AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380015319.01

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MsG0380015319.01.T01 AT5G18610 36.533 323 157 11 45 348 67 360 2.01e-49 174
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MsG0380015319.01.T01 AT2G28590 41.129 248 117 6 112 351 152 378 1.38e-46 164
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MsG0380015319.01.T01 AT4G01330 32.087 321 172 10 42 346 144 434 1.03e-43 157
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MsG0380015319.01.T01 AT1G56720 35.032 314 159 10 49 346 167 451 1.24e-43 157
MsG0380015319.01.T01 AT1G56720 35.032 314 159 10 49 346 167 451 1.24e-43 157
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MsG0380015319.01.T01 AT1G53430 36.508 315 153 13 49 346 616 900 1.07e-42 159
MsG0380015319.01.T01 AT5G47070 32.979 282 145 7 92 353 116 373 2.94e-42 152
MsG0380015319.01.T01 AT2G30730 36.201 279 138 9 91 348 69 328 3.03e-42 150
MsG0380015319.01.T01 AT2G30730 36.201 279 138 9 91 348 79 338 3.84e-42 150
MsG0380015319.01.T01 AT1G48210 36.101 277 141 8 90 348 89 347 4.20e-42 150
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MsG0380015319.01.T01 AT1G48210 36.101 277 141 8 90 348 89 347 4.20e-42 150
MsG0380015319.01.T01 AT1G48210 36.101 277 141 8 90 348 89 347 4.20e-42 150
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MsG0380015319.01.T01 AT1G56130 33.770 305 170 9 49 345 534 814 1.18e-35 138
MsG0380015319.01.T01 AT3G09010 31.562 320 182 10 46 351 31 327 1.24e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT1G70450 31.379 290 155 9 91 359 71 337 1.47e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT1G56120 33.437 323 163 11 49 353 680 968 1.65e-35 138
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MsG0380015319.01.T01 AT1G56120 33.437 323 163 11 49 353 698 986 1.66e-35 138
MsG0380015319.01.T01 AT3G13065 31.661 319 172 10 45 348 399 686 1.68e-35 137
MsG0380015319.01.T01 AT3G59700 33.227 313 164 11 49 345 326 609 1.69e-35 137
MsG0380015319.01.T01 AT3G59740 33.439 314 165 12 49 345 321 607 1.70e-35 137
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MsG0380015319.01.T01 AT5G54590 34.940 249 131 6 101 345 155 376 1.86e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT5G54590 34.940 249 131 6 101 345 155 376 1.86e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT5G54590 34.940 249 131 6 101 345 155 376 1.86e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT5G15730 30.333 300 174 8 49 343 104 373 2.82e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT5G15730 30.333 300 174 8 49 343 104 373 2.82e-35 134
MsG0380015319.01.T01 AT5G47850 35.547 256 131 8 102 346 498 730 2.91e-35 137
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MsG0380015319.01.T01 AT1G21590 29.532 342 185 12 27 349 377 681 6.03e-34 133
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MsG0380015319.01.T01 AT4G35030 32.209 326 169 11 47 353 90 382 6.57e-34 130
MsG0380015319.01.T01 AT4G35030 32.209 326 169 11 47 353 90 382 6.57e-34 130
MsG0380015319.01.T01 AT1G68690 31.852 270 142 10 91 341 399 645 6.73e-34 132
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MsG0380015319.01.T01 AT2G13800 30.530 321 173 11 46 346 143 433 2.76e-33 129
MsG0380015319.01.T01 AT5G24010 34.921 252 134 7 102 346 532 760 3.03e-33 131
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MsG0380015319.01.T01 AT2G43690 34.354 294 143 10 86 355 317 584 4.34e-33 130
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MsG0380015319.01.T01 AT1G51830 32.056 287 153 9 94 362 411 673 9.66e-33 129
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MsG0380015319.01.T01 AT4G11900 29.589 365 189 13 4 345 489 808 1.05e-32 129
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MsG0380015319.01.T01 AT2G32800 26.557 305 190 9 57 346 528 813 4.61e-20 92.4
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MsG0380015319.01.T01 AT5G01950 31.288 326 176 11 45 353 610 904 1.21e-32 129
MsG0380015319.01.T01 AT5G01950 31.288 326 176 11 45 353 610 904 1.21e-32 129
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MsG0380015319.01.T01 AT1G29750 30.982 326 180 11 49 358 669 965 1.25e-32 129
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MsG0380015319.01.T01 AT2G28250 31.119 286 147 8 91 348 232 495 1.44e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT2G28250 31.119 286 147 8 91 348 232 495 1.44e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT2G28250 31.119 286 147 8 91 348 232 495 1.44e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT2G28250 31.119 286 147 8 91 348 232 495 1.44e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT3G14350 32.463 268 140 8 91 340 441 685 1.65e-32 129
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MsG0380015319.01.T01 AT2G01950 30.000 350 183 12 37 353 814 1134 2.44e-32 129
MsG0380015319.01.T01 AT1G66150 30.640 297 153 9 91 356 610 884 2.50e-32 129
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MsG0380015319.01.T01 AT4G03390 30.357 280 145 6 90 345 506 759 2.51e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT4G23310 30.380 316 170 11 49 345 456 740 2.57e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT2G16750 31.193 327 174 10 49 359 265 556 2.58e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT2G16750 31.193 327 174 10 49 359 265 556 2.58e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT3G46340 29.290 338 188 9 37 356 563 867 2.75e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT4G23310 30.380 316 170 11 49 345 496 780 2.85e-32 128
MsG0380015319.01.T01 AT1G16260 33.091 275 146 11 91 349 403 655 3.05e-32 128
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MsG0380015319.01.T01 AT2G35620 35.081 248 126 8 107 346 352 572 3.94e-31 124
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MsG0380015319.01.T01 AT2G28960 29.825 342 189 11 35 359 417 724 1.22e-30 123
MsG0380015319.01.T01 AT5G01950 30.816 331 176 12 45 353 610 909 1.32e-30 123
MsG0380015319.01.T01 AT5G65530 28.889 360 183 16 29 360 114 428 1.33e-30 121
MsG0380015319.01.T01 AT2G02220 32.234 273 146 8 91 346 756 1006 1.64e-30 123
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MsG0380015319.01.T01 AT5G59260 30.169 295 161 8 75 346 353 625 1.88e-30 122
MsG0380015319.01.T01 AT3G45410 31.273 275 150 8 86 345 360 610 1.91e-30 122
MsG0380015319.01.T01 AT1G16130 30.279 251 147 6 107 351 464 692 1.95e-30 123
MsG0380015319.01.T01 AT1G48480 32.482 274 141 10 94 349 396 643 2.23e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT5G35960 30.195 308 170 11 47 341 120 395 2.34e-30 120
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MsG0380015319.01.T01 AT3G26700 29.524 315 185 10 47 350 65 353 2.50e-30 119
MsG0380015319.01.T01 AT3G13380 30.499 341 182 13 37 353 834 1143 2.51e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT5G55830 30.094 319 177 11 45 345 349 639 2.62e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT4G21400 29.712 313 168 11 51 342 351 632 3.31e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT5G37450 28.481 316 182 9 45 346 591 876 3.34e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT5G06740 30.435 322 166 11 49 345 330 618 3.68e-30 122
MsG0380015319.01.T01 AT2G28970 31.164 292 149 10 94 362 469 731 3.69e-30 122
MsG0380015319.01.T01 AT1G52290 32.222 270 135 11 49 301 131 369 3.73e-30 119
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MsG0380015319.01.T01 AT5G56040 29.195 298 160 9 90 357 779 1055 5.15e-30 122
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MsG0380015319.01.T01 AT2G23450 29.455 275 152 8 94 349 373 624 5.16e-30 121
MsG0380015319.01.T01 AT4G11530 31.546 317 165 12 49 345 340 624 5.59e-30 121
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MsG0380015319.01.T01 AT1G79620 29.012 324 172 11 47 348 650 937 5.86e-30 121
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MsG0380015319.01.T01 AT4G23280 30.380 316 170 12 49 345 330 614 9.23e-30 120
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MsG0380015319.01.T01 AT1G11330 30.855 269 147 8 91 342 546 792 1.14e-29 120
MsG0380015319.01.T01 AT2G18890 29.430 316 166 12 47 341 54 333 1.29e-29 117
MsG0380015319.01.T01 AT1G78530 36.279 215 95 7 93 290 99 288 1.39e-29 115

Find 76 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 144 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATGCAAAGTTATCCGATTT+TGG 0.094117 3:+68377445 MsG0380015319.01.T01:CDS
TTTGAAGTGCTTCACATTAA+AGG 0.207475 3:+68376574 MsG0380015319.01.T01:CDS
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GAGAGAATTGGAACTTCTTC+AGG 0.270192 3:+68378118 MsG0380015319.01.T01:CDS
GCGAACAAAGTCTAGTTAAC+TGG 0.292416 3:+68377937 MsG0380015319.01.T01:CDS
TTAAGGTCACCACACCAAAA+TGG 0.297758 3:+68377836 MsG0380015319.01.T01:intron
ACTGTATACATCACCCATTT+TGG 0.316066 3:-68377850 None:intergenic
ACTGATTGGTTACTGCTTAG+AGG 0.324260 3:+68376983 MsG0380015319.01.T01:CDS
CTCACCACCTGATCAATGTT+TGG 0.330100 3:-68378098 None:intergenic
ATGGGTGATGTATACAGTTT+TGG 0.337560 3:+68377855 MsG0380015319.01.T01:CDS
CCTAATCTTGTGAGACTGAT+TGG 0.349689 3:+68376969 MsG0380015319.01.T01:CDS
GAAGAAGAGTTATATGTAAA+GGG 0.361487 3:+68376644 MsG0380015319.01.T01:CDS
GGTTTGAATTCAGAGGTAGA+TGG 0.374519 3:+68376497 MsG0380015319.01.T01:intron
CCAATCAGTCTCACAAGATT+AGG 0.387625 3:-68376969 None:intergenic
AGAGAAGATGATACTATGAT+TGG 0.395649 3:+68376521 MsG0380015319.01.T01:CDS
TGATCAGGTGGTGAGAGAAT+TGG 0.413367 3:+68378106 MsG0380015319.01.T01:CDS
GAACTTAATTCCAGCTAGTC+AGG 0.417475 3:+68376616 MsG0380015319.01.T01:CDS
CGAAGAAGAGTTATATGTAA+AGG 0.421451 3:+68376643 MsG0380015319.01.T01:CDS
TCAATGCCTGTCTGATTGTA+AGG 0.423253 3:+68378067 MsG0380015319.01.T01:CDS
CGAGTATTGGCCTTCTATAT+CGG 0.438419 3:-68378009 None:intergenic
CTGCCTAATGTATATGGAGC+AGG 0.449622 3:+68377182 MsG0380015319.01.T01:CDS
ATATTCTAGTGCTGCGTAGC+TGG 0.454168 3:-68377512 None:intergenic
TCTTCGCTCACCTGACTAGC+TGG 0.458888 3:-68376626 None:intergenic
TAAGGTCACCACACCAAAAT+GGG 0.461606 3:+68377837 MsG0380015319.01.T01:intron
TTGCTTCATGCAGCGAGTAT+TGG 0.463875 3:-68378022 None:intergenic
ATAACCCTTGTCCAGCTGTT+CGG 0.465227 3:-68377487 None:intergenic
CAGGATTCAAATGACATAGT+TGG 0.470106 3:+68378137 MsG0380015319.01.T01:CDS
AGGAAGAGTCATTCACATAA+TGG 0.475212 3:+68375992 MsG0380015319.01.T01:CDS
AAAACCAGAACCTGGTTTAG+TGG 0.477226 3:-68376693 None:intergenic
TACATGGTTAAGCTTCTTCA+CGG 0.482484 3:-68376723 None:intergenic
CTATATCGGCATCCATGACT+TGG 0.482742 3:-68377995 None:intergenic
ATATTTCTCCAACCCAAAAT+CGG 0.483685 3:-68377458 None:intergenic
TAGAGTAAAATCAACAAGAT+GGG 0.490352 3:+68376933 MsG0380015319.01.T01:intron
TGGGTGGCTGCTTTAGCTCA+AGG 0.493958 3:+68375957 MsG0380015319.01.T01:CDS
CTGATTTCCAGCCACTCTCA+TGG 0.497063 3:+68377210 MsG0380015319.01.T01:CDS
TTTGCTGATGAGTAGTGGTC+TGG 0.497965 3:-68377961 None:intergenic
AAATAGACCAAACATTGATC+AGG 0.501545 3:+68378091 MsG0380015319.01.T01:CDS
AATATGATGATCCGAACAGC+TGG 0.506103 3:+68377476 MsG0380015319.01.T01:CDS
GCACTTCAAAGCCCATGAAA+AGG 0.519674 3:-68376561 None:intergenic
ATAGAGTAAAATCAACAAGA+TGG 0.527524 3:+68376932 MsG0380015319.01.T01:intron
GTCATGGATGCCGATATAGA+AGG 0.529511 3:+68377999 MsG0380015319.01.T01:CDS
AAACCAGAACCTGGTTTAGT+GGG 0.533186 3:-68376692 None:intergenic
GTTTGAATTCAGAGGTAGAT+GGG 0.533466 3:+68376498 MsG0380015319.01.T01:CDS
TGCCTAATGTATATGGAGCA+GGG 0.544292 3:+68377183 MsG0380015319.01.T01:CDS
TCATATACTAAAATCCGATA+GGG 0.547956 3:-68377008 None:intergenic
AGATACGATCTTCCAAGTCA+TGG 0.548119 3:+68377983 MsG0380015319.01.T01:CDS
ACTAGACTTTGTTCGCATTG+TGG 0.551232 3:-68377930 None:intergenic
AAGAAGAGTTATATGTAAAG+GGG 0.554094 3:+68376645 MsG0380015319.01.T01:CDS
CGAACAAAGTCTAGTTAACT+GGG 0.556688 3:+68377938 MsG0380015319.01.T01:CDS
TGTTCTGCTAGAAGTTATGT+CGG 0.562859 3:+68377881 MsG0380015319.01.T01:CDS
GATTCAAATGACATAGTTGG+TGG 0.564532 3:+68378140 MsG0380015319.01.T01:CDS
ATGATCCGAACAGCTGGACA+AGG 0.564870 3:+68377482 MsG0380015319.01.T01:CDS
GCCCCTGCTCCATATACATT+AGG 0.567164 3:-68377185 None:intergenic
GTTCTGCTAGAAGTTATGTC+GGG 0.569139 3:+68377882 MsG0380015319.01.T01:CDS
CTAGAATATTTCATGACAGA+TGG 0.570497 3:+68377526 MsG0380015319.01.T01:CDS
TTCATATACTAAAATCCGAT+AGG 0.573830 3:-68377009 None:intergenic
AATCGGATAACTTTGCATTG+TGG 0.579071 3:-68377441 None:intergenic
GGGTGGCTGCTTTAGCTCAA+GGG 0.588568 3:+68375958 MsG0380015319.01.T01:CDS
AAGAGTTATATGTAAAGGGG+TGG 0.595118 3:+68376648 MsG0380015319.01.T01:CDS
ATGGACAGGTTTGAATTCAG+AGG 0.596311 3:+68376490 MsG0380015319.01.T01:intron
GTATCTTTGCTGATGAGTAG+TGG 0.600163 3:-68377966 None:intergenic
TGGAATTAAGTTCCTTGTCG+CGG 0.601932 3:-68376606 None:intergenic
AACCAGAACCTGGTTTAGTG+GGG 0.609098 3:-68376691 None:intergenic
TAGACCAAACATTGATCAGG+TGG 0.609877 3:+68378094 MsG0380015319.01.T01:CDS
CTTCAAAGCCCATGAAAAGG+AGG 0.612767 3:-68376558 None:intergenic
GCAATTGTAAAACCAGAACC+TGG 0.617110 3:-68376701 None:intergenic
ATAGCTCTTGATGCTTCTAA+GGG 0.617390 3:+68377248 MsG0380015319.01.T01:CDS
ACTGCTTAGAGGATCCCTAT+CGG 0.618306 3:+68376994 MsG0380015319.01.T01:CDS
AGAGTAAAATCAACAAGATG+GGG 0.624947 3:+68376934 MsG0380015319.01.T01:intron
GATGAAGTCAATGTGATGCA+TGG 0.633400 3:+68377290 MsG0380015319.01.T01:CDS
GCCTAATGTATATGGAGCAG+GGG 0.637278 3:+68377184 MsG0380015319.01.T01:CDS
ACCAGAACCTGGTTTAGTGG+GGG 0.664160 3:-68376690 None:intergenic
CAACAACACAGTGACATGGG+TGG 0.685556 3:+68375941 None:intergenic
TGATCCGAACAGCTGGACAA+GGG 0.707073 3:+68377483 MsG0380015319.01.T01:CDS
GCTCAAGGGTCAAAACTGAG+AGG 0.711468 3:+68375972 MsG0380015319.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTGTTTTAAATTTTTTGATA+AGG + Chr3:68376105-68376124 MsG0380015319.01.T01:intron 10.0%
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!! TAAAACATGAATTAACTATT+AGG - Chr3:68376463-68376482 None:intergenic 15.0%
!! TAATTATTGAGAATAAATCT+TGG + Chr3:68376169-68376188 MsG0380015319.01.T01:intron 15.0%
!! TTTAATATACTAACTAGAAA+AGG - Chr3:68377140-68377159 None:intergenic 15.0%
!!! ATTCATGTTTTATTTTGATA+TGG + Chr3:68376471-68376490 MsG0380015319.01.T01:intron 15.0%
!!! GATTTTAGTATATGAATTTT+TGG + Chr3:68377016-68377035 MsG0380015319.01.T01:CDS 15.0%
!!! GGAAAATATCAAATTATTTT+TGG + Chr3:68376833-68376852 MsG0380015319.01.T01:intron 15.0%
!!! TATCATTGTCTTTTTATTTA+AGG + Chr3:68377819-68377838 MsG0380015319.01.T01:intron 15.0%
!! AACCAAAATATTATTTGTAC+CGG + Chr3:68377691-68377710 MsG0380015319.01.T01:intron 20.0%
!! ATAAGGTAAAAAAAATTCGT+TGG - Chr3:68376222-68376241 None:intergenic 20.0%
! AAGAAGAGTTATATGTAAAG+GGG + Chr3:68376645-68376664 MsG0380015319.01.T01:CDS 25.0%
! AAGTACATTCTCGTTAAATA+AGG - Chr3:68376239-68376258 None:intergenic 25.0%
! AATAAATCTTGGATTTAGGT+AGG + Chr3:68376180-68376199 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! ACAAGATAGATCATTAAGAA+AGG - Chr3:68376046-68376065 None:intergenic 25.0%
! ATAGAGTAAAATCAACAAGA+TGG + Chr3:68376932-68376951 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! ATGTGCAAAGAATTATCATA+TGG - Chr3:68377614-68377633 None:intergenic 25.0%
! CATAGAAGTTAATTATACGT+AGG + Chr3:68377652-68377671 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! GAAGAAGAGTTATATGTAAA+GGG + Chr3:68376644-68376663 MsG0380015319.01.T01:CDS 25.0%
! GAATTATCATATGGTGAAAT+AGG - Chr3:68377605-68377624 None:intergenic 25.0%
! TAGAGTAAAATCAACAAGAT+GGG + Chr3:68376933-68376952 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! TATTTAACGAGAATGTACTT+CGG + Chr3:68376239-68376258 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! TCATATACTAAAATCCGATA+GGG - Chr3:68377011-68377030 None:intergenic 25.0%
! TGAGAATAAATCTTGGATTT+AGG + Chr3:68376176-68376195 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
! TTCATATACTAAAATCCGAT+AGG - Chr3:68377012-68377031 None:intergenic 25.0%
!! ACATAAAGTATTTAGAAACC+AGG - Chr3:68377410-68377429 None:intergenic 25.0%
!!! AGTATATGAATTTTTGGACA+AGG + Chr3:68377022-68377041 MsG0380015319.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTATATGAATTTTTGGACAA+GGG + Chr3:68377023-68377042 MsG0380015319.01.T01:CDS 25.0%
!!! TACGCTCATAATTTTGTTTT+TGG - Chr3:68376345-68376364 None:intergenic 25.0%
!!! TATTGCTGTCTTTTTTTTCA+AGG + Chr3:68377096-68377115 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
!!! TGTTTTATTTTGATATGGAC+AGG + Chr3:68376476-68376495 MsG0380015319.01.T01:intron 25.0%
AAAAAGACAGCAATAGAAGA+AGG - Chr3:68377091-68377110 None:intergenic 30.0%
AAATAGACCAAACATTGATC+AGG + Chr3:68378091-68378110 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
AACAAGCATTTGACAAAAAC+AGG + Chr3:68377907-68377926 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
AACATCTGTAGCAAAATACA+TGG + Chr3:68376871-68376890 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
AGAGAAGATGATACTATGAT+TGG + Chr3:68376521-68376540 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
AGAGTAAAATCAACAAGATG+GGG + Chr3:68376934-68376953 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
ATATTTCTCCAACCCAAAAT+CGG - Chr3:68377461-68377480 None:intergenic 30.0%
CATATGGTGAAATAGGTAAA+TGG - Chr3:68377598-68377617 None:intergenic 30.0%
CGAAGAAGAGTTATATGTAA+AGG + Chr3:68376643-68376662 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
CTAGAATATTTCATGACAGA+TGG + Chr3:68377526-68377545 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
GGTTGAATCTGTTAAAAACA+AGG + Chr3:68377725-68377744 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
GTTAATATACTAGTTAGACC+TGG + Chr3:68377389-68377408 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
! AATGCAAAGTTATCCGATTT+TGG + Chr3:68377445-68377464 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
! AGATAGAGATGAGATTTTGA+GGG - Chr3:68377164-68377183 None:intergenic 30.0%
! ATCTTGATTGATTCTGTAAG+TGG + Chr3:68377332-68377351 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
! ATGCAAAGTTATCCGATTTT+GGG + Chr3:68377446-68377465 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
! TATTTTCCTTACAATCAGAC+AGG - Chr3:68378076-68378095 None:intergenic 30.0%
! TGCCGGTACAAATAATATTT+TGG - Chr3:68377696-68377715 None:intergenic 30.0%
! TGTGAATAAATTTTGCCACT+TGG + Chr3:68376073-68376092 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
! TTTGAAGTGCTTCACATTAA+AGG + Chr3:68376574-68376593 MsG0380015319.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTAACAGATTCAACCTCA+TGG - Chr3:68377722-68377741 None:intergenic 30.0%
!! AACTAGTTGAATTCTGAAGT+TGG + Chr3:68376811-68376830 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
!! ACTAGTTGAATTCTGAAGTT+GGG + Chr3:68376812-68376831 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
!! ATACTTCTAGCTTTCTCTTT+CGG + Chr3:68377787-68377806 MsG0380015319.01.T01:intron 30.0%
AAGAGTTATATGTAAAGGGG+TGG + Chr3:68376648-68376667 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
AATCGGATAACTTTGCATTG+TGG - Chr3:68377444-68377463 None:intergenic 35.0%
AGGAAGAGTCATTCACATAA+TGG + Chr3:68375992-68376011 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
ATAGCTCTTGATGCTTCTAA+GGG + Chr3:68377248-68377267 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
CAGGATTCAAATGACATAGT+TGG + Chr3:68378137-68378156 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
CGAACAAAGTCTAGTTAACT+GGG + Chr3:68377938-68377957 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
CTCTATCTGCCTAATGTATA+TGG + Chr3:68377176-68377195 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
GATTCAAATGACATAGTTGG+TGG + Chr3:68378140-68378159 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
GCACATAGTAAACGAGTATT+TGG + Chr3:68377628-68377647 MsG0380015319.01.T01:intron 35.0%
GTTTGAATTCAGAGGTAGAT+GGG + Chr3:68376498-68376517 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
TACATGGTTAAGCTTCTTCA+CGG - Chr3:68376726-68376745 None:intergenic 35.0%
TGTTCTGCTAGAAGTTATGT+CGG + Chr3:68377881-68377900 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
! AAATTCGTTGGCTGAACTAA+CGG - Chr3:68376210-68376229 None:intergenic 35.0%
! ACTGTATACATCACCCATTT+TGG - Chr3:68377853-68377872 None:intergenic 35.0%
! ATGGGTGATGTATACAGTTT+TGG + Chr3:68377855-68377874 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
! ATTCGAATTTTCCATGAGAG+TGG - Chr3:68377224-68377243 None:intergenic 35.0%
! CAGATAGAGATGAGATTTTG+AGG - Chr3:68377165-68377184 None:intergenic 35.0%
! GATAGAGATGAGATTTTGAG+GGG - Chr3:68377163-68377182 None:intergenic 35.0%
!! AAAGTTATCCGATTTTGGGT+TGG + Chr3:68377450-68377469 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTTTTGGACAAGGGAAGTT+TGG + Chr3:68377031-68377050 MsG0380015319.01.T01:CDS 35.0%
AAAACCAGAACCTGGTTTAG+TGG - Chr3:68376696-68376715 None:intergenic 40.0%
AAACAAATTTCCTCGCCAAG+TGG - Chr3:68376091-68376110 None:intergenic 40.0%
AAACCAGAACCTGGTTTAGT+GGG - Chr3:68376695-68376714 None:intergenic 40.0%
AATATGATGATCCGAACAGC+TGG + Chr3:68377476-68377495 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
ACTAGACTTTGTTCGCATTG+TGG - Chr3:68377933-68377952 None:intergenic 40.0%
AGATACGATCTTCCAAGTCA+TGG + Chr3:68377983-68378002 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
AGGAAATAAAAACCGCGACA+AGG + Chr3:68376594-68376613 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
ATGGACAGGTTTGAATTCAG+AGG + Chr3:68376490-68376509 MsG0380015319.01.T01:intron 40.0%
ATTCAACCTCATGGAATTGC+CGG - Chr3:68377713-68377732 None:intergenic 40.0%
CCAATCAGTCTCACAAGATT+AGG - Chr3:68376972-68376991 None:intergenic 40.0%
CCTAATCTTGTGAGACTGAT+TGG + Chr3:68376969-68376988 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GAACTTAATTCCAGCTAGTC+AGG + Chr3:68376616-68376635 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GAGAGAATTGGAACTTCTTC+AGG + Chr3:68378118-68378137 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GATAGCTCTTGATGCTTCTA+AGG + Chr3:68377247-68377266 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GATGAAGTCAATGTGATGCA+TGG + Chr3:68377290-68377309 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GCAATTGTAAAACCAGAACC+TGG - Chr3:68376704-68376723 None:intergenic 40.0%
GCGAACAAAGTCTAGTTAAC+TGG + Chr3:68377937-68377956 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTGAATTCAGAGGTAGA+TGG + Chr3:68376497-68376516 MsG0380015319.01.T01:intron 40.0%
GTATCTTTGCTGATGAGTAG+TGG - Chr3:68377969-68377988 None:intergenic 40.0%
GTTCTGCTAGAAGTTATGTC+GGG + Chr3:68377882-68377901 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
TAAGGTCACCACACCAAAAT+GGG + Chr3:68377837-68377856 MsG0380015319.01.T01:intron 40.0%
TAGACCAAACATTGATCAGG+TGG + Chr3:68378094-68378113 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
TCAATGCCTGTCTGATTGTA+AGG + Chr3:68378067-68378086 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
TGCCTAATGTATATGGAGCA+GGG + Chr3:68377183-68377202 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
TGGAATTAAGTTCCTTGTCG+CGG - Chr3:68376609-68376628 None:intergenic 40.0%
TTAAGGTCACCACACCAAAA+TGG + Chr3:68377836-68377855 MsG0380015319.01.T01:intron 40.0%
! ACTGATTGGTTACTGCTTAG+AGG + Chr3:68376983-68377002 MsG0380015319.01.T01:CDS 40.0%
!! ATAAATTTTGCCACTTGGCG+AGG + Chr3:68376078-68376097 MsG0380015319.01.T01:intron 40.0%
!! ATACATCACCCATTTTGGTG+TGG - Chr3:68377848-68377867 None:intergenic 40.0%
!! CGAGTATTGGCCTTCTATAT+CGG - Chr3:68378012-68378031 None:intergenic 40.0%
AACCAGAACCTGGTTTAGTG+GGG - Chr3:68376694-68376713 None:intergenic 45.0%
ACTGCTTAGAGGATCCCTAT+CGG + Chr3:68376994-68377013 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
AGCTTAACCATGTAAGCCAC+CGG + Chr3:68376732-68376751 MsG0380015319.01.T01:intron 45.0%
ATAACCCTTGTCCAGCTGTT+CGG - Chr3:68377490-68377509 None:intergenic 45.0%
ATATTCTAGTGCTGCGTAGC+TGG - Chr3:68377515-68377534 None:intergenic 45.0%
CTATATCGGCATCCATGACT+TGG - Chr3:68377998-68378017 None:intergenic 45.0%
CTCACCACCTGATCAATGTT+TGG - Chr3:68378101-68378120 None:intergenic 45.0%
CTGCCTAATGTATATGGAGC+AGG + Chr3:68377182-68377201 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
CTTCAAAGCCCATGAAAAGG+AGG - Chr3:68376561-68376580 None:intergenic 45.0%
GCACTTCAAAGCCCATGAAA+AGG - Chr3:68376564-68376583 None:intergenic 45.0%
GCCTAATGTATATGGAGCAG+GGG + Chr3:68377184-68377203 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
GTACTCACCAACCATTCACT+GGG - Chr3:68376761-68376780 None:intergenic 45.0%
GTCATGGATGCCGATATAGA+AGG + Chr3:68377999-68378018 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
TGATCAGGTGGTGAGAGAAT+TGG + Chr3:68378106-68378125 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
TTGCTTCATGCAGCGAGTAT+TGG - Chr3:68378025-68378044 None:intergenic 45.0%
TTTGCTGATGAGTAGTGGTC+TGG - Chr3:68377964-68377983 None:intergenic 45.0%
! CAGCAATGCCTCCTTTTCAT+GGG + Chr3:68376550-68376569 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
! GAATTTTCCATGAGAGTGGC+TGG - Chr3:68377220-68377239 None:intergenic 45.0%
! TCAGCAATGCCTCCTTTTCA+TGG + Chr3:68376549-68376568 MsG0380015319.01.T01:CDS 45.0%
! TTTGTACCGGCAATTCCATG+AGG + Chr3:68377704-68377723 MsG0380015319.01.T01:intron 45.0%
!! AAATTATAAATATCTAAAAA+AGG - Chr3:68376898-68376917 None:intergenic 5.0%
ACCAGAACCTGGTTTAGTGG+GGG - Chr3:68376693-68376712 None:intergenic 50.0%
ATGATCCGAACAGCTGGACA+AGG + Chr3:68377482-68377501 MsG0380015319.01.T01:CDS 50.0%
ATGTTAGCCCCCACTAAACC+AGG + Chr3:68376683-68376702 MsG0380015319.01.T01:CDS 50.0%
CGTACTCACCAACCATTCAC+TGG - Chr3:68376762-68376781 None:intergenic 50.0%
CTGATTTCCAGCCACTCTCA+TGG + Chr3:68377210-68377229 MsG0380015319.01.T01:CDS 50.0%
GCCCCTGCTCCATATACATT+AGG - Chr3:68377188-68377207 None:intergenic 50.0%
GCTCAAGGGTCAAAACTGAG+AGG + Chr3:68375972-68375991 MsG0380015319.01.T01:CDS 50.0%
GCTTAACCATGTAAGCCACC+GGG + Chr3:68376733-68376752 MsG0380015319.01.T01:intron 50.0%
TGATCCGAACAGCTGGACAA+GGG + Chr3:68377483-68377502 MsG0380015319.01.T01:CDS 50.0%
CCAACCATTCACTGGGTTCC+CGG - Chr3:68376754-68376773 None:intergenic 55.0%
TCTTCGCTCACCTGACTAGC+TGG - Chr3:68376629-68376648 None:intergenic 55.0%
! GGGTGGCTGCTTTAGCTCAA+GGG + Chr3:68375958-68375977 MsG0380015319.01.T01:CDS 55.0%
! TGGGTGGCTGCTTTAGCTCA+AGG + Chr3:68375957-68375976 MsG0380015319.01.T01:CDS 55.0%
ACCATTCACTGGGTTCCCGG+TGG - Chr3:68376751-68376770 None:intergenic 60.0%
CCGGGAACCCAGTGAATGGT+TGG + Chr3:68376751-68376770 MsG0380015319.01.T01:intron 60.0%
GCCCCCACTAAACCAGGTTC+TGG + Chr3:68376689-68376708 MsG0380015319.01.T01:CDS 60.0%
TGGGTTCCCGGTGGCTTACA+TGG - Chr3:68376742-68376761 None:intergenic 60.0%
GCCACCGGGAACCCAGTGAA+TGG + Chr3:68376747-68376766 MsG0380015319.01.T01:intron 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 68375956 68378181 68375956 ID=MsG0380015319.01;Name=MsG0380015319.01
Chr3 mRNA 68375956 68378181 68375956 ID=MsG0380015319.01.T01;Parent=MsG0380015319.01;Name=MsG0380015319.01.T01;_AED=0.39;_eAED=0.40;_QI=0|0|0|1|0.8|0.83|6|0|362
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