AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0280009970.01

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MsG0280009970.01.T01 AT2G02800 42.391 368 154 8 52 412 53 369 4.43e-86 269
MsG0280009970.01.T01 AT1G14370 42.450 351 147 7 64 410 71 370 8.91e-85 265
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MsG0280009970.01.T01 AT5G18500 31.214 346 172 11 67 407 154 438 4.68e-39 146
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MsG0280009970.01.T01 AT1G53430 33.528 343 168 9 67 407 657 941 1.08e-38 149
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MsG0280009970.01.T01 AT1G68690 29.494 356 180 9 62 409 360 652 1.10e-38 148
MsG0280009970.01.T01 AT1G68690 29.494 356 180 9 62 409 360 652 1.10e-38 148
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MsG0280009970.01.T01 AT1G06700 30.347 346 186 11 67 409 56 349 8.77e-38 140
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MsG0280009970.01.T01 AT1G56720 30.946 349 169 12 67 407 167 451 1.60e-37 142
MsG0280009970.01.T01 AT1G56720 30.946 349 169 12 67 407 167 451 1.60e-37 142
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MsG0280009970.01.T01 AT1G48210 28.141 398 208 13 28 409 12 347 3.10e-34 131
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MsG0280009970.01.T01 AT2G18470 27.168 346 189 7 66 407 271 557 1.09e-33 133
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MsG0280009970.01.T01 AT1G55200 27.378 347 183 9 67 407 367 650 1.37e-32 130
MsG0280009970.01.T01 AT1G55200 27.378 347 183 9 67 407 367 650 1.37e-32 130
MsG0280009970.01.T01 AT3G04690 31.476 359 170 13 67 414 505 798 1.41e-32 130
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MsG0280009970.01.T01 AT3G08760 31.930 285 137 6 130 411 227 457 1.65e-32 129
MsG0280009970.01.T01 AT2G25220 30.368 326 158 8 56 375 123 385 1.71e-32 127
MsG0280009970.01.T01 AT1G24030 32.130 277 124 9 66 336 49 267 2.01e-32 124
MsG0280009970.01.T01 AT1G06840 29.282 362 186 11 54 409 600 897 2.02e-32 130
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MsG0280009970.01.T01 AT1G51790 29.070 344 178 9 67 408 619 898 2.55e-32 130
MsG0280009970.01.T01 AT4G11900 30.114 352 178 10 58 403 516 805 2.61e-32 130
MsG0280009970.01.T01 AT1G25390 29.111 371 187 10 54 411 262 569 2.91e-32 129
MsG0280009970.01.T01 AT1G25390 29.111 371 187 10 54 411 262 569 2.91e-32 129
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MsG0280009970.01.T01 AT1G53730 29.360 344 176 13 64 401 401 683 1.82e-29 121
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MsG0280009970.01.T01 AT5G38210 27.688 372 187 12 61 417 342 646 3.55e-27 114
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MsG0280009970.01.T01 AT1G07560 29.769 346 176 11 65 408 558 838 4.75e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT1G51830 27.195 353 193 9 65 415 374 664 5.26e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT1G51830 27.195 353 193 9 65 415 381 671 5.83e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT4G23130 28.286 350 176 10 67 406 328 612 6.34e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT2G19190 27.089 347 188 8 65 409 562 845 6.64e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT4G23130 28.286 350 176 10 67 406 332 616 7.02e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT3G20200 27.095 358 178 11 67 415 441 724 7.64e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT3G20200 27.095 358 178 11 67 415 441 724 7.64e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT3G20200 27.095 358 178 11 67 415 441 724 7.64e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT4G00970 27.429 350 165 10 72 403 337 615 7.88e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT2G14440 27.907 344 183 9 67 408 554 834 8.25e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT1G11050 28.056 360 178 11 67 407 283 580 8.40e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT3G13380 27.072 362 196 13 64 416 843 1145 8.53e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT1G17230 27.020 396 212 12 24 403 735 1069 8.58e-27 114
MsG0280009970.01.T01 AT5G25930 30.945 307 160 10 107 408 707 966 9.14e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT1G17230 27.020 396 212 12 24 403 735 1069 9.69e-27 113
MsG0280009970.01.T01 AT4G04510 29.360 344 175 9 67 406 327 606 1.00e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT4G04510 29.360 344 175 9 67 406 329 608 1.02e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT3G20200 27.095 358 178 11 67 415 441 724 1.04e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT1G31420 32.616 279 125 11 134 407 354 574 1.07e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT4G27290 28.333 360 186 13 53 403 484 780 1.31e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT1G31420 32.258 279 127 11 134 407 354 575 1.36e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G31420 32.258 279 127 11 134 407 354 575 1.36e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G34110 32.042 284 138 6 130 410 822 1053 1.50e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT2G01950 27.793 367 194 10 64 414 823 1134 1.62e-26 113
MsG0280009970.01.T01 AT1G60800 25.405 370 208 12 46 407 199 508 1.64e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G33170 28.329 353 180 11 67 406 807 1099 1.65e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G33170 28.329 353 180 11 67 406 807 1099 1.65e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT3G46420 26.333 300 166 7 111 408 556 802 1.74e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G34110 32.042 284 138 6 130 410 822 1053 1.86e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G51810 27.746 346 186 10 65 408 438 721 1.92e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT5G53890 29.429 350 181 12 65 409 740 1028 2.03e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G35620 31.429 280 129 10 134 408 352 573 2.08e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G35620 31.429 280 129 10 134 408 352 573 2.08e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G35620 31.429 280 129 10 134 408 352 573 2.08e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G35620 31.429 280 129 10 134 408 352 573 2.08e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G11520 27.222 360 179 12 67 412 213 503 2.09e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT1G70740 27.119 354 181 9 65 402 36 328 2.52e-26 110
MsG0280009970.01.T01 AT1G60800 25.405 370 208 11 46 407 266 575 2.59e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G07550 27.536 345 182 9 67 408 550 829 2.68e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT4G39400 28.333 360 177 13 64 410 868 1159 2.70e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G16160 28.571 371 186 11 53 412 406 708 2.72e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G51805 27.746 346 186 11 65 408 565 848 2.74e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT4G21400 28.075 374 199 11 38 403 309 620 2.76e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT2G23950 26.496 351 186 10 64 407 284 569 2.80e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT3G55950 31.215 362 182 12 67 411 484 795 3.02e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT5G61350 28.371 356 192 11 65 413 511 810 3.06e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT3G09780 26.744 344 168 8 67 409 508 768 3.15e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G51805 27.746 346 186 11 65 408 541 824 3.15e-26 112
MsG0280009970.01.T01 AT1G11130 26.685 371 191 12 43 409 396 689 3.33e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT1G51860 28.902 346 177 12 65 406 428 708 3.64e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT1G17540 28.035 346 166 11 67 403 397 668 3.95e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT1G70110 28.409 352 177 10 67 409 332 617 4.11e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT5G59680 28.094 299 162 7 111 408 605 851 4.23e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT3G45860 27.324 355 174 9 67 406 339 624 4.90e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT4G35030 35.165 182 113 5 227 406 58 236 4.97e-26 107
MsG0280009970.01.T01 AT1G51860 28.902 346 177 12 65 406 572 852 5.05e-26 111
MsG0280009970.01.T01 AT5G03140 27.066 351 180 10 67 406 362 647 5.15e-26 111

Find 85 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 124 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCAATGACACATTTGTTTAA+AGG 0.151542 2:+62072997 MsG0280009970.01.T01:CDS
CATATGTGCTTCTAAATTCT+AGG 0.240372 2:+62071247 MsG0280009970.01.T01:CDS
GAGATCATTGGAACAAATTC+AGG 0.254244 2:+62072971 MsG0280009970.01.T01:CDS
AACAATTTGACAACAATAAA+AGG 0.257308 2:-62071768 None:intergenic
GTTCACACACAAGGGAAAAT+AGG 0.261457 2:+62071821 MsG0280009970.01.T01:CDS
GGTTGTCGACCGGCCACTTT+TGG 0.292764 2:+62071678 MsG0280009970.01.T01:CDS
AAATTGTACCGATCACTATT+AGG 0.292924 2:-62072349 None:intergenic
AAGTGTGATGTGTATAGTTT+TGG 0.337214 2:+62072711 MsG0280009970.01.T01:CDS
ACCTGCACATTATGTAAATA+AGG 0.341190 2:+62072764 MsG0280009970.01.T01:CDS
TTATGTAAATAAGGCATATA+AGG 0.349243 2:+62072773 MsG0280009970.01.T01:CDS
ACTGGTTGGTTACTGCTTAG+AGG 0.356190 2:+62071657 MsG0280009970.01.T01:CDS
CTCACCACCTCATCCATGTT+TGG 0.358039 2:-62072951 None:intergenic
ATTTGTGACCATGGGAAGTT+TGG 0.367186 2:+62071708 MsG0280009970.01.T01:CDS
TGTGAAGTGGAGTGACAAAC+TGG 0.369952 2:+62071437 MsG0280009970.01.T01:CDS
CCTTTAAACAAATGTGTCAT+TGG 0.373058 2:-62072997 None:intergenic
TGTATGGAGAAACGAAATTT+AGG 0.375408 2:+62072928 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATGACATACTTCTAAACAAA+TGG 0.375919 2:-62071735 None:intergenic
AGCTGCTGCATTACATGGTC+TGG 0.394281 2:+62071856 MsG0280009970.01.T01:CDS
GAGGCAAAGGCCTTCACATC+AGG 0.401764 2:+62071137 MsG0280009970.01.T01:CDS
CCAACCAGTTTCACAAGATT+CGG 0.419137 2:-62071643 None:intergenic
CTAATTTCCAGCCACTCTCT+TGG 0.422448 2:+62072066 MsG0280009970.01.T01:CDS
TTCACACACAAGGGAAAATA+GGG 0.423402 2:+62071822 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATGGGTGGCGGCTTAAGTTC+AGG 0.437210 2:+62071102 MsG0280009970.01.T01:CDS
CAAGATTCGGATGGCGCAGC+TGG 0.438429 2:-62071630 None:intergenic
CCATCCGAATCTTGTGAAAC+TGG 0.438782 2:+62071639 MsG0280009970.01.T01:CDS
TTTATAGCTGCTGCATTACA+TGG 0.453035 2:+62071851 MsG0280009970.01.T01:CDS
CAGTGAAGGTTGCGTAATCA+AGG 0.459738 2:+62071356 MsG0280009970.01.T01:CDS
TTGCTTCAAGCAATGAGTAT+TGG 0.461107 2:-62072875 None:intergenic
TGGGTGGCGGCTTAAGTTCA+GGG 0.462040 2:+62071103 MsG0280009970.01.T01:CDS
GCCTTATTTACATAATGTGC+AGG 0.467757 2:-62072765 None:intergenic
TCGGATGGCGCAGCTGGTCC+AGG 0.473514 2:-62071624 None:intergenic
GAACTTTGGTCGAGATAGTA+AGG 0.475160 2:+62071332 MsG0280009970.01.T01:CDS
CATCAAGAGCTATCTTCATT+CGG 0.480982 2:-62072094 None:intergenic
ACTCAGGTGCTATGTAGCTC+TGG 0.483394 2:-62072396 None:intergenic
TAAGGAGCGTTTATCTGAAT+GGG 0.483890 2:+62072791 MsG0280009970.01.T01:CDS
TTGTTTATGTCGACGAGGAA+TGG 0.488677 2:-62072819 None:intergenic
GATAGCTCTTGATGCTGCTA+AGG 0.489710 2:+62072103 MsG0280009970.01.T01:CDS
AGTGACAAACTGGGCTACCT+TGG 0.504154 2:+62071447 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATAAGGAGCGTTTATCTGAA+TGG 0.508319 2:+62072790 MsG0280009970.01.T01:CDS
GCACCTGAGTATATATTAGC+AGG 0.514201 2:+62072409 MsG0280009970.01.T01:CDS
GGATGAGGTGGTGAGATCAT+TGG 0.517497 2:+62072959 MsG0280009970.01.T01:CDS
GTCATGGATTCAGATATAGA+AGG 0.521641 2:+62072852 MsG0280009970.01.T01:CDS
ACAAATTCATATACCAAAAG+TGG 0.524959 2:-62071691 None:intergenic
TCATCTGCATTCATGGGTGG+CGG 0.527444 2:+62071090 None:intergenic
TATGTCGACGAGGAATGGCT+TGG 0.530858 2:-62072814 None:intergenic
CCGAATCTTGTGAAACTGGT+TGG 0.540325 2:+62071643 MsG0280009970.01.T01:CDS
GTTCTCCTAGAGATTATGTC+GGG 0.541362 2:+62072738 MsG0280009970.01.T01:CDS
GCTCCGACTAAACCAGGTAC+TGG 0.552199 2:+62071402 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATTGTAATTCAATGCGTGTA+TGG 0.552743 2:+62072912 MsG0280009970.01.T01:CDS
AAACAAGATCTCTCAAGTCA+TGG 0.560100 2:+62072836 MsG0280009970.01.T01:CDS
AACGAAATTTAGGCCAAACA+TGG 0.567187 2:+62072938 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATGTAGCTCTGGAAGCCCAT+TGG 0.569063 2:-62072385 None:intergenic
ACATTAGCTCCGACTAAACC+AGG 0.575897 2:+62071396 MsG0280009970.01.T01:CDS
CCTTGGAAATATTGACTGGC+CGG 0.576193 2:+62071464 MsG0280009970.01.T01:CDS
TGTTCTCCTAGAGATTATGT+CGG 0.578703 2:+62072737 MsG0280009970.01.T01:CDS
GTATATGAATTTGTGACCAT+GGG 0.579313 2:+62071700 MsG0280009970.01.T01:CDS
GGTATATGAATTTGTGACCA+TGG 0.581479 2:+62071699 MsG0280009970.01.T01:CDS
CCAGTTTCACAAGATTCGGA+TGG 0.583638 2:-62071639 None:intergenic
ACTGCTTAGAGGTTGTCGAC+CGG 0.584515 2:+62071668 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATATTATTACCCTGATGTGA+AGG 0.586872 2:-62071147 None:intergenic
ATTTAGAAGCACATATGAAG+AGG 0.588980 2:-62071241 None:intergenic
GATTAAAACCTAATAGTGAT+CGG 0.591200 2:+62072341 MsG0280009970.01.T01:CDS
GGTACAAAACTGAGAGGCAA+AGG 0.593555 2:+62071124 MsG0280009970.01.T01:CDS
TATTCATCTGCATTCATGGG+TGG 0.600812 2:+62071087 None:intergenic
GTCTGCCCGACATAATCTCT+AGG 0.601010 2:-62072743 None:intergenic
AGGCAAAGGCCTTCACATCA+GGG 0.601101 2:+62071138 MsG0280009970.01.T01:CDS
GCTACCTTGGAAATATTGAC+TGG 0.603526 2:+62071460 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATAGCTCTTGATGCTGCTAA+GGG 0.605202 2:+62072104 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATTTAGGCCAAACATGGATG+AGG 0.605603 2:+62072944 MsG0280009970.01.T01:CDS
GAAATTGCAAAACCAGTACC+TGG 0.607485 2:-62071414 None:intergenic
CGAGATAGTAAGGTCAGTGA+AGG 0.608093 2:+62071342 MsG0280009970.01.T01:CDS
AGTGAAGGTTGCGTAATCAA+GGG 0.617714 2:+62071357 MsG0280009970.01.T01:CDS
AAACCAGTACCTGGTTTAGT+CGG 0.618952 2:-62071405 None:intergenic
ATGGTTATCCAAACTTCCCA+TGG 0.622057 2:-62071716 None:intergenic
AAGGTTGCGTAATCAAGGGA+TGG 0.623769 2:+62071361 MsG0280009970.01.T01:CDS
CCGGCCAGTCAATATTTCCA+AGG 0.625298 2:-62071464 None:intergenic
ATTCATATACCAAAAGTGGC+CGG 0.626370 2:-62071687 None:intergenic
ATACCTGCTAATATATACTC+AGG 0.626380 2:-62072412 None:intergenic
TAGGCCAAACATGGATGAGG+TGG 0.627256 2:+62072947 MsG0280009970.01.T01:CDS
ATGAATCGAGTTCACACACA+AGG 0.632173 2:+62071812 MsG0280009970.01.T01:CDS
GTGAAGTGGAGTGACAAACT+GGG 0.654631 2:+62071438 MsG0280009970.01.T01:CDS
TGAATCGAGTTCACACACAA+GGG 0.681834 2:+62071813 MsG0280009970.01.T01:CDS
GTTCAGGGTACAAAACTGAG+AGG 0.696148 2:+62071118 MsG0280009970.01.T01:CDS
AGATCTTGTTTATGTCGACG+AGG 0.702717 2:-62072824 None:intergenic
GATGAAATGAATATGATACA+CGG 0.726409 2:+62072146 MsG0280009970.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! AAAAGTTTTTATTTTGAAAT+GGG + Chr2:62071206-62071225 MsG0280009970.01.T01:CDS 10.0%
!! TTTCATATAAAGGAAAAATA+TGG + Chr2:62071547-62071566 MsG0280009970.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTATTTTTAACATTCCAAT+GGG + Chr2:62072370-62072389 MsG0280009970.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTTATTTTTAACATTCCAA+TGG + Chr2:62072369-62072388 MsG0280009970.01.T01:CDS 15.0%
!! AACAATTTGACAACAATAAA+AGG - Chr2:62071771-62071790 None:intergenic 20.0%
!! ATAAGTCATGTTTCATATAA+AGG + Chr2:62071537-62071556 MsG0280009970.01.T01:intron 20.0%
!! CACATAATTAATTAACTTCT+AGG - Chr2:62072531-62072550 None:intergenic 20.0%
!! GAATATTTATTGTTCTTACA+AGG + Chr2:62072210-62072229 MsG0280009970.01.T01:intron 20.0%
!! GAGAGTTTAATTAATTACTA+TGG + Chr2:62072246-62072265 MsG0280009970.01.T01:intron 20.0%
!! TTATGTAAATAAGGCATATA+AGG + Chr2:62072773-62072792 MsG0280009970.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATTTGGTGTTATAATCAT+AGG + Chr2:62072015-62072034 MsG0280009970.01.T01:intron 20.0%
!!! TATTTGGTGTTATAATCATA+GGG + Chr2:62072016-62072035 MsG0280009970.01.T01:intron 20.0%
! ACAAATTCATATACCAAAAG+TGG - Chr2:62071694-62071713 None:intergenic 25.0%
! ATGACATACTTCTAAACAAA+TGG - Chr2:62071738-62071757 None:intergenic 25.0%
! CACTGTGAAAGAAATAAAAA+AGG + Chr2:62071302-62071321 MsG0280009970.01.T01:CDS 25.0%
! CTTACAAGGTTACAAATATT+TGG + Chr2:62072224-62072243 MsG0280009970.01.T01:intron 25.0%
! GATGAAATGAATATGATACA+CGG + Chr2:62072146-62072165 MsG0280009970.01.T01:CDS 25.0%
! GATTAAAACCTAATAGTGAT+CGG + Chr2:62072341-62072360 MsG0280009970.01.T01:CDS 25.0%
!! AATGCAAAACTATCTGTTTT+CGG + Chr2:62072304-62072323 MsG0280009970.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATCACTATTAGGTTTTAATC+CGG - Chr2:62072341-62072360 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTGGTTAGACAACATATT+TGG + Chr2:62072000-62072019 MsG0280009970.01.T01:intron 25.0%
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ATACCTGCTAATATATACTC+AGG - Chr2:62072415-62072434 None:intergenic 30.0%
ATAGACAAAAATCAATGACC+TGG + Chr2:62071606-62071625 MsG0280009970.01.T01:intron 30.0%
ATATTATTACCCTGATGTGA+AGG - Chr2:62071150-62071169 None:intergenic 30.0%
ATTGTAATTCAATGCGTGTA+TGG + Chr2:62072912-62072931 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
CATATGTGCTTCTAAATTCT+AGG + Chr2:62071247-62071266 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
CATATTAATTTCTCTCAGCT+AGG + Chr2:62071504-62071523 MsG0280009970.01.T01:intron 30.0%
GTATATGAATTTGTGACCAT+GGG + Chr2:62071700-62071719 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
TGTATGGAGAAACGAAATTT+AGG + Chr2:62072928-62072947 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
! AAATTGTACCGATCACTATT+AGG - Chr2:62072352-62072371 None:intergenic 30.0%
! AAGTGTGATGTGTATAGTTT+TGG + Chr2:62072711-62072730 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
! AGTGTGATGTGTATAGTTTT+GGG + Chr2:62072712-62072731 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
! ATGCAAAACTATCTGTTTTC+GGG + Chr2:62072305-62072324 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTAGAAGCACATATGAAG+AGG - Chr2:62071244-62071263 None:intergenic 30.0%
! CAGTTATACATCAGACATTT+TGG + Chr2:62071983-62072002 MsG0280009970.01.T01:intron 30.0%
!!! GTTTTTATTTTGAAATGGGC+AGG + Chr2:62071210-62071229 MsG0280009970.01.T01:CDS 30.0%
AAAAAGGCGACAAAGAACTT+TGG + Chr2:62071318-62071337 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
AAACAAGATCTCTCAAGTCA+TGG + Chr2:62072836-62072855 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
AACGAAATTTAGGCCAAACA+TGG + Chr2:62072938-62072957 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
ATGTGCAAAGCAAGATGATA+CGG - Chr2:62072490-62072509 None:intergenic 35.0%
ATTCATATACCAAAAGTGGC+CGG - Chr2:62071690-62071709 None:intergenic 35.0%
CATCAAGAGCTATCTTCATT+CGG - Chr2:62072097-62072116 None:intergenic 35.0%
GAGATCATTGGAACAAATTC+AGG + Chr2:62072971-62072990 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
GATACGGTGAAATAGGTAAA+TGG - Chr2:62072474-62072493 None:intergenic 35.0%
GCACATAGTTTATGAGCATT+TGG + Chr2:62072504-62072523 MsG0280009970.01.T01:intron 35.0%
GGTATATGAATTTGTGACCA+TGG + Chr2:62071699-62071718 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
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TGTTCTCCTAGAGATTATGT+CGG + Chr2:62072737-62072756 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
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TTGCTTCAAGCAATGAGTAT+TGG - Chr2:62072878-62072897 None:intergenic 35.0%
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! GTTTTGCAATTTCTGTGAAG+TGG + Chr2:62071424-62071443 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
! TGCAAAACTATCTGTTTTCG+GGG + Chr2:62072306-62072325 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
!! ATAAGGAGCGTTTATCTGAA+TGG + Chr2:62072790-62072809 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
!! GCCTTATTTACATAATGTGC+AGG - Chr2:62072768-62072787 None:intergenic 35.0%
!! GTGTGATGTGTATAGTTTTG+GGG + Chr2:62072713-62072732 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAGGAGCGTTTATCTGAAT+GGG + Chr2:62072791-62072810 MsG0280009970.01.T01:CDS 35.0%
!! TGTTTTTGAATGACACTCAC+CGG - Chr2:62071486-62071505 None:intergenic 35.0%
!!! TCCTTCTGTTTTAAGGTGAA+GGG + Chr2:62072039-62072058 MsG0280009970.01.T01:intron 35.0%
AAACCAGTACCTGGTTTAGT+CGG - Chr2:62071408-62071427 None:intergenic 40.0%
AACCTTCACGAAAAAGACGA+TGG - Chr2:62072680-62072699 None:intergenic 40.0%
AGTGAAGGTTGCGTAATCAA+GGG + Chr2:62071357-62071376 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
ATAGCTCTTGATGCTGCTAA+GGG + Chr2:62072104-62072123 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
ATGAATCGAGTTCACACACA+AGG + Chr2:62071812-62071831 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
ATGGTTATCCAAACTTCCCA+TGG - Chr2:62071719-62071738 None:intergenic 40.0%
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CCAACCAGTTTCACAAGATT+CGG - Chr2:62071646-62071665 None:intergenic 40.0%
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GCACCTGAGTATATATTAGC+AGG + Chr2:62072409-62072428 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
GCTACCTTGGAAATATTGAC+TGG + Chr2:62071460-62071479 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
GTTCACACACAAGGGAAAAT+AGG + Chr2:62071821-62071840 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
GTTCTCCTAGAGATTATGTC+GGG + Chr2:62072738-62072757 MsG0280009970.01.T01:CDS 40.0%
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TGGTCTGGTCTAACTAGAAA+CGG + Chr2:62071871-62071890 MsG0280009970.01.T01:intron 40.0%
TTGTTTATGTCGACGAGGAA+TGG - Chr2:62072822-62072841 None:intergenic 40.0%
! AGATCTTGTTTATGTCGACG+AGG - Chr2:62072827-62072846 None:intergenic 40.0%
! ATTCGGATTTTCCAAGAGAG+TGG - Chr2:62072080-62072099 None:intergenic 40.0%
! CATAGGGTCCTTCTGTTTTA+AGG + Chr2:62072032-62072051 MsG0280009970.01.T01:intron 40.0%
!! TTCCATCGTCTTTTTCGTGA+AGG + Chr2:62072675-62072694 MsG0280009970.01.T01:intron 40.0%
!!! CCTTCTGTTTTAAGGTGAAG+GGG + Chr2:62072040-62072059 MsG0280009970.01.T01:intron 40.0%
!!! GTCCTTCTGTTTTAAGGTGA+AGG + Chr2:62072038-62072057 MsG0280009970.01.T01:intron 40.0%
AAGGTTGCGTAATCAAGGGA+TGG + Chr2:62071361-62071380 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
ACATTAGCTCCGACTAAACC+AGG + Chr2:62071396-62071415 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
CAGTGAAGGTTGCGTAATCA+AGG + Chr2:62071356-62071375 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
CCAGTTTCACAAGATTCGGA+TGG - Chr2:62071642-62071661 None:intergenic 45.0%
CCATCCGAATCTTGTGAAAC+TGG + Chr2:62071639-62071658 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
CCCCTTCACCTTAAAACAGA+AGG - Chr2:62072043-62072062 None:intergenic 45.0%
CCGAATCTTGTGAAACTGGT+TGG + Chr2:62071643-62071662 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
CGAGATAGTAAGGTCAGTGA+AGG + Chr2:62071342-62071361 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
CTAATTTCCAGCCACTCTCT+TGG + Chr2:62072066-62072085 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
GATAGCTCTTGATGCTGCTA+AGG + Chr2:62072103-62072122 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
GGTACAAAACTGAGAGGCAA+AGG + Chr2:62071124-62071143 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
GGTGTGAAACATGAACTTGC+TGG - Chr2:62072453-62072472 None:intergenic 45.0%
GTGAAGTGGAGTGACAAACT+GGG + Chr2:62071438-62071457 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
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! ACTGGTTGGTTACTGCTTAG+AGG + Chr2:62071657-62071676 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
! CCTTGGAAATATTGACTGGC+CGG + Chr2:62071464-62071483 MsG0280009970.01.T01:CDS 45.0%
ACTGCTTAGAGGTTGTCGAC+CGG + Chr2:62071668-62071687 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
AGCTGCTGCATTACATGGTC+TGG + Chr2:62071856-62071875 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
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AGTGACAAACTGGGCTACCT+TGG + Chr2:62071447-62071466 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
CCGGCCAGTCAATATTTCCA+AGG - Chr2:62071467-62071486 None:intergenic 50.0%
CTCACCACCTCATCCATGTT+TGG - Chr2:62072954-62072973 None:intergenic 50.0%
GGATGAGGTGGTGAGATCAT+TGG + Chr2:62072959-62072978 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
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TAGGCCAAACATGGATGAGG+TGG + Chr2:62072947-62072966 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
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! ACTCAGGTGCTATGTAGCTC+TGG - Chr2:62072399-62072418 None:intergenic 50.0%
! GGATTTTCCAAGAGAGTGGC+TGG - Chr2:62072076-62072095 None:intergenic 50.0%
!! ATGTAGCTCTGGAAGCCCAT+TGG - Chr2:62072388-62072407 None:intergenic 50.0%
!! GTTTTCGGGGTGACAAAAGC+CGG + Chr2:62072319-62072338 MsG0280009970.01.T01:CDS 50.0%
GAGGCAAAGGCCTTCACATC+AGG + Chr2:62071137-62071156 MsG0280009970.01.T01:CDS 55.0%
GCTCCGACTAAACCAGGTAC+TGG + Chr2:62071402-62071421 MsG0280009970.01.T01:CDS 55.0%
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CAAGATTCGGATGGCGCAGC+TGG - Chr2:62071633-62071652 None:intergenic 60.0%
!! GGTTGTCGACCGGCCACTTT+TGG + Chr2:62071678-62071697 MsG0280009970.01.T01:CDS 60.0%
TCGGATGGCGCAGCTGGTCC+AGG - Chr2:62071627-62071646 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr2 gene 62071102 62073016 62071102 ID=MsG0280009970.01;Name=MsG0280009970.01
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Chr2 exon 62071102 62071485 62071102 ID=MsG0280009970.01.T01:exon:34642;Parent=MsG0280009970.01.T01
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