AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene01373


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MS.gene01373.t1 AT1G17690 53.167 600 259 8 120 701 132 727 0.0 632

Find 131 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AATTCCACCTCACGTTTGTC+TGG 0.313241 2.2:-69751616 None:intergenic
CTCTTCAAGCCTAGCCAGTT+TGG 0.320115 2.2:-69759810 None:intergenic
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AATGCGCATAACATCTGTTC+TGG 0.338130 2.2:-69764189 None:intergenic
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GATCAGAGTCATTTATTCTT+GGG 0.351458 2.2:-69768722 None:intergenic
TATTGTCTGCCTGTAAAATC+TGG 0.355553 2.2:-69765455 None:intergenic
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AATGCTGATTACTTTATGAT+TGG 0.367042 2.2:+69761575 MS.gene01373:CDS
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CAGACAGAAGGAGGCATTCT+GGG 0.404135 2.2:-69768904 None:intergenic
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CAATTTGAGACACCAATAAC+TGG 0.419193 2.2:-69755789 None:intergenic
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GAGTGGGACAATCACCTCTA+TGG 0.421554 2.2:-69763857 None:intergenic
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GCTAAGACACCCTCAGTTAT+GGG 0.428221 2.2:-69776221 None:intergenic
TGATTGGCATCAAATTTACT+AGG 0.430597 2.2:+69761591 MS.gene01373:CDS
TTCACGCCTCGACAAGTCTC+GGG 0.431958 2.2:+69769954 MS.gene01373:CDS
GGTAAAACTCCTTCCTCTCT+GGG 0.438478 2.2:-69769368 None:intergenic
TATTGATCATGCAGATGTAA+TGG 0.438667 2.2:+69764004 MS.gene01373:CDS
AAGAATAAATGACTCTGATC+AGG 0.441660 2.2:+69768725 MS.gene01373:CDS
CAGATTGCAAATCTGCTTGA+CGG 0.447315 2.2:+69769901 MS.gene01373:intron
CATCAGTGTTCTAATTATGA+AGG 0.447798 2.2:+69766693 MS.gene01373:CDS
TTTGGAGGTGAAGAAGATAA+AGG 0.449491 2.2:+69761479 MS.gene01373:CDS
AATTGCACATGGAGAGGAAC+TGG 0.452040 2.2:+69755807 MS.gene01373:CDS
GACGCTTCTTCATAATGTTA+GGG 0.453224 2.2:-69752970 None:intergenic
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CTTCTGAGTCTAACTTGAAA+AGG 0.455581 2.2:+69753008 MS.gene01373:CDS
GCTTATACAACTTACACCTT+CGG 0.456485 2.2:+69760112 MS.gene01373:CDS
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TAGGTTATAGTCATACGGTT+TGG 0.459377 2.2:-69761537 None:intergenic
ACGGTTTGGATGACATTTGA+GGG 0.461438 2.2:-69761523 None:intergenic
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TACAGGCAGACAATAATTCT+GGG 0.469425 2.2:+69765463 MS.gene01373:CDS
TGGTTCCAGGCAGCAGCTAT+CGG 0.469806 2.2:+69759581 MS.gene01373:intron
AGTTCTCCCTAAAATTCAAC+AGG 0.472995 2.2:+69767214 MS.gene01373:CDS
AACTGGCCAAAATATCTTGA+AGG 0.475405 2.2:+69755824 MS.gene01373:CDS
TTTAATATCAACTCTTGTCC+CGG 0.476645 2.2:+69759221 MS.gene01373:CDS
GGTTCCAGGCAGCAGCTATC+GGG 0.489703 2.2:+69759582 MS.gene01373:intron
TACGGTTTGGATGACATTTG+AGG 0.490841 2.2:-69761524 None:intergenic
TTGTGTACCGTGTTGTAAAG+AGG 0.491265 2.2:+69760090 MS.gene01373:CDS
ATGCGCATAACATCTGTTCT+GGG 0.493418 2.2:-69764188 None:intergenic
CGGTACACAATATTTGCAAA+TGG 0.494963 2.2:-69760077 None:intergenic
TCTCCTATAAGCAATGTTGC+GGG 0.498785 2.2:+69755136 MS.gene01373:CDS
ATTTCTTCATGCCAGATTCG+CGG 0.499293 2.2:+69769318 MS.gene01373:intron
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TGCAGATGTAATGGCAATGC+AGG 0.503707 2.2:+69764013 MS.gene01373:CDS
AAGTTGATGTGTAAATATAA+AGG 0.505462 2.2:+69767179 MS.gene01373:CDS
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CTCACGTTTGTCTGGGTAGA+GGG 0.512323 2.2:-69751608 None:intergenic
AAAAGTAGGTTATAGTCATA+CGG 0.518306 2.2:-69761542 None:intergenic
CAATAATGAAGTCTGAGGTA+TGG 0.527090 2.2:-69761935 None:intergenic
CAACTCTTGTCCCGGTCTGA+AGG 0.527867 2.2:+69759229 MS.gene01373:CDS
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CTGGGTAGAGGGAGGAGAAG+AGG 0.536005 2.2:-69751597 None:intergenic
GACGAGTAAAACCTTGATCT+CGG 0.537229 2.2:-69759853 None:intergenic
ATTCCACCTCACGTTTGTCT+GGG 0.540047 2.2:-69751615 None:intergenic
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CCTTGAAGACACAAGCATCA+TGG 0.543067 2.2:+69759645 MS.gene01373:CDS
TAATCAAACCTTCTCCATCA+TGG 0.544738 2.2:-69754519 None:intergenic
TTCTCCTATAAGCAATGTTG+CGG 0.545117 2.2:+69755135 MS.gene01373:CDS
TGCCTCCTTCTGTCTGTTTG+GGG 0.551808 2.2:+69768911 MS.gene01373:CDS
GCACGTCGTTTGTTCACTGA+AGG 0.551936 2.2:+69769061 MS.gene01373:CDS
TTCCGACGTCGAAGCTTGTG+AGG 0.555477 2.2:+69751638 MS.gene01373:CDS
AGAATGATTCCAAACTGGCT+AGG 0.565399 2.2:+69759801 MS.gene01373:CDS
GAAGTTATATGAGCATTGGA+TGG 0.568331 2.2:+69759253 MS.gene01373:CDS
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AAAGAATTTGAAATTCAGCT+GGG 0.571537 2.2:+69755761 MS.gene01373:CDS
ATCAGTGTTCTAATTATGAA+GGG 0.578171 2.2:+69766694 MS.gene01373:CDS
GTATTCACACCCAGAGAGGA+AGG 0.583392 2.2:+69769359 MS.gene01373:CDS
CACCTCACAAGCTTCGACGT+CGG 0.585078 2.2:-69751640 None:intergenic
TCAGGTCAATGTTGAGCACA+TGG 0.587268 2.2:+69761439 MS.gene01373:intron
TAAATCTTTGAACTTGCTGG+AGG 0.590349 2.2:+69754492 MS.gene01373:CDS
ATATAACTTCTCCTTCAGAC+CGG 0.592689 2.2:-69759240 None:intergenic
CTACCCAGACAAACGTGAGG+TGG 0.595925 2.2:+69751612 MS.gene01373:CDS
GTCTCAAATTGCACATGGAG+AGG 0.597195 2.2:+69755801 MS.gene01373:CDS
GTGTTCTAATTATGAAGGGA+AGG 0.598899 2.2:+69766698 MS.gene01373:CDS
GAGGATGACCATGATGGAGA+AGG 0.600520 2.2:+69754511 MS.gene01373:CDS
CAAACTGGCTAGGCTTGAAG+AGG 0.602437 2.2:+69759811 MS.gene01373:CDS
TGAAGAAGATAAAGGTGACA+AGG 0.604786 2.2:+69761487 MS.gene01373:CDS
AGCCACATCTGAGGATTCAG+TGG 0.611898 2.2:+69755273 MS.gene01373:CDS
CTCCCCAAACAGACAGAAGG+AGG 0.611933 2.2:-69768913 None:intergenic
ATCCACTGAATCCTCAGATG+TGG 0.611963 2.2:-69755275 None:intergenic
TATAACTTCTCCTTCAGACC+GGG 0.615217 2.2:-69759239 None:intergenic
CACGTCGTTTGTTCACTGAA+GGG 0.617714 2.2:+69769062 MS.gene01373:CDS
TTCTTCATGCCAGATTCGCG+GGG 0.617754 2.2:+69769320 MS.gene01373:intron
GAGGATATTAGGACAAATGG+TGG 0.617892 2.2:+69755250 MS.gene01373:CDS
CGACGTCGAAGCTTGTGAGG+TGG 0.620259 2.2:+69751641 MS.gene01373:CDS
AAAAGGTTCTGAGACTGAAG+AGG 0.621704 2.2:+69755201 MS.gene01373:CDS
TAAACTACCTTGTAAGCCGA+AGG 0.625672 2.2:-69760128 None:intergenic
TTGGTGTCTCAAATTGCACA+TGG 0.634340 2.2:+69755796 MS.gene01373:CDS
CGAAGCAATAATGAAGTCTG+AGG 0.635678 2.2:-69761940 None:intergenic
GATGTCTCCAAGACATCTGG+AGG 0.637454 2.2:+69759275 MS.gene01373:CDS
AAATGGTGGAGCCACATCTG+AGG 0.640560 2.2:+69755264 MS.gene01373:CDS
TTACTCCCCAAACAGACAGA+AGG 0.644056 2.2:-69768916 None:intergenic
TGTAAAGTCAATAGTAGATG+CGG 0.648605 2.2:+69768043 MS.gene01373:CDS
CACACACTTTCATAAATCTG+TGG 0.654553 2.2:-69769126 None:intergenic
ACGTTTGTCTGGGTAGAGGG+AGG 0.654815 2.2:-69751605 None:intergenic
TGGGCCGCGTAGATGGTAAG+CGG 0.660880 2.2:-69764169 None:intergenic
GCATTACCCGAGACTTGTCG+AGG 0.664716 2.2:-69769960 None:intergenic
ATGTTATGCGCATTAGACCA+TGG 0.670625 2.2:+69764198 MS.gene01373:CDS
TTGCTGGAGGATGACCATGA+TGG 0.673286 2.2:+69754505 MS.gene01373:CDS
TCATGTATTCACACCCAGAG+AGG 0.677208 2.2:+69769355 MS.gene01373:CDS
CTTACATTAAGCAAACAAAG+TGG 0.681485 2.2:-69761963 None:intergenic
AAACTGGCTAGGCTTGAAGA+GGG 0.689579 2.2:+69759812 MS.gene01373:CDS
GTATAAGCCTCTTTACAACA+CGG 0.716756 2.2:-69760097 None:intergenic
CCTCTACCCAGACAAACGTG+AGG 0.731848 2.2:+69751609 MS.gene01373:CDS
TAAACCGCTTACCATCTACG+CGG 0.892151 2.2:+69764165 MS.gene01373:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr2.2 gene 69751592 69776277 69751592 ID=MS.gene01373
chr2.2 mRNA 69751592 69776277 69751592 ID=MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373
chr2.2 exon 69751592 69751721 69751592 ID=MS.gene01373.t1.exon1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69751592 69751721 69751592 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69752951 69753029 69752951 ID=MS.gene01373.t1.exon2;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69752951 69753029 69752951 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69754414 69754532 69754414 ID=MS.gene01373.t1.exon3;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69754414 69754532 69754414 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69755122 69755302 69755122 ID=MS.gene01373.t1.exon4;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69755122 69755302 69755122 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69755707 69755845 69755707 ID=MS.gene01373.t1.exon5;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69755707 69755845 69755707 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69759218 69759341 69759218 ID=MS.gene01373.t1.exon6;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69759218 69759341 69759218 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69759590 69759687 69759590 ID=MS.gene01373.t1.exon7;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69759590 69759687 69759590 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69759764 69759880 69759764 ID=MS.gene01373.t1.exon8;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69759764 69759880 69759764 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69760062 69760142 69760062 ID=MS.gene01373.t1.exon9;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69760062 69760142 69760062 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69761443 69761612 69761443 ID=MS.gene01373.t1.exon10;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 CDS 69761443 69761612 69761443 ID=cds.MS.gene01373.t1;Parent=MS.gene01373.t1
chr2.2 exon 69761908 69761980 69761908 ID=MS.gene01373.t1.exon11;Parent=MS.gene01373.t1
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