AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380012013.01

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MsG0380012013.01.T01 AT4G23180 33.417 398 215 8 27 380 42 433 9.50e-59 201
MsG0380012013.01.T01 AT4G23180 33.417 398 215 8 27 380 42 433 6.73e-58 200
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23200 29.206 428 246 9 1 380 3 421 4.89e-53 187
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23160 31.643 414 222 10 22 383 623 1027 3.29e-52 187
MsG0380012013.01.T01 AT4G23230 32.648 389 217 8 33 380 38 422 3.50e-52 184
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23130 32.383 386 213 8 39 380 44 425 8.47e-50 178
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23270 32.861 353 199 7 61 380 64 411 1.15e-48 174
MsG0380012013.01.T01 AT4G23270 32.861 353 199 7 61 380 64 411 1.41e-48 174
MsG0380012013.01.T01 AT4G23220 29.073 399 234 9 29 380 25 421 9.02e-48 172
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MsG0380012013.01.T01 AT4G04500 29.612 412 232 11 21 377 19 427 2.85e-46 166
MsG0380012013.01.T01 AT3G45860 30.952 378 204 10 55 380 64 436 3.68e-46 168
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23250 27.317 205 124 7 37 239 737 918 4.17e-11 65.5
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MsG0380012013.01.T01 AT4G04570 28.607 402 233 9 29 377 30 430 1.23e-41 155
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23320 38.991 218 108 3 186 380 53 268 3.56e-41 152
MsG0380012013.01.T01 AT4G00970 32.041 387 224 10 29 380 47 429 4.60e-41 154
MsG0380012013.01.T01 AT4G23320 38.991 218 108 3 186 380 74 289 5.38e-41 152
MsG0380012013.01.T01 AT4G21380 53.901 141 63 1 244 382 473 613 4.79e-39 147
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MsG0380012013.01.T01 AT4G21380 53.957 139 62 1 244 380 473 611 2.90e-38 146
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 32.258 310 163 5 119 382 1 309 3.07e-38 145
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MsG0380012013.01.T01 AT4G04540 27.845 413 229 13 28 377 29 435 9.46e-38 144
MsG0380012013.01.T01 AT1G61610 65.686 102 35 0 279 380 509 610 9.49e-38 145
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MsG0380012013.01.T01 AT1G11340 60.345 116 41 1 265 380 490 600 1.65e-37 144
MsG0380012013.01.T01 AT4G04540 27.845 413 229 13 28 377 29 435 1.97e-37 143
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MsG0380012013.01.T01 AT1G11410 65.686 102 35 0 279 380 514 615 6.90e-37 142
MsG0380012013.01.T01 AT1G11410 65.686 102 35 0 279 380 483 584 7.14e-37 142
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MsG0380012013.01.T01 AT4G04510 29.975 407 217 12 27 377 29 423 8.65e-36 139
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MsG0380012013.01.T01 AT3G16030 61.111 108 42 0 275 382 528 635 3.49e-35 137
MsG0380012013.01.T01 AT3G16030 61.111 108 42 0 275 382 528 635 3.49e-35 137
MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 45.625 160 80 2 222 380 428 581 6.93e-35 136
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MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 45.625 160 80 2 222 380 191 344 1.41e-34 134
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MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 45.625 160 80 2 222 380 220 373 1.57e-34 135
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MsG0380012013.01.T01 AT4G03230 59.483 116 42 1 265 380 565 675 1.79e-34 135
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MsG0380012013.01.T01 AT4G03230 59.483 116 42 1 265 380 665 775 1.95e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT4G03230 59.483 116 42 1 265 380 508 618 1.96e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT3G16030 61.321 106 41 0 275 380 507 612 1.97e-34 135
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MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 45.625 160 80 2 222 380 385 538 2.08e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT4G03230 59.483 116 42 1 265 380 593 703 2.13e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 45.625 160 80 2 222 380 428 581 2.17e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT3G16030 61.321 106 41 0 275 380 384 489 2.38e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT3G16030 61.321 106 41 0 275 380 528 633 2.54e-34 135
MsG0380012013.01.T01 AT1G67520 57.798 109 46 0 272 380 398 506 2.70e-34 134
MsG0380012013.01.T01 AT1G11330 48.905 137 67 1 247 380 473 609 3.56e-34 134
MsG0380012013.01.T01 AT4G27300 64.486 107 38 0 274 380 479 585 3.71e-34 134
MsG0380012013.01.T01 AT1G11330 48.905 137 67 1 247 380 473 609 4.00e-34 134
MsG0380012013.01.T01 AT4G23240 64.583 96 34 0 285 380 18 113 5.01e-34 129
MsG0380012013.01.T01 AT4G27290 53.782 119 55 0 259 377 475 593 7.35e-34 134
MsG0380012013.01.T01 AT1G61370 62.037 108 41 0 279 386 334 441 7.40e-34 133
MsG0380012013.01.T01 AT1G61370 62.037 108 41 0 279 386 485 592 7.80e-34 134
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MsG0380012013.01.T01 AT1G65790 69.565 92 28 0 291 382 515 606 2.36e-33 131
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23190 25.926 162 98 4 90 235 11 166 6.76e-11 64.3
MsG0380012013.01.T01 AT4G23190 50.427 117 57 1 265 380 319 435 7.95e-30 121
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23140 25.758 198 121 4 55 239 61 245 1.24e-15 79.0
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MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 58.000 100 42 0 278 377 344 443 1.23e-29 120
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 25.769 260 185 5 1 253 7 265 1.56e-17 84.7
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 58.000 100 42 0 278 377 344 443 1.23e-29 120
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 25.769 260 185 5 1 253 7 265 1.56e-17 84.7
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 53.636 110 51 0 278 387 344 453 1.45e-29 120
MsG0380012013.01.T01 AT4G21400 25.769 260 185 5 1 253 7 265 2.63e-17 84.3
MsG0380012013.01.T01 AT4G23250 58.182 110 41 1 271 380 340 444 1.98e-29 120
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23150 30.088 226 133 8 27 239 31 244 6.44e-15 77.0
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MsG0380012013.01.T01 AT4G00960 58.416 101 42 0 277 377 38 138 6.87e-28 113
MsG0380012013.01.T01 AT1G61440 45.638 149 52 3 262 382 448 595 9.47e-28 115
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MsG0380012013.01.T01 AT4G23290 58.511 94 39 0 287 380 355 448 1.28e-27 115
MsG0380012013.01.T01 AT4G23290 28.507 221 145 6 41 251 41 258 1.54e-15 79.0
MsG0380012013.01.T01 AT4G23280 27.446 368 210 7 15 331 19 380 2.70e-27 114
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 57.292 96 39 1 285 380 350 443 6.04e-27 112
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 25.311 241 165 6 9 235 7 246 7.28e-17 82.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 57.292 96 39 1 285 380 350 443 6.04e-27 112
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 25.311 241 165 6 9 235 7 246 7.28e-17 82.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 59.140 93 36 1 288 380 353 443 6.68e-27 112
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 26.147 218 147 5 31 235 30 246 7.11e-17 82.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 57.292 96 39 1 285 380 350 443 8.93e-27 112
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 26.147 218 147 5 31 235 30 246 6.23e-17 83.2
MsG0380012013.01.T01 AT3G58310 31.220 205 134 5 41 242 56 256 9.27e-27 107
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 57.292 96 39 1 285 380 350 443 1.17e-26 112
MsG0380012013.01.T01 AT4G23210 26.126 222 150 5 31 239 30 250 7.36e-17 82.8
MsG0380012013.01.T01 AT1G53440 54.237 118 51 2 272 387 642 758 3.74e-26 111
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MsG0380012013.01.T01 AT1G53430 54.237 118 51 2 272 387 644 760 4.90e-26 110
MsG0380012013.01.T01 AT1G11350 59.804 102 41 0 279 380 496 597 5.90e-26 110
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MsG0380012013.01.T01 AT4G20670 28.111 217 148 3 41 251 51 265 7.93e-25 102
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MsG0380012013.01.T01 AT5G06740 50.467 107 52 1 274 380 309 414 9.78e-25 106
MsG0380012013.01.T01 AT5G41290 30.769 247 141 10 9 236 8 243 2.23e-24 102
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MsG0380012013.01.T01 AT1G56120 47.826 115 58 1 270 382 517 631 2.94e-24 105
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MsG0380012013.01.T01 AT4G20620 28.641 206 139 3 41 240 51 254 3.59e-24 100
MsG0380012013.01.T01 AT4G20590 28.641 206 139 3 41 240 51 254 3.59e-24 100
MsG0380012013.01.T01 AT4G20600 28.641 206 139 3 41 240 51 254 3.59e-24 100
MsG0380012013.01.T01 AT5G48540 32.870 216 130 6 35 239 29 240 4.00e-24 100
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MsG0380012013.01.T01 AT4G20645 28.641 206 139 3 41 240 65 268 4.11e-24 100
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MsG0380012013.01.T01 AT1G70530 25.594 379 224 10 45 380 45 408 9.86e-24 103
MsG0380012013.01.T01 AT3G24550 47.312 93 49 0 290 382 275 367 1.03e-23 103
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MsG0380012013.01.T01 AT2G23450 42.727 110 63 0 272 381 325 434 1.24e-23 103
MsG0380012013.01.T01 AT5G10530 43.200 125 64 2 268 385 302 426 1.35e-23 103
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MsG0380012013.01.T01 AT1G68690 49.474 95 48 0 288 382 370 464 8.33e-23 100
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MsG0380012013.01.T01 AT4G34440 47.826 92 48 0 291 382 308 399 2.18e-22 99.8
MsG0380012013.01.T01 AT2G37050 45.098 102 54 1 285 386 596 695 2.26e-22 99.8
MsG0380012013.01.T01 AT1G23540 47.321 112 46 1 284 382 347 458 2.30e-22 99.8
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MsG0380012013.01.T01 AT2G18470 45.263 95 52 0 288 382 277 371 2.30e-22 99.4
MsG0380012013.01.T01 AT2G18470 45.263 95 52 0 288 382 277 371 2.30e-22 99.4
MsG0380012013.01.T01 AT3G45410 52.128 94 45 0 287 380 334 427 2.31e-22 99.4
MsG0380012013.01.T01 AT2G37050 45.098 102 54 1 285 386 595 694 2.32e-22 99.8
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MsG0380012013.01.T01 AT1G07650 50.000 98 49 0 285 382 642 739 4.01e-22 99.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G07650 50.000 98 49 0 285 382 668 765 4.09e-22 99.0
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MsG0380012013.01.T01 AT1G25390 43.636 110 60 2 280 387 276 385 4.13e-22 98.6
MsG0380012013.01.T01 AT1G07650 50.000 98 49 0 285 382 674 771 4.14e-22 99.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G55550 52.041 98 46 1 290 386 341 438 4.15e-22 99.0
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MsG0380012013.01.T01 AT1G29750 51.456 103 48 1 285 387 671 771 6.86e-22 98.6
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MsG0380012013.01.T01 AT1G24650 43.564 101 55 1 282 380 534 634 5.24e-21 95.5
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MsG0380012013.01.T01 AT5G37450 50.000 86 43 0 291 376 603 688 1.47e-20 94.4
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MsG0380012013.01.T01 AT5G37450 50.000 86 43 0 291 376 651 736 1.49e-20 94.4
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MsG0380012013.01.T01 AT5G16900 51.546 97 45 1 286 382 566 660 6.54e-20 92.4
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MsG0380012013.01.T01 AT1G55200 50.000 92 46 0 291 382 375 466 1.85e-19 90.9
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MsG0380012013.01.T01 AT5G01950 39.604 101 61 0 276 376 607 707 2.15e-19 90.9
MsG0380012013.01.T01 AT5G01950 39.604 101 61 0 276 376 607 707 2.15e-19 90.9
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MsG0380012013.01.T01 AT5G10290 51.064 94 45 1 291 383 286 379 2.20e-19 90.5
MsG0380012013.01.T01 AT2G21480 43.878 98 55 0 285 382 515 612 2.23e-19 90.9
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MsG0380012013.01.T01 AT1G74360 44.211 95 48 1 288 377 807 901 2.56e-19 90.5
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MsG0380012013.01.T01 AT4G20680 26.667 255 171 6 3 243 16 268 3.87e-19 87.0
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MsG0380012013.01.T01 AT5G38990 45.745 94 50 1 288 380 518 611 5.27e-19 89.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G61590 41.228 114 60 1 274 380 78 191 5.38e-19 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT1G49730 37.589 141 68 2 243 383 295 415 5.45e-19 89.4
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MsG0380012013.01.T01 AT1G34210 48.980 98 49 1 291 387 301 398 5.53e-19 89.4
MsG0380012013.01.T01 AT3G59700 48.936 94 47 1 288 380 331 424 5.91e-19 89.4
MsG0380012013.01.T01 AT5G45780 46.809 94 50 0 288 381 293 386 6.17e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G49730 37.589 141 68 2 243 383 325 445 6.38e-19 89.4
MsG0380012013.01.T01 AT5G45780 46.809 94 50 0 288 381 250 343 6.51e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT5G18610 43.564 101 56 1 288 387 76 176 6.62e-19 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT5G18610 43.564 101 56 1 288 387 76 176 6.62e-19 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT5G18610 43.564 101 56 1 288 387 76 176 6.62e-19 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT2G28970 50.549 91 43 1 292 382 443 531 6.64e-19 89.4
MsG0380012013.01.T01 AT4G02630 43.478 92 52 0 291 382 158 249 6.69e-19 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT4G31110 43.956 91 51 0 290 380 426 516 7.25e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT5G02800 41.346 104 60 1 285 387 63 166 7.46e-19 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G31110 43.956 91 51 0 290 380 448 538 7.56e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT2G28970 50.549 91 43 1 292 382 478 566 7.80e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G71830 39.098 133 80 1 256 387 263 395 8.01e-19 89.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G20530 46.154 91 48 1 291 380 78 168 8.43e-19 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G23170 28.571 224 149 5 22 239 26 244 8.86e-19 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT3G07070 43.878 98 54 1 291 387 75 172 8.86e-19 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT1G24030 35.833 120 74 1 267 383 34 153 1.13e-18 85.1
MsG0380012013.01.T01 AT1G51860 50.526 95 44 2 288 382 435 526 1.14e-18 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT2G28590 45.745 94 50 1 291 383 94 187 1.17e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G52540 43.564 101 57 0 282 382 24 124 1.19e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT3G46420 45.361 97 51 1 286 382 524 618 1.20e-18 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT1G51860 50.526 95 44 2 288 382 579 670 1.21e-18 88.6
MsG0380012013.01.T01 AT3G59730 47.872 94 48 1 288 380 328 421 1.25e-18 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G02010 43.158 95 52 1 290 382 375 469 1.28e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT5G59270 44.086 93 52 0 288 380 361 453 1.28e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT5G59270 44.086 93 52 0 288 380 345 437 1.31e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT4G13190 32.609 138 88 2 251 387 31 164 1.34e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT5G59270 44.086 93 52 0 288 380 342 434 1.36e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT1G16260 43.333 90 51 0 291 380 386 475 1.44e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT1G16260 43.333 90 51 0 291 380 386 475 1.44e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT1G16260 43.333 90 51 0 291 380 377 466 1.54e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT1G52540 43.564 101 57 0 282 382 27 127 1.58e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT1G20650 46.667 90 48 0 291 380 74 163 1.58e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G21230 36.792 106 67 0 277 382 390 495 1.61e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT3G13380 34.503 171 100 2 225 386 782 949 1.93e-18 88.2
MsG0380012013.01.T01 AT1G09440 45.652 92 50 0 291 382 153 244 2.00e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G09440 45.652 92 50 0 291 382 153 244 2.00e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G22000 25.781 256 172 7 3 243 16 268 2.01e-18 84.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G70690 28.926 242 148 8 1 235 9 233 2.04e-18 85.5
MsG0380012013.01.T01 AT4G35600 46.000 100 44 2 291 380 83 182 2.09e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT2G28590 45.745 94 50 1 291 383 94 187 2.10e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G24030 35.833 120 74 1 267 383 34 153 2.12e-18 85.1
MsG0380012013.01.T01 AT4G20450 50.549 91 43 1 292 382 590 678 2.23e-18 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT4G35600 46.000 100 44 2 291 380 82 181 2.28e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT5G13160 42.574 101 57 1 288 387 79 179 2.31e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT4G20450 50.549 91 43 1 292 382 590 678 2.32e-18 87.8
MsG0380012013.01.T01 AT2G04300 47.423 97 49 1 286 382 575 669 2.40e-18 87.4
MsG0380012013.01.T01 AT2G04300 47.423 97 49 1 286 382 534 628 2.46e-18 87.4
MsG0380012013.01.T01 AT4G17660 39.167 120 64 1 270 380 66 185 2.67e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT3G59740 48.352 91 46 1 288 377 326 416 2.80e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G21270 36.792 106 67 0 277 382 386 491 2.81e-18 87.4
MsG0380012013.01.T01 AT3G59110 43.299 97 55 0 291 387 186 282 2.87e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G76370 34.058 138 90 1 250 387 31 167 2.89e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT2G28960 49.451 91 44 1 292 382 440 528 3.03e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT2G28990 50.515 97 46 2 286 382 570 664 3.09e-18 87.4
MsG0380012013.01.T01 AT2G28990 50.515 97 46 2 286 382 570 664 3.09e-18 87.4
MsG0380012013.01.T01 AT1G21210 36.792 106 67 0 277 382 392 497 3.09e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT1G21240 35.849 106 68 0 277 382 397 502 3.15e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G09830 40.708 113 57 2 278 380 67 179 3.17e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT3G09830 40.708 113 57 2 278 380 67 179 3.17e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT3G09830 40.708 113 57 2 278 380 67 179 3.17e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT1G80870 46.512 86 46 0 291 376 77 162 3.38e-18 87.0
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MsG0380012013.01.T01 AT5G38280 45.536 112 55 4 272 380 308 416 3.44e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT2G28960 49.451 91 44 1 292 382 572 660 3.53e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G46330 48.454 97 48 1 286 382 535 629 3.58e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G46330 48.454 97 48 1 286 382 559 653 3.79e-18 87.0
MsG0380012013.01.T01 AT3G53840 43.011 93 53 0 288 380 347 439 3.84e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT2G42960 44.565 92 51 0 291 382 179 270 3.89e-18 85.1
MsG0380012013.01.T01 AT1G51810 46.392 97 50 1 286 382 443 537 4.23e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT3G15890 44.554 101 56 0 282 382 26 126 4.26e-18 85.1
MsG0380012013.01.T01 AT5G02290 39.344 122 64 1 269 380 42 163 4.27e-18 85.5
MsG0380012013.01.T01 AT5G02290 39.344 122 64 1 269 380 42 163 4.27e-18 85.5
MsG0380012013.01.T01 AT2G43690 45.545 101 52 2 288 387 294 392 4.63e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT3G59750 46.809 94 49 1 288 380 296 389 4.96e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT2G43690 45.545 101 52 2 288 387 330 428 5.04e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT2G43690 45.545 101 52 2 288 387 330 428 5.04e-18 86.3
MsG0380012013.01.T01 AT3G13690 46.739 92 49 0 291 382 407 498 5.15e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT3G13690 46.739 92 49 0 291 382 407 498 5.15e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT3G13690 46.739 92 49 0 291 382 407 498 5.15e-18 86.7
MsG0380012013.01.T01 AT1G56720 44.565 92 51 0 291 382 175 266 5.25e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT1G56720 44.565 92 51 0 291 382 175 266 5.25e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT1G56720 44.565 92 51 0 291 382 175 266 5.25e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT1G56720 44.565 92 51 0 291 382 175 266 5.25e-18 85.9
MsG0380012013.01.T01 AT1G55610 34.503 171 100 2 226 387 784 951 5.28e-18 86.7

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 102 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAAATAGCTGAGGCATTATT+AGG 0.166109 3:+9500771 None:intergenic
GCATATCTGCTTTATCAATT+TGG 0.234741 3:+9500794 None:intergenic
ACACATATGTTTAACATAAA+TGG 0.238411 3:-9500561 MsG0380012013.01.T01:CDS
GAAGGGAAATTGCTGTTAAA+AGG 0.246102 3:-9499604 MsG0380012013.01.T01:CDS
TAAACTGCAGTTTCATTGTT+TGG 0.267412 3:+9499400 None:intergenic
ATATGTGTTCCAAACATTAA+TGG 0.290248 3:+9500576 None:intergenic
TCTGCTATCAGCAATGGTTT+TGG 0.304184 3:-9500921 MsG0380012013.01.T01:CDS
GTTGGTTTGGTATATGTTAG+AGG 0.322798 3:+9500977 None:intergenic
ATGGAAATCAAGGCTTGAAT+TGG 0.347938 3:+9499439 None:intergenic
AAACTGCAGTTTCATTGTTT+GGG 0.351498 3:+9499401 None:intergenic
TCACAAACACCATTAATGTT+TGG 0.379984 3:-9500585 MsG0380012013.01.T01:CDS
AGCTCAAAATGCTCTATCTA+TGG 0.382843 3:-9501094 MsG0380012013.01.T01:exon
ATTATATGATTGGTCTAAAC+AGG 0.383925 3:+9501004 None:intergenic
ATAGCACTCAGAGGCATCAT+AGG 0.408254 3:+9499810 None:intergenic
AAATAGCTGAGGCATTATTA+GGG 0.409334 3:+9500772 None:intergenic
TAGAGGGAGTATTATATGAT+TGG 0.422149 3:+9500994 None:intergenic
GATGAATGGTTTGATACAAA+TGG 0.427678 3:-9500610 MsG0380012013.01.T01:CDS
TGGGAGTTATACCGCGTAGA+TGG 0.428237 3:+9499420 None:intergenic
TGAGTATCTCAAAAGACAAA+AGG 0.434554 3:+9500740 None:intergenic
CTTTCGAAAACATCATTTCA+AGG 0.443070 3:-9499581 MsG0380012013.01.T01:CDS
GCAAATTGTTGAGGTTGGTT+TGG 0.476236 3:+9500964 None:intergenic
TACTCAAATGAAAATTTCGT+TGG 0.479916 3:-9500723 MsG0380012013.01.T01:CDS
ATTTAGGGTGTTTCAGCAGA+TGG 0.487405 3:-9499626 MsG0380012013.01.T01:intron
TTGGTTTGGTATATGTTAGA+GGG 0.496699 3:+9500978 None:intergenic
TGGAAATCAAGGCTTGAATT+GGG 0.500746 3:+9499440 None:intergenic
GCATCAAACATAGGAATCCT+TGG 0.502491 3:+9500684 None:intergenic
AAGTGGTTGTGTATAAACTA+AGG 0.503057 3:+9501040 None:intergenic
AAAGTGCCAGCGCCTCAGAT+AGG 0.507063 3:-9500348 MsG0380012013.01.T01:intron
TGGTCTGTATACTCGTCAAA+AGG 0.511225 3:+9500370 None:intergenic
AATGGTACTCAAAGAAGGTA+TGG 0.519342 3:-9500543 MsG0380012013.01.T01:CDS
TACTCAAAGAAGGTATGGTT+GGG 0.525004 3:-9500538 MsG0380012013.01.T01:CDS
GAGTATCTCAAAAGACAAAA+GGG 0.529288 3:+9500741 None:intergenic
TATCTGAGGCGCTGGCACTT+TGG 0.531598 3:+9500350 None:intergenic
AACATCATTTCAAGGTGTTG+AGG 0.532481 3:-9499573 MsG0380012013.01.T01:CDS
AGGGTGTTTCAGCAGATGGA+AGG 0.535112 3:-9499622 MsG0380012013.01.T01:CDS
CTGATACCTATCTGAGGCGC+TGG 0.535583 3:+9500342 None:intergenic
TTTCTGATAAATATAAATTG+GGG 0.535824 3:-9499767 MsG0380012013.01.T01:CDS
ATTGAACACATGAGTGGCAA+AGG 0.544693 3:+9500823 None:intergenic
ACATAAATGGTACTCAAAGA+AGG 0.548359 3:-9500548 MsG0380012013.01.T01:CDS
GTACTCAAAGAAGGTATGGT+TGG 0.548570 3:-9500539 MsG0380012013.01.T01:CDS
TCTGAGCAAATTGTTGAGGT+TGG 0.550981 3:+9500959 None:intergenic
TCAGATTCTGCTATCAGCAA+TGG 0.553606 3:-9500927 MsG0380012013.01.T01:CDS
ATGAATGGTTTGATACAAAT+GGG 0.558518 3:-9500609 MsG0380012013.01.T01:CDS
TTGTTTGAGCAATATGCTTG+AGG 0.561967 3:-9500475 MsG0380012013.01.T01:CDS
TACCGCGTAGATGGAAATCA+AGG 0.567513 3:+9499429 None:intergenic
TCGGAACCTTGTGAGACTGT+TGG 0.567785 3:-9499510 MsG0380012013.01.T01:CDS
GGGTGTTTCAGCAGATGGAA+GGG 0.570822 3:-9499621 MsG0380012013.01.T01:CDS
TTGAACACATGAGTGGCAAA+GGG 0.577528 3:+9500824 None:intergenic
TTCTGTGTTGCATCAAACAT+AGG 0.578548 3:+9500675 None:intergenic
TCATACATGACAACACAACT+AGG 0.581420 3:+9500405 None:intergenic
GATGCTAGGATTCTGATGAA+TGG 0.592693 3:-9500624 MsG0380012013.01.T01:CDS
GTGAGTTTGATAGTGATGCT+AGG 0.595592 3:-9500638 MsG0380012013.01.T01:CDS
GTGATCTGAGCAAATTGTTG+AGG 0.606001 3:+9500955 None:intergenic
TTCTGATAAATATAAATTGG+GGG 0.610009 3:-9499766 MsG0380012013.01.T01:CDS
TGGATTCGGAACTGTCTACA+AGG 0.615565 3:-9499739 MsG0380012013.01.T01:intron
TGATTGCAAAATTGCAACAT+CGG 0.617364 3:-9499529 MsG0380012013.01.T01:CDS
CAGCAGAGATATTACTAGTG+AGG 0.622888 3:-9500508 MsG0380012013.01.T01:CDS
CAGGCATATCTATAATCAAG+TGG 0.630909 3:+9501023 None:intergenic
TAGAATATTGAACACATGAG+TGG 0.638868 3:+9500817 None:intergenic
TGTATACTCGTCAAAAGGAA+CGG 0.639338 3:+9500375 None:intergenic
CATAAACTATTGAATAGACA+AGG 0.640717 3:-9501127 MsG0380012013.01.T01:five_prime_UTR
CACTCAGAGGCATCATAGGT+AGG 0.648368 3:+9499814 None:intergenic
AACACATGAGTGGCAAAGGG+TGG 0.649704 3:+9500827 None:intergenic
GGATATTGAAAATTGTTGTG+AGG 0.672631 3:-9500454 MsG0380012013.01.T01:CDS
GCAAACTAGCTATAAGACCA+AGG 0.677308 3:-9500701 MsG0380012013.01.T01:CDS
AGCAAGCCAACAGTCTCACA+AGG 0.678474 3:+9499504 None:intergenic
TCAAGATCAGACTAACAATG+AGG 0.679794 3:-9499853 MsG0380012013.01.T01:CDS
GATGAACTGATACCTATCTG+AGG 0.687546 3:+9500336 None:intergenic
AGCCTTGATTTCCATCTACG+CGG 0.687856 3:-9499431 MsG0380012013.01.T01:CDS
AAACTATTGAATAGACAAGG+TGG 0.708497 3:-9501124 MsG0380012013.01.T01:five_prime_UTR
GTTGTGAGGAGAAGAAAGTG+TGG 0.715960 3:-9500440 MsG0380012013.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAATTTTGAAAAAATGATTT+AGG - Chr3:9500902-9500921 MsG0380012013.01.T01:CDS 10.0%
!!! AATTTTGAAAAAATGATTTA+GGG - Chr3:9500903-9500922 MsG0380012013.01.T01:CDS 10.0%
!!! TTTTCTGATAAATATAAATT+GGG - Chr3:9500776-9500795 MsG0380012013.01.T01:CDS 10.0%
!! GATAAAAACAATATGATTTA+TGG - Chr3:9499665-9499684 MsG0380012013.01.T01:intron 15.0%
!! TTTCTGATAAATATAAATTG+GGG - Chr3:9500777-9500796 MsG0380012013.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATGATTATTTTTAGAATCA+AGG + Chr3:9500476-9500495 None:intergenic 15.0%
!!! CTTTTCTGATAAATATAAAT+TGG - Chr3:9500775-9500794 MsG0380012013.01.T01:CDS 15.0%
!! ACACATATGTTTAACATAAA+TGG - Chr3:9499983-9500002 MsG0380012013.01.T01:intron 20.0%
!! TCAAATAGTTCTTTAAATTG+AGG - Chr3:9500586-9500605 MsG0380012013.01.T01:CDS 20.0%
!! TTCTGATAAATATAAATTGG+GGG - Chr3:9500778-9500797 MsG0380012013.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATAATACTCTTAGCTTTATT+AGG + Chr3:9500275-9500294 None:intergenic 20.0%
! AAAAAATGCACATCAATTTG+AGG + Chr3:9499484-9499503 None:intergenic 25.0%
! AAAAATGCACATCAATTTGA+GGG + Chr3:9499483-9499502 None:intergenic 25.0%
! ATATGTGTTCCAAACATTAA+TGG + Chr3:9499971-9499990 None:intergenic 25.0%
! ATGAATGGTTTGATACAAAT+GGG - Chr3:9499935-9499954 MsG0380012013.01.T01:intron 25.0%
! CATAAACTATTGAATAGACA+AGG - Chr3:9499417-9499436 MsG0380012013.01.T01:CDS 25.0%
! CTTGAGAAAAAATTACATGA+AGG + Chr3:9500676-9500695 None:intergenic 25.0%
! TACTCAAATGAAAATTTCGT+TGG - Chr3:9499821-9499840 MsG0380012013.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTATATGATTGGTCTAAAC+AGG + Chr3:9499543-9499562 None:intergenic 25.0%
!!! TTGATGATTTATTTTTCCAC+TGG - Chr3:9500864-9500883 MsG0380012013.01.T01:CDS 25.0%
AAACTATTGAATAGACAAGG+TGG - Chr3:9499420-9499439 MsG0380012013.01.T01:CDS 30.0%
AAGTGGTTGTGTATAAACTA+AGG + Chr3:9499507-9499526 None:intergenic 30.0%
ACATAAATGGTACTCAAAGA+AGG - Chr3:9499996-9500015 MsG0380012013.01.T01:intron 30.0%
CTTTCGAAAACATCATTTCA+AGG - Chr3:9500963-9500982 MsG0380012013.01.T01:CDS 30.0%
GAGTATCTCAAAAGACAAAA+GGG + Chr3:9499806-9499825 None:intergenic 30.0%
GATAAATATAAATTGGGGGA+AGG - Chr3:9500782-9500801 MsG0380012013.01.T01:CDS 30.0%
GATGAATGGTTTGATACAAA+TGG - Chr3:9499934-9499953 MsG0380012013.01.T01:intron 30.0%
GCATATCTGCTTTATCAATT+TGG + Chr3:9499753-9499772 None:intergenic 30.0%
GGATATTGAAAATTGTTGTG+AGG - Chr3:9500090-9500109 MsG0380012013.01.T01:intron 30.0%
TAGAATATTGAACACATGAG+TGG + Chr3:9499730-9499749 None:intergenic 30.0%
TCACAAACACCATTAATGTT+TGG - Chr3:9499959-9499978 MsG0380012013.01.T01:intron 30.0%
TGAGTATCTCAAAAGACAAA+AGG + Chr3:9499807-9499826 None:intergenic 30.0%
TGATTGCAAAATTGCAACAT+CGG - Chr3:9501015-9501034 MsG0380012013.01.T01:CDS 30.0%
TGCATTAACAAAACATGACA+AGG + Chr3:9500428-9500447 None:intergenic 30.0%
TTGAGTAAAATCGAAACACT+TGG + Chr3:9500384-9500403 None:intergenic 30.0%
! AAAATAGCTGAGGCATTATT+AGG + Chr3:9499776-9499795 None:intergenic 30.0%
! AAATAGCTGAGGCATTATTA+GGG + Chr3:9499775-9499794 None:intergenic 30.0%
!! TAGAGGGAGTATTATATGAT+TGG + Chr3:9499553-9499572 None:intergenic 30.0%
!! TATGGACTATATTTTTGTCG+CGG - Chr3:9499683-9499702 MsG0380012013.01.T01:intron 30.0%
!! TTGGTTTGGTATATGTTAGA+GGG + Chr3:9499569-9499588 None:intergenic 30.0%
!!! ATAATGCCTCAGCTATTTTT+TGG - Chr3:9499777-9499796 MsG0380012013.01.T01:CDS 30.0%
AAATATAAATTGGGGGAAGG+TGG - Chr3:9500785-9500804 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
AATGGTACTCAAAGAAGGTA+TGG - Chr3:9500001-9500020 MsG0380012013.01.T01:intron 35.0%
AGCTCAAAATGCTCTATCTA+TGG - Chr3:9499450-9499469 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
ATGGAAATCAAGGCTTGAAT+TGG + Chr3:9501108-9501127 None:intergenic 35.0%
CAGGCATATCTATAATCAAG+TGG + Chr3:9499524-9499543 None:intergenic 35.0%
CCAAACAAAAGGAAGAAACA+AGG - Chr3:9500449-9500468 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
TCAAGATCAGACTAACAATG+AGG - Chr3:9500691-9500710 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
TCATACATGACAACACAACT+AGG + Chr3:9500142-9500161 None:intergenic 35.0%
TGGAAATCAAGGCTTGAATT+GGG + Chr3:9501107-9501126 None:intergenic 35.0%
TGTATACTCGTCAAAAGGAA+CGG + Chr3:9500172-9500191 None:intergenic 35.0%
TGTTAATGCAGCCAAACAAA+AGG - Chr3:9500438-9500457 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
TTCTGTGTTGCATCAAACAT+AGG + Chr3:9499872-9499891 None:intergenic 35.0%
TTGTATAAGAATGTTGCCAG+TGG + Chr3:9500883-9500902 None:intergenic 35.0%
TTGTTTGAGCAATATGCTTG+AGG - Chr3:9500069-9500088 MsG0380012013.01.T01:intron 35.0%
! ACACAGAATTTTACAAGTGC+TGG - Chr3:9499884-9499903 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
! GAAGGGAAATTGCTGTTAAA+AGG - Chr3:9500940-9500959 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
! TACTCAAAGAAGGTATGGTT+GGG - Chr3:9500006-9500025 MsG0380012013.01.T01:intron 35.0%
! TGTCTACAAGGTACTACATT+AGG - Chr3:9500817-9500836 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
!! AACATCATTTCAAGGTGTTG+AGG - Chr3:9500971-9500990 MsG0380012013.01.T01:CDS 35.0%
!! CCTTGTTTCTTCCTTTTGTT+TGG + Chr3:9500452-9500471 None:intergenic 35.0%
!! GTTGGTTTGGTATATGTTAG+AGG + Chr3:9499570-9499589 None:intergenic 35.0%
!!! CTTTTTAGAATAGCACTCAG+AGG + Chr3:9500746-9500765 None:intergenic 35.0%
ATTGAACACATGAGTGGCAA+AGG + Chr3:9499724-9499743 None:intergenic 40.0%
CAGCAGAGATATTACTAGTG+AGG - Chr3:9500036-9500055 MsG0380012013.01.T01:intron 40.0%
CTTTCAGCACATACTACTAC+AGG - Chr3:9500530-9500549 MsG0380012013.01.T01:CDS 40.0%
GATGAACTGATACCTATCTG+AGG + Chr3:9500211-9500230 None:intergenic 40.0%
GATGCTAGGATTCTGATGAA+TGG - Chr3:9499920-9499939 MsG0380012013.01.T01:intron 40.0%
GCAAACTAGCTATAAGACCA+AGG - Chr3:9499843-9499862 MsG0380012013.01.T01:CDS 40.0%
GCATCAAACATAGGAATCCT+TGG + Chr3:9499863-9499882 None:intergenic 40.0%
GTGATCTGAGCAAATTGTTG+AGG + Chr3:9499592-9499611 None:intergenic 40.0%
TCAGATTCTGCTATCAGCAA+TGG - Chr3:9499617-9499636 MsG0380012013.01.T01:CDS 40.0%
TCTGAGCAAATTGTTGAGGT+TGG + Chr3:9499588-9499607 None:intergenic 40.0%
TGGTCTGTATACTCGTCAAA+AGG + Chr3:9500177-9500196 None:intergenic 40.0%
TTGAACACATGAGTGGCAAA+GGG + Chr3:9499723-9499742 None:intergenic 40.0%
! ATTTAGGGTGTTTCAGCAGA+TGG - Chr3:9500918-9500937 MsG0380012013.01.T01:CDS 40.0%
! GCAAATTGTTGAGGTTGGTT+TGG + Chr3:9499583-9499602 None:intergenic 40.0%
! GTACTCAAAGAAGGTATGGT+TGG - Chr3:9500005-9500024 MsG0380012013.01.T01:intron 40.0%
! TCTGCTATCAGCAATGGTTT+TGG - Chr3:9499623-9499642 MsG0380012013.01.T01:CDS 40.0%
!! GTGAGTTTGATAGTGATGCT+AGG - Chr3:9499906-9499925 MsG0380012013.01.T01:intron 40.0%
AACAGTAGCAGTAGCGCTAT+TGG - Chr3:9500507-9500526 MsG0380012013.01.T01:CDS 45.0%
AGCCTTGATTTCCATCTACG+CGG - Chr3:9501113-9501132 MsG0380012013.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
GGGACACCAAAAAATAGCTG+AGG + Chr3:9499786-9499805 None:intergenic 45.0%
GTTGTGAGGAGAAGAAAGTG+TGG - Chr3:9500104-9500123 MsG0380012013.01.T01:intron 45.0%
TACCGCGTAGATGGAAATCA+AGG + Chr3:9501118-9501137 None:intergenic 45.0%
TGGATTCGGAACTGTCTACA+AGG - Chr3:9500805-9500824 MsG0380012013.01.T01:CDS 45.0%
! AAATTGGGGGAAGGTGGATT+CGG - Chr3:9500791-9500810 MsG0380012013.01.T01:CDS 45.0%
!! ATAGCACTCAGAGGCATCAT+AGG + Chr3:9500737-9500756 None:intergenic 45.0%
!!! GGTTTTGGACACACAACTTC+AGG - Chr3:9499638-9499657 MsG0380012013.01.T01:intron 45.0%
AACACATGAGTGGCAAAGGG+TGG + Chr3:9499720-9499739 None:intergenic 50.0%
ACTACTACAGGCGCTTGGAA+CGG - Chr3:9500542-9500561 MsG0380012013.01.T01:CDS 50.0%
AGCAAGCCAACAGTCTCACA+AGG + Chr3:9501043-9501062 None:intergenic 50.0%
CACATACTACTACAGGCGCT+TGG - Chr3:9500537-9500556 MsG0380012013.01.T01:CDS 50.0%
GGGTGTTTCAGCAGATGGAA+GGG - Chr3:9500923-9500942 MsG0380012013.01.T01:CDS 50.0%
TAGCGCTACTGCTACTGTTG+CGG + Chr3:9500506-9500525 None:intergenic 50.0%
TCGGAACCTTGTGAGACTGT+TGG - Chr3:9501034-9501053 MsG0380012013.01.T01:CDS 50.0%
TGGGAGTTATACCGCGTAGA+TGG + Chr3:9501127-9501146 None:intergenic 50.0%
! AGGGTGTTTCAGCAGATGGA+AGG - Chr3:9500922-9500941 MsG0380012013.01.T01:CDS 50.0%
!! CACTCAGAGGCATCATAGGT+AGG + Chr3:9500733-9500752 None:intergenic 50.0%
! AAAGTGCCAGCGCCTCAGAT+AGG - Chr3:9500196-9500215 MsG0380012013.01.T01:intron 55.0%
! CTGATACCTATCTGAGGCGC+TGG + Chr3:9500205-9500224 None:intergenic 55.0%
!! TATCTGAGGCGCTGGCACTT+TGG + Chr3:9500197-9500216 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 9499412 9501154 9499412 ID=MsG0380012013.01;Name=MsG0380012013.01
Chr3 mRNA 9499412 9501154 9499412 ID=MsG0380012013.01.T01;Parent=MsG0380012013.01;Name=MsG0380012013.01.T01;_AED=0.41;_eAED=0.42;_QI=46|0|0.66|1|1|1|3|0|387
Chr3 exon 9499412 9499642 9499412 ID=MsG0380012013.01.T01:exon:2870;Parent=MsG0380012013.01.T01
Chr3 exon 9499740 9499912 9499740 ID=MsG0380012013.01.T01:exon:2869;Parent=MsG0380012013.01.T01
Chr3 exon 9500349 9501154 9500349 ID=MsG0380012013.01.T01:exon:2868;Parent=MsG0380012013.01.T01
Chr3 five_prime_UTR 9501109 9501154 9501109 ID=MsG0380012013.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0380012013.01.T01
Chr3 CDS 9500349 9501108 9500349 ID=MsG0380012013.01.T01:cds;Parent=MsG0380012013.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0380012013.01.T01

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Protein sequence

>MsG0380012013.01.T01

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