AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035672.01

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MsG0680035672.01.T01 AT1G53430 33.562 292 136 4 80 315 657 946 8.53e-45 165
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MsG0680035672.01.T01 AT2G23200 33.103 290 135 4 82 315 478 764 1.64e-44 164
MsG0680035672.01.T01 AT2G21480 34.247 292 132 5 80 315 513 800 1.76e-44 164
MsG0680035672.01.T01 AT3G04690 34.354 294 130 7 80 315 505 793 2.12e-44 163
MsG0680035672.01.T01 AT1G56120 36.082 291 127 5 76 311 694 980 2.12e-44 164
MsG0680035672.01.T01 AT1G29730 34.314 306 133 7 80 324 628 926 2.25e-44 164
MsG0680035672.01.T01 AT1G56120 36.082 291 127 5 76 311 528 814 2.27e-44 164
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MsG0680035672.01.T01 AT1G26970 36.948 249 101 4 116 310 2 248 5.02e-41 146
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MsG0680035672.01.T01 AT5G63710 33.770 305 142 7 69 316 268 569 7.35e-41 152
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MsG0680035672.01.T01 AT4G32000 32.867 286 133 6 80 309 160 442 2.27e-35 134
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MsG0680035672.01.T01 AT4G22130 32.639 288 135 4 80 309 383 669 2.31e-35 137
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MsG0680035672.01.T01 AT1G61610 30.717 293 142 7 79 314 512 800 3.31e-35 137
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MsG0680035672.01.T01 AT5G02070 30.476 315 148 7 77 326 348 656 4.57e-35 136
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MsG0680035672.01.T01 AT1G05700 31.650 297 139 9 74 313 585 874 5.00e-35 136
MsG0680035672.01.T01 AT1G65800 33.106 293 130 8 79 309 510 798 5.10e-35 136
MsG0680035672.01.T01 AT4G11460 29.195 298 139 7 80 312 334 624 5.93e-35 135
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MsG0680035672.01.T01 AT2G37050 30.847 295 140 7 80 315 594 883 7.11e-35 136
MsG0680035672.01.T01 AT2G04300 31.229 301 143 7 74 317 525 818 7.40e-35 136
MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 521 804 8.22e-35 135
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MsG0680035672.01.T01 AT5G03140 32.215 298 134 10 80 315 362 653 9.20e-35 135
MsG0680035672.01.T01 AT4G00960 29.392 296 146 6 74 309 38 330 9.44e-35 131
MsG0680035672.01.T01 AT1G79680 32.759 290 133 7 79 310 420 705 9.48e-35 135
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MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 578 861 9.58e-35 135
MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 513 796 9.59e-35 135
MsG0680035672.01.T01 AT5G35960 30.961 281 134 7 79 305 121 395 9.78e-35 132
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MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 678 961 1.11e-34 135
MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 678 961 1.11e-34 135
MsG0680035672.01.T01 AT1G11300 31.058 293 135 6 79 314 481 763 1.22e-34 135
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MsG0680035672.01.T01 AT4G03230 31.707 287 136 6 80 309 520 803 1.41e-34 135
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MsG0680035672.01.T01 AT4G31110 31.058 293 141 6 76 310 437 726 1.61e-34 135
MsG0680035672.01.T01 AT1G67520 32.886 298 126 11 79 311 246 534 1.65e-34 134
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MsG0680035672.01.T01 AT4G23190 29.195 298 144 8 74 309 254 546 1.70e-34 134
MsG0680035672.01.T01 AT3G16030 32.993 294 131 8 79 311 514 802 1.75e-34 135
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MsG0680035672.01.T01 AT1G07570 35.745 235 92 5 133 310 3 235 1.83e-34 129
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MsG0680035672.01.T01 AT1G67520 32.886 298 126 11 79 311 275 563 1.96e-34 134
MsG0680035672.01.T01 AT4G02420 30.272 294 145 6 82 318 340 630 1.96e-34 134
MsG0680035672.01.T01 AT3G16030 32.993 294 131 8 79 311 535 823 2.55e-34 134
MsG0680035672.01.T01 AT4G23190 29.195 298 144 8 74 309 332 624 2.67e-34 134
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MsG0680035672.01.T01 AT2G35620 28.808 302 150 7 70 310 275 572 2.86e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT2G35620 28.808 302 150 7 70 310 275 572 2.86e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT2G35620 28.808 302 150 7 70 310 275 572 2.86e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT1G70520 31.186 295 140 5 77 310 310 602 4.32e-34 133
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MsG0680035672.01.T01 AT1G60800 29.452 292 142 8 80 311 222 509 5.05e-34 132
MsG0680035672.01.T01 AT1G55610 32.192 292 134 7 80 310 847 1135 5.45e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT1G55610 32.192 292 134 7 80 310 847 1135 5.45e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT1G18390 32.653 294 127 6 79 309 331 616 5.47e-34 133
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MsG0680035672.01.T01 AT5G11020 30.175 285 143 5 79 309 128 410 8.38e-34 130
MsG0680035672.01.T01 AT5G49780 31.475 305 137 8 80 321 621 916 8.93e-34 133
MsG0680035672.01.T01 AT5G49780 31.475 305 137 8 80 321 522 817 1.04e-33 132
MsG0680035672.01.T01 AT5G49780 31.475 305 137 8 80 321 643 938 1.08e-33 132
MsG0680035672.01.T01 AT1G61390 31.250 288 136 7 79 309 339 621 1.12e-33 132
MsG0680035672.01.T01 AT1G60800 29.897 291 142 8 80 311 289 576 1.17e-33 132

Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 174 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTCGAGTGATGGGAACTTTC+GGG 0.252722 6:+110486454 MsG0680035672.01.T01:CDS
CACATTACCTGGCTCATCTT+TGG 0.284199 6:-110487264 None:intergenic
CCTTCTTCACGCATTGCATT+TGG 0.310639 6:+110485869 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCCTCACATGCACGTTAGTT+TGG 0.313535 6:+110486824 MsG0680035672.01.T01:CDS
TCGCCTCATGGTTCTCTATC+AGG 0.315427 6:+110485737 MsG0680035672.01.T01:CDS
GTCTCTGCTGTAACCCCTGC+TGG 0.325313 6:-110488542 None:intergenic
ATACTAGGTTGTGCGAGTTC+TGG 0.327356 6:+110488465 MsG0680035672.01.T01:intron
TGTCCACTACCAGCATATTC+TGG 0.330353 6:-110486717 None:intergenic
CCGCCTCATGCTTCTCTATC+AGG 0.335011 6:+110485782 MsG0680035672.01.T01:CDS
CATGGCTGCTTACAGGTATA+TGG 0.340518 6:+110486692 MsG0680035672.01.T01:intron
AAACATCTTGTCTCTCTTGT+TGG 0.346951 6:+110486109 MsG0680035672.01.T01:CDS
GTTCTCCTTGAGTTGTTAAC+AGG 0.360138 6:+110486777 MsG0680035672.01.T01:CDS
ACTCGAGTGATGGGAACTTT+CGG 0.370234 6:+110486453 MsG0680035672.01.T01:CDS
CTCAAAATGTACCGTGCAAA+TGG 0.374033 6:-110486201 None:intergenic
GCTAAACAACATGCTCTTGC+TGG 0.382063 6:-110485894 None:intergenic
TTCTCTGATGCTAACCTCCT+TGG 0.423464 6:+110485947 MsG0680035672.01.T01:CDS
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CACATAGGTATTCTCCTTGA+TGG 0.429926 6:+110485992 MsG0680035672.01.T01:CDS
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CTTGTTGGATACTGCAGCAC+TGG 0.442982 6:+110486124 MsG0680035672.01.T01:CDS
AGTTCGCCTCCTGATGGAAT+TGG 0.447426 6:-110485839 None:intergenic
GGGTTACACGTGGACCCAGC+AGG 0.452967 6:+110488527 MsG0680035672.01.T01:CDS
CTGAAAGCTGGTAGCGGACA+AGG 0.462600 6:+110486037 MsG0680035672.01.T01:CDS
GAAGCATGAGGCGGCGATGA+TGG 0.466681 6:-110485773 None:intergenic
TCAAATTCATTCCGAAGCCT+TGG 0.472850 6:-110487174 None:intergenic
TTTGAAGCACTCATGAGAAA+AGG 0.482897 6:-110487129 None:intergenic
GTTGTTTAGCTACGAGGAGT+TGG 0.486655 6:+110485907 MsG0680035672.01.T01:CDS
GGAGCATGAGGCGGCAATGA+TGG 0.486999 6:-110485818 None:intergenic
TGAGGGTTAGCTTTATCAAT+CGG 0.488740 6:-110486807 None:intergenic
TTTCTCATGAGTGCTTCAAA+AGG 0.488829 6:+110487132 MsG0680035672.01.T01:CDS
AAATAGCATCAGACATCAAA+GGG 0.491223 6:+110488608 MsG0680035672.01.T01:CDS
ACATGGTTGATCCAAGGCTT+CGG 0.495871 6:+110487163 MsG0680035672.01.T01:CDS
TCTCTGCTGTAACCCCTGCT+GGG 0.510002 6:-110488541 None:intergenic
TGCACGTTAGTTTGGTTGAG+TGG 0.517337 6:+110486832 MsG0680035672.01.T01:CDS
TCATGTTTCTACTCGAGTGA+TGG 0.522108 6:+110486443 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCTCATGCTCCAATTCCATC+AGG 0.524890 6:+110485830 MsG0680035672.01.T01:CDS
CAAATCTAAATCTTAATCAA+GGG 0.525477 6:+110488506 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCAAATGCAATGCGTGAAGA+AGG 0.528391 6:-110485869 None:intergenic
GCTATTAAGAAGCTGAAAGC+TGG 0.529489 6:+110486025 MsG0680035672.01.T01:CDS
GCACGTTAGTTTGGTTGAGT+GGG 0.531188 6:+110486833 MsG0680035672.01.T01:CDS
ACATTGAAATTCCATTTGCA+CGG 0.532488 6:+110486190 MsG0680035672.01.T01:CDS
AGAGAACCATGAGGCGATGA+TGG 0.532952 6:-110485731 None:intergenic
GGAAGCAGTTCGCCTCCTGA+TGG 0.538081 6:-110485845 None:intergenic
GATCCAGAATATGCTGGTAG+TGG 0.539855 6:+110486714 MsG0680035672.01.T01:CDS
CATGTTTCTACTCGAGTGAT+GGG 0.540807 6:+110486444 MsG0680035672.01.T01:CDS
AAAATAGCATCAGACATCAA+AGG 0.543009 6:+110488607 MsG0680035672.01.T01:CDS
AAAATTACATGGTTGATCCA+AGG 0.544749 6:+110487157 MsG0680035672.01.T01:CDS
ACCAAACTAACGTGCATGTG+AGG 0.546471 6:-110486825 None:intergenic
CTCGTCCTGTTAACAACTCA+AGG 0.547045 6:-110486782 None:intergenic
ATGCTAACCTCCTTGGACAA+GGG 0.550824 6:+110485954 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCATACGAGTCATCTCATTA+CGG 0.551532 6:-110487197 None:intergenic
GATGCTAACCTCCTTGGACA+AGG 0.561824 6:+110485953 MsG0680035672.01.T01:CDS
GGTTACACGTGGACCCAGCA+GGG 0.570354 6:+110488528 MsG0680035672.01.T01:CDS
GGATCGACCAAAGATGAGCC+AGG 0.576506 6:+110487257 MsG0680035672.01.T01:CDS
TCACCACCATCATCGCCTCA+TGG 0.589317 6:+110485725 MsG0680035672.01.T01:CDS
TGCTAACCTCCTTGGACAAG+GGG 0.591354 6:+110485955 MsG0680035672.01.T01:CDS
TGAAAGCTGGTAGCGGACAA+GGG 0.593535 6:+110486038 MsG0680035672.01.T01:CDS
TAGCAACCACACTACCATCA+AGG 0.599696 6:-110486006 None:intergenic
AAGAAGCTGAAAGCTGGTAG+CGG 0.600019 6:+110486031 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCGTAATGAGATGACTCGTA+TGG 0.603792 6:+110487197 MsG0680035672.01.T01:CDS
AATGCAATGCGTGAAGAAGG+TGG 0.608121 6:-110485866 None:intergenic
TATATGGATCCAGAATATGC+TGG 0.612384 6:+110486708 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCTGATGGAATTGGAGCATG+AGG 0.615673 6:-110485830 None:intergenic
TATTCTCCTTGATGGTAGTG+TGG 0.616866 6:+110486000 MsG0680035672.01.T01:CDS
TTGCACACGTCAGTCAGCAA+AGG 0.619417 6:+110487236 MsG0680035672.01.T01:CDS
AAATCTAAATCTTAATCAAG+GGG 0.619760 6:+110488507 MsG0680035672.01.T01:CDS
GCATGAGGCGGCGATGATGG+AGG 0.622743 6:-110485770 None:intergenic
TAGGTTGTGCGAGTTCTGGA+AGG 0.623557 6:+110488469 MsG0680035672.01.T01:intron
GTTACACGTGGACCCAGCAG+GGG 0.628647 6:+110488529 MsG0680035672.01.T01:CDS
GAAAGCTGGTAGCGGACAAG+GGG 0.630554 6:+110486039 MsG0680035672.01.T01:CDS
CCAAACTAACGTGCATGTGA+GGG 0.636344 6:-110486824 None:intergenic
GGATTTGGATCTGTACACAT+AGG 0.647212 6:+110485977 MsG0680035672.01.T01:CDS
GATGGAATTGGAGCATGAGG+CGG 0.647550 6:-110485827 None:intergenic
CAAGATGTTTGTGATGAACA+CGG 0.650527 6:-110486096 None:intergenic
CTTAATCAAGGGGTTACACG+TGG 0.655192 6:+110488517 MsG0680035672.01.T01:CDS
CATGCTCCAATTCCATCAGG+AGG 0.660141 6:+110485833 MsG0680035672.01.T01:CDS
GCATGAGGCGGCAATGATGG+CGG 0.673850 6:-110485815 None:intergenic
GCTAACCTCCTTGGACAAGG+GGG 0.675897 6:+110485956 MsG0680035672.01.T01:CDS
GTTAGCATCAGAGAAACTGT+CGG 0.677830 6:-110485939 None:intergenic
GAGCATGTTGTTTAGCTACG+AGG 0.683849 6:+110485901 MsG0680035672.01.T01:CDS
GAACCATGAGGCGATGATGG+TGG 0.691405 6:-110485728 None:intergenic
ACTGCAGCACTGGTTCTCAG+AGG 0.696620 6:+110486134 MsG0680035672.01.T01:CDS
GACTGCGGTAGAAAAGCATG+AGG 0.703136 6:-110485677 None:intergenic
CGTCCTGATAGAGAAGCATG+AGG 0.708434 6:-110485785 None:intergenic
CCTGATAGAGAAGCATGAGG+CGG 0.716272 6:-110485782 None:intergenic
GATAGAAAAGCATTAGACTG+CGG 0.727824 6:-110485692 None:intergenic
CGTCCTGATAGAGAACCATG+AGG 0.746311 6:-110485740 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTAAAAAATGAAAAATTCTA+TGG - Chr6:110488380-110488399 None:intergenic 10.0%
!! AATTTCAACAACAATTTATA+TGG - Chr6:110486621-110486640 None:intergenic 15.0%
!! TATTAATTGAAAGATATAGT+TGG + Chr6:110487493-110487512 MsG0680035672.01.T01:intron 15.0%
!!! AATCTTACTACAATTTTTTA+AGG + Chr6:110487944-110487963 MsG0680035672.01.T01:intron 15.0%
!!! AGTTTTATATTTAAGAATAG+AGG - Chr6:110487383-110487402 None:intergenic 15.0%
!!! ATCTTACTACAATTTTTTAA+GGG + Chr6:110487945-110487964 MsG0680035672.01.T01:intron 15.0%
!!! TCTTAAATATAAAACTCTTT+TGG + Chr6:110487387-110487406 MsG0680035672.01.T01:intron 15.0%
!! AAAATATGCTCAAATATAGA+AGG - Chr6:110488428-110488447 None:intergenic 20.0%
!! AAATCTAAATCTTAATCAAG+GGG + Chr6:110488507-110488526 MsG0680035672.01.T01:CDS 20.0%
!! AATATATTGCCTGATTTAAT+TGG + Chr6:110487758-110487777 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!! AGTAACATATAAACTCTATA+TGG - Chr6:110486873-110486892 None:intergenic 20.0%
!! ATATATTGCCTGATTTAATT+GGG + Chr6:110487759-110487778 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!! CAAATCTAAATCTTAATCAA+GGG + Chr6:110488506-110488525 MsG0680035672.01.T01:CDS 20.0%
!! GTCTAAAAATCATATATACT+AGG + Chr6:110488450-110488469 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!! TTCAAAAGGAAAAAATTACA+TGG + Chr6:110487146-110487165 MsG0680035672.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTATGATATATTAAGCTCA+TGG + Chr6:110486674-110486693 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!!! AACACATCAAAACTTTAAAA+AGG + Chr6:110487003-110487022 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!!! CATCATTGTTTTTACAATTT+TGG + Chr6:110487462-110487481 MsG0680035672.01.T01:intron 20.0%
!!! TCATTTTTCATTGTCTTTTA+AGG - Chr6:110487675-110487694 None:intergenic 20.0%
! AACATATAAACTCTATATGG+CGG - Chr6:110486870-110486889 None:intergenic 25.0%
! ATAGAATAACACTGACATAT+TGG - Chr6:110487867-110487886 None:intergenic 25.0%
! ATCTGATTATACAACACATA+AGG + Chr6:110487732-110487751 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
! ATGGTTGTAGTTAAAAGTTA+GGG - Chr6:110487088-110487107 None:intergenic 25.0%
! ATTGAAAGATATAGTTGGAA+AGG + Chr6:110487498-110487517 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
! GCAAATCTAAATCTTAATCA+AGG + Chr6:110488505-110488524 MsG0680035672.01.T01:CDS 25.0%
! TAAACAGAGTACAAATAAAC+AGG - Chr6:110487335-110487354 None:intergenic 25.0%
! TCTTAAATGTTACACTTTGT+GGG + Chr6:110488173-110488192 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
! TGTATAATCAGATATGAGTT+TGG - Chr6:110487725-110487744 None:intergenic 25.0%
! TTGTAAATTTCTGTTTGTTC+AGG + Chr6:110486312-110486331 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!! AAATCAGATGTTTTCTCTTA+TGG + Chr6:110486750-110486769 MsG0680035672.01.T01:CDS 25.0%
!! GAGAGGTATAAAAAAATATG+TGG - Chr6:110487823-110487842 None:intergenic 25.0%
!! TACATGTACTATTTTATCGT+TGG + Chr6:110488108-110488127 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!! TATTCCTTCCTCTAAAAATT+TGG + Chr6:110486489-110486508 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!! TCCTCTAAAAATTTGGATAT+CGG + Chr6:110486496-110486515 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!! TCTTTTATAGGATGATAACA+AGG + Chr6:110486938-110486957 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!! TGTGTGTATCTTTCTTTTAT+AGG + Chr6:110486926-110486945 MsG0680035672.01.T01:intron 25.0%
!!! ATATCCAAATTTTTAGAGGA+AGG - Chr6:110486496-110486515 None:intergenic 25.0%
!!! ATTCATAAGAAGACCTTTTT+TGG - Chr6:110488354-110488373 None:intergenic 25.0%
AAAATAGCATCAGACATCAA+AGG + Chr6:110488607-110488626 MsG0680035672.01.T01:CDS 30.0%
AAAATTACATGGTTGATCCA+AGG + Chr6:110487157-110487176 MsG0680035672.01.T01:CDS 30.0%
AAATAGCATCAGACATCAAA+GGG + Chr6:110488608-110488627 MsG0680035672.01.T01:CDS 30.0%
AACAAATTCTTCACATTACC+TGG - Chr6:110487278-110487297 None:intergenic 30.0%
ACAGTTGAAAATAAACAGGT+AGG - Chr6:110487312-110487331 None:intergenic 30.0%
ACATCAAAGGGAAATTGAAA+TGG + Chr6:110488620-110488639 MsG0680035672.01.T01:CDS 30.0%
ACATTGAAATTCCATTTGCA+CGG + Chr6:110486190-110486209 MsG0680035672.01.T01:CDS 30.0%
AGATACACACAAAAATGAGT+CGG - Chr6:110486917-110486936 None:intergenic 30.0%
AGTATCAAATTTCTGTTGAC+AGG + Chr6:110486377-110486396 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
CAGTTGAAAATAAACAGGTA+GGG - Chr6:110487311-110487330 None:intergenic 30.0%
CTTAAATGTTACACTTTGTG+GGG + Chr6:110488174-110488193 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
GAACTAAATCCTGACATTAA+TGG - Chr6:110487845-110487864 None:intergenic 30.0%
GATGGTTGTAGTTAAAAGTT+AGG - Chr6:110487089-110487108 None:intergenic 30.0%
GCTCAAATATAGAAGGATAT+AGG - Chr6:110488421-110488440 None:intergenic 30.0%
GTCTTAAATGTTACACTTTG+TGG + Chr6:110488172-110488191 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
TAAAAGTTAGGGTTATGCTA+GGG - Chr6:110487077-110487096 None:intergenic 30.0%
TAGTAATGCTTGCAACATAT+TGG + Chr6:110488082-110488101 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
TCACAACTTCTTAGAATCTT+AGG - Chr6:110486342-110486361 None:intergenic 30.0%
TCTACATTCCCAATTAAATC+AGG - Chr6:110487770-110487789 None:intergenic 30.0%
TCTTATGACTTCACCAAAAA+AGG + Chr6:110488338-110488357 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
TTAAAAGTTAGGGTTATGCT+AGG - Chr6:110487078-110487097 None:intergenic 30.0%
! AAACTCTTTTGGCAAAATCA+CGG + Chr6:110487398-110487417 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
! CCTCTAAAAATTTGGATATC+GGG + Chr6:110486497-110486516 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
! GATGAATTGATGATACTATG+AGG + Chr6:110488253-110488272 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
!!! ATTTTTTAAGGGAGCTTCTA+CGG + Chr6:110487956-110487975 MsG0680035672.01.T01:intron 30.0%
AAACATCTTGTCTCTCTTGT+TGG + Chr6:110486109-110486128 MsG0680035672.01.T01:CDS 35.0%
AAATCCTGACATTAATGGAG+AGG - Chr6:110487840-110487859 None:intergenic 35.0%
AGTCGGTTATTATGAGAAGA+AGG - Chr6:110486900-110486919 None:intergenic 35.0%
AGTTTGACATAAACTAGCAG+AGG - Chr6:110486283-110486302 None:intergenic 35.0%
ATGTCATTGTACAAACAGTG+GGG + Chr6:110488288-110488307 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
CAAGATGTTTGTGATGAACA+CGG - Chr6:110486099-110486118 None:intergenic 35.0%
CAGGACAGTTGAAAATAAAC+AGG - Chr6:110487316-110487335 None:intergenic 35.0%
GATGTCATTGTACAAACAGT+GGG + Chr6:110488287-110488306 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
GGTTATTATGAGAAGAAGGA+GGG - Chr6:110486896-110486915 None:intergenic 35.0%
TAACAAGGTTCCATAGGATA+AGG + Chr6:110486953-110486972 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
TAGCCTGTGATGATAAAAGA+TGG - Chr6:110487107-110487126 None:intergenic 35.0%
TATACCTCTCCATTAATGTC+AGG + Chr6:110487833-110487852 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
TATATGGATCCAGAATATGC+TGG + Chr6:110486708-110486727 MsG0680035672.01.T01:CDS 35.0%
TGATGTCATTGTACAAACAG+TGG + Chr6:110488286-110488305 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
TGTTACGCTTATAACAAGGT+AGG + Chr6:110488197-110488216 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
TGTTAGCATTCCTTATCCTA+TGG - Chr6:110486966-110486985 None:intergenic 35.0%
TTTCTCATGAGTGCTTCAAA+AGG + Chr6:110487132-110487151 MsG0680035672.01.T01:CDS 35.0%
! AACTCTTTTGGCAAAATCAC+GGG + Chr6:110487399-110487418 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
! ATCTTTTATCATCACAGGCT+AGG + Chr6:110487106-110487125 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
! CAACCATCTTTTATCATCAC+AGG + Chr6:110487101-110487120 MsG0680035672.01.T01:intron 35.0%
! TTTGAAGCACTCATGAGAAA+AGG - Chr6:110487132-110487151 None:intergenic 35.0%
!! CCCGATATCCAAATTTTTAG+AGG - Chr6:110486500-110486519 None:intergenic 35.0%
!! GATAGAAAAGCATTAGACTG+CGG - Chr6:110485695-110485714 None:intergenic 35.0%
!! TGAGGGTTAGCTTTATCAAT+CGG - Chr6:110486810-110486829 None:intergenic 35.0%
AGTGTCTGAAAACTGCCATA+TGG + Chr6:110486576-110486595 MsG0680035672.01.T01:intron 40.0%
CACATAGGTATTCTCCTTGA+TGG + Chr6:110485992-110486011 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
CCATACGAGTCATCTCATTA+CGG - Chr6:110487200-110487219 None:intergenic 40.0%
CGGTTATTATGAGAAGAAGG+AGG - Chr6:110486897-110486916 None:intergenic 40.0%
CTCAAAATGTACCGTGCAAA+TGG - Chr6:110486204-110486223 None:intergenic 40.0%
GCTAGGGTATGATTCAAAAG+AGG - Chr6:110487061-110487080 None:intergenic 40.0%
GCTATTAAGAAGCTGAAAGC+TGG + Chr6:110486025-110486044 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
GGATGATAACAAGGTTCCAT+AGG + Chr6:110486947-110486966 MsG0680035672.01.T01:intron 40.0%
GGATTTGGATCTGTACACAT+AGG + Chr6:110485977-110485996 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
GTGTCTGAAAACTGCCATAT+GGG + Chr6:110486577-110486596 MsG0680035672.01.T01:intron 40.0%
GTTAGCATCAGAGAAACTGT+CGG - Chr6:110485942-110485961 None:intergenic 40.0%
TCAAATTCATTCCGAAGCCT+TGG - Chr6:110487177-110487196 None:intergenic 40.0%
TGTCTGAAAACTGCCATATG+GGG + Chr6:110486578-110486597 MsG0680035672.01.T01:intron 40.0%
! CATGTTTCTACTCGAGTGAT+GGG + Chr6:110486444-110486463 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
! GTTCTCCTTGAGTTGTTAAC+AGG + Chr6:110486777-110486796 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
! TATTCTCCTTGATGGTAGTG+TGG + Chr6:110486000-110486019 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
! TCATGTTTCTACTCGAGTGA+TGG + Chr6:110486443-110486462 MsG0680035672.01.T01:CDS 40.0%
! TGTTGACAGGTTGCAGATTT+TGG + Chr6:110486390-110486409 MsG0680035672.01.T01:intron 40.0%
AAGAAGCTGAAAGCTGGTAG+CGG + Chr6:110486031-110486050 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
AATGCAATGCGTGAAGAAGG+TGG - Chr6:110485869-110485888 None:intergenic 45.0%
ACATGGTTGATCCAAGGCTT+CGG + Chr6:110487163-110487182 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
ACCAAACTAACGTGCATGTG+AGG - Chr6:110486828-110486847 None:intergenic 45.0%
ATACTAGGTTGTGCGAGTTC+TGG + Chr6:110488465-110488484 MsG0680035672.01.T01:intron 45.0%
ATGCTAACCTCCTTGGACAA+GGG + Chr6:110485954-110485973 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
CACATTACCTGGCTCATCTT+TGG - Chr6:110487267-110487286 None:intergenic 45.0%
CATGGCTGCTTACAGGTATA+TGG + Chr6:110486692-110486711 MsG0680035672.01.T01:intron 45.0%
CCAAACTAACGTGCATGTGA+GGG - Chr6:110486827-110486846 None:intergenic 45.0%
CCAAATGCAATGCGTGAAGA+AGG - Chr6:110485872-110485891 None:intergenic 45.0%
CCGTAATGAGATGACTCGTA+TGG + Chr6:110487197-110487216 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
CCTTCTTCACGCATTGCATT+TGG + Chr6:110485869-110485888 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
CTCGTCCTGTTAACAACTCA+AGG - Chr6:110486785-110486804 None:intergenic 45.0%
CTTAATCAAGGGGTTACACG+TGG + Chr6:110488517-110488536 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
GATCCAGAATATGCTGGTAG+TGG + Chr6:110486714-110486733 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
GCTAAACAACATGCTCTTGC+TGG - Chr6:110485897-110485916 None:intergenic 45.0%
GTCTGAAAACTGCCATATGG+GGG + Chr6:110486579-110486598 MsG0680035672.01.T01:intron 45.0%
GTTGTTTAGCTACGAGGAGT+TGG + Chr6:110485907-110485926 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
TAGCAACCACACTACCATCA+AGG - Chr6:110486009-110486028 None:intergenic 45.0%
TGCAGTTCAAAACCCCCATA+TGG - Chr6:110486594-110486613 None:intergenic 45.0%
TGTCCACTACCAGCATATTC+TGG - Chr6:110486720-110486739 None:intergenic 45.0%
TTAAGCTCATGGCTGCTTAC+AGG + Chr6:110486685-110486704 MsG0680035672.01.T01:intron 45.0%
TTCTCTGATGCTAACCTCCT+TGG + Chr6:110485947-110485966 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
! ACTCGAGTGATGGGAACTTT+CGG + Chr6:110486453-110486472 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
! GAGCATGTTGTTTAGCTACG+AGG + Chr6:110485901-110485920 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
! GCACGTTAGTTTGGTTGAGT+GGG + Chr6:110486833-110486852 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
! GGGGTGTTACGCTTATAACA+AGG + Chr6:110488193-110488212 MsG0680035672.01.T01:intron 45.0%
! TGCACGTTAGTTTGGTTGAG+TGG + Chr6:110486832-110486851 MsG0680035672.01.T01:CDS 45.0%
AGAGAACCATGAGGCGATGA+TGG - Chr6:110485734-110485753 None:intergenic 50.0%
AGTTCGCCTCCTGATGGAAT+TGG - Chr6:110485842-110485861 None:intergenic 50.0%
ATCCAAATCCCCCTTGTCCA+AGG - Chr6:110485967-110485986 None:intergenic 50.0%
CATGCTCCAATTCCATCAGG+AGG + Chr6:110485833-110485852 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
CCCTCACATGCACGTTAGTT+TGG + Chr6:110486824-110486843 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
CCTCATGCTCCAATTCCATC+AGG + Chr6:110485830-110485849 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
CCTGATGGAATTGGAGCATG+AGG - Chr6:110485833-110485852 None:intergenic 50.0%
CGTCCTGATAGAGAACCATG+AGG - Chr6:110485743-110485762 None:intergenic 50.0%
CTTGTTGGATACTGCAGCAC+TGG + Chr6:110486124-110486143 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
GATGCTAACCTCCTTGGACA+AGG + Chr6:110485953-110485972 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
GATGGAATTGGAGCATGAGG+CGG - Chr6:110485830-110485849 None:intergenic 50.0%
TCGCCTCATGGTTCTCTATC+AGG + Chr6:110485737-110485756 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
TGCTAACCTCCTTGGACAAG+GGG + Chr6:110485955-110485974 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
TTGCACACGTCAGTCAGCAA+AGG + Chr6:110487236-110487255 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
! CCTGATAGAGAAGCATGAGG+CGG - Chr6:110485785-110485804 None:intergenic 50.0%
! CGTCCTGATAGAGAAGCATG+AGG - Chr6:110485788-110485807 None:intergenic 50.0%
! CTCGAGTGATGGGAACTTTC+GGG + Chr6:110486454-110486473 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
! GACTGCGGTAGAAAAGCATG+AGG - Chr6:110485680-110485699 None:intergenic 50.0%
!! TAGGTTGTGCGAGTTCTGGA+AGG + Chr6:110488469-110488488 MsG0680035672.01.T01:intron 50.0%
!! TGAAAGCTGGTAGCGGACAA+GGG + Chr6:110486038-110486057 MsG0680035672.01.T01:CDS 50.0%
CAAATCCCCCTTGTCCAAGG+AGG - Chr6:110485964-110485983 None:intergenic 55.0%
CCGCCTCATGCTTCTCTATC+AGG + Chr6:110485782-110485801 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
CTCCTTGGACAAGGGGGATT+TGG + Chr6:110485962-110485981 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
GCTAACCTCCTTGGACAAGG+GGG + Chr6:110485956-110485975 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
GGATCGACCAAAGATGAGCC+AGG + Chr6:110487257-110487276 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
TCACCACCATCATCGCCTCA+TGG + Chr6:110485725-110485744 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
TCTCTGCTGTAACCCCTGCT+GGG - Chr6:110488544-110488563 None:intergenic 55.0%
! GAACCATGAGGCGATGATGG+TGG - Chr6:110485731-110485750 None:intergenic 55.0%
!! ACTGCAGCACTGGTTCTCAG+AGG + Chr6:110486134-110486153 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
!! CTGAAAGCTGGTAGCGGACA+AGG + Chr6:110486037-110486056 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
!! GAAAGCTGGTAGCGGACAAG+GGG + Chr6:110486039-110486058 MsG0680035672.01.T01:CDS 55.0%
GAAGCATGAGGCGGCGATGA+TGG - Chr6:110485776-110485795 None:intergenic 60.0%
GCATGAGGCGGCAATGATGG+CGG - Chr6:110485818-110485837 None:intergenic 60.0%
GGAAGCAGTTCGCCTCCTGA+TGG - Chr6:110485848-110485867 None:intergenic 60.0%
GGAGCATGAGGCGGCAATGA+TGG - Chr6:110485821-110485840 None:intergenic 60.0%
GGAGCTTCTACGGTGCAGTC+AGG + Chr6:110487966-110487985 MsG0680035672.01.T01:intron 60.0%
GGTTACACGTGGACCCAGCA+GGG + Chr6:110488528-110488547 MsG0680035672.01.T01:CDS 60.0%
GTCTCTGCTGTAACCCCTGC+TGG - Chr6:110488545-110488564 None:intergenic 60.0%
GTTACACGTGGACCCAGCAG+GGG + Chr6:110488529-110488548 MsG0680035672.01.T01:CDS 60.0%
GGGTTACACGTGGACCCAGC+AGG + Chr6:110488527-110488546 MsG0680035672.01.T01:CDS 65.0%
! GCATGAGGCGGCGATGATGG+AGG - Chr6:110485773-110485792 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 110485674 110488648 110485674 ID=MsG0680035672.01;Name=MsG0680035672.01
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Chr6 exon 110485674 110486211 110485674 ID=MsG0680035672.01.T01:exon:8887;Parent=MsG0680035672.01.T01
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Chr6 exon 110486707 110486854 110486707 ID=MsG0680035672.01.T01:exon:8889;Parent=MsG0680035672.01.T01
Chr6 exon 110487123 110487278 110487123 ID=MsG0680035672.01.T01:exon:8890;Parent=MsG0680035672.01.T01
Chr6 exon 110488472 110488648 110488472 ID=MsG0680035672.01.T01:exon:8891;Parent=MsG0680035672.01.T01
Chr6 CDS 110485674 110486211 110485674 ID=MsG0680035672.01.T01:cds;Parent=MsG0680035672.01.T01
Chr6 CDS 110486406 110486475 110486406 ID=MsG0680035672.01.T01:cds;Parent=MsG0680035672.01.T01
Chr6 CDS 110486707 110486854 110486707 ID=MsG0680035672.01.T01:cds;Parent=MsG0680035672.01.T01
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Chr6 CDS 110488472 110488648 110488472 ID=MsG0680035672.01.T01:cds;Parent=MsG0680035672.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035672.01.T01

ATGCCTCATGCTTTTCTACCGCAGTCTAATGCTTTTCTATCAAGACGTCTGTCACCACCATCATCGCCTCATGGTTCTCTATCAGGACGTCTGTCACCTCCATCATCGCCGCCTCATGCTTCTCTATCAGGACGTCTGTCACCGCCATCATTGCCGCCTCATGCTCCAATTCCATCAGGAGGCGAACTGCTTCCACCTTCTTCACGCATTGCATTTGGCTCCAGCAAGAGCATGTTGTTTAGCTACGAGGAGTTGGAGCATGCAGCCGACAGTTTCTCTGATGCTAACCTCCTTGGACAAGGGGGATTTGGATCTGTACACATAGGTATTCTCCTTGATGGTAGTGTGGTTGCTATTAAGAAGCTGAAAGCTGGTAGCGGACAAGGGGAACGCGAATTTCAAGCTGAAGTTGAGATTATTAGCCGTGTTCATCACAAACATCTTGTCTCTCTTGTTGGATACTGCAGCACTGGTTCTCAGAGGCTACTAATTGCTTATGAATTTGTTTCTAGCAATACATTGAAATTCCATTTGCACGATTTTGGTATTGCAAAGACTACTTCTGATTTCAATACTCATGTTTCTACTCGAGTGATGGGAACTTTCGGGTATATGGATCCAGAATATGCTGGTAGTGGACAACTTACTGACAAATCAGATGTTTTCTCTTATGGAGTCGTTCTCCTTGAGTTGTTAACAGGACGAGTGCCGATTGATAAAGCTAACCCTCACATGCACGTTAGTTTGGTTGAGTGGGCTAGGCCTTTTCTCATGAGTGCTTCAAAAGGAAAAAATTACATGGTTGATCCAAGGCTTCGGAATGAATTTGACCGTAATGAGATGACTCGTATGGTAGCATGCGCTGCAGCTTGCACACGTCAGTCAGCAAAGGATCGACCAAAGATGAGCCAGGTTGTGCGAGTTCTGGAAGGAGCTTTGTCAATAGCAAATCTAAATCTTAATCAAGGGGTTACACGTGGACCCAGCAGGGGTTACAGCAGAGACTACAATAGTCAGCAAGAAAACATGACAAAGTTGAAGTTGAAAAAAATAGCATCAGACATCAAAGGGAAATTGAAATGGAAATGA
Protein sequence

>MsG0680035672.01.T01

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