AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038379.01

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MsG0780038379.01.T01 AT5G11020 36.946 203 94 7 47 220 131 328 1.54e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT5G02290 35.945 217 94 8 45 220 56 268 1.55e-25 102
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MsG0780038379.01.T01 AT3G46400 34.615 208 105 6 41 220 562 766 1.60e-25 104
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MsG0780038379.01.T01 AT4G04510 36.493 211 97 8 42 220 326 531 1.69e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT5G60270 36.364 209 98 9 44 221 328 532 1.71e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT2G23200 36.408 206 93 8 47 220 478 677 1.73e-25 104
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MsG0780038379.01.T01 AT2G28990 35.749 207 104 5 41 220 563 767 1.76e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT1G07870 35.266 207 101 7 45 220 91 295 1.78e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G61360 35.149 202 98 7 49 220 409 607 1.80e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT1G61360 35.149 202 98 7 49 220 409 607 1.80e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT1G61360 35.149 202 98 7 49 220 409 607 1.80e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT4G04510 36.493 211 97 8 42 220 324 529 1.94e-25 104
MsG0780038379.01.T01 AT3G55550 36.408 206 98 8 44 219 333 535 2.04e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G04300 34.783 207 100 6 44 220 530 731 2.26e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT5G49660 46.721 122 61 2 100 220 735 853 2.32e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G04300 34.783 207 100 6 44 220 571 772 2.35e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G51805 33.649 211 111 5 37 220 559 767 2.46e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G61400 33.803 213 102 7 45 220 488 698 2.51e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G11900 35.323 201 99 5 49 220 529 727 2.63e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G24030 36.979 192 86 7 45 203 50 239 2.65e-25 100
MsG0780038379.01.T01 AT1G07870 35.266 207 101 7 45 220 91 295 2.71e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G04500 35.922 206 101 7 44 220 332 535 2.85e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G19230 33.871 248 128 9 3 220 516 757 2.91e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT3G28450 32.407 216 118 3 33 220 281 496 2.99e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G23180 36.170 188 86 6 19 177 315 497 3.03e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G28590 35.266 207 101 7 45 220 86 290 3.14e-25 101
MsG0780038379.01.T01 AT1G51805 33.649 211 111 5 37 220 535 743 3.25e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G11330 34.146 205 104 6 45 220 512 714 3.27e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G28960 35.749 207 104 5 41 220 559 763 3.53e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G11900 35.323 201 99 5 49 220 460 658 3.53e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G24030 35.821 201 94 7 53 220 4 202 3.59e-25 100
MsG0780038379.01.T01 AT1G11330 34.146 205 104 6 45 220 510 712 3.60e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G11300 35.122 205 102 6 45 220 482 684 3.63e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G61490 32.195 205 108 6 45 220 328 530 3.76e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G11300 35.122 205 102 6 45 220 497 699 3.79e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G28960 35.749 207 104 5 41 220 427 631 3.81e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT1G11330 34.146 205 104 6 45 220 512 714 3.81e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G13190 35.849 212 103 6 40 220 54 263 3.95e-25 100
MsG0780038379.01.T01 AT5G61350 34.722 216 103 8 43 223 510 722 4.00e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT2G19230 33.735 249 128 9 3 220 516 758 4.16e-25 103
MsG0780038379.01.T01 AT4G23210 34.973 183 89 5 44 196 347 529 4.21e-25 102
MsG0780038379.01.T01 AT1G09440 37.019 208 94 7 45 220 145 347 4.21e-25 102
MsG0780038379.01.T01 AT1G09440 37.019 208 94 7 45 220 145 347 4.21e-25 102
MsG0780038379.01.T01 AT5G10520 35.122 205 102 7 45 220 141 343 4.41e-25 102
MsG0780038379.01.T01 AT1G66460 36.916 214 96 8 44 220 116 327 4.54e-25 102
MsG0780038379.01.T01 AT1G61490 32.195 205 108 6 45 220 478 680 4.79e-25 103

Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 86 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAGCCCAAGTTAGCAGATTT+TGG 0.149397 7:-45462959 MsG0780038379.01.T01:CDS
ACATCCACTTTAGATGTTAT+TGG 0.179823 7:+45462833 None:intergenic
ATTATTATTAAGACTGTTTC+GGG 0.199913 7:+45462919 None:intergenic
AACATCTAAAGTGGATGTTT+TGG 0.270640 7:-45462828 MsG0780038379.01.T01:CDS
ACACACTTGACTGGAGTAAA+AGG 0.294320 7:-45463096 MsG0780038379.01.T01:CDS
AAAAGGTATGATATTGCTTT+AGG 0.296746 7:-45463079 MsG0780038379.01.T01:CDS
CTTGCAGCTATGATCCAAAA+AGG 0.299639 7:-45463992 MsG0780038379.01.T01:CDS
GTATATGAGTACATGGAAAA+TGG 0.302646 7:-45463151 MsG0780038379.01.T01:CDS
AATTATTATTAAGACTGTTT+CGG 0.310157 7:+45462918 None:intergenic
CAATCCAAAATCTGCTAACT+TGG 0.310516 7:+45462955 None:intergenic
TGGTTATGGGGTTGTATTGT+TGG 0.318822 7:-45462808 MsG0780038379.01.T01:CDS
CTGAAGTAAGCATAGACTTT+TGG 0.343987 7:-45463173 MsG0780038379.01.T01:intron
AAGAATTTCAGTAATGAGAT+TGG 0.353801 7:-45463360 MsG0780038379.01.T01:CDS
TCAGAATTCTCAATGATTAG+AGG 0.357092 7:-45462896 MsG0780038379.01.T01:CDS
TCTGACACTTGCATCATTCA+TGG 0.368195 7:-45464035 MsG0780038379.01.T01:CDS
TAGAGGAACAAGAGGATATA+TGG 0.377537 7:-45462879 MsG0780038379.01.T01:CDS
ATTGCTGCATGTCTTTGATC+TGG 0.407384 7:+45463303 None:intergenic
GAGATTGGAAGAGGTGAGGA+GGG 0.410878 7:-45463345 MsG0780038379.01.T01:CDS
TTATCTACATGAAGAATGTT+TGG 0.415307 7:-45463038 MsG0780038379.01.T01:CDS
TGCATCATTCATGGAGTTTG+TGG 0.460729 7:-45464026 MsG0780038379.01.T01:CDS
GGTGAGGAGGGATTGTATAG+AGG 0.467482 7:-45463333 MsG0780038379.01.T01:CDS
TTTACCAATAACATCTAAAG+TGG 0.476924 7:-45462837 MsG0780038379.01.T01:CDS
TTCAGTAATGAGATTGGAAG+AGG 0.486461 7:-45463354 MsG0780038379.01.T01:CDS
CTAAAACTAACACACTTGAC+TGG 0.498036 7:-45463105 MsG0780038379.01.T01:CDS
GGTAAATTGAAAATCCACTC+AGG 0.515547 7:+45462854 None:intergenic
CTTTGTTGCTATCTTCAACT+CGG 0.519212 7:+45463380 None:intergenic
TACATGAAGAATGTTTGGAA+TGG 0.537981 7:-45463033 MsG0780038379.01.T01:CDS
TGAGATTGGAAGAGGTGAGG+AGG 0.539263 7:-45463346 MsG0780038379.01.T01:CDS
GTAAATTGAAAATCCACTCA+GGG 0.583905 7:+45462855 None:intergenic
TAATGAGATTGGAAGAGGTG+AGG 0.585643 7:-45463349 MsG0780038379.01.T01:CDS
AATGAAGCTAAACAAGGAGA+AGG 0.587366 7:-45463270 MsG0780038379.01.T01:CDS
AATCCAAAATCTGCTAACTT+GGG 0.598114 7:+45462956 None:intergenic
TCAATGATTAGAGGAACAAG+AGG 0.634146 7:-45462887 MsG0780038379.01.T01:CDS
GAGGATATATGGCCCCTGAG+TGG 0.648326 7:-45462868 MsG0780038379.01.T01:CDS
AGATTAAATGAAGCTAAACA+AGG 0.673951 7:-45463276 MsG0780038379.01.T01:CDS
TAAATTGAAAATCCACTCAG+GGG 0.728027 7:+45462856 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATTATTATTAAGACTGTTT+CGG + Chr7:45463984-45464003 None:intergenic 15.0%
!!! AAAACCATTCAATTTTAAAA+AGG + Chr7:45463038-45463057 None:intergenic 15.0%
!! ATTATTATTAAGACTGTTTC+GGG + Chr7:45463983-45464002 None:intergenic 20.0%
!! TTACAAGTAAAATCAAACAT+AGG + Chr7:45463001-45463020 None:intergenic 20.0%
!!! TCTACCTTTTTAAAATTGAA+TGG - Chr7:45463031-45463050 MsG0780038379.01.T01:CDS 20.0%
! AACTATCATCATGCATTATT+GGG - Chr7:45463476-45463495 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! AAGAATTTCAGTAATGAGAT+TGG - Chr7:45463539-45463558 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! ACAAAGCTACAATTGTTAAA+CGG - Chr7:45463195-45463214 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! AGATTAAATGAAGCTAAACA+AGG - Chr7:45463623-45463642 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! TAACTATCATCATGCATTAT+TGG - Chr7:45463475-45463494 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! TTATCTACATGAAGAATGTT+TGG - Chr7:45463861-45463880 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
! TTTACAAGATTGTAACTGTA+CGG - Chr7:45463124-45463143 MsG0780038379.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACCAATAACATCTAAAG+TGG - Chr7:45464062-45464081 MsG0780038379.01.T01:CDS 25.0%
! TTTAGAGAAGTTATTACCTT+TGG + Chr7:45463264-45463283 None:intergenic 25.0%
!! AAAAGGTATGATATTGCTTT+AGG - Chr7:45463820-45463839 MsG0780038379.01.T01:intron 25.0%
!! CAACAAATTGGTATTTTTCA+TGG - Chr7:45462832-45462851 MsG0780038379.01.T01:CDS 25.0%
AAGACCAAGAAAAATTCTAG+TGG - Chr7:45463443-45463462 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
AATCCAAAATCTGCTAACTT+GGG + Chr7:45463946-45463965 None:intergenic 30.0%
ACATCCACTTTAGATGTTAT+TGG + Chr7:45464069-45464088 None:intergenic 30.0%
ACATGAACTTGATTGAAATG+TGG - Chr7:45463693-45463712 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
ACATTTCAATCAAGTTCATG+TGG + Chr7:45463694-45463713 None:intergenic 30.0%
ATGAACTTGATTGAAATGTG+GGG - Chr7:45463695-45463714 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
ATTCCAATACTCATATGAAG+AGG - Chr7:45463148-45463167 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
CAAAGCTACAATTGTTAAAC+GGG - Chr7:45463196-45463215 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
CATGAACTTGATTGAAATGT+GGG - Chr7:45463694-45463713 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
GAAAAAACTCGTCAACAAAT+TGG - Chr7:45462820-45462839 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
GTAAATTGAAAATCCACTCA+GGG + Chr7:45464047-45464066 None:intergenic 30.0%
GTATATGAGTACATGGAAAA+TGG - Chr7:45463748-45463767 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
TAAACTCTCACAATTGTTGT+AGG + Chr7:45463102-45463121 None:intergenic 30.0%
TAAATTGAAAATCCACTCAG+GGG + Chr7:45464046-45464065 None:intergenic 30.0%
TACATGAAGAATGTTTGGAA+TGG - Chr7:45463866-45463885 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
TATGTTGTTCCTACAAAACT+TGG + Chr7:45463231-45463250 None:intergenic 30.0%
TCAGAATTCTCAATGATTAG+AGG - Chr7:45464003-45464022 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
TTCCAATACTCATATGAAGA+GGG - Chr7:45463149-45463168 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
! ACTTTTGGTATATGAGTACA+TGG - Chr7:45463741-45463760 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
! AGAACATTTCTTACCCTTTT+TGG + Chr7:45462924-45462943 None:intergenic 30.0%
! AGAATCCTTTTTCTTTGTTG+CGG - Chr7:45463403-45463422 MsG0780038379.01.T01:intron 30.0%
!! AACATCTAAAGTGGATGTTT+TGG - Chr7:45464071-45464090 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
!! GAATCAAGAAGTATGTTTTG+AGG + Chr7:45463913-45463932 None:intergenic 30.0%
!!! AAAGTGGATGTTTTGGTTAT+GGG - Chr7:45464078-45464097 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
!!! TAAAGTGGATGTTTTGGTTA+TGG - Chr7:45464077-45464096 MsG0780038379.01.T01:CDS 30.0%
AAACCAACAAGTCTTTGGTT+AGG - Chr7:45463346-45463365 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
AAACCTAACCAAAGACTTGT+TGG + Chr7:45463352-45463371 None:intergenic 35.0%
AACATACTTGAGACTTCCAA+AGG - Chr7:45463245-45463264 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
AACCAGAAGAGAAATCACTA+TGG + Chr7:45462973-45462992 None:intergenic 35.0%
AACCATAGTGATTTCTCTTC+TGG - Chr7:45462968-45462987 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
AATGAAGCTAAACAAGGAGA+AGG - Chr7:45463629-45463648 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
ACAAACCGCAACAAAGAAAA+AGG + Chr7:45463411-45463430 None:intergenic 35.0%
ACCAAGAAAAATTCTAGTGG+AGG - Chr7:45463446-45463465 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
CAATCCAAAATCTGCTAACT+TGG + Chr7:45463947-45463966 None:intergenic 35.0%
CTAAAACTAACACACTTGAC+TGG - Chr7:45463794-45463813 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
CTTTGTTGCTATCTTCAACT+CGG + Chr7:45463522-45463541 None:intergenic 35.0%
GGTAAATTGAAAATCCACTC+AGG + Chr7:45464048-45464067 None:intergenic 35.0%
GTTACAAACCAACAAGTCTT+TGG - Chr7:45463341-45463360 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
TAGAGGAACAAGAGGATATA+TGG - Chr7:45464020-45464039 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
TCAATGATTAGAGGAACAAG+AGG - Chr7:45464012-45464031 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
TTCAGTAATGAGATTGGAAG+AGG - Chr7:45463545-45463564 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
TTGCAGCTATGATCCAAAAA+GGG - Chr7:45462908-45462927 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
! AAGAAATGTTCTTGTTTGCC+AGG - Chr7:45462932-45462951 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
! ACCTCCACTAGAATTTTTCT+TGG + Chr7:45463450-45463469 None:intergenic 35.0%
! AGAAATGTTCTTGTTTGCCA+GGG - Chr7:45462933-45462952 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
! CTGAAGTAAGCATAGACTTT+TGG - Chr7:45463726-45463745 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
! TTTTCTTTGTTGCGGTTTGT+GGG - Chr7:45463411-45463430 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
! TTTTTCTTTGTTGCGGTTTG+TGG - Chr7:45463410-45463429 MsG0780038379.01.T01:intron 35.0%
!!! AAGTGGATGTTTTGGTTATG+GGG - Chr7:45464079-45464098 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
!!! CTTTGGTTAGGTTTTTTCTG+TGG - Chr7:45463358-45463377 MsG0780038379.01.T01:CDS 35.0%
ACACACTTGACTGGAGTAAA+AGG - Chr7:45463803-45463822 MsG0780038379.01.T01:intron 40.0%
AGCTACAATTGTTAAACGGG+AGG - Chr7:45463199-45463218 MsG0780038379.01.T01:intron 40.0%
ATTGCTGCATGTCTTTGATC+TGG + Chr7:45463599-45463618 None:intergenic 40.0%
CTGAAGTAAGCATCATTGGA+CGG - Chr7:45463663-45463682 MsG0780038379.01.T01:intron 40.0%
CTGTGGCTTTCAATTACAGT+TGG - Chr7:45463375-45463394 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
CTTGCAGCTATGATCCAAAA+AGG - Chr7:45462907-45462926 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
CTTGCTGAAGTAAGCATCAT+TGG - Chr7:45463659-45463678 MsG0780038379.01.T01:intron 40.0%
TAATGAGATTGGAAGAGGTG+AGG - Chr7:45463550-45463569 MsG0780038379.01.T01:intron 40.0%
TCTGACACTTGCATCATTCA+TGG - Chr7:45462864-45462883 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
TGCATCATTCATGGAGTTTG+TGG - Chr7:45462873-45462892 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
TGCCCTCTTCATATGAGTAT+TGG + Chr7:45463154-45463173 None:intergenic 40.0%
TGGTTATGGGGTTGTATTGT+TGG - Chr7:45464091-45464110 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTCTTCACTTTATACCC+TGG + Chr7:45462953-45462972 None:intergenic 40.0%
!! TGAATGGTTTTCGAGCTCTA+CGG - Chr7:45463047-45463066 MsG0780038379.01.T01:CDS 40.0%
! CAGCCCAAGTTAGCAGATTT+TGG - Chr7:45463940-45463959 MsG0780038379.01.T01:intron 45.0%
!! AGGCACTCACCAAGTTTTGT+AGG - Chr7:45463219-45463238 MsG0780038379.01.T01:intron 45.0%
GAGATTGGAAGAGGTGAGGA+GGG - Chr7:45463554-45463573 MsG0780038379.01.T01:intron 50.0%
GGTGAGGAGGGATTGTATAG+AGG - Chr7:45463566-45463585 MsG0780038379.01.T01:intron 50.0%
TGAGATTGGAAGAGGTGAGG+AGG - Chr7:45463553-45463572 MsG0780038379.01.T01:intron 50.0%
GAGGATATATGGCCCCTGAG+TGG - Chr7:45464031-45464050 MsG0780038379.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 45462802 45464119 45462802 ID=MsG0780038379.01;Name=MsG0780038379.01
Chr7 mRNA 45462802 45464119 45462802 ID=MsG0780038379.01.T01;Parent=MsG0780038379.01;Name=MsG0780038379.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|224
Chr7 exon 45463992 45464119 45463992 ID=MsG0780038379.01.T01:exon:5144;Parent=MsG0780038379.01.T01
Chr7 exon 45463254 45463416 45463254 ID=MsG0780038379.01.T01:exon:5143;Parent=MsG0780038379.01.T01
Chr7 exon 45462802 45463185 45462802 ID=MsG0780038379.01.T01:exon:5142;Parent=MsG0780038379.01.T01
Chr7 CDS 45463992 45464119 45463992 ID=MsG0780038379.01.T01:cds;Parent=MsG0780038379.01.T01
Chr7 CDS 45463254 45463416 45463254 ID=MsG0780038379.01.T01:cds;Parent=MsG0780038379.01.T01
Chr7 CDS 45462802 45463185 45462802 ID=MsG0780038379.01.T01:cds;Parent=MsG0780038379.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038379.01.T01

ATGTTCGAGTTTACAGTCGAAAAAACTCGTCAACAAATTGGTATTTTTCATGGCAAGTCATATCTGACACTTGCATCATTCATGGAGTTTGTGGTGAAAATAGCACTTGCAGCTATGATCCAAAAAGGAAGATATAGTTACTCCGAGTTGAAGATAGCAACAAAGAATTTCAGTAATGAGATTGGAAGAGGTGAGGAGGGATTGTATAGAGGTACATTGCCAGATCAAAGACATGCAGCAATAAAGAGATTAAATGAAGCTAAACAAGGAGAAGGAGAATTTCTTGCTGAACATAGACTTTTGGTATATGAGTACATGGAAAATGGATCTTTAGCTGAAAATCTTTCATCTAAAACTAACACACTTGACTGGAGTAAAAGGTATGATATTGCTTTAGGAACAGCTAAAGTTCTAGCTTATCTACATGAAGAATGTTTGGAATGGATTTTGCATTGTGATATAAAGCCTCAAAACATACTTCTTGATTCTAACTTTCAGCCCAAGTTAGCAGATTTTGGATTGTCGAAGCTGAAAACCCGAAACAGTCTTAATAATAATTCAGAATTCTCAATGATTAGAGGAACAAGAGGATATATGGCCCCTGAGTGGATTTTCAATTTACCAATAACATCTAAAGTGGATGTTTTGGTTATGGGGTTGTATTGTTGGAGATGA
Protein sequence

>MsG0780038379.01.T01

MFEFTVEKTRQQIGIFHGKSYLTLASFMEFVVKIALAAMIQKGRYSYSELKIATKNFSNEIGRGEEGLYRGTLPDQRHAAIKRLNEAKQGEGEFLAEHRLLVYEYMENGSLAENLSSKTNTLDWSKRYDIALGTAKVLAYLHEECLEWILHCDIKPQNILLDSNFQPKLADFGLSKLKTRNSLNNNSEFSMIRGTRGYMAPEWIFNLPITSKVDVLVMGLYCWR*