AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042501.01

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MsG0880042501.01.T02 AT2G18470 57.143 56 24 0 3 58 377 432 1.48e-16 72.4
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MsG0880042501.01.T02 AT1G25390 54.237 59 24 1 2 60 387 442 2.10e-15 69.3
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MsG0880042501.01.T02 AT4G00960 46.875 64 34 0 1 64 148 211 2.67e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT1G79670 42.647 68 39 0 3 70 478 545 2.69e-15 68.9
MsG0880042501.01.T02 AT1G79670 42.647 68 39 0 3 70 515 582 2.69e-15 68.9
MsG0880042501.01.T02 AT3G15890 42.373 59 34 0 2 60 133 191 2.75e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT5G48380 46.774 62 33 0 3 64 398 459 3.03e-15 68.9
MsG0880042501.01.T02 AT5G16000 52.632 57 27 0 3 59 404 460 3.07e-15 68.9
MsG0880042501.01.T02 AT1G72300 53.571 56 26 0 3 58 898 953 3.24e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT5G01020 53.448 58 26 1 3 60 169 225 3.38e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT3G23750 51.724 58 28 0 3 60 676 733 3.66e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT5G15080 51.724 58 28 0 3 60 244 301 3.75e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT1G16160 42.647 68 39 0 3 70 526 593 3.97e-15 68.6
MsG0880042501.01.T02 AT3G28690 51.724 58 28 0 3 60 228 285 4.16e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT5G35960 51.724 58 28 0 3 60 226 283 4.24e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT5G35960 51.724 58 28 0 3 60 226 283 4.40e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT1G16260 50.000 62 31 0 3 64 475 536 4.42e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT1G16260 50.000 62 31 0 3 64 484 545 4.55e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT1G16260 50.000 62 31 0 3 64 484 545 4.55e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT2G13790 53.571 56 26 0 3 58 390 445 5.04e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT2G17220 53.448 58 26 1 3 60 189 245 5.07e-15 68.2
MsG0880042501.01.T02 AT2G17220 53.448 58 26 1 3 60 190 246 5.07e-15 68.2

Find 7 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 29 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCAAAGCAATGTTCTTGAAT+TGG 0.256252 8:+9621151 MsG0880042501.01.T01:CDS
CAAAGCAATGTTCTTGAATT+GGG 0.362581 8:+9621152 MsG0880042501.01.T01:CDS
AACCTTGATGAACTTCTATC+AGG 0.382686 8:+9621038 MsG0880042501.01.T01:CDS
AAGTTCATCAAGGTTTCCAT+TGG 0.546833 8:-9621030 None:intergenic
ATTTATGAATATATGGCCAA+TGG 0.552341 8:+9621014 None:intergenic
TACCTGATAGAAGTTCATCA+AGG 0.601757 8:-9621040 None:intergenic
ATAGCAGTCGATGCAGCCCA+AGG 0.644943 8:+9621189 MsG0880042501.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TAAATATGAATTTATTGTAA+AGG + Chr8:9621120-9621139 MsG0880042501.01.T01:intron 10.0%
!!! ATTCATATTTAGTACTTTTA+AGG - Chr8:9621111-9621130 None:intergenic 15.0%
! CGATTATTGCAATCTAATTA+TGG + Chr8:9621253-9621272 MsG0880042501.01.T01:intron 25.0%
!! ATTTAGTTTCTTCTTAACCT+TGG - Chr8:9621209-9621228 None:intergenic 25.0%
!! TATGGAAAGAATTTTACATC+AGG + Chr8:9621271-9621290 MsG0880042501.01.T01:intron 25.0%
!! TTTAGTTTCTTCTTAACCTT+GGG - Chr8:9621208-9621227 None:intergenic 25.0%
CAAAGCAATGTTCTTGAATT+GGG + Chr8:9621152-9621171 MsG0880042501.01.T01:CDS 30.0%
TGCAATAATCGAAAGATTGT+AGG - Chr8:9621244-9621263 None:intergenic 30.0%
! TTCATATCTCTGTGGATTAT+AGG - Chr8:9621328-9621347 None:intergenic 30.0%
! TTGTACTTTTCATATCTCTG+TGG - Chr8:9621336-9621355 None:intergenic 30.0%
AACCTTGATGAACTTCTATC+AGG + Chr8:9621038-9621057 MsG0880042501.01.T01:CDS 35.0%
AAGTTCATCAAGGTTTCCAT+TGG - Chr8:9621033-9621052 None:intergenic 35.0%
AATATCTGCACAATGGTTGT+AGG + Chr8:9621299-9621318 MsG0880042501.01.T01:CDS 35.0%
GCAAAGCAATGTTCTTGAAT+TGG + Chr8:9621151-9621170 MsG0880042501.01.T01:CDS 35.0%
TACCTGATAGAAGTTCATCA+AGG - Chr8:9621043-9621062 None:intergenic 35.0%
! ATATCTCTGTGGATTATAGG+TGG - Chr8:9621325-9621344 None:intergenic 35.0%
! ATCCAAAATTTTCCCACTGA+TGG + Chr8:9621405-9621424 MsG0880042501.01.T01:CDS 35.0%
AGCAACAACAGTGGACAAAT+GGG - Chr8:9621436-9621455 None:intergenic 40.0%
TGAAAGCTTCCAAGCAAAAC+TGG + Chr8:9621369-9621388 MsG0880042501.01.T01:CDS 40.0%
! CAAAATCAGCCAGTTTTGCT+TGG - Chr8:9621381-9621400 None:intergenic 40.0%
! CTCCATCAGTGGGAAAATTT+TGG - Chr8:9621410-9621429 None:intergenic 40.0%
!! CAAGCAAAACTGGCTGATTT+TGG + Chr8:9621379-9621398 MsG0880042501.01.T01:CDS 40.0%
AAATGGGAGTCTCCATCAGT+GGG - Chr8:9621420-9621439 None:intergenic 45.0%
CAGCAACAACAGTGGACAAA+TGG - Chr8:9621437-9621456 None:intergenic 45.0%
CATTTGTCCACTGTTGTTGC+TGG + Chr8:9621435-9621454 MsG0880042501.01.T01:CDS 45.0%
GGACTCGAATATCTGCACAA+TGG + Chr8:9621292-9621311 MsG0880042501.01.T01:intron 45.0%
TAGAGTTCCAGCAACAACAG+TGG - Chr8:9621445-9621464 None:intergenic 45.0%
CAAATGGGAGTCTCCATCAG+TGG - Chr8:9621421-9621440 None:intergenic 50.0%
ATAGCAGTCGATGCAGCCCA+AGG + Chr8:9621189-9621208 MsG0880042501.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 9621026 9621465 9621026 ID=MsG0880042501.01;Name=MsG0880042501.01
Chr8 mRNA 9621026 9621465 9621026 ID=MsG0880042501.01.T01;Parent=MsG0880042501.01;Name=MsG0880042501.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|0|0|3|0|89
Chr8 exon 9621026 9621059 9621026 ID=MsG0880042501.01.T01:exon:2596;Parent=MsG0880042501.01.T01
Chr8 exon 9621148 9621210 9621148 ID=MsG0880042501.01.T01:exon:2597;Parent=MsG0880042501.01.T01
Chr8 CDS 9621026 9621059 9621026 ID=MsG0880042501.01.T01:cds;Parent=MsG0880042501.01.T01
Chr8 CDS 9621148 9621210 9621148 ID=MsG0880042501.01.T01:cds;Parent=MsG0880042501.01.T01
Chr8 CDS 9621293 9621465 9621293 ID=MsG0880042501.01.T01:cds;Parent=MsG0880042501.01.T01
Chr8 mRNA 9621159 9621465 9621159 ID=MsG0880042501.01.T02;Parent=MsG0880042501.01;Name=MsG0880042501.01.T02;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|74
Chr8 exon 9621159 9621210 9621159 ID=MsG0880042501.01.T02:exon:2599;Parent=MsG0880042501.01.T02
Chr8 CDS 9621159 9621210 9621159 ID=MsG0880042501.01.T02:cds;Parent=MsG0880042501.01.T02
Chr8 CDS 9621293 9621465 9621293 ID=MsG0880042501.01.T02:cds;Parent=MsG0880042501.01.T02
Gene Sequence

>MsG0880042501.01.T01

ATGGCCAATGGAAACCTTGATGAACTTCTATCAGATAGCAAAGCAATGTTCTTGAATTGGGAAGACAGACTCAAAATAGCAGTCGATGCAGCCCAAGGACTCGAATATCTGCACAATGGTTGTAGGCCACCTATAATCCACAGAGATATGAAAAGTACAAACATTTTATTAAATGAAAGCTTCCAAGCAAAACTGGCTGATTTTGGACTATCCAAAATTTTCCCACTGATGGAGACTCCCATTTGTCCACTGTTGTTGCTGGAACTCTAG

>MsG0880042501.01.T02

ATGTTCTTGAATTGGGAAGACAGACTCAAAATAGCAGTCGATGCAGCCCAAGGACTCGAATATCTGCACAATGGTTGTAGGCCACCTATAATCCACAGAGATATGAAAAGTACAAACATTTTATTAAATGAAAGCTTCCAAGCAAAACTGGCTGATTTTGGACTATCCAAAATTTTCCCACTGATGGAGACTCCCATTTGTCCACTGTTGTTGCTGGAACTCTAG
Protein sequence

>MsG0880042501.01.T01

MANGNLDELLSDSKAMFLNWEDRLKIAVDAAQGLEYLHNGCRPPIIHRDMKSTNILLNESFQAKLADFGLSKIFPLMETPICPLLLLEL*

>MsG0880042501.01.T02

MFLNWEDRLKIAVDAAQGLEYLHNGCRPPIIHRDMKSTNILLNESFQAKLADFGLSKIFPLMETPICPLLLLEL*