AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380016411.01

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MsG0380016411.01.T01 AT5G21222 34.677 248 156 4 1 245 1 245 6.41e-47 166
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MsG0380016411.01.T01 AT4G21940 36.555 238 143 5 14 245 102 337 8.67e-41 147
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MsG0380016411.01.T01 AT3G20410 35.714 238 145 5 14 245 91 326 4.96e-38 139
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MsG0380016411.01.T01 AT4G38230 36.179 246 148 6 10 248 49 292 4.71e-37 136
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MsG0380016411.01.T01 AT1G50240 34.234 222 144 2 11 232 3 222 6.11e-37 138
MsG0380016411.01.T01 AT1G18890 34.746 236 146 5 16 245 65 298 6.97e-37 136
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MsG0380016411.01.T01 AT2G35890 34.454 238 148 5 14 245 132 367 2.29e-36 135
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MsG0380016411.01.T01 AT1G78290 36.777 242 141 6 14 248 4 240 2.46e-36 131
MsG0380016411.01.T01 AT1G78290 36.777 242 141 6 14 248 4 240 2.46e-36 131
MsG0380016411.01.T01 AT5G18700 35.294 238 142 4 11 246 1 228 3.05e-36 136
MsG0380016411.01.T01 AT1G30640 29.861 288 155 3 5 245 18 305 3.18e-36 134
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MsG0380016411.01.T01 AT4G33950 35.537 242 144 6 14 248 21 257 5.07e-36 131
MsG0380016411.01.T01 AT3G04530 32.500 240 154 6 12 245 9 246 5.31e-36 129
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MsG0380016411.01.T01 AT4G35310 36.134 238 144 5 14 245 97 332 8.48e-36 134
MsG0380016411.01.T01 AT4G14350 31.338 284 152 4 5 245 110 393 9.11e-36 133
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MsG0380016411.01.T01 AT1G30640 29.861 288 155 3 5 245 111 398 1.03e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT4G14350 31.338 284 152 4 5 245 110 393 1.18e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT4G14350 31.338 284 152 4 5 245 110 393 1.18e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT4G14350 31.338 284 152 4 5 245 110 393 1.18e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT1G76040 34.034 238 149 5 14 245 112 347 1.55e-35 132
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MsG0380016411.01.T01 AT2G17290 35.714 238 145 5 14 245 85 320 1.59e-35 132
MsG0380016411.01.T01 AT3G10660 33.613 238 150 5 14 245 186 421 1.67e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT3G10660 33.613 238 150 5 14 245 186 421 1.67e-35 133
MsG0380016411.01.T01 AT5G04870 34.034 238 149 6 14 245 150 385 1.72e-35 133
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MsG0380016411.01.T01 AT4G04740 36.087 230 127 8 28 245 83 304 2.77e-35 132
MsG0380016411.01.T01 AT4G04740 36.087 230 127 8 28 245 83 304 2.77e-35 132
MsG0380016411.01.T01 AT4G04740 36.087 230 127 8 28 245 83 304 2.77e-35 132
MsG0380016411.01.T01 AT4G04740 36.087 230 127 8 28 245 83 304 2.77e-35 132
MsG0380016411.01.T01 AT4G04740 36.087 230 127 8 28 245 83 304 2.77e-35 132
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MsG0380016411.01.T01 AT3G45780 31.818 264 147 4 14 245 663 925 1.84e-34 131
MsG0380016411.01.T01 AT2G37840 32.743 226 146 4 11 232 9 232 1.91e-34 130
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MsG0380016411.01.T01 AT1G10940 32.245 245 154 5 11 248 1 240 5.08e-34 126
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MsG0380016411.01.T01 AT5G66880 34.298 242 147 6 14 248 22 258 1.36e-33 124
MsG0380016411.01.T01 AT2G19400 30.420 286 148 4 11 245 102 387 1.54e-33 127
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MsG0380016411.01.T01 AT1G60940 32.653 245 153 5 11 248 1 240 2.16e-33 124
MsG0380016411.01.T01 AT3G51850 34.052 232 145 5 20 245 60 289 2.19e-33 125
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MsG0380016411.01.T01 AT3G51850 33.475 236 149 5 16 245 56 289 4.72e-33 125
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MsG0380016411.01.T01 AT1G54960 33.981 206 129 3 17 215 71 276 9.30e-33 125
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MsG0380016411.01.T01 AT4G04710 30.924 249 153 6 14 245 36 282 1.03e-32 124
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MsG0380016411.01.T01 AT5G58140 30.916 262 152 2 14 246 577 838 1.21e-32 125
MsG0380016411.01.T01 AT5G58140 30.916 262 152 2 14 246 577 838 1.21e-32 125
MsG0380016411.01.T01 AT5G58140 30.916 262 152 2 14 246 577 838 1.21e-32 125
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MsG0380016411.01.T01 AT1G63700 33.191 235 147 6 17 245 403 633 2.74e-32 125
MsG0380016411.01.T01 AT1G69220 33.333 207 133 3 7 211 242 445 5.38e-32 124
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MsG0380016411.01.T01 AT4G29810 30.455 220 148 3 10 227 75 291 6.75e-31 117
MsG0380016411.01.T01 AT2G23030 32.231 242 152 5 14 248 4 240 8.26e-31 117
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MsG0380016411.01.T01 AT5G66210 31.667 240 154 6 14 245 62 299 3.44e-30 117
MsG0380016411.01.T01 AT4G04695 33.195 241 149 6 16 246 30 268 3.69e-30 117
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MsG0380016411.01.T01 AT5G66210 31.667 240 154 6 14 245 62 299 7.78e-30 116
MsG0380016411.01.T01 AT5G66210 31.667 240 154 6 14 245 62 299 1.08e-29 116
MsG0380016411.01.T01 AT5G66210 31.667 240 154 6 14 245 62 299 1.08e-29 116
MsG0380016411.01.T01 AT5G66850 32.367 207 129 4 17 213 349 554 1.19e-29 117
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 1.28e-29 116
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 1.33e-29 116
MsG0380016411.01.T01 AT3G21220 32.174 230 141 7 10 232 66 287 1.58e-29 114
MsG0380016411.01.T01 AT3G21220 32.174 230 141 7 10 232 66 287 1.58e-29 114
MsG0380016411.01.T01 AT5G66850 32.367 207 129 4 17 213 349 554 1.77e-29 116
MsG0380016411.01.T01 AT4G36070 31.818 242 155 7 12 245 69 308 1.84e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT4G36070 31.818 242 155 7 12 245 69 308 2.21e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT3G25250 27.586 290 139 5 2 225 5 289 2.30e-29 114
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 2.65e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 2.78e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 2.78e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT1G53570 34.746 236 142 7 17 245 217 447 2.84e-29 115
MsG0380016411.01.T01 AT5G57630 39.860 143 83 3 91 232 1 141 3.03e-29 112
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MsG0380016411.01.T01 AT1G18670 30.804 224 149 4 14 232 131 353 1.70e-25 105
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MsG0380016411.01.T01 AT5G44290 32.569 218 142 4 14 227 137 353 3.93e-25 103
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MsG0380016411.01.T01 AT3G12690 26.974 304 156 5 11 248 182 485 5.83e-25 103
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MsG0380016411.01.T01 AT3G01085 30.180 222 150 4 13 230 114 334 9.23e-25 102
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MsG0380016411.01.T01 AT1G54610 32.127 221 143 5 12 227 116 334 5.76e-24 100
MsG0380016411.01.T01 AT1G54610 32.127 221 143 5 12 227 116 334 5.76e-24 100
MsG0380016411.01.T01 AT4G24100 28.571 217 143 6 5 212 22 235 6.08e-24 100
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MsG0380016411.01.T01 AT4G24100 28.571 217 143 6 5 212 38 251 6.49e-24 100
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MsG0380016411.01.T01 AT1G79640 32.161 199 127 5 20 212 19 215 1.30e-23 99.8
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MsG0380016411.01.T01 AT2G32510 29.461 241 148 10 17 245 6 236 2.25e-20 89.4
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MsG0380016411.01.T01 AT3G46930 29.524 210 135 7 11 213 163 366 2.73e-20 89.4
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MsG0380016411.01.T01 AT5G45430 29.630 216 145 7 14 227 4 214 2.95e-20 89.7
MsG0380016411.01.T01 AT3G55550 30.734 218 133 5 10 216 342 552 3.02e-20 90.1
MsG0380016411.01.T01 AT3G08870 31.604 212 132 6 14 216 389 596 3.09e-20 89.7
MsG0380016411.01.T01 AT4G29990 30.097 206 130 6 12 210 574 772 3.21e-20 90.1
MsG0380016411.01.T01 AT3G06630 30.769 182 120 4 12 190 432 610 3.50e-20 89.7
MsG0380016411.01.T01 AT3G59740 29.146 199 128 4 20 208 339 534 3.78e-20 89.7
MsG0380016411.01.T01 AT3G46930 29.048 210 136 6 11 213 163 366 4.15e-20 89.4
MsG0380016411.01.T01 AT3G46930 29.048 210 136 6 11 213 198 401 4.66e-20 89.4
MsG0380016411.01.T01 AT3G58760 28.571 182 121 3 40 212 187 368 4.84e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT1G32320 30.144 209 131 4 10 212 44 243 5.72e-20 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT5G50000 25.368 272 171 6 3 248 69 334 6.31e-20 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT5G50000 26.695 236 145 5 3 212 69 302 6.37e-20 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT3G58760 28.571 182 121 3 40 212 250 431 6.54e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT3G58760 28.571 182 121 3 40 212 250 431 6.54e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT3G04810 25.893 224 147 5 11 224 1 215 6.88e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT3G04810 25.893 224 147 5 11 224 1 215 6.88e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT3G04810 25.893 224 147 5 11 224 1 215 6.88e-20 89.0
MsG0380016411.01.T01 AT5G65600 29.493 217 144 4 10 220 346 559 8.78e-20 88.6
MsG0380016411.01.T01 AT1G15530 30.876 217 130 7 14 219 361 568 9.37e-20 88.6
MsG0380016411.01.T01 AT5G38210 28.745 247 143 7 18 239 356 594 9.40e-20 88.6
MsG0380016411.01.T01 AT5G38210 28.745 247 143 7 18 239 374 612 1.06e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT1G31420 32.512 203 124 6 20 215 312 508 1.15e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT5G28290 26.244 221 144 5 14 224 4 215 1.18e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT1G70430 30.645 186 119 5 13 191 15 197 1.18e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT1G70430 30.645 186 119 5 13 191 15 197 1.27e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT3G01490 25.483 259 164 6 3 235 95 350 1.27e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT1G29730 30.097 206 133 6 10 208 636 837 1.28e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT5G28290 26.244 221 144 5 14 224 4 215 1.32e-19 87.8
MsG0380016411.01.T01 AT5G28290 26.244 221 144 5 14 224 4 215 1.32e-19 87.8
MsG0380016411.01.T01 AT1G29730 30.097 206 133 6 10 208 636 837 1.32e-19 88.2
MsG0380016411.01.T01 AT3G45640 28.704 216 143 6 19 227 43 254 1.33e-19 87.0
MsG0380016411.01.T01 AT1G70430 30.645 186 119 5 13 191 15 197 1.39e-19 87.8
MsG0380016411.01.T01 AT3G59700 29.592 196 128 4 20 208 344 536 1.61e-19 87.8
MsG0380016411.01.T01 AT5G38210 28.745 247 143 7 18 239 362 600 1.85e-19 87.8
MsG0380016411.01.T01 AT2G11520 30.000 220 143 6 8 219 219 435 1.90e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT2G47060 29.730 222 129 5 10 213 69 281 1.96e-19 85.9
MsG0380016411.01.T01 AT3G01490 25.292 257 160 6 3 229 95 349 1.99e-19 86.3
MsG0380016411.01.T01 AT3G06230 30.841 214 128 6 9 212 48 251 2.03e-19 85.5
MsG0380016411.01.T01 AT1G67890 27.941 204 140 5 13 213 358 557 2.12e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT5G01550 28.636 220 134 6 10 214 375 586 2.30e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT1G08720 26.904 197 138 4 12 205 667 860 2.34e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT4G14480 28.638 213 136 5 14 212 15 225 2.38e-19 87.0
MsG0380016411.01.T01 AT1G08720 26.904 197 138 4 12 205 667 860 2.42e-19 87.4
MsG0380016411.01.T01 AT3G62220 30.631 222 127 5 10 213 65 277 2.46e-19 86.3
MsG0380016411.01.T01 AT3G62220 30.631 222 127 5 10 213 65 277 2.46e-19 86.3

Find 60 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 120 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGCATTGAAGGTTATCTTTA+AGG 0.144377 3:+83064757 MsG0380016411.01.T01:CDS
CTTTGTTATGAATTCCTCTA+TGG 0.280997 3:+83065957 MsG0380016411.01.T01:CDS
TACCCCACTTATCAGATCTT+TGG 0.326895 3:-83066169 None:intergenic
CTATGTCGCCAGAGAAATTA+AGG 0.330128 3:+83064466 MsG0380016411.01.T01:CDS
CCAAACATCTTGCGTCTCTA+TGG 0.333886 3:+83064851 MsG0380016411.01.T01:CDS
ATGATTATGCAGTTGATAAC+TGG 0.345815 3:+83065922 MsG0380016411.01.T01:CDS
TTCGGTTACCTTAATTTCTC+TGG 0.348580 3:-83064474 None:intergenic
CTATGGTTGGTTTCATGATT+CGG 0.348945 3:+83064868 MsG0380016411.01.T01:CDS
TAAATATGTGGTTGCATTGA+AGG 0.380338 3:+83064745 MsG0380016411.01.T01:CDS
CCATAGAGACGCAAGATGTT+TGG 0.381560 3:-83064851 None:intergenic
CCACTCGGGAGAGGCAAATT+CGG 0.384647 3:+83064437 MsG0380016411.01.T01:CDS
CCTGAAATGGTAGAAAATAA+AGG 0.387594 3:+83065897 MsG0380016411.01.T01:CDS
ATTCTTGAATATGCTCATAA+TGG 0.394700 3:+83064905 MsG0380016411.01.T01:CDS
TCTATCAACGACTTCGAAAT+CGG 0.401223 3:+83064410 MsG0380016411.01.T01:CDS
CAAACAACTTGGGAGGGAAA+TGG 0.428673 3:+83064805 MsG0380016411.01.T01:CDS
TACCCCTCTTGTTTCTAGAA+AGG 0.457586 3:+83066146 MsG0380016411.01.T01:CDS
CGTCTAAAGATTGCAGACTT+TGG 0.462715 3:+83065804 MsG0380016411.01.T01:CDS
TAATGGATCAAAATCAGAAA+CGG 0.475649 3:+83064381 MsG0380016411.01.T01:exon
CAGAGAAATGACCTCTTTCG+CGG 0.476332 3:-83064946 None:intergenic
GGATTATTTAGCTCCTGAAA+TGG 0.479853 3:+83065884 MsG0380016411.01.T01:CDS
AATGGATCAAAATCAGAAAC+GGG 0.481683 3:+83064382 MsG0380016411.01.T01:exon
CTATGGTGTTCCTCCGTTCG+AGG 0.485879 3:+83065974 MsG0380016411.01.T01:CDS
TACATGTTGCTCCGCGAAAG+AGG 0.500176 3:+83064935 MsG0380016411.01.T01:CDS
ATCAAAATCAGAAACGGGAT+TGG 0.500569 3:+83064387 MsG0380016411.01.T01:CDS
TCGAAATCGGAAAGCCACTC+GGG 0.502135 3:+83064423 MsG0380016411.01.T01:CDS
ACATCTTGCGTCTCTATGGT+TGG 0.508211 3:+83064855 MsG0380016411.01.T01:CDS
TATCAACTTCACAAACAACT+TGG 0.509318 3:+83064794 MsG0380016411.01.T01:CDS
ATCGGAAAGCCACTCGGGAG+AGG 0.517135 3:+83064428 MsG0380016411.01.T01:CDS
TAAAGATTGCAGACTTTGGT+TGG 0.522865 3:+83065808 MsG0380016411.01.T01:CDS
ACGAGAAGCATGTTATTCAC+AGG 0.524920 3:+83065354 MsG0380016411.01.T01:CDS
GCAGTTGATAACTGGACTCT+AGG 0.539958 3:+83065930 MsG0380016411.01.T01:CDS
TTCGAAATCGGAAAGCCACT+CGG 0.545886 3:+83064422 MsG0380016411.01.T01:CDS
CTCTGAGAAACAAGCTGCAA+CGG 0.549942 3:+83064964 MsG0380016411.01.T01:CDS
AAGGCCAAAGATCTGATAAG+TGG 0.550726 3:+83066165 MsG0380016411.01.T01:CDS
TCTTGACTTTCAGCCTCGAA+CGG 0.554695 3:-83065987 None:intergenic
AGGCCAAAGATCTGATAAGT+GGG 0.573784 3:+83066166 MsG0380016411.01.T01:CDS
TGGCCTTTCTAGAAACAAGA+GGG 0.576918 3:-83066149 None:intergenic
AACTTCACAAACAACTTGGG+AGG 0.583731 3:+83064798 MsG0380016411.01.T01:CDS
TGCCCTTCCATACCTTCTGA+AGG 0.584251 3:-83066015 None:intergenic
CCGAATTTGCCTCTCCCGAG+TGG 0.586930 3:-83064437 None:intergenic
TGTTGATAGAACACAAGAGA+GGG 0.594090 3:-83064326 None:intergenic
ATCAACTTCACAAACAACTT+GGG 0.594257 3:+83064795 MsG0380016411.01.T01:CDS
TGACTTTCAGCCTCGAACGG+AGG 0.597105 3:-83065984 None:intergenic
CTAGAAACAAGAGGGGTACG+AGG 0.606627 3:-83066141 None:intergenic
TTGGCCTTTCTAGAAACAAG+AGG 0.613634 3:-83066150 None:intergenic
ACTTCACAAACAACTTGGGA+GGG 0.622779 3:+83064799 MsG0380016411.01.T01:CDS
CGAACGGAGGAACACCATAG+AGG 0.623384 3:-83065971 None:intergenic
CGAGAAGCATGTTATTCACA+GGG 0.624181 3:+83065355 MsG0380016411.01.T01:CDS
GGTGAATCGCACAAAAGAGA+GGG 0.626221 3:-83064305 None:intergenic
GGGTGAATCGCACAAAAGAG+AGG 0.629714 3:-83064306 None:intergenic
GTCAAGATGATACCTTCAGA+AGG 0.631570 3:+83066003 MsG0380016411.01.T01:CDS
ATAATCCAATGTTCCACACA+TGG 0.632875 3:-83065868 None:intergenic
AAATCTGTTGCTTGACCATG+AGG 0.635996 3:+83065391 MsG0380016411.01.T01:CDS
TTGTTGATAGAACACAAGAG+AGG 0.640360 3:-83064327 None:intergenic
CATAGAGGAATTCATAACAA+AGG 0.651900 3:-83065956 None:intergenic
TGTGAATAACATGCTTCTCG+TGG 0.654853 3:-83065352 None:intergenic
TAGAAACAAGAGGGGTACGA+GGG 0.665820 3:-83066140 None:intergenic
AATATGTCAATGCCTTTGTG+AGG 0.673981 3:-83065328 None:intergenic
GGCCAAAGATCTGATAAGTG+GGG 0.677830 3:+83066167 MsG0380016411.01.T01:CDS
GGCCTTTCTAGAAACAAGAG+GGG 0.679127 3:-83066148 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGTACATTATATTAATATAT+TGG - Chr3:83066074-83066093 None:intergenic 10.0%
!! AAAATAAATATGATATAAGC+GGG - Chr3:83064631-83064650 None:intergenic 15.0%
!! ATTGTAAATTTGTAATGAAA+TGG + Chr3:83065119-83065138 MsG0380016411.01.T01:intron 15.0%
!! ATTTACAAAAATGTCTAAAT+AGG + Chr3:83065193-83065212 MsG0380016411.01.T01:intron 15.0%
!! CAATTAGTAAAAAAATCTAT+TGG - Chr3:83064709-83064728 None:intergenic 15.0%
!! GAAAATAAATATGATATAAG+CGG - Chr3:83064632-83064651 None:intergenic 15.0%
!! TATATTTAAAGAAAATCGTT+GGG + Chr3:83065691-83065710 MsG0380016411.01.T01:intron 15.0%
!! TTATATTAATATATTGGAAG+TGG - Chr3:83066068-83066087 None:intergenic 15.0%
!! TTGTAAATTTGTAATGAAAT+GGG + Chr3:83065120-83065139 MsG0380016411.01.T01:intron 15.0%
!!! TTATATTAATTTGAGTTTTG+AGG + Chr3:83065740-83065759 MsG0380016411.01.T01:intron 15.0%
!! AAATAAATATGATATAAGCG+GGG - Chr3:83064630-83064649 None:intergenic 20.0%
!! GAAAAATTCAAATATTGAGT+GGG + Chr3:83064681-83064700 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!! GGAAAAAGAAAAAGAAAATT+CGG - Chr3:83064495-83064514 None:intergenic 20.0%
!! GTATATTTAAAGAAAATCGT+TGG + Chr3:83065690-83065709 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!! TATTTGATGCATGATATAAA+AGG - Chr3:83064516-83064535 None:intergenic 20.0%
!! TTGTATATTTAGGTAATGTT+TGG + Chr3:83064584-83064603 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTAATAGCATTTTCTAGAA+TGG + Chr3:83064559-83064578 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!!! TAAGTAGATTTTTCAAATAC+AGG + Chr3:83064659-83064678 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!!! TTAATAGCATTTTCTAGAAT+GGG + Chr3:83064560-83064579 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
!!! TTCTAGAAAATGCTATTAAT+AGG - Chr3:83064559-83064578 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTTTCAGAGTAAATATG+TGG + Chr3:83064733-83064752 MsG0380016411.01.T01:intron 20.0%
! AAAACAAATAATGTTAGCGT+TGG - Chr3:83065455-83065474 None:intergenic 25.0%
! ACAAAAATGTCTAAATAGGA+AGG + Chr3:83065197-83065216 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
! ATGAATAAAAAGATACCTCA+TGG - Chr3:83065409-83065428 None:intergenic 25.0%
! ATTCTTGAATATGCTCATAA+TGG + Chr3:83064905-83064924 MsG0380016411.01.T01:CDS 25.0%
! CAAAAATGTCTAAATAGGAA+GGG + Chr3:83065198-83065217 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
! GGAAAAATTCAAATATTGAG+TGG + Chr3:83064680-83064699 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
! GTAATGAAATGGGTATAATA+TGG + Chr3:83065130-83065149 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
! TAGAATGGGATTGTATATTT+AGG + Chr3:83064574-83064593 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
! TTCTCAAAAAACAAACCTAA+TGG + Chr3:83064364-83064383 MsG0380016411.01.T01:exon 25.0%
!! CATGTCTCTGATAATTTTAA+CGG + Chr3:83065088-83065107 MsG0380016411.01.T01:intron 25.0%
!! TAATGGATCAAAATCAGAAA+CGG + Chr3:83064381-83064400 MsG0380016411.01.T01:exon 25.0%
AAAAAGAGAAAAACCATGTG+TGG + Chr3:83065855-83065874 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
AATGGATCAAAATCAGAAAC+GGG + Chr3:83064382-83064401 MsG0380016411.01.T01:exon 30.0%
ACTATGTCTTTGAACTTCTT+AGG + Chr3:83065044-83065063 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
AGAGTCAGTATACAAAGATT+TGG - Chr3:83065269-83065288 None:intergenic 30.0%
ATCAACTTCACAAACAACTT+GGG + Chr3:83064795-83064814 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
CATAGAGGAATTCATAACAA+AGG - Chr3:83065959-83065978 None:intergenic 30.0%
CCTGAAATGGTAGAAAATAA+AGG + Chr3:83065897-83065916 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
TAAATATGTGGTTGCATTGA+AGG + Chr3:83064745-83064764 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
TATCAACTTCACAAACAACT+TGG + Chr3:83064794-83064813 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
TGAAAATTGGATTCAAAGCT+AGG + Chr3:83065164-83065183 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
TGCATTGAAGGTTATCTTTA+AGG + Chr3:83064757-83064776 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
TTATAAATTCAAACGTGTGC+AGG + Chr3:83066094-83066113 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
TTCAAAGACATAGTACGATA+TGG - Chr3:83065038-83065057 None:intergenic 30.0%
TTGCAGTTCATTTCAATCTT+AGG + Chr3:83065651-83065670 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
! AATAATGTTAGCGTTGGAAA+AGG - Chr3:83065449-83065468 None:intergenic 30.0%
! ATAATGTTAGCGTTGGAAAA+GGG - Chr3:83065448-83065467 None:intergenic 30.0%
! CTTTGTTATGAATTCCTCTA+TGG + Chr3:83065957-83065976 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
! TTGATAATCGCTTGTTTACA+GGG + Chr3:83065780-83065799 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
! TTTGATAATCGCTTGTTTAC+AGG + Chr3:83065779-83065798 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
!! ATGATTATGCAGTTGATAAC+TGG + Chr3:83065922-83065941 MsG0380016411.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTTCTGATTTTGATCCATT+AGG - Chr3:83064382-83064401 None:intergenic 30.0%
!! TTGTTTTCTTCGCTTTGTTA+TGG + Chr3:83065468-83065487 MsG0380016411.01.T01:intron 30.0%
!!! CCTTTATTTTCTACCATTTC+AGG - Chr3:83065900-83065919 None:intergenic 30.0%
AAAAACCATGTGTGGAACAT+TGG + Chr3:83065863-83065882 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
AATATGTCAATGCCTTTGTG+AGG - Chr3:83065331-83065350 None:intergenic 35.0%
ATAATCCAATGTTCCACACA+TGG - Chr3:83065871-83065890 None:intergenic 35.0%
ATCAAAATCAGAAACGGGAT+TGG + Chr3:83064387-83064406 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
GAACTGCAATAAAATCGTTG+TGG - Chr3:83065640-83065659 None:intergenic 35.0%
GGATTACAGCAAGTGAAAAT+TGG + Chr3:83065151-83065170 MsG0380016411.01.T01:intron 35.0%
TAAAGATTGCAGACTTTGGT+TGG + Chr3:83065808-83065827 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
TCTATCAACGACTTCGAAAT+CGG + Chr3:83064410-83064429 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
TGGAAAAGGGCGATAAAAAT+AGG - Chr3:83065435-83065454 None:intergenic 35.0%
TTCGGTTACCTTAATTTCTC+TGG - Chr3:83064477-83064496 None:intergenic 35.0%
! GGATTATTTAGCTCCTGAAA+TGG + Chr3:83065884-83065903 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
! GTACATTTTAAGCCTCACAA+AGG + Chr3:83065316-83065335 MsG0380016411.01.T01:intron 35.0%
! TGTTGATAGAACACAAGAGA+GGG - Chr3:83064329-83064348 None:intergenic 35.0%
! TTGTTGATAGAACACAAGAG+AGG - Chr3:83064330-83064349 None:intergenic 35.0%
!! CTATGGTTGGTTTCATGATT+CGG + Chr3:83064868-83064887 MsG0380016411.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGGGAATTAGTTTGTGAGT+TGG + Chr3:83065709-83065728 MsG0380016411.01.T01:intron 35.0%
AACTTCACAAACAACTTGGG+AGG + Chr3:83064798-83064817 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
AAGGCCAAAGATCTGATAAG+TGG + Chr3:83066165-83066184 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
ACTTCACAAACAACTTGGGA+GGG + Chr3:83064799-83064818 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
AGGCCAAAGATCTGATAAGT+GGG + Chr3:83066166-83066185 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
ATACCATCCAACACAGATAC+AGG - Chr3:83065015-83065034 None:intergenic 40.0%
ATTCCTGTATCTGTGTTGGA+TGG + Chr3:83065009-83065028 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
CCAAACATGCACAACTACTT+TGG - Chr3:83065585-83065604 None:intergenic 40.0%
CCAAAGTAGTTGTGCATGTT+TGG + Chr3:83065582-83065601 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
CGTCTAAAGATTGCAGACTT+TGG + Chr3:83065804-83065823 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
CTATGTCGCCAGAGAAATTA+AGG + Chr3:83064466-83064485 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
GATGATACCTTCAGAAGGTA+TGG + Chr3:83066008-83066027 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
GTCAAGATGATACCTTCAGA+AGG + Chr3:83066003-83066022 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
TACCCCACTTATCAGATCTT+TGG - Chr3:83066172-83066191 None:intergenic 40.0%
TCGTATTCCTGTATCTGTGT+TGG + Chr3:83065005-83065024 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
TGTGAATAACATGCTTCTCG+TGG - Chr3:83065355-83065374 None:intergenic 40.0%
! AAATCTGTTGCTTGACCATG+AGG + Chr3:83065391-83065410 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
! ACGAGAAGCATGTTATTCAC+AGG + Chr3:83065354-83065373 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
! ATACCTTCAGAAGGTATGGA+AGG + Chr3:83066012-83066031 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
! CGAGAAGCATGTTATTCACA+GGG + Chr3:83065355-83065374 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
! TACCTTCAGAAGGTATGGAA+GGG + Chr3:83066013-83066032 MsG0380016411.01.T01:intron 40.0%
! TGGCCTTTCTAGAAACAAGA+GGG - Chr3:83066152-83066171 None:intergenic 40.0%
! TGGTCAAGCAACAGATTTTC+AGG - Chr3:83065389-83065408 None:intergenic 40.0%
! TTGGCCTTTCTAGAAACAAG+AGG - Chr3:83066153-83066172 None:intergenic 40.0%
!! TACCCCTCTTGTTTCTAGAA+AGG + Chr3:83066146-83066165 MsG0380016411.01.T01:CDS 40.0%
ACATCTTGCGTCTCTATGGT+TGG + Chr3:83064855-83064874 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
CAAACAACTTGGGAGGGAAA+TGG + Chr3:83064805-83064824 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
CAGAGAAATGACCTCTTTCG+CGG - Chr3:83064949-83064968 None:intergenic 45.0%
CCAAACATCTTGCGTCTCTA+TGG + Chr3:83064851-83064870 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
CCATAGAGACGCAAGATGTT+TGG - Chr3:83064854-83064873 None:intergenic 45.0%
GGCCAAAGATCTGATAAGTG+GGG + Chr3:83066167-83066186 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
GGTGAATCGCACAAAAGAGA+GGG - Chr3:83064308-83064327 None:intergenic 45.0%
GTTGTGCATGTTTGGTTGAG+CGG + Chr3:83065590-83065609 MsG0380016411.01.T01:intron 45.0%
TCTTGACTTTCAGCCTCGAA+CGG - Chr3:83065990-83066009 None:intergenic 45.0%
TTCGAAATCGGAAAGCCACT+CGG + Chr3:83064422-83064441 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
! CTCTGAGAAACAAGCTGCAA+CGG + Chr3:83064964-83064983 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
! GGCCTTTCTAGAAACAAGAG+GGG - Chr3:83066151-83066170 None:intergenic 45.0%
! TAGAAACAAGAGGGGTACGA+GGG - Chr3:83066143-83066162 None:intergenic 45.0%
!! GCAGTTGATAACTGGACTCT+AGG + Chr3:83065930-83065949 MsG0380016411.01.T01:CDS 45.0%
GGGTGAATCGCACAAAAGAG+AGG - Chr3:83064309-83064328 None:intergenic 50.0%
TACATGTTGCTCCGCGAAAG+AGG + Chr3:83064935-83064954 MsG0380016411.01.T01:CDS 50.0%
TCGAAATCGGAAAGCCACTC+GGG + Chr3:83064423-83064442 MsG0380016411.01.T01:CDS 50.0%
TGCCCTTCCATACCTTCTGA+AGG - Chr3:83066018-83066037 None:intergenic 50.0%
! CTAGAAACAAGAGGGGTACG+AGG - Chr3:83066144-83066163 None:intergenic 50.0%
CCACTCGGGAGAGGCAAATT+CGG + Chr3:83064437-83064456 MsG0380016411.01.T01:CDS 55.0%
CGAACGGAGGAACACCATAG+AGG - Chr3:83065974-83065993 None:intergenic 55.0%
CTATGGTGTTCCTCCGTTCG+AGG + Chr3:83065974-83065993 MsG0380016411.01.T01:CDS 55.0%
TGACTTTCAGCCTCGAACGG+AGG - Chr3:83065987-83066006 None:intergenic 55.0%
ATCGGAAAGCCACTCGGGAG+AGG + Chr3:83064428-83064447 MsG0380016411.01.T01:CDS 60.0%
CCGAATTTGCCTCTCCCGAG+TGG - Chr3:83064440-83064459 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 83064261 83066194 83064261 ID=MsG0380016411.01;Name=MsG0380016411.01
Chr3 mRNA 83064261 83066194 83064261 ID=MsG0380016411.01.T01;Parent=MsG0380016411.01;Name=MsG0380016411.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.43;_QI=122|0.75|0.8|1|1|1|5|0|248
Chr3 exon 83064261 83064487 83064261 ID=MsG0380016411.01.T01:exon:13964;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 exon 83064743 83064985 83064743 ID=MsG0380016411.01.T01:exon:13965;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 exon 83065317 83065412 83065317 ID=MsG0380016411.01.T01:exon:13966;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 exon 83065801 83066024 83065801 ID=MsG0380016411.01.T01:exon:13967;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 exon 83066116 83066194 83066116 ID=MsG0380016411.01.T01:exon:13968;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 five_prime_UTR 83064261 83064382 83064261 ID=MsG0380016411.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 CDS 83064383 83064487 83064383 ID=MsG0380016411.01.T01:cds;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 CDS 83064743 83064985 83064743 ID=MsG0380016411.01.T01:cds;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 CDS 83065317 83065412 83065317 ID=MsG0380016411.01.T01:cds;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 CDS 83065801 83066024 83065801 ID=MsG0380016411.01.T01:cds;Parent=MsG0380016411.01.T01
Chr3 CDS 83066116 83066194 83066116 ID=MsG0380016411.01.T01:cds;Parent=MsG0380016411.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380016411.01.T01

ATGGATCAAAATCAGAAACGGGATTGGTCTATCAACGACTTCGAAATCGGAAAGCCACTCGGGAGAGGCAAATTCGGCAGAGTCTATGTCGCCAGAGAAATTAAGAGTAAATATGTGGTTGCATTGAAGGTTATCTTTAAGGAACAACTAGAGAAGTATCAACTTCACAAACAACTTGGGAGGGAAATGGAGATACAGATAAGTCTTAAACATCCAAACATCTTGCGTCTCTATGGTTGGTTTCATGATTCGGAGCGTGTTTACTTGATTCTTGAATATGCTCATAATGGTGAGCTATACATGTTGCTCCGCGAAAGAGGTCATTTCTCTGAGAAACAAGCTGCAACGTACATTTTAAGCCTCACAAAGGCATTGACATATTGCCACGAGAAGCATGTTATTCACAGGGATATCAAGCCTGAAAATCTGTTGCTTGACCATGAGGGTCGTCTAAAGATTGCAGACTTTGGTTGGTCTGTACAATCTGAAGACAAAGACAAAAAGAGAAAAACCATGTGTGGAACATTGGATTATTTAGCTCCTGAAATGGTAGAAAATAAAGGTCATGATTATGCAGTTGATAACTGGACTCTAGGTATCCTTTGTTATGAATTCCTCTATGGTGTTCCTCCGTTCGAGGCTGAAAGTCAAGATGATACCTTCAGAAGGATAGTGAAGATTGATCTGAGCTTCCCTCGTACCCCTCTTGTTTCTAGAAAGGCCAAAGATCTGATAAGTGGGGTATGA
Protein sequence

>MsG0380016411.01.T01

MDQNQKRDWSINDFEIGKPLGRGKFGRVYVAREIKSKYVVALKVIFKEQLEKYQLHKQLGREMEIQISLKHPNILRLYGWFHDSERVYLILEYAHNGELYMLLRERGHFSEKQAATYILSLTKALTYCHEKHVIHRDIKPENLLLDHEGRLKIADFGWSVQSEDKDKKRKTMCGTLDYLAPEMVENKGHDYAVDNWTLGILCYEFLYGVPPFEAESQDDTFRRIVKIDLSFPRTPLVSRKAKDLISGV*