AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034177.01

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MsG0680034177.01.T01 AT2G19230 47.287 129 68 0 2 130 671 799 6.35e-33 122
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MsG0680034177.01.T01 AT5G49760 60.000 100 40 0 2 101 734 833 6.91e-33 121
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MsG0680034177.01.T01 AT3G46410 46.457 127 63 2 4 130 93 214 7.79e-33 117
MsG0680034177.01.T01 AT3G46400 45.669 127 67 1 4 130 682 806 7.79e-33 121
MsG0680034177.01.T01 AT1G56120 49.231 130 61 2 2 129 795 921 8.12e-33 121
MsG0680034177.01.T01 AT1G51790 45.238 126 67 1 5 130 734 857 8.97e-33 121
MsG0680034177.01.T01 AT5G49770 61.000 100 39 0 2 101 737 836 8.98e-33 121
MsG0680034177.01.T01 AT1G51790 45.238 126 67 1 5 130 682 805 1.04e-32 121
MsG0680034177.01.T01 AT1G51790 45.238 126 67 1 5 130 682 805 1.04e-32 121
MsG0680034177.01.T01 AT2G37050 48.438 128 64 2 4 130 710 836 1.16e-32 121
MsG0680034177.01.T01 AT2G37050 48.438 128 64 2 4 130 711 837 1.16e-32 121
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MsG0680034177.01.T01 AT1G09440 45.312 128 65 2 5 130 265 389 3.42e-32 118
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MsG0680034177.01.T01 AT1G68690 48.485 132 61 4 4 130 481 610 6.68e-32 119
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MsG0680034177.01.T01 AT1G56720 44.697 132 68 2 1 130 283 411 3.65e-31 115
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MsG0680034177.01.T01 AT1G06840 52.991 117 49 2 2 112 728 844 1.13e-30 115
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MsG0680034177.01.T01 AT1G51910 44.961 129 66 2 2 130 677 800 1.52e-30 115
MsG0680034177.01.T01 AT5G35960 42.636 129 70 1 2 130 236 360 1.52e-30 113
MsG0680034177.01.T01 AT5G56790 46.875 128 66 2 4 130 495 621 1.57e-30 115
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MsG0680034177.01.T01 AT3G17410 49.107 112 57 0 4 115 180 291 1.79e-30 112
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MsG0680034177.01.T01 AT1G31420 50.862 116 52 2 1 114 407 519 1.84e-30 114
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MsG0680034177.01.T01 AT5G01950 56.731 104 40 1 2 100 729 832 1.89e-30 114
MsG0680034177.01.T01 AT5G01950 56.731 104 40 1 2 100 729 832 1.89e-30 114
MsG0680034177.01.T01 AT5G01950 56.731 104 40 1 2 100 729 832 1.89e-30 114
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MsG0680034177.01.T01 AT4G11470 48.936 94 48 0 4 97 450 543 3.51e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G70740 42.336 137 66 3 5 129 157 292 3.57e-26 101
MsG0680034177.01.T01 AT4G04490 41.732 127 70 2 5 131 447 569 3.62e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT4G23270 40.458 131 69 2 5 130 433 559 3.74e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT4G23270 40.458 131 69 2 5 130 433 559 3.74e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT4G11480 49.462 93 47 0 5 97 436 528 3.76e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G70130 42.188 128 69 2 4 129 440 564 4.48e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G61550 44.167 120 65 1 5 122 596 715 4.69e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G16260 42.400 125 71 1 5 129 488 611 4.75e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G72300 41.085 129 75 1 1 129 907 1034 5.05e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT5G42440 42.188 128 70 4 4 129 188 313 5.09e-26 100
MsG0680034177.01.T01 AT1G09970 50.000 106 42 3 2 101 784 884 5.36e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G16260 42.400 125 71 1 5 129 497 620 5.45e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G16260 42.400 125 71 1 5 129 497 620 5.45e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G55610 38.583 127 78 0 4 130 968 1094 5.59e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT1G55610 38.583 127 78 0 4 130 968 1094 5.59e-26 102
MsG0680034177.01.T01 AT2G18890 46.237 93 50 0 5 97 177 269 6.27e-26 99.0
MsG0680034177.01.T01 AT5G10520 38.760 129 76 1 2 130 257 382 6.48e-26 101
MsG0680034177.01.T01 AT1G70520 41.270 126 73 1 5 130 432 556 6.52e-26 101
MsG0680034177.01.T01 AT5G63940 40.476 126 75 0 5 130 469 594 6.60e-26 101
MsG0680034177.01.T01 AT4G22130 42.308 130 73 2 2 130 361 489 6.63e-26 101

Find 31 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 31 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AACAGATGAATTTGGCATTA+TGG 0.194012 6:+82631579 MsG0680034177.01.T01:CDS
GTGCCAAAAGTAGCTGATTT+TGG 0.218942 6:+82631365 MsG0680034177.01.T01:CDS
GGCATTAAGCTGCCATAAAA+AGG 0.218944 6:+82631601 MsG0680034177.01.T01:CDS
GTTCACTATGCCAGTCAAAA+TGG 0.262347 6:-82631647 None:intergenic
TCCAACGCAACAGATGAATT+TGG 0.272484 6:+82631571 MsG0680034177.01.T01:CDS
AACTTAGTCCTAAAATATTC+TGG 0.311222 6:-82631464 None:intergenic
ACAGATGAATTTGGCATTAT+GGG 0.330736 6:+82631580 MsG0680034177.01.T01:CDS
ATGCCAAAATCAGCTACTTT+TGG 0.358494 6:-82631368 None:intergenic
CAACGCCTTGTGATATGCTT+AGG 0.384256 6:+82631246 None:intergenic
AAATCAGATGTTTACTCGTT+CGG 0.397060 6:+82631497 MsG0680034177.01.T01:CDS
AATTCATCTGTTGCGTTGGA+AGG 0.449460 6:-82631568 None:intergenic
GCCAAATTCATCTGTTGCGT+TGG 0.469270 6:-82631572 None:intergenic
ACCAATGTAAAGGGTAGCTT+CGG 0.483332 6:+82631431 MsG0680034177.01.T01:CDS
TTCACTATGCCAGTCAAAAT+GGG 0.486852 6:-82631646 None:intergenic
GGGTACTTTCAATGAAATGA+TGG 0.491809 6:+82631622 MsG0680034177.01.T01:CDS
CACGTTACAACCAATGTAAA+GGG 0.495625 6:+82631422 MsG0680034177.01.T01:CDS
CCACGTTACAACCAATGTAA+AGG 0.507542 6:+82631421 MsG0680034177.01.T01:CDS
AACGCCTTGTGATATGCTTA+GGG 0.511623 6:+82631247 None:intergenic
TGATATGCTTAGGGCTGCGA+AGG 0.532252 6:+82631256 None:intergenic
ATTCATCTGTTGCGTTGGAA+GGG 0.551176 6:-82631567 None:intergenic
ACCGAAGCTACCCTTTACAT+TGG 0.562024 6:-82631432 None:intergenic
GAAGACAACAAACATTCTGT+TGG 0.566076 6:+82631331 MsG0680034177.01.T01:CDS
CCTTTACATTGGTTGTAACG+TGG 0.566407 6:-82631421 None:intergenic
GGAAGGGAATCATCGAGAGC+AGG 0.570341 6:-82631551 None:intergenic
GTGTTGCTTGAAGTTATATG+TGG 0.581606 6:+82631524 MsG0680034177.01.T01:CDS
GGACTTCTTTATCTTCACAC+TGG 0.590300 6:+82631278 MsG0680034177.01.T01:CDS
TGTTTGTTGTCTTCACATCA+CGG 0.591800 6:-82631322 None:intergenic
TGTTGCTTGAAGTTATATGT+GGG 0.593560 6:+82631525 MsG0680034177.01.T01:CDS
ACGTGGCTCTTATCAAGAAG+AGG 0.616880 6:-82631404 None:intergenic
AGATGTTTACTCGTTCGGAG+TGG 0.690012 6:+82631502 MsG0680034177.01.T01:CDS
GATATGCTTAGGGCTGCGAA+GGG 0.690114 6:+82631257 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AACTTAGTCCTAAAATATTC+TGG - Chr6:82631467-82631486 None:intergenic 25.0%
!! ATCTTGATCCAGAATATTTT+AGG + Chr6:82631456-82631475 MsG0680034177.01.T01:CDS 25.0%
!!! GATTTTGGCATATCAAAAAA+GGG + Chr6:82631380-82631399 MsG0680034177.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGATTTTGGCATATCAAAAA+AGG + Chr6:82631379-82631398 MsG0680034177.01.T01:CDS 25.0%
AAATCAGATGTTTACTCGTT+CGG + Chr6:82631497-82631516 MsG0680034177.01.T01:CDS 30.0%
AACAGATGAATTTGGCATTA+TGG + Chr6:82631579-82631598 MsG0680034177.01.T01:CDS 30.0%
ACAGATGAATTTGGCATTAT+GGG + Chr6:82631580-82631599 MsG0680034177.01.T01:CDS 30.0%
! TGTTGCTTGAAGTTATATGT+GGG + Chr6:82631525-82631544 MsG0680034177.01.T01:CDS 30.0%
!!! CATTGAAAGTACCCTTTTTA+TGG - Chr6:82631616-82631635 None:intergenic 30.0%
CACGTTACAACCAATGTAAA+GGG + Chr6:82631422-82631441 MsG0680034177.01.T01:CDS 35.0%
GAAGACAACAAACATTCTGT+TGG + Chr6:82631331-82631350 MsG0680034177.01.T01:CDS 35.0%
GCATTAAGCTGCCATAAAAA+GGG + Chr6:82631602-82631621 MsG0680034177.01.T01:CDS 35.0%
GGGTACTTTCAATGAAATGA+TGG + Chr6:82631622-82631641 MsG0680034177.01.T01:CDS 35.0%
!! ATGCCAAAATCAGCTACTTT+TGG - Chr6:82631371-82631390 None:intergenic 35.0%
!! GTGTTGCTTGAAGTTATATG+TGG + Chr6:82631524-82631543 MsG0680034177.01.T01:CDS 35.0%
!! TGTTTGTTGTCTTCACATCA+CGG - Chr6:82631325-82631344 None:intergenic 35.0%
AATTCATCTGTTGCGTTGGA+AGG - Chr6:82631571-82631590 None:intergenic 40.0%
ACCAATGTAAAGGGTAGCTT+CGG + Chr6:82631431-82631450 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
ATTCATCTGTTGCGTTGGAA+GGG - Chr6:82631570-82631589 None:intergenic 40.0%
CCACGTTACAACCAATGTAA+AGG + Chr6:82631421-82631440 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
GGACTTCTTTATCTTCACAC+TGG + Chr6:82631278-82631297 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
GGCATTAAGCTGCCATAAAA+AGG + Chr6:82631601-82631620 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
TCCAACGCAACAGATGAATT+TGG + Chr6:82631571-82631590 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
! CCTTTACATTGGTTGTAACG+TGG - Chr6:82631424-82631443 None:intergenic 40.0%
!! GTGCCAAAAGTAGCTGATTT+TGG + Chr6:82631365-82631384 MsG0680034177.01.T01:CDS 40.0%
!!! AATCAGCTACTTTTGGCACA+AGG - Chr6:82631364-82631383 None:intergenic 40.0%
ACCGAAGCTACCCTTTACAT+TGG - Chr6:82631435-82631454 None:intergenic 45.0%
ACGTGGCTCTTATCAAGAAG+AGG - Chr6:82631407-82631426 None:intergenic 45.0%
AGATGTTTACTCGTTCGGAG+TGG + Chr6:82631502-82631521 MsG0680034177.01.T01:CDS 45.0%
GCCAAATTCATCTGTTGCGT+TGG - Chr6:82631575-82631594 None:intergenic 45.0%
GGAAGGGAATCATCGAGAGC+AGG - Chr6:82631554-82631573 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 82631260 82631655 82631260 ID=MsG0680034177.01;Name=MsG0680034177.01
Chr6 mRNA 82631260 82631655 82631260 ID=MsG0680034177.01.T01;Parent=MsG0680034177.01;Name=MsG0680034177.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|131
Chr6 exon 82631260 82631655 82631260 ID=MsG0680034177.01.T01:exon:8069;Parent=MsG0680034177.01.T01
Chr6 CDS 82631260 82631655 82631260 ID=MsG0680034177.01.T01:cds;Parent=MsG0680034177.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680034177.01.T01

ATGCTTAGGGCTGCGAAGGGACTTCTTTATCTTCACACTGGAGCTAAACAAAGCATAATTCACCGTGATGTGAAGACAACAAACATTCTGTTGGATGACAACCTTGTGCCAAAAGTAGCTGATTTTGGCATATCAAAAAAGGGTCCTCTTCTTGATAAGAGCCACGTTACAACCAATGTAAAGGGTAGCTTCGGTTATCTTGATCCAGAATATTTTAGGACTAAGTTTCTTACTAAGAAATCAGATGTTTACTCGTTCGGAGTGGTGTTGCTTGAAGTTATATGTGGGAAGCCTGCTCTCGATGATTCCCTTCCAACGCAACAGATGAATTTGGCATTATGGGCATTAAGCTGCCATAAAAAGGGTACTTTCAATGAAATGATGGACCCATTTTGA
Protein sequence

>MsG0680034177.01.T01

MLRAAKGLLYLHTGAKQSIIHRDVKTTNILLDDNLVPKVADFGISKKGPLLDKSHVTTNVKGSFGYLDPEYFRTKFLTKKSDVYSFGVVLLEVICGKPALDDSLPTQQMNLALWALSCHKKGTFNEMMDPF*