AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035442.01

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MsG0680035442.01.T01 AT1G14370 39.828 349 170 8 44 386 56 370 2.37e-73 235
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MsG0680035442.01.T01 AT3G09830 31.287 342 189 9 56 389 69 372 3.90e-44 158
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MsG0680035442.01.T01 AT3G13690 30.330 333 179 10 57 383 397 682 2.06e-34 135
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MsG0680035442.01.T01 AT5G11020 34.263 251 140 3 133 382 146 372 2.40e-34 131
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MsG0680035442.01.T01 AT5G11020 34.263 251 140 3 133 382 150 376 3.27e-34 131
MsG0680035442.01.T01 AT1G79670 32.845 341 178 11 57 392 370 664 4.30e-34 134
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MsG0680035442.01.T01 AT1G79670 32.845 341 178 11 57 392 407 701 6.14e-34 134
MsG0680035442.01.T01 AT4G22130 28.788 330 192 7 59 385 383 672 7.36e-34 134
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MsG0680035442.01.T01 AT1G55200 29.607 331 180 10 59 383 367 650 9.46e-34 133
MsG0680035442.01.T01 AT1G55200 29.607 331 180 10 59 383 367 650 9.46e-34 133
MsG0680035442.01.T01 AT5G11400 30.838 334 158 12 64 390 37 304 9.90e-34 128
MsG0680035442.01.T01 AT3G59350 29.118 340 200 10 50 385 50 352 1.03e-33 129
MsG0680035442.01.T01 AT2G25220 30.631 333 178 7 56 382 82 367 1.59e-33 129
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MsG0680035442.01.T01 AT1G24030 36.916 214 110 6 41 251 32 223 6.50e-30 116
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MsG0680035442.01.T01 AT1G17230 30.887 327 180 10 57 379 785 1069 1.62e-26 112
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MsG0680035442.01.T01 AT5G06820 28.788 330 198 8 57 385 401 694 2.08e-26 112
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MsG0680035442.01.T01 AT1G16260 29.851 335 184 12 57 386 376 664 2.44e-26 111
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MsG0680035442.01.T01 AT1G70130 28.875 329 185 9 59 383 322 605 2.65e-26 111
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MsG0680035442.01.T01 AT5G07280 31.128 257 151 8 132 385 959 1192 4.31e-26 111
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MsG0680035442.01.T01 AT4G35030 27.439 328 192 10 57 380 90 375 4.39e-25 105
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MsG0680035442.01.T01 AT4G35030 27.941 340 194 12 57 391 90 383 4.45e-25 106
MsG0680035442.01.T01 AT4G35030 27.941 340 194 12 57 391 90 383 4.45e-25 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G01950 25.641 351 206 8 56 390 823 1134 4.49e-25 108
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MsG0680035442.01.T01 AT3G05140 27.692 325 188 11 56 379 128 406 7.15e-25 106
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MsG0680035442.01.T01 AT1G51910 31.349 252 145 7 138 388 621 845 7.72e-25 107
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MsG0680035442.01.T01 AT1G29750 29.240 342 192 11 59 395 669 965 7.91e-25 107
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MsG0680035442.01.T01 AT4G13190 31.224 237 124 6 169 395 4 211 8.16e-25 102
MsG0680035442.01.T01 AT1G29750 29.240 342 192 11 59 395 654 950 8.46e-25 107
MsG0680035442.01.T01 AT2G13800 27.246 334 194 8 56 383 260 550 9.82e-25 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G13800 27.246 334 194 8 56 383 260 550 9.82e-25 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G28250 27.193 342 190 10 59 385 198 495 1.03e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT3G15890 25.507 345 198 11 48 382 16 311 1.04e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT3G53380 29.326 341 175 11 57 382 362 651 1.05e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT1G01540 29.389 262 144 8 57 317 140 361 1.33e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT3G05140 27.692 325 188 11 56 379 176 454 1.64e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT3G21340 30.645 248 147 7 138 384 640 863 1.68e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT3G45330 27.356 329 194 10 59 386 336 620 1.73e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT1G05700 29.502 261 157 6 133 389 612 849 1.76e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT4G25160 30.980 255 138 11 138 386 527 749 1.79e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT2G25220 31.010 287 143 8 56 334 131 370 1.84e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT1G05700 29.502 261 157 6 133 389 643 880 1.97e-24 106
MsG0680035442.01.T01 AT5G65600 30.645 248 141 5 140 379 401 625 2.04e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT3G09010 30.859 256 149 6 132 384 88 318 2.45e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT1G72300 28.453 362 210 12 30 386 761 1078 2.48e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT3G25560 26.807 332 193 6 56 383 297 582 2.63e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT1G33260 26.989 352 208 11 46 384 20 335 2.72e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT3G25560 26.807 332 193 6 56 383 298 583 2.73e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT3G25560 26.807 332 193 6 56 383 297 582 2.76e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT2G16750 27.327 333 191 11 59 387 265 550 3.29e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT2G16750 27.327 333 191 11 59 387 265 550 3.29e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT1G17540 31.765 255 127 11 134 379 452 668 3.38e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT5G42440 26.359 368 202 15 33 385 42 355 3.84e-24 102
MsG0680035442.01.T01 AT1G34300 26.647 334 194 10 59 387 474 761 3.98e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT4G28670 29.143 350 191 12 56 397 316 616 4.13e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT5G49770 29.032 341 187 11 52 385 615 907 4.14e-24 105
MsG0680035442.01.T01 AT2G43700 28.395 324 184 9 59 379 324 602 4.29e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT3G45410 29.641 334 176 13 59 384 330 612 4.33e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G43700 28.440 327 180 10 59 379 300 578 4.48e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G43700 28.440 327 180 10 59 379 300 578 4.48e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G43700 28.440 327 180 10 59 379 300 578 4.48e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G43700 28.440 327 180 10 59 379 300 578 4.48e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT1G71830 26.586 331 200 7 56 383 287 577 4.53e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G37710 28.916 332 190 8 54 382 330 618 4.60e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT5G35380 32.157 255 129 10 141 387 464 682 4.64e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT1G52540 26.347 334 189 10 57 382 23 307 5.64e-24 102
MsG0680035442.01.T01 AT3G45390 27.515 338 183 10 50 386 331 607 6.19e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT5G51270 29.304 273 148 14 138 397 493 733 6.50e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT5G51270 29.304 273 148 14 138 397 493 733 6.50e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT1G11330 30.612 245 145 5 140 382 572 793 7.72e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT1G11330 30.612 245 145 5 140 382 574 795 8.24e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT2G19410 29.588 267 146 11 132 391 469 700 8.54e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT1G52540 26.347 334 189 10 57 382 26 310 8.61e-24 101
MsG0680035442.01.T01 AT2G19410 29.588 267 146 11 132 391 504 735 8.84e-24 104
MsG0680035442.01.T01 AT3G46370 28.906 256 157 6 138 392 535 766 9.15e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT3G46370 28.906 256 157 6 138 392 535 766 9.15e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT1G16110 32.443 262 131 9 59 316 420 639 9.98e-24 103
MsG0680035442.01.T01 AT2G33580 26.400 375 205 11 39 397 334 653 1.00e-23 103
MsG0680035442.01.T01 AT2G19410 29.588 267 146 11 132 391 483 714 1.10e-23 103
MsG0680035442.01.T01 AT2G23950 25.073 343 210 7 45 383 270 569 1.21e-23 103
MsG0680035442.01.T01 AT5G10520 27.545 334 177 11 57 379 139 418 1.27e-23 102

Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 123 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTAATATTGTGAAATTTAT+TGG 0.081914 6:-105753826 MsG0680035442.01.T01:CDS
AATGCAAAACTATCTGTTAT+TGG 0.189087 6:-105753363 MsG0680035442.01.T01:CDS
ATTATCGATTCGCGTATAAA+AGG 0.242308 6:-105752961 MsG0680035442.01.T01:CDS
CCAATAAATTTCACAATATT+AGG 0.259196 6:+105753826 None:intergenic
GTTCTCTTGGAAATCATGTT+AGG 0.281781 6:-105753078 MsG0680035442.01.T01:CDS
CAATGAGGTGGTGTATTCTT+TGG 0.283288 6:-105752854 MsG0680035442.01.T01:CDS
AATATGAGCTCCTAACTTCT+AGG 0.315744 6:-105754246 MsG0680035442.01.T01:CDS
ATGCAAAACTATCTGTTATT+GGG 0.334134 6:-105753362 MsG0680035442.01.T01:CDS
ATATTTGGCCAGGGGAAGTT+TGG 0.340274 6:-105753764 MsG0680035442.01.T01:CDS
AGAAGCGTTGTTTAGTTTAT+CGG 0.344064 6:-105753023 MsG0680035442.01.T01:CDS
AACCTGCATATGATGAAAAT+AGG 0.362632 6:-105753053 MsG0680035442.01.T01:CDS
GATTCCAATGACACGATTGA+TGG 0.367827 6:-105752820 MsG0680035442.01.T01:CDS
ATTTATTGGCTACTGCTTAG+AGG 0.367864 6:-105753812 MsG0680035442.01.T01:CDS
TTTGAATGGTTTAAGAAGTA+AGG 0.376811 6:-105754284 MsG0680035442.01.T01:CDS
CAATCCATCAATCGTGTCAT+TGG 0.391570 6:+105752816 None:intergenic
AGGACTGAGGATGAGTTTAT+CGG 0.393440 6:-105754226 MsG0680035442.01.T01:CDS
CATCCTCAGTCCTAGAAGTT+AGG 0.396682 6:+105754236 None:intergenic
CAAACCATTACCTGGTTTAG+TGG 0.419098 6:+105754087 None:intergenic
AAACTTCGCTCACGATTGTC+TGG 0.419171 6:-105754161 MsG0680035442.01.T01:CDS
GAAGCGTTGTTTAGTTTATC+GGG 0.423972 6:-105753022 MsG0680035442.01.T01:CDS
TACACCACCTCATTGATGTT+TGG 0.426180 6:+105752862 None:intergenic
CAGCAAAGGTTGTGTAACTA+AGG 0.428345 6:-105754137 MsG0680035442.01.T01:CDS
GAAGGTCGCAAAACTAAAAC+TGG 0.436723 6:-105753123 MsG0680035442.01.T01:CDS
TTCTCTTGGAAATCATGTTA+GGG 0.438431 6:-105753077 MsG0680035442.01.T01:CDS
TAGCTTTGGAGTTGTTCTCT+TGG 0.447618 6:-105753091 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACTGGTGATGTATATAGCTT+TGG 0.447807 6:-105753105 MsG0680035442.01.T01:CDS
AGGCAGACCGCTTCACATAA+AGG 0.448178 6:-105754469 MsG0680035442.01.T01:intron
CACTAAACCAGGTAATGGTT+TGG 0.457956 6:-105754086 MsG0680035442.01.T01:CDS
TTGCTTCACGCAATGAGTAT+TGG 0.463142 6:+105752938 None:intergenic
ATCTTTAAACGTGCTTTCCA+AGG 0.465121 6:+105753585 None:intergenic
TATCTGAAGTTCTGAATATG+AGG 0.478196 6:-105752885 MsG0680035442.01.T01:CDS
AAAACTATCTGTTATTGGGT+TGG 0.484140 6:-105753358 MsG0680035442.01.T01:CDS
CTAACTCTCCGACGCTCCCT+TGG 0.488100 6:-105753602 MsG0680035442.01.T01:CDS
GACTTCATTACTGTGAAGAA+AGG 0.488527 6:+105753536 None:intergenic
AAACCATTACCTGGTTTAGT+GGG 0.502922 6:+105754088 None:intergenic
GGTTTGAATTTGAAGGTTGG+TGG 0.502961 6:-105754310 MsG0680035442.01.T01:CDS
GTGTGTTTATTTGTGAGGAA+TGG 0.510531 6:+105752994 None:intergenic
AGGAGCTCATATTGAGAGGA+GGG 0.511560 6:+105754256 None:intergenic
TGGTATATGAATATTTGGCC+AGG 0.513230 6:-105753774 MsG0680035442.01.T01:CDS
AAATTTACCTTTATGTGAAG+CGG 0.517520 6:+105754462 None:intergenic
ACTTCATTACTGTGAAGAAA+GGG 0.518828 6:+105753537 None:intergenic
TAGGATGTTGCAGCTGCCAT+AGG 0.526522 6:+105753845 None:intergenic
GGACTGAGGATGAGTTTATC+GGG 0.528756 6:-105754225 MsG0680035442.01.T01:CDS
CAGATAGACATCGATTTACA+AGG 0.528875 6:+105752902 None:intergenic
AATTTACACGTAGGGCTGAC+CGG 0.532832 6:+105753243 None:intergenic
CGACAATGGGCAATAATGCC+AGG 0.532855 6:+105753153 None:intergenic
CGACATACAAATAACTCTCC+TGG 0.533038 6:-105753171 MsG0680035442.01.T01:CDS
GTGGACAGGTTTGAATTTGA+AGG 0.533600 6:-105754317 MsG0680035442.01.T01:intron
AGCAAAGGTTGTGTAACTAA+GGG 0.538407 6:-105754136 MsG0680035442.01.T01:CDS
CAACTAGAGATTAATCAGCT+TGG 0.542665 6:+105752793 None:intergenic
GCAATTGCCAAACCATTACC+TGG 0.544804 6:+105754079 None:intergenic
GATAGCTCTTGATGTTGCAA+AGG 0.555382 6:-105753565 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACAGGTTTGAATTTGAAGGT+TGG 0.557131 6:-105754313 MsG0680035442.01.T01:intron
ATAGCTCTTGATGTTGCAAA+GGG 0.558553 6:-105753564 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACAGCTACGGAGAGAGTGAA+TGG 0.560349 6:-105754030 MsG0680035442.01.T01:CDS
TCTTTAAACGTGCTTTCCAA+GGG 0.561842 6:+105753586 None:intergenic
CACGATTGTCTGGTCAGCAA+AGG 0.562832 6:-105754151 MsG0680035442.01.T01:CDS
GGTATATGAATATTTGGCCA+GGG 0.564675 6:-105753773 MsG0680035442.01.T01:CDS
AACCATTACCTGGTTTAGTG+GGG 0.567912 6:+105754089 None:intergenic
ATGATTATCCAAACTTCCCC+TGG 0.574883 6:+105753756 None:intergenic
AATGAAGTCGAAGTCATACA+TGG 0.575416 6:-105753522 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACTAAACAACGCTTCTCTGT+AGG 0.580864 6:+105753030 None:intergenic
CATAGCTGAATTTACACGTA+GGG 0.585244 6:+105753235 None:intergenic
GTTTGGCAATTGCTGTGAAG+TGG 0.592824 6:-105754069 MsG0680035442.01.T01:CDS
CGTGCTTTCCAAGGGAGCGT+CGG 0.598090 6:+105753594 None:intergenic
TATTGGGTTGGCAAAAGATG+AGG 0.600298 6:-105753346 MsG0680035442.01.T01:intron
GAGCTCATATTGAGAGGAGG+GGG 0.600318 6:+105754258 None:intergenic
CTACGGAGAGAGTGAATGGT+TGG 0.602042 6:-105754026 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACTGCTTAGAGGATGTCCAC+TGG 0.602257 6:-105753801 MsG0680035442.01.T01:CDS
TTATCGTGTGTTTATTTGTG+AGG 0.602933 6:+105752989 None:intergenic
GGAGCTCATATTGAGAGGAG+GGG 0.603462 6:+105754257 None:intergenic
TGGGTGGCTCCTTAAGTGCA+AGG 0.610691 6:-105754504 MsG0680035442.01.T01:CDS
TCTCTTGGAAATCATGTTAG+GGG 0.612141 6:-105753076 MsG0680035442.01.T01:CDS
TAGGAGCTCATATTGAGAGG+AGG 0.612894 6:+105754255 None:intergenic
AGTTAGGAGCTCATATTGAG+AGG 0.617486 6:+105754252 None:intergenic
TTGCACATAGTTGATGAGAC+CGG 0.626784 6:-105753262 MsG0680035442.01.T01:intron
GCTCCTAACTTCTAGGACTG+AGG 0.628551 6:-105754239 MsG0680035442.01.T01:CDS
GTATATGAATATTTGGCCAG+GGG 0.629349 6:-105753772 MsG0680035442.01.T01:CDS
ACCATTACCTGGTTTAGTGG+GGG 0.630679 6:+105754090 None:intergenic
CCTATTGTTTAAGGATTGCG+CGG 0.631825 6:-105753627 MsG0680035442.01.T01:intron
AAGGTTGTGTAACTAAGGGG+TGG 0.637080 6:-105754132 MsG0680035442.01.T01:CDS
CATAGTTATATATTCATGGG+TGG 0.648490 6:-105754520 None:intergenic
GCAAAGGTTGTGTAACTAAG+GGG 0.667746 6:-105754135 MsG0680035442.01.T01:CDS
GAGGCCAAACATCAATGAGG+TGG 0.668375 6:-105752866 MsG0680035442.01.T01:CDS
TCATAGCTGAATTTACACGT+AGG 0.690506 6:+105753234 None:intergenic
GTGCAAGGATCAAAACTGAG+AGG 0.699805 6:-105754489 MsG0680035442.01.T01:CDS
TATGAGGCCAAACATCAATG+AGG 0.718433 6:-105752869 MsG0680035442.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CCAATAAATTTCACAATATT+AGG + Chr6:105753489-105753508 None:intergenic 20.0%
!! CCTAATATTGTGAAATTTAT+TGG - Chr6:105753486-105753505 MsG0680035442.01.T01:intron 20.0%
!! GGAATTTAATTGATTACTAT+GGG - Chr6:105753892-105753911 MsG0680035442.01.T01:intron 20.0%
!! TGTAAATTATTCTCTTTGAA+TGG - Chr6:105753917-105753936 MsG0680035442.01.T01:intron 20.0%
!! TTATAAGCTTAATTAGAGAT+GGG - Chr6:105753870-105753889 MsG0680035442.01.T01:intron 20.0%
!! TTTATAAGCTTAATTAGAGA+TGG - Chr6:105753869-105753888 MsG0680035442.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTTTTGGTATATGAATATT+TGG - Chr6:105753533-105753552 MsG0680035442.01.T01:CDS 20.0%
! AAATTTACCTTTATGTGAAG+CGG + Chr6:105752853-105752872 None:intergenic 25.0%
! AATGCAAAACTATCTGTTAT+TGG - Chr6:105753949-105753968 MsG0680035442.01.T01:intron 25.0%
! ATGCAAAACTATCTGTTATT+GGG - Chr6:105753950-105753969 MsG0680035442.01.T01:intron 25.0%
! GGGAATTTAATTGATTACTA+TGG - Chr6:105753891-105753910 MsG0680035442.01.T01:intron 25.0%
! TACTAAAGTCATATACTTAC+TGG + Chr6:105752925-105752944 None:intergenic 25.0%
! TATAAGCTTAATTAGAGATG+GGG - Chr6:105753871-105753890 MsG0680035442.01.T01:intron 25.0%
! TTTGAATGGTTTAAGAAGTA+AGG - Chr6:105753028-105753047 MsG0680035442.01.T01:CDS 25.0%
!! CACGTCAAAATAAACTATTT+TGG + Chr6:105753406-105753425 None:intergenic 25.0%
!!! TCTTGTTGCCTTTTTTAATT+CGG + Chr6:105753132-105753151 None:intergenic 25.0%
AAAAAGTTGACAACAATCGA+AGG + Chr6:105753610-105753629 None:intergenic 30.0%
AAAACTATCTGTTATTGGGT+TGG - Chr6:105753954-105753973 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
AACCTGCATATGATGAAAAT+AGG - Chr6:105754259-105754278 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
ACTTCATTACTGTGAAGAAA+GGG + Chr6:105753778-105753797 None:intergenic 30.0%
AGACAAAAATCAACAACCTA+TGG - Chr6:105753451-105753470 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
ATTCATATACCAAAAACCAG+TGG + Chr6:105753530-105753549 None:intergenic 30.0%
CACGTTAACCGAATTAAAAA+AGG - Chr6:105753121-105753140 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
GCATGATCATATGGTTAAAT+AGG + Chr6:105754029-105754048 None:intergenic 30.0%
TTATCGTGTGTTTATTTGTG+AGG + Chr6:105754326-105754345 None:intergenic 30.0%
TTCTCTTGGAAATCATGTTA+GGG - Chr6:105754235-105754254 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGGTAAATTTTGCAGCTT+TGG - Chr6:105752861-105752880 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
! AGCAAATTTTTGTACAGCTA+CGG - Chr6:105753269-105753288 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
!! AGAAGCGTTGTTTAGTTTAT+CGG - Chr6:105754289-105754308 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAGGTAAACTTGTTGATAC+TGG + Chr6:105754011-105754030 None:intergenic 30.0%
!! ATTATCGATTCGCGTATAAA+AGG - Chr6:105754351-105754370 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
!! GTAGAATTTTGAAGATAGCA+AGG - Chr6:105753341-105753360 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
!! TATCTGAAGTTCTGAATATG+AGG - Chr6:105754427-105754446 MsG0680035442.01.T01:intron 30.0%
!!! GTTGTGTTTTTATTTTGACG+TGG - Chr6:105752976-105752995 MsG0680035442.01.T01:CDS 30.0%
AAACCATTACCTGGTTTAGT+GGG + Chr6:105753227-105753246 None:intergenic 35.0%
AATATGAGCTCCTAACTTCT+AGG - Chr6:105753066-105753085 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
AATGAAGTCGAAGTCATACA+TGG - Chr6:105753790-105753809 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
ACAGGTTTGAATTTGAAGGT+TGG - Chr6:105752999-105753018 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
ACCTTCACAAAAACGACAAT+GGG + Chr6:105754175-105754194 None:intergenic 35.0%
AGCAAAGGTTGTGTAACTAA+GGG - Chr6:105753176-105753195 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
ATAGCTCTTGATGTTGCAAA+GGG - Chr6:105753748-105753767 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTTAAACGTGCTTTCCA+AGG + Chr6:105753730-105753749 None:intergenic 35.0%
CATAGCTGAATTTACACGTA+GGG + Chr6:105754080-105754099 None:intergenic 35.0%
GACTTCATTACTGTGAAGAA+AGG + Chr6:105753779-105753798 None:intergenic 35.0%
GGTATATGAATATTTGGCCA+GGG - Chr6:105753539-105753558 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
GTATATGAATATTTGGCCAG+GGG - Chr6:105753540-105753559 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
GTGTGTTTATTTGTGAGGAA+TGG + Chr6:105754321-105754340 None:intergenic 35.0%
GTTCTCTTGGAAATCATGTT+AGG - Chr6:105754234-105754253 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
TCATAGCTGAATTTACACGT+AGG + Chr6:105754081-105754100 None:intergenic 35.0%
TCTCTTGGAAATCATGTTAG+GGG - Chr6:105754236-105754255 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
TCTTTAAACGTGCTTTCCAA+GGG + Chr6:105753729-105753748 None:intergenic 35.0%
TGGTATATGAATATTTGGCC+AGG - Chr6:105753538-105753557 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
! ACTGGTGATGTATATAGCTT+TGG - Chr6:105754207-105754226 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
! ATTTATTGGCTACTGCTTAG+AGG - Chr6:105753500-105753519 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
!! AGTTTTGATCCTTGCACTTA+AGG + Chr6:105752820-105752839 None:intergenic 35.0%
!! CAGATAGACATCGATTTACA+AGG + Chr6:105754413-105754432 None:intergenic 35.0%
!! GAAGCGTTGTTTAGTTTATC+GGG - Chr6:105754290-105754309 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAATTTTGCAGCTTTGGCA+TGG - Chr6:105752866-105752885 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAGGTTGGTGGTATTTTGAA+TGG - Chr6:105753014-105753033 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTTTTATTTTGACGTGGAC+AGG - Chr6:105752981-105753000 MsG0680035442.01.T01:CDS 35.0%
AACCATTACCTGGTTTAGTG+GGG + Chr6:105753226-105753245 None:intergenic 40.0%
ACTAAACAACGCTTCTCTGT+AGG + Chr6:105754285-105754304 None:intergenic 40.0%
AGGACTGAGGATGAGTTTAT+CGG - Chr6:105753086-105753105 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
AGTTAGGAGCTCATATTGAG+AGG + Chr6:105753063-105753082 None:intergenic 40.0%
ATGATTATCCAAACTTCCCC+TGG + Chr6:105753559-105753578 None:intergenic 40.0%
ATGTGCAAGGCATGATCATA+TGG + Chr6:105754038-105754057 None:intergenic 40.0%
CAAACCATTACCTGGTTTAG+TGG + Chr6:105753228-105753247 None:intergenic 40.0%
CAATCCATCAATCGTGTCAT+TGG + Chr6:105754499-105754518 None:intergenic 40.0%
CAATGAGGTGGTGTATTCTT+TGG - Chr6:105754458-105754477 MsG0680035442.01.T01:intron 40.0%
CAGCAAAGGTTGTGTAACTA+AGG - Chr6:105753175-105753194 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
CCTATTGTTTAAGGATTGCG+CGG - Chr6:105753685-105753704 MsG0680035442.01.T01:intron 40.0%
CGACATACAAATAACTCTCC+TGG - Chr6:105754141-105754160 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GAAGGTCGCAAAACTAAAAC+TGG - Chr6:105754189-105754208 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GACCTTCACAAAAACGACAA+TGG + Chr6:105754176-105754195 None:intergenic 40.0%
GATAGCTCTTGATGTTGCAA+AGG - Chr6:105753747-105753766 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GATTCCAATGACACGATTGA+TGG - Chr6:105754492-105754511 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GCAAAGGTTGTGTAACTAAG+GGG - Chr6:105753177-105753196 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GCAATCCTTAAACAATAGGC+AGG + Chr6:105753684-105753703 None:intergenic 40.0%
GGTTTGAATTTGAAGGTTGG+TGG - Chr6:105753002-105753021 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
GTGGACAGGTTTGAATTTGA+AGG - Chr6:105752995-105753014 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
TACACCACCTCATTGATGTT+TGG + Chr6:105754453-105754472 None:intergenic 40.0%
TATGAGGCCAAACATCAATG+AGG - Chr6:105754443-105754462 MsG0680035442.01.T01:intron 40.0%
TTGCTTCACGCAATGAGTAT+TGG + Chr6:105754377-105754396 None:intergenic 40.0%
! CACTAAACCAGGTAATGGTT+TGG - Chr6:105753226-105753245 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
! GGCCTATTTTCATCATATGC+AGG + Chr6:105754264-105754283 None:intergenic 40.0%
!! TAGCTTTGGAGTTGTTCTCT+TGG - Chr6:105754221-105754240 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
!! TATTGGGTTGGCAAAAGATG+AGG - Chr6:105753966-105753985 MsG0680035442.01.T01:intron 40.0%
!! TTGCACATAGTTGATGAGAC+CGG - Chr6:105754050-105754069 MsG0680035442.01.T01:CDS 40.0%
AAACTTCGCTCACGATTGTC+TGG - Chr6:105753151-105753170 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
AAGGTTGTGTAACTAAGGGG+TGG - Chr6:105753180-105753199 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
AATTTACACGTAGGGCTGAC+CGG + Chr6:105754072-105754091 None:intergenic 45.0%
ACCATTACCTGGTTTAGTGG+GGG + Chr6:105753225-105753244 None:intergenic 45.0%
AGGAGCTCATATTGAGAGGA+GGG + Chr6:105753059-105753078 None:intergenic 45.0%
ATATTTGGCCAGGGGAAGTT+TGG - Chr6:105753548-105753567 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
CATCCTCAGTCCTAGAAGTT+AGG + Chr6:105753079-105753098 None:intergenic 45.0%
CCGCGCAATCCTTAAACAAT+AGG + Chr6:105753688-105753707 None:intergenic 45.0%
GCAATTGCCAAACCATTACC+TGG + Chr6:105753236-105753255 None:intergenic 45.0%
GGACTGAGGATGAGTTTATC+GGG - Chr6:105753087-105753106 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
GGTCTCATCAACTATGTGCA+AGG + Chr6:105754051-105754070 None:intergenic 45.0%
GTCGACCTGCCTATTGTTTA+AGG - Chr6:105753676-105753695 MsG0680035442.01.T01:intron 45.0%
GTGCAAGGATCAAAACTGAG+AGG - Chr6:105752823-105752842 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
GTTTGGCAATTGCTGTGAAG+TGG - Chr6:105753243-105753262 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
TAGGAGCTCATATTGAGAGG+AGG + Chr6:105753060-105753079 None:intergenic 45.0%
! TTTGCAGCTTTGGCATGGAT+CGG - Chr6:105752871-105752890 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
!!! AGAGGATGTCCACTGGTTTT+TGG - Chr6:105753518-105753537 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
!!! GCCCATTGTCGTTTTTGTGA+AGG - Chr6:105754171-105754190 MsG0680035442.01.T01:CDS 45.0%
ACAGCTACGGAGAGAGTGAA+TGG - Chr6:105753282-105753301 MsG0680035442.01.T01:intron 50.0%
ACATTCACCCCCACTAAACC+AGG - Chr6:105753215-105753234 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
ACCCCCACTAAACCAGGTAA+TGG - Chr6:105753221-105753240 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
ACTGCTTAGAGGATGTCCAC+TGG - Chr6:105753511-105753530 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
AGGCAGACCGCTTCACATAA+AGG - Chr6:105752843-105752862 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
CACGATTGTCTGGTCAGCAA+AGG - Chr6:105753161-105753180 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
CGACAATGGGCAATAATGCC+AGG + Chr6:105754162-105754181 None:intergenic 50.0%
CTACGGAGAGAGTGAATGGT+TGG - Chr6:105753286-105753305 MsG0680035442.01.T01:intron 50.0%
GAGCTCATATTGAGAGGAGG+GGG + Chr6:105753057-105753076 None:intergenic 50.0%
GAGGCCAAACATCAATGAGG+TGG - Chr6:105754446-105754465 MsG0680035442.01.T01:intron 50.0%
GGAGCTCATATTGAGAGGAG+GGG + Chr6:105753058-105753077 None:intergenic 50.0%
TAGGATGTTGCAGCTGCCAT+AGG + Chr6:105753470-105753489 None:intergenic 50.0%
!! GCTCCTAACTTCTAGGACTG+AGG - Chr6:105753073-105753092 MsG0680035442.01.T01:CDS 50.0%
CTCATATTGAGAGGAGGGGG+AGG + Chr6:105753054-105753073 None:intergenic 55.0%
TGGGTGGCTCCTTAAGTGCA+AGG - Chr6:105752808-105752827 MsG0680035442.01.T01:CDS 55.0%
CTAACTCTCCGACGCTCCCT+TGG - Chr6:105753710-105753729 MsG0680035442.01.T01:intron 60.0%
! CGTGCTTTCCAAGGGAGCGT+CGG + Chr6:105753721-105753740 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 105752807 105754527 105752807 ID=MsG0680035442.01;Name=MsG0680035442.01
Chr6 mRNA 105752807 105754527 105752807 ID=MsG0680035442.01.T01;Parent=MsG0680035442.01;Name=MsG0680035442.01.T01;_AED=0.14;_eAED=0.14;_QI=0|0|0|1|1|1|6|0|397
Chr6 exon 105754470 105754527 105754470 ID=MsG0680035442.01.T01:exon:21279;Parent=MsG0680035442.01.T01
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