AlfalfaGEDB | MsG0780037198.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780037198.01

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TFs/TRs:

Gene ID	Type	Classification

Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

Network:

Co-expression Network

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MsG0780037198.01.T01	AT5G45780	48.077	104	53	1	1	104	358	460	1.03e-24	97.4
MsG0780037198.01.T01	AT5G45780	48.077	104	53	1	1	104	401	503	1.07e-24	97.4
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Find 25 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 27 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
CATCCCAAGTTATCTGGTTT+TGG	0.210746	7:+21647242	MsG0780037198.01.T01:CDS
TTGCTTTGGAGTTGCTCTTT+TGG	0.225261	7:+21647388	MsG0780037198.01.T01:CDS
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AGTGGCAACTAACATGTTAA+AGG	0.278122	7:-21647449	None:intergenic
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GGAACTCATCACAGGCATAA+AGG	0.386455	7:+21647409	MsG0780037198.01.T01:CDS
TCATGTTTCAACAAGAGTTA+TGG	0.390325	7:+21647298	MsG0780037198.01.T01:CDS
CAAGCCAAAACCAGATAACT+TGG	0.413643	7:-21647246	None:intergenic
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CTCCAAACCTTTAGCTATAC+CGG	0.448358	7:-21647141	None:intergenic
ATTGTAGCCTAACAAAATGT+TGG	0.483752	7:-21647216	None:intergenic
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TGACCTGTCATTCTGTACCT+TGG	0.523825	7:-21647341	None:intergenic
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TGTTGGAGCATTTGAGGTCA+CGG	0.566752	7:-21647199	None:intergenic
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TAAAGGTTTACTATCGTCGA+AGG	0.591183	7:-21647432	None:intergenic
TTGGCAAAAGTAGGTCTGAT+CGG	0.608245	7:+21647266	MsG0780037198.01.T01:CDS
AAGCCAAAACCAGATAACTT+GGG	0.635037	7:-21647245	None:intergenic
CATATGGCTACTGTGCTCCA+AGG	0.648924	7:+21647324	MsG0780037198.01.T01:CDS
AGGTCACGGTATATGACAGG+AGG	0.649293	7:-21647185	None:intergenic
ATAAGAATGAGAATAGCTGC+CGG	0.651656	7:+21647122	None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
	AAGTCTGACATTTATTGCTT+TGG	+	Chr7:21647374-21647393	MsG0780037198.01.T01:CDS	30.0%
	AATTATCATCCCAAGTTATC+TGG	+	Chr7:21647236-21647255	MsG0780037198.01.T01:CDS	30.0%
	ATTGTAGCCTAACAAAATGT+TGG	-	Chr7:21647219-21647238	None:intergenic	30.0%
	CATGTTTCAACAAGAGTTAT+GGG	+	Chr7:21647299-21647318	MsG0780037198.01.T01:CDS	30.0%
	TCATGTTTCAACAAGAGTTA+TGG	+	Chr7:21647298-21647317	MsG0780037198.01.T01:CDS	30.0%
!	AAATGCTCCAACATTTTGTT+AGG	+	Chr7:21647209-21647228	MsG0780037198.01.T01:CDS	30.0%
	AAGCCAAAACCAGATAACTT+GGG	-	Chr7:21647248-21647267	None:intergenic	35.0%
	ACAAGAGTTATGGGAACATA+TGG	+	Chr7:21647308-21647327	MsG0780037198.01.T01:CDS	35.0%
	TAAAGGTTTACTATCGTCGA+AGG	-	Chr7:21647435-21647454	None:intergenic	35.0%
!	ACAAAATGTTGGAGCATTTG+AGG	-	Chr7:21647208-21647227	None:intergenic	35.0%
	CAAGCCAAAACCAGATAACT+TGG	-	Chr7:21647249-21647268	None:intergenic	40.0%
	CTCCAAACCTTTAGCTATAC+CGG	-	Chr7:21647144-21647163	None:intergenic	40.0%
	TTGGCAAAAGTAGGTCTGAT+CGG	+	Chr7:21647266-21647285	MsG0780037198.01.T01:CDS	40.0%
!!	CATCCCAAGTTATCTGGTTT+TGG	+	Chr7:21647242-21647261	MsG0780037198.01.T01:CDS	40.0%
!!!	CAAGTTATCTGGTTTTGGCT+TGG	+	Chr7:21647247-21647266	MsG0780037198.01.T01:CDS	40.0%
!!!	TTGCTTTGGAGTTGCTCTTT+TGG	+	Chr7:21647388-21647407	MsG0780037198.01.T01:CDS	40.0%
	ATAGCTGCCGGTATAGCTAA+AGG	+	Chr7:21647134-21647153	MsG0780037198.01.T01:CDS	45.0%
	GGAACTCATCACAGGCATAA+AGG	+	Chr7:21647409-21647428	MsG0780037198.01.T01:CDS	45.0%
	TGACCTGTCATTCTGTACCT+TGG	-	Chr7:21647344-21647363	None:intergenic	45.0%
	TGCCGGTATAGCTAAAGGTT+TGG	+	Chr7:21647139-21647158	MsG0780037198.01.T01:CDS	45.0%
	TTGAGGTCACGGTATATGAC+AGG	-	Chr7:21647191-21647210	None:intergenic	45.0%
!	TGTTGGAGCATTTGAGGTCA+CGG	-	Chr7:21647202-21647221	None:intergenic	45.0%
!!!	GCTCTTTTGGAACTCATCAC+AGG	+	Chr7:21647401-21647420	MsG0780037198.01.T01:CDS	45.0%
!!!	GGTTTTGGCTTGGCAAAAGT+AGG	+	Chr7:21647257-21647276	MsG0780037198.01.T01:CDS	45.0%
	AGGTCACGGTATATGACAGG+AGG	-	Chr7:21647188-21647207	None:intergenic	50.0%
	CATATGGCTACTGTGCTCCA+AGG	+	Chr7:21647324-21647343	MsG0780037198.01.T01:CDS	50.0%
	GCTCCAAGGTACAGAATGAC+AGG	+	Chr7:21647338-21647357	MsG0780037198.01.T01:CDS	50.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr7	gene	21647128	21647463	21647128	ID=MsG0780037198.01;Name=MsG0780037198.01
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Chr7	CDS	21647128	21647463	21647128	ID=MsG0780037198.01.T01:cds;Parent=MsG0780037198.01.T01

Gene Sequence	>MsG0780037198.01.T01 ATGAGAATAGCTGCCGGTATAGCTAAAGGTTTGGAGTATTTGCATGATAAAATGAAGCCTCCTGTCATATACCGTGACCTCAAATGCTCCAACATTTTGTTAGGCTACAATTATCATCCCAAGTTATCTGGTTTTGGCTTGGCAAAAGTAGGTCTGATCGGTGATAAGACTCATGTTTCAACAAGAGTTATGGGAACATATGGCTACTGTGCTCCAAGGTACAGAATGACAGGTCAATTAACATTCAAGTCTGACATTTATTGCTTTGGAGTTGCTCTTTTGGAACTCATCACAGGCATAAAGGCCTTCGACGATAGTAAACCTTTAACATGTTAG
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