AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780037254.01

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MsG0780037254.01.T02 AT5G58940 50.000 80 39 1 5 83 269 348 1.96e-17 75.5
MsG0780037254.01.T02 AT5G58940 50.000 80 39 1 5 83 269 348 1.96e-17 75.5
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MsG0780037254.01.T01 AT1G48210 50.000 100 50 0 1 100 173 272 1.64e-27 102
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MsG0780037254.01.T01 AT4G35030 43.000 100 56 1 2 100 206 305 2.54e-23 92.8
MsG0780037254.01.T01 AT4G35030 43.000 100 56 1 2 100 206 305 2.54e-23 92.8
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MsG0780037254.01.T03 AT3G59350 64.865 37 13 0 1 37 298 334 2.02e-11 55.8
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MsG0780037254.01.T03 AT2G47060 62.162 37 14 0 1 37 241 277 7.02e-11 54.3
MsG0780037254.01.T03 AT2G47060 62.162 37 14 0 1 37 241 277 7.02e-11 54.3
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MsG0780037254.01.T03 AT1G61590 64.865 37 13 0 1 37 267 303 8.17e-11 54.3

Find 20 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 22 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATCCCAAGTTATCTAATTT+TGG 0.129053 7:+22516663 MsG0780037254.01.T01:CDS
TAGCTTTGGAGTTGCTCTTT+TGG 0.250316 7:+22516809 MsG0780037254.01.T01:CDS
AATTCTGACATTTATAGCTT+TGG 0.335223 7:+22516795 MsG0780037254.01.T01:CDS
CAAGCCAAAATTAGATAACT+TGG 0.353549 7:-22516667 None:intergenic
CATGTTTCAACAAGAGTTAT+GGG 0.367309 7:+22516720 MsG0780037254.01.T01:CDS
TCATGTTTCAACAAGAGTTA+TGG 0.390325 7:+22516719 MsG0780037254.01.T01:CDS
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ACAAGAGTTATGGGATCATA+TGG 0.445503 7:+22516729 MsG0780037254.01.T01:CDS
GGAGCTCATCACAGGCAGAT+AGG 0.447662 7:+22516830 MsG0780037254.01.T01:CDS
AGGTCACGGTATATGATAAG+AGG 0.450664 7:-22516606 None:intergenic
TGCTGGTGTAGCTAAAGGTT+TGG 0.461273 7:+22516560 MsG0780037254.01.T01:CDS
ATTGTAGCCTAACAAAATGT+TGG 0.483752 7:-22516637 None:intergenic
GGCTGTTGTGCTCCAGAGTA+CGG 0.499377 7:+22516750 MsG0780037254.01.T01:CDS
TGACTTGTAATTCCGTACTC+TGG 0.523548 7:-22516762 None:intergenic
ATAGCTGCTGGTGTAGCTAA+AGG 0.553435 7:+22516555 MsG0780037254.01.T01:CDS
AAGCCAAAATTAGATAACTT+GGG 0.565555 7:-22516666 None:intergenic
TGTTGGAGCATTTGAGGTCA+CGG 0.566752 7:-22516620 None:intergenic
ACAAGAATGAGAATAGCTGC+TGG 0.608581 7:+22516543 None:intergenic
TTGGCAAAAGTAGGTCCGAT+CGG 0.629496 7:+22516687 MsG0780037254.01.T01:CDS
ACATGAGTCTTATCACCGAT+CGG 0.633605 7:-22516702 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AAGCCAAAATTAGATAACTT+GGG - Chr7:22516669-22516688 None:intergenic 25.0%
! AATTCTGACATTTATAGCTT+TGG + Chr7:22516795-22516814 MsG0780037254.01.T01:CDS 25.0%
ATTGTAGCCTAACAAAATGT+TGG - Chr7:22516640-22516659 None:intergenic 30.0%
CAAGCCAAAATTAGATAACT+TGG - Chr7:22516670-22516689 None:intergenic 30.0%
CATGTTTCAACAAGAGTTAT+GGG + Chr7:22516720-22516739 MsG0780037254.01.T01:CDS 30.0%
TCATGTTTCAACAAGAGTTA+TGG + Chr7:22516719-22516738 MsG0780037254.01.T01:CDS 30.0%
! AAATGCTCCAACATTTTGTT+AGG + Chr7:22516630-22516649 MsG0780037254.01.T01:CDS 30.0%
! CATCCCAAGTTATCTAATTT+TGG + Chr7:22516663-22516682 MsG0780037254.01.T01:CDS 30.0%
!!! CAAGTTATCTAATTTTGGCT+TGG + Chr7:22516668-22516687 MsG0780037254.01.T01:CDS 30.0%
ACAAGAGTTATGGGATCATA+TGG + Chr7:22516729-22516748 MsG0780037254.01.T01:CDS 35.0%
! ACAAAATGTTGGAGCATTTG+AGG - Chr7:22516629-22516648 None:intergenic 35.0%
!!! AATTTTGGCTTGGCAAAAGT+AGG + Chr7:22516678-22516697 MsG0780037254.01.T01:CDS 35.0%
AGGTCACGGTATATGATAAG+AGG - Chr7:22516609-22516628 None:intergenic 40.0%
! ACATGAGTCTTATCACCGAT+CGG - Chr7:22516705-22516724 None:intergenic 40.0%
! TGACTTGTAATTCCGTACTC+TGG - Chr7:22516765-22516784 None:intergenic 40.0%
!!! TAGCTTTGGAGTTGCTCTTT+TGG + Chr7:22516809-22516828 MsG0780037254.01.T01:CDS 40.0%
ATAGCTGCTGGTGTAGCTAA+AGG + Chr7:22516555-22516574 MsG0780037254.01.T01:CDS 45.0%
TGCTGGTGTAGCTAAAGGTT+TGG + Chr7:22516560-22516579 MsG0780037254.01.T01:CDS 45.0%
TTGGCAAAAGTAGGTCCGAT+CGG + Chr7:22516687-22516706 MsG0780037254.01.T01:CDS 45.0%
! TGTTGGAGCATTTGAGGTCA+CGG - Chr7:22516623-22516642 None:intergenic 45.0%
!!! GCTCTTTTGGAGCTCATCAC+AGG + Chr7:22516822-22516841 MsG0780037254.01.T01:CDS 50.0%
GGCTGTTGTGCTCCAGAGTA+CGG + Chr7:22516750-22516769 MsG0780037254.01.T01:CDS 55.0%
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Gene Sequence

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>MsG0780037254.01.T03

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Protein sequence

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