AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027515.01

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MsG0580027515.01.T01 AT5G56040 29.964 277 143 3 1 229 320 593 3.56e-27 115
MsG0580027515.01.T01 AT5G56040 36.771 223 138 3 6 227 253 473 2.16e-26 113
MsG0580027515.01.T01 AT5G56040 32.159 227 129 2 4 206 275 500 4.25e-26 112
MsG0580027515.01.T01 AT5G56040 35.648 216 135 3 1 215 127 339 9.69e-25 108
MsG0580027515.01.T01 AT5G56040 35.065 154 95 4 68 219 73 223 9.54e-13 71.2
MsG0580027515.01.T01 AT3G19700 29.868 529 280 12 1 452 371 885 1.64e-48 179
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MsG0580027515.01.T01 AT5G48940 35.096 208 124 2 3 205 284 485 2.37e-23 103
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MsG0580027515.01.T01 AT1G31420 28.571 427 229 9 95 452 78 497 4.51e-39 149
MsG0580027515.01.T01 AT1G31420 37.607 117 72 1 16 132 72 187 5.27e-16 80.9
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MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 35.217 230 124 3 1 206 141 369 1.05e-26 114
MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 33.019 212 139 2 4 215 192 400 1.96e-25 110
MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 28.571 245 151 2 1 221 93 337 7.36e-21 96.3
MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 35.602 191 119 4 40 229 61 248 2.69e-20 94.7
MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 32.039 206 137 2 17 222 85 287 3.40e-20 94.4
MsG0580027515.01.T01 AT2G41820 32.536 209 137 4 20 227 65 270 5.62e-20 93.6
MsG0580027515.01.T01 AT5G45780 29.762 420 225 10 95 452 40 451 2.16e-38 147
MsG0580027515.01.T01 AT5G45780 29.762 420 225 10 95 452 83 494 4.57e-38 146
MsG0580027515.01.T01 AT1G74360 24.715 615 285 17 4 452 407 1009 4.84e-38 148
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MsG0580027515.01.T01 AT5G01890 25.628 597 291 20 1 452 292 880 5.58e-36 142
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MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 32.530 249 140 4 4 227 373 618 1.49e-26 114
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 34.263 251 140 2 1 227 178 427 2.70e-26 113
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 33.191 235 129 4 6 216 303 533 5.61e-26 112
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 34.222 225 147 1 3 227 252 475 1.22e-24 107
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 28.996 269 141 3 1 220 106 373 2.49e-19 91.7
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 33.051 236 127 5 4 215 65 293 1.01e-18 89.7
MsG0580027515.01.T01 AT1G73080 34.194 155 99 2 64 218 73 224 1.98e-15 79.7
MsG0580027515.01.T01 AT1G67510 28.009 457 247 11 23 401 77 529 2.16e-31 127
MsG0580027515.01.T01 AT5G51350 25.746 536 291 15 1 452 304 816 2.81e-31 127
MsG0580027515.01.T01 AT5G51350 33.333 213 137 2 6 218 189 396 6.57e-26 111
MsG0580027515.01.T01 AT5G51350 30.049 203 117 1 3 205 162 339 8.18e-22 99.4
MsG0580027515.01.T01 AT5G51350 30.631 222 128 3 8 204 263 483 1.98e-21 98.2
MsG0580027515.01.T01 AT5G51350 30.964 197 131 3 14 206 97 292 7.06e-19 90.1
MsG0580027515.01.T01 AT4G33430 27.818 417 236 10 96 452 73 484 3.93e-31 126
MsG0580027515.01.T01 AT1G34210 27.209 430 234 10 96 452 77 500 7.49e-31 125
MsG0580027515.01.T01 AT1G34210 32.394 142 71 2 40 181 70 186 5.52e-12 68.2
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MsG0580027515.01.T01 AT3G51740 37.273 110 69 0 95 204 98 207 8.12e-13 71.2
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MsG0580027515.01.T01 AT1G17240 30.116 259 124 6 4 206 284 541 3.59e-19 90.9
MsG0580027515.01.T01 AT1G17240 31.950 241 150 6 4 232 129 367 7.55e-19 90.1
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MsG0580027515.01.T01 AT1G33600 37.198 207 126 4 1 205 133 337 4.22e-28 116
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MsG0580027515.01.T01 AT5G23400 28.405 257 153 6 3 235 335 584 6.28e-16 80.5
MsG0580027515.01.T01 AT5G23400 27.976 168 96 2 54 220 95 238 3.14e-12 68.9
MsG0580027515.01.T01 AT5G63710 26.750 400 228 10 113 452 91 485 2.21e-26 112
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MsG0580027515.01.T01 AT5G58300 26.050 476 247 16 67 452 88 548 1.99e-23 103
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MsG0580027515.01.T01 AT1G74170 30.242 248 152 4 1 230 650 894 3.45e-19 91.3
MsG0580027515.01.T01 AT1G74170 31.527 203 136 3 4 204 437 638 2.11e-15 79.3
MsG0580027515.01.T01 AT1G74170 26.190 252 132 8 8 210 253 499 1.47e-11 67.4
MsG0580027515.01.T01 AT4G02410 29.921 254 118 8 250 452 304 548 6.47e-23 102
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MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 38.547 179 109 1 26 204 129 306 1.57e-22 101
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 34.826 201 130 1 4 204 131 330 6.74e-22 99.4
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 32.653 196 130 2 1 195 200 394 4.88e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 39.103 156 92 2 61 216 116 268 6.21e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 29.537 281 145 6 1 233 590 865 1.33e-17 86.3
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 35.678 199 118 4 38 234 117 307 1.83e-17 85.9
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 29.204 226 140 6 1 219 494 706 1.02e-15 80.5
MsG0580027515.01.T01 AT3G11010 31.959 194 114 5 18 204 464 646 7.99e-14 74.3
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MsG0580027515.01.T01 AT1G51870 25.722 381 191 14 144 452 416 776 1.05e-20 95.9
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MsG0580027515.01.T01 AT3G46370 25.828 453 211 18 67 452 287 681 6.75e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 28.731 268 135 8 233 452 477 736 7.32e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 29.665 209 122 2 20 204 1 208 7.68e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 31.100 209 131 4 1 204 30 230 1.12e-15 80.1
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 28.731 268 135 8 233 452 625 884 7.35e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 29.508 244 125 3 8 204 113 356 3.14e-19 91.3
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 31.100 209 131 4 1 204 178 378 1.11e-15 80.5
MsG0580027515.01.T01 AT1G61390 30.000 270 122 8 245 452 450 714 7.67e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G53440 28.194 227 136 4 4 205 122 346 7.77e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G53440 28.094 299 152 10 203 452 577 861 1.27e-18 89.4
MsG0580027515.01.T01 AT1G53440 30.055 183 123 3 13 195 86 263 7.79e-17 84.0
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 28.731 268 135 8 233 452 643 902 7.81e-20 93.2
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 29.508 244 125 3 8 204 88 331 3.65e-19 91.3
MsG0580027515.01.T01 AT1G56120 31.100 209 131 4 1 204 153 353 1.46e-15 80.1
MsG0580027515.01.T01 AT1G53430 30.612 245 143 4 8 227 104 346 8.07e-20 93.2
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MsG0580027515.01.T01 AT3G24480 24.883 213 133 4 16 204 120 329 4.85e-11 65.1
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MsG0580027515.01.T01 AT1G61430 29.044 272 126 9 240 452 397 660 1.31e-18 89.4
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MsG0580027515.01.T01 AT1G61360 28.421 285 137 7 230 452 332 611 2.15e-18 88.6
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MsG0580027515.01.T01 AT5G49290 32.609 230 123 9 4 204 244 470 6.30e-15 77.8
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MsG0580027515.01.T01 AT1G11280 29.070 258 127 7 246 452 445 697 3.36e-18 88.2
MsG0580027515.01.T01 AT2G19190 27.451 357 183 16 153 452 429 766 3.72e-18 87.8
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MsG0580027515.01.T01 AT2G33030 45.283 106 58 0 120 225 40 145 3.93e-18 83.6
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MsG0580027515.01.T01 AT3G07070 29.741 232 112 8 269 452 47 275 4.36e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT4G13340 27.232 224 154 4 1 224 145 359 4.80e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT4G13340 25.352 213 132 4 16 204 112 321 3.98e-11 65.9
MsG0580027515.01.T01 AT5G65600 27.547 265 131 8 244 452 284 543 5.03e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT4G23320 27.344 256 129 6 249 452 127 377 5.17e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT4G23320 27.344 256 129 6 249 452 127 377 5.17e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT3G45430 28.571 273 134 8 232 452 272 535 5.21e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT3G45430 28.571 273 134 8 232 452 272 535 5.21e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT3G45430 28.571 273 134 8 232 452 272 535 5.21e-18 87.4
MsG0580027515.01.T01 AT1G68400 25.247 507 205 18 71 452 96 553 5.62e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT3G12145 30.275 218 149 3 8 225 105 319 5.68e-18 85.1
MsG0580027515.01.T01 AT3G12145 38.462 104 63 1 103 205 103 206 2.11e-12 68.6
MsG0580027515.01.T01 AT4G00340 30.588 255 122 9 244 452 408 653 6.58e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT5G60300 28.195 266 136 9 233 452 279 535 6.65e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT5G60300 28.195 266 136 9 233 452 279 535 6.66e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT5G60300 28.195 266 136 9 233 452 279 535 6.66e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT3G21340 24.714 437 244 15 83 452 368 786 6.67e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT4G23320 27.344 256 129 6 249 452 148 398 6.88e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT5G39000 26.316 285 136 9 238 452 436 716 6.99e-18 87.0
MsG0580027515.01.T01 AT1G01540 30.594 219 85 8 288 452 143 348 7.03e-18 86.3
MsG0580027515.01.T01 AT1G64210 25.057 435 252 15 78 452 75 495 7.23e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT4G00340 30.588 255 122 9 244 452 429 674 8.06e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT3G03770 25.105 478 263 16 1 398 136 598 8.87e-18 86.7
MsG0580027515.01.T01 AT3G03770 25.105 478 263 16 1 398 136 598 8.87e-18 86.7

Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 114 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACTAGCACAATTGGAATAAA+AGG 0.242334 5:-62558342 MsG0580027515.01.T01:CDS
TCCTCTTTGGCTTATATAAT+AGG 0.268337 5:-62559278 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGATCAAGATCCAATGTTCT+TGG 0.269148 5:+62558551 None:intergenic
ATAGCTAGTTGGTCAATTAT+TGG 0.284149 5:+62558912 None:intergenic
TTGCATTGATCAATGGTTAT+AGG 0.284977 5:+62559353 None:intergenic
CTGGAATGTGTCCTGATAAT+TGG 0.300521 5:+62559663 None:intergenic
GTTCCAAAAGAAGGTGTCTT+TGG 0.311833 5:-62559140 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTTCCAAAGACACCTTCTTT+TGG 0.318702 5:+62559137 None:intergenic
TCAAATCATACCTTCCTCTT+TGG 0.321863 5:-62559291 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTCAGTGGAAACCAATTATC+AGG 0.322190 5:-62559674 MsG0580027515.01.T01:CDS
GGCTTTGGTTCGTTGTATAA+AGG 0.325614 5:-62558822 MsG0580027515.01.T01:CDS
AGGAGTTTCCTTGCAAATAA+AGG 0.338827 5:+62559318 None:intergenic
TTCTTACCAAGACTTGTATC+AGG 0.344307 5:-62558886 MsG0580027515.01.T01:CDS
AGTCTAGCACATAATATGTT+AGG 0.356624 5:-62559605 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTGATTGGATCAGGAGGCTT+TGG 0.359106 5:-62558837 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGTGACAATTTCCTAAGCTT+GGG 0.368003 5:+62559570 None:intergenic
CCTAAGGAAACTAGCACAAT+TGG 0.376832 5:-62558351 MsG0580027515.01.T01:CDS
TAACTATCACTACTATCAAA+TGG 0.383583 5:+62559024 None:intergenic
GCTAGCAGGTTAGCGGTGTT+CGG 0.387817 5:-62559113 MsG0580027515.01.T01:CDS
TAGAAAACTGGTTGCATTCA+AGG 0.388639 5:-62558592 MsG0580027515.01.T01:CDS
CTAGCAGGTTAGCGGTGTTC+GGG 0.393804 5:-62559112 MsG0580027515.01.T01:CDS
CCAATTGTGCTAGTTTCCTT+AGG 0.396343 5:+62558351 None:intergenic
AAATGGGTATTATGTTTGAA+TGG 0.399712 5:+62559041 None:intergenic
AAAATGGAAGCTTAGAAAAC+TGG 0.402434 5:-62558604 MsG0580027515.01.T01:CDS
CATGGTGACATGTATAGCTT+TGG 0.407380 5:-62558159 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTGTGACAATTTCCTAAGCT+TGG 0.418560 5:+62559569 None:intergenic
TTTAGCCTACCCACTTCAAC+AGG 0.421642 5:+62559425 None:intergenic
AAGAGGAAGGTATGATTTGA+TGG 0.424669 5:+62559294 None:intergenic
TTCTCTGAGAATAATTTGTC+TGG 0.428427 5:-62559383 MsG0580027515.01.T01:CDS
ATGTCAAGAAATCAATTGTC+TGG 0.430839 5:-62559239 MsG0580027515.01.T01:CDS
CAATTATCAGGACACATTCC+AGG 0.432576 5:-62559662 MsG0580027515.01.T01:CDS
TCTAGAAACTTGATTGGATC+AGG 0.448453 5:-62558846 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTCTCATCTAGAAACTTGAT+TGG 0.449558 5:-62558852 MsG0580027515.01.T01:CDS
AACTATCACTACTATCAAAT+GGG 0.449677 5:+62559025 None:intergenic
AATGGGTATTATGTTTGAAT+GGG 0.457020 5:+62559042 None:intergenic
GGACACATTCCAGGCTTCAT+AGG 0.459011 5:-62559653 MsG0580027515.01.T01:CDS
ATTATTGGTGAATCTGAAGA+TGG 0.467936 5:+62558927 None:intergenic
ATTCAATTGTTAACTTTCAG+TGG 0.480505 5:-62559689 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTAGAATACCTTTATTTGCA+AGG 0.482905 5:-62559326 MsG0580027515.01.T01:CDS
GGAAGGTATGATTTGATGGA+AGG 0.493612 5:+62559298 None:intergenic
TTCGGGAACAGTAAGCTTTG+TGG 0.498000 5:-62559095 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTTTCATTTAACATGTTGGA+TGG 0.504508 5:-62559167 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTCCAGTGAGTTTGATAATG+AGG 0.506907 5:+62559478 None:intergenic
GAACGTTTCATTTAACATGT+TGG 0.507280 5:-62559171 MsG0580027515.01.T01:CDS
CTAAAATTACCTATGAAGCC+TGG 0.513502 5:+62559644 None:intergenic
GTGTCTTTGGAAATGCTAGC+AGG 0.518614 5:-62559127 MsG0580027515.01.T01:CDS
AATAATTGACCAACTAGCTA+TGG 0.519682 5:-62558910 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTATTATGTTTGAATGGGCA+TGG 0.521712 5:+62559047 None:intergenic
TAGAGGACCCATACCCTTGG+AGG 0.522947 5:-62559513 MsG0580027515.01.T01:CDS
AGTTATTGCTGTGAAGGTCC+TGG 0.523376 5:-62558778 MsG0580027515.01.T01:CDS
CAGTTGCCTGATACAAGTCT+TGG 0.527489 5:+62558880 None:intergenic
ATTTAACATGTTGGATGGAG+AGG 0.527637 5:-62559162 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGGAAACTTACCTGTTGAAG+TGG 0.528323 5:-62559435 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTCCTCATTATCAAACTCAC+TGG 0.534063 5:-62559480 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGGAAATGCTAGCAGGTTAG+CGG 0.535928 5:-62559120 MsG0580027515.01.T01:CDS
ATTGGAATAAAAGGAACTGT+TGG 0.538975 5:-62558333 MsG0580027515.01.T01:CDS
ACCTATTATATAAGCCAAAG+AGG 0.542198 5:+62559277 None:intergenic
AGATAAAGTTATTGCTGTGA+AGG 0.545191 5:-62558784 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTGACAATTTCCTAAGCTTG+GGG 0.548227 5:+62559571 None:intergenic
TGTGGACGGTATATCTCCTA+AGG 0.548737 5:-62558367 MsG0580027515.01.T01:CDS
ACTGTTGGCTATGCTCCTCC+AGG 0.551208 5:-62558318 MsG0580027515.01.T01:intron
CTGGAATGGTCCCTTCAAAA+CGG 0.553173 5:+62559735 None:intergenic
TAGCTATCTATTACTTGATG+AGG 0.557227 5:-62558965 MsG0580027515.01.T01:CDS
GACTTGTATCAGGCAACTGA+TGG 0.557819 5:-62558876 MsG0580027515.01.T01:CDS
GGTAAGAAACCATAGCTAGT+TGG 0.557975 5:+62558901 None:intergenic
GATGGAGAGGTTCCAAAAGA+AGG 0.562555 5:-62559149 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTCCTGGACCTTGAAAAGAA+TGG 0.562663 5:-62558762 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGTAGAGAAACCAAGAACAT+TGG 0.563753 5:-62558561 MsG0580027515.01.T01:CDS
GCTATACATGTCACCATGTG+TGG 0.567379 5:+62558164 None:intergenic
TTGTCACAAAACTCATTGAG+TGG 0.571880 5:-62559455 MsG0580027515.01.T01:CDS
ATTATATAAGCCAAAGAGGA+AGG 0.574419 5:+62559281 None:intergenic
AGCAAGACTCGTCTCATCTG+TGG 0.596076 5:-62558385 MsG0580027515.01.T01:CDS
CTAGCACATAATATGTTAGG+AGG 0.596354 5:-62559602 MsG0580027515.01.T01:CDS
GTTTGAATGGGCATGGAGGT+AGG 0.599094 5:+62559054 None:intergenic
ATGGTGACATGTATAGCTTT+GGG 0.602527 5:-62558158 MsG0580027515.01.T01:CDS
AGAAACTTGATTGGATCAGG+AGG 0.603181 5:-62558843 MsG0580027515.01.T01:CDS
GGTTCTGAAGTTTCCACACA+TGG 0.605523 5:-62558177 MsG0580027515.01.T01:CDS
TGACAATTTCCTAAGCTTGG+GGG 0.630340 5:+62559572 None:intergenic
GGGAACAGTAAGCTTTGTGG+AGG 0.645563 5:-62559092 MsG0580027515.01.T01:CDS
TTATGTTTGAATGGGCATGG+AGG 0.657283 5:+62559050 None:intergenic
GGAAACTTACCTGTTGAAGT+GGG 0.661799 5:-62559434 MsG0580027515.01.T01:CDS
ACTTACCTGTTGAAGTGGGT+AGG 0.679326 5:-62559430 MsG0580027515.01.T01:CDS
AGACTCGTCTCATCTGTGGA+CGG 0.689831 5:-62558381 MsG0580027515.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TATCGTTAAAATTGTGTAAT+AGG + Chr5:62559658-62559677 None:intergenic 20.0%
!!! AATTGTTTTTTGAAAGGTTT+AGG + Chr5:62558352-62558371 None:intergenic 20.0%
!!! ATATTTTTTAGAGTATGGAA+TGG - Chr5:62559687-62559706 MsG0580027515.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTCTAAAATTGTTTTTTGAA+AGG + Chr5:62558358-62558377 None:intergenic 20.0%
!!! CTTTCAAAAAACAATTTTAG+AGG - Chr5:62558356-62558375 MsG0580027515.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAAATATTTTGCAAAATGTT+AGG + Chr5:62558680-62558699 None:intergenic 20.0%
!!! GCTATATATTTTTTAGAGTA+TGG - Chr5:62559682-62559701 MsG0580027515.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTTTTTAGAGTATGGAAT+GGG - Chr5:62559688-62559707 MsG0580027515.01.T01:CDS 20.0%
! AAATGGGTATTATGTTTGAA+TGG + Chr5:62558848-62558867 None:intergenic 25.0%
! AACTATCACTACTATCAAAT+GGG + Chr5:62558864-62558883 None:intergenic 25.0%
! AATGGGTATTATGTTTGAAT+GGG + Chr5:62558847-62558866 None:intergenic 25.0%
! ATTCAATTGTTAACTTTCAG+TGG - Chr5:62558197-62558216 MsG0580027515.01.T01:intron 25.0%
! TAACTATCACTACTATCAAA+TGG + Chr5:62558865-62558884 None:intergenic 25.0%
! TTCATCAATAAGATATTGCT+TGG + Chr5:62559449-62559468 None:intergenic 25.0%
!! AAAATATTTTCTGACATACC+TGG + Chr5:62559589-62559608 None:intergenic 25.0%
!! TTAGAATACCTTTATTTGCA+AGG - Chr5:62558560-62558579 MsG0580027515.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTTTGAGTGCATTACATT+CGG + Chr5:62559170-62559189 None:intergenic 25.0%
!!! GTTTTTGACTACATGAAAAA+TGG - Chr5:62559266-62559285 MsG0580027515.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTCTAGTATTGATTACAA+AGG - Chr5:62559224-62559243 MsG0580027515.01.T01:CDS 25.0%
AAAATGGAAGCTTAGAAAAC+TGG - Chr5:62559282-62559301 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
AATAATTGACCAACTAGCTA+TGG - Chr5:62558976-62558995 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
ACCTATTATATAAGCCAAAG+AGG + Chr5:62558612-62558631 None:intergenic 30.0%
ACTAGCACAATTGGAATAAA+AGG - Chr5:62559544-62559563 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
AGATAAAGTTATTGCTGTGA+AGG - Chr5:62559102-62559121 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
AGTCTAGCACATAATATGTT+AGG - Chr5:62558281-62558300 MsG0580027515.01.T01:intron 30.0%
ATAGCTAGTTGGTCAATTAT+TGG + Chr5:62558977-62558996 None:intergenic 30.0%
ATGTCAAGAAATCAATTGTC+TGG - Chr5:62558647-62558666 MsG0580027515.01.T01:intron 30.0%
ATTATATAAGCCAAAGAGGA+AGG + Chr5:62558608-62558627 None:intergenic 30.0%
ATTATTGGTGAATCTGAAGA+TGG + Chr5:62558962-62558981 None:intergenic 30.0%
ATTGGAATAAAAGGAACTGT+TGG - Chr5:62559553-62559572 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
CAAAGTCTACAACAAAAGAT+AGG + Chr5:62559629-62559648 None:intergenic 30.0%
GAAATACTAAAAACCTCCAA+GGG + Chr5:62558389-62558408 None:intergenic 30.0%
GAACGTTTCATTTAACATGT+TGG - Chr5:62558715-62558734 MsG0580027515.01.T01:intron 30.0%
GTTTCATTTAACATGTTGGA+TGG - Chr5:62558719-62558738 MsG0580027515.01.T01:intron 30.0%
TAGCTATCTATTACTTGATG+AGG - Chr5:62558921-62558940 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
TGAAACTTCCAAAAAGAATC+TGG + Chr5:62558173-62558192 None:intergenic 30.0%
TTCTCATCTAGAAACTTGAT+TGG - Chr5:62559034-62559053 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
! TCCTCTTTGGCTTATATAAT+AGG - Chr5:62558608-62558627 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
! TTCTCTGAGAATAATTTGTC+TGG - Chr5:62558503-62558522 MsG0580027515.01.T01:CDS 30.0%
! TTGCATTGATCAATGGTTAT+AGG + Chr5:62558536-62558555 None:intergenic 30.0%
!! TAAGCTTTTGCATTGATCAA+TGG + Chr5:62558543-62558562 None:intergenic 30.0%
AGGAGTTTCCTTGCAAATAA+AGG + Chr5:62558571-62558590 None:intergenic 35.0%
ATGGTGACATGTATAGCTTT+GGG - Chr5:62559728-62559747 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
ATTTAACATGTTGGATGGAG+AGG - Chr5:62558724-62558743 MsG0580027515.01.T01:intron 35.0%
CTAAAATTACCTATGAAGCC+TGG + Chr5:62558245-62558264 None:intergenic 35.0%
CTAGCACATAATATGTTAGG+AGG - Chr5:62558284-62558303 MsG0580027515.01.T01:intron 35.0%
CTTCCAAAAAGAATCTGGAA+TGG + Chr5:62558168-62558187 None:intergenic 35.0%
GGAAATACTAAAAACCTCCA+AGG + Chr5:62558390-62558409 None:intergenic 35.0%
GTATTATGTTTGAATGGGCA+TGG + Chr5:62558842-62558861 None:intergenic 35.0%
TAGAAAACTGGTTGCATTCA+AGG - Chr5:62559294-62559313 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
TCAAATCATACCTTCCTCTT+TGG - Chr5:62558595-62558614 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
TCTAGAAACTTGATTGGATC+AGG - Chr5:62559040-62559059 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
TGATCAAGATCCAATGTTCT+TGG + Chr5:62559338-62559357 None:intergenic 35.0%
TGTAGAGAAACCAAGAACAT+TGG - Chr5:62559325-62559344 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
TGTGACAATTTCCTAAGCTT+GGG + Chr5:62558319-62558338 None:intergenic 35.0%
TTCAGTGGAAACCAATTATC+AGG - Chr5:62558212-62558231 MsG0580027515.01.T01:intron 35.0%
TTCCTCATTATCAAACTCAC+TGG - Chr5:62558406-62558425 MsG0580027515.01.T01:intron 35.0%
TTCTTACCAAGACTTGTATC+AGG - Chr5:62559000-62559019 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
TTGTCACAAAACTCATTGAG+TGG - Chr5:62558431-62558450 MsG0580027515.01.T01:intron 35.0%
TTGTGACAATTTCCTAAGCT+TGG + Chr5:62558320-62558339 None:intergenic 35.0%
! AAGAGGAAGGTATGATTTGA+TGG + Chr5:62558595-62558614 None:intergenic 35.0%
! ATATTTTCTGACATACCTGG+AGG + Chr5:62559586-62559605 None:intergenic 35.0%
! ATGGAAAACAACCGTTTTGA+AGG - Chr5:62558140-62558159 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
! TTTCCAAAGACACCTTCTTT+TGG + Chr5:62558752-62558771 None:intergenic 35.0%
!! TGGAAAACAACCGTTTTGAA+GGG - Chr5:62558141-62558160 MsG0580027515.01.T01:CDS 35.0%
ACTAAAAACCTCCAAGGGTA+TGG + Chr5:62558384-62558403 None:intergenic 40.0%
AGAAACTTGATTGGATCAGG+AGG - Chr5:62559043-62559062 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
CAATTATCAGGACACATTCC+AGG - Chr5:62558224-62558243 MsG0580027515.01.T01:intron 40.0%
CATGGTGACATGTATAGCTT+TGG - Chr5:62559727-62559746 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
CCTAAGGAAACTAGCACAAT+TGG - Chr5:62559535-62559554 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
CTGGAATGTGTCCTGATAAT+TGG + Chr5:62558226-62558245 None:intergenic 40.0%
GGAAACTTACCTGTTGAAGT+GGG - Chr5:62558452-62558471 MsG0580027515.01.T01:intron 40.0%
GGTAAGAAACCATAGCTAGT+TGG + Chr5:62558988-62559007 None:intergenic 40.0%
GTGACAATTTCCTAAGCTTG+GGG + Chr5:62558318-62558337 None:intergenic 40.0%
TGACAATTTCCTAAGCTTGG+GGG + Chr5:62558317-62558336 None:intergenic 40.0%
TGGAAACTTACCTGTTGAAG+TGG - Chr5:62558451-62558470 MsG0580027515.01.T01:intron 40.0%
TTATGTTTGAATGGGCATGG+AGG + Chr5:62558839-62558858 None:intergenic 40.0%
TTGGCTTCAGATCACAATGA+AGG + Chr5:62559430-62559449 None:intergenic 40.0%
! CCAATTGTGCTAGTTTCCTT+AGG + Chr5:62559538-62559557 None:intergenic 40.0%
! CTAAAAACCTCCAAGGGTAT+GGG + Chr5:62558383-62558402 None:intergenic 40.0%
! GGAAGGTATGATTTGATGGA+AGG + Chr5:62558591-62558610 None:intergenic 40.0%
! GGACCATTCCAGATTCTTTT+TGG - Chr5:62558162-62558181 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
! GGCTTTGGTTCGTTGTATAA+AGG - Chr5:62559064-62559083 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCTCATGTGAGTGATTT+TGG - Chr5:62559475-62559494 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
! TGTGAGCTCCATTCTTTTCA+AGG + Chr5:62559135-62559154 None:intergenic 40.0%
!! GTCCAGTGAGTTTGATAATG+AGG + Chr5:62558411-62558430 None:intergenic 40.0%
!! GTTCCAAAAGAAGGTGTCTT+TGG - Chr5:62558746-62558765 MsG0580027515.01.T01:CDS 40.0%
ACTTACCTGTTGAAGTGGGT+AGG - Chr5:62558456-62558475 MsG0580027515.01.T01:intron 45.0%
AGTTATTGCTGTGAAGGTCC+TGG - Chr5:62559108-62559127 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
CAGTTGCCTGATACAAGTCT+TGG + Chr5:62559009-62559028 None:intergenic 45.0%
CTGGAATGGTCCCTTCAAAA+CGG + Chr5:62558154-62558173 None:intergenic 45.0%
GACTTGTATCAGGCAACTGA+TGG - Chr5:62559010-62559029 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
GATGGAGAGGTTCCAAAAGA+AGG - Chr5:62558737-62558756 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
GCTATACATGTCACCATGTG+TGG + Chr5:62559725-62559744 None:intergenic 45.0%
GGAAATATTCCCCCAAGCTT+AGG - Chr5:62558305-62558324 MsG0580027515.01.T01:intron 45.0%
GTCCTGGACCTTGAAAAGAA+TGG - Chr5:62559124-62559143 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
TGGAAATGCTAGCAGGTTAG+CGG - Chr5:62558766-62558785 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
TGTGGACGGTATATCTCCTA+AGG - Chr5:62559519-62559538 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
TTCGGGAACAGTAAGCTTTG+TGG - Chr5:62558791-62558810 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
TTGATTGGATCAGGAGGCTT+TGG - Chr5:62559049-62559068 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
TTTAGCCTACCCACTTCAAC+AGG + Chr5:62558464-62558483 None:intergenic 45.0%
! GTGTCTTTGGAAATGCTAGC+AGG - Chr5:62558759-62558778 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
!! CTCCATTCTTTTCAAGGTCC+AGG + Chr5:62559129-62559148 None:intergenic 45.0%
!! GGTTCTGAAGTTTCCACACA+TGG - Chr5:62559709-62559728 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
!! TTTTAGAGGACCCATACCCT+TGG - Chr5:62558370-62558389 MsG0580027515.01.T01:CDS 45.0%
AGACTCGTCTCATCTGTGGA+CGG - Chr5:62559505-62559524 MsG0580027515.01.T01:CDS 50.0%
AGCAAGACTCGTCTCATCTG+TGG - Chr5:62559501-62559520 MsG0580027515.01.T01:CDS 50.0%
GGACACATTCCAGGCTTCAT+AGG - Chr5:62558233-62558252 MsG0580027515.01.T01:intron 50.0%
GTTTGAATGGGCATGGAGGT+AGG + Chr5:62558835-62558854 None:intergenic 50.0%
! GGGAACAGTAAGCTTTGTGG+AGG - Chr5:62558794-62558813 MsG0580027515.01.T01:CDS 50.0%
CTAGCAGGTTAGCGGTGTTC+GGG - Chr5:62558774-62558793 MsG0580027515.01.T01:CDS 55.0%
GCTAGCAGGTTAGCGGTGTT+CGG - Chr5:62558773-62558792 MsG0580027515.01.T01:CDS 55.0%
TAGAGGACCCATACCCTTGG+AGG - Chr5:62558373-62558392 MsG0580027515.01.T01:CDS 55.0%
! ACTGTTGGCTATGCTCCTCC+AGG - Chr5:62559568-62559587 MsG0580027515.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 62558140 62559768 62558140 ID=MsG0580027515.01;Name=MsG0580027515.01
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Chr5 exon 62558140 62558210 62558140 ID=MsG0580027515.01.T01:exon:3169;Parent=MsG0580027515.01.T01
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Chr5 CDS 62558140 62558210 62558140 ID=MsG0580027515.01.T01:cds;Parent=MsG0580027515.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027515.01.T01

ATGGAAAACAACCGTTTTGAAGGGACCATTCCAGATTCTTTTTGGAAGTTTCAAAAGATTCAATTGTTAACTTTCAGTGGAAACCAATTATCAGGACACATTCCAGGCTTCATAGGTAATTTTAGTCAGATGTATTATTTGAGTCTAGCACATAATATGTTAGGAGGAAATATTCCCCCAAGCTTAGGAAATTGTCACAATTTACATCACCTAAACCTTTCAAAAAACAATTTTAGAGGACCCATACCCTTGGAGGTTTTTAGTATTTCCTCATTATCAAACTCACTGGACTTGTCACAAAACTCATTGAGTGGAAACTTACCTGTTGAAGTGGGTAGGCTAAAAAATATTAATAAGCTAGATTTCTCTGAGAATAATTTGTCTGGTGAAATTCCTATAACCATTGATCAATGCAAAAGCTTAGAATACCTTTATTTGCAAGGAAACTCCTTCCATCAAATCATACCTTCCTCTTTGGCTTATATAATAGGTCTTCGATATTTAGACATGTCAAGAAATCAATTGTCTGGATCAATTCCTAACATTTTGCAAAATATTTCTCGTTTAGAACACTTGAACGTTTCATTTAACATGTTGGATGGAGAGGTTCCAAAAGAAGGTGTCTTTGGAAATGCTAGCAGGTTAGCGGTGTTCGGGAACAGTAAGCTTTGTGGAGGTATTTCAGACTTGCACCTACCTCCATGCCCATTCAAACATAATACCCATTTGATAGTAGTGATAGTTAGCGTTGTTTCTGTCATTATTATGACAATACTTATTCTAGCTATCTATTACTTGATGAGGAAAAGAAACAAGAAACCATCTTCAGATTCACCAATAATTGACCAACTAGCTATGGTTTCTTACCAAGACTTGTATCAGGCAACTGATGGCTTCTCATCTAGAAACTTGATTGGATCAGGAGGCTTTGGTTCGTTGTATAAAGGAAATCTTATGTCAGAAGATAAAGTTATTGCTGTGAAGGTCCTGGACCTTGAAAAGAATGGAGCTCACAAGAGTTTTATTACCGAATGTCAAGAATTCAAAGCTCTAGTTTTTGACTACATGAAAAATGGAAGCTTAGAAAACTGGTTGCATTCAAGGACGTCAAATGTAGAGAAACCAAGAACATTGGATCTTGATCAAAGACTGAATATCATTATTGATGTTGCTTCTGCATTACATTATCTTCATCGAGAATCAAGACTCGTCTCATCTGTGGACGGTATATCTCCTAAGGAAACTAGCACAATTGGAATAAAAGGAACTGTTGGCTATGCTCCTCCAGAGTATGGAATGGGTTCTGAAGTTTCCACACATGGTGACATGTATAGCTTTGGGATGCTTATACTGAAATGA
Protein sequence

>MsG0580027515.01.T01

MENNRFEGTIPDSFWKFQKIQLLTFSGNQLSGHIPGFIGNFSQMYYLSLAHNMLGGNIPPSLGNCHNLHHLNLSKNNFRGPIPLEVFSISSLSNSLDLSQNSLSGNLPVEVGRLKNINKLDFSENNLSGEIPITIDQCKSLEYLYLQGNSFHQIIPSSLAYIIGLRYLDMSRNQLSGSIPNILQNISRLEHLNVSFNMLDGEVPKEGVFGNASRLAVFGNSKLCGGISDLHLPPCPFKHNTHLIVVIVSVVSVIIMTILILAIYYLMRKRNKKPSSDSPIIDQLAMVSYQDLYQATDGFSSRNLIGSGGFGSLYKGNLMSEDKVIAVKVLDLEKNGAHKSFITECQEFKALVFDYMKNGSLENWLHSRTSNVEKPRTLDLDQRLNIIIDVASALHYLHRESRLVSSVDGISPKETSTIGIKGTVGYAPPEYGMGSEVSTHGDMYSFGMLILK*