AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa ssp. caerulea / MsaG046590

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsaG046590 MtrunA17_Chr1g0191931 94.454 1136 25 5 1 1112 1 1122 0.0 2199
MsaG046590 MtrunA17_Chr4g0066971 43.223 1210 542 33 1 1112 1 1163 0.0 769
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MsaG046590 AT3G21430.4 42.615 1178 560 25 1 1112 1 1128 0.0 773
MsaG046590 AT3G21430.3 42.615 1178 560 25 1 1112 1 1128 0.0 773
MsaG046590 AT3G21430.2 42.327 1186 556 26 1 1112 1 1132 0.0 772
MsaG046590 AT3G05380.4 47.039 912 396 24 1 855 1 882 0.0 667
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MsaG046590 AT3G05380.2 47.039 912 396 24 1 855 1 882 0.0 667
MsaG046590 AT3G05380.2 53.179 173 73 4 941 1112 887 1052 2.14e-44 175
MsaG046590 AT3G05380.5 47.039 912 396 24 1 855 1 882 0.0 667
MsaG046590 AT3G05380.5 53.179 173 73 4 941 1112 887 1052 2.14e-44 175
MsaG046590 AT3G05380.1 46.820 912 397 25 1 855 1 881 0.0 667
MsaG046590 AT3G05380.1 53.179 173 73 4 941 1112 886 1051 2.14e-44 175
MsaG046590 AT3G05380.3 44.952 832 374 22 80 855 1 804 0.0 578
MsaG046590 AT3G05380.3 53.179 173 73 4 941 1112 809 974 1.82e-44 175
MsaG046590 AT5G27610.1 42.329 893 362 27 1 836 1 797 2.01e-179 551
MsaG046590 AT5G27610.1 43.011 186 99 3 927 1112 792 970 9.52e-32 134

Find 0 sgRNAs with CRISPR-Local

Find sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
Chromosome Type Strat End Strand Name
Contig1 gene 72605 82594 72605 ID=MsaG046590
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Contig1 exon 73382 73480 73382 ID=MsaT046590.1.exon2;Parent=MsaT046590.1
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Contig1 exon 73644 73706 73644 ID=MsaT046590.1.exon3;Parent=MsaT046590.1
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Contig1 exon 73961 74038 73961 ID=MsaT046590.1.exon4;Parent=MsaT046590.1
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Contig1 exon 78573 78751 78573 ID=MsaT046590.1.exon11;Parent=MsaT046590.1
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Contig1 exon 82430 82594 82430 ID=MsaT046590.1.exon18;Parent=MsaT046590.1
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Gene Sequence

>MsaT046590.1

ATGGCACCGACAAGGAAATCTAGAAGTGTGAATAAGCGGTTTAAAAATACAAATGATATTTCTCCTGAGAAAGATGGAGCTGGCTCAAGTAAAAACAAGCAACGGAAGAAGAAGTTGTCTAATAAATTGGGATCTCAGTGGAGCAAGGGGGAACTAGAGCGATTCTATGAAGCATACAGAAAGCATGGTAAAGATTGGAAGAAGGTGGCTGCCGCTGTACGTAATAGATCCATTGAAATGGTGGAAGCTCTTTACAATATGAATCGGGCATATCTATCTCTACCAGAGGGGACAGCTTCTGTTGTAGGCCTCATTGCAATGATGACAGATCATTATAATGTCCTGGAAGAGAGTGATAGTGAAAGGGAGAGCAATGATGCACCAGGATCTCGAAAACCTGTGAAACGAAAGCGTGAAAAACTTCAGCTTAATGTCTCAAAGGATCCTGTCCAGTCTCAGTCTGTTACTTCCAGTGATGGTTGCCTCTCTCTACTGAAGAAAAGACGCATTGATGGTCTGCAGCCTCGTGCTGTTGGAAAAAGGACACCACGAGTCCCAGTTTACCACTCTCAAAAGAAAGATGATAGGGAGAATTATGTTTCGCCTAACAAAAGAAGCTTGAAGTCTACTGTTGATGGTAATGATGACGAAGTTGAACATGTAGCTTTTGCATTAAGCAGGGCTTCACAAAGAGGAGGCTCTCCCCTAGTTTCTCAGACACCACATAGGAGAGGAGAACAGAAGTTCTCTCCTGCTCAGAGCCGGGATAGAATGCGCCAAATGTCAGAGACAGCTCGTGCCAAGTTTCTCGATGCTTCTGTGGATGGAGAGTTTTTGGAAGGTAGTCTTGAAAGCAGGGGAGCTGAAAATGGAGAATATGTTAGAGATACTAGTTCCTTGATGGATATGGAAGGAACGAGCACTGCTGGAGTTCCTAAGGGAGGAAAATTTTACAGAAAGAAAGAAAGAGTGGAAAATGTTGGAAATTATCAGCTTGATGACGGAGGAGAAGCATGCAGCGGCACTGAAGAAGGACTAAGTTTTAATTCTTTGAAGGAAAATAATATGGAGGTAACTAACGAAAAGCTTGAGCAATTCTCCCCAACAAGTCAGCGGAAAAGAAACAAAAAACTCCTCTTTGGAGATGAAATCCACGCCTTGGATGCTTTGCAAACTTTGGCCGATCTATCTCTAATGATGCCGTCTTCTGAAGTAGAATCTGAATCACGTCTCCAGTTGAAGGGAGAAAGAATGATGGTTGATAAAGATGATAAGTCTGCTTTACCCGAATCAACATCAACAAGCCATAGGAGAAATAAAGTTAAAATTCGTGCGGTCGACACTTCAACGTCCAAAAAATCTAAACTCAAGGATATAGCAAATGATACCAATGCTCTCTCTGAATCAAAAGAACAGCTTCCATTTGCTGATAAGATATGGAAGAGAAAGCAAAAGTCCACTGTGTCAAAGGCTGTAGATGATGAGAAAAAAACGGTGATTAAAGGAAAATACACCGATCAAGTTTTTGCCTCACCAAAACAAATAAAGACGGTCAAGCCTTCTGAGGTTTTACTGCGTGCTGATCAGAAAGGTTTAGCAGTATCAACTTCTGAAATTCCACTTTTAAGTGAAGTTAGTTCACCAACTAAACAAAGAAGTAGACGCAAGATGATTTTTCAGAGACCATCCATGCGTAAAGAGAAGTCTTATGAGAATGTATTGAAAAGTCAACCTAATAAGCACTCTACCCAAAAGGAAAAGCTTTCTAGCTGTTTGTCATCTTATTTGGTTCGCAGATGGTTTACTTTTGAATGGTTTTATAGTGCACTTGATTATCCATGGTTTGCCAAAAGAGAATTTGTGGAGTACTTAAATCATGTTGGACTAGGGAATATCCCAAGGCTAACTCGTGTTGAGTGGAGTGTCATAAAAAGTTCCCTTGGCAAACCACGCAGGTTTTCGGAACACTTTTTACATGAAGAAAGACAAAAACTTGAACAGTATCGAGAATCAGTGAGGAAACATTATTCTGAGCTGCGGACTGGTATAAGAGATGGACTTCCAACAGATTTGGCAAGACCATTATATGTTGGACAACGTGTAATTGCCATTCACCCCAAAACAAGAGAGATTCATGATGGTAGCGTGCTTACAGTTGACCATGACAAGTGCAGAATTCAGTTCGATCGTCCCCAGTTAGGAGTTGAATTCATCACGGACATTGATTGCATGCCTTTGAATCCATTAGATAATATGCCCGAAGCTTTGAGGAGGCAGATTGGTGCCAGAAAAGCCTCTTTTACGAGTATAGAACCACATATTAATGGAAATTCAAGTTTTGGGGGATGTGAAATGCATGCTTCACCTGTGAAGGTACGCCCCTCTTCAAGTGCTTTAGTTAAGCAAGGAAAGGTGGATGCTAACCATGTCACTTCCCAGGCCAATATTGGTAACCTCTGTGCTCAAGCTGCCTCTGCTCAACCGTGTAAAGTGATGCAACATCAATCTAAAGAAGCTGATATACATGCACTTTCTGAATTAAAGCGTGCTCTAGATAAAAAGGATACACTATTAGCAGAGCTTCGAAATGCTAATAATGGCATATTGGAAAACCAAAATGGCATAGAATGTTTAAAAGATTCTGAAGGTTTCAAGAAGCATTATGCCACGGTTTCTGATACCATGCTTCAATTGAGGCAACGCAATACCTATACGGAAACCTCTCTGCCACCATGGATGAAGCCCAAAGCAAATTTTGATGGCCATGATGACCTTCCTAGTATGTCGGATAGTTCTATGACACAAGAGTCTAGGTCAACTGTCATTGAAATCATTAAAGGATCCAGGCTACAGGCACATGCAATGCTGGATGCTGCATTTCAGGCATGGTCTCAAGCTACAAAGGAAGGTAAAGATGCTATTACGAAGATTGGGCAGGCATTGGATTCTATTGATTATCAGCAGTTGTCCACCAAGTACAGGTTGCCTGTGATAAGGTCTCAAGATCAAGTGAATGGCAGTTATTATCATGCTAATCAGTCGACTTGCAGAGCATCAGAGCCTTTACTTAACGATGCATCTGGTCCGAAACTGCACAAAGATTCTGACGAAGTTGAGATTGAAATACCATTTGAGCTCATCACTTCATGTGTGGCTACATTAACCATGATTCAGAGTTGTACTGAACGGCAATACCCTCCAGCTGATGTGGCTCAGATATTAGATTCTGCCGTTACCAGCCTGCAACCGTGCGATACTCGAAACCTTCCTATTTACAGAGAAATTCAAATGTGCATGGGAAGAATAAAGACCCAGATTTTAGCTCTCATCCCTACTTAG
Protein sequence

>MsaT046590.1

MAPTRKSRSVNKRFKNTNDISPEKDGAGSSKNKQRKKKLSNKLGSQWSKGELERFYEAYRKHGKDWKKVAAAVRNRSIEMVEALYNMNRAYLSLPEGTASVVGLIAMMTDHYNVLEESDSERESNDAPGSRKPVKRKREKLQLNVSKDPVQSQSVTSSDGCLSLLKKRRIDGLQPRAVGKRTPRVPVYHSQKKDDRENYVSPNKRSLKSTVDGNDDEVEHVAFALSRASQRGGSPLVSQTPHRRGEQKFSPAQSRDRMRQMSETARAKFLDASVDGEFLEGSLESRGAENGEYVRDTSSLMDMEGTSTAGVPKGGKFYRKKERVENVGNYQLDDGGEACSGTEEGLSFNSLKENNMEVTNEKLEQFSPTSQRKRNKKLLFGDEIHALDALQTLADLSLMMPSSEVESESRLQLKGERMMVDKDDKSALPESTSTSHRRNKVKIRAVDTSTSKKSKLKDIANDTNALSESKEQLPFADKIWKRKQKSTVSKAVDDEKKTVIKGKYTDQVFASPKQIKTVKPSEVLLRADQKGLAVSTSEIPLLSEVSSPTKQRSRRKMIFQRPSMRKEKSYENVLKSQPNKHSTQKEKLSSCLSSYLVRRWFTFEWFYSALDYPWFAKREFVEYLNHVGLGNIPRLTRVEWSVIKSSLGKPRRFSEHFLHEERQKLEQYRESVRKHYSELRTGIRDGLPTDLARPLYVGQRVIAIHPKTREIHDGSVLTVDHDKCRIQFDRPQLGVEFITDIDCMPLNPLDNMPEALRRQIGARKASFTSIEPHINGNSSFGGCEMHASPVKVRPSSSALVKQGKVDANHVTSQANIGNLCAQAASAQPCKVMQHQSKEADIHALSELKRALDKKDTLLAELRNANNGILENQNGIECLKDSEGFKKHYATVSDTMLQLRQRNTYTETSLPPWMKPKANFDGHDDLPSMSDSSMTQESRSTVIEIIKGSRLQAHAMLDAAFQAWSQATKEGKDAITKIGQALDSIDYQQLSTKYRLPVIRSQDQVNGSYYHANQSTCRASEPLLNDASGPKLHKDSDEVEIEIPFELITSCVATLTMIQSCTERQYPPADVAQILDSAVTSLQPCDTRNLPIYREIQMCMGRIKTQILALIPT*