AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035674.01

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MsG0680035674.01.T01 AT1G07570 37.019 208 99 5 1 205 173 351 5.66e-33 124
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MsG0680035674.01.T01 AT1G31420 42.308 156 71 2 1 156 399 535 7.58e-32 123
MsG0680035674.01.T01 AT5G45780 33.884 242 113 7 1 221 352 567 8.26e-32 123
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MsG0680035674.01.T01 AT2G18890 35.754 179 89 4 1 179 164 316 9.87e-32 121
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MsG0680035674.01.T01 AT1G66460 36.453 203 104 5 1 202 258 436 2.06e-31 121
MsG0680035674.01.T01 AT1G07870 37.126 167 84 2 1 167 199 344 2.13e-31 122
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MsG0680035674.01.T01 AT2G42960 36.239 218 110 5 1 217 278 467 2.19e-31 121
MsG0680035674.01.T01 AT2G42960 36.239 218 110 5 1 217 278 467 2.19e-31 121
MsG0680035674.01.T01 AT2G42960 36.239 218 110 5 1 217 278 467 2.19e-31 121
MsG0680035674.01.T01 AT2G28590 37.725 167 83 2 1 167 194 339 2.37e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT4G30520 40.331 181 84 4 1 180 395 552 2.40e-31 122
MsG0680035674.01.T01 AT1G54820 37.714 175 88 2 1 175 250 403 2.48e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G09440 35.681 213 102 4 1 209 252 433 3.87e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G09440 35.681 213 102 4 1 209 252 433 3.87e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G56720 36.364 209 106 3 1 209 274 455 3.92e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G56720 36.364 209 106 3 1 209 274 455 3.92e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G56720 36.364 209 106 3 1 209 274 455 3.92e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G56720 36.364 209 106 3 1 209 274 455 3.92e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT1G54820 37.430 179 91 2 1 179 250 407 4.40e-31 120
MsG0680035674.01.T01 AT4G22130 38.286 175 86 3 1 175 492 644 4.58e-31 122
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51790 35.349 215 95 6 1 207 669 847 1.22e-28 115
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MsG0680035674.01.T01 AT2G07180 31.667 240 138 4 1 240 190 403 1.89e-28 112
MsG0680035674.01.T01 AT4G29180 36.264 182 90 4 1 180 673 830 2.07e-28 114
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MsG0680035674.01.T01 AT1G48210 45.070 142 60 3 1 142 167 290 1.15e-27 108
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MsG0680035674.01.T01 AT2G04300 33.831 201 103 6 1 200 676 847 7.97e-26 107
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MsG0680035674.01.T01 AT2G28970 34.483 203 103 8 1 202 573 746 1.05e-25 106
MsG0680035674.01.T01 AT5G48940 42.759 145 60 5 1 143 889 1012 1.10e-25 106
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MsG0680035674.01.T01 AT5G42120 36.111 180 91 3 1 180 469 624 1.37e-25 105
MsG0680035674.01.T01 AT5G49770 45.736 129 52 2 1 129 727 837 1.59e-25 105
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MsG0680035674.01.T01 AT5G59670 35.096 208 91 6 1 200 658 829 1.72e-25 105
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MsG0680035674.01.T01 AT1G24030 42.568 148 65 3 1 146 104 233 2.50e-25 102
MsG0680035674.01.T01 AT1G72180 33.668 199 98 5 1 194 783 952 2.51e-25 105
MsG0680035674.01.T01 AT4G20140 39.394 165 79 6 1 164 1053 1197 2.57e-25 105
MsG0680035674.01.T01 AT1G70740 39.041 146 70 2 1 146 144 270 3.10e-25 103
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MsG0680035674.01.T01 AT5G59650 34.500 200 103 5 1 200 681 852 3.90e-25 104
MsG0680035674.01.T01 AT2G17220 34.807 181 96 3 1 181 190 348 3.92e-25 103
MsG0680035674.01.T01 AT5G59650 34.500 200 103 5 1 200 673 844 4.00e-25 104
MsG0680035674.01.T01 AT1G06840 47.244 127 54 3 1 127 718 831 4.00e-25 104
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MsG0680035674.01.T01 AT3G46355 33.990 203 101 7 1 202 81 251 4.86e-25 101
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MsG0680035674.01.T01 AT1G24030 42.568 148 65 3 1 146 172 301 1.01e-24 101
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MsG0680035674.01.T01 AT4G03390 37.725 167 82 4 1 167 582 726 1.15e-24 103
MsG0680035674.01.T01 AT5G61480 38.732 142 65 4 2 143 822 941 1.20e-24 103
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MsG0680035674.01.T01 AT4G26540 36.066 183 72 4 1 168 852 1004 1.34e-24 103
MsG0680035674.01.T01 AT4G20450 33.654 208 94 5 1 200 685 856 1.46e-24 103
MsG0680035674.01.T01 AT2G29000 33.168 202 107 5 1 202 659 832 1.51e-24 103
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MsG0680035674.01.T01 AT2G37050 31.602 231 118 7 1 229 698 890 2.16e-24 102
MsG0680035674.01.T01 AT5G59660 34.615 208 89 6 1 200 557 725 2.32e-24 102
MsG0680035674.01.T01 AT5G59680 31.500 200 109 4 1 200 674 845 2.46e-24 102
MsG0680035674.01.T01 AT5G59660 34.615 208 89 6 1 200 582 750 2.50e-24 102
MsG0680035674.01.T01 AT5G59660 34.615 208 89 6 1 200 579 747 2.55e-24 102
MsG0680035674.01.T01 AT2G20850 35.795 176 91 3 1 176 575 728 3.26e-24 102
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51890 33.880 183 91 6 1 180 391 546 6.61e-24 100
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51830 32.836 201 105 6 1 200 487 658 7.16e-24 101
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MsG0680035674.01.T01 AT3G46370 32.692 208 96 5 1 200 581 752 7.22e-24 101
MsG0680035674.01.T01 AT1G12460 36.723 177 88 7 1 176 557 710 7.47e-24 100
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51890 33.880 183 91 6 1 180 663 818 8.42e-24 100
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MsG0680035674.01.T01 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
MsG0680035674.01.T01 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
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MsG0680035674.01.T01 AT2G28990 31.500 200 109 5 1 200 671 842 1.09e-23 100
MsG0680035674.01.T01 AT1G29720 32.778 180 98 3 1 180 766 922 1.12e-23 100
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51880 32.967 182 94 6 1 180 685 840 2.57e-23 99.8
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MsG0680035674.01.T01 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
MsG0680035674.01.T01 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
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MsG0680035674.01.T01 AT1G51860 32.967 182 94 6 1 180 677 832 6.02e-23 98.6
MsG0680035674.01.T01 AT5G06740 30.882 204 112 5 1 200 424 602 6.04e-23 98.2
MsG0680035674.01.T01 AT4G23260 30.693 202 113 5 1 201 433 608 6.43e-23 98.2
MsG0680035674.01.T01 AT1G51860 32.967 182 94 6 1 180 533 688 6.45e-23 98.2
MsG0680035674.01.T01 AT4G23250 32.768 177 96 4 1 176 448 602 7.02e-23 98.2
MsG0680035674.01.T01 AT4G35600 33.333 186 95 6 3 183 191 352 7.21e-23 97.1
MsG0680035674.01.T01 AT4G35600 33.333 186 95 6 3 183 190 351 8.13e-23 97.1
MsG0680035674.01.T01 AT4G23280 34.444 180 97 4 1 180 388 546 8.22e-23 97.8
MsG0680035674.01.T01 AT5G11410 34.286 175 91 5 1 175 63 213 8.25e-23 94.4
MsG0680035674.01.T02 AT3G24550 60.072 278 71 4 1 257 373 631 1.59e-104 317
MsG0680035674.01.T02 AT1G52290 54.380 274 84 5 1 253 236 489 5.82e-91 278
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MsG0680035674.01.T02 AT3G05140 34.375 256 109 9 1 228 236 460 8.46e-33 125
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MsG0680035674.01.T02 AT2G28250 41.398 186 84 6 1 181 308 473 1.92e-32 125
MsG0680035674.01.T02 AT2G28250 41.398 186 84 6 1 181 308 473 1.92e-32 125
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MsG0680035674.01.T02 AT2G18890 35.754 179 89 4 1 179 164 316 9.87e-32 121
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MsG0680035674.01.T02 AT1G56720 36.364 209 106 3 1 209 274 455 3.92e-31 120
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MsG0680035674.01.T02 AT2G35620 41.667 156 72 2 1 156 396 532 2.01e-30 119
MsG0680035674.01.T02 AT2G35620 41.667 156 72 2 1 156 396 532 2.01e-30 119
MsG0680035674.01.T02 AT5G18610 37.725 167 83 2 1 167 179 324 2.15e-30 119
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MsG0680035674.01.T02 AT5G18610 37.725 167 83 2 1 167 179 324 2.15e-30 119
MsG0680035674.01.T02 AT1G67720 39.429 175 83 3 1 175 700 851 2.32e-30 120
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MsG0680035674.01.T02 AT4G35030 35.000 180 94 3 1 179 199 356 4.20e-30 117
MsG0680035674.01.T02 AT4G35030 35.000 180 94 3 1 179 199 356 4.20e-30 117
MsG0680035674.01.T02 AT4G35030 35.000 180 94 3 1 179 199 356 4.20e-30 117
MsG0680035674.01.T02 AT1G55610 40.476 168 74 4 1 166 956 1099 4.42e-30 119
MsG0680035674.01.T02 AT1G55610 40.476 168 74 4 1 166 956 1099 4.42e-30 119
MsG0680035674.01.T02 AT4G32000 38.889 180 87 4 1 180 223 379 5.44e-30 116
MsG0680035674.01.T02 AT4G32000 38.889 180 87 4 1 180 224 380 5.79e-30 116
MsG0680035674.01.T02 AT1G61860 37.725 167 83 3 1 167 181 326 7.79e-30 115
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MsG0680035674.01.T02 AT2G04300 33.831 201 103 6 1 200 676 847 7.97e-26 107
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MsG0680035674.01.T02 AT5G61480 38.732 142 65 4 2 143 822 941 1.20e-24 103
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MsG0680035674.01.T02 AT5G59660 34.615 208 89 6 1 200 579 747 2.55e-24 102
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MsG0680035674.01.T02 AT4G35030 35.099 151 79 2 1 150 199 331 5.45e-24 99.4
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MsG0680035674.01.T02 AT1G51830 32.836 201 105 6 1 200 487 658 7.16e-24 101
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MsG0680035674.01.T02 AT3G46370 32.692 208 96 5 1 200 581 752 7.22e-24 101
MsG0680035674.01.T02 AT1G12460 36.723 177 88 7 1 176 557 710 7.47e-24 100
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MsG0680035674.01.T02 AT1G51890 33.880 183 91 6 1 180 663 818 8.42e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G58940 35.393 178 94 3 1 178 242 398 8.88e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT1G70530 40.800 125 55 2 1 125 417 522 9.27e-24 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G10520 39.437 142 65 3 1 142 247 367 9.74e-24 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT1G12460 36.723 177 88 7 1 176 696 849 1.07e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT2G28990 31.500 200 109 5 1 200 671 842 1.09e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT2G28990 31.500 200 109 5 1 200 671 842 1.09e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT1G29720 32.778 180 98 3 1 180 766 922 1.12e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT4G00960 31.373 204 109 6 1 200 56 232 1.13e-23 97.4
MsG0680035674.01.T02 AT1G28440 34.132 167 87 4 1 167 784 927 1.13e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT1G51810 32.338 201 106 6 1 200 544 715 1.16e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT5G65600 32.609 184 101 3 1 180 444 608 1.41e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT4G00960 31.373 204 109 6 1 200 63 239 1.70e-23 97.1
MsG0680035674.01.T02 AT1G66150 38.125 160 78 3 3 160 688 828 1.90e-23 100
MsG0680035674.01.T02 AT1G80640 33.149 181 88 4 1 180 244 392 1.91e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 634 775 2.11e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT5G02070 35.079 191 103 4 1 191 459 628 2.15e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT4G23190 33.880 183 96 6 1 180 444 604 2.17e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT4G00330 34.940 166 88 3 1 166 216 361 2.17e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT4G00330 34.940 166 88 3 1 166 216 361 2.17e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT1G51880 32.967 182 94 6 1 180 677 832 2.27e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT1G51880 33.889 180 95 6 1 180 659 814 2.41e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT4G23190 33.880 183 96 6 1 180 366 526 2.55e-23 99.4
MsG0680035674.01.T02 AT4G23190 33.880 183 96 6 1 180 366 526 2.55e-23 99.4
MsG0680035674.01.T02 AT1G51880 32.967 182 94 6 1 180 685 840 2.57e-23 99.8
MsG0680035674.01.T02 AT2G21480 35.196 179 93 3 1 179 618 773 2.80e-23 99.4
MsG0680035674.01.T02 AT3G21340 31.841 201 107 6 1 200 686 857 3.14e-23 99.4
MsG0680035674.01.T02 AT2G18890 39.516 124 57 2 1 124 164 269 3.67e-23 95.9
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 719 860 4.04e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT5G01950 37.195 164 81 3 1 164 724 865 4.08e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT1G07560 30.500 200 111 4 1 200 661 832 4.34e-23 99.0
MsG0680035674.01.T02 AT4G28670 34.463 177 95 4 1 176 425 581 4.39e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT4G04490 35.393 178 84 6 1 176 434 582 5.11e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT5G06740 30.882 204 112 5 1 200 436 614 5.76e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT4G00960 31.373 204 109 6 1 200 150 326 5.81e-23 97.1
MsG0680035674.01.T02 AT4G23260 30.693 202 113 5 1 201 422 597 5.90e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT4G23250 32.768 177 96 4 1 176 453 607 6.01e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT4G23250 32.768 177 96 4 1 176 448 602 6.02e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT1G51860 32.967 182 94 6 1 180 677 832 6.02e-23 98.6
MsG0680035674.01.T02 AT5G06740 30.882 204 112 5 1 200 424 602 6.04e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT4G23260 30.693 202 113 5 1 201 433 608 6.43e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT1G51860 32.967 182 94 6 1 180 533 688 6.45e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT4G23250 32.768 177 96 4 1 176 448 602 7.02e-23 98.2
MsG0680035674.01.T02 AT4G35600 33.333 186 95 6 3 183 191 352 7.21e-23 97.1
MsG0680035674.01.T02 AT4G35600 33.333 186 95 6 3 183 190 351 8.13e-23 97.1
MsG0680035674.01.T02 AT4G23280 34.444 180 97 4 1 180 388 546 8.22e-23 97.8
MsG0680035674.01.T02 AT5G11410 34.286 175 91 5 1 175 63 213 8.25e-23 94.4

Find 28 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 109 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TATATTTCCAACCCTTAATA+AGG 0.241173 6:-110524687 None:intergenic
AGAGAAACGGTCAAGGATTC+AGG 0.310046 6:+110524428 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR
AAAAGAGTGTGATAATAATT+TGG 0.313631 6:-110524586 None:intergenic
TTCCCTTGTTCTGACGGCTT+TGG 0.348317 6:-110524372 None:intergenic
ATTTCCATTTCCTAGTTGTC+TGG 0.373683 6:-110524400 None:intergenic
AGCCGTCAGAACAAGGGAAA+TGG 0.390521 6:+110524376 MsG0680035674.01.T01:CDS
TCCACTGTACTCGCTGCTTC+CGG 0.417351 6:-110524302 None:intergenic
GCCCATTTCCCTTGTTCTGA+CGG 0.452611 6:-110524378 None:intergenic
GCCGTCAGAACAAGGGAAAT+GGG 0.455725 6:+110524377 MsG0680035674.01.T01:CDS
TGGGCCAGACAACTAGGAAA+TGG 0.463214 6:+110524396 MsG0680035674.01.T01:exon
GTATTGTTGAGTATCGTAAT+CGG 0.481105 6:-110524227 None:intergenic
AAACCAAAGCCGTCAGAACA+AGG 0.486683 6:+110524369 MsG0680035674.01.T01:CDS
TAGGTTGTGCGCGCTCTAGA+AGG 0.504892 6:+110524130 MsG0680035674.01.T01:intron
CTGTAGACACTGCTGTGTCC+AGG 0.516062 6:-110524190 None:intergenic
GGGAAATGGGCCAGACAACT+AGG 0.526202 6:+110524390 MsG0680035674.01.T01:CDS
AGTGGAGCTACTAGTGAATA+CGG 0.528925 6:+110524319 MsG0680035674.01.T01:CDS
CTCAATGAAGGGGTTAGACC+TGG 0.529895 6:+110524172 MsG0680035674.01.T01:CDS
TCGCTAGCAGATCTCAATGA+AGG 0.534230 6:+110524160 MsG0680035674.01.T01:CDS
CGGTCAAGGATTCAGGTAAG+TGG 0.539748 6:+110524435 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR
CGCTAGCAGATCTCAATGAA+GGG 0.543956 6:+110524161 MsG0680035674.01.T01:CDS
AATTCAACTGTACCATCCAT+AGG 0.575218 6:-110524533 None:intergenic
GAATACGGTTTAAACCCCTC+TGG 0.577653 6:+110524334 MsG0680035674.01.T01:CDS
CAGGTAAGTGGAAGTTCATG+AGG 0.584071 6:+110524447 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR
TTAGGAACTCAAGAGTATGC+CGG 0.612563 6:+110524283 MsG0680035674.01.T01:CDS
AACCAAAGCCGTCAGAACAA+GGG 0.620035 6:+110524370 MsG0680035674.01.T01:CDS
GCCGGAAGCAGCGAGTACAG+TGG 0.662875 6:+110524301 MsG0680035674.01.T01:CDS
TTTCGCTGCTTGAGCCAGAG+GGG 0.664016 6:-110524348 None:intergenic
GCTAGCAGATCTCAATGAAG+GGG 0.669878 6:+110524162 MsG0680035674.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGAAATTTACAATAAAAAAT+CGG - Chr6:110522824-110522843 None:intergenic 10.0%
!!! CTAATAATTTTACATACTAT+AGG + Chr6:110524111-110524130 MsG0680035674.01.T01:intron 15.0%
!!! TCATTATTTTTCCTTATTAA+GGG + Chr6:110524676-110524695 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 15.0%
!!! TTCATTATTTTTCCTTATTA+AGG + Chr6:110524675-110524694 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 15.0%
!! AAAATATGCTCAAATATAGA+AGG - Chr6:110524087-110524106 None:intergenic 20.0%
!! AGATTGAATAGATACATTAA+AGG + Chr6:110523192-110523211 MsG0680035674.01.T01:intron 20.0%
!! ATAGATTGTCTGATATAATT+TGG + Chr6:110523851-110523870 MsG0680035674.01.T01:intron 20.0%
!!! AAAAGAGTGTGATAATAATT+TGG - Chr6:110524589-110524608 None:intergenic 20.0%
! AAATCTTGACATTAATGGAA+AGG - Chr6:110523927-110523946 None:intergenic 25.0%
! ATATAAAGCAAGATTCATGT+AGG - Chr6:110524037-110524056 None:intergenic 25.0%
! ATGGAAATGAAAAAGAGAAA+CGG + Chr6:110524415-110524434 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! CATGATAAAGTTCAGAAAAA+TGG + Chr6:110524258-110524277 MsG0680035674.01.T01:CDS 25.0%
! CTGTGTTAACTATAAATTGT+TGG + Chr6:110523243-110523262 MsG0680035674.01.T01:intron 25.0%
! GAACTAAATCTTGACATTAA+TGG - Chr6:110523932-110523951 None:intergenic 25.0%
! TATATTTCCAACCCTTAATA+AGG - Chr6:110524690-110524709 None:intergenic 25.0%
! TTGTAAATTTCTCTTTGTTC+AGG + Chr6:110522832-110522851 MsG0680035674.01.T01:intron 25.0%
! TTTATTCCCTTCTCAAAATT+TGG + Chr6:110523121-110523140 MsG0680035674.01.T01:intron 25.0%
!! AAATCAGATGTTTTCTCTTA+TGG + Chr6:110523386-110523405 MsG0680035674.01.T01:CDS 25.0%
!! AGAGTGTATCTTTCTTTTAT+TGG + Chr6:110523529-110523548 MsG0680035674.01.T01:intron 25.0%
!! TATTTTTCCTTATTAAGGGT+TGG + Chr6:110524680-110524699 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! TCTTTTATTGGATGATATCA+AGG + Chr6:110523541-110523560 MsG0680035674.01.T01:intron 25.0%
!!! ATGATATCCAAATTTTGAGA+AGG - Chr6:110523131-110523150 None:intergenic 25.0%
!!! TGATATCCAAATTTTGAGAA+GGG - Chr6:110523130-110523149 None:intergenic 25.0%
!!! TGATTTTAAGTTTGAAGCAA+AGG + Chr6:110522903-110522922 MsG0680035674.01.T01:CDS 25.0%
AACAAAATCTTGACTTTACC+TGG - Chr6:110523769-110523788 None:intergenic 30.0%
AAGTTCAGAAAAATGGCATT+AGG + Chr6:110524265-110524284 MsG0680035674.01.T01:CDS 30.0%
TAAGTCTGATCTTTATCAAC+CGG - Chr6:110523446-110523465 None:intergenic 30.0%
TGATAAAGATCAGACTTACA+TGG + Chr6:110523448-110523467 MsG0680035674.01.T01:CDS 30.0%
! AGTATTGAATTTCTGTTGAC+AGG + Chr6:110523010-110523029 MsG0680035674.01.T01:intron 30.0%
! GTATTGTTGAGTATCGTAAT+CGG - Chr6:110524230-110524249 None:intergenic 30.0%
! TGTTAGCAGCTTTAATATCA+CGG - Chr6:110522876-110522895 None:intergenic 30.0%
AATTCAACTGTACCATCCAT+AGG - Chr6:110524536-110524555 None:intergenic 35.0%
ACAAGACTGAGAATTGCTTT+AGG + Chr6:110522709-110522728 MsG0680035674.01.T01:CDS 35.0%
ATATCACGGTGAATGATCTT+AGG - Chr6:110522862-110522881 None:intergenic 35.0%
ATCCGATTCTTTGACACATT+AGG + Chr6:110523824-110523843 MsG0680035674.01.T01:intron 35.0%
ATGAAAAAGAGAAACGGTCA+AGG + Chr6:110524421-110524440 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
ATGCTCCTTGAGTTATTAAC+TGG + Chr6:110523413-110523432 MsG0680035674.01.T01:CDS 35.0%
ATTTCCATTTCCTAGTTGTC+TGG - Chr6:110524403-110524422 None:intergenic 35.0%
CAAAGAATCGGATATGAGTT+TGG - Chr6:110523817-110523836 None:intergenic 35.0%
CATCCATAGGTGAAAAATCA+AGG - Chr6:110524523-110524542 None:intergenic 35.0%
GACTTACATGGATGATAGTT+TGG + Chr6:110523460-110523479 MsG0680035674.01.T01:CDS 35.0%
TACAAGCAACACTGACATAT+TGG - Chr6:110523954-110523973 None:intergenic 35.0%
TAGATTCTCTGATTGATCCA+AGG + Chr6:110523649-110523668 MsG0680035674.01.T01:CDS 35.0%
TATTCATCTTTCATCGTCAC+AGG + Chr6:110523587-110523606 MsG0680035674.01.T01:intron 35.0%
TGCCTAATGTGTCAAAGAAT+CGG - Chr6:110523829-110523848 None:intergenic 35.0%
! CTTGATTTTTCACCTATGGA+TGG + Chr6:110524521-110524540 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! TGTCCTTGATTTTTCACCTA+TGG + Chr6:110524517-110524536 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! TGTTGCTTGTACAATTGCAA+TGG + Chr6:110523963-110523982 MsG0680035674.01.T01:intron 35.0%
! TTTTGCTTGACTGACATGTT+TGG + Chr6:110524554-110524573 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
!! ATTGCTTTAGGATCTGCTAA+AGG + Chr6:110522721-110522740 MsG0680035674.01.T01:CDS 35.0%
!! TCAAAATCATTCTGAAGCCT+TGG - Chr6:110523669-110523688 None:intergenic 35.0%
!!! GACTTCATTTTTTTCAGCCT+CGG + Chr6:110522784-110522803 MsG0680035674.01.T01:intron 35.0%
ACACAGTTCAAACCACCATA+TGG - Chr6:110523229-110523248 None:intergenic 40.0%
ACCACAAGGAAGATACGTAA+TGG - Chr6:110522935-110522954 None:intergenic 40.0%
AGTGGAGCTACTAGTGAATA+CGG + Chr6:110524319-110524338 MsG0680035674.01.T01:CDS 40.0%
GAACTAACATAGCTGCTTAC+AGG + Chr6:110523321-110523340 MsG0680035674.01.T01:intron 40.0%
GGATGATAGTTTGGTTGAGT+GGG + Chr6:110523469-110523488 MsG0680035674.01.T01:CDS 40.0%
GTCGTCCAGTTAATAACTCA+AGG - Chr6:110523421-110523440 None:intergenic 40.0%
TCCATTACGTATCTTCCTTG+TGG + Chr6:110522931-110522950 MsG0680035674.01.T01:intron 40.0%
TGGATGATAGTTTGGTTGAG+TGG + Chr6:110523468-110523487 MsG0680035674.01.T01:CDS 40.0%
TTTCCACTAGCAGCATATTC+TGG - Chr6:110523356-110523375 None:intergenic 40.0%
! TTAGGAACTCAAGAGTATGC+CGG + Chr6:110524283-110524302 MsG0680035674.01.T01:CDS 40.0%
!!! TGTTGACAGGTTGCTGATTT+TGG + Chr6:110523023-110523042 MsG0680035674.01.T01:intron 40.0%
AAACCAAAGCCGTCAGAACA+AGG + Chr6:110524369-110524388 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
AACCAAAGCCGTCAGAACAA+GGG + Chr6:110524370-110524389 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
AAGGCCTGAAATGTGCCATA+TGG + Chr6:110523211-110523230 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
ACCACCATATGGCACATTTC+AGG - Chr6:110523218-110523237 None:intergenic 45.0%
ACCATACGGGTCATCTCATT+AGG - Chr6:110523693-110523712 None:intergenic 45.0%
ACGTATCTTCCTTGTGGTAG+TGG + Chr6:110522937-110522956 MsG0680035674.01.T01:intron 45.0%
AGAGAAACGGTCAAGGATTC+AGG + Chr6:110524428-110524447 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
ATCTTTCATCGTCACAGGCT+AGG + Chr6:110523592-110523611 MsG0680035674.01.T01:intron 45.0%
ATGTCTCTACTCGAGAGTGA+TGG + Chr6:110523078-110523097 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
CAGGTAAGTGGAAGTTCATG+AGG + Chr6:110524447-110524466 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
CATAGCTGCTTACAGGTATC+TGG + Chr6:110523328-110523347 MsG0680035674.01.T01:intron 45.0%
CCATACGGGTCATCTCATTA+GGG - Chr6:110523692-110523711 None:intergenic 45.0%
CGCTAGCAGATCTCAATGAA+GGG + Chr6:110524161-110524180 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
GAATACGGTTTAAACCCCTC+TGG + Chr6:110524334-110524353 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
GCTAGCAGATCTCAATGAAG+GGG + Chr6:110524162-110524181 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
GTTATTAACTGGACGACGAC+CGG + Chr6:110523424-110523443 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
TAATGAGATGACCCGTATGG+TGG + Chr6:110523692-110523711 MsG0680035674.01.T01:intron 45.0%
TCGCTAGCAGATCTCAATGA+AGG + Chr6:110524160-110524179 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
TGACTTTACCTGGCTCATCT+TGG - Chr6:110523759-110523778 None:intergenic 45.0%
TGTCTCTACTCGAGAGTGAT+GGG + Chr6:110523079-110523098 MsG0680035674.01.T01:CDS 45.0%
! TCTAAAGCACGCATGAGCAA+AGG - Chr6:110523618-110523637 None:intergenic 45.0%
AGCCGTCAGAACAAGGGAAA+TGG + Chr6:110524376-110524395 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
AGTGCAACACCACTACCACA+AGG - Chr6:110522949-110522968 None:intergenic 50.0%
CCCTAATGAGATGACCCGTA+TGG + Chr6:110523689-110523708 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
CGGTCAAGGATTCAGGTAAG+TGG + Chr6:110524435-110524454 MsG0680035674.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
CGGTTGACAAAAACTAGCCG+AGG - Chr6:110522804-110522823 None:intergenic 50.0%
CTCAATGAAGGGGTTAGACC+TGG + Chr6:110524172-110524191 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
GCCCATTTCCCTTGTTCTGA+CGG - Chr6:110524381-110524400 None:intergenic 50.0%
GCCGTCAGAACAAGGGAAAT+GGG + Chr6:110524377-110524396 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
GCCTGAAATGTGCCATATGG+TGG + Chr6:110523214-110523233 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
GCTCCAGAATATGCTGCTAG+TGG + Chr6:110523350-110523369 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
TGGGCCAGACAACTAGGAAA+TGG + Chr6:110524396-110524415 MsG0680035674.01.T01:exon 50.0%
TTCCCTTGTTCTGACGGCTT+TGG - Chr6:110524375-110524394 None:intergenic 50.0%
! CTCGAGAGTGATGGGACTTT+CGG + Chr6:110523087-110523106 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
! TCGAGAGTGATGGGACTTTC+GGG + Chr6:110523088-110523107 MsG0680035674.01.T01:CDS 50.0%
! TTTTCGCTGCTTGAGCCAGA+GGG - Chr6:110524352-110524371 None:intergenic 50.0%
CTGTAGACACTGCTGTGTCC+AGG - Chr6:110524193-110524212 None:intergenic 55.0%
GGGAAATGGGCCAGACAACT+AGG + Chr6:110524390-110524409 MsG0680035674.01.T01:CDS 55.0%
TCCACTGTACTCGCTGCTTC+CGG - Chr6:110524305-110524324 None:intergenic 55.0%
TTTCGCTGCTTGAGCCAGAG+GGG - Chr6:110524351-110524370 None:intergenic 55.0%
! GTTTTCGCTGCTTGAGCCAG+AGG - Chr6:110524353-110524372 None:intergenic 55.0%
! TAGGTTGTGCGCGCTCTAGA+AGG + Chr6:110524130-110524149 MsG0680035674.01.T01:intron 55.0%
CTGCAGCGCATGCCACCATA+CGG - Chr6:110523707-110523726 None:intergenic 60.0%
TGCAGCGCATGCCACCATAC+GGG - Chr6:110523706-110523725 None:intergenic 60.0%
!! AGCGTCGACCAAGATGAGCC+AGG + Chr6:110523748-110523767 MsG0680035674.01.T01:intron 60.0%
GCCGGAAGCAGCGAGTACAG+TGG + Chr6:110524301-110524320 MsG0680035674.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 110522697 110524726 110522697 ID=MsG0680035674.01;Name=MsG0680035674.01
Chr6 mRNA 110522697 110524726 110522697 ID=MsG0680035674.01.T01;Parent=MsG0680035674.01;Name=MsG0680035674.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.50;_QI=0|0.55|0.7|1|0.44|0.4|10|315|267
Chr6 exon 110524133 110524726 110524133 ID=MsG0680035674.01.T01:exon:8904;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110522697 110522766 110522697 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110522854 110522938 110522854 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110523032 110523109 110523032 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110523194 110523235 110523194 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110523343 110523490 110523343 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110523609 110523710 110523609 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 CDS 110524133 110524411 110524133 ID=MsG0680035674.01.T01:cds;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 three_prime_UTR 110524412 110524726 110524412 ID=MsG0680035674.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0680035674.01.T01
Chr6 mRNA 110522697 110524723 110522697 ID=MsG0680035674.01.T02;Parent=MsG0680035674.01;Name=MsG0680035674.01.T02;_AED=0.49;_eAED=0.50;_QI=0|0.5|0.66|1|0.5|0.44|9|312|267
Chr6 exon 110524133 110524723 110524133 ID=MsG0680035674.01.T02:exon:8905;Parent=MsG0680035674.01.T02
Chr6 CDS 110522697 110522766 110522697 ID=MsG0680035674.01.T02:cds;Parent=MsG0680035674.01.T02
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Chr6 CDS 110523343 110523490 110523343 ID=MsG0680035674.01.T02:cds;Parent=MsG0680035674.01.T02
Chr6 CDS 110523609 110523710 110523609 ID=MsG0680035674.01.T02:cds;Parent=MsG0680035674.01.T02
Chr6 CDS 110524133 110524411 110524133 ID=MsG0680035674.01.T02:cds;Parent=MsG0680035674.01.T02
Chr6 three_prime_UTR 110524412 110524723 110524412 ID=MsG0680035674.01.T02:three_prime_utr;Parent=MsG0680035674.01.T02
Gene Sequence

>MsG0680035674.01.T01

ATGGATTGGTCAACAAGACTGAGAATTGCTTTAGGATCTGCTAAAGGACTTGCATATCTTCATGAAGATTGTCATCCTAAGATCATTCACCGTGATATTAAAGCTGCTAACATACTTCTTGATTTTAAGTTTGAAGCAAAGGTATGTTCCATTACGTTGCTGATTTTGGTCTTGCAAAGATTGCTTCTGATCTCAACACTCATGTCTCTACTCGAGAGTGATGGGACTTTCGGATTGAATAGATACATTAAAGGCCTGAAATGTGCCATATGGTGGTATCTGGCTCCAGAATATGCTGCTAGTGGAAAACTTACAGACAAATCAGATGTTTTCTCTTATGGAGTCATGCTCCTTGAGTTATTAACTGGACGACGACCGGTTGATAAAGATCAGACTTACATGGATGATAGTTTGGTTGAGTGGGCTAGGCCTTTGCTCATGCGTGCTTTAGAAGAAGATAATGTAGATTCTCTGATTGATCCAAGGCTTCAGAATGATTTTGACCCTAATGAGATGACCCGTATGGTTGTGCGCGCTCTAGAAGGAGATGTGTCGCTAGCAGATCTCAATGAAGGGGTTAGACCTGGACACAGCAGTGTCTACAGCTCTCACGAAAGCTCCGATTACGATACTCAACAATACAAAGAAGACATGATAAAGTTCAGAAAAATGGCATTAGGAACTCAAGAGTATGCCGGAAGCAGCGAGTACAGTGGAGCTACTAGTGAATACGGTTTAAACCCCTCTGGCTCAAGCAGCGAAAACCAAAGCCGTCAGAACAAGGGAAATGGGCCAGACAACTAG

>MsG0680035674.01.T02

ATGGATTGGTCAACAAGACTGAGAATTGCTTTAGGATCTGCTAAAGGACTTGCATATCTTCATGAAGATTGTCATCCTAAGATCATTCACCGTGATATTAAAGCTGCTAACATACTTCTTGATTTTAAGTTTGAAGCAAAGGTATGTTCCATTACGTTGCTGATTTTGGTCTTGCAAAGATTGCTTCTGATCTCAACACTCATGTCTCTACTCGAGAGTGATGGGACTTTCGGATTGAATAGATACATTAAAGGCCTGAAATGTGCCATATGGTGGTATCTGGCTCCAGAATATGCTGCTAGTGGAAAACTTACAGACAAATCAGATGTTTTCTCTTATGGAGTCATGCTCCTTGAGTTATTAACTGGACGACGACCGGTTGATAAAGATCAGACTTACATGGATGATAGTTTGGTTGAGTGGGCTAGGCCTTTGCTCATGCGTGCTTTAGAAGAAGATAATGTAGATTCTCTGATTGATCCAAGGCTTCAGAATGATTTTGACCCTAATGAGATGACCCGTATGGTTGTGCGCGCTCTAGAAGGAGATGTGTCGCTAGCAGATCTCAATGAAGGGGTTAGACCTGGACACAGCAGTGTCTACAGCTCTCACGAAAGCTCCGATTACGATACTCAACAATACAAAGAAGACATGATAAAGTTCAGAAAAATGGCATTAGGAACTCAAGAGTATGCCGGAAGCAGCGAGTACAGTGGAGCTACTAGTGAATACGGTTTAAACCCCTCTGGCTCAAGCAGCGAAAACCAAAGCCGTCAGAACAAGGGAAATGGGCCAGACAACTAG
Protein sequence

>MsG0680035674.01.T01

MDWSTRLRIALGSAKGLAYLHEDCHPKIIHRDIKAANILLDFKFEAKVCSITLLILVLQRLLLISTLMSLLESDGTFGLNRYIKGLKCAIWWYLAPEYAASGKLTDKSDVFSYGVMLLELLTGRRPVDKDQTYMDDSLVEWARPLLMRALEEDNVDSLIDPRLQNDFDPNEMTRMVVRALEGDVSLADLNEGVRPGHSSVYSSHESSDYDTQQYKEDMIKFRKMALGTQEYAGSSEYSGATSEYGLNPSGSSSENQSRQNKGNGPDN*

>MsG0680035674.01.T02

MDWSTRLRIALGSAKGLAYLHEDCHPKIIHRDIKAANILLDFKFEAKVCSITLLILVLQRLLLISTLMSLLESDGTFGLNRYIKGLKCAIWWYLAPEYAASGKLTDKSDVFSYGVMLLELLTGRRPVDKDQTYMDDSLVEWARPLLMRALEEDNVDSLIDPRLQNDFDPNEMTRMVVRALEGDVSLADLNEGVRPGHSSVYSSHESSDYDTQQYKEDMIKFRKMALGTQEYAGSSEYSGATSEYGLNPSGSSSENQSRQNKGNGPDN*