AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580029328.01

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MsG0580029328.01.T01 AT1G61590 29.967 307 128 8 19 253 86 377 8.29e-33 124
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MsG0580029328.01.T01 AT2G28590 30.795 302 135 8 16 253 82 373 8.82e-33 124
MsG0580029328.01.T01 AT1G07570 32.627 236 118 7 50 253 9 235 9.13e-33 121
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MsG0580029328.01.T01 AT2G28590 34.375 224 82 4 16 178 82 301 9.79e-33 122
MsG0580029328.01.T01 AT4G13190 34.667 225 82 3 16 179 55 275 1.18e-32 121
MsG0580029328.01.T01 AT5G49780 31.208 298 134 7 17 253 519 806 1.24e-32 126
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MsG0580029328.01.T01 AT1G29720 29.693 293 137 7 20 253 661 943 1.55e-32 125
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MsG0580029328.01.T01 AT5G49780 31.208 298 134 7 17 253 640 927 1.62e-32 125
MsG0580029328.01.T01 AT1G54820 33.992 253 97 7 18 204 133 381 2.27e-32 122
MsG0580029328.01.T01 AT2G19230 29.904 311 146 9 2 253 543 840 2.55e-32 125
MsG0580029328.01.T01 AT2G02800 28.479 309 135 8 18 253 69 364 2.63e-32 122
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MsG0580029328.01.T01 AT5G48740 29.836 305 137 8 17 258 593 883 2.66e-32 125
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MsG0580029328.01.T01 AT2G14510 29.338 317 148 10 1 254 539 842 1.60e-31 123
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MsG0580029328.01.T01 AT2G18470 30.693 303 134 8 20 258 272 562 2.26e-31 122
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MsG0580029328.01.T01 AT3G09830 31.933 238 86 4 19 186 71 302 1.12e-30 118
MsG0580029328.01.T01 AT1G79680 28.428 299 145 6 15 253 416 705 1.14e-30 120
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MsG0580029328.01.T01 AT1G55610 31.333 300 133 7 19 256 846 1134 1.69e-30 120
MsG0580029328.01.T01 AT5G38560 29.054 296 131 7 20 246 327 612 1.73e-30 119
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MsG0580029328.01.T01 AT1G06700 28.990 307 142 7 14 253 50 347 1.97e-30 116
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MsG0580029328.01.T01 AT1G51830 29.642 307 128 11 16 254 372 658 6.58e-30 118
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MsG0580029328.01.T01 AT1G48210 29.693 293 136 6 24 253 60 345 6.58e-30 115
MsG0580029328.01.T01 AT1G48210 29.693 293 136 6 24 253 60 345 6.58e-30 115
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MsG0580029328.01.T01 AT3G62220 29.936 314 148 7 4 253 41 346 3.02e-29 113
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MsG0580029328.01.T01 AT3G20200 29.412 289 121 8 16 242 437 704 5.05e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT3G20200 29.412 289 121 8 16 242 437 704 5.20e-29 115
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MsG0580029328.01.T01 AT5G59670 30.033 303 132 13 16 254 550 836 5.86e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT5G65700 33.191 235 111 5 51 252 744 965 6.50e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT5G65700 33.191 235 111 5 51 252 744 965 6.50e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT4G04540 32.917 240 93 5 20 199 341 572 6.59e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT5G07280 28.912 294 137 6 22 253 907 1190 7.48e-29 115
MsG0580029328.01.T01 AT1G70450 29.097 299 136 9 20 253 37 324 7.83e-29 113
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MsG0580029328.01.T01 AT1G71830 29.221 308 138 8 13 253 283 577 9.59e-29 114
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MsG0580029328.01.T01 AT4G04540 33.641 217 79 4 20 176 312 523 1.04e-28 114
MsG0580029328.01.T01 AT5G03140 30.000 300 131 9 19 252 361 647 1.05e-28 114
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MsG0580029328.01.T01 AT1G51800 29.766 299 137 9 16 254 572 857 1.16e-28 114
MsG0580029328.01.T01 AT4G32000 31.293 294 134 8 18 252 116 400 1.19e-28 112
MsG0580029328.01.T01 AT1G80640 30.137 219 96 4 25 191 142 355 1.25e-28 112
MsG0580029328.01.T01 AT1G51790 30.638 235 112 6 54 253 627 845 1.30e-28 114
MsG0580029328.01.T01 AT1G51790 30.638 235 112 6 54 253 627 845 1.30e-28 114
MsG0580029328.01.T01 AT4G32000 31.293 294 134 8 18 252 115 399 1.34e-28 112
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MsG0580029328.01.T01 AT3G62220 31.950 241 120 6 49 253 21 253 4.30e-27 105
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MsG0580029328.01.T01 AT1G51880 27.273 319 152 11 1 254 552 855 7.67e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G51880 27.273 319 152 11 1 254 560 863 7.77e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G54820 39.106 179 71 6 18 161 133 308 7.99e-27 106
MsG0580029328.01.T01 AT1G54820 39.106 179 71 6 18 161 133 308 7.99e-27 106
MsG0580029328.01.T01 AT3G14840 27.986 293 144 6 20 253 660 944 8.01e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G56120 34.071 226 84 4 20 186 532 751 8.10e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT2G25220 30.241 291 127 7 20 252 85 357 8.16e-27 107
MsG0580029328.01.T01 AT3G25490 29.352 293 139 7 20 253 96 379 8.26e-27 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G21240 27.797 295 141 7 20 253 403 686 8.76e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G56120 34.071 226 84 4 20 186 698 917 9.20e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G56120 34.071 226 84 4 20 186 680 899 9.44e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT2G42960 26.144 306 159 5 7 253 158 455 9.49e-27 108
MsG0580029328.01.T01 AT2G42960 26.144 306 159 5 7 253 158 455 9.49e-27 108
MsG0580029328.01.T01 AT2G42960 26.144 306 159 5 7 253 158 455 9.49e-27 108
MsG0580029328.01.T01 AT2G42960 26.144 306 159 5 7 253 158 455 9.49e-27 108
MsG0580029328.01.T01 AT4G20450 30.421 309 142 12 2 257 563 851 9.91e-27 109
MsG0580029328.01.T01 AT1G29730 31.579 228 91 4 9 176 616 838 1.04e-26 109
MsG0580029328.01.T01 AT2G25220 30.241 291 127 7 20 252 134 406 1.16e-26 107
MsG0580029328.01.T01 AT1G11340 32.889 225 81 5 16 176 564 782 1.23e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT3G09010 25.170 294 148 6 20 252 34 316 1.25e-26 107
MsG0580029328.01.T01 AT5G65600 27.703 296 142 6 19 249 337 625 1.32e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G48210 31.944 216 87 3 24 179 60 275 1.33e-26 105
MsG0580029328.01.T01 AT1G48210 31.944 216 87 3 24 179 60 275 1.33e-26 105
MsG0580029328.01.T01 AT1G48210 31.944 216 87 3 24 179 60 275 1.33e-26 105
MsG0580029328.01.T01 AT1G51860 28.523 298 137 9 16 252 426 708 1.35e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT3G55550 28.662 314 146 9 12 256 317 621 1.36e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G16760 26.990 289 128 7 16 242 434 701 1.47e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G79670 27.852 298 143 8 17 253 369 655 1.47e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G21210 28.136 295 140 7 20 253 398 681 1.48e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G51860 28.523 298 137 9 16 252 570 852 1.48e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT3G53840 29.866 298 139 6 20 253 342 633 1.55e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT4G23220 28.053 303 151 6 2 245 307 601 1.66e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT2G02220 29.153 295 142 5 18 253 720 1006 1.71e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT2G47060 31.489 235 119 5 54 253 24 251 1.82e-26 104
MsG0580029328.01.T01 AT1G61400 29.655 290 125 7 18 242 486 761 1.96e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G16760 26.990 289 128 7 16 242 434 701 1.97e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G79670 27.517 298 144 7 17 253 406 692 2.00e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT5G63940 27.972 286 137 7 20 245 350 626 2.04e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT4G21400 38.554 166 68 4 25 161 342 502 2.20e-26 107
MsG0580029328.01.T01 AT1G51890 27.532 316 144 9 16 254 556 863 2.32e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT1G16150 26.846 298 146 7 17 253 409 695 2.39e-26 108
MsG0580029328.01.T01 AT4G23250 28.758 306 144 7 3 245 325 619 2.57e-26 107
MsG0580029328.01.T01 AT1G16160 28.862 246 109 4 3 187 403 643 2.66e-26 107

Find 45 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 63 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATTCTCCTTTCATGATTAT+TGG 0.143018 5:+95343688 None:intergenic
ATAGTAGTTTATTGAATTCT+TGG 0.171769 5:-95344084 MsG0580029328.01.T01:CDS
ACAGCGAATAGTGATGTTTA+TGG 0.256697 5:-95343811 MsG0580029328.01.T01:intron
TCGATGGAACCGTGTGATTA+TGG 0.272423 5:+95344011 None:intergenic
GAAAAGATAGGCAAACAATA+AGG 0.283760 5:-95343564 MsG0580029328.01.T01:CDS
ACATTCTCATTGACGTGAAT+TGG 0.298080 5:-95343961 MsG0580029328.01.T01:CDS
AAGGGATACTGTGGCTAGTT+TGG 0.310277 5:-95343545 MsG0580029328.01.T01:CDS
GTGATGTAGGCATGATAAAA+AGG 0.326146 5:+95344228 None:intergenic
AATAGTGATGTTTATGGTCT+TGG 0.335266 5:-95343805 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATAATCAAGAATGATGAAAA+TGG 0.342743 5:-95343745 MsG0580029328.01.T01:CDS
TGCAATGCATTGTGTGCATT+TGG 0.379439 5:-95343590 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATAGTGATGTTTATGGTCTT+GGG 0.386155 5:-95343804 MsG0580029328.01.T01:CDS
TTCTCACTTGAGAACAAGAT+TGG 0.386390 5:-95344368 MsG0580029328.01.T01:CDS
TTCAATGTATGATCATTTGC+AGG 0.389763 5:-95344128 MsG0580029328.01.T01:CDS
GTGAACTCTTCTGACCTATC+TGG 0.390157 5:+95344422 None:intergenic
CTAGAATTATTAACAGGAAA+AGG 0.394745 5:-95343772 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATGCCTACATCACAAGCATT+TGG 0.425806 5:-95344218 MsG0580029328.01.T01:CDS
TAACCAAATGCTTGTGATGT+AGG 0.438281 5:+95344215 None:intergenic
TATTGAATTCTTGGAAAATG+AGG 0.452817 5:-95344075 MsG0580029328.01.T01:CDS
AAAAGATAGGCAAACAATAA+GGG 0.453759 5:-95343563 MsG0580029328.01.T01:CDS
AAGCATTTGGTTAGATTAGT+CGG 0.471594 5:-95344205 MsG0580029328.01.T01:CDS
AAGATTGGTGCTGGAAGTTA+TGG 0.476688 5:-95344353 MsG0580029328.01.T01:CDS
CTCAAGTGAGAAATTGTTTG+TGG 0.482381 5:+95344379 None:intergenic
CTTGAGAACAAGATTGGTGC+TGG 0.482427 5:-95344362 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATGGCTAGAGTGTCTGATAT+CGG 0.492074 5:-95343938 MsG0580029328.01.T01:CDS
AATGAGGATCAAAATTGTGT+TGG 0.512914 5:-95344059 MsG0580029328.01.T01:CDS
AATTGTGTTGGATCCTCCGC+GGG 0.515242 5:-95344047 MsG0580029328.01.T01:CDS
TGCATTTGGAAGGAAAAGAT+AGG 0.523933 5:-95343576 MsG0580029328.01.T01:CDS
GTGTATGAGTTCATGAAGAA+TGG 0.542695 5:-95344151 MsG0580029328.01.T01:CDS
CGTCAACAAAACATCCAGAT+AGG 0.554779 5:-95344436 MsG0580029328.01.T01:CDS
GATGAATAAAACAGAAGCTG+TGG 0.559706 5:-95343629 MsG0580029328.01.T01:CDS
GTTTGTGGCAGCATTTAGCT+CGG 0.575001 5:+95344394 None:intergenic
GCAGTGCCAATAATCATGAA+AGG 0.579666 5:-95343694 MsG0580029328.01.T01:CDS
TAGTGATGTTTATGGTCTTG+GGG 0.597124 5:-95343803 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATGCATTGTGTGCATTTGGA+AGG 0.598416 5:-95343586 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATGTCTCGATGAATTATCGA+TGG 0.598889 5:+95343995 None:intergenic
TCTCATTGACGTGAATTGGA+TGG 0.599492 5:-95343957 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATAATGAGGCGTCAGAGAAG+CGG 0.610029 5:-95344464 MsG0580029328.01.T01:CDS
ATCAAGAATGATGAAAATGG+AGG 0.636436 5:-95343742 MsG0580029328.01.T01:CDS
GCAAACAATAAGGGATACTG+TGG 0.642932 5:-95343554 MsG0580029328.01.T01:CDS
AAATTGTGTTGGATCCTCCG+CGG 0.699369 5:-95344048 MsG0580029328.01.T01:CDS
TGAGTATCTCCATAATCACA+CGG 0.716369 5:-95344020 MsG0580029328.01.T01:CDS
AGATACTCAATTCCCCGCGG+AGG 0.717917 5:+95344034 None:intergenic
ATTGTGTTGGATCCTCCGCG+GGG 0.770648 5:-95344046 MsG0580029328.01.T01:CDS
TGGAGATACTCAATTCCCCG+CGG 0.775504 5:+95344031 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATAATCAAGAATGATGAAAA+TGG - Chr5:95344241-95344260 MsG0580029328.01.T01:intron 20.0%
!! ATAGTAGTTTATTGAATTCT+TGG - Chr5:95343902-95343921 MsG0580029328.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTTTACTAGAATTATTAAC+AGG - Chr5:95344208-95344227 MsG0580029328.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAGATAGGCAAACAATAA+GGG - Chr5:95344423-95344442 MsG0580029328.01.T01:CDS 25.0%
! AATTCTCCTTTCATGATTAT+TGG + Chr5:95344301-95344320 None:intergenic 25.0%
! CTAGAATTATTAACAGGAAA+AGG - Chr5:95344214-95344233 MsG0580029328.01.T01:CDS 25.0%
! TATTGAATTCTTGGAAAATG+AGG - Chr5:95343911-95343930 MsG0580029328.01.T01:intron 25.0%
! TGAAAAAGATGAAAGACTAT+TGG - Chr5:95343813-95343832 MsG0580029328.01.T01:intron 25.0%
!! AGGAGAATTGATGAAATTTT+TGG - Chr5:95344312-95344331 MsG0580029328.01.T01:intron 25.0%
!!! GATGAAAGTTTTTCAATAGA+AGG - Chr5:95343711-95343730 MsG0580029328.01.T01:CDS 25.0%
AAATGAGGCAACAATCAAAA+GGG - Chr5:95343672-95343691 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
AAGCATTTGGTTAGATTAGT+CGG - Chr5:95343781-95343800 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
AATAGTGATGTTTATGGTCT+TGG - Chr5:95344181-95344200 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
AATGAGGATCAAAATTGTGT+TGG - Chr5:95343927-95343946 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
ACATTAAATCCGGTAACATT+TGG + Chr5:95344151-95344170 None:intergenic 30.0%
ATAGTGATGTTTATGGTCTT+GGG - Chr5:95344182-95344201 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAGAATGATGAAAATGG+AGG - Chr5:95344244-95344263 MsG0580029328.01.T01:intron 30.0%
CATTAAATCCGGTAACATTT+GGG + Chr5:95344150-95344169 None:intergenic 30.0%
CGCTGTTAATACATTAAATC+CGG + Chr5:95344161-95344180 None:intergenic 30.0%
CGGATTATCAATTATGAGTT+CGG - Chr5:95344068-95344087 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
GAAAAGATAGGCAAACAATA+AGG - Chr5:95344422-95344441 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
GCATGATAAAAAGGCTAATT+CGG + Chr5:95343752-95343771 None:intergenic 30.0%
TAAATGAGGCAACAATCAAA+AGG - Chr5:95343671-95343690 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
TTCAATGTATGATCATTTGC+AGG - Chr5:95343858-95343877 MsG0580029328.01.T01:intron 30.0%
!! GTTGTTTTCAAAGGTAAATG+AGG - Chr5:95343657-95343676 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGTTATGGTGTTGTTTTCAA+AGG - Chr5:95343648-95343667 MsG0580029328.01.T01:CDS 30.0%
AATGAGGCAACAATCAAAAG+GGG - Chr5:95343673-95343692 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
ACAGCGAATAGTGATGTTTA+TGG - Chr5:95344175-95344194 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
ACATTCTCATTGACGTGAAT+TGG - Chr5:95344025-95344044 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
ATGTCTCGATGAATTATCGA+TGG + Chr5:95343994-95344013 None:intergenic 35.0%
CTCAAGTGAGAAATTGTTTG+TGG + Chr5:95343610-95343629 None:intergenic 35.0%
GATGAATAAAACAGAAGCTG+TGG - Chr5:95344357-95344376 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
GTGATGTAGGCATGATAAAA+AGG + Chr5:95343761-95343780 None:intergenic 35.0%
GTGTATGAGTTCATGAAGAA+TGG - Chr5:95343835-95343854 MsG0580029328.01.T01:intron 35.0%
TAACCAAATGCTTGTGATGT+AGG + Chr5:95343774-95343793 None:intergenic 35.0%
TGAGTATCTCCATAATCACA+CGG - Chr5:95343966-95343985 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
TGCATTTGGAAGGAAAAGAT+AGG - Chr5:95344410-95344429 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
TTCTCACTTGAGAACAAGAT+TGG - Chr5:95343618-95343637 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
! TAGTGATGTTTATGGTCTTG+GGG - Chr5:95344183-95344202 MsG0580029328.01.T01:CDS 35.0%
!! GCTTCTGTTTTATTCATCTC+TGG + Chr5:95344355-95344374 None:intergenic 35.0%
!! TCTGTTTTATTCATCTCTGG+TGG + Chr5:95344352-95344371 None:intergenic 35.0%
ACATCGATCCCAAATGTTAC+CGG - Chr5:95344139-95344158 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
ATGCATTGTGTGCATTTGGA+AGG - Chr5:95344400-95344419 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
ATGCCTACATCACAAGCATT+TGG - Chr5:95343768-95343787 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
CGTCAACAAAACATCCAGAT+AGG - Chr5:95343550-95343569 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
GCAAACAATAAGGGATACTG+TGG - Chr5:95344432-95344451 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
GCAGTGCCAATAATCATGAA+AGG - Chr5:95344292-95344311 MsG0580029328.01.T01:intron 40.0%
TCTCATTGACGTGAATTGGA+TGG - Chr5:95344029-95344048 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
TGCAATGCATTGTGTGCATT+TGG - Chr5:95344396-95344415 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
! ATGGCTAGAGTGTCTGATAT+CGG - Chr5:95344048-95344067 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
!! AAGATTGGTGCTGGAAGTTA+TGG - Chr5:95343633-95343652 MsG0580029328.01.T01:CDS 40.0%
AAATTGTGTTGGATCCTCCG+CGG - Chr5:95343938-95343957 MsG0580029328.01.T01:CDS 45.0%
CTTGAGAACAAGATTGGTGC+TGG - Chr5:95343624-95343643 MsG0580029328.01.T01:CDS 45.0%
GTGAACTCTTCTGACCTATC+TGG + Chr5:95343567-95343586 None:intergenic 45.0%
GTTTGTGGCAGCATTTAGCT+CGG + Chr5:95343595-95343614 None:intergenic 45.0%
TCGATGGAACCGTGTGATTA+TGG + Chr5:95343978-95343997 None:intergenic 45.0%
! AAGGGATACTGTGGCTAGTT+TGG - Chr5:95344441-95344460 MsG0580029328.01.T01:CDS 45.0%
AATTGTGTTGGATCCTCCGC+GGG - Chr5:95343939-95343958 MsG0580029328.01.T01:CDS 50.0%
TACAAACCGACGTAAGCAGC+AGG - Chr5:95344105-95344124 MsG0580029328.01.T01:CDS 50.0%
TGGAGATACTCAATTCCCCG+CGG + Chr5:95343958-95343977 None:intergenic 50.0%
! ACTGTTCCTGCTGCTTACGT+CGG + Chr5:95344114-95344133 None:intergenic 50.0%
AGATACTCAATTCCCCGCGG+AGG + Chr5:95343955-95343974 None:intergenic 55.0%
ATTGTGTTGGATCCTCCGCG+GGG - Chr5:95343940-95343959 MsG0580029328.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 95343525 95344483 95343525 ID=MsG0580029328.01;Name=MsG0580029328.01
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Chr5 CDS 95343525 95343829 95343525 ID=MsG0580029328.01.T01:cds;Parent=MsG0580029328.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580029328.01.T01

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Protein sequence

>MsG0580029328.01.T01

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