AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780037900.01

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MsG0780037900.01.T02 MTR_8g467980 50.000 60 30 0 11 70 85 144 8.67e-12 61.6
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 61 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 67 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATGCCAATGTTTGAGGTAGT+TGG 0.398658 7:+36139950 MsG0780037900.01.T03:CDS
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TCTTGGAAGCATCTTGCTCT+TGG 0.410023 7:-36139642 None:intergenic
TTTAACAATTTCCAACGGTT+TGG 0.419655 7:+36139893 MsG0780037900.01.T03:CDS
TTAAACAACTTAACGGATGT+TGG 0.423441 7:-36139875 None:intergenic
AAGTACGCAAACAAAGGAAT+GGG 0.435440 7:+36139508 MsG0780037900.01.T03:CDS
AAACCAAAACATGCGACAAC+GGG 0.437120 7:+36139443 MsG0780037900.01.T03:CDS
GTATAAGATGCCAATGTTTG+AGG 0.439507 7:+36139943 MsG0780037900.01.T03:CDS
GTCATCCTCCTTTAATCTAC+CGG 0.444072 7:-36139597 None:intergenic
CAAGATAGAGAAGAATTGCT+TGG 0.447261 7:+36139299 MsG0780037900.01.T03:CDS
CATTGGCATCTTATACAAGT+TGG 0.454476 7:-36139936 None:intergenic
CCAATATCTAATCTCGAAGT+TGG 0.457911 7:+36139778 MsG0780037900.01.T03:CDS
AAGATAGAGAAGAATTGCTT+GGG 0.472957 7:+36139300 MsG0780037900.01.T03:CDS
AAAATATGGAAGGCAAATAG+AGG 0.504435 7:+36139740 MsG0780037900.01.T03:CDS
TCCTTCTAAAGCCGGCTCCA+TGG 0.506350 7:-36139564 None:intergenic
GGGTGCTTGTTCATGATTAG+TGG 0.512698 7:+36139479 MsG0780037900.01.T03:CDS
TCACAACCATGCCATGGAGC+CGG 0.533840 7:+36139553 MsG0780037900.01.T03:CDS
AAAGTACGCAAACAAAGGAA+TGG 0.536075 7:+36139507 MsG0780037900.01.T03:CDS
ACCCCAACTACCTCAAACAT+TGG 0.542278 7:-36139953 None:intergenic
ATATCTAATCTCGAAGTTGG+AGG 0.545321 7:+36139781 MsG0780037900.01.T03:CDS
TATACAAGTTGGTTTGTAGG+TGG 0.553663 7:-36139925 None:intergenic
GCCAATGTTTGAGGTAGTTG+GGG 0.555253 7:+36139952 MsG0780037900.01.T03:CDS
AAAACCAAAACATGCGACAA+CGG 0.559520 7:+36139442 MsG0780037900.01.T03:CDS
CTAAAGCCGGCTCCATGGCA+TGG 0.565847 7:-36139559 None:intergenic
AGAATGTGTCCTTCTAAAGC+CGG 0.567631 7:-36139572 None:intergenic
CGTTGTCAAGCAAATAAGGC+GGG 0.571171 7:+36139329 MsG0780037900.01.T03:CDS
ACACTAGGCGCAATATTGGA+TGG 0.574037 7:-36139385 None:intergenic
TTCGAGATTAGATATTGGAA+CGG 0.589285 7:-36139773 None:intergenic
GGAGTCCATAACCAAACCGT+TGG 0.597275 7:-36139904 None:intergenic
CAACGGGCTCAAGAAAATGC+GGG 0.598810 7:+36139459 MsG0780037900.01.T03:CDS
TATTGCGCCTAGTGTGTGAA+AGG 0.599497 7:+36139393 MsG0780037900.01.T03:CDS
AGTTGTTTAACAATTTCCAA+CGG 0.606603 7:+36139888 MsG0780037900.01.T03:CDS
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TAGAGAAGAATTGCTTGGGT+GGG 0.612800 7:+36139304 MsG0780037900.01.T03:CDS
CTCCACTCCTTTCACACACT+AGG 0.613496 7:-36139400 None:intergenic
TGGAGTTCACAACCATGCCA+TGG 0.616932 7:+36139547 MsG0780037900.01.T03:CDS
ATAGAGAAGAATTGCTTGGG+TGG 0.626808 7:+36139303 MsG0780037900.01.T03:CDS
TCTTGCCGGTAGATTAAAGG+AGG 0.642088 7:+36139592 MsG0780037900.01.T03:CDS
TTCACATTTGTCATGCAATG+TGG 0.642856 7:-36139695 None:intergenic
ACTTATTACTCAAGAACACA+TGG 0.643139 7:+36139815 MsG0780037900.01.T03:CDS
CGCCTAGTGTGTGAAAGGAG+TGG 0.648821 7:+36139398 MsG0780037900.01.T03:CDS
ATATCAAAGTACGCAAACAA+AGG 0.650764 7:+36139502 MsG0780037900.01.T03:CDS
AACCGATTTGACATATTCGG+GGG 0.652799 7:+36139982 MsG0780037900.01.T03:CDS
ACAACGGGCTCAAGAAAATG+CGG 0.666976 7:+36139458 MsG0780037900.01.T03:CDS
ACGTTGTCAAGCAAATAAGG+CGG 0.686517 7:+36139328 MsG0780037900.01.T03:CDS
AGTACGCAAACAAAGGAATG+GGG 0.691993 7:+36139509 MsG0780037900.01.T03:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAGTGTATCAAAATATTTCT+TGG - Chr7:36139662-36139681 None:intergenic 20.0%
!! GAAATTGTTAAACAACTTAA+CGG - Chr7:36139885-36139904 None:intergenic 20.0%
! ACAATGAACGTCAAAAAATA+TGG + Chr7:36139726-36139745 MsG0780037900.01.T03:CDS 25.0%
! AGTTGTTTAACAATTTCCAA+CGG + Chr7:36139888-36139907 MsG0780037900.01.T03:CDS 25.0%
!! ATACAATCGAAGATATCTTT+TGG + Chr7:36139846-36139865 MsG0780037900.01.T03:CDS 25.0%
!! TACAATCGAAGATATCTTTT+GGG + Chr7:36139847-36139866 MsG0780037900.01.T03:CDS 25.0%
!!! GCATGTTTTGGTTTTTTTTT+AGG - Chr7:36139437-36139456 None:intergenic 25.0%
AAAATATGGAAGGCAAATAG+AGG + Chr7:36139740-36139759 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
AAGATAGAGAAGAATTGCTT+GGG + Chr7:36139300-36139319 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
ACTTATTACTCAAGAACACA+TGG + Chr7:36139815-36139834 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
ATATCAAAGTACGCAAACAA+AGG + Chr7:36139502-36139521 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
TGAACGTCAAAAAATATGGA+AGG + Chr7:36139730-36139749 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
TTCGAGATTAGATATTGGAA+CGG - Chr7:36139776-36139795 None:intergenic 30.0%
TTTAACAATTTCCAACGGTT+TGG + Chr7:36139893-36139912 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
! TTAAACAACTTAACGGATGT+TGG - Chr7:36139878-36139897 None:intergenic 30.0%
!! TCTTATACAAGTTGGTTTGT+AGG - Chr7:36139931-36139950 None:intergenic 30.0%
!! TTCAACCGATTTGACATATT+CGG + Chr7:36139979-36139998 MsG0780037900.01.T03:CDS 30.0%
AAAACCAAAACATGCGACAA+CGG + Chr7:36139442-36139461 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
AAAGTACGCAAACAAAGGAA+TGG + Chr7:36139507-36139526 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
AAGTACGCAAACAAAGGAAT+GGG + Chr7:36139508-36139527 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
ATATCTAATCTCGAAGTTGG+AGG + Chr7:36139781-36139800 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
CAAGATAGAGAAGAATTGCT+TGG + Chr7:36139299-36139318 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
CATTGGCATCTTATACAAGT+TGG - Chr7:36139939-36139958 None:intergenic 35.0%
CCAACTTCGAGATTAGATAT+TGG - Chr7:36139781-36139800 None:intergenic 35.0%
CCAATATCTAATCTCGAAGT+TGG + Chr7:36139778-36139797 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
GTATAAGATGCCAATGTTTG+AGG + Chr7:36139943-36139962 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
TGGGGATTGAACATTCTTAA+TGG + Chr7:36139527-36139546 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
TTCACATTTGTCATGCAATG+TGG - Chr7:36139698-36139717 None:intergenic 35.0%
!! AATTTCCAACGGTTTGGTTA+TGG + Chr7:36139899-36139918 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
!! TATACAAGTTGGTTTGTAGG+TGG - Chr7:36139928-36139947 None:intergenic 35.0%
!! TCAACCGATTTGACATATTC+GGG + Chr7:36139980-36139999 MsG0780037900.01.T03:CDS 35.0%
AAACCAAAACATGCGACAAC+GGG + Chr7:36139443-36139462 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
AACCCCCGAATATGTCAAAT+CGG - Chr7:36139987-36140006 None:intergenic 40.0%
ACGTTGTCAAGCAAATAAGG+CGG + Chr7:36139328-36139347 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
AGTACGCAAACAAAGGAATG+GGG + Chr7:36139509-36139528 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
ATAGAGAAGAATTGCTTGGG+TGG + Chr7:36139303-36139322 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
ATTTGACATATTCGGGGGTT+TGG + Chr7:36139987-36140006 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
CATTCTTGCCGGTAGATTAA+AGG + Chr7:36139589-36139608 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
GGTACGTTGTCAAGCAAATA+AGG + Chr7:36139325-36139344 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
GTCATCCTCCTTTAATCTAC+CGG - Chr7:36139600-36139619 None:intergenic 40.0%
TAGAGAAGAATTGCTTGGGT+GGG + Chr7:36139304-36139323 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
TTAGAAGGACACATTCTTGC+CGG + Chr7:36139578-36139597 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
! ATGCCAATGTTTGAGGTAGT+TGG + Chr7:36139950-36139969 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
! TGCCAATGTTTGAGGTAGTT+GGG + Chr7:36139951-36139970 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
!! AACCGATTTGACATATTCGG+GGG + Chr7:36139982-36140001 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
!! AGAATGTGTCCTTCTAAAGC+CGG - Chr7:36139575-36139594 None:intergenic 40.0%
!! CAACCGATTTGACATATTCG+GGG + Chr7:36139981-36140000 MsG0780037900.01.T03:CDS 40.0%
ACACTAGGCGCAATATTGGA+TGG - Chr7:36139388-36139407 None:intergenic 45.0%
ACCCCAACTACCTCAAACAT+TGG - Chr7:36139956-36139975 None:intergenic 45.0%
CGTTGTCAAGCAAATAAGGC+GGG + Chr7:36139329-36139348 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
GGGTGCTTGTTCATGATTAG+TGG + Chr7:36139479-36139498 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
TATTGCGCCTAGTGTGTGAA+AGG + Chr7:36139393-36139412 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
TCACACACTAGGCGCAATAT+TGG - Chr7:36139392-36139411 None:intergenic 45.0%
TCTTGCCGGTAGATTAAAGG+AGG + Chr7:36139592-36139611 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
! ACAACGGGCTCAAGAAAATG+CGG + Chr7:36139458-36139477 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
! GCCAATGTTTGAGGTAGTTG+GGG + Chr7:36139952-36139971 MsG0780037900.01.T03:CDS 45.0%
!! TCTTGGAAGCATCTTGCTCT+TGG - Chr7:36139645-36139664 None:intergenic 45.0%
CTCCACTCCTTTCACACACT+AGG - Chr7:36139403-36139422 None:intergenic 50.0%
GGAGTCCATAACCAAACCGT+TGG - Chr7:36139907-36139926 None:intergenic 50.0%
TGGAGTTCACAACCATGCCA+TGG + Chr7:36139547-36139566 MsG0780037900.01.T03:CDS 50.0%
! CAACGGGCTCAAGAAAATGC+GGG + Chr7:36139459-36139478 MsG0780037900.01.T03:CDS 50.0%
CGCCTAGTGTGTGAAAGGAG+TGG + Chr7:36139398-36139417 MsG0780037900.01.T03:CDS 55.0%
TCACAACCATGCCATGGAGC+CGG + Chr7:36139553-36139572 MsG0780037900.01.T03:CDS 55.0%
! GAGCCCGTTGTCGCATGTTT+TGG - Chr7:36139449-36139468 None:intergenic 55.0%
!! TCCTTCTAAAGCCGGCTCCA+TGG - Chr7:36139567-36139586 None:intergenic 55.0%
! CTAAAGCCGGCTCCATGGCA+TGG - Chr7:36139562-36139581 None:intergenic 60.0%
!! GCCATGGAGCCGGCTTTAGA+AGG + Chr7:36139563-36139582 MsG0780037900.01.T03:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 36139275 36140024 36139275 ID=MsG0780037900.01;Name=MsG0780037900.01
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Gene Sequence

>MsG0780037900.01.T03

AAGTTTCAAGATAGAGAAGAATTGCTTGGGTGGGTACGTTGTCAAGCAAATAAGGCGGGATTTACAATTGTTACACAAAGATCAAGCTTGATCCATCCAATATTGCGCCTAGTGTGTGAAAGGAGTGGAGCTCACAAAGTGCCTAAAAAAAAACCAAAACATGCGACAACGGGCTCAAGAAAATGCGGGTGCTTGTTCATGATTAGTGGATATCAAAGTACGCAAACAAAGGAATGGGGATTGAACATTCTTAATGGAGTTCACAACCATGCCATGGAGCCGGCTTTAGAAGGACACATTCTTGCCGGTAGATTAAAGGAGGATGACAAGAAGATTGTACATGACTTGACCAAGAGCAAGATGCTTCCAAGAAATATTTTGATACACTTGAAGAACAAAAGACCACATTGCATGACAAATGTGAAGCAAGTGTACAATGAACGTCAAAAAATATGGAAGGCAAATAGAGGTGACAAGAAGCCGTTCCAATATCTAATCTCGAAGTTGGAGGAGCACAACTATACTTATTACTCAAGAACACATGGTGAAAGTAATACAATCGAAGATATCTTTTGGGCTCATCCAACATCCGTTAAGTTGTTTAACAATTTCCAACGGTTTGGTTATGGACTCCACCTACAAACCAACTTGTATAAGATGCCAATGTTTGAGGTAGTTGGGGTAACTTCAACCGATTTGACATATTCGGGGGTTTGGATTCTTGATGCATGA

>MsG0780037900.01.T04

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>MsG0780037900.01.T01

AAGTTTCAAGATAGAGAAGAATTGCTTGGGTGGGTACGTTGTCAAGCAAATAAGGCGGGATTTACAATTGTTACACAAAGATCAAGCTTGATCCATCCAATATTGCGCCTAGTGTGTGAAAGGAGTGGAGCTCACAAAGTGCCTAAAAAAAAACCAAAACATGCGACAACGGGCTCAAGAAAATGCGGGTGCTTGTTCATGATTAGTGGATATCAAAGTACGCAAACAAAGGAATGGGGATTGAACATTCTTAATGGAGTTCACAACCATGCCATGGAGCCGGCTTTAGAAGGACACATTCTTGCCGGTAGATTAAAGGAGGATGACAAGAAGATTGTACATGACTTGACCAAGAGCAAGACAAATGTGAAGCAAGTGTACAATGAACGTCAAAAAATATGGAAGGCAAATAGAGGTGACAAGAAGCCGTTCCAATATCTAATCTCGAAGTTGGAGGAGCACAACTATACTTATTACTCAAGAACACATGGTGAAAGTAATACAATCGAAGATATCTTTTGGGCTCATCCAACATCCGTTAAGTTGTTTAACAATTTCCAACGGTTTGGTTATGGACTCCACCTACAAACCAACTTGTATAAGATGCCAATGTTTGAGGTAGTTGGGGTAACTTCAACCGATTTGACATATTCGGGGGTTTGGATTCTTGATGCATGA

>MsG0780037900.01.T02

GTTTTTTCTGACGACATTAAGTTTCAAGATAGAGAAGAATTGCTTGGGTGGGTACGTTGTCAAGCAAATAAGGCGGGATTTACAATTGTTACACAAAGATCAAGCTTGATCCATCCAATATTGCGCCTAGTGTGTGAAAGGAGTGGAGCTCACAAAGTGCCTAAAAAAAAACCAAAACATGCGACAACGGGCTCAAGAAAATGCGGGTGCTTGTTCATGATTAGTGGATATCAAAGTACGCAAACAAAGGAATGGGGATTGAACATTCTTAATGGAGTTCACAACCATGCCATGGAGCCGGCTTTAGAAGGACACATTCTTGCCGGTAGATTAAAGGAGGATGACAAGAAGATTGTACATGACTTGACCAAGAGCAAGATGCTTCCAAGAAATATTTTGATACACTTGAAGAACAAAAGACCACATTGCATGACAAATGTGAAGCAAGTGTACAATGAACGTCAAAAAATATGGAAGGCAAATAGAGGTGACAAGAAGCCGTTCCAATATCTAATCTCGAAGTTGGAGGAGCACAACTATACTTATTACTCAAGAACACATGGTGAAAGTAATACAATCGAAGATATCTTTTGGGCTCATCCAACATCCGTTAAGTTGTTTAACAATTTCCAACGGTTTGGTTATGGACTCCACCTACAAACCAACTTGTATAAGATGCCAATGTTTGAGGTAGTTGGGGTAACTTCAACCGATTTGACATATTCGGGGGTTTGGATTCTTGATGCATGA
Protein sequence

>MsG0780037900.01.T03

KFQDREELLGWVRCQANKAGFTIVTQRSSLIHPILRLVCERSGAHKVPKKKPKHATTGSRKCGCLFMISGYQSTQTKEWGLNILNGVHNHAMEPALEGHILAGRLKEDDKKIVHDLTKSKMLPRNILIHLKNKRPHCMTNVKQVYNERQKIWKANRGDKKPFQYLISKLEEHNYTYYSRTHGESNTIEDIFWAHPTSVKLFNNFQRFGYGLHLQTNLYKMPMFEVVGVTSTDLTYSGVWILDA*

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