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 40.777 103 55 3 13 112 28 127 3.62e-13 65.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 44.681 94 51 1 18 111 85 177 3.41e-20 85.1
MsG0180004637.01.T01 AT4G32730 40.777 103 55 3 13 112 28 127 3.62e-13 65.1
MsG0180004637.01.T01 AT3G46130 58.462 65 27 0 47 111 6 70 4.02e-20 82.4
MsG0180004637.01.T01 AT1G26780 41.053 95 55 1 17 111 95 188 4.12e-20 84.3
MsG0180004637.01.T01 AT4G37260 43.478 92 51 1 20 111 13 103 4.30e-20 83.6
MsG0180004637.01.T01 AT3G12820 59.016 61 25 0 53 113 1 61 6.36e-20 80.9
MsG0180004637.01.T01 AT3G29020 37.113 97 60 1 15 111 60 155 1.16e-19 81.3
MsG0180004637.01.T01 AT3G46130 61.667 60 23 0 52 111 21 80 1.72e-19 80.9
MsG0180004637.01.T01 AT5G59780 61.667 60 23 0 52 111 21 80 1.87e-19 80.1
MsG0180004637.01.T01 AT3G29020 39.130 92 55 1 20 111 67 157 3.49e-19 81.3
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 44.681 94 51 1 18 111 79 171 3.52e-19 82.4
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 41.748 103 54 3 13 112 22 121 5.78e-14 67.4
MsG0180004637.01.T01 AT5G11050 44.565 92 50 1 20 111 105 195 3.64e-19 82.0
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 44.681 94 51 1 18 111 79 171 3.90e-19 82.0
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 41.748 103 54 3 13 112 22 121 5.47e-14 67.4
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 44.681 94 51 1 18 111 79 171 4.11e-19 82.0
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 41.748 103 54 3 13 112 22 121 6.94e-14 67.4
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 44.681 94 51 1 18 111 79 171 4.11e-19 82.0
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 41.748 103 54 3 13 112 22 121 6.94e-14 67.4
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 44.681 94 51 1 18 111 79 171 4.11e-19 82.0
MsG0180004637.01.T01 AT5G11510 41.748 103 54 3 13 112 22 121 6.94e-14 67.4
MsG0180004637.01.T01 AT4G18770 42.708 96 54 1 16 111 213 307 1.33e-18 80.5
MsG0180004637.01.T01 AT5G35550 58.333 60 25 0 52 111 51 110 3.70e-18 77.8
MsG0180004637.01.T01 AT1G66380 43.678 87 49 0 12 98 2 88 3.72e-18 74.3
MsG0180004637.01.T01 AT5G40360 39.796 98 54 2 16 111 154 248 1.05e-17 77.4
MsG0180004637.01.T01 AT3G27785 40.000 95 56 1 17 111 186 279 1.07e-17 77.8
MsG0180004637.01.T01 AT4G00540 44.898 98 50 2 17 111 100 196 1.31e-17 77.4
MsG0180004637.01.T01 AT4G00540 44.898 98 50 2 17 111 98 194 1.61e-17 77.4
MsG0180004637.01.T01 AT2G25230 41.489 94 54 1 18 111 24 116 6.76e-17 73.9
MsG0180004637.01.T01 AT2G37630 46.512 86 44 1 23 106 7 92 7.97e-17 75.1
MsG0180004637.01.T01 AT3G18100 39.362 94 50 2 19 109 384 473 1.59e-14 68.9
MsG0180004637.01.T01 AT3G18100 39.560 91 54 1 19 109 332 421 1.60e-14 68.9
MsG0180004637.01.T01 AT3G18100 39.560 91 54 1 19 109 497 586 1.61e-14 68.9
MsG0180004637.01.T01 AT5G39700 38.462 91 55 1 21 111 57 146 1.65e-14 67.0
MsG0180004637.01.T01 AT3G18100 39.362 94 50 2 19 109 545 634 1.70e-14 68.9
MsG0180004637.01.T01 AT3G47600 50.000 60 30 0 52 111 40 99 1.74e-14 68.6
MsG0180004637.01.T01 AT1G18960 38.043 92 54 2 20 111 10 98 1.89e-14 68.2
MsG0180004637.01.T01 AT1G66380 50.000 60 30 0 52 111 9 68 5.40e-13 60.8
MsG0180004637.01.T01 AT5G40430 38.298 94 56 2 18 111 52 143 9.96e-13 63.2
MsG0180004637.01.T01 AT3G23250 50.000 50 25 0 64 113 1 50 9.01e-12 60.1
MsG0180004637.01.T01 AT1G22640 54.167 48 22 0 64 111 1 48 1.39e-11 59.3
MsG0180004637.01.T01 AT2G02820 35.955 89 56 1 23 111 33 120 2.51e-11 59.7
MsG0180004637.01.T01 AT1G14350 34.831 89 57 1 23 111 28 115 2.56e-11 59.7
MsG0180004637.01.T01 AT1G14350 34.831 89 57 1 23 111 28 115 2.56e-11 59.7
MsG0180004637.01.T01 AT2G02820 35.955 89 56 1 23 111 33 120 4.76e-11 58.9
MsG0180004637.01.T01 AT2G02820 35.955 89 56 1 23 111 33 120 5.90e-11 58.9
MsG0180004637.01.T01 AT5G14750 45.833 48 26 0 64 111 1 48 6.10e-11 56.6
MsG0180004637.01.T01 AT5G14750 45.833 48 26 0 64 111 1 48 6.10e-11 56.6
MsG0180004637.01.T01 AT1G71030 45.455 55 30 0 57 111 5 59 8.14e-11 57.0

Find 20 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 63 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGTTCTTCTTCTTTAGTAAT+TGG 0.202533 1:+80583237 None:intergenic
TAAAGAAGAAGAACTTAAAA+TGG 0.285165 1:-80583229 MsG0180004637.01.T01:CDS
TAATGAGATAAAAGAACTTC+TGG 0.313719 1:-80582278 MsG0180004637.01.T01:CDS
ATCTCATTATCTGTTCTTCC+AGG 0.316005 1:+80582292 None:intergenic
GTCAATATGGAGAAGGCAAC+TGG 0.317251 1:-80583353 MsG0180004637.01.T01:CDS
TTGAACCATTAGAGACCATT+TGG 0.355616 1:+80583182 None:intergenic
AGAGTATACATAAGTCAATA+TGG 0.380115 1:-80583366 MsG0180004637.01.T01:CDS
AGACCATTTGGGTCCGATCT+TGG 0.399025 1:+80583194 None:intergenic
GTAAAAGTTGTCGTTTAAGA+TGG 0.437337 1:-80583293 MsG0180004637.01.T01:CDS
TGAACCATTAGAGACCATTT+GGG 0.447530 1:+80583183 None:intergenic
CGGACCCAAATGGTCTCTAA+TGG 0.449767 1:-80583187 MsG0180004637.01.T01:CDS
TTTCACTTGTGTTAGTTGCC+TGG 0.458125 1:-80582310 MsG0180004637.01.T01:intron
ATGCCAAGATCGGACCCAAA+TGG 0.529660 1:-80583197 MsG0180004637.01.T01:CDS
TCATCTTCCTCAAGTGACCA+TGG 0.543429 1:+80583396 None:intergenic
GTTGAACTTCATGCCAAGAT+CGG 0.560986 1:-80583207 MsG0180004637.01.T01:CDS
TACATAAGTCAATATGGAGA+AGG 0.563669 1:-80583360 MsG0180004637.01.T01:CDS
ATGGTCTCTAATGGTTCAAG+AGG 0.592027 1:-80583178 MsG0180004637.01.T01:intron
AAAAGGACCATGGTCACTTG+AGG 0.594806 1:-80583403 MsG0180004637.01.T01:CDS
TCAATATGGAGAAGGCAACT+GGG 0.626854 1:-80583352 MsG0180004637.01.T01:CDS
ACTTCTGGAATATAAGAACA+AGG 0.663405 1:-80582263 MsG0180004637.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CTAAATCCTAATTTAAAAAA+GGG - Chr1:80582444-80582463 MsG0180004637.01.T01:intron 15.0%
!! TCAAATTAGAAAAATAACAT+TGG - Chr1:80583057-80583076 MsG0180004637.01.T01:intron 15.0%
!! ATCCTAATTAAAAAGAATCA+CGG + Chr1:80583038-80583057 None:intergenic 20.0%
!! CCTAAATCCTAATTTAAAAA+AGG - Chr1:80582443-80582462 MsG0180004637.01.T01:intron 20.0%
!! TAAAGAAGAAGAACTTAAAA+TGG - Chr1:80582476-80582495 MsG0180004637.01.T01:intron 20.0%
!!! AAATAACATTGGAGTTTTTA+AGG - Chr1:80583068-80583087 MsG0180004637.01.T01:intron 20.0%
!!! CCTTTTTTAAATTAGGATTT+AGG + Chr1:80582446-80582465 None:intergenic 20.0%
!!! TAGCTATCAGATTTTTAATT+AGG - Chr1:80583009-80583028 MsG0180004637.01.T01:intron 20.0%
!!! TTATTTTCAAAGCAAGAAAA+AGG - Chr1:80582252-80582271 MsG0180004637.01.T01:CDS 20.0%
! AGAGTATACATAAGTCAATA+TGG - Chr1:80582339-80582358 MsG0180004637.01.T01:intron 25.0%
! AGTTCTTCTTCTTTAGTAAT+TGG + Chr1:80582471-80582490 None:intergenic 25.0%
! ATTGCCTATCATTTATTATG+CGG - Chr1:80582942-80582961 MsG0180004637.01.T01:intron 25.0%
! GATGCTAATACATTGAAAAA+AGG - Chr1:80582285-80582304 MsG0180004637.01.T01:CDS 25.0%
! TAATGAGATAAAAGAACTTC+TGG - Chr1:80583427-80583446 MsG0180004637.01.T01:CDS 25.0%
! TGATTTATTTATGCGTGTAT+TGG - Chr1:80583186-80583205 MsG0180004637.01.T01:CDS 25.0%
! TTAAGGATTTGTACTAACAA+GGG - Chr1:80583085-80583104 MsG0180004637.01.T01:intron 25.0%
! TTTAAGGATTTGTACTAACA+AGG - Chr1:80583084-80583103 MsG0180004637.01.T01:intron 25.0%
!!! ATTGGACCCTTTTTTAAATT+AGG + Chr1:80582453-80582472 None:intergenic 25.0%
!!! TTCCGTGATTCTTTTTAATT+AGG - Chr1:80583033-80583052 MsG0180004637.01.T01:intron 25.0%
AAGCAAGAAAAAGGTAATGA+TGG - Chr1:80582261-80582280 MsG0180004637.01.T01:CDS 30.0%
ATACATTGAAAAAAGGACCA+TGG - Chr1:80582292-80582311 MsG0180004637.01.T01:CDS 30.0%
ATGTCCAATCTCTAAGTATA+AGG + Chr1:80583135-80583154 None:intergenic 30.0%
ATTCCGTACGTACTTAATTA+TGG - Chr1:80582663-80582682 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
ATTCTGTACATAAGACCTTA+TGG - Chr1:80582983-80583002 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
CATACCTTATACTTAGAGAT+TGG - Chr1:80583128-80583147 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
GAAACCGCATAATAAATGAT+AGG + Chr1:80582949-80582968 None:intergenic 30.0%
GAACCATAATTAAGTACGTA+CGG + Chr1:80582669-80582688 None:intergenic 30.0%
GTACTTAATTATGGTTCAAG+AGG - Chr1:80582672-80582691 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
TAAGGATTTGTACTAACAAG+GGG - Chr1:80583086-80583105 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
TACATAAGTCAATATGGAGA+AGG - Chr1:80582345-80582364 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
TTTACCACATCGAAAAAGTT+CGG + Chr1:80582397-80582416 None:intergenic 30.0%
! GTAAAAGTTGTCGTTTAAGA+TGG - Chr1:80582412-80582431 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
!! ACTTCTGGAATATAAGAACA+AGG - Chr1:80583442-80583461 MsG0180004637.01.T01:CDS 30.0%
!! CACAGTTGGCAAATTTTAAT+TGG - Chr1:80582752-80582771 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
!!! AGAATTTTTCAAGACACAGT+TGG - Chr1:80582738-80582757 MsG0180004637.01.T01:intron 30.0%
AATCAAACCGCGTAAATGAT+AGG + Chr1:80582636-80582655 None:intergenic 35.0%
ATCTCATTATCTGTTCTTCC+AGG + Chr1:80583416-80583435 None:intergenic 35.0%
ATCTGATAGCTAGAACCATA+AGG + Chr1:80583001-80583020 None:intergenic 35.0%
GGTTCAAGAGGTTTGTATAT+AGG - Chr1:80582684-80582703 MsG0180004637.01.T01:intron 35.0%
TGAACCATTAGAGACCATTT+GGG + Chr1:80582525-80582544 None:intergenic 35.0%
TGTGACTGAAAAATAGGAAG+TGG + Chr1:80582791-80582810 None:intergenic 35.0%
TTGAACCATTAGAGACCATT+TGG + Chr1:80582526-80582545 None:intergenic 35.0%
! TATTTATGCGTGTATTGGTC+AGG - Chr1:80583191-80583210 MsG0180004637.01.T01:CDS 35.0%
ATGGTCTCTAATGGTTCAAG+AGG - Chr1:80582527-80582546 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
CTATTTGCCACAATTCAAGG+AGG + Chr1:80582814-80582833 None:intergenic 40.0%
GCACTATTTGCCACAATTCA+AGG + Chr1:80582817-80582836 None:intergenic 40.0%
GGCAAATAGTGCATTGTGAT+TGG - Chr1:80582825-80582844 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
GTTGAACTTCATGCCAAGAT+CGG - Chr1:80582498-80582517 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
TCAATATGGAGAAGGCAACT+GGG - Chr1:80582353-80582372 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
TCAGTTGCCTATCATTTACG+CGG - Chr1:80582626-80582645 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
TTTCACTTGTGTTAGTTGCC+TGG - Chr1:80583395-80583414 MsG0180004637.01.T01:CDS 40.0%
! AAGGTATGTCCTTTTGTCAC+TGG + Chr1:80583116-80583135 None:intergenic 40.0%
! AGGAGGTGTGACTGAAAAAT+AGG + Chr1:80582797-80582816 None:intergenic 40.0%
!!! AACACCGAACTTTTTCGATG+TGG - Chr1:80582390-80582409 MsG0180004637.01.T01:intron 40.0%
AAAAGGACCATGGTCACTTG+AGG - Chr1:80582302-80582321 MsG0180004637.01.T01:intron 45.0%
AGTCACACCTCCTTGAATTG+TGG - Chr1:80582804-80582823 MsG0180004637.01.T01:intron 45.0%
GGATTTGTACTAACAAGGGG+TGG - Chr1:80583089-80583108 MsG0180004637.01.T01:intron 45.0%
GTCAATATGGAGAAGGCAAC+TGG - Chr1:80582352-80582371 MsG0180004637.01.T01:intron 45.0%
TCATCTTCCTCAAGTGACCA+TGG + Chr1:80582312-80582331 None:intergenic 45.0%
AGACCATTTGGGTCCGATCT+TGG + Chr1:80582514-80582533 None:intergenic 50.0%
ATGCCAAGATCGGACCCAAA+TGG - Chr1:80582508-80582527 MsG0180004637.01.T01:intron 50.0%
CGGACCCAAATGGTCTCTAA+TGG - Chr1:80582518-80582537 MsG0180004637.01.T01:intron 50.0%
AGGGGTGGTCCAGTGACAAA+AGG - Chr1:80583104-80583123 MsG0180004637.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 80582246 80583481 80582246 ID=MsG0180004637.01;Name=MsG0180004637.01
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Chr1 exon 80583179 80583481 80583179 ID=MsG0180004637.01.T01:exon:34040;Parent=MsG0180004637.01.T01
Chr1 CDS 80583179 80583481 80583179 ID=MsG0180004637.01.T01:cds;Parent=MsG0180004637.01.T01
Chr1 CDS 80582246 80582317 80582246 ID=MsG0180004637.01.T01:cds;Parent=MsG0180004637.01.T01
Chr1 mRNA 80583298 80583369 80583298 ID=MsG0180004637.01.T02;Parent=MsG0180004637.01;Name=MsG0180004637.01.T02;_AED=0.44;_eAED=1.00;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|23
Chr1 exon 80583298 80583369 80583298 ID=MsG0180004637.01.T02:exon:34042;Parent=MsG0180004637.01.T02
Chr1 CDS 80583298 80583369 80583298 ID=MsG0180004637.01.T02:cds;Parent=MsG0180004637.01.T02
Gene Sequence

>MsG0180004637.01.T02

ATGGAGAAGGCAACTGGGATGCAGTTCGAAAGAACACCGAACTTTTTCGATGTGGTAAAAGTTGTCGTTTAA

>MsG0180004637.01.T01

ATGTGCTTATTTTCAAAGCAAGAAAAAGGTAATGATGGTGATGCTAATACATTGAAAAAAGGACCATGGTCACTTGAGGAAGATGAAAAATTAAGAGTATACATAAGTCAATATGGAGAAGGCAACTGGGATGCAGTTCGAAAGAACACCGAACTTTTTCGATGTGGTAAAAGTTGTCGTTTAAGATGGCTTAATCACCTAAATCCTAATTTAAAAAAGGGTCCAATTACTAAAGAAGAAGAACTTAAAATGGTTGAACTTCATGCCAAGATCGGACCCAAATGGTCTCTAATGGTTCAAGAGTTGCCTGGAAGAACAGATAATGAGATAAAAGAACTTCTGGAATATAAGAACAAGGAAACGTACAAAACTTGA
Protein sequence

>MsG0180004637.01.T02

MEKATGMQFERTPNFFDVVKVVV*

>MsG0180004637.01.T01

MCLFSKQEKGNDGDANTLKKGPWSLEEDEKLRVYISQYGEGNWDAVRKNTELFRCGKSCRLRWLNHLNPNLKKGPITKEEELKMVELHAKIGPKWSLMVQELPGRTDNEIKELLEYKNKETYKT*