AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004726.01

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MsG0180004726.01.T02 AT4G14540 62.745 102 34 2 20 118 19 119 2.66e-41 134
MsG0180004726.01.T02 AT3G53340 60.952 105 37 2 17 118 24 127 3.27e-41 134
MsG0180004726.01.T02 AT3G53340 60.952 105 37 2 17 118 24 127 3.27e-41 134
MsG0180004726.01.T02 AT3G53340 63.265 98 32 2 17 111 24 120 8.17e-40 131
MsG0180004726.01.T02 AT3G53340 63.265 98 32 2 17 111 24 120 8.17e-40 131
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 59.813 107 38 3 23 125 22 127 8.83e-40 130
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 59.813 107 38 3 23 125 22 127 1.41e-39 129
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 59.813 107 38 3 23 125 22 127 1.41e-39 129
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 59.813 107 38 3 23 125 22 127 1.41e-39 129
MsG0180004726.01.T02 AT3G53340 62.887 97 32 2 17 110 24 119 3.51e-39 128
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MsG0180004726.01.T02 AT2G37060 62.245 98 33 2 17 111 25 121 7.14e-39 129
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 65.934 91 27 2 23 110 22 111 1.98e-38 125
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MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 65.934 91 27 2 23 110 22 111 5.85e-38 126
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 65.934 91 27 2 23 110 22 111 5.85e-38 126
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 65.934 91 27 2 23 110 22 111 7.37e-38 126
MsG0180004726.01.T02 AT2G38880 65.934 91 27 2 23 110 22 111 7.37e-38 126
MsG0180004726.01.T02 AT5G47670 61.053 95 33 2 23 114 30 123 4.67e-36 122
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MsG0180004726.01.T02 AT5G47670 61.053 95 33 2 23 114 59 152 7.14e-36 123
MsG0180004726.01.T02 AT1G21970 53.684 95 40 2 23 114 60 153 7.41e-31 110
MsG0180004726.01.T02 AT5G23090 28.037 107 71 3 14 115 3 108 5.60e-12 59.7
MsG0180004726.01.T02 AT5G23090 28.155 103 68 3 14 111 3 104 8.09e-11 56.6
MsG0180004726.01.T02 AT5G23090 28.155 103 68 3 14 111 3 104 8.09e-11 56.6
MsG0180004726.01.T02 AT5G23090 28.155 103 68 3 14 111 3 104 8.09e-11 56.6

Find 33 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 50 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CACTCTTGCATTGTTTCCTT+TGG 0.194156 1:+81875681 None:intergenic
GCATAGATATAGAGAATTAG+AGG 0.332962 1:-81875508 MsG0180004726.01.T01:intron
ACTCTTGCATTGTTTCCTTT+GGG 0.333372 1:+81875682 None:intergenic
CGATGATATATGTTGGGCTT+TGG 0.361762 1:-81875577 MsG0180004726.01.T01:CDS
GATGATATATGTTGGGCTTT+GGG 0.371039 1:-81875576 MsG0180004726.01.T01:CDS
TGAATATTATTAGTAGTAGT+TGG 0.374870 1:+81875474 None:intergenic
AACGTTGTTATCCATCGTTT+TGG 0.403126 1:+81875813 None:intergenic
ATCCTCCCAACATTTGCAAT+TGG 0.423560 1:+81875738 None:intergenic
CGTGAACAAAGAATCTATAA+TGG 0.428042 1:+81874905 None:intergenic
TGTTGGGCTTTGGGGACACT+TGG 0.433132 1:-81875567 MsG0180004726.01.T01:CDS
TTGTTACCAATTGCAAATGT+TGG 0.438960 1:-81875744 MsG0180004726.01.T02:CDS
TGTTACCAATTGCAAATGTT+GGG 0.447901 1:-81875743 MsG0180004726.01.T02:CDS
TCCTTTAATAACGTTGAAAA+CGG 0.453836 1:-81875781 MsG0180004726.01.T02:CDS
ACTAATAATATTCAAAATAG+AGG 0.455896 1:-81875465 MsG0180004726.01.T01:intron
ATTATTATGTTGCGTGGTTG+TGG 0.456339 1:-81874942 MsG0180004726.01.T01:CDS
GAAAGGAGAAAGACAGTGAA+TGG 0.488041 1:-81875603 MsG0180004726.01.T01:CDS
TGAAAACGGAGGCACAAGAT+AGG 0.505295 1:-81875767 MsG0180004726.01.T02:CDS
CAGAGAAATGCAGGAAGGAA+AGG 0.518431 1:-81875620 MsG0180004726.01.T01:CDS
ATGATATATGTTGGGCTTTG+GGG 0.541154 1:-81875575 MsG0180004726.01.T01:CDS
GTGACGCATCAGAGAAATGC+AGG 0.541912 1:-81875629 MsG0180004726.01.T01:CDS
GGTAGAAGAGGTCAAGATGA+TGG 0.543218 1:+81875245 None:intergenic
GTTGTGAACATTGGTAGAAG+AGG 0.557194 1:+81875233 None:intergenic
TGGTGACGATGATATATGTT+GGG 0.557816 1:-81875583 MsG0180004726.01.T01:CDS
TCTATAATTATTATGTTGCG+TGG 0.573429 1:-81874948 MsG0180004726.01.T01:CDS
CTTTGCAATGTTTGTAACTG+TGG 0.584097 1:+81874974 None:intergenic
ACGATGGATAACAACGTTGG+AGG 0.595391 1:-81875808 MsG0180004726.01.T02:CDS
TTTAATAACGTTGAAAACGG+AGG 0.598517 1:-81875778 MsG0180004726.01.T02:CDS
TACCAATTGCAAATGTTGGG+AGG 0.600846 1:-81875740 MsG0180004726.01.T02:CDS
CAGACAAATTAATGTAATTG+CGG 0.622913 1:-81874997 MsG0180004726.01.T01:CDS
CGCATCAGAGAAATGCAGGA+AGG 0.623973 1:-81875625 MsG0180004726.01.T01:CDS
ATGGTGACGATGATATATGT+TGG 0.624511 1:-81875584 MsG0180004726.01.T01:CDS
AAAACGATGGATAACAACGT+TGG 0.647821 1:-81875811 MsG0180004726.01.T02:CDS
TAATAAAGGAACCAAAACGA+TGG 0.660654 1:-81875824 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTAATTTCTTGTCTTAA+GGG - Chr1:81875258-81875277 MsG0180004726.01.T01:CDS 15.0%
!! ACTAATAATATTCAAAATAG+AGG - Chr1:81875235-81875254 MsG0180004726.01.T01:CDS 15.0%
!! CTATATATATGTAATGAACA+TGG + Chr1:81875623-81875642 None:intergenic 20.0%
!! GAAATTAATTTCTTGTCTTA+AGG - Chr1:81875257-81875276 MsG0180004726.01.T01:CDS 20.0%
!! TGAATATTATTAGTAGTAGT+TGG + Chr1:81875229-81875248 None:intergenic 20.0%
!! TGGAAACTTAATTAATTTCA+TGG + Chr1:81875603-81875622 None:intergenic 20.0%
!!! ATTCTAAAAAAACAAAGTCA+AGG + Chr1:81875401-81875420 None:intergenic 20.0%
!!! TTCTAAAAAAACAAAGTCAA+GGG + Chr1:81875400-81875419 None:intergenic 20.0%
! ACAACTAAGATGAAATCAAA+CGG + Chr1:81875576-81875595 None:intergenic 25.0%
! CAGACAAATTAATGTAATTG+CGG - Chr1:81875703-81875722 MsG0180004726.01.T01:CDS 25.0%
! TCCTTTAATAACGTTGAAAA+CGG - Chr1:81874919-81874938 MsG0180004726.01.T01:CDS 25.0%
! TCTATAATTATTATGTTGCG+TGG - Chr1:81875752-81875771 MsG0180004726.01.T02:CDS 25.0%
! TGAAATCAAACGGTTTAATA+TGG + Chr1:81875566-81875585 None:intergenic 25.0%
!!! TATATAGTTCTAAATTGCAG+TGG - Chr1:81875636-81875655 MsG0180004726.01.T01:CDS 25.0%
ATGACACATTAAGAAAACCT+TGG + Chr1:81875284-81875303 None:intergenic 30.0%
CGTGAACAAAGAATCTATAA+TGG + Chr1:81875798-81875817 None:intergenic 30.0%
GCATAGATATAGAGAATTAG+AGG - Chr1:81875192-81875211 MsG0180004726.01.T01:intron 30.0%
TGTTACCAATTGCAAATGTT+GGG - Chr1:81874957-81874976 MsG0180004726.01.T01:CDS 30.0%
TTGTTACCAATTGCAAATGT+TGG - Chr1:81874956-81874975 MsG0180004726.01.T01:CDS 30.0%
TTTAATAACGTTGAAAACGG+AGG - Chr1:81874922-81874941 MsG0180004726.01.T01:CDS 30.0%
! AACGGTTTAATATGGACTTT+TGG + Chr1:81875558-81875577 None:intergenic 30.0%
! ACGGTTTAATATGGACTTTT+GGG + Chr1:81875557-81875576 None:intergenic 30.0%
! TCCGTTTTCAACGTTATTAA+AGG + Chr1:81874923-81874942 None:intergenic 30.0%
AAAACGATGGATAACAACGT+TGG - Chr1:81874889-81874908 MsG0180004726.01.T01:CDS 35.0%
ACAGAATGCAAAAATCCCAA+AGG - Chr1:81875003-81875022 MsG0180004726.01.T01:CDS 35.0%
ACTCTTGCATTGTTTCCTTT+GGG + Chr1:81875021-81875040 None:intergenic 35.0%
ATGATATATGTTGGGCTTTG+GGG - Chr1:81875125-81875144 MsG0180004726.01.T01:intron 35.0%
ATTATTATGTTGCGTGGTTG+TGG - Chr1:81875758-81875777 MsG0180004726.01.T02:CDS 35.0%
CTTTGCAATGTTTGTAACTG+TGG + Chr1:81875729-81875748 None:intergenic 35.0%
GATGATATATGTTGGGCTTT+GGG - Chr1:81875124-81875143 MsG0180004726.01.T01:intron 35.0%
TCACAACAAAACGCTTTCAT+TGG - Chr1:81875483-81875502 MsG0180004726.01.T01:intron 35.0%
! AACGTTGTTATCCATCGTTT+TGG + Chr1:81874890-81874909 None:intergenic 35.0%
! ATGGTGACGATGATATATGT+TGG - Chr1:81875116-81875135 MsG0180004726.01.T01:intron 35.0%
! TGGTGACGATGATATATGTT+GGG - Chr1:81875117-81875136 MsG0180004726.01.T01:intron 35.0%
!! AAGCGTTTTGTTGTGAACAT+TGG + Chr1:81875479-81875498 None:intergenic 35.0%
!! TTTGGGATTTTTGCATTCTG+TGG + Chr1:81875004-81875023 None:intergenic 35.0%
ATCCTCCCAACATTTGCAAT+TGG + Chr1:81874965-81874984 None:intergenic 40.0%
ATTTCTTGTCTTAAGGGCCA+AGG - Chr1:81875264-81875283 MsG0180004726.01.T01:CDS 40.0%
CACTCTTGCATTGTTTCCTT+TGG + Chr1:81875022-81875041 None:intergenic 40.0%
CGATGATATATGTTGGGCTT+TGG - Chr1:81875123-81875142 MsG0180004726.01.T01:intron 40.0%
GAAAGGAGAAAGACAGTGAA+TGG - Chr1:81875097-81875116 MsG0180004726.01.T01:intron 40.0%
GTTGTGAACATTGGTAGAAG+AGG + Chr1:81875470-81875489 None:intergenic 40.0%
TACCAATTGCAAATGTTGGG+AGG - Chr1:81874960-81874979 MsG0180004726.01.T01:CDS 40.0%
ACGATGGATAACAACGTTGG+AGG - Chr1:81874892-81874911 MsG0180004726.01.T01:CDS 45.0%
CAGAGAAATGCAGGAAGGAA+AGG - Chr1:81875080-81875099 MsG0180004726.01.T01:intron 45.0%
GGTAGAAGAGGTCAAGATGA+TGG + Chr1:81875458-81875477 None:intergenic 45.0%
! TGAAAACGGAGGCACAAGAT+AGG - Chr1:81874933-81874952 MsG0180004726.01.T01:CDS 45.0%
CGCATCAGAGAAATGCAGGA+AGG - Chr1:81875075-81875094 MsG0180004726.01.T01:intron 50.0%
GTGACGCATCAGAGAAATGC+AGG - Chr1:81875071-81875090 MsG0180004726.01.T01:intron 50.0%
!! TGTTGGGCTTTGGGGACACT+TGG - Chr1:81875133-81875152 MsG0180004726.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 81874881 81875841 81874881 ID=MsG0180004726.01;Name=MsG0180004726.01
Chr1 mRNA 81874881 81875736 81874881 ID=MsG0180004726.01.T01;Parent=MsG0180004726.01;Name=MsG0180004726.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.64;_QI=0|0|0|1|0|0.33|3|0|181
Chr1 exon 81874881 81875066 81874881 ID=MsG0180004726.01.T01:exon:34751;Parent=MsG0180004726.01.T01
Chr1 exon 81875225 81875356 81875225 ID=MsG0180004726.01.T01:exon:34750;Parent=MsG0180004726.01.T01
Chr1 exon 81875509 81875736 81875509 ID=MsG0180004726.01.T01:exon:34749;Parent=MsG0180004726.01.T01
Chr1 CDS 81875509 81875736 81875509 ID=MsG0180004726.01.T01:cds;Parent=MsG0180004726.01.T01
Chr1 CDS 81875225 81875356 81875225 ID=MsG0180004726.01.T01:cds;Parent=MsG0180004726.01.T01
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Chr1 mRNA 81875458 81875841 81875458 ID=MsG0180004726.01.T02;Parent=MsG0180004726.01;Name=MsG0180004726.01.T02;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|127
Chr1 exon 81875458 81875841 81875458 ID=MsG0180004726.01.T02:exon:34752;Parent=MsG0180004726.01.T02
Chr1 CDS 81875458 81875841 81875458 ID=MsG0180004726.01.T02:cds;Parent=MsG0180004726.01.T02
Chr1 mRNA 81875458 81875736 81875458 ID=MsG0180004726.01.T03;Parent=MsG0180004726.01;Name=MsG0180004726.01.T03;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|92
Chr1 exon 81875458 81875736 81875458 ID=MsG0180004726.01.T03:exon:34753;Parent=MsG0180004726.01.T03
Chr1 CDS 81875458 81875736 81875458 ID=MsG0180004726.01.T03:cds;Parent=MsG0180004726.01.T03
Gene Sequence

>MsG0180004726.01.T03

ATGAAGCAGATATTACCACAGAATGCAAAAATCCCAAAGGAAACAATGCAAGAGTGTGTGTCAGAGTTTATAAGCTTTGTGACAAGTGACGCATCAGAGAAATGCAGGAAGGAAAGGAGAAAGACAGTGAATGGTGACGATGATATATGTTGGGCTTTGGGGACACTTGGTTTTGATGATTATGCTGAACAAATAAGAAAGTATTTGCATAGATATAGAGAATTAGAGGTAGAAAGAACACCAACTACTACTAATAATATTCAAAATAGAGGAAATTAA

>MsG0180004726.01.T01

ATGAAGCAGATATTACCACAGAATGCAAAAATCCCAAAGGAAACAATGCAAGAGTGTGTGTCAGAGTTTATAAGCTTTGTGACAAGTGACGCATCAGAGAAATGCAGGAAGGAAAGGAGAAAGACAGTGAATGGTGACGATGATATATGTTGGGCTTTGGGGACACTTGGTTTTGATGATTATGCTGAACAAATAAGAAAGTATTTGCATAGATATAGAGAATTAGAGAATTACATGTTTGATTTGCTGAACTTGAGATCCCTTGACTTTGTTTTTTTAGAATTGAAATTGTTGAACTTGCTCAGATCAGATTATATCCATCATCTTGACCTCTTCTACCAATGTTCACAACAAAACGCTTGGCAGTTACAACATTACGCTGCAGACTTTTATATTCTGATAAAATGCAGACAAATTAATGTAATTGCGGCCACAGTTACAAACATTGCAAAGACTTCTATAATTATTATGTTGCGTGGTTGTGGAGAGCAATTTAAAACCATTATAGATTCTTTGTTCACGCTTCTTGTTTTTAATTTTAATTAA

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Protein sequence

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