AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880046311.01

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MsG0880046311.01.T01 AT1G09970 34.363 259 138 4 64 295 722 975 2.08e-42 157
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MsG0880046311.01.T01 AT1G01540 31.224 237 128 6 64 271 195 425 3.40e-36 136
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MsG0880046311.01.T01 AT3G02130 32.922 243 122 6 64 275 898 1130 6.53e-34 132
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MsG0880046311.01.T01 AT1G07570 32.083 240 127 6 66 275 121 354 1.27e-33 128
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MsG0880046311.01.T01 AT5G18500 32.794 247 121 8 64 276 207 442 3.17e-33 128
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MsG0880046311.01.T01 AT5G18500 32.794 247 121 8 64 276 207 442 3.17e-33 128
MsG0880046311.01.T01 AT5G02290 32.780 241 122 7 66 274 121 353 3.38e-33 127
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MsG0880046311.01.T01 AT1G49730 33.466 251 134 4 51 273 385 630 6.71e-33 129
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MsG0880046311.01.T01 AT4G05200 30.120 249 141 4 51 271 393 636 9.48e-33 129
MsG0880046311.01.T01 AT5G38560 33.197 244 126 7 64 275 380 618 1.02e-32 128
MsG0880046311.01.T01 AT1G72180 33.761 234 116 6 66 268 730 955 1.09e-32 129
MsG0880046311.01.T01 AT5G01550 33.594 256 129 9 51 277 409 652 1.12e-32 128
MsG0880046311.01.T01 AT5G56040 41.000 200 80 7 5 169 739 935 1.33e-32 129
MsG0880046311.01.T01 AT2G28930 32.218 239 128 6 66 275 133 366 1.55e-32 125
MsG0880046311.01.T01 AT2G28930 32.218 239 128 6 66 275 122 355 1.59e-32 125
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MsG0880046311.01.T01 AT2G26290 30.798 263 143 7 66 294 138 395 4.67e-30 119
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MsG0880046311.01.T01 AT1G67720 31.513 238 129 5 64 273 647 878 5.95e-30 120
MsG0880046311.01.T01 AT1G68400 35.510 245 114 7 64 275 404 637 6.03e-30 120
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MsG0880046311.01.T01 AT2G07180 30.992 242 129 7 66 277 140 373 1.02e-29 118
MsG0880046311.01.T01 AT1G16670 30.682 264 144 7 64 293 82 340 1.07e-29 117
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MsG0880046311.01.T01 AT4G23740 30.620 258 135 8 64 286 377 625 1.78e-29 119
MsG0880046311.01.T01 AT3G46340 32.068 237 128 5 64 273 627 857 1.81e-29 119
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MsG0880046311.01.T01 AT5G58940 31.984 247 136 6 64 282 190 432 2.46e-28 114
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MsG0880046311.01.T01 AT4G03230 30.588 255 137 7 45 271 619 861 3.04e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT1G70520 30.420 286 155 7 51 302 353 628 3.14e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G03230 30.588 255 137 7 45 271 647 889 3.16e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G03230 30.709 254 138 5 45 271 562 804 3.25e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT2G19130 30.165 242 133 7 64 274 533 769 3.36e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G03230 30.709 254 138 5 45 271 554 796 3.49e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G33430 31.818 242 122 9 64 271 378 610 3.71e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G23210 30.242 248 140 5 51 271 386 627 3.71e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT1G16160 30.081 246 138 4 64 281 473 712 3.82e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT3G17410 31.679 262 139 8 51 278 97 352 4.00e-28 112
MsG0880046311.01.T01 AT3G17410 31.679 262 139 8 51 278 97 352 4.00e-28 112
MsG0880046311.01.T01 AT4G23230 30.120 249 141 4 51 271 365 608 4.03e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT4G33430 31.818 242 122 9 64 271 331 563 4.05e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT5G03140 32.114 246 120 9 62 271 413 647 4.11e-28 115
MsG0880046311.01.T01 AT5G35580 30.290 241 132 7 64 275 124 357 4.15e-28 114
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MsG0880046311.01.T01 AT1G51860 33.054 239 123 6 64 273 624 854 1.59e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G61370 28.516 256 150 6 51 278 529 779 1.67e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT4G23200 28.571 252 142 6 51 271 364 608 1.76e-26 110
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MsG0880046311.01.T01 AT3G62220 30.435 253 137 7 56 274 101 348 1.87e-26 108
MsG0880046311.01.T01 AT1G61370 28.916 249 144 6 51 271 378 621 1.94e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G07650 29.104 268 140 8 51 278 680 937 1.96e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT5G45780 30.000 240 128 8 64 271 298 529 2.01e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT5G45780 29.630 243 131 8 64 274 341 575 2.04e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G07650 29.104 268 140 8 51 278 706 963 2.19e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G34420 27.027 259 152 4 46 274 715 966 2.48e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G07650 29.104 268 140 8 51 278 493 750 2.73e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G07650 29.104 268 140 8 51 278 712 969 2.78e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G11280 28.125 256 155 3 51 279 521 774 2.84e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G11280 28.125 256 155 3 51 279 531 784 2.86e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT4G04570 32.489 237 120 8 64 271 389 614 2.87e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G16900 32.636 239 124 6 64 273 428 658 2.95e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT1G11280 28.125 256 155 3 51 279 543 796 3.02e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT5G41680 29.545 264 124 7 64 274 99 353 3.13e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT4G00960 27.007 274 161 6 62 301 95 363 3.17e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT3G25490 29.528 254 143 6 51 275 136 382 3.19e-26 108
MsG0880046311.01.T01 AT1G11280 28.125 256 155 3 51 279 533 786 3.24e-26 110
MsG0880046311.01.T01 AT5G16500 31.646 237 130 5 64 271 116 349 3.24e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G06700 29.762 252 138 7 55 272 101 347 3.26e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT1G06700 29.762 252 138 7 55 272 101 347 3.26e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT1G06700 29.762 252 138 7 55 272 101 347 3.26e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT4G13190 31.092 238 129 6 64 271 113 345 3.32e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT1G21250 30.588 255 139 5 51 275 437 683 3.33e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G61480 29.371 286 152 10 51 304 524 791 3.37e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G60280 31.325 249 134 7 51 271 366 605 3.59e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT4G04540 33.047 233 116 8 64 267 365 586 3.62e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G05160 29.675 246 134 7 60 276 383 618 3.69e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G63710 28.049 246 131 6 62 272 294 528 4.04e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G63710 28.049 246 131 6 62 272 294 528 4.04e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT2G39110 30.453 243 129 6 66 274 139 375 4.04e-26 108
MsG0880046311.01.T01 AT4G21380 32.773 238 126 6 64 271 567 800 4.12e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT2G39110 30.453 243 129 6 66 274 124 360 4.32e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT4G31100 29.119 261 145 7 51 279 472 724 4.37e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G05700 32.636 239 125 5 64 273 641 872 4.38e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G07560 33.473 239 119 7 64 273 611 838 4.44e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT4G04540 32.618 233 117 7 64 267 394 615 4.55e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G16900 32.636 239 124 6 64 273 614 844 4.77e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT5G16900 32.636 239 124 6 64 273 614 844 4.77e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G05700 32.636 239 125 5 64 273 610 841 4.83e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G21240 29.249 253 145 5 51 275 182 428 4.83e-26 108
MsG0880046311.01.T01 AT4G04490 31.250 240 119 8 64 271 381 606 4.86e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT3G46290 30.962 239 121 9 62 267 524 751 5.06e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT2G47060 30.435 253 137 7 56 274 105 352 5.09e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT2G47060 30.435 253 137 7 56 274 105 352 5.09e-26 107
MsG0880046311.01.T01 AT4G31110 29.119 261 145 7 51 279 459 711 5.42e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G61380 30.159 252 137 6 51 271 516 759 5.48e-26 109
MsG0880046311.01.T01 AT1G61380 30.159 252 137 6 51 271 369 612 5.70e-26 108

Find 88 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 137 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCGGAATATTGTCCGGTTAT+TGG 0.176515 8:+71853696 MsG0880046311.01.T01:CDS
GAAGCTTGTTTGGCTGATTT+TGG 0.189437 8:+71853948 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTATTTACCGAACGGTAATT+TGG 0.216001 8:+71853759 MsG0880046311.01.T01:CDS
CGGAATATTGTCCGGTTATT+GGG 0.239758 8:+71853697 MsG0880046311.01.T01:CDS
ATATTGACAGATCGAGTTTC+TGG 0.251829 8:-71853498 None:intergenic
ATCTCTTGTATTTGTGTGTC+TGG 0.293136 8:-71854888 None:intergenic
TATTGTCCGGTTATTGGGTT+GGG 0.334144 8:+71853702 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTTGAATCAAGAACCTCAAT+TGG 0.351324 8:-71854852 None:intergenic
TATTGGGTTGGGGTGCTAAC+AGG 0.376202 8:+71853713 MsG0880046311.01.T01:CDS
GTCCTACTAGAGATAATTAC+AGG 0.387001 8:+71854747 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTCATGTTATTCAATGGGTT+AGG 0.391790 8:+71854805 MsG0880046311.01.T01:CDS
ATGGAATTCATGTTATTCAA+TGG 0.394893 8:+71854799 MsG0880046311.01.T01:CDS
CCAATAACCGGACAATATTC+CGG 0.401731 8:-71853696 None:intergenic
CCTCAGTTCGCAGGTTCTTA+CGG 0.407752 8:+71854020 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGGAATTCATGTTATTCAAT+GGG 0.433189 8:+71854800 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGATAGATATGAAGCTTGTT+TGG 0.434448 8:+71853938 MsG0880046311.01.T01:intron
ATCGTCGGACACGGTCGATC+CGG 0.445317 8:+71853552 MsG0880046311.01.T01:CDS
TCATGTTATTCAATGGGTTA+GGG 0.447494 8:+71854806 MsG0880046311.01.T01:CDS
TAATGCAGCGACATCCTTCA+TGG 0.449360 8:-71854970 None:intergenic
GTTCTTGATTCAAAGCTTCA+AGG 0.449890 8:+71854861 MsG0880046311.01.T01:CDS
CGGTGAAATGGTCCCACCTT+GGG 0.454261 8:+71853462 None:intergenic
TAGCACCCCAACCCAATAAC+CGG 0.456109 8:-71853708 None:intergenic
ACCTGTGGATCCATCATTCC+CGG 0.457499 8:+71854776 MsG0880046311.01.T01:CDS
CTGAATTCATGATTGTTCCT+TGG 0.467961 8:-71855171 None:intergenic
TGCAGAAGCAATAACTGAGC+TGG 0.468671 8:-71855084 None:intergenic
TACAGGACTAGCAGTGGAAT+GGG 0.469906 8:+71853804 MsG0880046311.01.T01:CDS
AAGAGTGATGTATACAGCTT+TGG 0.473993 8:+71854720 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGAATTCCATCCGGGAATGA+TGG 0.474359 8:-71854786 None:intergenic
ATATTGTCCGGTTATTGGGT+TGG 0.475527 8:+71853701 MsG0880046311.01.T01:CDS
AATTCAGCATGACCCACATC+AGG 0.481659 8:+71855001 MsG0880046311.01.T01:CDS
ACACGGCTTAAGATAGCAAT+TGG 0.482546 8:+71853829 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGAATAACATGAATTCCATC+CGG 0.493462 8:-71854795 None:intergenic
TTCCTGTAATTATCTCTAGT+AGG 0.502184 8:-71854749 None:intergenic
ATGTTACATGAGGGGTGTAC+AGG 0.503483 8:+71853787 MsG0880046311.01.T01:CDS
TACTGCAATGGTTAATCCTG+TGG 0.505344 8:-71853597 None:intergenic
CGTGCAAAATGTATCTCTGC+TGG 0.508876 8:+71853525 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTCTATGATTATTTACCGAA+CGG 0.511464 8:+71853751 MsG0880046311.01.T01:CDS
GTGGGGCTCAGCACCTGATG+TGG 0.511876 8:-71855014 None:intergenic
CTCCTCAGAAATTGCAACGC+TGG 0.512849 8:+71853660 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGGTACAGTGTCACTTCCCA+AGG 0.515263 8:-71853478 None:intergenic
GCAGAAGCAATAACTGAGCT+GGG 0.515627 8:-71855083 None:intergenic
TCGGTTAATCCTCAGTTCGC+AGG 0.522561 8:+71854011 MsG0880046311.01.T01:CDS
ATAGCAATTGGTGTTGCTGA+AGG 0.524944 8:+71853841 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTGAATCAAGAACCTCAATT+GGG 0.526499 8:-71854851 None:intergenic
ATTGTCCGGTTATTGGGTTG+GGG 0.531374 8:+71853703 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTATAAAGTTACCATGCCAC+AGG 0.535274 8:+71853581 MsG0880046311.01.T01:CDS
CTGAGAATTTCTCCGACGAC+CGG 0.537059 8:-71853627 None:intergenic
TTCGACACCGGAATATTGTC+CGG 0.537461 8:+71853689 MsG0880046311.01.T01:CDS
GAATAACATGAATTCCATCC+GGG 0.542842 8:-71854794 None:intergenic
CAAGAGATGTTACAAGCACT+TGG 0.546541 8:+71854903 MsG0880046311.01.T01:CDS
GTGGTAGACTGCTGCGGTTG+AGG 0.551322 8:-71855145 None:intergenic
ATAGCATCCAAATTACCGTT+CGG 0.555350 8:-71853766 None:intergenic
GTACAGGACTAGCAGTGGAA+TGG 0.559781 8:+71853803 MsG0880046311.01.T01:CDS
TCCGGGAATGATGGATCCAC+AGG 0.562759 8:-71854777 None:intergenic
TGGGGCTCAGCACCTGATGT+GGG 0.563577 8:-71855013 None:intergenic
TGCCAGCGTTGCAATTTCTG+AGG 0.564799 8:-71853662 None:intergenic
ACGGTGAAATGGTCCCACCT+TGG 0.573856 8:+71853461 None:intergenic
ATCTCTGCTGGCAATATCGT+CGG 0.576598 8:+71853537 MsG0880046311.01.T01:CDS
GAGCAAGAAGGACCCAATTG+AGG 0.578557 8:+71854839 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGGGTTGGGGTGCTAACAGG+AGG 0.580801 8:+71853716 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTTGGATGCTATGTTACATG+AGG 0.589022 8:+71853777 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGAAGAATAAGCAATTGATG+AGG 0.604216 8:-71855121 None:intergenic
GGAGCATTTAAAGAGCAAGA+AGG 0.605471 8:+71854827 MsG0880046311.01.T01:CDS
GAACTGAGGATTAACCGAAA+AGG 0.614163 8:-71854006 None:intergenic
TGACGATCGACCCACCATGA+AGG 0.619346 8:+71854956 MsG0880046311.01.T01:CDS
GCAGCGACATCCTTCATGGT+GGG 0.623635 8:-71854966 None:intergenic
TAGCAATTGGTGTTGCTGAA+GGG 0.638009 8:+71853842 MsG0880046311.01.T01:CDS
CATGATTGTTCCTTGGTGAG+TGG 0.638059 8:-71855164 None:intergenic
GCTGGCAATATCGTCGGACA+CGG 0.641216 8:+71853543 MsG0880046311.01.T01:CDS
CCGTAAGAACCTGCGAACTG+AGG 0.641876 8:-71854020 None:intergenic
GTGGATCCATCATTCCCGGA+TGG 0.644238 8:+71854780 MsG0880046311.01.T01:CDS
ACAGTGTCACTTCCCAAGGT+GGG 0.645433 8:-71853474 None:intergenic
TACAGTGTCACTTCCCAAGG+TGG 0.648658 8:-71853475 None:intergenic
GGTAACTTTATAAACGACAC+CGG 0.657054 8:-71853571 None:intergenic
CGCTGGCAAGAATTCGACAC+CGG 0.660825 8:+71853677 MsG0880046311.01.T01:CDS
TAGCAGTGGAATGGGAAACA+CGG 0.660959 8:+71853812 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGCAGCGACATCCTTCATGG+TGG 0.665031 8:-71854967 None:intergenic
TGGTGAGTGGTAGACTGCTG+CGG 0.668189 8:-71855151 None:intergenic
TCTTACGGCTACATTGCACC+CGG 0.673284 8:+71854035 MsG0880046311.01.T01:CDS
GGGGTGTACAGGACTAGCAG+TGG 0.673897 8:+71853798 MsG0880046311.01.T01:CDS
TTGGATGCTATGTTACATGA+GGG 0.674374 8:+71853778 MsG0880046311.01.T01:CDS
CAGAAGCAATAACTGAGCTG+GGG 0.688678 8:-71855082 None:intergenic
CAGCAGTCTACCACTCACCA+AGG 0.695159 8:+71855154 MsG0880046311.01.T01:CDS
AATTACAGGAAAGAGACCTG+TGG 0.701987 8:+71854761 MsG0880046311.01.T01:CDS
CAATGGTTAATCCTGTGGCA+TGG 0.704817 8:-71853592 None:intergenic
TTAACCGAAAAGGAAGCATG+CGG 0.722416 8:-71853996 None:intergenic
TGGATGCTATGTTACATGAG+GGG 0.723833 8:+71853779 MsG0880046311.01.T01:CDS
TGATGTATACAGCTTTGGTG+TGG 0.726306 8:+71854725 MsG0880046311.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AACAAGTAAATTAACAAAGA+AGG - Chr8:71854080-71854099 None:intergenic 20.0%
!! ATTAATCATGTTATGATCAT+AGG - Chr8:71854628-71854647 None:intergenic 20.0%
!!! TAATTTTATTTCACATCTCA+TGG - Chr8:71854221-71854240 None:intergenic 20.0%
! ACATGGAATATTATCATTGA+TGG + Chr8:71854357-71854376 MsG0880046311.01.T01:intron 25.0%
! ATGGAATTCATGTTATTCAA+TGG + Chr8:71854799-71854818 MsG0880046311.01.T01:CDS 25.0%
! CTGAAATTATAGATAGAGTT+TGG + Chr8:71854315-71854334 MsG0880046311.01.T01:intron 25.0%
! TGGAATTCATGTTATTCAAT+GGG + Chr8:71854800-71854819 MsG0880046311.01.T01:CDS 25.0%
! TTCTATGATTATTTACCGAA+CGG + Chr8:71853751-71853770 MsG0880046311.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTATGCATGATGATGATT+TGG - Chr8:71854589-71854608 None:intergenic 25.0%
!! TCTAGAGAATAATTTGTGTT+GGG + Chr8:71854654-71854673 MsG0880046311.01.T01:intron 25.0%
!!! GAATGATTGACTTTTTTACA+TGG + Chr8:71854340-71854359 MsG0880046311.01.T01:intron 25.0%
ACCATTGCAGTAAAAAATTC+CGG + Chr8:71853608-71853627 MsG0880046311.01.T01:CDS 30.0%
ATCATTGATGGAGCATATAT+GGG + Chr8:71854369-71854388 MsG0880046311.01.T01:intron 30.0%
TATCATTGATGGAGCATATA+TGG + Chr8:71854368-71854387 MsG0880046311.01.T01:intron 30.0%
TCGAGATTAGGATTAATTAC+CGG - Chr8:71854057-71854076 None:intergenic 30.0%
TGAAGAATAAGCAATTGATG+AGG - Chr8:71855124-71855143 None:intergenic 30.0%
TGAATAACATGAATTCCATC+CGG - Chr8:71854798-71854817 None:intergenic 30.0%
TTATTTACCGAACGGTAATT+TGG + Chr8:71853759-71853778 MsG0880046311.01.T01:CDS 30.0%
TTCCTGTAATTATCTCTAGT+AGG - Chr8:71854752-71854771 None:intergenic 30.0%
TTGAATCAAGAACCTCAATT+GGG - Chr8:71854854-71854873 None:intergenic 30.0%
TTTGAATCAAGAACCTCAAT+TGG - Chr8:71854855-71854874 None:intergenic 30.0%
! GTCTAGAGAATAATTTGTGT+TGG + Chr8:71854653-71854672 MsG0880046311.01.T01:intron 30.0%
! TGATAGATATGAAGCTTGTT+TGG + Chr8:71853938-71853957 MsG0880046311.01.T01:intron 30.0%
! TTCATGTTATTCAATGGGTT+AGG + Chr8:71854805-71854824 MsG0880046311.01.T01:CDS 30.0%
!! TCATGTTATTCAATGGGTTA+GGG + Chr8:71854806-71854825 MsG0880046311.01.T01:CDS 30.0%
!!! CTTTTGTCGGTTTTGATTTT+TGG + Chr8:71854451-71854470 MsG0880046311.01.T01:intron 30.0%
AACCAGTTTAGAAAGTGAGT+AGG + Chr8:71854117-71854136 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
AAGAGTGATGTATACAGCTT+TGG + Chr8:71854720-71854739 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
AGCATATATGGGTATGATTG+AGG + Chr8:71854380-71854399 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
ATAATAGCTAATAGTCCTGG+CGG + Chr8:71854555-71854574 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
ATAGCATCCAAATTACCGTT+CGG - Chr8:71853769-71853788 None:intergenic 35.0%
ATATTGACAGATCGAGTTTC+TGG - Chr8:71853501-71853520 None:intergenic 35.0%
ATCTCTTGTATTTGTGTGTC+TGG - Chr8:71854891-71854910 None:intergenic 35.0%
CGAGATTAGGATTAATTACC+GGG - Chr8:71854056-71854075 None:intergenic 35.0%
GAATAACATGAATTCCATCC+GGG - Chr8:71854797-71854816 None:intergenic 35.0%
GACATAATAGCTAATAGTCC+TGG + Chr8:71854552-71854571 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
GCATATATGGGTATGATTGA+GGG + Chr8:71854381-71854400 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
GGTAACTTTATAAACGACAC+CGG - Chr8:71853574-71853593 None:intergenic 35.0%
GTCCTACTAGAGATAATTAC+AGG + Chr8:71854747-71854766 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
GTTCTTGATTCAAAGCTTCA+AGG + Chr8:71854861-71854880 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
TAACAAAGAAGGTCGAGATT+AGG - Chr8:71854069-71854088 None:intergenic 35.0%
TGTCACCCTTTAACAGAAAA+TGG - Chr8:71854425-71854444 None:intergenic 35.0%
TTATAAAGTTACCATGCCAC+AGG + Chr8:71853581-71853600 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
TTGGATGCTATGTTACATGA+GGG + Chr8:71853778-71853797 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
TTTAACAGAAAATGGCCGTA+CGG - Chr8:71854417-71854436 None:intergenic 35.0%
TTTGGATGCTATGTTACATG+AGG + Chr8:71853777-71853796 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
! GAGAATAATTTGTGTTGGGT+TGG + Chr8:71854658-71854677 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
! TGATTATGCATGTGTTGATG+TGG - Chr8:71854531-71854550 None:intergenic 35.0%
! TTCAGATCTTTTAGGCTTGT+GGG - Chr8:71855035-71855054 None:intergenic 35.0%
!! AAGCTTGTTTGGCTGATTTT+GGG + Chr8:71853949-71853968 MsG0880046311.01.T01:CDS 35.0%
!! ATGGACAGCTAGTCTATTTT+TGG - Chr8:71854202-71854221 None:intergenic 35.0%
!! TACGGCCATTTTCTGTTAAA+GGG + Chr8:71854417-71854436 MsG0880046311.01.T01:intron 35.0%
!!! ACCGGAATTTTTTACTGCAA+TGG - Chr8:71853612-71853631 None:intergenic 35.0%
AATTACAGGAAAGAGACCTG+TGG + Chr8:71854761-71854780 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
ACACGGCTTAAGATAGCAAT+TGG + Chr8:71853829-71853848 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
ATATTGTCCGGTTATTGGGT+TGG + Chr8:71853701-71853720 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
ATGGGTATGATTGAGGGAAA+TGG + Chr8:71854387-71854406 MsG0880046311.01.T01:intron 40.0%
CAAGAGATGTTACAAGCACT+TGG + Chr8:71854903-71854922 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
CAGTAAAAAATTCCGGTCGT+CGG + Chr8:71853615-71853634 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
CCAATAACCGGACAATATTC+CGG - Chr8:71853699-71853718 None:intergenic 40.0%
CGGAATATTGTCCGGTTATT+GGG + Chr8:71853697-71853716 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
CTCACAACTCATCGTGATTA+TGG - Chr8:71854146-71854165 None:intergenic 40.0%
GAACTGAGGATTAACCGAAA+AGG - Chr8:71854009-71854028 None:intergenic 40.0%
GGTTTATTTGTGACTTCGTG+TGG - Chr8:71854510-71854529 None:intergenic 40.0%
TACTGCAATGGTTAATCCTG+TGG - Chr8:71853600-71853619 None:intergenic 40.0%
TATTGTCCGGTTATTGGGTT+GGG + Chr8:71853702-71853721 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
TGGATGCTATGTTACATGAG+GGG + Chr8:71853779-71853798 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
TGGGTATGATTGAGGGAAAT+GGG + Chr8:71854388-71854407 MsG0880046311.01.T01:intron 40.0%
! CAGAGATACATTTTGCACGT+CGG - Chr8:71853524-71853543 None:intergenic 40.0%
! CTTCAGATCTTTTAGGCTTG+TGG - Chr8:71855036-71855055 None:intergenic 40.0%
! GACGAAGCTTCAGATCTTTT+AGG - Chr8:71855043-71855062 None:intergenic 40.0%
! GGAGCATTTAAAGAGCAAGA+AGG + Chr8:71854827-71854846 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
! GGTGACATTGCTTCTTTTGT+CGG + Chr8:71854438-71854457 MsG0880046311.01.T01:intron 40.0%
! TCAGATCTTTTAGGCTTGTG+GGG - Chr8:71855034-71855053 None:intergenic 40.0%
! TGATGTATACAGCTTTGGTG+TGG + Chr8:71854725-71854744 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
! TTAACCGAAAAGGAAGCATG+CGG - Chr8:71853999-71854018 None:intergenic 40.0%
!! ATAGCAATTGGTGTTGCTGA+AGG + Chr8:71853841-71853860 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
!! GAAGCTTGTTTGGCTGATTT+TGG + Chr8:71853948-71853967 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
!! GTACGGCCATTTTCTGTTAA+AGG + Chr8:71854416-71854435 MsG0880046311.01.T01:intron 40.0%
!! TAGCAATTGGTGTTGCTGAA+GGG + Chr8:71853842-71853861 MsG0880046311.01.T01:CDS 40.0%
AATTCAGCATGACCCACATC+AGG + Chr8:71855001-71855020 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
ATCTCTGCTGGCAATATCGT+CGG + Chr8:71853537-71853556 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
CAATGGTTAATCCTGTGGCA+TGG - Chr8:71853595-71853614 None:intergenic 45.0%
CAGAAGCAATAACTGAGCTG+GGG - Chr8:71855085-71855104 None:intergenic 45.0%
CATGATTGTTCCTTGGTGAG+TGG - Chr8:71855167-71855186 None:intergenic 45.0%
CCGGAATATTGTCCGGTTAT+TGG + Chr8:71853696-71853715 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
CGCCTACTCACTTTCTAAAC+TGG - Chr8:71854122-71854141 None:intergenic 45.0%
CGTGCAAAATGTATCTCTGC+TGG + Chr8:71853525-71853544 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
GCAGAAGCAATAACTGAGCT+GGG - Chr8:71855086-71855105 None:intergenic 45.0%
GGGTATGATTGAGGGAAATG+GGG + Chr8:71854389-71854408 MsG0880046311.01.T01:intron 45.0%
GGTATGATTGAGGGAAATGG+GGG + Chr8:71854390-71854409 MsG0880046311.01.T01:intron 45.0%
GTGTTCCTTCTATCTTGCAC+CGG + Chr8:71853886-71853905 MsG0880046311.01.T01:intron 45.0%
TAATGCAGCGACATCCTTCA+TGG - Chr8:71854973-71854992 None:intergenic 45.0%
TAGCAGTGGAATGGGAAACA+CGG + Chr8:71853812-71853831 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
TATCTTGCACCGGGATGTTA+AGG + Chr8:71853896-71853915 MsG0880046311.01.T01:intron 45.0%
TATTCTGCGCCTTAACATCC+CGG - Chr8:71853908-71853927 None:intergenic 45.0%
TGAATTCCATCCGGGAATGA+TGG - Chr8:71854789-71854808 None:intergenic 45.0%
TGCAGAAGCAATAACTGAGC+TGG - Chr8:71855087-71855106 None:intergenic 45.0%
TGTTCCTTCTATCTTGCACC+GGG + Chr8:71853887-71853906 MsG0880046311.01.T01:intron 45.0%
TTCGACACCGGAATATTGTC+CGG + Chr8:71853689-71853708 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
! ACAACCGCATGCTTCCTTTT+CGG + Chr8:71853992-71854011 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
! ATGTTACATGAGGGGTGTAC+AGG + Chr8:71853787-71853806 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
! ATTGTCCGGTTATTGGGTTG+GGG + Chr8:71853703-71853722 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
! TACAGGACTAGCAGTGGAAT+GGG + Chr8:71853804-71853823 MsG0880046311.01.T01:CDS 45.0%
ACATCCCGGTGCAAGATAGA+AGG - Chr8:71853894-71853913 None:intergenic 50.0%
ACCTGTGGATCCATCATTCC+CGG + Chr8:71854776-71854795 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
CCTCAGTTCGCAGGTTCTTA+CGG + Chr8:71854020-71854039 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
CTCCTCAGAAATTGCAACGC+TGG + Chr8:71853660-71853679 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
CTGAGAATTTCTCCGACGAC+CGG - Chr8:71853630-71853649 None:intergenic 50.0%
GAGCAAGAAGGACCCAATTG+AGG + Chr8:71854839-71854858 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
TAGCACCCCAACCCAATAAC+CGG - Chr8:71853711-71853730 None:intergenic 50.0%
TCGGTTAATCCTCAGTTCGC+AGG + Chr8:71854011-71854030 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
TCTTACGGCTACATTGCACC+CGG + Chr8:71854035-71854054 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
TGCCAGCGTTGCAATTTCTG+AGG - Chr8:71853665-71853684 None:intergenic 50.0%
! GTACAGGACTAGCAGTGGAA+TGG + Chr8:71853803-71853822 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
!! ACAGTGTCACTTCCCAAGGT+GGG - Chr8:71853477-71853496 None:intergenic 50.0%
!! TACAGTGTCACTTCCCAAGG+TGG - Chr8:71853478-71853497 None:intergenic 50.0%
!! TATTGGGTTGGGGTGCTAAC+AGG + Chr8:71853713-71853732 MsG0880046311.01.T01:CDS 50.0%
!! TGGTACAGTGTCACTTCCCA+AGG - Chr8:71853481-71853500 None:intergenic 50.0%
CAGCAGTCTACCACTCACCA+AGG + Chr8:71855154-71855173 MsG0880046311.01.T01:CDS 55.0%
CCGTAAGAACCTGCGAACTG+AGG - Chr8:71854023-71854042 None:intergenic 55.0%
CGCTGGCAAGAATTCGACAC+CGG + Chr8:71853677-71853696 MsG0880046311.01.T01:CDS 55.0%
GCAGCGACATCCTTCATGGT+GGG - Chr8:71854969-71854988 None:intergenic 55.0%
GCTGGCAATATCGTCGGACA+CGG + Chr8:71853543-71853562 MsG0880046311.01.T01:CDS 55.0%
GTGGATCCATCATTCCCGGA+TGG + Chr8:71854780-71854799 MsG0880046311.01.T01:CDS 55.0%
TGACGATCGACCCACCATGA+AGG + Chr8:71854956-71854975 MsG0880046311.01.T01:CDS 55.0%
TGCAGCGACATCCTTCATGG+TGG - Chr8:71854970-71854989 None:intergenic 55.0%
TGGTGAGTGGTAGACTGCTG+CGG - Chr8:71855154-71855173 None:intergenic 55.0%
!! TCCGGGAATGATGGATCCAC+AGG - Chr8:71854780-71854799 None:intergenic 55.0%
!!! GATTTGGCTTTTGTGCCGCC+AGG - Chr8:71854573-71854592 None:intergenic 55.0%
ATCGTCGGACACGGTCGATC+CGG + Chr8:71853552-71853571 MsG0880046311.01.T01:CDS 60.0%
GAGGGAAATGGGGGACCGTA+CGG + Chr8:71854399-71854418 MsG0880046311.01.T01:intron 60.0%
GTGGTAGACTGCTGCGGTTG+AGG - Chr8:71855148-71855167 None:intergenic 60.0%
TGGGGCTCAGCACCTGATGT+GGG - Chr8:71855016-71855035 None:intergenic 60.0%
! GGGGTGTACAGGACTAGCAG+TGG + Chr8:71853798-71853817 MsG0880046311.01.T01:CDS 60.0%
! TGGGTTGGGGTGCTAACAGG+AGG + Chr8:71853716-71853735 MsG0880046311.01.T01:CDS 60.0%
GTGGGGCTCAGCACCTGATG+TGG - Chr8:71855017-71855036 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 71853469 71855187 71853469 ID=MsG0880046311.01;Name=MsG0880046311.01
Chr8 mRNA 71853469 71855187 71853469 ID=MsG0880046311.01.T01;Parent=MsG0880046311.01;Name=MsG0880046311.01.T01;_AED=0.38;_eAED=0.41;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|334
Chr8 exon 71853469 71853863 71853469 ID=MsG0880046311.01.T01:exon:27908;Parent=MsG0880046311.01.T01
Chr8 exon 71853944 71854056 71853944 ID=MsG0880046311.01.T01:exon:27909;Parent=MsG0880046311.01.T01
Chr8 exon 71854691 71855187 71854691 ID=MsG0880046311.01.T01:exon:27910;Parent=MsG0880046311.01.T01
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