AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880047002.01

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MsG0880047002.01.T01 AT1G55200 33.762 311 152 6 71 355 367 649 7.55e-51 181
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MsG0880047002.01.T01 AT5G24010 32.418 364 192 7 31 367 435 771 7.14e-50 179
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MsG0880047002.01.T01 AT1G29740 34.505 313 149 7 70 355 664 947 1.51e-49 179
MsG0880047002.01.T01 AT1G70740 34.768 302 155 6 71 346 38 323 1.53e-49 172
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MsG0880047002.01.T01 AT1G48210 40.851 235 105 6 73 275 58 290 7.80e-47 162
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MsG0880047002.01.T01 AT4G23270 34.295 312 153 6 71 356 314 599 1.24e-46 169
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MsG0880047002.01.T01 AT4G03230 34.304 309 150 6 70 352 677 958 1.25e-46 171
MsG0880047002.01.T01 AT2G28990 34.251 327 158 8 55 355 551 846 1.40e-46 170
MsG0880047002.01.T01 AT2G28990 34.251 327 158 8 55 355 551 846 1.40e-46 170
MsG0880047002.01.T01 AT5G02070 30.854 363 171 9 31 358 329 646 1.61e-46 168
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MsG0880047002.01.T01 AT1G51860 35.897 312 142 7 67 352 426 705 1.79e-46 169
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MsG0880047002.01.T01 AT5G54590 32.615 325 158 8 71 370 103 391 2.07e-46 164
MsG0880047002.01.T01 AT5G54590 32.615 325 158 8 71 370 103 391 2.07e-46 164
MsG0880047002.01.T01 AT1G61420 34.049 326 160 6 66 365 477 773 2.21e-46 169
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MsG0880047002.01.T01 AT1G61420 34.049 326 160 6 66 365 479 775 2.46e-46 169
MsG0880047002.01.T01 AT5G42440 33.025 324 160 7 65 360 63 357 2.53e-46 162
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MsG0880047002.01.T01 AT5G16900 36.050 319 147 8 71 363 563 850 3.77e-46 169
MsG0880047002.01.T01 AT5G47850 38.189 254 117 5 71 285 431 683 4.15e-46 168
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MsG0880047002.01.T01 AT5G11020 33.631 336 161 9 50 355 46 349 8.85e-46 161
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MsG0880047002.01.T01 AT5G11020 33.631 336 161 9 50 355 73 376 1.31e-45 161
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MsG0880047002.01.T01 AT5G65240 32.051 312 160 5 71 355 272 558 3.59e-45 164
MsG0880047002.01.T01 AT5G63710 40.991 222 101 5 71 264 278 497 3.67e-45 164
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MsG0880047002.01.T01 AT2G13800 34.043 329 154 9 62 355 249 549 6.79e-45 163
MsG0880047002.01.T01 AT2G14510 34.405 311 146 8 71 355 553 831 7.15e-45 165
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MsG0880047002.01.T01 AT4G23190 36.614 254 124 6 57 276 321 571 1.61e-44 162
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MsG0880047002.01.T01 AT1G11330 40.086 232 112 3 71 276 512 742 1.69e-44 164
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MsG0880047002.01.T01 AT1G77280 31.148 366 181 12 10 346 345 668 2.10e-44 163
MsG0880047002.01.T01 AT4G05200 32.219 329 170 5 64 366 328 629 2.15e-44 162
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MsG0880047002.01.T01 AT5G61350 33.019 318 154 6 71 357 513 802 2.54e-44 164
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MsG0880047002.01.T01 AT2G25220 40.249 241 113 5 71 284 134 370 4.12e-44 158
MsG0880047002.01.T01 AT4G23260 33.333 312 156 7 71 356 316 601 4.21e-44 162
MsG0880047002.01.T01 AT1G61480 32.021 381 185 10 15 366 442 777 5.11e-44 162
MsG0880047002.01.T01 AT4G00970 38.767 227 108 5 73 271 334 557 5.24e-44 160
MsG0880047002.01.T01 AT1G78530 40.639 219 105 5 80 275 72 288 5.37e-44 154
MsG0880047002.01.T01 AT1G60800 32.803 314 154 7 71 355 222 507 5.68e-44 160
MsG0880047002.01.T01 AT5G01950 32.698 315 149 7 71 355 529 810 5.70e-44 162
MsG0880047002.01.T01 AT4G11900 33.438 320 152 8 73 364 527 813 6.00e-44 162
MsG0880047002.01.T01 AT3G14350 34.405 311 145 9 69 350 368 648 7.08e-44 161
MsG0880047002.01.T01 AT3G14350 34.405 311 145 9 69 350 405 685 7.56e-44 161
MsG0880047002.01.T01 AT4G23180 37.555 229 116 3 74 276 339 566 7.56e-44 160
MsG0880047002.01.T01 AT4G30520 33.981 309 149 9 70 352 290 569 8.56e-44 160
MsG0880047002.01.T01 AT4G11530 31.420 331 171 6 64 366 333 635 1.01e-43 161
MsG0880047002.01.T01 AT5G01950 32.698 315 149 7 71 355 614 895 1.04e-43 162
MsG0880047002.01.T01 AT5G01950 32.698 315 149 7 71 355 614 895 1.04e-43 162
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MsG0880047002.01.T01 AT5G01950 32.698 315 149 7 71 355 614 895 1.04e-43 162
MsG0880047002.01.T01 AT4G11470 31.231 333 177 6 60 366 321 627 1.08e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT4G11470 31.231 333 177 6 60 366 316 622 1.19e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT4G39400 35.161 310 145 8 71 352 871 1152 1.28e-43 162
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MsG0880047002.01.T01 AT1G55610 36.913 298 147 8 15 275 786 1079 1.47e-43 162
MsG0880047002.01.T01 AT2G02220 34.936 312 148 7 71 355 722 1005 1.76e-43 161
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MsG0880047002.01.T01 AT3G46330 32.817 323 159 8 57 352 518 809 2.13e-43 161
MsG0880047002.01.T01 AT5G59660 33.445 299 164 5 58 355 490 754 2.26e-43 161
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MsG0880047002.01.T01 AT5G58940 33.438 320 155 10 71 360 135 426 2.49e-43 157
MsG0880047002.01.T01 AT1G61490 33.333 327 164 7 66 366 323 621 2.57e-43 159
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MsG0880047002.01.T01 AT1G61360 34.242 330 161 8 71 373 405 705 2.94e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT1G61360 34.242 330 161 8 71 373 405 705 2.94e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT1G61360 34.242 330 161 8 71 373 405 705 2.94e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT1G21240 31.818 352 179 8 31 355 368 685 3.11e-43 160
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MsG0880047002.01.T01 AT1G61360 34.242 330 161 8 71 373 486 786 4.75e-43 160
MsG0880047002.01.T01 AT1G67520 32.716 324 165 7 59 355 235 532 4.93e-43 158
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MsG0880047002.01.T01 AT1G61390 33.851 322 157 7 71 366 340 631 5.52e-43 159
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MsG0880047002.01.T01 AT1G61490 32.036 334 171 7 66 373 473 776 6.11e-43 159
MsG0880047002.01.T01 AT1G61490 32.036 334 171 7 66 373 473 776 6.11e-43 159
MsG0880047002.01.T01 AT1G52540 31.366 322 165 8 61 355 15 307 6.51e-43 153
MsG0880047002.01.T01 AT1G61490 32.036 334 171 7 66 373 447 750 6.57e-43 159

Find 89 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 196 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATGCCAAGTTATCAGATTT+TGG 0.087997 8:-80819892 MsG0880047002.01.T01:CDS
TATCATTGAATTTGATAATA+TGG 0.132328 8:-80822437 MsG0880047002.01.T01:CDS
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GATACCTGAGGTAACCTTTC+TGG 0.224936 8:+80822363 None:intergenic
CCGTAAGAACTTTATCAAAT+TGG 0.238327 8:-80819411 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACATTCGGGCGCAAAATTAT+TGG 0.242726 8:+80821234 None:intergenic
GCTTCTGCAAGACCTCTTAT+TGG 0.248168 8:-80819305 MsG0880047002.01.T01:CDS
TCTGCCTCATCACGCGTCTT+AGG 0.271692 8:+80821307 None:intergenic
TGTCCGGTCATAAGATATTC+AGG 0.299056 8:+80819793 None:intergenic
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CTCGAGTCCTAAGGCGGAAT+TGG 0.324925 8:-80821344 MsG0880047002.01.T01:CDS
TGAGATGTTTCTTTGTTGAT+AGG 0.338185 8:+80822394 None:intergenic
ATCATTGAATTTGATAATAT+GGG 0.350718 8:-80822436 MsG0880047002.01.T01:CDS
CCCTTCACCTATAAAACATT+CGG 0.377320 8:+80821219 None:intergenic
CTTCAAGGTCGTTGTCCAAT+GGG 0.383218 8:-80819377 MsG0880047002.01.T01:CDS
CAAGATGTTTGTGATTTAAG+AGG 0.386948 8:+80820927 None:intergenic
TTTGGGTGATGAGTCAGTTC+TGG 0.396091 8:+80819253 None:intergenic
CCAATTTGATAAAGTTCTTA+CGG 0.402602 8:+80819411 None:intergenic
TTCGCAAAACTTGGACCAAT+TGG 0.406652 8:-80819868 MsG0880047002.01.T01:CDS
TCAAGGTAACCTTTGTATAC+AGG 0.421369 8:+80821187 None:intergenic
AAGTCATCCAACGTCCTTCT+CGG 0.421561 8:-80819925 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACACTCTCCAATTCCGCCTT+AGG 0.431497 8:+80821337 None:intergenic
TCACAAACATCTTGTGAACT+TGG 0.434640 8:-80820918 MsG0880047002.01.T01:CDS
TTTCAGATCTTCCTCCTCAT+AGG 0.437307 8:-80820050 MsG0880047002.01.T01:intron
TGCGGCTTTGAGCTCTTGTA+AGG 0.438641 8:+80821258 None:intergenic
CCTTCACCTATAAAACATTC+GGG 0.443785 8:+80821220 None:intergenic
GTGAAACAGCTTAACCATAA+AGG 0.446024 8:-80820995 MsG0880047002.01.T01:CDS
CTCATAGGAAGCCACTAGAT+TGG 0.449798 8:-80820035 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACACAAGTAGTGGGAACATA+TGG 0.450311 8:-80819826 MsG0880047002.01.T01:CDS
TTGGTTGACCCTCTACTTCA+AGG 0.451575 8:-80819392 MsG0880047002.01.T01:CDS
AAATGTATGTGCACGCGGAT+TGG 0.470445 8:+80821282 None:intergenic
GCGGAATTGGAGAGTGTATC+GGG 0.476353 8:-80821331 MsG0880047002.01.T01:CDS
TCCACAATTTCACCAATAAG+AGG 0.479641 8:+80819293 None:intergenic
ACTTCAAGGTCGTTGTCCAA+TGG 0.485011 8:-80819378 MsG0880047002.01.T01:CDS
AAACATCTTGTGAACTTGGT+TGG 0.485812 8:-80820914 MsG0880047002.01.T01:intron
TACTCCAGAAAGGTTACCTC+AGG 0.486931 8:-80822367 MsG0880047002.01.T01:intron
GAGAGCGCAGTCTAGTTGAA+TGG 0.492077 8:-80819678 MsG0880047002.01.T01:CDS
GGGCGCAAAATTATTGGTTG+CGG 0.496198 8:+80821240 None:intergenic
GGGGTTGGAATATATGCATA+AGG 0.499808 8:-80819977 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACATGAGTCATATCACCAAT+TGG 0.504376 8:+80819853 None:intergenic
TTTAAGTCTCTATATATCAC+AGG 0.504518 8:+80819946 None:intergenic
CACGAGGATGAATATAGCAT+TGG 0.506794 8:-80820010 MsG0880047002.01.T01:CDS
ATCTCATGTTTACTCCAGAA+AGG 0.517163 8:-80822377 MsG0880047002.01.T01:CDS
ATAGCATTGGGAATAGCAAA+GGG 0.519770 8:-80819997 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACGAGGATGAATATAGCATT+GGG 0.521405 8:-80820009 MsG0880047002.01.T01:CDS
AGAGCGCAGTCTAGTTGAAT+GGG 0.525820 8:-80819677 MsG0880047002.01.T01:CDS
GGCGGAATTGGAGAGTGTAT+CGG 0.526568 8:-80821332 MsG0880047002.01.T01:CDS
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GAACCCAAAATCTGATAACT+TGG 0.530113 8:+80819888 None:intergenic
GTCATGCTCGAACTTATCTC+AGG 0.534228 8:-80819733 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACCTCTTATTGGTGAAATTG+TGG 0.538630 8:-80819294 MsG0880047002.01.T01:CDS
TCATGTTTCCACACAAGTAG+TGG 0.546289 8:-80819836 MsG0880047002.01.T01:CDS
ACTAGACTGCGCTCTCCTTG+TGG 0.549589 8:+80819685 None:intergenic
TATAGCATTGGGAATAGCAA+AGG 0.551794 8:-80819998 MsG0880047002.01.T01:CDS
GCCCCTGAATATCTTATGAC+CGG 0.553144 8:-80819796 MsG0880047002.01.T01:CDS
TGTCTTGTATATCTATGTGC+AGG 0.553765 8:-80819453 MsG0880047002.01.T01:CDS
GCTGAGTTCCTCGAGTCCTA+AGG 0.559535 8:-80821353 MsG0880047002.01.T01:CDS
CAATCTAGTGGCTTCCTATG+AGG 0.563701 8:+80820036 None:intergenic
GAAACAAGCAGTTGCTATTG+CGG 0.571382 8:-80819348 MsG0880047002.01.T01:CDS
GTCCGGTCATAAGATATTCA+GGG 0.578436 8:+80819794 None:intergenic
CTTAACCATAAAGGTGGTCA+AGG 0.579584 8:-80820986 MsG0880047002.01.T01:CDS
AATAATGATTAATGATTGAG+AGG 0.581312 8:-80822462 None:intergenic
ATATGTTCCCACTACTTGTG+TGG 0.581454 8:+80819828 None:intergenic
GGCTTTGGGCCTGTATACAA+AGG 0.599948 8:-80821196 MsG0880047002.01.T01:CDS
ATTGGGAATAGCAAAGGGGT+TGG 0.602095 8:-80819992 MsG0880047002.01.T01:CDS
ATCCTCGTGTTCCAATCTAG+TGG 0.606252 8:+80820024 None:intergenic
TCGAACTTATCTCAGGACGC+AGG 0.606779 8:-80819726 MsG0880047002.01.T01:CDS
TTCAAGGTCGTTGTCCAATG+GGG 0.609192 8:-80819376 MsG0880047002.01.T01:CDS
GGACAACGACCTTGAAGTAG+AGG 0.609573 8:+80819383 None:intergenic
CGAACTTATCTCAGGACGCA+GGG 0.612696 8:-80819725 MsG0880047002.01.T01:CDS
TCAAGGTCGTTGTCCAATGG+GGG 0.613382 8:-80819375 MsG0880047002.01.T01:CDS
GGGTCCTAAGACGCGTGATG+AGG 0.626392 8:-80821311 MsG0880047002.01.T01:CDS
CTTGATAATACACGTCCACA+AGG 0.626949 8:-80819700 MsG0880047002.01.T01:CDS
CATGTTTCCACACAAGTAGT+GGG 0.637237 8:-80819835 MsG0880047002.01.T01:CDS
CAATTCCGCCTTAGGACTCG+AGG 0.638087 8:+80821345 None:intergenic
TCTAGTGGCTTCCTATGAGG+AGG 0.638889 8:+80820039 None:intergenic
TACCAAACTGAGCTCAAGTG+AGG 0.653267 8:+80819648 None:intergenic
TCCGGTCATAAGATATTCAG+GGG 0.654156 8:+80819795 None:intergenic
AAGTCTCTATATATCACAGG+GGG 0.655385 8:+80819949 None:intergenic
GAGTTCCTCGAGTCCTAAGG+CGG 0.664683 8:-80821350 MsG0880047002.01.T01:CDS
AGCCACTAGATTGGAACACG+AGG 0.666822 8:-80820026 MsG0880047002.01.T01:CDS
TTAAGTCTCTATATATCACA+GGG 0.667714 8:+80819947 None:intergenic
AAACAGCTTAACCATAAAGG+TGG 0.676559 8:-80820992 MsG0880047002.01.T01:CDS
CAAGGTCGTTGTCCAATGGG+GGG 0.687193 8:-80819374 MsG0880047002.01.T01:CDS
GACAACGACCTTGAAGTAGA+GGG 0.693375 8:+80819384 None:intergenic
AAGGTAAATGTATGTGCACG+CGG 0.696884 8:+80821277 None:intergenic
TAGCATTGGGAATAGCAAAG+GGG 0.726491 8:-80819996 MsG0880047002.01.T01:CDS
TGATGTGTATAGCTATGGAG+TGG 0.754310 8:-80819755 MsG0880047002.01.T01:CDS
TAAGTCTCTATATATCACAG+GGG 0.785770 8:+80819948 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! AAAAAAAAAAAATTTGTTAG+TGG - Chr8:80820999-80821018 MsG0880047002.01.T01:CDS 10.0%
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!!! GAAGTATTATAAATTATTTA+TGG - Chr8:80820148-80820167 MsG0880047002.01.T01:intron 10.0%
!!! TTGTTTTATTTTAAGATAAT+TGG - Chr8:80820098-80820117 MsG0880047002.01.T01:intron 10.0%
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!!! AAACAATAAGTTTCTAAAAA+AGG + Chr8:80820886-80820905 None:intergenic 15.0%
!!! ATCATTGAATTTGATAATAT+GGG - Chr8:80819241-80819260 MsG0880047002.01.T01:CDS 15.0%
!!! CATAAATATTTTAAGATTCT+CGG - Chr8:80822178-80822197 MsG0880047002.01.T01:intron 15.0%
!!! TATCATTGAATTTGATAATA+TGG - Chr8:80819240-80819259 MsG0880047002.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTATTTCCATAAACTTTTT+AGG + Chr8:80822093-80822112 None:intergenic 15.0%
!! AATCATTTCAAATATGTGTT+TGG - Chr8:80822111-80822130 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
!! CTTAAAATAAAACAACCTAA+TGG + Chr8:80820093-80820112 None:intergenic 20.0%
!! GACTGTTATGATTTATATAT+TGG + Chr8:80819863-80819882 None:intergenic 20.0%
!! GATTAATAAAGTTATGTTAG+TGG - Chr8:80820970-80820989 MsG0880047002.01.T01:CDS 20.0%
!! TAAGTAAATTAAAACTGTCA+GGG - Chr8:80819996-80820015 MsG0880047002.01.T01:CDS 20.0%
!! TGAACAAACTTAATATTTCA+GGG + Chr8:80819688-80819707 None:intergenic 20.0%
!! TTAAGTAAATTAAAACTGTC+AGG - Chr8:80819995-80820014 MsG0880047002.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGAACAAACTTAATATTTC+AGG + Chr8:80819689-80819708 None:intergenic 20.0%
!! TTTAAAAATCTCAATTGTTC+AGG + Chr8:80819788-80819807 None:intergenic 20.0%
!!! ATCATAGATCTTTTCAATTT+GGG + Chr8:80822444-80822463 None:intergenic 20.0%
!!! ATCTTTTACGTATTTTTTTG+TGG + Chr8:80821462-80821481 None:intergenic 20.0%
!!! CTTTTAGCTTTAGTTTTTAA+AGG + Chr8:80821132-80821151 None:intergenic 20.0%
!!! TAAGTCAAAATTTTGTTGAA+CGG - Chr8:80821537-80821556 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
!!! TAGAGAAATATTCAATGTTT+TGG - Chr8:80819583-80819602 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
!!! TATTACAACTTACGTTTTTA+GGG + Chr8:80820519-80820538 None:intergenic 20.0%
!!! TATTGTTTCTTGAATTGTTA+TGG - Chr8:80820898-80820917 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
!!! TGTTTAATTTTTACAGAGAT+GGG - Chr8:80819624-80819643 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGTTTAATTTTTACAGAGA+TGG - Chr8:80819623-80819642 MsG0880047002.01.T01:intron 20.0%
! AAAAAACTGCATAGAATGTT+AGG + Chr8:80819725-80819744 None:intergenic 25.0%
! AAACCATCCTAAAAAGTTTA+TGG - Chr8:80822083-80822102 MsG0880047002.01.T01:intron 25.0%
! AGTTGTGAAATCATTTGATA+GGG - Chr8:80819430-80819449 MsG0880047002.01.T01:CDS 25.0%
! CCAATTTGATAAAGTTCTTA+CGG + Chr8:80822269-80822288 None:intergenic 25.0%
! GAACAAACTTAATATTTCAG+GGG + Chr8:80819687-80819706 None:intergenic 25.0%
! GATCAATGAATGAATATATG+AGG + Chr8:80821042-80821061 None:intergenic 25.0%
! TAGTTGTGAAATCATTTGAT+AGG - Chr8:80819429-80819448 MsG0880047002.01.T01:CDS 25.0%
! TCTGCAAATATTATTAAGCA+AGG + Chr8:80821216-80821235 None:intergenic 25.0%
! TTAAGTCTCTATATATCACA+GGG + Chr8:80821733-80821752 None:intergenic 25.0%
! TTTAAGTCTCTATATATCAC+AGG + Chr8:80821734-80821753 None:intergenic 25.0%
!! AATAGCTGTTACAAAGATTT+TGG - Chr8:80820535-80820554 MsG0880047002.01.T01:intron 25.0%
!! AGATTTTATAGTTAGTTGTC+CGG + Chr8:80821903-80821922 None:intergenic 25.0%
!! CATCATAGATCTTTTCAATT+TGG + Chr8:80822445-80822464 None:intergenic 25.0%
!! CATGATTAACCATATTTTTC+AGG + Chr8:80820951-80820970 None:intergenic 25.0%
!! CATGTTTTGTGTAAAGTTTA+GGG - Chr8:80822135-80822154 MsG0880047002.01.T01:intron 25.0%
!! CTATTACAACTTACGTTTTT+AGG + Chr8:80820520-80820539 None:intergenic 25.0%
!! TCATGTTTTGTGTAAAGTTT+AGG - Chr8:80822134-80822153 MsG0880047002.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTCCATAAACTTTTTAGGA+TGG + Chr8:80822089-80822108 None:intergenic 25.0%
AAATCTCAATTGTTCAGGAT+AGG + Chr8:80819783-80819802 None:intergenic 30.0%
AAATCTGATGTGTATAGCTA+TGG - Chr8:80821917-80821936 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
CAAACACAAACTATATGTAG+TGG - Chr8:80820580-80820599 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
CAAGATGTTTGTGATTTAAG+AGG + Chr8:80820753-80820772 None:intergenic 30.0%
CAGAAGATTGAAATCATAGA+TGG + Chr8:80821590-80821609 None:intergenic 30.0%
CCGTAAGAACTTTATCAAAT+TGG - Chr8:80822266-80822285 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
GAATGAATAGTATGTAGAGA+AGG + Chr8:80820216-80820235 None:intergenic 30.0%
GTTTATGAGTATATGCCATT+GGG - Chr8:80820817-80820836 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
TAAGTCTCTATATATCACAG+GGG + Chr8:80821732-80821751 None:intergenic 30.0%
TATTCGACACCTGAAAAATA+TGG - Chr8:80820939-80820958 MsG0880047002.01.T01:CDS 30.0%
TCATATATTGCGTCAAATGT+TGG - Chr8:80819817-80819836 MsG0880047002.01.T01:CDS 30.0%
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TGAGATGTTTCTTTGTTGAT+AGG + Chr8:80819286-80819305 None:intergenic 30.0%
TGTTTATGAGTATATGCCAT+TGG - Chr8:80820816-80820835 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
TTTATGAGTATATGCCATTG+GGG - Chr8:80820818-80820837 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
! ATGCCAAGTTATCAGATTTT+GGG - Chr8:80821786-80821805 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
! CACTACATATAGTTTGTGTT+TGG + Chr8:80820582-80820601 None:intergenic 30.0%
!! AGTAGTTTTTCGACTAAAGT+AGG + Chr8:80821358-80821377 None:intergenic 30.0%
!! AGTTTAGGGTTTTTGTGTAA+TGG - Chr8:80822149-80822168 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
!! GCTCGACTTAACTTATTTTT+AGG - Chr8:80821499-80821518 MsG0880047002.01.T01:intron 30.0%
AAAACTGATGTTTGTGCAAC+AGG - Chr8:80820651-80820670 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
AAACAGCTTAACCATAAAGG+TGG - Chr8:80820685-80820704 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
AAACATCTTGTGAACTTGGT+TGG - Chr8:80820763-80820782 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
AAGTCTCTATATATCACAGG+GGG + Chr8:80821731-80821750 None:intergenic 35.0%
AAGTTACATGAGGCTTTCTT+TGG - Chr8:80821082-80821101 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
ACATGAGTCATATCACCAAT+TGG + Chr8:80821827-80821846 None:intergenic 35.0%
ACCTCTTATTGGTGAAATTG+TGG - Chr8:80822383-80822402 MsG0880047002.01.T01:CDS 35.0%
ACGAGGATGAATATAGCATT+GGG - Chr8:80821668-80821687 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
ATCTCATGTTTACTCCAGAA+AGG - Chr8:80819300-80819319 MsG0880047002.01.T01:CDS 35.0%
CAAGAAGCTCATAAGGATTA+AGG + Chr8:80820187-80820206 None:intergenic 35.0%
CCCTTCACCTATAAAACATT+CGG + Chr8:80820461-80820480 None:intergenic 35.0%
CCTTCACCTATAAAACATTC+GGG + Chr8:80820460-80820479 None:intergenic 35.0%
CTTAATCCTTATGAGCTTCT+TGG - Chr8:80820185-80820204 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
GAAAGAAAGAAAGATACCTG+AGG + Chr8:80819329-80819348 None:intergenic 35.0%
GAAATCATTTGATAGGGTAG+GGG - Chr8:80819436-80819455 MsG0880047002.01.T01:CDS 35.0%
GAACCCAAAATCTGATAACT+TGG + Chr8:80821792-80821811 None:intergenic 35.0%
GATTTAAGAGGTTGAGCATT+AGG + Chr8:80820741-80820760 None:intergenic 35.0%
GTGAAACAGCTTAACCATAA+AGG - Chr8:80820682-80820701 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
GTGAAATCATTTGATAGGGT+AGG - Chr8:80819434-80819453 MsG0880047002.01.T01:CDS 35.0%
TCAAGGTAACCTTTGTATAC+AGG + Chr8:80820493-80820512 None:intergenic 35.0%
TCACAAACATCTTGTGAACT+TGG - Chr8:80820759-80820778 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
TCCACAATTTCACCAATAAG+AGG + Chr8:80822387-80822406 None:intergenic 35.0%
TGTCTTGTATATCTATGTGC+AGG - Chr8:80822224-80822243 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
TTATGAGTATATGCCATTGG+GGG - Chr8:80820819-80820838 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! AACCTAATGGGTAATGACAA+GGG + Chr8:80820080-80820099 None:intergenic 35.0%
! AGGGTTTTTGTGTAATGGTT+TGG - Chr8:80822154-80822173 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! ATAGCATTGGGAATAGCAAA+GGG - Chr8:80821680-80821699 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! CATGATAATTTTCACCGAGA+AGG + Chr8:80821769-80821788 None:intergenic 35.0%
! CATGCCAAGTTATCAGATTT+TGG - Chr8:80821785-80821804 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! CCGAATGTTTTATAGGTGAA+GGG - Chr8:80820458-80820477 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! CGAATGTTTTATAGGTGAAG+GGG - Chr8:80820459-80820478 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! GAATGTTTTATAGGTGAAGG+GGG - Chr8:80820460-80820479 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! TATAGCATTGGGAATAGCAA+AGG - Chr8:80821679-80821698 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
! TCAAGGAGATCGAGAATTTT+TGG - Chr8:80820708-80820727 MsG0880047002.01.T01:intron 35.0%
!!! TTACGTTTTTAGGGTTCTCA+AGG + Chr8:80820510-80820529 None:intergenic 35.0%
AAGGTAAATGTATGTGCACG+CGG + Chr8:80820403-80820422 None:intergenic 40.0%
ACATTCGGGCGCAAAATTAT+TGG + Chr8:80820446-80820465 None:intergenic 40.0%
ATATGTTCCCACTACTTGTG+TGG + Chr8:80821852-80821871 None:intergenic 40.0%
ATGATTTCACAACTAAGCCG+TGG + Chr8:80819424-80819443 None:intergenic 40.0%
CACGAGGATGAATATAGCAT+TGG - Chr8:80821667-80821686 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
CATGTTTCCACACAAGTAGT+GGG - Chr8:80821842-80821861 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
CTTAACCATAAAGGTGGTCA+AGG - Chr8:80820691-80820710 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
GGGGTTGGAATATATGCATA+AGG - Chr8:80821700-80821719 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
GTCCGGTCATAAGATATTCA+GGG + Chr8:80821886-80821905 None:intergenic 40.0%
GTTGTTGCGAAAGTTACATG+AGG - Chr8:80821072-80821091 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TACATGAGGCTTTCTTTGGT+CGG - Chr8:80821086-80821105 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TATGAGGAGGAAGATCTGAA+AGG + Chr8:80821628-80821647 None:intergenic 40.0%
TCATGTTTCCACACAAGTAG+TGG - Chr8:80821841-80821860 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TCCGGTCATAAGATATTCAG+GGG + Chr8:80821885-80821904 None:intergenic 40.0%
TCTTTGGACGAGCATTTACA+TGG - Chr8:80820842-80820861 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TGATGTGTATAGCTATGGAG+TGG - Chr8:80821922-80821941 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TGATTTCACAACTAAGCCGT+GGG + Chr8:80819423-80819442 None:intergenic 40.0%
TGCATGCAAGCAAATGTGAT+AGG - Chr8:80819545-80819564 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
TGTCCGGTCATAAGATATTC+AGG + Chr8:80821887-80821906 None:intergenic 40.0%
TTCGCAAAACTTGGACCAAT+TGG - Chr8:80821809-80821828 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
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! ACCTAATGGGTAATGACAAG+GGG + Chr8:80820079-80820098 None:intergenic 40.0%
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! CCCGAATGTTTTATAGGTGA+AGG - Chr8:80820457-80820476 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
! CTTGATAATACACGTCCACA+AGG - Chr8:80821977-80821996 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
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! GTACTCTTTTTCCTCCTTTG+CGG - Chr8:80821169-80821188 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
! TACTCTTTTTCCTCCTTTGC+GGG - Chr8:80821170-80821189 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
! TAGCATTGGGAATAGCAAAG+GGG - Chr8:80821681-80821700 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
! TTGGTTGGTTATTGTGCTGA+TGG - Chr8:80820778-80820797 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
! TTTGCGCCCGAATGTTTTAT+AGG - Chr8:80820451-80820470 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
!! AGGAGATCGAGAATTTTTGG+TGG - Chr8:80820711-80820730 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
!! TTCTTTGGTCGGACTTGTTT+TGG - Chr8:80821097-80821116 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
!!! AGATCGAGAATTTTTGGTGG+AGG - Chr8:80820714-80820733 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
!!! GATTTTGGGTTCGCAAAACT+TGG - Chr8:80821800-80821819 MsG0880047002.01.T01:intron 40.0%
AAATGTATGTGCACGCGGAT+TGG + Chr8:80820398-80820417 None:intergenic 45.0%
AAGTCATCCAACGTCCTTCT+CGG - Chr8:80821752-80821771 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
ACTTCAAGGTCGTTGTCCAA+TGG - Chr8:80822299-80822318 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
AGAGCGCAGTCTAGTTGAAT+GGG - Chr8:80822000-80822019 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
ATCCTCGTGTTCCAATCTAG+TGG + Chr8:80821656-80821675 None:intergenic 45.0%
ATTGGGAATAGCAAAGGGGT+TGG - Chr8:80821685-80821704 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
ATTTCACAACTAAGCCGTGG+GGG + Chr8:80819421-80819440 None:intergenic 45.0%
CAATCTAGTGGCTTCCTATG+AGG + Chr8:80821644-80821663 None:intergenic 45.0%
CTCATAGGAAGCCACTAGAT+TGG - Chr8:80821642-80821661 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
CTTCAAGGTCGTTGTCCAAT+GGG - Chr8:80822300-80822319 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
GACAACGACCTTGAAGTAGA+GGG + Chr8:80822296-80822315 None:intergenic 45.0%
GATACCTGAGGTAACCTTTC+TGG + Chr8:80819317-80819336 None:intergenic 45.0%
GATCTCCTTGACCACCTTTA+TGG + Chr8:80820699-80820718 None:intergenic 45.0%
GATTTCACAACTAAGCCGTG+GGG + Chr8:80819422-80819441 None:intergenic 45.0%
GCAATGCCAAGAAGCTCATA+AGG + Chr8:80820194-80820213 None:intergenic 45.0%
GCCCCTGAATATCTTATGAC+CGG - Chr8:80821881-80821900 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
GCTTCTGCAAGACCTCTTAT+TGG - Chr8:80822372-80822391 MsG0880047002.01.T01:CDS 45.0%
GTCATGCTCGAACTTATCTC+AGG - Chr8:80821944-80821963 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TACCAAACTGAGCTCAAGTG+AGG + Chr8:80822032-80822051 None:intergenic 45.0%
TACTCCAGAAAGGTTACCTC+AGG - Chr8:80819310-80819329 MsG0880047002.01.T01:CDS 45.0%
TATATGCCATTGGGGGTCTT+TGG - Chr8:80820826-80820845 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TCCCCTTGTCATTACCCATT+AGG - Chr8:80820075-80820094 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTATAGGTGAAGGGGGCTTT+GGG - Chr8:80820467-80820486 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTCAAGGTCGTTGTCCAATG+GGG - Chr8:80822301-80822320 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTCCTCACTTGAGCTCAGTT+TGG - Chr8:80822027-80822046 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTGGTTGACCCTCTACTTCA+AGG - Chr8:80822285-80822304 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTTATAGGTGAAGGGGGCTT+TGG - Chr8:80820466-80820485 MsG0880047002.01.T01:intron 45.0%
TTTGGGTGATGAGTCAGTTC+TGG + Chr8:80822427-80822446 None:intergenic 45.0%
! ATTTTCACCGAGAAGGACGT+TGG + Chr8:80821762-80821781 None:intergenic 45.0%
! GGGCGCAAAATTATTGGTTG+CGG + Chr8:80820440-80820459 None:intergenic 45.0%
!! GTTAAATAATAAAAAAAAAT+AGG - Chr8:80821315-80821334 MsG0880047002.01.T01:CDS 5.0%
!!! AAAAGTTTTTTTTTATAAAA+TGG - Chr8:80821282-80821301 MsG0880047002.01.T01:CDS 5.0%
ACACTCTCCAATTCCGCCTT+AGG + Chr8:80820343-80820362 None:intergenic 50.0%
AGCCACTAGATTGGAACACG+AGG - Chr8:80821651-80821670 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
CGAACTTATCTCAGGACGCA+GGG - Chr8:80821952-80821971 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
GGACAACGACCTTGAAGTAG+AGG + Chr8:80822297-80822316 None:intergenic 50.0%
TCAAGGTCGTTGTCCAATGG+GGG - Chr8:80822302-80822321 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
TCGAACTTATCTCAGGACGC+AGG - Chr8:80821951-80821970 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
TCTAGTGGCTTCCTATGAGG+AGG + Chr8:80821641-80821660 None:intergenic 50.0%
! GAGAGCGCAGTCTAGTTGAA+TGG - Chr8:80821999-80822018 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
! GCGGAATTGGAGAGTGTATC+GGG - Chr8:80820346-80820365 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
! GGCGGAATTGGAGAGTGTAT+CGG - Chr8:80820345-80820364 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
!! GGCTTTGGGCCTGTATACAA+AGG - Chr8:80820481-80820500 MsG0880047002.01.T01:intron 50.0%
!! TGCGGCTTTGAGCTCTTGTA+AGG + Chr8:80820422-80820441 None:intergenic 50.0%
AATGCGCACTACACCCGCAA+AGG + Chr8:80821186-80821205 None:intergenic 55.0%
ACTAGACTGCGCTCTCCTTG+TGG + Chr8:80821995-80822014 None:intergenic 55.0%
CAAGGTCGTTGTCCAATGGG+GGG - Chr8:80822303-80822322 MsG0880047002.01.T01:intron 55.0%
CAATTCCGCCTTAGGACTCG+AGG + Chr8:80820335-80820354 None:intergenic 55.0%
CTCGAGTCCTAAGGCGGAAT+TGG - Chr8:80820333-80820352 MsG0880047002.01.T01:intron 55.0%
GAGTTCCTCGAGTCCTAAGG+CGG - Chr8:80820327-80820346 MsG0880047002.01.T01:intron 55.0%
GCTGAGTTCCTCGAGTCCTA+AGG - Chr8:80820324-80820343 MsG0880047002.01.T01:intron 55.0%
GCTTGTTTCAGTCCCCCCAT+TGG + Chr8:80822318-80822337 None:intergenic 55.0%
TCTGCCTCATCACGCGTCTT+AGG + Chr8:80820373-80820392 None:intergenic 55.0%
CGTCTCAGATTGTGCCCCCA+CGG - Chr8:80819404-80819423 MsG0880047002.01.T01:CDS 60.0%
GCTCGTCCAAAGACCCCCAA+TGG + Chr8:80820835-80820854 None:intergenic 60.0%
GGGTCCTAAGACGCGTGATG+AGG - Chr8:80820366-80820385 MsG0880047002.01.T01:intron 60.0%
GCGCACTACACCCGCAAAGG+AGG + Chr8:80821183-80821202 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 80819226 80822473 80819226 ID=MsG0880047002.01;Name=MsG0880047002.01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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