AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035441.01

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MsG0680035441.01.T01 AT1G56145 38.567 293 143 6 24 282 663 952 8.57e-57 197
MsG0680035441.01.T01 AT1G56120 39.661 295 141 6 24 284 520 811 1.43e-56 195
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MsG0680035441.01.T01 AT1G56120 39.661 295 141 6 24 284 668 959 4.52e-56 195
MsG0680035441.01.T01 AT1G56145 35.849 318 144 6 24 282 663 979 3.49e-54 189
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MsG0680035441.01.T01 AT5G24080 38.163 283 141 5 34 284 393 673 4.69e-53 184
MsG0680035441.01.T01 AT4G33430 36.897 290 148 3 30 284 273 562 5.27e-53 182
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MsG0680035441.01.T01 AT4G33430 36.897 290 148 3 30 284 320 609 1.29e-52 182
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MsG0680035441.01.T01 AT1G70530 37.367 281 145 3 34 284 311 590 3.38e-51 178
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MsG0680035441.01.T01 AT5G10290 34.459 296 159 4 30 290 274 569 3.93e-51 177
MsG0680035441.01.T01 AT1G29730 43.805 226 119 3 12 230 604 828 1.76e-50 178
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MsG0680035441.01.T01 AT4G23190 31.629 313 177 4 6 282 232 543 3.89e-49 172
MsG0680035441.01.T01 AT4G23130 34.737 285 151 4 34 284 328 611 8.65e-49 172
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MsG0680035441.01.T01 AT4G23190 31.629 313 177 4 6 282 310 621 1.01e-48 172
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MsG0680035441.01.T01 AT3G26940 32.268 313 174 3 9 283 37 349 2.33e-48 167
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MsG0680035441.01.T01 AT5G63710 35.274 292 149 6 30 284 238 526 2.40e-48 169
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MsG0680035441.01.T01 AT2G02800 35.505 307 150 8 24 285 61 364 5.37e-48 166
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MsG0680035441.01.T01 AT1G07570 34.568 324 159 10 8 282 28 347 1.50e-46 161
MsG0680035441.01.T01 AT5G02800 36.014 286 148 6 32 282 59 344 1.50e-46 160
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MsG0680035441.01.T01 AT4G23200 32.667 300 167 5 25 290 315 613 2.47e-46 165
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MsG0680035441.01.T01 AT1G34210 34.138 290 156 3 30 284 289 578 2.54e-46 165
MsG0680035441.01.T01 AT4G21400 35.192 287 147 4 33 282 336 620 2.62e-46 165
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MsG0680035441.01.T01 AT4G03230 35.439 285 150 4 31 282 575 858 2.88e-46 166
MsG0680035441.01.T01 AT4G03230 35.439 285 150 4 31 282 603 886 3.01e-46 166
MsG0680035441.01.T01 AT4G03230 35.439 285 150 4 31 282 518 801 3.05e-46 166
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MsG0680035441.01.T01 AT4G03230 35.439 285 150 4 31 282 675 958 3.18e-46 166
MsG0680035441.01.T01 AT4G03230 35.439 285 150 4 31 282 510 793 3.18e-46 166
MsG0680035441.01.T01 AT4G11480 32.063 315 179 4 10 290 285 598 3.83e-46 164
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MsG0680035441.01.T01 AT1G56720 33.569 283 156 3 34 284 167 449 6.03e-46 161
MsG0680035441.01.T01 AT1G56720 33.569 283 156 3 34 284 167 449 6.03e-46 161
MsG0680035441.01.T01 AT1G56720 33.569 283 156 3 34 284 167 449 6.03e-46 161
MsG0680035441.01.T01 AT1G26970 35.526 304 146 8 24 282 61 359 6.13e-46 160
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MsG0680035441.01.T01 AT2G28930 34.653 303 153 7 24 282 50 351 6.73e-46 160
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MsG0680035441.01.T01 AT2G39660 34.211 304 155 7 24 283 45 347 3.40e-45 157
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MsG0680035441.01.T01 AT3G55450 31.803 305 162 6 24 283 76 379 3.09e-44 155
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MsG0680035441.01.T01 AT1G55200 34.266 286 153 5 32 284 365 648 3.33e-44 159
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MsG0680035441.01.T01 AT3G13690 34.615 286 152 5 32 284 397 680 4.13e-44 160
MsG0680035441.01.T01 AT3G17420 32.394 284 158 3 34 284 142 424 4.55e-44 156
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MsG0680035441.01.T01 AT2G13800 33.793 290 157 3 30 284 259 548 2.05e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT4G00970 36.170 235 139 3 6 230 302 535 2.13e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT3G28690 31.333 300 159 5 28 283 108 404 2.38e-43 154
MsG0680035441.01.T01 AT4G00340 34.437 302 152 7 24 284 441 737 2.42e-43 158
MsG0680035441.01.T01 AT4G00340 34.437 302 152 7 24 284 462 758 2.44e-43 158
MsG0680035441.01.T01 AT1G74490 33.123 317 160 8 16 284 51 363 2.62e-43 152
MsG0680035441.01.T01 AT4G11900 34.194 310 166 6 10 282 497 805 2.64e-43 158
MsG0680035441.01.T01 AT4G04570 34.296 277 137 5 42 282 344 611 3.25e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT3G59110 34.629 283 153 6 34 284 178 460 3.41e-43 154
MsG0680035441.01.T01 AT2G26290 32.588 313 167 8 13 284 55 364 3.56e-43 153
MsG0680035441.01.T01 AT2G20300 33.217 286 153 5 31 283 334 614 3.67e-43 157
MsG0680035441.01.T01 AT4G21410 33.569 283 149 5 36 281 347 627 3.87e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT4G21380 34.948 289 151 6 30 282 510 797 4.17e-43 157
MsG0680035441.01.T01 AT4G04490 36.431 269 142 5 42 282 336 603 4.63e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT5G18610 35.664 286 149 6 32 282 69 354 4.87e-43 154
MsG0680035441.01.T01 AT5G18610 35.664 286 149 6 32 282 69 354 4.87e-43 154
MsG0680035441.01.T01 AT5G18610 35.664 286 149 6 32 282 69 354 4.87e-43 154
MsG0680035441.01.T01 AT4G11460 31.741 293 164 4 34 290 334 626 5.29e-43 156
MsG0680035441.01.T01 AT1G26150 41.667 204 112 3 32 230 416 617 6.37e-43 155
MsG0680035441.01.T01 AT2G18470 33.566 286 153 5 33 283 271 554 6.43e-43 155
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MsG0680035441.01.T01 AT2G18470 33.566 286 153 5 33 283 271 554 6.43e-43 155
MsG0680035441.01.T01 AT3G16030 32.203 295 164 5 30 289 388 681 6.91e-43 156
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MsG0680035441.01.T01 AT1G68690 33.449 287 152 5 33 283 364 647 9.72e-42 153
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MsG0680035441.01.T01 AT5G49770 35.254 295 147 7 28 283 613 902 1.38e-41 153
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MsG0680035441.01.T01 AT1G61430 31.613 310 158 6 2 276 438 728 6.51e-41 151
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MsG0680035441.01.T01 AT1G01540 39.024 205 118 2 32 230 140 343 7.68e-41 145
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MsG0680035441.01.T01 AT1G24030 38.278 209 116 5 33 230 49 255 9.68e-41 143
MsG0680035441.01.T01 AT2G28960 32.268 313 169 8 8 282 400 707 1.09e-40 150
MsG0680035441.01.T01 AT1G21590 30.872 298 170 4 21 284 344 639 1.09e-40 150
MsG0680035441.01.T01 AT4G38830 33.449 287 150 5 34 282 332 615 1.15e-40 149
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MsG0680035441.01.T01 AT1G06700 37.179 234 133 5 10 230 32 264 1.32e-40 144
MsG0680035441.01.T01 AT4G32000 30.634 284 164 3 31 282 115 397 1.41e-40 145
MsG0680035441.01.T01 AT4G32000 30.634 284 164 3 31 282 114 396 1.45e-40 145
MsG0680035441.01.T01 AT1G21590 30.872 298 170 4 21 284 384 679 1.68e-40 149
MsG0680035441.01.T01 AT1G79620 42.775 173 94 2 28 197 617 787 1.76e-40 150
MsG0680035441.01.T01 AT2G48010 33.537 328 171 9 2 284 231 556 1.80e-40 148
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MsG0680035441.01.T01 AT3G59350 34.528 307 156 8 19 283 101 404 8.11e-40 144
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MsG0680035441.01.T01 AT5G01950 30.584 291 166 6 26 283 606 893 1.87e-39 147
MsG0680035441.01.T01 AT5G01950 30.584 291 166 6 26 283 606 893 1.87e-39 147
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MsG0680035441.01.T01 AT5G54590 32.026 306 167 8 6 284 84 375 1.88e-38 140
MsG0680035441.01.T01 AT3G17410 33.681 288 146 8 37 283 60 343 1.93e-38 139
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MsG0680035441.01.T01 AT2G04300 29.032 310 185 6 10 288 548 853 2.19e-38 144
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MsG0680035441.01.T01 AT4G04540 37.104 221 123 4 42 255 349 560 2.80e-38 142
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MsG0680035441.01.T01 AT1G11330 33.217 286 157 5 30 282 506 790 3.61e-38 143
MsG0680035441.01.T01 AT1G11330 33.217 286 157 5 30 282 508 792 3.87e-38 143
MsG0680035441.01.T01 AT1G61380 32.056 287 161 6 31 284 326 611 4.12e-38 142
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MsG0680035441.01.T01 AT1G61360 32.526 289 159 6 31 284 402 689 4.23e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G61360 32.526 289 159 6 31 284 402 689 4.23e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT5G57670 32.990 291 159 8 29 287 250 536 4.31e-38 141
MsG0680035441.01.T01 AT1G61360 32.526 289 159 6 31 284 483 770 4.98e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT4G21390 36.087 230 137 4 10 230 490 718 6.19e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT3G53810 32.632 285 155 7 34 283 335 617 6.31e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT5G65600 31.849 292 156 6 34 284 338 627 6.50e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G78980 31.818 286 152 5 34 283 392 670 6.57e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT5G07180 32.986 288 162 6 26 284 535 820 7.49e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G61380 32.056 287 161 6 31 284 473 758 7.72e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G51830 29.126 309 182 6 11 288 362 664 8.34e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G51830 29.126 309 182 6 11 288 355 657 8.67e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT5G07180 32.986 288 162 6 26 284 631 916 8.76e-38 142
MsG0680035441.01.T01 AT5G53890 33.569 283 156 3 32 282 740 1022 1.09e-37 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G30570 32.862 283 153 5 34 282 508 787 1.14e-37 142
MsG0680035441.01.T01 AT1G35710 34.409 279 150 7 34 281 839 1115 1.15e-37 142
MsG0680035441.01.T01 AT2G26330 33.101 287 163 6 26 284 628 913 1.19e-37 142
MsG0680035441.01.T01 AT2G28970 29.097 299 177 6 15 282 416 710 1.22e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT2G28590 36.323 223 131 6 17 230 69 289 1.25e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT1G61550 34.708 291 151 8 19 276 467 751 1.32e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT4G02410 31.560 282 157 5 36 283 345 624 1.46e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT5G35960 32.867 286 157 6 26 281 115 395 1.50e-37 137
MsG0680035441.01.T01 AT1G48210 31.788 302 158 9 23 283 48 342 1.50e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT1G48210 31.788 302 158 9 23 283 48 342 1.50e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT1G48210 31.788 302 158 9 23 283 48 342 1.50e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT1G48210 31.788 302 158 9 23 283 48 342 1.50e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT2G39360 32.890 301 165 6 18 282 456 755 1.57e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT2G28970 29.097 299 177 6 15 282 451 745 1.57e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT1G24030 37.438 203 114 5 39 230 1 201 1.91e-37 135
MsG0680035441.01.T01 AT5G16900 31.786 280 157 5 35 283 378 654 1.94e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT4G21400 42.529 174 99 1 33 206 336 508 2.24e-37 139
MsG0680035441.01.T01 AT5G01950 29.966 297 167 7 25 283 605 898 2.25e-37 141
MsG0680035441.01.T01 AT3G46370 30.794 315 171 7 6 282 448 753 2.46e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT3G46370 30.794 315 171 7 6 282 448 753 2.46e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT4G08850 34.173 278 149 7 36 281 765 1040 2.57e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT5G16900 31.786 280 157 5 35 283 564 840 2.60e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT5G16900 31.786 280 157 5 35 283 564 840 2.60e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT5G63940 31.000 300 170 4 21 284 334 632 2.83e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT1G80640 30.357 280 163 4 31 282 134 409 3.19e-37 137
MsG0680035441.01.T01 AT2G25220 28.617 311 185 4 4 282 59 364 4.02e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT2G01950 33.113 302 153 6 30 282 822 1123 4.08e-37 140
MsG0680035441.01.T01 AT5G62710 31.699 306 173 5 10 284 247 547 4.33e-37 139
MsG0680035441.01.T01 AT5G62710 31.699 306 173 5 10 284 281 581 4.39e-37 139
MsG0680035441.01.T01 AT5G47070 32.215 298 152 9 31 283 71 363 5.14e-37 136
MsG0680035441.01.T01 AT3G62220 34.468 235 138 6 9 230 32 263 5.45e-37 135

Find 52 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 97 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCTTGGTTTAATTTCTTATT+TGG 0.125356 6:+105747816 MsG0680035441.01.T01:CDS
CGAAATAAAACATGAAAATT+TGG 0.146861 6:+105748338 MsG0680035441.01.T01:CDS
CATATTGGTAGTGGTAATTT+AGG 0.175027 6:+105748100 MsG0680035441.01.T01:CDS
AAAGCAGATGTTTACAGTTT+TGG 0.216179 6:+105749078 MsG0680035441.01.T01:CDS
CTTCAAGAATTTCAGATTTA+CGG 0.230000 6:-105747863 None:intergenic
TTGGTAGATTTGTCTCTAAA+TGG 0.252571 6:+105749309 MsG0680035441.01.T01:CDS
AGCTTGCTGTGAATATTATT+TGG 0.264287 6:-105748837 None:intergenic
GAAAATTTGGTTGAACTATA+TGG 0.275763 6:+105748351 MsG0680035441.01.T01:CDS
ACGAGAACTTTATAAGAAAA+AGG 0.296243 6:+105749275 MsG0680035441.01.T01:CDS
TTCAGTTCTGCTAATCATAT+TGG 0.326757 6:+105748085 MsG0680035441.01.T01:CDS
CTATAGTGCATTTACCTAGA+AGG 0.335750 6:-105748443 None:intergenic
AGATGAATGTCATGGAATTT+TGG 0.345470 6:+105748383 MsG0680035441.01.T01:CDS
ACACCAATGATTTCAAATTT+CGG 0.349634 6:+105748894 MsG0680035441.01.T01:CDS
AGCCTTGCACAAACCCTTCT+AGG 0.357688 6:+105748429 MsG0680035441.01.T01:CDS
GATGAATAGGGAGTACTAAA+AGG 0.365381 6:+105748231 MsG0680035441.01.T01:intron
AGACCGAAATTTGAAATCAT+TGG 0.379268 6:-105748897 None:intergenic
AAAGTAATATCTACTTTGAT+TGG 0.381115 6:+105748748 MsG0680035441.01.T01:CDS
GGTCTTGCAAAACTTATTCC+AGG 0.389804 6:+105748915 MsG0680035441.01.T01:CDS
TAATTTAGGTTCTGTCTATA+AGG 0.400029 6:+105748114 MsG0680035441.01.T01:CDS
ATTGCCCTTCTTTGTACTGA+TGG 0.411376 6:+105749369 MsG0680035441.01.T01:CDS
CGTAAATCTGAAATTCTTGA+AGG 0.424093 6:+105747864 MsG0680035441.01.T01:CDS
TGGTAGATTTGTCTCTAAAT+GGG 0.434196 6:+105749310 MsG0680035441.01.T01:CDS
ATGTAATGAGTGAGGTCTCC+TGG 0.447817 6:-105748933 None:intergenic
GACATGGTTGGCCTGCTCTC+AGG 0.448396 6:-105749396 None:intergenic
AATTTGAAATCATTGGTGTA+AGG 0.462408 6:-105748890 None:intergenic
CTCATCATACTGTCATGTCT+TGG 0.463009 6:+105747799 None:intergenic
CTTTCAGTTGCAACAAGAGA+GGG 0.463674 6:+105748279 MsG0680035441.01.T01:CDS
TCTTTCTTGCTCATGAAGAA+AGG 0.464146 6:-105748814 None:intergenic
ACACGATGTAGGATATGTAT+TGG 0.482662 6:+105748774 MsG0680035441.01.T01:CDS
TGCAACAAGAGAGGGGTTGA+AGG 0.492881 6:+105748287 MsG0680035441.01.T01:CDS
TATAGTGCATTTACCTAGAA+GGG 0.493152 6:-105748442 None:intergenic
GATTTCCATCAGTACAAAGA+AGG 0.516952 6:-105749374 None:intergenic
GCACCAGAGTATGTGACAAT+GGG 0.524806 6:+105749042 MsG0680035441.01.T01:CDS
GAGACCTCACTCATTACATC+AGG 0.543702 6:+105748937 MsG0680035441.01.T01:CDS
TTGATTGGCGAACACGATGT+AGG 0.549114 6:+105748763 MsG0680035441.01.T01:CDS
TACCTAGAAGGGTTTGTGCA+AGG 0.551451 6:-105748431 None:intergenic
TCTGCTAATCATATTGGTAG+TGG 0.554660 6:+105748091 MsG0680035441.01.T01:CDS
CTGATGGAAATCCTGAGAGC+AGG 0.563401 6:+105749385 MsG0680035441.01.T01:CDS
TGTCCCATTGTCACATACTC+TGG 0.564169 6:-105749045 None:intergenic
GTCAAAATTGATGTCAACAA+AGG 0.574277 6:+105749426 MsG0680035441.01.T01:CDS
TGCACCAGAGTATGTGACAA+TGG 0.578364 6:+105749041 MsG0680035441.01.T01:CDS
TTGACCACAGAAGACATGGT+TGG 0.587297 6:-105749408 None:intergenic
TCTTTCAGTTGCAACAAGAG+AGG 0.588055 6:+105748278 MsG0680035441.01.T01:CDS
TTCGAAAATCGCATTAACAT+CGG 0.592697 6:-105748319 None:intergenic
AATAGGGAGTACTAAAAGGT+GGG 0.597642 6:+105748235 MsG0680035441.01.T01:intron
ATTTCCATCAGTACAAAGAA+GGG 0.600969 6:-105749373 None:intergenic
GAATAGGGAGTACTAAAAGG+TGG 0.601929 6:+105748234 MsG0680035441.01.T01:intron
CAGGCCAACCATGTCTTCTG+TGG 0.636858 6:+105749404 MsG0680035441.01.T01:CDS
TTTCAGTTGCAACAAGAGAG+GGG 0.643953 6:+105748280 MsG0680035441.01.T01:CDS
TACTGTGTAGATGAATGTCA+TGG 0.647722 6:+105748375 MsG0680035441.01.T01:CDS
CATACCTGATGTAATGAGTG+AGG 0.676979 6:-105748941 None:intergenic
ATATGTATTGGAGTTGCACG+CGG 0.684043 6:+105748786 MsG0680035441.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAACAAATTAAATGATATT+TGG - Chr6:105748147-105748166 None:intergenic 10.0%
!! AAGTACTATATAATAATATT+AGG + Chr6:105748617-105748636 MsG0680035441.01.T01:intron 10.0%
!! ATTAGTAATAAAATACAAAT+TGG - Chr6:105749169-105749188 None:intergenic 10.0%
!!! TTATTTTATATTTATTGGTA+TGG + Chr6:105748481-105748500 MsG0680035441.01.T01:intron 10.0%
!! ATCAATCAAGAAATATAAAA+AGG - Chr6:105747978-105747997 None:intergenic 15.0%
!! GAAATAAACTAAATTACTAT+TGG + Chr6:105748639-105748658 MsG0680035441.01.T01:intron 15.0%
!!! TTGATTCATTTTTAGTAATA+TGG + Chr6:105747901-105747920 MsG0680035441.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTAGAATTTGAGAAAAAT+AGG + Chr6:105748662-105748681 MsG0680035441.01.T01:intron 15.0%
!! AAAATGAATCAAATGTAGAT+AGG - Chr6:105747893-105747912 None:intergenic 20.0%
!! AAAGTAATATCTACTTTGAT+TGG + Chr6:105748748-105748767 MsG0680035441.01.T01:CDS 20.0%
!! CAAATTAAATGATATTTGGT+TGG - Chr6:105748143-105748162 None:intergenic 20.0%
!! CGAAATAAAACATGAAAATT+TGG + Chr6:105748338-105748357 MsG0680035441.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCAATTCAAGTATTGAATTA+AGG - Chr6:105748598-105748617 None:intergenic 20.0%
!!! TCTTGGTTTAATTTCTTATT+TGG + Chr6:105747816-105747835 MsG0680035441.01.T01:CDS 20.0%
! ACACCAATGATTTCAAATTT+CGG + Chr6:105748894-105748913 MsG0680035441.01.T01:CDS 25.0%
! ACGAGAACTTTATAAGAAAA+AGG + Chr6:105749275-105749294 MsG0680035441.01.T01:CDS 25.0%
! ATTACTTATGCTGATGAATA+GGG + Chr6:105748219-105748238 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
! CAGCATAAGTAATATTGTTA+AGG - Chr6:105748212-105748231 None:intergenic 25.0%
! CTAATAAATGCTGTCAAATT+TGG - Chr6:105748976-105748995 None:intergenic 25.0%
! CTTCAAGAATTTCAGATTTA+CGG - Chr6:105747866-105747885 None:intergenic 25.0%
! GAAAATTTGGTTGAACTATA+TGG + Chr6:105748351-105748370 MsG0680035441.01.T01:CDS 25.0%
! TACATTAAATCCTGATGAAA+TGG - Chr6:105748693-105748712 None:intergenic 25.0%
! TATTACTTATGCTGATGAAT+AGG + Chr6:105748218-105748237 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
!! AATTCAACATACTTGTTAAC+AGG + Chr6:105748001-105748020 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
!! AATTTGAAATCATTGGTGTA+AGG - Chr6:105748893-105748912 None:intergenic 25.0%
!! AGTAATATGGTTGCTTTATT+TGG + Chr6:105747914-105747933 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
!! TAATTTAGGTTCTGTCTATA+AGG + Chr6:105748114-105748133 MsG0680035441.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTATGACACTTTTAATGCA+TGG + Chr6:105748533-105748552 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
!!! GTAAATGCACTATAGTTTTT+TGG + Chr6:105748451-105748470 MsG0680035441.01.T01:intron 25.0%
AAGGTTGCATTAATAAAGCA+AGG - Chr6:105748193-105748212 None:intergenic 30.0%
ATAATGCTGTGTTTCATTTC+AGG + Chr6:105749007-105749026 MsG0680035441.01.T01:intron 30.0%
ATTTCCATCAGTACAAAGAA+GGG - Chr6:105749376-105749395 None:intergenic 30.0%
GTCAAAATTGATGTCAACAA+AGG + Chr6:105749426-105749445 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
GTCATCCTTATAGAAATAGT+CGG + Chr6:105749102-105749121 MsG0680035441.01.T01:intron 30.0%
TATAGTGCATTTACCTAGAA+GGG - Chr6:105748445-105748464 None:intergenic 30.0%
TGCATTAATAAAGCAAGGAA+TGG - Chr6:105748188-105748207 None:intergenic 30.0%
TGGTAGATTTGTCTCTAAAT+GGG + Chr6:105749310-105749329 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
TTATACTACATGCATATTGC+AGG + Chr6:105748717-105748736 MsG0680035441.01.T01:intron 30.0%
TTCAGTTCTGCTAATCATAT+TGG + Chr6:105748085-105748104 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
TTCGAAAATCGCATTAACAT+CGG - Chr6:105748322-105748341 None:intergenic 30.0%
TTGGTAGATTTGTCTCTAAA+TGG + Chr6:105749309-105749328 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGCAGATGTTTACAGTTT+TGG + Chr6:105749078-105749097 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
! AAGCAGATGTTTACAGTTTT+GGG + Chr6:105749079-105749098 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
! AGACCGAAATTTGAAATCAT+TGG - Chr6:105748900-105748919 None:intergenic 30.0%
! AGATGAATGTCATGGAATTT+TGG + Chr6:105748383-105748402 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
! CAATACGTTGAACTATGTTT+TGG - Chr6:105749225-105749244 None:intergenic 30.0%
! CGTAAATCTGAAATTCTTGA+AGG + Chr6:105747864-105747883 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
! TAGGTATACACTTTTATCTG+CGG - Chr6:105748037-105748056 None:intergenic 30.0%
!! AGCTTGCTGTGAATATTATT+TGG - Chr6:105748840-105748859 None:intergenic 30.0%
!! CATATTGGTAGTGGTAATTT+AGG + Chr6:105748100-105748119 MsG0680035441.01.T01:CDS 30.0%
ACACGATGTAGGATATGTAT+TGG + Chr6:105748774-105748793 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
ATAGGACTTTCCATTTCATC+AGG + Chr6:105748680-105748699 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
ATCCTTATAGAAATAGTCGG+AGG + Chr6:105749105-105749124 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
CATTACATCAGGTATGTAAC+AGG + Chr6:105748948-105748967 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
CTATAGTGCATTTACCTAGA+AGG - Chr6:105748446-105748465 None:intergenic 35.0%
GAAAAAGGAGCTATTCAAGT+TGG + Chr6:105749290-105749309 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
GATTTCCATCAGTACAAAGA+AGG - Chr6:105749377-105749396 None:intergenic 35.0%
TACTGTGTAGATGAATGTCA+TGG + Chr6:105748375-105748394 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
TCCTTATAGAAATAGTCGGA+GGG + Chr6:105749106-105749125 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
TCTGCTAATCATATTGGTAG+TGG + Chr6:105748091-105748110 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
TCTTTCTTGCTCATGAAGAA+AGG - Chr6:105748817-105748836 None:intergenic 35.0%
TTACTTTGATTGTGAACCAG+TGG + Chr6:105749190-105749209 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
! AGCAGATGTTTACAGTTTTG+GGG + Chr6:105749080-105749099 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
! AGGTATACACTTTTATCTGC+GGG - Chr6:105748036-105748055 None:intergenic 35.0%
!! AATAGGGAGTACTAAAAGGT+GGG + Chr6:105748235-105748254 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
!! AATTTTGACCACAGAAGACA+TGG - Chr6:105749415-105749434 None:intergenic 35.0%
!! GATGAATAGGGAGTACTAAA+AGG + Chr6:105748231-105748250 MsG0680035441.01.T01:intron 35.0%
!! TCTCTAAATGGGTTTTTCGA+TGG + Chr6:105749321-105749340 MsG0680035441.01.T01:CDS 35.0%
!!! AGCTCTTTTTAGTTCTTCGT+AGG - Chr6:105748056-105748075 None:intergenic 35.0%
ATATGTATTGGAGTTGCACG+CGG + Chr6:105748786-105748805 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
ATTGCCCTTCTTTGTACTGA+TGG + Chr6:105749369-105749388 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
CATACCTGATGTAATGAGTG+AGG - Chr6:105748944-105748963 None:intergenic 40.0%
CTTTCAGTTGCAACAAGAGA+GGG + Chr6:105748279-105748298 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
GGTCTTGCAAAACTTATTCC+AGG + Chr6:105748915-105748934 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
TACTACATGCATATTGCAGG+TGG + Chr6:105748720-105748739 MsG0680035441.01.T01:intron 40.0%
TCTTTCAGTTGCAACAAGAG+AGG + Chr6:105748278-105748297 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
TTTCAGTTGCAACAAGAGAG+GGG + Chr6:105748280-105748299 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
!! AAATGGGTTTTTCGATGGTG+AGG + Chr6:105749326-105749345 MsG0680035441.01.T01:CDS 40.0%
!! GAATAGGGAGTACTAAAAGG+TGG + Chr6:105748234-105748253 MsG0680035441.01.T01:intron 40.0%
!! TCCCTCCGACTATTTCTATA+AGG - Chr6:105749110-105749129 None:intergenic 40.0%
ATGTAATGAGTGAGGTCTCC+TGG - Chr6:105748936-105748955 None:intergenic 45.0%
GAGACCTCACTCATTACATC+AGG + Chr6:105748937-105748956 MsG0680035441.01.T01:CDS 45.0%
GCACCAGAGTATGTGACAAT+GGG + Chr6:105749042-105749061 MsG0680035441.01.T01:CDS 45.0%
TACATGCATATTGCAGGTGG+AGG + Chr6:105748723-105748742 MsG0680035441.01.T01:intron 45.0%
TACCTAGAAGGGTTTGTGCA+AGG - Chr6:105748434-105748453 None:intergenic 45.0%
TGCACCAGAGTATGTGACAA+TGG + Chr6:105749041-105749060 MsG0680035441.01.T01:CDS 45.0%
TGTCCCATTGTCACATACTC+TGG - Chr6:105749048-105749067 None:intergenic 45.0%
TTGACCACAGAAGACATGGT+TGG - Chr6:105749411-105749430 None:intergenic 45.0%
TTGATTGGCGAACACGATGT+AGG + Chr6:105748763-105748782 MsG0680035441.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTTTGGTATTGCAGTCCAC+TGG - Chr6:105749209-105749228 None:intergenic 45.0%
!!! AAGTTTTATTTTATATTTAT+TGG + Chr6:105748476-105748495 MsG0680035441.01.T01:intron 5.0%
AGCCTTGCACAAACCCTTCT+AGG + Chr6:105748429-105748448 MsG0680035441.01.T01:CDS 50.0%
CTGATGGAAATCCTGAGAGC+AGG + Chr6:105749385-105749404 MsG0680035441.01.T01:CDS 50.0%
TGCAACAAGAGAGGGGTTGA+AGG + Chr6:105748287-105748306 MsG0680035441.01.T01:CDS 50.0%
!! TGGGTTTTTCGATGGTGAGG+AGG + Chr6:105749329-105749348 MsG0680035441.01.T01:CDS 50.0%
CAGGCCAACCATGTCTTCTG+TGG + Chr6:105749404-105749423 MsG0680035441.01.T01:CDS 55.0%
!! GACATGGTTGGCCTGCTCTC+AGG - Chr6:105749399-105749418 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 105747813 105749455 105747813 ID=MsG0680035441.01;Name=MsG0680035441.01
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Chr6 exon 105748023 105748135 105748023 ID=MsG0680035441.01.T01:exon:21268;Parent=MsG0680035441.01.T01
Chr6 exon 105748240 105748450 105748240 ID=MsG0680035441.01.T01:exon:21269;Parent=MsG0680035441.01.T01
Chr6 exon 105748739 105748958 105748739 ID=MsG0680035441.01.T01:exon:21270;Parent=MsG0680035441.01.T01
Chr6 exon 105749029 105749101 105749029 ID=MsG0680035441.01.T01:exon:21271;Parent=MsG0680035441.01.T01
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Chr6 CDS 105747813 105747885 105747813 ID=MsG0680035441.01.T01:cds;Parent=MsG0680035441.01.T01
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Chr6 CDS 105748739 105748958 105748739 ID=MsG0680035441.01.T01:cds;Parent=MsG0680035441.01.T01
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Chr6 CDS 105749273 105749455 105749273 ID=MsG0680035441.01.T01:cds;Parent=MsG0680035441.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035441.01.T01

ATGTCTTGGTTTAATTTCTTATTTGGTAAGAAATCATCTTCAGATGTAAGCCGTAAATCTGAAATTCTTGAAGGACTTTTAAGCCCGCAGATAAAAGTGTATACCTACGAAGAACTAAAAAGAGCTTCTAACAATTTCAGTTCTGCTAATCATATTGGTAGTGGTAATTTAGGTTCTGTCTATAAGGGAGTACTAAAAGGTGGGACGTTAATCGCTCTAAAAGCTCTTTCAGTTGCAACAAGAGAGGGGTTGAAGGAATTCTTGACCGATGTTAATGCGATTTTCGAAATAAAACATGAAAATTTGGTTGAACTATATGGTTACTGTGTAGATGAATGTCATGGAATTTTGGTCTACAGATACGTTGAGAACAAGAGCCTTGCACAAACCCTTCTAGGTGGAGGTCAAAGTAATATCTACTTTGATTGGCGAACACGATGTAGGATATGTATTGGAGTTGCACGCGGACTTGCCTTTCTTCATGAGCAAGAAAGACCAAATAATATTCACAGCAAGCTAACATGCAACAATATTCTACTCGACAAAGACCTTACACCAATGATTTCAAATTTCGGTCTTGCAAAACTTATTCCAGGAGACCTCACTCATTACATCAGGTGTTATCATACTGCACCAGAGTATGTGACAATGGGACACATGACATGTAAAGCAGATGTTTACAGTTTTGGGACACGAGAACTTTATAAGAAAAAGGAGCTATTCAAGTTGGTAGATTTGTCTCTAAATGGGTTTTTCGATGGTGAGGAGGCTTATAAAATTCTTAAGATTGCCCTTCTTTGTACTGATGGAAATCCTGAGAGCAGGCCAACCATGTCTTCTGTGGTCAAAATTGATGTCAACAAAGGTATATGA
Protein sequence

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