AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042468.01

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MsG0880042468.01.T01 AT1G14370 36.842 304 154 7 6 273 72 373 7.64e-63 204
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MsG0880042468.01.T01 AT2G18470 38.014 292 153 4 8 272 272 562 9.19e-63 209
MsG0880042468.01.T01 AT5G15080 37.374 297 150 7 6 267 128 423 1.33e-62 206
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MsG0880042468.01.T01 AT1G07570 35.621 306 157 7 6 273 54 357 2.04e-60 198
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MsG0880042468.01.T01 AT1G61370 36.697 327 174 6 8 302 338 663 7.92e-57 194
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MsG0880042468.01.T01 AT4G23270 35.862 290 160 3 7 270 313 602 1.28e-54 188
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MsG0880042468.01.T01 AT1G61360 37.627 295 154 5 8 272 402 696 4.61e-51 179
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MsG0880042468.01.T01 AT1G61430 34.557 327 182 4 8 302 454 780 6.43e-51 179
MsG0880042468.01.T01 AT1G61430 34.557 327 182 4 8 302 454 780 6.43e-51 179
MsG0880042468.01.T01 AT1G61430 34.557 327 182 4 8 302 454 780 6.43e-51 179
MsG0880042468.01.T01 AT2G18470 40.529 227 111 3 8 211 272 497 6.56e-51 176
MsG0880042468.01.T01 AT5G65600 37.586 290 145 6 6 261 336 623 6.65e-51 178
MsG0880042468.01.T01 AT1G61490 35.780 327 178 5 8 302 328 654 7.04e-51 178
MsG0880042468.01.T01 AT4G13190 39.819 221 107 3 4 198 55 275 7.75e-51 170
MsG0880042468.01.T01 AT5G16000 35.069 288 160 6 6 267 298 584 7.96e-51 177
MsG0880042468.01.T01 AT1G61430 34.557 327 182 4 8 302 477 803 9.34e-51 179
MsG0880042468.01.T01 AT4G31230 37.329 292 142 9 4 266 451 730 9.91e-51 179
MsG0880042468.01.T01 AT5G10290 33.677 291 163 5 6 267 276 565 9.92e-51 177
MsG0880042468.01.T01 AT5G10290 33.677 291 163 5 6 267 276 565 9.92e-51 177
MsG0880042468.01.T01 AT4G31100 35.395 291 160 4 4 267 428 717 1.01e-50 179
MsG0880042468.01.T01 AT1G78940 36.770 291 144 9 4 266 432 710 1.03e-50 179
MsG0880042468.01.T01 AT1G78530 36.594 276 149 6 21 273 78 350 1.03e-50 171
MsG0880042468.01.T01 AT2G28250 36.000 300 151 9 7 266 197 495 1.14e-50 176
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MsG0880042468.01.T01 AT2G28250 36.000 300 151 9 7 266 197 495 1.14e-50 176
MsG0880042468.01.T01 AT2G28250 36.000 300 151 9 7 266 197 495 1.14e-50 176
MsG0880042468.01.T01 AT2G28250 36.000 300 151 9 7 266 197 495 1.14e-50 176
MsG0880042468.01.T01 AT2G28250 36.000 300 151 9 7 266 197 495 1.14e-50 176
MsG0880042468.01.T01 AT1G61610 35.211 284 160 2 8 267 513 796 1.20e-50 179
MsG0880042468.01.T01 AT1G79670 35.789 285 157 4 8 267 372 655 1.22e-50 178
MsG0880042468.01.T01 AT4G32000 35.192 287 158 5 6 266 158 442 1.35e-50 174
MsG0880042468.01.T01 AT4G23240 34.416 308 175 4 7 287 322 629 1.47e-50 177
MsG0880042468.01.T01 AT1G70740 34.247 292 154 5 8 262 38 328 1.48e-50 172
MsG0880042468.01.T01 AT1G78940 36.770 291 144 9 4 266 432 710 1.48e-50 178
MsG0880042468.01.T01 AT1G21230 35.955 267 147 3 24 267 414 679 1.77e-50 177
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MsG0880042468.01.T01 AT1G69270 37.762 286 151 6 8 267 249 533 1.98e-50 175
MsG0880042468.01.T01 AT1G61390 34.769 325 181 4 8 302 340 663 2.06e-50 177
MsG0880042468.01.T01 AT1G61490 35.780 327 178 5 8 302 478 804 2.21e-50 178
MsG0880042468.01.T01 AT1G61490 35.780 327 178 5 8 302 478 804 2.21e-50 178
MsG0880042468.01.T01 AT1G61490 35.780 327 178 5 8 302 478 804 2.21e-50 178

Find 76 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 129 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATCTCCAACAACACTTATT+TGG 0.156031 8:+9252132 MsG0880042468.01.T01:CDS
CATGCAAAGATTGCTGATTT+TGG 0.168787 8:+9252823 MsG0880042468.01.T01:CDS
ATATTTCCGCTTTCAATTAT+AGG 0.169632 8:-9253366 None:intergenic
CCTTTAGCTCTGCTAATATT+TGG 0.177219 8:-9253506 None:intergenic
GATTGTTCATCACAGAAATT+TGG 0.205062 8:+9252041 MsG0880042468.01.T01:CDS
ACTATTGGAGAAGGAGGATT+TGG 0.286068 8:+9251781 MsG0880042468.01.T01:CDS
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG 0.287528 8:+9251864 MsG0880042468.01.T01:CDS
ATTAGAAGTACTAATGTTCA+TGG 0.288809 8:+9253799 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR
TTAGTGCATCGATCAAATTT+TGG 0.294069 8:-9253857 None:intergenic
GATAACTTCAAAACTACTAT+TGG 0.335312 8:+9251766 MsG0880042468.01.T01:CDS
CGTTGTTGATATGAGATTAC+AGG 0.340593 8:+9253395 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAAATGATATCTACAGCTTT+GGG 0.348079 8:+9253259 MsG0880042468.01.T01:CDS
CACAAGATCTCGAGATGAAT+TGG 0.352639 8:+9253569 MsG0880042468.01.T01:CDS
AGAAATTTGGTTCCCCTCCT+TGG 0.365937 8:+9252054 MsG0880042468.01.T01:CDS
AGTTACGTCTTCAAATTCTA+AGG 0.370530 8:+9251681 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR
ACACGCCCTGGTGGTACATT+TGG 0.377988 8:+9252889 MsG0880042468.01.T01:CDS
GGATTGGATTATCTGCATAA+TGG 0.383279 8:+9252736 MsG0880042468.01.T01:intron
CTTAATAGATATCAGAGAAC+AGG 0.385459 8:+9253222 MsG0880042468.01.T01:intron
AAACTCCAGTTGCTGTTAAG+AGG 0.385884 8:+9251833 MsG0880042468.01.T01:CDS
GAAAGCCTCTTAACAGCAAC+TGG 0.385948 8:-9251838 None:intergenic
TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG 0.389612 8:-9252769 None:intergenic
AATTACCAAATAAGTGTTGT+TGG 0.412161 8:-9252137 None:intergenic
GCTAATATTTGGCATATGTC+TGG 0.415585 8:-9253495 None:intergenic
AAAATGTTCACATACTTCAA+TGG 0.449397 8:+9253337 MsG0880042468.01.T01:CDS
TTTGGTCTAAGTAGAGCTTT+CGG 0.453405 8:+9252841 MsG0880042468.01.T01:CDS
CCAAATATTAGCAGAGCTAA+AGG 0.454473 8:+9253506 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAAGCACTAGTAAGAGCATC+TGG 0.456294 8:+9253312 MsG0880042468.01.T01:CDS
CTCCTTGGATATTGTGATGA+AGG 0.459052 8:+9252069 MsG0880042468.01.T01:CDS
CTATTGGAGAAGGAGGATTT+GGG 0.459201 8:+9251782 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAATGTTCACATACTTCAAT+GGG 0.462371 8:+9253338 MsG0880042468.01.T01:CDS
ATTCTATTTGAGTTGATCAC+TGG 0.473073 8:+9253285 MsG0880042468.01.T01:CDS
GTCTTCAAATTCTAAGGAGA+GGG 0.479614 8:+9251687 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR
TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG 0.493034 8:-9251862 None:intergenic
ATTCTCATCTAGTAGTATGT+TGG 0.509240 8:-9252797 None:intergenic
GGATTTGGGAAAGTATACTT+TGG 0.511757 8:+9251796 MsG0880042468.01.T01:CDS
GTAACACTGAGTGAGTATAT+AGG 0.513542 8:-9253661 None:intergenic
AGCATTGATTTATGAATACA+TGG 0.524548 8:+9252101 MsG0880042468.01.T01:CDS
TGGTTATCTAGCTAAAATAG+TGG 0.527365 8:-9253616 None:intergenic
AATGAAAATATGCAAGGATG+TGG 0.528289 8:-9251636 None:intergenic
TGCCAACTACGTATGAGTTA+TGG 0.530970 8:+9253769 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR
ATCCATAACTCATACGTAGT+TGG 0.531413 8:-9253771 None:intergenic
ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG 0.533355 8:+9252108 MsG0880042468.01.T01:CDS
TCATGGAAATATAAATACAT+TGG 0.546576 8:+9253816 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR
TTCTGCATGGAAAGTTATAG+AGG 0.549646 8:+9253434 MsG0880042468.01.T01:CDS
TTCAAAACTACTATTGGAGA+AGG 0.558520 8:+9251772 MsG0880042468.01.T01:CDS
TCTCATATATCCACACGCCC+TGG 0.560102 8:+9252877 MsG0880042468.01.T01:CDS
GTGTTGTTGGAGATTTCCAT+TGG 0.563010 8:-9252124 None:intergenic
GACCTTCATCACAATATCCA+AGG 0.564079 8:-9252071 None:intergenic
TTATAAGGAATTTCAATCAG+AGG 0.570275 8:+9251879 MsG0880042468.01.T01:CDS
TTTCTCAAACTGCAACTGAA+AGG 0.576055 8:+9253472 MsG0880042468.01.T01:CDS
AGCATGGTTCAGAGAAAGTG+TGG 0.582749 8:+9253543 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAATGTACCACCAGGGCGTG+TGG 0.589748 8:-9252887 None:intergenic
CGTCTTCAAATTCTAAGGAG+AGG 0.590154 8:+9251686 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR
AAAACTACTATTGGAGAAGG+AGG 0.594587 8:+9251775 MsG0880042468.01.T01:CDS
ACGTAACCAAATGTACCACC+AGG 0.598351 8:-9252895 None:intergenic
GGAATGTCTATCTTTGAGCA+TGG 0.599013 8:+9253527 MsG0880042468.01.T01:CDS
TTCATCACAATATCCAAGGA+GGG 0.609141 8:-9252067 None:intergenic
GAAAGTTATAGAGGTAGCCA+TGG 0.612109 8:+9253443 MsG0880042468.01.T01:CDS
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG 0.613023 8:+9251856 MsG0880042468.01.T01:CDS
TCATCTAGTAGTATGTTGGA+AGG 0.614564 8:-9252793 None:intergenic
AAATTGAATGAAAATATGCA+AGG 0.617488 8:-9251642 None:intergenic
AATTCAGCATCGATTCTGCA+TGG 0.618846 8:+9253421 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG 0.620528 8:-9252766 None:intergenic
GCTATTCCTATAATTGAAAG+CGG 0.636191 8:+9253360 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAAGCTATAAAGATTTACAC+GGG 0.644517 8:-9251596 None:intergenic
TCTTCAAATTCTAAGGAGAG+GGG 0.646371 8:+9251688 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR
TCATCACAATATCCAAGGAG+GGG 0.651021 8:-9252066 None:intergenic
GTTGTTGATATGAGATTACA+GGG 0.652116 8:+9253396 MsG0880042468.01.T01:CDS
AAAAGCTATAAAGATTTACA+CGG 0.653065 8:-9251597 None:intergenic
CTTCATCACAATATCCAAGG+AGG 0.669884 8:-9252068 None:intergenic
AGATTTACACGGGATGACAC+AGG 0.671166 8:-9251586 None:intergenic
CATATATCCACACGCCCTGG+TGG 0.678439 8:+9252880 MsG0880042468.01.T01:CDS
AGTTTGAGAAATGCATGCCA+TGG 0.681451 8:-9253460 None:intergenic
AAGGATGTGGAAAACAAATG+TGG 0.728856 8:-9251623 None:intergenic
CGTAACCAAATGTACCACCA+GGG 0.736289 8:-9252894 None:intergenic
ACAAAATATATAACACAACG+AGG 0.759358 8:-9253709 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACAAGAAATAATTATTAATA+AGG + Chr8:9252398-9252417 MsG0880042468.01.T01:intron 10.0%
!! CAAGAAATAATTATTAATAA+GGG + Chr8:9252399-9252418 MsG0880042468.01.T01:intron 10.0%
!! GGATTATTTAAAAAAAAAAT+GGG + Chr8:9252373-9252392 MsG0880042468.01.T01:intron 10.0%
!! TGGATTATTTAAAAAAAAAA+TGG + Chr8:9252372-9252391 MsG0880042468.01.T01:intron 10.0%
!!! GTTATATATTTTGTATATTA+TGG + Chr8:9253718-9253737 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR 10.0%
!! AAAAATATAATCATAAATGG+TGG - Chr8:9253639-9253658 None:intergenic 15.0%
!! AGAGAATTAAAATATCATAT+GGG - Chr8:9252447-9252466 None:intergenic 15.0%
!! GACAAAAATATAATCATAAA+TGG - Chr8:9253642-9253661 None:intergenic 15.0%
!!! TTTATTTTCAAAGTTAACTT+TGG + Chr8:9251981-9252000 MsG0880042468.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTCAGTATAATTGAATTTT+TGG - Chr8:9251732-9251751 None:intergenic 15.0%
!! AAAAGCTATAAAGATTTACA+CGG - Chr8:9251600-9251619 None:intergenic 20.0%
!! AAATTGAATGAAAATATGCA+AGG - Chr8:9251645-9251664 None:intergenic 20.0%
!! AATCCTGAAAATTTACATTA+AGG - Chr8:9252721-9252740 None:intergenic 20.0%
!! ATCCTGAAAATTTACATTAA+GGG - Chr8:9252720-9252739 None:intergenic 20.0%
!! GAGAGAATTAAAATATCATA+TGG - Chr8:9252448-9252467 None:intergenic 20.0%
!! GCTACAAAAATATTAAAATC+TGG - Chr8:9252963-9252982 None:intergenic 20.0%
!! TCATGGAAATATAAATACAT+TGG + Chr8:9253816-9253835 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
!! TTTACCTCTTAAATAAAACA+TGG + Chr8:9252352-9252371 MsG0880042468.01.T01:intron 20.0%
!!! TAATCCATGTTTTATTTAAG+AGG - Chr8:9252359-9252378 None:intergenic 20.0%
!!! TTAATGTAAATTTTCAGGAT+TGG + Chr8:9252720-9252739 MsG0880042468.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTTATATTACACTTACTC+TGG - Chr8:9252925-9252944 None:intergenic 20.0%
! AAAAATGATATCTACAGCTT+TGG + Chr8:9253258-9253277 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! AAAATGATATCTACAGCTTT+GGG + Chr8:9253259-9253278 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! AAAATGTTCACATACTTCAA+TGG + Chr8:9253337-9253356 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! AAAATTCAAATATCCTAAGC+TGG + Chr8:9252605-9252624 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
! AAAGCTATAAAGATTTACAC+GGG - Chr8:9251599-9251618 None:intergenic 25.0%
! AAATGTTCACATACTTCAAT+GGG + Chr8:9253338-9253357 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! AATCAACAAAACATTAGCAT+AGG + Chr8:9252261-9252280 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
! AATGGAATAGTAGTATATGT+AGG - Chr8:9253117-9253136 None:intergenic 25.0%
! ACAAAATATATAACACAACG+AGG - Chr8:9253712-9253731 None:intergenic 25.0%
! ATACATGTTATAAACCAGAA+TGG - Chr8:9253135-9253154 None:intergenic 25.0%
! ATATTTCCGCTTTCAATTAT+AGG - Chr8:9253369-9253388 None:intergenic 25.0%
! ATGGAATAGTAGTATATGTA+GGG - Chr8:9253116-9253135 None:intergenic 25.0%
! GATAACTTCAAAACTACTAT+TGG + Chr8:9251766-9251785 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! GTGCACTAAAAAGTTTATAT+GGG - Chr8:9252298-9252317 None:intergenic 25.0%
! TAAATATCCATTTCAAGCAA+TGG + Chr8:9252995-9253014 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
! TAGAAGTAGTAAGTCTATTA+TGG - Chr8:9252189-9252208 None:intergenic 25.0%
! TGTGCACTAAAAAGTTTATA+TGG - Chr8:9252299-9252318 None:intergenic 25.0%
! TTATAAGGAATTTCAATCAG+AGG + Chr8:9251879-9251898 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAAATCTCTATGCATAAT+AGG - Chr8:9252772-9252791 None:intergenic 25.0%
!! AATTACCAAATAAGTGTTGT+TGG - Chr8:9252140-9252159 None:intergenic 25.0%
!! AGAGATCAAATTTAAAATGC+AGG + Chr8:9252005-9252024 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
!! GTATATTATGGAAGTTTTCT+AGG + Chr8:9253730-9253749 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! TTCCCTTAATGTAAATTTTC+AGG + Chr8:9252715-9252734 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
!!! AGCATTGATTTATGAATACA+TGG + Chr8:9252101-9252120 MsG0880042468.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGTTGATGAAAAAAGATTCT+TGG - Chr8:9252240-9252259 None:intergenic 25.0%
!!! ATTAGAAGTACTAATGTTCA+TGG + Chr8:9253799-9253818 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!!! TTACTTAACTTTGAAACAAG+TGG + Chr8:9253019-9253038 MsG0880042468.01.T01:intron 25.0%
AAATCTCTATGCATAATAGG+TGG - Chr8:9252769-9252788 None:intergenic 30.0%
AAGTAATCCATTGCTTGAAA+TGG - Chr8:9253005-9253024 None:intergenic 30.0%
AATCTCCAACAACACTTATT+TGG + Chr8:9252132-9252151 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
AATGAAAATATGCAAGGATG+TGG - Chr8:9251639-9251658 None:intergenic 30.0%
ACAATAGCTTATATTGGGAA+AGG + Chr8:9252316-9252335 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
AGACGACATACATAAGTTTA+AGG + Chr8:9253170-9253189 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
AGTGCACAATAGCTTATATT+GGG + Chr8:9252311-9252330 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
AGTTACGTCTTCAAATTCTA+AGG + Chr8:9251681-9251700 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR 30.0%
ATCATCAATGCAAGGTTATA+AGG + Chr8:9251864-9251883 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
ATTCTCATCTAGTAGTATGT+TGG - Chr8:9252800-9252819 None:intergenic 30.0%
ATTTATGAATACATGGCCAA+TGG + Chr8:9252108-9252127 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
CATATACTACTATTCCATTC+TGG + Chr8:9253118-9253137 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
CGTAAACAATACATTACCAT+GGG - Chr8:9252662-9252681 None:intergenic 30.0%
CTTAATAGATATCAGAGAAC+AGG + Chr8:9253222-9253241 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
GATTGTTCATCACAGAAATT+TGG + Chr8:9252041-9252060 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
GCTATTCCTATAATTGAAAG+CGG + Chr8:9253360-9253379 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
GTTGTTGATATGAGATTACA+GGG + Chr8:9253396-9253415 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
TAGTGCACAATAGCTTATAT+TGG + Chr8:9252310-9252329 MsG0880042468.01.T01:intron 30.0%
TCGTAAACAATACATTACCA+TGG - Chr8:9252663-9252682 None:intergenic 30.0%
TGGAATAGTAGTATATGTAG+GGG - Chr8:9253115-9253134 None:intergenic 30.0%
TGGTTATCTAGCTAAAATAG+TGG - Chr8:9253619-9253638 None:intergenic 30.0%
TTCAAAACTACTATTGGAGA+AGG + Chr8:9251772-9251791 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
! TTATAACCTTGCATTGATGA+TGG - Chr8:9251865-9251884 None:intergenic 30.0%
!! ATTCTATTTGAGTTGATCAC+TGG + Chr8:9253285-9253304 MsG0880042468.01.T01:CDS 30.0%
!! TACTGAAGCATTTTAAACGA+AGG - Chr8:9252554-9252573 None:intergenic 30.0%
AAAACTACTATTGGAGAAGG+AGG + Chr8:9251775-9251794 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
AACGACAAGGATTAAGAACA+AGG + Chr8:9252495-9252514 MsG0880042468.01.T01:intron 35.0%
AAGGATGTGGAAAACAAATG+TGG - Chr8:9251626-9251645 None:intergenic 35.0%
ATCCATAACTCATACGTAGT+TGG - Chr8:9253774-9253793 None:intergenic 35.0%
CCAAATATTAGCAGAGCTAA+AGG + Chr8:9253506-9253525 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
CGTTGTTGATATGAGATTAC+AGG + Chr8:9253395-9253414 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
GCTAATATTTGGCATATGTC+TGG - Chr8:9253498-9253517 None:intergenic 35.0%
GGAATAGTAGTATATGTAGG+GGG - Chr8:9253114-9253133 None:intergenic 35.0%
GGATTGGATTATCTGCATAA+TGG + Chr8:9252736-9252755 MsG0880042468.01.T01:intron 35.0%
GTAACACTGAGTGAGTATAT+AGG - Chr8:9253664-9253683 None:intergenic 35.0%
TCATCTAGTAGTATGTTGGA+AGG - Chr8:9252796-9252815 None:intergenic 35.0%
TTCATCACAATATCCAAGGA+GGG - Chr8:9252070-9252089 None:intergenic 35.0%
TTCTGCATGGAAAGTTATAG+AGG + Chr8:9253434-9253453 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
TTTCTCAAACTGCAACTGAA+AGG + Chr8:9253472-9253491 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
TTTGGTCTAAGTAGAGCTTT+CGG + Chr8:9252841-9252860 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
! GGATTTGGGAAAGTATACTT+TGG + Chr8:9251796-9251815 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
! GTCTTCAAATTCTAAGGAGA+GGG + Chr8:9251687-9251706 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
! TCTTCAAATTCTAAGGAGAG+GGG + Chr8:9251688-9251707 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
!! CCTTTAGCTCTGCTAATATT+TGG - Chr8:9253509-9253528 None:intergenic 35.0%
!!! CATGCAAAGATTGCTGATTT+TGG + Chr8:9252823-9252842 MsG0880042468.01.T01:CDS 35.0%
ACAAGGATTAAGAACAAGGC+AGG + Chr8:9252499-9252518 MsG0880042468.01.T01:intron 40.0%
ACTATTGGAGAAGGAGGATT+TGG + Chr8:9251781-9251800 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
AGTTTGAGAAATGCATGCCA+TGG - Chr8:9253463-9253482 None:intergenic 40.0%
ATATCCTAAGCTGGAATGAG+AGG + Chr8:9252614-9252633 MsG0880042468.01.T01:intron 40.0%
CAAGGATTAAGAACAAGGCA+GGG + Chr8:9252500-9252519 MsG0880042468.01.T01:intron 40.0%
CACAAGATCTCGAGATGAAT+TGG + Chr8:9253569-9253588 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
CTATTGGAGAAGGAGGATTT+GGG + Chr8:9251782-9251801 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
CTCCTTGGATATTGTGATGA+AGG + Chr8:9252069-9252088 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
CTTCATCACAATATCCAAGG+AGG - Chr8:9252071-9252090 None:intergenic 40.0%
CTTTCACCATCATCAATGCA+AGG + Chr8:9251856-9251875 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
GAAAGTTATAGAGGTAGCCA+TGG + Chr8:9253443-9253462 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
GACCTTCATCACAATATCCA+AGG - Chr8:9252074-9252093 None:intergenic 40.0%
GGAATGTCTATCTTTGAGCA+TGG + Chr8:9253527-9253546 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
TCATCACAATATCCAAGGAG+GGG - Chr8:9252069-9252088 None:intergenic 40.0%
TGCCAACTACGTATGAGTTA+TGG + Chr8:9253769-9253788 MsG0880042468.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
! AAACTCCAGTTGCTGTTAAG+AGG + Chr8:9251833-9251852 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
! CGTCTTCAAATTCTAAGGAG+AGG + Chr8:9251686-9251705 MsG0880042468.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
! GTGTTGTTGGAGATTTCCAT+TGG - Chr8:9252127-9252146 None:intergenic 40.0%
!! AAAGCACTAGTAAGAGCATC+TGG + Chr8:9253312-9253331 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
!! AATTCAGCATCGATTCTGCA+TGG + Chr8:9253421-9253440 MsG0880042468.01.T01:CDS 40.0%
ACGTAACCAAATGTACCACC+AGG - Chr8:9252898-9252917 None:intergenic 45.0%
AGATTTACACGGGATGACAC+AGG - Chr8:9251589-9251608 None:intergenic 45.0%
AGCATGGTTCAGAGAAAGTG+TGG + Chr8:9253543-9253562 MsG0880042468.01.T01:CDS 45.0%
CCAAGCTCTTATCAACGACA+AGG + Chr8:9252482-9252501 MsG0880042468.01.T01:intron 45.0%
CGTAACCAAATGTACCACCA+GGG - Chr8:9252897-9252916 None:intergenic 45.0%
GAAAGCCTCTTAACAGCAAC+TGG - Chr8:9251841-9251860 None:intergenic 45.0%
TAAGAACAAGGCAGGGAGAA+GGG + Chr8:9252507-9252526 MsG0880042468.01.T01:intron 45.0%
TAAGCCTCTCATTCCAGCTT+AGG - Chr8:9252621-9252640 None:intergenic 45.0%
TTAAGAACAAGGCAGGGAGA+AGG + Chr8:9252506-9252525 MsG0880042468.01.T01:intron 45.0%
! AGAAATTTGGTTCCCCTCCT+TGG + Chr8:9252054-9252073 MsG0880042468.01.T01:CDS 45.0%
! CCTTGTCGTTGATAAGAGCT+TGG - Chr8:9252485-9252504 None:intergenic 45.0%
ATTGCAGTTGACACAGCCCA+TGG + Chr8:9252643-9252662 MsG0880042468.01.T01:intron 50.0%
TCTCATATATCCACACGCCC+TGG + Chr8:9252877-9252896 MsG0880042468.01.T01:CDS 50.0%
AAATGTACCACCAGGGCGTG+TGG - Chr8:9252890-9252909 None:intergenic 55.0%
ACACGCCCTGGTGGTACATT+TGG + Chr8:9252889-9252908 MsG0880042468.01.T01:CDS 55.0%
CATATATCCACACGCCCTGG+TGG + Chr8:9252880-9252899 MsG0880042468.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 9251486 9253864 9251486 ID=MsG0880042468.01;Name=MsG0880042468.01
Chr8 mRNA 9251486 9253864 9251486 ID=MsG0880042468.01.T01;Parent=MsG0880042468.01;Name=MsG0880042468.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=229|0.66|1|1|1|1|4|229|302
Chr8 exon 9251486 9251900 9251486 ID=MsG0880042468.01.T01:exon:3926;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 exon 9252027 9252153 9252027 ID=MsG0880042468.01.T01:exon:3927;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 exon 9252737 9252926 9252737 ID=MsG0880042468.01.T01:exon:3928;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 exon 9253230 9253864 9253230 ID=MsG0880042468.01.T01:exon:3929;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 five_prime_UTR 9251486 9251714 9251486 ID=MsG0880042468.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 CDS 9251715 9251900 9251715 ID=MsG0880042468.01.T01:cds;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 CDS 9252027 9252153 9252027 ID=MsG0880042468.01.T01:cds;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 CDS 9252737 9252926 9252737 ID=MsG0880042468.01.T01:cds;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 CDS 9253230 9253635 9253230 ID=MsG0880042468.01.T01:cds;Parent=MsG0880042468.01.T01
Chr8 three_prime_UTR 9253636 9253864 9253636 ID=MsG0880042468.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880042468.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042468.01.T01

ATGAAATCAAAACACCAAAAATTCAATTATACTGAAATTCTCAATATTACTGATAACTTCAAAACTACTATTGGAGAAGGAGGATTTGGGAAAGTATACTTTGGCATTCTGCAAGATCAAACTCCAGTTGCTGTTAAGAGGCTTTCACCATCATCAATGCAAGGTTATAAGGAATTTCAATCAGAGGCACAACTTCTAATGATTGTTCATCACAGAAATTTGGTTCCCCTCCTTGGATATTGTGATGAAGGTCAAATCAAAGCATTGATTTATGAATACATGGCCAATGGAAATCTCCAACAACACTTATTTGGATTGGATTATCTGCATAATGGATGCAAACCACCTATTATGCATAGAGATTTGAAGCCTTCCAACATACTACTAGATGAGAATTTTCATGCAAAGATTGCTGATTTTGGTCTAAGTAGAGCTTTCGGTAATGACGATGATTCTCATATATCCACACGCCCTGGTGGTACATTTGGTTACGTTGATCCAGAATATCAGAGAACAGGAAACACAAATAAGAAAAATGATATCTACAGCTTTGGGATTATTCTATTTGAGTTGATCACTGGTCGAAAAGCACTAGTAAGAGCATCTGGAGAAAATGTTCACATACTTCAATGGGCTATTCCTATAATTGAAAGCGGAAATATTCAAAACGTTGTTGATATGAGATTACAGGGTGAATTCAGCATCGATTCTGCATGGAAAGTTATAGAGGTAGCCATGGCATGCATTTCTCAAACTGCAACTGAAAGGCCAGACATATGCCAAATATTAGCAGAGCTAAAGGAATGTCTATCTTTGAGCATGGTTCAGAGAAAGTGTGGAAGCACAAGATCTCGAGATGAATTGGTTTCTTTCGCTACTATATCAGAAACCACTATTTTAGCTAGATAA
Protein sequence

>MsG0880042468.01.T01

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