AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380017305.01


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MsG0380017305.01.T01 AT4G31170 30.000 290 159 13 80 345 124 393 8.47e-32 124
MsG0380017305.01.T01 AT4G31170 30.000 290 159 13 80 345 124 393 8.47e-32 124
MsG0380017305.01.T01 AT5G50000 31.650 297 153 10 80 339 75 358 2.00e-31 122
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MsG0380017305.01.T01 AT4G24480 32.000 275 153 11 86 339 668 929 1.99e-29 119
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MsG0380017305.01.T01 AT3G58760 31.429 315 166 15 56 344 204 494 9.04e-29 117
MsG0380017305.01.T01 AT5G11850 31.408 277 156 9 80 338 602 862 1.00e-28 117
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MsG0380017305.01.T01 AT5G49470 32.491 277 141 9 86 338 363 617 7.79e-28 114
MsG0380017305.01.T01 AT5G49470 32.491 277 141 9 86 338 490 744 9.21e-28 114
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MsG0380017305.01.T01 AT3G06640 31.365 271 152 8 86 338 445 699 1.08e-26 111
MsG0380017305.01.T01 AT3G06640 31.365 271 152 8 86 338 445 699 1.08e-26 111
MsG0380017305.01.T01 AT1G62400 29.474 285 165 10 80 344 79 347 1.35e-26 109
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MsG0380017305.01.T01 AT4G23050 29.532 342 177 17 18 333 412 715 1.74e-26 110
MsG0380017305.01.T01 AT3G06620 30.000 280 158 8 86 345 493 754 2.37e-26 110
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MsG0380017305.01.T01 AT2G35050 31.206 282 152 10 92 346 979 1245 4.98e-26 109
MsG0380017305.01.T01 AT3G59110 29.225 284 154 10 90 339 193 463 5.31e-26 108
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MsG0380017305.01.T01 AT3G06630 29.032 279 162 8 86 345 433 694 4.34e-25 106
MsG0380017305.01.T01 AT5G66710 29.682 283 148 14 82 334 66 327 7.20e-25 104
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MsG0380017305.01.T01 AT2G31010 29.091 275 159 10 80 337 512 767 8.64e-25 105
MsG0380017305.01.T01 AT5G07180 30.935 278 146 10 93 339 561 823 1.02e-24 105
MsG0380017305.01.T01 AT5G07180 30.935 278 146 10 93 339 657 919 1.13e-24 105
MsG0380017305.01.T01 AT4G34500 28.322 286 156 10 90 339 148 420 1.42e-24 103
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MsG0380017305.01.T01 AT1G16270 31.752 274 146 11 92 338 868 1127 2.30e-24 105
MsG0380017305.01.T01 AT1G16270 31.752 274 146 11 92 338 868 1127 2.30e-24 105
MsG0380017305.01.T01 AT5G50180 28.523 298 157 10 80 344 13 287 3.12e-24 102
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MsG0380017305.01.T01 AT1G09440 28.674 279 162 10 90 339 160 430 3.66e-24 103
MsG0380017305.01.T01 AT1G18160 30.420 286 160 10 54 320 685 950 3.79e-24 104
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MsG0380017305.01.T01 AT5G49470 34.434 212 107 6 86 277 490 689 6.19e-24 103
MsG0380017305.01.T01 AT5G40540 29.153 295 145 13 80 337 19 286 7.09e-24 100
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MsG0380017305.01.T01 AT2G42960 30.035 283 147 12 93 339 189 456 1.07e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT2G42960 30.035 283 147 12 93 339 189 456 1.07e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT5G06740 24.047 341 210 10 43 342 279 611 1.12e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT5G06740 24.047 341 210 10 43 342 291 623 1.14e-23 102
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MsG0380017305.01.T01 AT1G79570 30.503 318 173 14 54 338 926 1228 1.32e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT3G58760 37.500 192 96 9 56 243 141 312 1.37e-23 100
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MsG0380017305.01.T01 AT2G18470 32.512 203 109 5 93 276 290 483 1.83e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT2G18470 32.512 203 109 5 93 276 290 483 1.83e-23 102
MsG0380017305.01.T01 AT2G18470 32.512 203 109 5 93 276 290 483 1.96e-23 101
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MsG0380017305.01.T01 AT3G58760 37.500 192 96 9 56 243 204 375 2.48e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT3G06630 30.315 254 141 8 86 320 433 669 2.48e-23 101
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MsG0380017305.01.T01 AT2G19230 28.929 280 158 13 89 338 572 840 3.48e-23 101
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MsG0380017305.01.T01 AT1G67890 32.536 209 114 5 86 277 486 684 4.56e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT2G19230 28.929 280 158 13 89 338 571 839 4.77e-23 100
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MsG0380017305.01.T01 AT3G06630 32.227 211 113 6 86 277 433 632 5.31e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT3G06630 32.227 211 113 6 86 277 433 632 5.31e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT2G07020 32.536 209 106 6 92 276 424 621 5.39e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT4G28490 29.592 294 160 13 90 344 686 971 5.75e-23 100
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MsG0380017305.01.T01 AT5G57610 29.818 275 152 12 92 339 786 1046 7.12e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT1G78940 31.760 233 125 6 92 301 453 674 8.07e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT1G56720 29.021 286 152 13 90 339 182 452 8.43e-23 99.4
MsG0380017305.01.T01 AT1G56720 29.021 286 152 13 90 339 182 452 8.43e-23 99.4
MsG0380017305.01.T01 AT1G56720 29.021 286 152 13 90 339 182 452 8.43e-23 99.4
MsG0380017305.01.T01 AT1G56720 29.021 286 152 13 90 339 182 452 8.43e-23 99.4
MsG0380017305.01.T01 AT1G78940 31.760 233 125 6 92 301 453 674 8.60e-23 100
MsG0380017305.01.T01 AT1G16670 28.470 281 166 10 86 337 40 314 1.24e-22 98.2
MsG0380017305.01.T01 AT5G12000 29.365 252 139 7 92 319 427 663 1.43e-22 99.4
MsG0380017305.01.T01 AT4G02630 27.500 280 165 10 90 339 165 436 1.58e-22 98.6
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MsG0380017305.01.T01 AT5G62230 28.727 275 156 10 93 339 606 868 3.90e-20 92.4
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MsG0380017305.01.T01 AT1G07650 26.573 286 160 10 92 341 683 954 5.68e-20 91.7
MsG0380017305.01.T01 AT4G21390 27.425 299 171 11 76 341 518 803 5.90e-20 91.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G07650 26.573 286 160 10 92 341 689 960 5.96e-20 91.7
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MsG0380017305.01.T01 AT4G11470 26.354 277 166 9 91 337 343 611 8.58e-19 88.2
MsG0380017305.01.T01 AT1G61480 31.250 208 115 6 87 274 496 695 8.87e-19 88.2
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MsG0380017305.01.T01 AT3G13690 27.636 275 161 8 93 338 417 682 1.83e-18 87.0
MsG0380017305.01.T01 AT3G13690 27.636 275 161 8 93 338 417 682 1.83e-18 87.0
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MsG0380017305.01.T01 AT1G48210 27.402 281 168 12 93 342 74 349 2.41e-18 85.5
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MsG0380017305.01.T01 AT1G11410 26.408 284 159 10 89 337 532 800 3.32e-18 86.3
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MsG0380017305.01.T01 AT4G35030 26.038 265 155 8 46 276 50 307 3.67e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT4G35030 26.038 265 155 8 46 276 50 307 3.67e-18 85.5
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MsG0380017305.01.T01 AT5G60300 28.938 273 154 12 90 333 347 608 4.28e-18 85.9
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MsG0380017305.01.T01 AT1G61500 29.327 208 119 6 87 274 473 672 5.57e-18 85.9
MsG0380017305.01.T01 AT4G11480 26.715 277 165 9 91 337 328 596 5.70e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61420 29.808 208 118 6 87 274 344 543 5.78e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61500 29.327 208 119 6 87 274 491 690 5.84e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT4G23130 29.665 209 119 5 86 274 339 539 6.01e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT2G25220 32.178 202 111 8 93 276 103 296 6.02e-18 84.3
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MsG0380017305.01.T01 AT4G11480 26.715 277 165 9 91 337 325 593 6.17e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61420 29.808 208 118 6 87 274 346 545 6.24e-18 85.5
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MsG0380017305.01.T01 AT1G61490 28.205 234 136 7 61 274 468 689 6.40e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61490 28.205 234 136 7 61 274 468 689 6.40e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61490 28.205 234 136 7 61 274 468 689 6.40e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G11303 26.429 280 166 8 87 339 509 775 6.45e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G70740 27.007 274 164 8 92 337 67 332 6.61e-18 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G61490 28.205 234 136 7 61 274 442 663 6.73e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61490 28.205 234 136 7 61 274 442 663 6.73e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G72760 34.416 154 88 6 92 243 396 538 6.86e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G21230 33.831 201 106 8 93 274 414 606 6.91e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT5G61350 33.168 202 106 8 93 274 536 728 6.96e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G21250 33.500 200 108 6 93 274 415 607 7.05e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT5G54380 34.466 206 98 10 93 274 516 708 7.06e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT1G61370 29.952 207 117 7 89 275 503 701 7.18e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT2G25220 32.178 202 111 8 93 276 152 345 7.34e-18 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G24030 30.275 218 121 9 90 284 79 288 7.50e-18 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT1G78980 25.912 274 175 7 93 343 410 678 8.11e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G51940 26.821 302 161 11 86 339 340 629 8.16e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT2G25220 32.178 202 111 8 93 276 152 345 8.17e-18 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT2G02220 29.057 265 153 8 93 329 740 997 8.21e-18 85.5
MsG0380017305.01.T01 AT5G37450 27.302 315 178 12 62 339 577 877 8.31e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT4G04960 25.448 279 171 9 90 338 350 621 8.33e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT3G14840 27.018 285 161 12 91 341 676 947 8.79e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G11280 30.288 208 117 8 87 274 493 692 9.18e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT5G37450 27.302 315 178 12 62 339 398 698 9.50e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G61420 29.808 208 118 6 87 274 496 695 9.70e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G61420 29.808 208 118 6 87 274 496 695 9.70e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G11280 30.288 208 117 8 87 274 503 702 9.84e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G61420 29.808 208 118 6 87 274 494 693 9.96e-18 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT2G14510 27.473 273 162 8 89 334 573 836 1.03e-17 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT3G02130 30.943 265 127 13 111 338 882 1127 1.06e-17 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT1G11280 30.288 208 117 8 87 274 515 714 1.07e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT5G59670 28.364 275 158 10 93 338 570 834 1.08e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT5G59670 28.364 275 158 10 93 338 570 834 1.08e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT2G14510 27.473 273 162 8 89 334 565 828 1.09e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G70530 32.683 205 109 11 90 274 326 521 1.11e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT1G35710 25.468 267 167 9 93 334 857 1116 1.13e-17 85.1
MsG0380017305.01.T01 AT5G11020 28.137 263 154 7 93 328 147 401 1.13e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT3G46410 28.270 237 141 8 126 338 23 254 1.14e-17 82.4
MsG0380017305.01.T01 AT1G11280 30.288 208 117 8 87 274 505 704 1.16e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G23540 37.255 153 83 6 93 242 377 519 1.22e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT5G37450 27.302 315 178 12 62 339 625 925 1.29e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT3G02130 30.943 265 127 13 111 338 899 1144 1.30e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT5G37450 27.302 315 178 12 62 339 601 901 1.30e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT4G04570 31.884 207 109 9 90 274 187 383 1.35e-17 83.6
MsG0380017305.01.T01 AT3G04690 29.779 272 149 12 93 333 523 783 1.35e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT3G21630 26.939 245 146 8 87 314 322 550 1.43e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT4G39400 30.189 212 119 8 93 283 889 1092 1.47e-17 84.7
MsG0380017305.01.T01 AT1G51805 26.374 273 161 10 93 337 583 843 1.48e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT1G52290 29.557 203 115 6 93 276 149 342 1.49e-17 83.2
MsG0380017305.01.T01 AT1G65800 28.986 207 117 7 90 275 526 723 1.51e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT5G57035 28.986 207 114 5 93 276 431 627 1.65e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT2G42960 32.716 162 98 6 93 251 189 342 1.66e-17 82.8
MsG0380017305.01.T01 AT1G51805 26.374 273 161 10 93 337 559 819 1.66e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT5G11020 28.137 263 154 7 93 328 109 363 1.72e-17 83.2
MsG0380017305.01.T01 AT1G71830 27.338 278 162 9 93 338 308 577 1.72e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT1G18390 33.333 201 106 8 92 273 349 540 1.72e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT5G11020 28.137 263 154 7 93 328 113 367 1.77e-17 83.2
MsG0380017305.01.T01 AT4G23320 28.866 291 158 14 91 346 187 463 1.84e-17 83.6
MsG0380017305.01.T01 AT4G23320 28.866 291 158 14 91 346 187 463 1.84e-17 83.6
MsG0380017305.01.T01 AT5G45780 27.660 282 154 10 93 338 263 530 1.84e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT1G65790 28.986 207 117 7 90 275 522 719 1.86e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT2G28970 25.397 315 196 12 53 338 410 714 1.89e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT5G63930 27.240 279 159 10 93 337 810 1078 1.91e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT5G11020 28.137 263 154 7 93 328 86 340 1.91e-17 82.8
MsG0380017305.01.T01 AT2G33170 31.799 239 125 11 131 337 867 1099 1.95e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT2G33170 31.799 239 125 11 131 337 867 1099 1.95e-17 84.3
MsG0380017305.01.T01 AT2G28970 25.397 315 196 12 53 338 445 749 2.00e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT5G45780 27.660 282 154 10 93 338 306 573 2.03e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT5G35580 26.689 296 144 11 93 338 82 354 2.03e-17 83.6
MsG0380017305.01.T01 AT4G04540 31.905 210 113 7 86 274 352 552 2.04e-17 84.0
MsG0380017305.01.T01 AT1G52290 28.846 208 120 6 93 281 149 347 2.06e-17 83.6

Find 111 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 133 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTCCATTCTCTTGTGCTATT+TGG 0.147474 3:-94718418 None:intergenic
GATATACCATCCATTGATTT+TGG 0.160640 3:-94718591 None:intergenic
CAAGTCACGGTGAATGATTT+TGG 0.170884 3:-94719510 None:intergenic
TTTGGACATGCTCGTTTCTT+AGG 0.191996 3:+94719584 MsG0380017305.01.T01:CDS
ACACTTAAGGAGTGGCTTTA+TGG 0.242095 3:+94719295 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATTCAATTGGAAGATAAAAT+AGG 0.246366 3:+94719046 MsG0380017305.01.T01:CDS
CAGGTTTGTGCTTAATCTAA+TGG 0.296259 3:+94719216 MsG0380017305.01.T01:CDS
GCATTTGTGCGAAAGAATTC+AGG 0.318434 3:-94719139 None:intergenic
CATGTTAGAGTGGCCGATTT+TGG 0.324010 3:+94719566 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATCAATGATGGCTTCTAGAT+TGG 0.336537 3:-94718564 None:intergenic
GATGGGGAAATGGCTCTTAC+TGG 0.341718 3:+94719608 MsG0380017305.01.T01:CDS
AAGGGATGATGGTGAGCATC+TGG 0.360553 3:+94720157 MsG0380017305.01.T01:CDS
TTGGACATGCTCGTTTCTTA+GGG 0.369859 3:+94719585 MsG0380017305.01.T01:CDS
GAACGACAGCAGAAATTCAT+AGG 0.384818 3:+94719074 MsG0380017305.01.T01:CDS
CATCCCAACAAAGGCGTATA+AGG 0.387562 3:-94720193 None:intergenic
TTCTCAAAAGCTATACCAAT+AGG 0.389815 3:+94720258 MsG0380017305.01.T01:CDS
TTGGGGTGGTGCTGGTGCTT+AGG 0.391162 3:-94718545 None:intergenic
TTGACCCTCCTAATCATGCT+TGG 0.393329 3:+94719248 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTTCTAGATTGGGGTGGTGC+TGG 0.393996 3:-94718553 None:intergenic
TTTCTTAGGGGATGGGGAAA+TGG 0.396528 3:+94719598 MsG0380017305.01.T01:CDS
TTCAATTGGAAGATAAAATA+GGG 0.401390 3:+94719047 MsG0380017305.01.T01:CDS
AGGTTTGTGCTTAATCTAAT+GGG 0.404117 3:+94719217 MsG0380017305.01.T01:CDS
CATTCTCTTGTGCTATTTGG+AGG 0.404130 3:-94718415 None:intergenic
AGAATGTTGGAGTTCACCTT+TGG 0.405390 3:-94718462 None:intergenic
TGACCCTCCTAATCATGCTT+GGG 0.410122 3:+94719249 MsG0380017305.01.T01:CDS
AGTACAAATGCAGATTCAAT+TGG 0.418926 3:+94719033 MsG0380017305.01.T01:intron
AGCACAAGAGAATGGAATCT+TGG 0.419880 3:+94718424 MsG0380017305.01.T01:CDS
CCCTACATTGAGACAGAATA+TGG 0.420953 3:+94719887 MsG0380017305.01.T01:CDS
AAATTAATGAAGGACCCTAT+TGG 0.421441 3:-94720273 None:intergenic
TTGACCTTATACGCCTTTGT+TGG 0.424784 3:+94720189 MsG0380017305.01.T01:CDS
GTATCTAAGCACCACACTTA+AGG 0.426882 3:+94719282 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATGGCTCTTACTGGAGAAAC+AGG 0.429476 3:+94719617 MsG0380017305.01.T01:CDS
CAGAACTCCGAGTGATGTAT+AGG 0.430359 3:+94718354 None:intergenic
GTAACAACCCAAGCATGATT+AGG 0.432382 3:-94719256 None:intergenic
AGACAGAGAGAGGAGAATGT+TGG 0.432389 3:-94718475 None:intergenic
GGCTTTATGGTCCCGGCAAA+AGG 0.433080 3:+94719308 MsG0380017305.01.T01:CDS
TCAATGATGGCTTCTAGATT+GGG 0.434750 3:-94718563 None:intergenic
CTTGTTAGTCTTTCTTTGAA+AGG 0.438476 3:-94719440 None:intergenic
CCATATTCTGTCTCAATGTA+GGG 0.440887 3:-94719887 None:intergenic
AGTGGGAATTCGAGGACTAT+TGG 0.448475 3:-94718516 None:intergenic
GAAACGAGCATGTCCAAAAT+CGG 0.448898 3:-94719579 None:intergenic
CATGAAGATATTGCATAGCT+TGG 0.451811 3:-94719478 None:intergenic
ATATTGAACGAGATTCTAAC+AGG 0.462186 3:+94719857 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATTGATCAAGCCAAAATCAA+TGG 0.468196 3:+94718581 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGACCTTATACGCCTTTGTT+GGG 0.470655 3:+94720190 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGCTCACCATCATCCCTTGA+CGG 0.473476 3:-94720152 None:intergenic
CTTATACGCCTTTGTTGGGA+TGG 0.474369 3:+94720194 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGCTCGTTTCTTAGGGGATG+GGG 0.478017 3:+94719592 MsG0380017305.01.T01:CDS
AAAGGACACAAGATTACTTA+AGG 0.478082 3:+94718387 MsG0380017305.01.T01:CDS
CATGCTCGTTTCTTAGGGGA+TGG 0.485438 3:+94719590 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGAGTAGTACTAACCTCGGT+TGG 0.486307 3:-94718617 None:intergenic
TTCTTTCGCACAAATGCAAA+CGG 0.488496 3:+94719145 MsG0380017305.01.T01:CDS
AATATCTTGTTAGATTGCTA+TGG 0.491206 3:+94720097 MsG0380017305.01.T01:intron
ACCATATTCTGTCTCAATGT+AGG 0.491640 3:-94719888 None:intergenic
GGACTATGAGTGGGAATTCG+AGG 0.501174 3:-94718524 None:intergenic
CAGAAATTCATAGGGGAACA+TGG 0.506048 3:+94719083 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATTGGAAGATAAAATAGGGC+AGG 0.511218 3:+94719051 MsG0380017305.01.T01:CDS
GGTGATGATGATACCTTGGC+AGG 0.512342 3:-94719911 None:intergenic
AAGGAGTGGCTTTATGGTCC+CGG 0.512536 3:+94719301 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATGCTCGTTTCTTAGGGGAT+GGG 0.518271 3:+94719591 MsG0380017305.01.T01:CDS
AGTGATGTATAGGAAAAGAA+TGG 0.519497 3:+94718364 None:intergenic
AATACGACTGATTGTATCAA+AGG 0.523872 3:-94720237 None:intergenic
CTTTCTTTGAAAGGAGGAAG+TGG 0.526975 3:-94719431 None:intergenic
ATGAAGATATTGCATAGCTT+GGG 0.527034 3:-94719477 None:intergenic
AATTCGAGGACTATTGGTAA+TGG 0.532190 3:-94718510 None:intergenic
AACGACAGCAGAAATTCATA+GGG 0.537865 3:+94719075 MsG0380017305.01.T01:CDS
TCTCAAAAGCTATACCAATA+GGG 0.538190 3:+94720259 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGCGGCCTACACTTCCGTCA+AGG 0.538894 3:+94720138 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTCCAAATAGCACAAGAGAA+TGG 0.541952 3:+94718416 MsG0380017305.01.T01:CDS
ACACTTCCGTCAAGGGATGA+TGG 0.544621 3:+94720146 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTTTAACTTGCATGTTAGAG+TGG 0.545755 3:+94719556 MsG0380017305.01.T01:CDS
TCAAAGGATGGTCTAGTGGA+TGG 0.547699 3:-94720221 None:intergenic
GAGTAGTACTAACCTCGGTT+GGG 0.550639 3:-94718616 None:intergenic
GATTGCTATGGAAGTTGTAG+AGG 0.555323 3:+94720109 MsG0380017305.01.T01:intron
CTCTCTCAAAGCAACGCCAC+AGG 0.556703 3:+94719197 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGTTGAATTCTTTGCTCAAG+AGG 0.562986 3:+94719168 MsG0380017305.01.T01:CDS
AGGGATGATGGTGAGCATCT+GGG 0.569056 3:+94720158 MsG0380017305.01.T01:CDS
GCGGCCTACACTTCCGTCAA+GGG 0.570588 3:+94720139 MsG0380017305.01.T01:CDS
AAGTCCAAGAAAATATTGCT+AGG 0.571507 3:-94719536 None:intergenic
GTTGGAGTTCACCTTTGGAG+TGG 0.573570 3:-94718457 None:intergenic
TATTGCTAGGCTTCAAGTCA+CGG 0.574208 3:-94719523 None:intergenic
ACAACCCAAGCATGATTAGG+AGG 0.577083 3:-94719253 None:intergenic
GTTAGTCTTTCTTTGAAAGG+AGG 0.583714 3:-94719437 None:intergenic
CGACTGATTGTATCAAAGGA+TGG 0.586327 3:-94720233 None:intergenic
ATCAAGCCAAAATCAATGGA+TGG 0.587492 3:+94718585 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATTCATAGGGGAACATGGCG+TGG 0.591819 3:+94719088 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTTTCAAAGAAAGACTAACA+AGG 0.594394 3:+94719441 MsG0380017305.01.T01:CDS
TCATCCCTTGACGGAAGTGT+AGG 0.598101 3:-94720143 None:intergenic
TGGACATGCTCGTTTCTTAG+GGG 0.598142 3:+94719586 MsG0380017305.01.T01:CDS
TTGGAAGATAAAATAGGGCA+GGG 0.601006 3:+94719052 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGTATCAAAGGATGGTCTAG+TGG 0.608077 3:-94720225 None:intergenic
ATTGCTATGGAAGTTGTAGA+GGG 0.610351 3:+94720110 MsG0380017305.01.T01:CDS
TGTATAGGAAAAGAATGGAA+AGG 0.611384 3:+94718369 MsG0380017305.01.T01:CDS
TTTCAAAGAAAGACTAACAA+GGG 0.613688 3:+94719442 MsG0380017305.01.T01:CDS
AACATGGCGTGGATTTGATG+TGG 0.629570 3:+94719099 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTGACATTATAGACAGAGAG+AGG 0.632368 3:-94718485 None:intergenic
GAACACATTATCCACTCCAA+AGG 0.649378 3:+94718446 MsG0380017305.01.T01:CDS
GACAGAATATGGTCCTGCCA+AGG 0.651811 3:+94719898 MsG0380017305.01.T01:CDS
ATGGAGTTCCATCCCAACAA+AGG 0.654852 3:-94720202 None:intergenic
CATATTCTGTCTCAATGTAG+GGG 0.661476 3:-94719886 None:intergenic
TGATGGCTTCTAGATTGGGG+TGG 0.668878 3:-94718559 None:intergenic
ATAAAGCCACTCCTTAAGTG+TGG 0.670817 3:-94719293 None:intergenic
TAAGCACCACACTTAAGGAG+TGG 0.671056 3:+94719287 MsG0380017305.01.T01:CDS
CTGGTGCTTAGGACTATGAG+TGG 0.678223 3:-94718534 None:intergenic
CAACCCAAGCATGATTAGGA+GGG 0.680902 3:-94719252 None:intergenic
CAATGATGGCTTCTAGATTG+GGG 0.684537 3:-94718562 None:intergenic
TTAGATTAAGCACAAACCTG+TGG 0.692048 3:-94719213 None:intergenic
TGGTGCTTAGGACTATGAGT+GGG 0.702284 3:-94718533 None:intergenic
ATGGTATATCAACCCAACCG+AGG 0.730181 3:+94718604 MsG0380017305.01.T01:CDS
ACGACAGCAGAAATTCATAG+GGG 0.763166 3:+94719076 MsG0380017305.01.T01:CDS
AAGTTGTAGAGGGTAAGCTG+CGG 0.772738 3:+94720120 MsG0380017305.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATAATACATATACAAATTT+TGG - Chr3:94719686-94719705 None:intergenic 10.0%
!!! TTAATATTATTTGATTTTCA+TGG + Chr3:94718900-94718919 MsG0380017305.01.T01:intron 10.0%
!! TATGTTAAAATACAGATATA+TGG - Chr3:94719008-94719027 None:intergenic 15.0%
!!! ATTGATTAGTTTATCAATAT+TGG + Chr3:94720012-94720031 MsG0380017305.01.T01:intron 15.0%
!! ATTCAATTGGAAGATAAAAT+AGG + Chr3:94719046-94719065 MsG0380017305.01.T01:CDS 20.0%
!! TTCAATTGGAAGATAAAATA+GGG + Chr3:94719047-94719066 MsG0380017305.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTCTTCTAGTGATAAATTA+AGG - Chr3:94720039-94720058 None:intergenic 20.0%
!!! ACATCACATTTTTCATTATA+AGG - Chr3:94719821-94719840 None:intergenic 20.0%
!!! CAATTCTTGTTATAATTTCT+TGG + Chr3:94719973-94719992 MsG0380017305.01.T01:intron 20.0%
!!! CGTAGATTAAATTGTATTTT+TGG + Chr3:94719660-94719679 MsG0380017305.01.T01:intron 20.0%
!!! TAATTTCTTGGCTATTTTTT+TGG + Chr3:94719985-94720004 MsG0380017305.01.T01:intron 20.0%
!!! TTATATGTTTTCACATTTTC+AGG + Chr3:94719755-94719774 MsG0380017305.01.T01:intron 20.0%
! AATATCTTGTTAGATTGCTA+TGG + Chr3:94720097-94720116 MsG0380017305.01.T01:intron 25.0%
! AGAATAAGAATTCATGATCA+AGG - Chr3:94719935-94719954 None:intergenic 25.0%
! TAGTTAGTTAGTTAGTACAA+TGG - Chr3:94719372-94719391 None:intergenic 25.0%
! TTTCAAAGAAAGACTAACAA+GGG + Chr3:94719442-94719461 MsG0380017305.01.T01:CDS 25.0%
!! AAATGTGATGTATACAGTTT+TGG + Chr3:94719830-94719849 MsG0380017305.01.T01:intron 25.0%
!! ACTTTTAGACAGTATATTGA+TGG - Chr3:94718664-94718683 None:intergenic 25.0%
!! TGAAAACATATAAAAGTGCA+TGG - Chr3:94719748-94719767 None:intergenic 25.0%
AAAGGACACAAGATTACTTA+AGG + Chr3:94718387-94718406 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
AAGTCCAAGAAAATATTGCT+AGG - Chr3:94719539-94719558 None:intergenic 30.0%
AATACGACTGATTGTATCAA+AGG - Chr3:94720240-94720259 None:intergenic 30.0%
AGGTTTGTGCTTAATCTAAT+GGG + Chr3:94719217-94719236 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
AGTACAAATGCAGATTCAAT+TGG + Chr3:94719033-94719052 MsG0380017305.01.T01:intron 30.0%
ATATTGAACGAGATTCTAAC+AGG + Chr3:94719857-94719876 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
ATGAAGATATTGCATAGCTT+GGG - Chr3:94719480-94719499 None:intergenic 30.0%
ATTGATCAAGCCAAAATCAA+TGG + Chr3:94718581-94718600 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCAAAGAAAGACTAACA+AGG + Chr3:94719441-94719460 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
TCTCAAAAGCTATACCAATA+GGG + Chr3:94720259-94720278 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
TGTATAGGAAAAGAATGGAA+AGG + Chr3:94718369-94718388 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
TTCTCAAAAGCTATACCAAT+AGG + Chr3:94720258-94720277 MsG0380017305.01.T01:CDS 30.0%
! CTCTAATATATACCTTTTGC+CGG - Chr3:94719323-94719342 None:intergenic 30.0%
! TCTAATATATACCTTTTGCC+GGG - Chr3:94719322-94719341 None:intergenic 30.0%
!! CTTGTTAGTCTTTCTTTGAA+AGG - Chr3:94719443-94719462 None:intergenic 30.0%
!!! GATATACCATCCATTGATTT+TGG - Chr3:94718594-94718613 None:intergenic 30.0%
AAAGTGAGTAGTACTAACCT+CGG - Chr3:94718624-94718643 None:intergenic 35.0%
AACGACAGCAGAAATTCATA+GGG + Chr3:94719075-94719094 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
AATTCGAGGACTATTGGTAA+TGG - Chr3:94718513-94718532 None:intergenic 35.0%
ACCATATTCTGTCTCAATGT+AGG - Chr3:94719891-94719910 None:intergenic 35.0%
ATATGTGTATATGTCACCAG+AGG + Chr3:94719781-94719800 MsG0380017305.01.T01:intron 35.0%
ATCAAGCCAAAATCAATGGA+TGG + Chr3:94718585-94718604 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
ATCAATGATGGCTTCTAGAT+TGG - Chr3:94718567-94718586 None:intergenic 35.0%
ATTGCTATGGAAGTTGTAGA+GGG + Chr3:94720110-94720129 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
ATTGGAAGATAAAATAGGGC+AGG + Chr3:94719051-94719070 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
CAGGTTTGTGCTTAATCTAA+TGG + Chr3:94719216-94719235 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
CATATTCTGTCTCAATGTAG+GGG - Chr3:94719889-94719908 None:intergenic 35.0%
CATGAAGATATTGCATAGCT+TGG - Chr3:94719481-94719500 None:intergenic 35.0%
CCATATTCTGTCTCAATGTA+GGG - Chr3:94719890-94719909 None:intergenic 35.0%
TCAATGATGGCTTCTAGATT+GGG - Chr3:94718566-94718585 None:intergenic 35.0%
TGTTGAATTCTTTGCTCAAG+AGG + Chr3:94719168-94719187 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
TTAGATTAAGCACAAACCTG+TGG - Chr3:94719216-94719235 None:intergenic 35.0%
TTCTTTCGCACAAATGCAAA+CGG + Chr3:94719145-94719164 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
TTGGAAGATAAAATAGGGCA+GGG + Chr3:94719052-94719071 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
! AAGTCACGGTGAATGATTTT+GGG - Chr3:94719512-94719531 None:intergenic 35.0%
! ATATGGCTAGCTAGTTAGAT+TGG - Chr3:94718991-94719010 None:intergenic 35.0%
! GAAGCCTAGCAATATTTTCT+TGG + Chr3:94719532-94719551 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
! TTCCATTCTCTTGTGCTATT+TGG - Chr3:94718421-94718440 None:intergenic 35.0%
!! CTTTAACTTGCATGTTAGAG+TGG + Chr3:94719556-94719575 MsG0380017305.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTAGTCTTTCTTTGAAAGG+AGG - Chr3:94719440-94719459 None:intergenic 35.0%
!!! GATTTTGGCTTGATCAATGA+TGG - Chr3:94718579-94718598 None:intergenic 35.0%
ACGACAGCAGAAATTCATAG+GGG + Chr3:94719076-94719095 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
AGAATGTTGGAGTTCACCTT+TGG - Chr3:94718465-94718484 None:intergenic 40.0%
AGCACAAGAGAATGGAATCT+TGG + Chr3:94718424-94718443 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
ATAAAGCCACTCCTTAAGTG+TGG - Chr3:94719296-94719315 None:intergenic 40.0%
CAATGATGGCTTCTAGATTG+GGG - Chr3:94718565-94718584 None:intergenic 40.0%
CAGAAATTCATAGGGGAACA+TGG + Chr3:94719083-94719102 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
CCCTACATTGAGACAGAATA+TGG + Chr3:94719887-94719906 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
CGACTGATTGTATCAAAGGA+TGG - Chr3:94720236-94720255 None:intergenic 40.0%
CTCCAAATAGCACAAGAGAA+TGG + Chr3:94718416-94718435 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
CTGACATTATAGACAGAGAG+AGG - Chr3:94718488-94718507 None:intergenic 40.0%
GAAACGAGCATGTCCAAAAT+CGG - Chr3:94719582-94719601 None:intergenic 40.0%
GAACACATTATCCACTCCAA+AGG + Chr3:94718446-94718465 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
GAACGACAGCAGAAATTCAT+AGG + Chr3:94719074-94719093 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
GATTGCTATGGAAGTTGTAG+AGG + Chr3:94720109-94720128 MsG0380017305.01.T01:intron 40.0%
GCATTTGTGCGAAAGAATTC+AGG - Chr3:94719142-94719161 None:intergenic 40.0%
GTAACAACCCAAGCATGATT+AGG - Chr3:94719259-94719278 None:intergenic 40.0%
GTATCTAAGCACCACACTTA+AGG + Chr3:94719282-94719301 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
TATTGCTAGGCTTCAAGTCA+CGG - Chr3:94719526-94719545 None:intergenic 40.0%
TGACCTTATACGCCTTTGTT+GGG + Chr3:94720190-94720209 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
TGTATCAAAGGATGGTCTAG+TGG - Chr3:94720228-94720247 None:intergenic 40.0%
TTGACCTTATACGCCTTTGT+TGG + Chr3:94720189-94720208 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
TTGGACATGCTCGTTTCTTA+GGG + Chr3:94719585-94719604 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGACATGCTCGTTTCTT+AGG + Chr3:94719584-94719603 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
! ACACTTAAGGAGTGGCTTTA+TGG + Chr3:94719295-94719314 MsG0380017305.01.T01:CDS 40.0%
! CAAGTCACGGTGAATGATTT+TGG - Chr3:94719513-94719532 None:intergenic 40.0%
! CTTTCTTTGAAAGGAGGAAG+TGG - Chr3:94719434-94719453 None:intergenic 40.0%
! TCAAGGTGATGATGATACCT+TGG - Chr3:94719918-94719937 None:intergenic 40.0%
!! CATTCTCTTGTGCTATTTGG+AGG - Chr3:94718418-94718437 None:intergenic 40.0%
AACATGGCGTGGATTTGATG+TGG + Chr3:94719099-94719118 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
AAGTTGTAGAGGGTAAGCTG+CGG + Chr3:94720120-94720139 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
ACAACCCAAGCATGATTAGG+AGG - Chr3:94719256-94719275 None:intergenic 45.0%
AGACAGAGAGAGGAGAATGT+TGG - Chr3:94718478-94718497 None:intergenic 45.0%
AGTGGGAATTCGAGGACTAT+TGG - Chr3:94718519-94718538 None:intergenic 45.0%
ATGCTCGTTTCTTAGGGGAT+GGG + Chr3:94719591-94719610 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
ATGGAGTTCCATCCCAACAA+AGG - Chr3:94720205-94720224 None:intergenic 45.0%
ATGGCTCTTACTGGAGAAAC+AGG + Chr3:94719617-94719636 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
ATGGTATATCAACCCAACCG+AGG + Chr3:94718604-94718623 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
CAACCCAAGCATGATTAGGA+GGG - Chr3:94719255-94719274 None:intergenic 45.0%
CTTATACGCCTTTGTTGGGA+TGG + Chr3:94720194-94720213 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
GAGTAGTACTAACCTCGGTT+GGG - Chr3:94718619-94718638 None:intergenic 45.0%
TAAGCACCACACTTAAGGAG+TGG + Chr3:94719287-94719306 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
TCAAAGGATGGTCTAGTGGA+TGG - Chr3:94720224-94720243 None:intergenic 45.0%
TGACCCTCCTAATCATGCTT+GGG + Chr3:94719249-94719268 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
TGAGTAGTACTAACCTCGGT+TGG - Chr3:94718620-94718639 None:intergenic 45.0%
TGGACATGCTCGTTTCTTAG+GGG + Chr3:94719586-94719605 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
TGGTGCTTAGGACTATGAGT+GGG - Chr3:94718536-94718555 None:intergenic 45.0%
TTGACCCTCCTAATCATGCT+TGG + Chr3:94719248-94719267 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
TTTCTTAGGGGATGGGGAAA+TGG + Chr3:94719598-94719617 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
! CATCCCAACAAAGGCGTATA+AGG - Chr3:94720196-94720215 None:intergenic 45.0%
!! CATGTTAGAGTGGCCGATTT+TGG + Chr3:94719566-94719585 MsG0380017305.01.T01:CDS 45.0%
ACACTTCCGTCAAGGGATGA+TGG + Chr3:94720146-94720165 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
ATTCATAGGGGAACATGGCG+TGG + Chr3:94719088-94719107 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
CATGCTCGTTTCTTAGGGGA+TGG + Chr3:94719590-94719609 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
CTGGTGCTTAGGACTATGAG+TGG - Chr3:94718537-94718556 None:intergenic 50.0%
GACAGAATATGGTCCTGCCA+AGG + Chr3:94719898-94719917 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
GATGGGGAAATGGCTCTTAC+TGG + Chr3:94719608-94719627 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
GGACTATGAGTGGGAATTCG+AGG - Chr3:94718527-94718546 None:intergenic 50.0%
TGATGGCTTCTAGATTGGGG+TGG - Chr3:94718562-94718581 None:intergenic 50.0%
TGCTCACCATCATCCCTTGA+CGG - Chr3:94720155-94720174 None:intergenic 50.0%
TGCTCGTTTCTTAGGGGATG+GGG + Chr3:94719592-94719611 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
! AAGGGATGATGGTGAGCATC+TGG + Chr3:94720157-94720176 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
! AGGGATGATGGTGAGCATCT+GGG + Chr3:94720158-94720177 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
! GGTGATGATGATACCTTGGC+AGG - Chr3:94719914-94719933 None:intergenic 50.0%
! GTTGGAGTTCACCTTTGGAG+TGG - Chr3:94718460-94718479 None:intergenic 50.0%
! TCATCCCTTGACGGAAGTGT+AGG - Chr3:94720146-94720165 None:intergenic 50.0%
!! AAGGAGTGGCTTTATGGTCC+CGG + Chr3:94719301-94719320 MsG0380017305.01.T01:CDS 50.0%
CTCTCTCAAAGCAACGCCAC+AGG + Chr3:94719197-94719216 MsG0380017305.01.T01:CDS 55.0%
CTTCTAGATTGGGGTGGTGC+TGG - Chr3:94718556-94718575 None:intergenic 55.0%
GGCTCACATCGTATCACCTC+TGG - Chr3:94719800-94719819 None:intergenic 55.0%
! GGCTTTATGGTCCCGGCAAA+AGG + Chr3:94719308-94719327 MsG0380017305.01.T01:CDS 55.0%
GCGGCCTACACTTCCGTCAA+GGG + Chr3:94720139-94720158 MsG0380017305.01.T01:CDS 60.0%
TGCGGCCTACACTTCCGTCA+AGG + Chr3:94720138-94720157 MsG0380017305.01.T01:CDS 60.0%
!! TTGGGGTGGTGCTGGTGCTT+AGG - Chr3:94718548-94718567 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 94718368 94720292 94718368 ID=MsG0380017305.01;Name=MsG0380017305.01
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Chr3 exon 94719418 94719660 94719418 ID=MsG0380017305.01.T01:exon:35178;Parent=MsG0380017305.01.T01
Chr3 exon 94719847 94719919 94719847 ID=MsG0380017305.01.T01:exon:35179;Parent=MsG0380017305.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0380017305.01.T01

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Protein sequence

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