AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004702.01

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MsG0180004702.01.T03 AT1G47760 33.333 111 67 3 1 110 1 105 7.49e-12 60.8
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MsG0180004702.01.T01 AT5G27960 28.758 153 92 2 4 139 2 154 4.05e-14 68.2
MsG0180004702.01.T01 AT5G27810 40.789 76 44 1 27 101 15 90 7.71e-14 63.9
MsG0180004702.01.T01 AT2G28700 29.661 118 66 2 1 101 1 118 5.49e-11 59.3
MsG0180004702.01.T02 AT5G26630 35.256 156 75 3 1 130 1 156 1.04e-23 91.7
MsG0180004702.01.T02 AT5G48670 36.538 156 73 3 1 130 1 156 5.59e-18 78.2
MsG0180004702.01.T02 AT1G65330 33.117 154 77 2 3 130 2 155 6.97e-17 74.7
MsG0180004702.01.T02 AT1G65300 30.519 154 81 2 3 130 2 155 3.55e-14 67.4
MsG0180004702.01.T02 AT3G05860 30.872 149 77 2 1 123 1 149 7.97e-14 65.5
MsG0180004702.01.T02 AT3G05860 30.872 149 77 2 1 123 1 149 2.32e-13 65.1
MsG0180004702.01.T02 AT3G05860 30.872 149 77 2 1 123 1 149 2.81e-13 64.7
MsG0180004702.01.T02 AT5G26650 28.105 153 84 2 4 130 2 154 1.70e-12 63.2
MsG0180004702.01.T02 AT1G31640 25.503 149 86 2 3 126 2 150 4.70e-12 62.0

Find 25 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 33 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTGAAGATGTTCCCTAGCTT+TGG 0.376916 1:+81510033 None:intergenic
GCCGGATGGTTTGACCGTTT+CGG 0.379706 1:-81509939 MsG0180004702.01.T03:CDS
TGTTTAGCCTTCTCTAGATC+TGG 0.403006 1:+81510139 None:intergenic
CTTTGGTAATCCTCTGCAAT+AGG 0.405146 1:+81510050 None:intergenic
AGATCTAGAGAAGGCTAAAC+AGG 0.406038 1:-81510137 MsG0180004702.01.T03:CDS
CTCTGATGATTCGGCAAGAA+AGG 0.409977 1:-81510281 MsG0180004702.01.T03:CDS
TTTCACCTTCTTCCTAGTCA+TGG 0.473113 1:+81510315 None:intergenic
TCCGAAACGGTCAAACCATC+CGG 0.476793 1:+81509938 None:intergenic
TCTGCAATAGGAAGCTCTCT+TGG 0.511328 1:+81510062 None:intergenic
AGCTGGAATACCGCATAGAA+TGG 0.529502 1:+81510207 None:intergenic
TTGGAAATTATAGCACAAGC+TGG 0.550429 1:+81510190 None:intergenic
TTGCATTGCAAGCCATGACT+AGG 0.554602 1:-81510327 None:intergenic
GCAAGCCATGACTAGGAAGA+AGG 0.558932 1:-81510320 None:intergenic
AAACTCTTTCAAATCCGAAA+CGG 0.563009 1:+81509925 None:intergenic
TGCAGAGGATTACCAAAGCT+AGG 0.568390 1:-81510045 MsG0180004702.01.T03:CDS
GCAGAGGATTACCAAAGCTA+GGG 0.571791 1:-81510044 MsG0180004702.01.T03:CDS
GGGAACATCTTCAAAAGCAA+AGG 0.603982 1:-81510024 MsG0180004702.01.T03:CDS
TGAGAGGTATCAAAATTCAT+CGG 0.625826 1:-81510110 MsG0180004702.01.T03:CDS
AAGAGAGCTTCCTATTGCAG+AGG 0.626560 1:-81510060 MsG0180004702.01.T03:CDS
AGGCTAAACAGGTGATTGAG+AGG 0.629216 1:-81510126 MsG0180004702.01.T03:CDS
TTGATTCTAAAACAGAGGTG+TGG 0.633348 1:-81510162 MsG0180004702.01.T03:CDS
AAGGCACGACAATCGTGAGA+AGG 0.638977 1:-81510005 MsG0180004702.01.T03:CDS
GGTGTGGCCAGATCTAGAGA+AGG 0.655354 1:-81510146 MsG0180004702.01.T03:CDS
GATAACAAGATTGATGCACT+CGG 0.692256 1:-81509869 MsG0180004702.01.T03:CDS
AGCGAACTCACCATTCTATG+CGG 0.710886 1:-81510217 MsG0180004702.01.T03:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AACCTATAAGAAAAGAAAAA+AGG - Chr1:81509921-81509940 MsG0180004702.01.T03:CDS 20.0%
!! ACCTATAAGAAAAGAAAAAA+GGG - Chr1:81509922-81509941 MsG0180004702.01.T03:CDS 20.0%
! GCTAATTGAGAAAAATATGA+AGG - Chr1:81510281-81510300 MsG0180004702.01.T03:CDS 25.0%
!!! AAAAAAGGGTATCATCAAAA+AGG - Chr1:81509936-81509955 MsG0180004702.01.T03:CDS 25.0%
!!! ACCCTTTTTTCTTTTCTTAT+AGG + Chr1:81509926-81509945 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTTTAGAATCAAAAGGAT+TGG + Chr1:81510010-81510029 None:intergenic 25.0%
AAACTCTTTCAAATCCGAAA+CGG + Chr1:81510256-81510275 None:intergenic 30.0%
! TGCTTTTATCTCTGATGATT+CGG - Chr1:81509888-81509907 MsG0180004702.01.T03:CDS 30.0%
!! TGAGAGGTATCAAAATTCAT+CGG - Chr1:81510068-81510087 MsG0180004702.01.T03:CDS 30.0%
!!! ACCTCTGTTTTAGAATCAAA+AGG + Chr1:81510015-81510034 None:intergenic 30.0%
!!! TCCTTTTGATTCTAAAACAG+AGG - Chr1:81510011-81510030 MsG0180004702.01.T03:CDS 30.0%
CATGAAAAACAAAAAGCTGC+CGG - Chr1:81510221-81510240 MsG0180004702.01.T03:CDS 35.0%
GATAACAAGATTGATGCACT+CGG - Chr1:81510309-81510328 MsG0180004702.01.T03:CDS 35.0%
TTGGAAATTATAGCACAAGC+TGG + Chr1:81509991-81510010 None:intergenic 35.0%
!! TTGATTCTAAAACAGAGGTG+TGG - Chr1:81510016-81510035 MsG0180004702.01.T03:CDS 35.0%
AAAAACAAAAAGCTGCCGGA+TGG - Chr1:81510225-81510244 MsG0180004702.01.T03:CDS 40.0%
AGATCTAGAGAAGGCTAAAC+AGG - Chr1:81510041-81510060 MsG0180004702.01.T03:CDS 40.0%
GGGAACATCTTCAAAAGCAA+AGG - Chr1:81510154-81510173 MsG0180004702.01.T03:CDS 40.0%
TTGAAGATGTTCCCTAGCTT+TGG + Chr1:81510148-81510167 None:intergenic 40.0%
! CTTTGGTAATCCTCTGCAAT+AGG + Chr1:81510131-81510150 None:intergenic 40.0%
! TGTTTAGCCTTCTCTAGATC+TGG + Chr1:81510042-81510061 None:intergenic 40.0%
AAGAGAGCTTCCTATTGCAG+AGG - Chr1:81510118-81510137 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
AGCGAACTCACCATTCTATG+CGG - Chr1:81509961-81509980 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
AGCTGGAATACCGCATAGAA+TGG + Chr1:81509974-81509993 None:intergenic 45.0%
AGGCTAAACAGGTGATTGAG+AGG - Chr1:81510052-81510071 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
GCAGAGGATTACCAAAGCTA+GGG - Chr1:81510134-81510153 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
TCTGCAATAGGAAGCTCTCT+TGG + Chr1:81510119-81510138 None:intergenic 45.0%
TGCAGAGGATTACCAAAGCT+AGG - Chr1:81510133-81510152 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
! CTCTGATGATTCGGCAAGAA+AGG - Chr1:81509897-81509916 MsG0180004702.01.T03:CDS 45.0%
AAGGCACGACAATCGTGAGA+AGG - Chr1:81510173-81510192 MsG0180004702.01.T03:CDS 50.0%
TCCGAAACGGTCAAACCATC+CGG + Chr1:81510243-81510262 None:intergenic 50.0%
GCCGGATGGTTTGACCGTTT+CGG - Chr1:81510239-81510258 MsG0180004702.01.T03:CDS 55.0%
GGTGTGGCCAGATCTAGAGA+AGG - Chr1:81510032-81510051 MsG0180004702.01.T03:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01;Name=MsG0180004702.01
Chr1 mRNA 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01.T01;Parent=MsG0180004702.01;Name=MsG0180004702.01.T01;_AED=0.08;_eAED=0.08;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|140
Chr1 exon 81509865 81510208 81509865 ID=MsG0180004702.01.T01:exon:8446;Parent=MsG0180004702.01.T01
Chr1 exon 81510257 81510335 81510257 ID=MsG0180004702.01.T01:exon:8445;Parent=MsG0180004702.01.T01
Chr1 CDS 81510257 81510335 81510257 ID=MsG0180004702.01.T01:cds;Parent=MsG0180004702.01.T01
Chr1 CDS 81509865 81510208 81509865 ID=MsG0180004702.01.T01:cds;Parent=MsG0180004702.01.T01
Chr1 mRNA 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01.T02;Parent=MsG0180004702.01;Name=MsG0180004702.01.T02;_AED=0.11;_eAED=0.11;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|131
Chr1 exon 81509865 81510167 81509865 ID=MsG0180004702.01.T02:exon:8448;Parent=MsG0180004702.01.T02
Chr1 exon 81510243 81510335 81510243 ID=MsG0180004702.01.T02:exon:8447;Parent=MsG0180004702.01.T02
Chr1 CDS 81510243 81510335 81510243 ID=MsG0180004702.01.T02:cds;Parent=MsG0180004702.01.T02
Chr1 CDS 81509865 81510167 81509865 ID=MsG0180004702.01.T02:cds;Parent=MsG0180004702.01.T02
Chr1 mRNA 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01.T03;Parent=MsG0180004702.01;Name=MsG0180004702.01.T03;_AED=0.03;_eAED=0.03;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|156
Chr1 exon 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01.T03:exon:8449;Parent=MsG0180004702.01.T03
Chr1 CDS 81509865 81510335 81509865 ID=MsG0180004702.01.T03:cds;Parent=MsG0180004702.01.T03
Gene Sequence

>MsG0180004702.01.T03

ATGACTAGGAAGAAGGTGAAACTTGCTTTTATCTCTGATGATTCGGCAAGAAAGGCAACCTATAAGAAAAGAAAAAAGGGTATCATCAAAAAGGTGAGCGAACTCACCATTCTATGCGGTATTCCAGCTTGTGCTATAATTTCCAATCCTTTTGATTCTAAAACAGAGGTGTGGCCAGATCTAGAGAAGGCTAAACAGGTGATTGAGAGGTATCAAAATTCATCGGTGAAAGATGAAACAAAGAATGTGAACCAAGAGAGCTTCCTATTGCAGAGGATTACCAAAGCTAGGGAACATCTTCAAAAGCAAAGGCACGACAATCGTGAGAAGGAGTTGAACGTTCTTATGATTGAGTACATGAAAAACAAAAAGCTGCCGGATGGTTTGACCGTTTCGGATTTGAAAGAGTTTGATAAGCTAATTGAGAAAAATATGAAGGAGATTGATAACAAGATTGATGCACTCGGTTGA

>MsG0180004702.01.T01

ATGACTAGGAAGAAGGTGAAACTTGCTTTTATCTCTGATGATTCGGCAAGAAAGGCAACCTATAAGAAAAGAAAAAAGGCTTGTGCTATAATTTCCAATCCTTTTGATTCTAAAACAGAGGTGTGGCCAGATCTAGAGAAGGCTAAACAGGTGATTGAGAGGTATCAAAATTCATCGGTGAAAGATGAAACAAAGAATGTGAACCAAGAGAGCTTCCTATTGCAGAGGATTACCAAAGCTAGGGAACATCTTCAAAAGCAAAGGCACGACAATCGTGAGAAGGAGTTGAACGTTCTTATGATTGAGTACATGAAAAACAAAAAGCTGCCGGATGGTTTGACCGTTTCGGATTTGAAAGAGTTTGATAAGCTAATTGAGAAAAATATGAAGGAGATTGATAACAAGATTGATGCACTCGGTTGA

>MsG0180004702.01.T02

ATGACTAGGAAGAAGGTGAAACTTGCTTTTATCTCTGATGATTCGGCAAGAAAGGCAACCTATAAGAAAAGAAAAAAGGGTATCATCAAAAAGGTGTGGCCAGATCTAGAGAAGGCTAAACAGGTGATTGAGAGGTATCAAAATTCATCGGTGAAAGATGAAACAAAGAATGTGAACCAAGAGAGCTTCCTATTGCAGAGGATTACCAAAGCTAGGGAACATCTTCAAAAGCAAAGGCACGACAATCGTGAGAAGGAGTTGAACGTTCTTATGATTGAGTACATGAAAAACAAAAAGCTGCCGGATGGTTTGACCGTTTCGGATTTGAAAGAGTTTGATAAGCTAATTGAGAAAAATATGAAGGAGATTGATAACAAGATTGATGCACTCGGTTGA
Protein sequence

>MsG0180004702.01.T03

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>MsG0180004702.01.T01

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>MsG0180004702.01.T02

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