AlfalfaGEDB | Msa0028290

M. sativa cultivar zhongmu-4 / Msa0028290

KEGG: K05855|K07360
GO: GO:0000165 GO:0000166 GO:0000187 GO:0000302 GO:0001568 GO:0001772 GO:0001775 GO:0001784 GO:0001817 GO:0001819 GO:0001820 GO:0001932 GO:0001934 GO:0001944 GO:0001945 GO:0001959 GO:0002090 GO:0002092 GO:0002218 GO:0002220 GO:0002223 GO:0002238 GO:0002250 GO:0002252 GO:0002253 GO:0002263 GO:0002274 GO:0002275 GO:0002281 GO:0002283 GO:0002351 GO:0002366 GO:0002376 GO:0002429 GO:0002431 GO:0002433 GO:0002442 GO:0002520 GO:0002521 GO:0002532 GO:0002554 GO:0002576 GO:0002682 GO:0002684 GO:0002694 GO:0002696 GO:0002697 GO:0002699 GO:0002703 GO:0002705 GO:0002757 GO:0002758 GO:0002764 GO:0002768 GO:0002791 GO:0002793 GO:0002886 GO:0002888 GO:0003674 GO:0003824 GO:0004672 GO:0004674 GO:0004713 GO:0004715 GO:0005102 GO:0005178 GO:0005488 GO:0005515 GO:0005524 GO:0005575 GO:0005622 GO:0005623 GO:0005634 GO:0005737 GO:0005829 GO:0005886 GO:0005911 GO:0006082 GO:0006355 GO:0006464 GO:0006468 GO:0006606 GO:0006690 GO:0006691 GO:0006793 GO:0006796 GO:0006807 GO:0006810 GO:0006811 GO:0006812 GO:0006836 GO:0006837 GO:0006886 GO:0006887 GO:0006897 GO:0006898 GO:0006909 GO:0006913 GO:0006928 GO:0006935 GO:0006950 GO:0006952 GO:0006954 GO:0006955 GO:0006979 GO:0007154 GO:0007155 GO:0007159 GO:0007165 GO:0007166 GO:0007167 GO:0007169 GO:0007186 GO:0007229 GO:0007254 GO:0007257 GO:0007275 GO:0007596 GO:0007599 GO:0008104 GO:0008144 GO:0008150 GO:0008152 GO:0008283 GO:0008284 GO:0009058 GO:0009605 GO:0009607 GO:0009611 GO:0009617 GO:0009620 GO:0009636 GO:0009653 GO:0009719 GO:0009887 GO:0009889 GO:0009891 GO:0009893 GO:0009898 GO:0009966 GO:0009967 GO:0009987 GO:0010033 GO:0010035 GO:0010243 GO:0010468 GO:0010543 GO:0010556 GO:0010557 GO:0010562 GO:0010604 GO:0010646 GO:0010647 GO:0010803 GO:0015031 GO:0015696 GO:0015833 GO:0015844 GO:0015850 GO:0016020 GO:0016053 GO:0016192 GO:0016301 GO:0016310 GO:0016477 GO:0016740 GO:0016772 GO:0016773 GO:0017038 GO:0017076 GO:0017157 GO:0018105 GO:0018108 GO:0018193 GO:0018209 GO:0018212 GO:0019219 GO:0019220 GO:0019221 GO:0019222 GO:0019370 GO:0019538 GO:0019752 GO:0019814 GO:0019815 GO:0019897 GO:0019898 GO:0019899 GO:0019900 GO:0019901 GO:0019902 GO:0019904 GO:0022407 GO:0022409 GO:0022610 GO:0023014 GO:0023051 GO:0023052 GO:0023056 GO:0030054 GO:0030097 GO:0030098 GO:0030100 GO:0030139 GO:0030154 GO:0030155 GO:0030168 GO:0030193 GO:0030217 GO:0030554 GO:0030593 GO:0030595 GO:0031098 GO:0031234 GO:0031323 GO:0031325 GO:0031326 GO:0031328 GO:0031347 GO:0031349 GO:0031399 GO:0031401 GO:0031410 GO:0031623 GO:0031625 GO:0031952 GO:0031954 GO:0031982 GO:0032009 GO:0032101 GO:0032147 GO:0032268 GO:0032270 GO:0032303 GO:0032368 GO:0032386 GO:0032388 GO:0032479 GO:0032481 GO:0032501 GO:0032502 GO:0032553 GO:0032555 GO:0032559 GO:0032645 GO:0032672 GO:0032673 GO:0032725 GO:0032752 GO:0032753 GO:0032872 GO:0032874 GO:0032879 GO:0032880 GO:0032890 GO:0032928 GO:0032940 GO:0032944 GO:0032946 GO:0032991 GO:0033003 GO:0033005 GO:0033006 GO:0033008 GO:0033036 GO:0033077 GO:0033365 GO:0033554 GO:0033628 GO:0033630 GO:0033674 GO:0034097 GO:0034103 GO:0034105 GO:0034110 GO:0034504 GO:0034599 GO:0034613 GO:0034614 GO:0035239 GO:0035295 GO:0035325 GO:0035556 GO:0035639 GO:0035690 GO:0036094 GO:0036211 GO:0036230 GO:0038063 GO:0038065 GO:0038083 GO:0038093 GO:0038094 GO:0038095 GO:0038096 GO:0038110 GO:0038156 GO:0040011 GO:0042035 GO:0042060 GO:0042101 GO:0042102 GO:0042108 GO:0042110 GO:0042113 GO:0042116 GO:0042119 GO:0042127 GO:0042129 GO:0042169 GO:0042221 GO:0042325 GO:0042327 GO:0042330 GO:0042493 GO:0042542 GO:0042742 GO:0042886 GO:0043085 GO:0043112 GO:0043167 GO:0043168 GO:0043170 GO:0043207 GO:0043226 GO:0043227 GO:0043229 GO:0043231 GO:0043235 GO:0043269 GO:0043300 GO:0043302 GO:0043304 GO:0043306 GO:0043313 GO:0043366 GO:0043368 GO:0043383 GO:0043405 GO:0043406 GO:0043408 GO:0043410 GO:0043412 GO:0043436 GO:0043506 GO:0043507 GO:0043549 GO:0044070 GO:0044093 GO:0044237 GO:0044238 GO:0044249 GO:0044260 GO:0044267 GO:0044281 GO:0044283 GO:0044389 GO:0044424 GO:0044425 GO:0044444 GO:0044459 GO:0044464 GO:0044877 GO:0045055 GO:0045058 GO:0045059 GO:0045060 GO:0045061 GO:0045087 GO:0045088 GO:0045089 GO:0045124 GO:0045184 GO:0045309 GO:0045321 GO:0045335 GO:0045399 GO:0045401 GO:0045423 GO:0045425 GO:0045577 GO:0045579 GO:0045580 GO:0045582 GO:0045586 GO:0045588 GO:0045595 GO:0045597 GO:0045619 GO:0045621 GO:0045780 GO:0045785 GO:0045807 GO:0045859 GO:0045860 GO:0045921 GO:0045937 GO:0046328 GO:0046330 GO:0046394 GO:0046456 GO:0046631 GO:0046632 GO:0046634 GO:0046635 GO:0046637 GO:0046638 GO:0046640 GO:0046641 GO:0046643 GO:0046645 GO:0046649 GO:0046677 GO:0046777 GO:0046850 GO:0046852 GO:0046903 GO:0046907 GO:0048259 GO:0048260 GO:0048513 GO:0048514 GO:0048518 GO:0048522 GO:0048534 GO:0048583 GO:0048584 GO:0048731 GO:0048856 GO:0048869 GO:0048870 GO:0050670 GO:0050671 GO:0050707 GO:0050708 GO:0050714 GO:0050715 GO:0050730 GO:0050731 GO:0050764 GO:0050776 GO:0050778 GO:0050789 GO:0050790 GO:0050793 GO:0050794 GO:0050817 GO:0050818 GO:0050839 GO:0050848 GO:0050850 GO:0050851 GO:0050852 GO:0050853 GO:0050863 GO:0050864 GO:0050865 GO:0050867 GO:0050870 GO:0050871 GO:0050878 GO:0050896 GO:0050900 GO:0051046 GO:0051047 GO:0051049 GO:0051050 GO:0051090 GO:0051094 GO:0051128 GO:0051130 GO:0051169 GO:0051170 GO:0051171 GO:0051173 GO:0051174 GO:0051179 GO:0051219 GO:0051222 GO:0051223 GO:0051234 GO:0051239 GO:0051240 GO:0051246 GO:0051247 GO:0051249 GO:0051251 GO:0051252 GO:0051338 GO:0051347 GO:0051403 GO:0051641 GO:0051649 GO:0051674 GO:0051704 GO:0051707 GO:0051716 GO:0055094 GO:0060255 GO:0060326 GO:0060341 GO:0060627 GO:0060759 GO:0061041 GO:0065007 GO:0065008 GO:0065009 GO:0070201 GO:0070301 GO:0070302 GO:0070304 GO:0070372 GO:0070486 GO:0070489 GO:0070663 GO:0070665 GO:0070669 GO:0070727 GO:0070887 GO:0071216 GO:0071226 GO:0071236 GO:0071310 GO:0071345 GO:0071352 GO:0071402 GO:0071404 GO:0071593 GO:0071621 GO:0071702 GO:0071704 GO:0071705 GO:0071900 GO:0071902 GO:0071944 GO:0072358 GO:0072359 GO:0072594 GO:0072676 GO:0072678 GO:0080090 GO:0080134 GO:0080135 GO:0090087 GO:0090237 GO:0090322 GO:0090330 GO:0097159 GO:0097237 GO:0097367 GO:0097529 GO:0097530 GO:0097708 GO:0098542 GO:0098552 GO:0098562 GO:0098609 GO:0098657 GO:0098796 GO:0098797 GO:0098802 GO:0140029 GO:0140096 GO:1900046 GO:1900084 GO:1900086 GO:1901265 GO:1901363 GO:1901564 GO:1901568 GO:1901570 GO:1901576 GO:1901698 GO:1901700 GO:1901701 GO:1902105 GO:1902107 GO:1902531 GO:1902533 GO:1902563 GO:1903034 GO:1903037 GO:1903039 GO:1903305 GO:1903307 GO:1903506 GO:1903530 GO:1903532 GO:1903706 GO:1903708 GO:1904951 GO:1905952 GO:1990266 GO:2000026 GO:2000112 GO:2000191 GO:2000377 GO:2001141
PFAM: PF07714.20

Nr:

Show entries

Search:

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mis matches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
Msa0028290	XP_003589297.2	86.667	150	20	0	1	150	521	670	2.09e-87	278

Showing 1 to 1 of 1 entries

Previous1Next

Swissprot:

Show entries

Search:

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mis matches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
Msa0028290	sp\|Q8S9L6\|CRK29_ARATH	53.289	152	69	1	1	150	528	679	1.19e-45	160

Showing 1 to 1 of 1 entries

Previous1Next

Trembl:

Show entries

Search:

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mis matches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
Msa0028290	G7I596	86.667	150	20	0	1	150	521	670	9.97e-88	278

Showing 1 to 1 of 1 entries

Previous1Next

TFs/TRs:

Show entries

Search:

Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

PreviousNext

Protein Kinases:

Show entries

Search:

Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

PreviousNext

Network:

Co-expression Network

Show entries

Search:

Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

PreviousNext

PPI

Show entries

Search:

Gene1	Gene2	Type
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

PreviousNext

Show entries

Search:

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0154311	86.667	150	20	0	1	150	521	670	1.92e-91	278
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0154331	84.000	150	21	2	1	149	209	356	2.35e-86	256
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0154351	78.000	150	30	1	1	150	528	674	2.08e-78	244
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0154321	83.333	138	12	1	1	138	538	664	1.34e-74	236
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0154371	69.281	153	44	2	1	150	526	678	1.64e-68	219
Msa0028290	MtrunA17_Chr5g0428581	59.756	164	52	2	1	150	214	377	5.57e-63	197
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0206551	59.236	157	57	3	1	150	205	361	1.77e-60	190
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0206561	57.962	157	59	3	1	150	499	655	2.08e-56	186
Msa0028290	MtrunA17_Chr5g0426941	57.962	157	59	3	1	150	509	665	1.40e-54	181
Msa0028290	MtrunA17_Chr1g0206521	58.000	150	62	1	1	150	1147	1295	2.28e-52	177

Showing 1 to 10 of 357 entries

Previous1 2 3 4 5…36Next

Show entries

Search:

Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
Msa0028290	AT4G21410.1	53.289	152	69	1	1	150	403	554	2.81e-47	160
Msa0028290	AT4G21410.3	53.289	152	69	1	1	150	528	679	1.21e-46	160
Msa0028290	AT4G21400.7	51.923	156	65	3	1	150	522	673	2.91e-45	157
Msa0028290	AT4G21400.1	51.923	156	65	3	1	150	532	683	3.20e-45	157
Msa0028290	AT4G21400.2	51.923	156	65	3	1	150	520	671	3.44e-45	156
Msa0028290	AT4G38830.1	52.288	153	69	2	1	150	514	665	3.37e-44	154
Msa0028290	AT4G21400.8	51.923	156	65	3	1	150	421	572	1.21e-43	151
Msa0028290	AT4G00960.2	48.387	155	73	3	1	150	133	285	1.03e-42	143
Msa0028290	AT4G00960.3	48.387	155	73	3	1	150	140	292	1.28e-42	143
Msa0028290	AT4G00960.1	55.000	120	52	1	1	118	227	346	7.80e-42	143

Showing 1 to 10 of 310 entries

Previous1 2 3 4 5…31Next

Find 30 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 39 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

Show entries

Search:

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACAGCGGCATTCGTGAT+GGG	0.532493	1_1:-53089088	Msa0028290:CDS
AAACAGCGGCATTCGTGATG+GGG	0.606209	1_1:-53089087	Msa0028290:CDS
AATGCAGGTTCCAGAGGCAT+TGG	0.518950	1_1:+53088729	None:intergenic
ACAGGCATGGAGGAATTGGA+AGG	0.658789	1_1:-53088916	Msa0028290:intron
ACTACAACAGAAGCCATGGT+TGG	0.652313	1_1:+53088780	None:intergenic
AGCTAAGGAGTCGGTCAACG+GGG	0.682234	1_1:-53088655	Msa0028290:CDS
ATATGAAATGCAGGTTCCAG+AGG	0.637237	1_1:+53088723	None:intergenic
ATGTTGAGATGTATCCATAT+TGG	0.416150	1_1:-53088837	Msa0028290:CDS
ATTGAGTGATAGTTCAGCTA+AGG	0.584879	1_1:-53088670	Msa0028290:CDS
CAGCTAAGGAGTCGGTCAAC+GGG	0.421645	1_1:-53088656	Msa0028290:CDS

Showing 1 to 10 of 30 entries

Previous1 2 3Next

CRISPR-GE

Show entries

Search:

sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
TGGACACATTTCAGTAAAAT+CGG	-	chr1_1:53088555-53088574	Msa0028290:three_prime_UTR	30.0%
TTATAACTTGGAAGATACGA+TGG	+	chr1_1:53088698-53088717	None:intergenic	30.0%
CTTAGAATAGTATCTGCATT+TGG	-	chr1_1:53088765-53088784	Msa0028290:CDS	30.0%
CGTGAATCATTGTTTAATGT+CGG	+	chr1_1:53088850-53088869	None:intergenic	30.0%
ATGTTGAGATGTATCCATAT+TGG	-	chr1_1:53088877-53088896	Msa0028290:CDS	30.0%
GAACACAAAGTAATCCAATA+TGG	+	chr1_1:53088894-53088913	None:intergenic	30.0%
GCATTTGGGTAAAATTGTAC+AGG	-	chr1_1:53088780-53088799	Msa0028290:CDS	35.0%
ATTGAGTGATAGTTCAGCTA+AGG	-	chr1_1:53089044-53089063	Msa0028290:intron	35.0%
TCCATGCATTACATACTCAG+GGG	+	chr1_1:53088539-53088558	None:intergenic	40.0%
GTCCATGCATTACATACTCA+GGG	+	chr1_1:53088540-53088559	None:intergenic	40.0%

Showing 1 to 10 of 39 entries

Previous1 2 3 4Next

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr1_1	gene	53088532	53089204	53088532	ID=Msa0028290;Name=Msa0028290
chr1_1	mRNA	53088532	53089204	53088532	ID=Msa0028290-mRNA-1;Parent=Msa0028290;Name=Msa0028290-mRNA-1;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0\|1\|0.5\|1\|1\|1\|2\|94\|150
chr1_1	exon	53088532	53088934	53088532	ID=Msa0028290-mRNA-1:exon:15664;Parent=Msa0028290-mRNA-1
chr1_1	exon	53089061	53089204	53089061	ID=Msa0028290-mRNA-1:exon:15663;Parent=Msa0028290-mRNA-1
chr1_1	CDS	53089061	53089204	53089061	ID=Msa0028290-mRNA-1:cds;Parent=Msa0028290-mRNA-1
chr1_1	CDS	53088626	53088934	53088626	ID=Msa0028290-mRNA-1:cds;Parent=Msa0028290-mRNA-1
chr1_1	three_prime_UTR	53088532	53088625	53088532	ID=Msa0028290-mRNA-1:three_prime_utr;Parent=Msa0028290-mRNA-1

Gene Sequence

>Msa0028290

ATGGCCCCTGAGTATGTAATGCATGGACACATTTCAGTAAAATCGGACGTTTTCAGTTTTGGCATATTGATTCTTGAAATTGTAAGTGGTGCAAAAAACAGCGGCATTCGTGATGGGGAGAATATAGAATATCTCTCAAGCTTTGCATGGAGGAATTGGAAGGAAGGAACTGCTACAAGTATCATAGATCCGACATTAAACAATGATTCACGAAATGAAATGTTGAGATGTATCCATATTGGATTACTTTGTGTTCAAGAGAATATAGTGAGCAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTAGTGATGCTTAATAGTGACTCTGTTACTCTTCCAATGCCTCTGGAACCTGCATTTCATATGGATTCCAGAAACTTTGAAGATATGAAATCATTGAGTGATAGTTCAGCTAAGGAGTCGGTCAACGGGGCTTCAAATACAGAGACTTTTCCTCGCTAA

Protein sequence

>Msa0028290

MAPEYVMHGHISVKSDVFSFGILILEIVSGAKNSGIRDGENIEYLSSFAWRNWKEGTATSIIDPTLNNDSRNEMLRCIHIGLLCVQENIVSRPTMASVVVMLNSDSVTLPMPLEPAFHMDSRNFEDMKSLSDSSAKESVNGASNTETFPR*