AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035436.01

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MsG0680035436.01.T01 AT1G53440 32.903 310 175 9 50 351 655 939 5.04e-36 139
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MsG0680035436.01.T01 AT2G30730 30.032 313 201 6 45 353 30 328 8.55e-36 133
MsG0680035436.01.T01 AT1G21230 31.322 348 188 11 17 354 376 682 9.29e-36 138
MsG0680035436.01.T01 AT2G37050 31.054 351 212 10 1 346 548 873 9.90e-36 139
MsG0680035436.01.T01 AT1G06700 29.674 337 216 7 21 353 30 349 1.02e-35 134
MsG0680035436.01.T01 AT1G06700 29.674 337 216 7 21 353 30 349 1.02e-35 134
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MsG0680035436.01.T01 AT1G66150 31.956 363 199 13 7 353 538 868 1.18e-32 129
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MsG0680035436.01.T01 AT1G51805 29.508 366 219 11 4 362 525 858 1.73e-32 129
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MsG0680035436.01.T01 AT3G14350 29.801 302 189 9 47 345 367 648 3.73e-30 122
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MsG0680035436.01.T01 AT2G19190 29.508 305 193 7 55 353 557 845 5.27e-30 122
MsG0680035436.01.T01 AT3G18810 31.210 314 178 9 49 351 324 610 5.46e-30 121
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MsG0680035436.01.T01 AT2G01820 30.725 345 190 11 30 353 550 866 7.02e-30 121
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MsG0680035436.01.T01 AT4G03390 27.500 320 206 7 37 350 460 759 7.86e-30 121
MsG0680035436.01.T01 AT1G06840 31.707 328 179 11 37 351 600 895 8.59e-30 121
MsG0680035436.01.T01 AT3G17410 28.446 341 220 8 17 353 28 348 8.89e-30 117
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MsG0680035436.01.T01 AT1G77280 28.649 370 208 14 12 360 350 684 7.14e-27 112
MsG0680035436.01.T01 AT5G66790 28.902 346 209 10 23 354 272 594 7.49e-27 112
MsG0680035436.01.T01 AT3G46370 29.811 265 157 7 105 360 522 766 8.01e-27 112
MsG0680035436.01.T01 AT3G46370 29.811 265 157 7 105 360 522 766 8.01e-27 112
MsG0680035436.01.T01 AT1G52540 28.247 308 193 7 48 350 23 307 8.22e-27 109
MsG0680035436.01.T01 AT3G21630 31.546 317 177 11 50 356 310 596 9.28e-27 112
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MsG0680035436.01.T01 AT1G51860 29.600 250 157 5 105 350 474 708 1.13e-26 112
MsG0680035436.01.T01 AT1G51860 29.600 250 157 5 105 350 618 852 1.28e-26 112
MsG0680035436.01.T01 AT2G14510 28.662 314 180 10 50 352 553 833 1.29e-26 112
MsG0680035436.01.T01 AT5G42440 27.976 336 214 9 24 353 42 355 1.36e-26 108
MsG0680035436.01.T01 AT1G61480 34.221 263 142 8 23 277 456 695 1.50e-26 111
MsG0680035436.01.T01 AT1G51800 28.906 256 155 6 105 352 620 856 1.57e-26 111
MsG0680035436.01.T01 AT2G14510 28.662 314 180 10 50 352 561 841 1.59e-26 111
MsG0680035436.01.T01 AT4G23130 30.657 274 153 7 91 350 362 612 1.87e-26 111
MsG0680035436.01.T01 AT4G23130 30.657 274 153 7 91 350 366 616 1.92e-26 111
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT2G28250 27.385 325 188 8 50 353 198 495 1.92e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT1G51890 28.754 313 185 10 48 352 286 568 2.13e-26 110
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MsG0680035436.01.T01 AT3G05140 28.247 308 185 10 47 347 128 406 2.43e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT5G58940 29.968 317 184 11 46 350 131 421 2.44e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT5G58940 29.968 317 184 11 46 350 131 421 2.44e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT5G58940 29.968 317 184 11 46 350 131 421 2.44e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT5G58940 29.968 317 184 11 46 350 131 421 2.44e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT1G60800 25.723 311 204 5 47 351 219 508 2.84e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT5G03140 33.871 248 121 8 50 288 362 575 3.09e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT1G51890 28.754 313 185 10 48 352 558 840 3.17e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT3G05140 28.247 308 185 10 47 347 176 454 3.26e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT1G66460 30.769 312 190 10 50 351 144 439 3.47e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT1G51890 28.754 313 185 10 48 352 494 776 3.97e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT5G63940 29.667 300 186 7 48 343 348 626 4.50e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT3G45390 29.755 326 186 12 41 361 331 618 4.58e-26 110
MsG0680035436.01.T01 AT1G33260 26.901 342 197 10 37 352 20 334 4.90e-26 107
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MsG0680035436.01.T01 AT1G56145 29.560 318 191 10 50 347 675 979 5.67e-26 110
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MsG0680035436.01.T01 AT4G33430 28.115 313 195 7 47 351 274 564 7.13e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT1G56145 29.605 304 182 8 50 347 572 849 7.96e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT3G20200 29.167 336 176 13 42 359 433 724 7.97e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT3G20200 29.167 336 176 13 42 359 433 724 8.07e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT3G20200 29.167 336 176 13 42 359 433 724 8.07e-26 109
MsG0680035436.01.T01 AT2G30940 28.013 307 179 9 49 351 153 421 8.52e-26 108
MsG0680035436.01.T01 AT4G21400 33.588 262 144 9 38 277 198 451 8.59e-26 108

Find 76 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 118 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATGCAAAACTATCTGTTAT+TGG 0.189087 6:+105655671 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATTATCGATTCGCGTATAAA+AGG 0.242308 6:+105656123 MsG0680035436.01.T01:CDS
CAATGAGCTGGTGTATTCTT+TGG 0.262797 6:+105656230 MsG0680035436.01.T01:CDS
CCAATCAATTTCACAATATT+AGG 0.269823 6:-105655208 None:intergenic
GTTCTCTTGGAAATCATGTT+AGG 0.281781 6:+105656006 MsG0680035436.01.T01:CDS
CATATGAGCTCCTAACTTCT+AGG 0.283709 6:+105654788 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATGCAAAACTATCTGTTATT+GGG 0.334134 6:+105655672 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATATTTGGCCAGGGGAAGTT+TGG 0.339569 6:+105655270 MsG0680035436.01.T01:CDS
CCTAATATTGTGAAATTGAT+TGG 0.342811 6:+105655208 MsG0680035436.01.T01:CDS
AGAAGCGTTGTTTAGTTTAT+CGG 0.355769 6:+105656061 MsG0680035436.01.T01:CDS
AACCTGCATATGATGAAAAT+AGG 0.362632 6:+105656031 MsG0680035436.01.T01:CDS
ACTAAACAACGCTTCTCTAT+AGG 0.371758 6:-105656054 None:intergenic
TTTGAATGGTTTAAGAAGTA+AGG 0.376811 6:+105654750 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATTGATTGGCTACTGCTTAG+AGG 0.384427 6:+105655222 MsG0680035436.01.T01:CDS
AGGACTGAGGATGAGTTTAT+CGG 0.386699 6:+105654808 MsG0680035436.01.T01:CDS
CAATCCACCAATCGTGTCAT+TGG 0.391570 6:-105656268 None:intergenic
CATCCTCAGTCCTAGAAGTT+AGG 0.396682 6:-105654798 None:intergenic
GACAAAAGATGAACAAGATA+TGG 0.397381 6:+105655697 MsG0680035436.01.T01:CDS
TACACCAGCTCATTGATGTT+TGG 0.417412 6:-105656222 None:intergenic
GAAGCGTTGTTTAGTTTATC+GGG 0.423972 6:+105656062 MsG0680035436.01.T01:CDS
CACTAAACCAGGTATTGGTT+TGG 0.426144 6:+105654948 MsG0680035436.01.T01:CDS
CAGCAAAGGTTGTGTAACTA+AGG 0.428345 6:+105654897 MsG0680035436.01.T01:CDS
TTCTCTTGGAAATCATGTTA+GGG 0.438431 6:+105656007 MsG0680035436.01.T01:CDS
TGAAGGTCGCAAAACTAAAA+CGG 0.446813 6:+105655960 MsG0680035436.01.T01:intron
ACGGGTGATGTATATAGCTT+TGG 0.446964 6:+105655979 MsG0680035436.01.T01:CDS
CAAACCAATACCTGGTTTAG+TGG 0.447163 6:-105654947 None:intergenic
TAGCTTTGGAGTTGTTCTCT+TGG 0.447618 6:+105655993 MsG0680035436.01.T01:CDS
AAACTTCGCTTACGATTGTC+TGG 0.448600 6:+105654873 MsG0680035436.01.T01:CDS
TTGCTTCACGCAATGAGTAT+TGG 0.463142 6:-105656146 None:intergenic
TATCTGAAGTTCTGAATATG+AGG 0.478196 6:+105656199 MsG0680035436.01.T01:CDS
GAAGGTCGCAAAACTAAAAC+GGG 0.487791 6:+105655961 MsG0680035436.01.T01:intron
GTGTGTTTATTTGTGAGGAA+TGG 0.510531 6:-105656090 None:intergenic
TGGTATATGAATATTTGGCC+AGG 0.513230 6:+105655260 MsG0680035436.01.T01:CDS
AAACCAATACCTGGTTTAGT+GGG 0.521113 6:-105654946 None:intergenic
GACTTCATTACTGTGAAGAA+AGG 0.521236 6:-105655498 None:intergenic
TAGGATGTTGCAGCTGCCAT+AGG 0.526522 6:-105655189 None:intergenic
CAGATAGACATCGATTTACA+AGG 0.528875 6:-105656182 None:intergenic
AGCAAAGGTTGTGTAACTAA+GGG 0.538407 6:+105654898 MsG0680035436.01.T01:CDS
CAACTAGAGATTAATCAGCT+TGG 0.542665 6:-105656291 None:intergenic
GATTCCAATGACACGATTGG+TGG 0.544225 6:+105656264 MsG0680035436.01.T01:CDS
TACGATTGTCTGGTCAGCAA+AGG 0.549760 6:+105654883 MsG0680035436.01.T01:CDS
GATAGCTCTTGATGTTGCAA+AGG 0.555382 6:+105655469 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATAGCTCTTGATGTTGCAAA+GGG 0.558553 6:+105655470 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATGATTGTCCAAACTTCCCC+TGG 0.560513 6:-105655278 None:intergenic
ACAGGTTTGAATTCGAAGGT+TGG 0.562115 6:+105654721 MsG0680035436.01.T01:CDS
AAAGATTCCAATGACACGAT+TGG 0.563313 6:+105656261 MsG0680035436.01.T01:CDS
TCGGACAGGTTTGAATTCGA+AGG 0.563534 6:+105654717 MsG0680035436.01.T01:CDS
GGTATATGAATATTTGGCCA+GGG 0.564675 6:+105655261 MsG0680035436.01.T01:CDS
AGGAGCTCATATGAAGAGGA+GGG 0.567962 6:-105654778 None:intergenic
AATGAAGTCGAAGTCATACA+TGG 0.575416 6:+105655512 MsG0680035436.01.T01:CDS
TAGGAGCTCATATGAAGAGG+AGG 0.576093 6:-105654779 None:intergenic
GTTTGGCAATTGCTGTGAAG+TGG 0.576402 6:+105654965 MsG0680035436.01.T01:CDS
AGATATGGAACATCGAGTAA+TGG 0.579857 6:+105655712 MsG0680035436.01.T01:CDS
GAGGCCAAACATCAATGAGC+TGG 0.580562 6:+105656218 MsG0680035436.01.T01:CDS
GGTTTGAATTCGAAGGTTGG+TGG 0.590705 6:+105654724 MsG0680035436.01.T01:CDS
GCAATTGCCAAACCAATACC+TGG 0.592597 6:-105654955 None:intergenic
ACAGCTACGGAAAGAGTGAA+TGG 0.597823 6:+105655004 MsG0680035436.01.T01:CDS
AGTTAGGAGCTCATATGAAG+AGG 0.597934 6:-105654782 None:intergenic
CTACGGAAAGAGTGAATGGT+TGG 0.599746 6:+105655008 MsG0680035436.01.T01:CDS
ACTGCTTAGAGGATGTCCAC+TGG 0.602257 6:+105655233 MsG0680035436.01.T01:CDS
GGAGCTCATATGAAGAGGAG+GGG 0.602261 6:-105654777 None:intergenic
TTATCGTGTGTTTATTTGTG+AGG 0.602933 6:-105656095 None:intergenic
AACCAATACCTGGTTTAGTG+GGG 0.605490 6:-105654945 None:intergenic
TCTCTTGGAAATCATGTTAG+GGG 0.612141 6:+105656008 MsG0680035436.01.T01:CDS
GAGCTCATATGAAGAGGAGG+GGG 0.612720 6:-105654776 None:intergenic
GCTCCTAACTTCTAGGACTG+AGG 0.628551 6:+105654795 MsG0680035436.01.T01:CDS
GTATATGAATATTTGGCCAG+GGG 0.629349 6:+105655262 MsG0680035436.01.T01:CDS
AAGGTTGTGTAACTAAGGGG+TGG 0.637080 6:+105654902 MsG0680035436.01.T01:CDS
GTAATGGAAGACGACGTGGA+AGG 0.652847 6:+105655728 MsG0680035436.01.T01:CDS
ACCAATACCTGGTTTAGTGG+GGG 0.661242 6:-105654944 None:intergenic
GCAAAGGTTGTGTAACTAAG+GGG 0.667746 6:+105654899 MsG0680035436.01.T01:CDS
ATACCTGTGTGGAAATACTC+AGG 0.680296 6:-105655761 None:intergenic
CCACCTGAGTATTTCCACAC+AGG 0.683416 6:+105655758 MsG0680035436.01.T01:CDS
TCGAGTAATGGAAGACGACG+TGG 0.692401 6:+105655724 MsG0680035436.01.T01:CDS
CCTGTGTGGAAATACTCAGG+TGG 0.720593 6:-105655758 None:intergenic
AAAAGATTGACATACCTGTG+TGG 0.770136 6:-105655772 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TGTAAATTATTTTCTTTGAA+TGG + Chr6:105655639-105655658 MsG0680035436.01.T01:intron 15.0%
!! GGAATTTAATTGATTACTAT+GGG + Chr6:105655614-105655633 MsG0680035436.01.T01:intron 20.0%
!! TTATAAGCTTAATTAGAGAT+GGG + Chr6:105655592-105655611 MsG0680035436.01.T01:intron 20.0%
!! TTTATAAGCTTAATTAGAGA+TGG + Chr6:105655591-105655610 MsG0680035436.01.T01:intron 20.0%
!!! ATAAAATTTTGAAGTTAGCA+AGG + Chr6:105655063-105655082 MsG0680035436.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTTTTGGTATATGAATATT+TGG + Chr6:105655255-105655274 MsG0680035436.01.T01:CDS 20.0%
! AATGCAAAACTATCTGTTAT+TGG + Chr6:105655671-105655690 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAAAAAATCTACAACCTA+TGG + Chr6:105655173-105655192 MsG0680035436.01.T01:intron 25.0%
! ATGCAAAACTATCTGTTATT+GGG + Chr6:105655672-105655691 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
! CCAATCAATTTCACAATATT+AGG - Chr6:105655211-105655230 None:intergenic 25.0%
! CCTAATATTGTGAAATTGAT+TGG + Chr6:105655208-105655227 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
! GGGAATTTAATTGATTACTA+TGG + Chr6:105655613-105655632 MsG0680035436.01.T01:intron 25.0%
! TATAAGCTTAATTAGAGATG+GGG + Chr6:105655593-105655612 MsG0680035436.01.T01:intron 25.0%
! TTTGAATGGTTTAAGAAGTA+AGG + Chr6:105654750-105654769 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
!! AACAAATTTTTGTACAGCTA+CGG + Chr6:105654991-105655010 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTGTGTTTTTATTTTGACT+CGG + Chr6:105654698-105654717 MsG0680035436.01.T01:CDS 25.0%
!!! TCTTGTTGCCTTTTTTAATT+CGG - Chr6:105654854-105654873 None:intergenic 25.0%
AACCTGCATATGATGAAAAT+AGG + Chr6:105656031-105656050 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
ATTCATATACCAAAAACCAG+TGG - Chr6:105655252-105655271 None:intergenic 30.0%
CACGTTAACCGAATTAAAAA+AGG + Chr6:105654843-105654862 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
CATTGCTGAATTTATACGTA+GGG - Chr6:105655872-105655891 None:intergenic 30.0%
GACAAAAGATGAACAAGATA+TGG + Chr6:105655697-105655716 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
GCATGATCATATGGTTAAAT+AGG - Chr6:105655821-105655840 None:intergenic 30.0%
TCATTGCTGAATTTATACGT+AGG - Chr6:105655873-105655892 None:intergenic 30.0%
TTATCGTGTGTTTATTTGTG+AGG - Chr6:105656098-105656117 None:intergenic 30.0%
TTCTCTTGGAAATCATGTTA+GGG + Chr6:105656007-105656026 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
!! AGAAGCGTTGTTTAGTTTAT+CGG + Chr6:105656061-105656080 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAGGTAAACTTGTTGATAC+TGG - Chr6:105655803-105655822 None:intergenic 30.0%
!! ATTATCGATTCGCGTATAAA+AGG + Chr6:105656123-105656142 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
!! TATCTGAAGTTCTGAATATG+AGG + Chr6:105656199-105656218 MsG0680035436.01.T01:CDS 30.0%
AAAAAGTTGACAACAGTCGA+AGG - Chr6:105655332-105655351 None:intergenic 35.0%
AAAAGATTGACATACCTGTG+TGG - Chr6:105655775-105655794 None:intergenic 35.0%
AAACCAATACCTGGTTTAGT+GGG - Chr6:105654949-105654968 None:intergenic 35.0%
AAAGATTCCAATGACACGAT+TGG + Chr6:105656261-105656280 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
AATGAAGTCGAAGTCATACA+TGG + Chr6:105655512-105655531 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
AATTTATACGTAGGGATGAC+CGG - Chr6:105655864-105655883 None:intergenic 35.0%
ACCTTCACAAAAACGACAAT+GGG - Chr6:105655947-105655966 None:intergenic 35.0%
ACTAAACAACGCTTCTCTAT+AGG - Chr6:105656057-105656076 None:intergenic 35.0%
AGATATGGAACATCGAGTAA+TGG + Chr6:105655712-105655731 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
AGCAAAGGTTGTGTAACTAA+GGG + Chr6:105654898-105654917 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
ATAGCTCTTGATGTTGCAAA+GGG + Chr6:105655470-105655489 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTTAAACGTGCTTTCCA+AGG - Chr6:105655452-105655471 None:intergenic 35.0%
GACTTCATTACTGTGAAGAA+AGG - Chr6:105655501-105655520 None:intergenic 35.0%
GGTATATGAATATTTGGCCA+GGG + Chr6:105655261-105655280 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
GTATATGAATATTTGGCCAG+GGG + Chr6:105655262-105655281 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
GTGTGTTTATTTGTGAGGAA+TGG - Chr6:105656093-105656112 None:intergenic 35.0%
GTTCTCTTGGAAATCATGTT+AGG + Chr6:105656006-105656025 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
TCTCTTGGAAATCATGTTAG+GGG + Chr6:105656008-105656027 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
TCTTTAAACGTGCTTTCCAA+GGG - Chr6:105655451-105655470 None:intergenic 35.0%
TGAAGGTCGCAAAACTAAAA+CGG + Chr6:105655960-105655979 MsG0680035436.01.T01:intron 35.0%
TGGTATATGAATATTTGGCC+AGG + Chr6:105655260-105655279 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
!! CAGATAGACATCGATTTACA+AGG - Chr6:105656185-105656204 None:intergenic 35.0%
!! GAAGCGTTGTTTAGTTTATC+GGG + Chr6:105656062-105656081 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAGGTTGGTGGTATTTTGAA+TGG + Chr6:105654736-105654755 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTTTTATTTTGACTCGGAC+AGG + Chr6:105654703-105654722 MsG0680035436.01.T01:CDS 35.0%
AAACTTCGCTTACGATTGTC+TGG + Chr6:105654873-105654892 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
AACCAATACCTGGTTTAGTG+GGG - Chr6:105654948-105654967 None:intergenic 40.0%
ACAGGTTTGAATTCGAAGGT+TGG + Chr6:105654721-105654740 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
ACGGGTGATGTATATAGCTT+TGG + Chr6:105655979-105655998 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
AGGACTGAGGATGAGTTTAT+CGG + Chr6:105654808-105654827 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
AGTTAGGAGCTCATATGAAG+AGG - Chr6:105654785-105654804 None:intergenic 40.0%
ATACCTGTGTGGAAATACTC+AGG - Chr6:105655764-105655783 None:intergenic 40.0%
ATGTGCAAGGCATGATCATA+TGG - Chr6:105655830-105655849 None:intergenic 40.0%
CAAACCAATACCTGGTTTAG+TGG - Chr6:105654950-105654969 None:intergenic 40.0%
CAATGAGCTGGTGTATTCTT+TGG + Chr6:105656230-105656249 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
CAGCAAAGGTTGTGTAACTA+AGG + Chr6:105654897-105654916 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
CATATGAGCTCCTAACTTCT+AGG + Chr6:105654788-105654807 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
CCTATTGTTTAAGGATTGCG+CGG + Chr6:105655407-105655426 MsG0680035436.01.T01:intron 40.0%
CGCGCAATCCTTAAACAATA+GGG - Chr6:105655409-105655428 None:intergenic 40.0%
GAAGGTCGCAAAACTAAAAC+GGG + Chr6:105655961-105655980 MsG0680035436.01.T01:intron 40.0%
GACCTTCACAAAAACGACAA+TGG - Chr6:105655948-105655967 None:intergenic 40.0%
GATAGCTCTTGATGTTGCAA+AGG + Chr6:105655469-105655488 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
GCAAAGGTTGTGTAACTAAG+GGG + Chr6:105654899-105654918 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
GCAATCCTTAAACAATAGGG+AGG - Chr6:105655406-105655425 None:intergenic 40.0%
TACACCAGCTCATTGATGTT+TGG - Chr6:105656225-105656244 None:intergenic 40.0%
TTGCTTCACGCAATGAGTAT+TGG - Chr6:105656149-105656168 None:intergenic 40.0%
! ATTGATTGGCTACTGCTTAG+AGG + Chr6:105655222-105655241 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
! GGCCTATTTTCATCATATGC+AGG - Chr6:105656036-105656055 None:intergenic 40.0%
!! CACTAAACCAGGTATTGGTT+TGG + Chr6:105654948-105654967 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
!! TAGCTTTGGAGTTGTTCTCT+TGG + Chr6:105655993-105656012 MsG0680035436.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGCACATAGTTGATGAGAC+CGG + Chr6:105655842-105655861 MsG0680035436.01.T01:intron 40.0%
AAGGTTGTGTAACTAAGGGG+TGG + Chr6:105654902-105654921 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
ACAGCTACGGAAAGAGTGAA+TGG + Chr6:105655004-105655023 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
ACCAATACCTGGTTTAGTGG+GGG - Chr6:105654947-105654966 None:intergenic 45.0%
AGGAGCTCATATGAAGAGGA+GGG - Chr6:105654781-105654800 None:intergenic 45.0%
ATATTTGGCCAGGGGAAGTT+TGG + Chr6:105655270-105655289 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
ATGATTGTCCAAACTTCCCC+TGG - Chr6:105655281-105655300 None:intergenic 45.0%
CAATCCACCAATCGTGTCAT+TGG - Chr6:105656271-105656290 None:intergenic 45.0%
CATCCTCAGTCCTAGAAGTT+AGG - Chr6:105654801-105654820 None:intergenic 45.0%
CCGCGCAATCCTTAAACAAT+AGG - Chr6:105655410-105655429 None:intergenic 45.0%
CTACGGAAAGAGTGAATGGT+TGG + Chr6:105655008-105655027 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
GATTCCAATGACACGATTGG+TGG + Chr6:105656264-105656283 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
GCAATTGCCAAACCAATACC+TGG - Chr6:105654958-105654977 None:intergenic 45.0%
GGTCTCATCAACTATGTGCA+AGG - Chr6:105655843-105655862 None:intergenic 45.0%
GGTTTGAATTCGAAGGTTGG+TGG + Chr6:105654724-105654743 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
GTCGACCTCCCTATTGTTTA+AGG + Chr6:105655398-105655417 MsG0680035436.01.T01:intron 45.0%
GTTTGGCAATTGCTGTGAAG+TGG + Chr6:105654965-105654984 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
TACGATTGTCTGGTCAGCAA+AGG + Chr6:105654883-105654902 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
TAGGAGCTCATATGAAGAGG+AGG - Chr6:105654782-105654801 None:intergenic 45.0%
TCGGACAGGTTTGAATTCGA+AGG + Chr6:105654717-105654736 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGAGGATGTCCACTGGTTTT+TGG + Chr6:105655240-105655259 MsG0680035436.01.T01:CDS 45.0%
!!! GCCCATTGTCGTTTTTGTGA+AGG + Chr6:105655943-105655962 MsG0680035436.01.T01:intron 45.0%
!! ATAATGTAAAATTAATATAT+TGG + Chr6:105655913-105655932 MsG0680035436.01.T01:intron 5.0%
ACATTCACCCCCACTAAACC+AGG + Chr6:105654937-105654956 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
ACCCCCACTAAACCAGGTAT+TGG + Chr6:105654943-105654962 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
ACTGCTTAGAGGATGTCCAC+TGG + Chr6:105655233-105655252 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
CCACCTGAGTATTTCCACAC+AGG + Chr6:105655758-105655777 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
CCTGTGTGGAAATACTCAGG+TGG - Chr6:105655761-105655780 None:intergenic 50.0%
GAGCTCATATGAAGAGGAGG+GGG - Chr6:105654779-105654798 None:intergenic 50.0%
GAGGCCAAACATCAATGAGC+TGG + Chr6:105656218-105656237 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
GGAGCTCATATGAAGAGGAG+GGG - Chr6:105654780-105654799 None:intergenic 50.0%
TAGGATGTTGCAGCTGCCAT+AGG - Chr6:105655192-105655211 None:intergenic 50.0%
! GTAATGGAAGACGACGTGGA+AGG + Chr6:105655728-105655747 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
! TCGAGTAATGGAAGACGACG+TGG + Chr6:105655724-105655743 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
!! GCTCCTAACTTCTAGGACTG+AGG + Chr6:105654795-105654814 MsG0680035436.01.T01:CDS 50.0%
CTCATATGAAGAGGAGGGGG+AGG - Chr6:105654776-105654795 None:intergenic 55.0%
CTAACTCTCCGACGCTCCCT+TGG + Chr6:105655432-105655451 MsG0680035436.01.T01:intron 60.0%
! CGTGCTTTCCAAGGGAGCGT+CGG - Chr6:105655443-105655462 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 105654694 105656299 105654694 ID=MsG0680035436.01;Name=MsG0680035436.01
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Chr6 exon 105654694 105655029 105654694 ID=MsG0680035436.01.T01:exon:11310;Parent=MsG0680035436.01.T01
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Chr6 exon 105655459 105655568 105655459 ID=MsG0680035436.01.T01:exon:11312;Parent=MsG0680035436.01.T01
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Chr6 CDS 105655175 105655376 105655175 ID=MsG0680035436.01.T01:cds;Parent=MsG0680035436.01.T01
Chr6 CDS 105655459 105655568 105655459 ID=MsG0680035436.01.T01:cds;Parent=MsG0680035436.01.T01
Chr6 CDS 105655665 105655779 105655665 ID=MsG0680035436.01.T01:cds;Parent=MsG0680035436.01.T01
Chr6 CDS 105655965 105656299 105655965 ID=MsG0680035436.01.T01:cds;Parent=MsG0680035436.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035436.01.T01

ATGAGTTGTGTTTTTATTTTGACTCGGACAGGTTTGAATTCGAAGGTTGGTGGTATTTTGAATGGTTTAAGAAGTAAGGCCTCCCCCTCCTCTTCATATGAGCTCCTAACTTCTAGGACTGAGGATGAGTTTATCGGTTTAAAATGTTTCACGTTAACCGAATTAAAAAAGGCAACAAGAAACTTCGCTTACGATTGTCTGGTCAGCAAAGGTTGTGTAACTAAGGGGTGGATCGATGAGCACACATTCACCCCCACTAAACCAGGTATTGGTTTGGCAATTGCTGTGAAGTGGAATAACAAATTTTTGTACAGCTACGGAAAGAGTGAATGGTTGAAAAAAATCTACAACCTATGGCAGCTGCAACATCCTAATATTGTGAAATTGATTGGCTACTGCTTAGAGGATGTCCACTGGTTTTTGGTATATGAATATTTGGCCAGGGGAAGTTTGGACAATCATTTGTTTAGAAGTATGTTACTATTTTCATCCTTCGACTGTTGTCAACTTTTTATTTTATTAGTTAATTTCAATACTACACGTTTAAAGATAGCTCTTGATGTTGCAAAGGGTCTTGCCTTTCTTCACAGTAATGAAGTCGAAGTCATACATGGAGACTTGAAAACTTCTAAAATCTTGATTGATTATAATTACAATGCAAAACTATCTGTTATTGGGTTGACAAAAGATGAACAAGATATGGAACATCGAGTAATGGAAGACGACGTGGAAGGTTACAAACCACCTGAGTATTTCCACACAGGTCGCAAAACTAAAACGGGTGATGTATATAGCTTTGGAGTTGTTCTCTTGGAAATCATGTTAGGGGAACCTGCATATGATGAAAATAGGCCTATAGAGAAGCGTTGTTTAGTTTATCGGGTAAAACCATTCCTCACAAATAAACACACGATAACTCAAATTATCGATTCGCGTATAAAAGGCCAATACTCATTGCGTGAAGCAATGAAAGTAGCTGACCTTGTAAATCGATGTCTATCTGAAGTTCTGAATATGAGGCCAAACATCAATGAGCTGGTGTATTCTTTGGAGAAACTTAAAGATTCCAATGACACGATTGGTGGATTGCCAAGCTGA
Protein sequence

>MsG0680035436.01.T01

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