AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene24558

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Find 203 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CCTTCTTGTTGACAGAAATT+GGG 0.389837 1.2:-6209564 MS.gene24558:CDS
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GTTGGCGAGCGTATTGGTAT+TGG 0.418767 1.2:-6212017 MS.gene24558:intron
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TTAACTTACTTCTCATTGGC+AGG 0.436695 1.2:+6207918 None:intergenic
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AGGTGTGATGTATATAGTTT+TGG 0.447279 1.2:-6207822 MS.gene24558:CDS
CCCATGAAGAGCACAACATT+AGG 0.447962 1.2:+6210544 None:intergenic
GAGTGTTCTGTTACCGAACT+AGG 0.448628 1.2:-6214375 MS.gene24558:CDS
CCCAATTTCTGTCAACAAGA+AGG 0.449800 1.2:+6209564 None:intergenic
TTAAAGAATCTCGCAATTCA+CGG 0.451764 1.2:+6214244 None:intergenic
ATGCAGGTTGTTGGAGCTGT+TGG 0.451908 1.2:-6207744 MS.gene24558:CDS
TGATGTTGTTGTTAATAGAA+TGG 0.452505 1.2:-6214319 MS.gene24558:CDS
AGATATGAATTCCCGACATA+GGG 0.453500 1.2:-6212603 MS.gene24558:CDS
CGTATTATTTGAGCTACTCC+TGG 0.456281 1.2:+6207681 None:intergenic
AGAACTGTCGTCCTTCCTCT+TGG 0.456493 1.2:-6214222 MS.gene24558:CDS
TGACAGAAATTGGGTTGTAA+AGG 0.458313 1.2:-6209555 MS.gene24558:intron
TTCTCATCAAGTACAAGATT+GGG 0.461238 1.2:+6210167 None:intergenic
AGCAGTCAGATCCAAAACTA+TGG 0.461406 1.2:-6213001 MS.gene24558:CDS
TTTAAATCTCGATGGACAAC+GGG 0.462330 1.2:+6209596 None:intergenic
CCTAATGTTGTGCTCTTCAT+GGG 0.468499 1.2:-6210544 MS.gene24558:CDS
CTCATACTCCCTCAAGGAGT+GGG 0.472625 1.2:-6212524 MS.gene24558:CDS
GAAGGAGACGGCGAAGGAGA+AGG 0.472724 1.2:+6216165 None:intergenic
GGCAAACTCTGGGTTCTTTG+CGG 0.475358 1.2:+6212685 None:intergenic
TGAATACATTATTGATATGA+TGG 0.477230 1.2:-6213059 MS.gene24558:CDS
CATGCTAAGGTAAATGAAGC+AGG 0.480980 1.2:-6212809 MS.gene24558:CDS
TGGGCTCTGCTGGTAATACT+AGG 0.481098 1.2:-6212505 MS.gene24558:CDS
GGTGATGAAACTGATGTGCT+GGG 0.483329 1.2:-6212917 MS.gene24558:CDS
ATGGACAACGGGAGGATGGC+TGG 0.484079 1.2:+6209607 None:intergenic
CAGATATGAATTCCCGACAT+AGG 0.484170 1.2:-6212604 MS.gene24558:CDS
CGAAGAATCATAAAATTCAA+TGG 0.486578 1.2:+6212427 None:intergenic
TCATGACAAAGTGGGATATG+AGG 0.490613 1.2:-6214269 MS.gene24558:CDS
AAGAAAGTTCACCCAATACT+TGG 0.494085 1.2:-6212080 MS.gene24558:CDS
AGTATCTAAACCCCTATGTC+GGG 0.494896 1.2:+6212592 None:intergenic
ATTCCAGAAGAAATGGATCC+AGG 0.494924 1.2:-6207699 MS.gene24558:CDS
TGTCTTGGGCAAGGAAGACT+CGG 0.495607 1.2:+6212277 None:intergenic
CAGCAGAGCCCACTCCTTGA+GGG 0.495654 1.2:+6212516 None:intergenic
ACAGCTCCAACAACCTGCAT+TGG 0.499084 1.2:+6207747 None:intergenic
CAGCTCCAACAACCTGCATT+GGG 0.500496 1.2:+6207748 None:intergenic
TGTGTGTCTTCACCAAGTAT+TGG 0.500622 1.2:+6212068 None:intergenic
CTTCGCGAAGTAGTTGTACA+AGG 0.501296 1.2:-6212409 MS.gene24558:CDS
TCTTGACAGAGTTTCTTCCT+AGG 0.501722 1.2:-6210492 MS.gene24558:intron
GTATTGTCTGATTGTACCAT+AGG 0.501731 1.2:-6212893 MS.gene24558:CDS
ATATTATCAGCACTACCAAC+TGG 0.502538 1.2:+6214291 None:intergenic
CTTCCCTCTTGTCAGGCTAA+GGG 0.507998 1.2:-6209647 MS.gene24558:intron
TATTACACAGGAACTGATGA+TGG 0.510864 1.2:-6213727 MS.gene24558:CDS
ACTGTCCTTGTAGGTTCTTA+CGG 0.512232 1.2:-6211677 MS.gene24558:intron
GCAGATTCATCAACGTCCTT+CGG 0.515158 1.2:+6216018 None:intergenic
CTTCGAATAACATTGAACTT+GGG 0.516327 1.2:-6212172 MS.gene24558:CDS
TTCCCTGCATGCTTGTAAAA+GGG 0.516409 1.2:-6213753 MS.gene24558:CDS
TGCACTAGATCAGTTCAAAT+CGG 0.516927 1.2:-6210678 MS.gene24558:CDS
ACACCAGCGCCGTCGTTTCG+GGG 0.517623 1.2:+6216117 None:intergenic
GACGGAGAAGGAGACGGCGA+AGG 0.518164 1.2:+6216159 None:intergenic
TCCTTCTCCGTCTCCGACGG+TGG 0.518717 1.2:-6216148 MS.gene24558:CDS
GTGCATCGCCAGAGACGTCT+TGG 0.519887 1.2:+6210696 None:intergenic
TCAGTTTCATCACCAAGCAT+TGG 0.520121 1.2:+6212926 None:intergenic
GATGTTGTTGTTAATAGAAT+GGG 0.522766 1.2:-6214318 MS.gene24558:CDS
GTCTCCTTCTCCGTCTCCGA+CGG 0.523223 1.2:-6216151 MS.gene24558:CDS
CACACAATGGGAAATTCAAT+GGG 0.523873 1.2:-6212051 MS.gene24558:CDS
CTCGATGGACAACGGGAGGA+TGG 0.526679 1.2:+6209603 None:intergenic
GATTGAAACTGAACAAGTGC+AGG 0.527296 1.2:+6215937 None:intergenic
ACTTGGTGAAGACACACAAT+GGG 0.527586 1.2:-6212063 MS.gene24558:CDS
ATTGGGTTCATGCCATGCCA+TGG 0.528164 1.2:+6207765 None:intergenic
TTCTGAACCACCGTCGGAGA+CGG 0.530800 1.2:+6216141 None:intergenic
TGAGAAGAGGCGGTTGCGTA+TGG 0.531604 1.2:-6210150 MS.gene24558:CDS
TTCATCAACGTCCTTCGGAT+CGG 0.533604 1.2:+6216023 None:intergenic
TTGTCATCGAAGTCATGTGC+TGG 0.533638 1.2:-6208125 MS.gene24558:CDS
CGAAAGCTTCACATCGGTGG+TGG 0.533748 1.2:-6216279 MS.gene24558:CDS
TTGGGTTCATGCCATGCCAT+GGG 0.534135 1.2:+6207766 None:intergenic
TGATTAAAGCTGACGATGGA+AGG 0.536711 1.2:-6213693 MS.gene24558:intron
AGCAACTTATATCCAATGCT+TGG 0.538009 1.2:-6212938 MS.gene24558:CDS
TTGGAGTCTTTAAATCTCGA+TGG 0.538606 1.2:+6209588 None:intergenic
CAATGGGAGGATCTTGTCGT+TGG 0.540547 1.2:-6212035 MS.gene24558:CDS
ATTGATATGATGGGTGCTCC+TGG 0.540580 1.2:-6213049 MS.gene24558:CDS
AAGTATCTAAACCCCTATGT+CGG 0.541656 1.2:+6212591 None:intergenic
TGCTTCTGATTCCGATCCGA+AGG 0.541840 1.2:-6216034 MS.gene24558:CDS
GGGCAACCAATTGGCGAAGA+CGG 0.543404 1.2:+6206619 None:intergenic
TCAGCAGGAATAAGAGTACC+AGG 0.545784 1.2:+6213031 None:intergenic
AATCCCCGAAACGACGGCGC+TGG 0.549686 1.2:-6216120 MS.gene24558:CDS
TGTTGATTATGAAGTAATCT+CGG 0.551797 1.2:-6214460 MS.gene24558:CDS
ATAATCAACATTTCGTGAGG+TGG 0.557579 1.2:+6214473 None:intergenic
TGGAAAGATGCCATTGTTGG+TGG 0.560254 1.2:-6214511 MS.gene24558:CDS
TAATCAACATTTCGTGAGGT+GGG 0.563359 1.2:+6214474 None:intergenic
ATCGAAGTCATGTGCTGGAA+CGG 0.564884 1.2:-6208120 MS.gene24558:intron
AGAGAATCGGAGTGAGAAAG+TGG 0.565299 1.2:+6216198 None:intergenic
ATTACACAGGAACTGATGAT+GGG 0.567132 1.2:-6213726 MS.gene24558:CDS
CCAGCAGAGCCCACTCCTTG+AGG 0.569022 1.2:+6212515 None:intergenic
GCTGCTAAACAGATCAGCCT+TGG 0.569283 1.2:-6215985 MS.gene24558:CDS
TTTAAGCATACAGATGCGTA+TGG 0.569533 1.2:-6212782 MS.gene24558:CDS
ATGAACCCAATGCAGGTTGT+TGG 0.569691 1.2:-6207753 MS.gene24558:CDS
GTAAAAGGGAGCTATTACAC+AGG 0.570548 1.2:-6213739 MS.gene24558:CDS
CTGATAATATCATGACAAAG+TGG 0.571687 1.2:-6214278 MS.gene24558:CDS
AGTGGTCCTAGAAATGAGGC+TGG 0.573032 1.2:-6212200 MS.gene24558:CDS
TTCATAATCAACATTTCGTG+AGG 0.575277 1.2:+6214470 None:intergenic
AATAGAATGGGTGGGCCAGT+TGG 0.576449 1.2:-6214306 MS.gene24558:CDS
ACTTCGATGACAAATATGTA+TGG 0.577348 1.2:+6208135 None:intergenic
GTCTGATTGTACCATAGGGA+GGG 0.578405 1.2:-6212888 MS.gene24558:CDS
TGGTACTCTTATTCCTGCTG+AGG 0.579089 1.2:-6213029 MS.gene24558:CDS
ATCTTGTACTTGATGAGAAG+AGG 0.579370 1.2:-6210163 MS.gene24558:CDS
ACTTCTGGCGCCATCCACTC+AGG 0.585481 1.2:+6207954 None:intergenic
ACGAGACATCAGCTGTGAGA+AGG 0.585818 1.2:+6206647 None:intergenic
GCATGGCATGAACCCAATGC+AGG 0.586877 1.2:-6207760 MS.gene24558:CDS
AGATGAAATAAATCATGCTA+AGG 0.587658 1.2:-6212822 MS.gene24558:CDS
ACGTGGAAAGATGCCATTGT+TGG 0.588270 1.2:-6214514 MS.gene24558:CDS
GTCGGAGACGGAGAAGGAGA+CGG 0.591994 1.2:+6216153 None:intergenic
TATTGTCTGATTGTACCATA+GGG 0.593273 1.2:-6212892 MS.gene24558:CDS
CTTTAAATCTCGATGGACAA+CGG 0.597821 1.2:+6209595 None:intergenic
ACACTCTTCAAACAAGGCAC+AGG 0.599259 1.2:+6214392 None:intergenic
GTTGTTGTTAATAGAATGGG+TGG 0.599678 1.2:-6214315 MS.gene24558:CDS
TCTCATACTCCCTCAAGGAG+TGG 0.601750 1.2:-6212525 MS.gene24558:CDS
ACCACCGTCGGAGACGGAGA+AGG 0.604103 1.2:+6216147 None:intergenic
ATGATGAGAAAGTGATGGAT+GGG 0.605937 1.2:-6214575 MS.gene24558:CDS
GATGCAGGGAGCCACACTTG+CGG 0.607247 1.2:-6206674 MS.gene24558:intron
ACCACGAAAATCCCATGGCA+TGG 0.608728 1.2:-6207777 MS.gene24558:CDS
TATAGATTGAGATTATGCTA+AGG 0.608935 1.2:-6210576 MS.gene24558:intron
TATGATGAGAAAGTGATGGA+TGG 0.610189 1.2:-6214576 MS.gene24558:CDS
AGAAAGGACTGTCTTGGGCA+AGG 0.610847 1.2:+6212268 None:intergenic
CTTCGAAAGCTTCACATCGG+TGG 0.612515 1.2:-6216282 MS.gene24558:CDS
TGATAATATCATGACAAAGT+GGG 0.614084 1.2:-6214277 MS.gene24558:CDS
TACTTGGTGAAGACACACAA+TGG 0.614911 1.2:-6212064 MS.gene24558:CDS
GTTGCGTATGGCTCTTGATG+TGG 0.622454 1.2:-6210138 MS.gene24558:intron
TGCTTATGATGAGAAAGTGA+TGG 0.623164 1.2:-6214580 MS.gene24558:CDS
CACCGATGTGAAGCTTTCGA+AGG 0.623613 1.2:+6216283 None:intergenic
ATGCTAAGGTAAATGAAGCA+GGG 0.627057 1.2:-6212808 MS.gene24558:CDS
GACATCAGCTGTGAGAAGGA+TGG 0.628190 1.2:+6206651 None:intergenic
TGTCTGATTGTACCATAGGG+AGG 0.628580 1.2:-6212889 MS.gene24558:CDS
AAGTCTCTCATACTCCCTCA+AGG 0.628641 1.2:-6212530 MS.gene24558:CDS
TTGAGATTATGCTAAGGCTG+CGG 0.631458 1.2:-6210570 MS.gene24558:CDS
GAGAAGGATGGCCGCAAGTG+TGG 0.631739 1.2:+6206663 None:intergenic
AACAGAACACTCTTCAAACA+AGG 0.632038 1.2:+6214386 None:intergenic
CATCTAGACAGCCAAGAGGA+AGG 0.632128 1.2:+6214211 None:intergenic
CGGGGATTCTGAACCACCGT+CGG 0.633899 1.2:+6216135 None:intergenic
TCTGTCAAGATAGAGAAATG+AGG 0.634104 1.2:+6210505 None:intergenic
AAATCTCGATGGACAACGGG+AGG 0.641806 1.2:+6209599 None:intergenic
TGTCGAGCTAAGTCAGCTTG+AGG 0.643299 1.2:-6214421 MS.gene24558:CDS
GTTCAGAATCCCCGAAACGA+CGG 0.645977 1.2:-6216126 MS.gene24558:CDS
TAATACTAGGTTATGTCAAG+CGG 0.647655 1.2:-6212492 MS.gene24558:CDS
GATATGAATTCCCGACATAG+GGG 0.650163 1.2:-6212602 MS.gene24558:CDS
AGTCATTCAAATAAACGAGA+CGG 0.651966 1.2:-6212141 MS.gene24558:CDS
TACTAGGTTATGTCAAGCGG+CGG 0.653828 1.2:-6212489 MS.gene24558:CDS
GTGATGAAACTGATGTGCTG+GGG 0.653990 1.2:-6212916 MS.gene24558:CDS
GTCAAGATAGAGAAATGAGG+AGG 0.657377 1.2:+6210508 None:intergenic
GAATACATTATTGATATGAT+GGG 0.660421 1.2:-6213058 MS.gene24558:CDS
CTCCTTCGAAAGCTTCACAT+CGG 0.661540 1.2:-6216285 MS.gene24558:CDS
GACGCAAGTTTAATTGAACG+TGG 0.664766 1.2:-6214531 MS.gene24558:CDS
TTACACAGGAACTGATGATG+GGG 0.666567 1.2:-6213725 MS.gene24558:CDS
TGAAAGTGGTCCTAGAAATG+AGG 0.672873 1.2:-6212204 MS.gene24558:CDS
TTGTACTTGATGAGAAGAGG+CGG 0.673525 1.2:-6210160 MS.gene24558:CDS
TAACTACCACGAAAATCCCA+TGG 0.674441 1.2:-6207782 MS.gene24558:CDS
CAGTGCCATTGCAATCAGCA+CGG 0.676952 1.2:+6211645 None:intergenic
GTTTACCGTGCTGATTGCAA+TGG 0.677012 1.2:-6211650 MS.gene24558:CDS
GTCTTGGGCAAGGAAGACTC+GGG 0.679022 1.2:+6212278 None:intergenic
ACAATGGGAAATTCAATGGG+AGG 0.679329 1.2:-6212048 MS.gene24558:CDS
TAAGAGAAGCAGAATAACCA+AGG 0.680297 1.2:+6215968 None:intergenic
AATTTGATTAAAGCTGACGA+TGG 0.680374 1.2:-6213697 MS.gene24558:CDS
TGATGACTCTGGATGTGATG+AGG 0.694482 1.2:+6212757 None:intergenic
CCAACATCTAGACAGCCAAG+AGG 0.702547 1.2:+6214207 None:intergenic
TGATGAAACTGATGTGCTGG+GGG 0.702571 1.2:-6212915 MS.gene24558:CDS
TTGTTGTTAATAGAATGGGT+GGG 0.740606 1.2:-6214314 MS.gene24558:CDS
TTAGCTCGACATCAACAACA+CGG 0.772754 1.2:+6214433 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr1.2 gene 6206596 6216325 6206596 ID=MS.gene24558
chr1.2 mRNA 6206596 6216325 6206596 ID=MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558
chr1.2 exon 6215924 6216325 6215924 ID=MS.gene24558.t1.exon1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6215924 6216325 6215924 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6214176 6214616 6214176 ID=MS.gene24558.t1.exon2;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6214176 6214616 6214176 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6213694 6213797 6213694 ID=MS.gene24558.t1.exon3;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6213694 6213797 6213694 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6212018 6213081 6212018 ID=MS.gene24558.t1.exon4;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6212018 6213081 6212018 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6211646 6211686 6211646 ID=MS.gene24558.t1.exon5;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6211646 6211686 6211646 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6210676 6210744 6210676 ID=MS.gene24558.t1.exon6;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6210676 6210744 6210676 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6210493 6210593 6210493 ID=MS.gene24558.t1.exon7;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6210493 6210593 6210493 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6210139 6210217 6210139 ID=MS.gene24558.t1.exon8;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6210139 6210217 6210139 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6209556 6209654 6209556 ID=MS.gene24558.t1.exon9;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6209556 6209654 6209556 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6208121 6208189 6208121 ID=MS.gene24558.t1.exon10;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6208121 6208189 6208121 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6207927 6207976 6207927 ID=MS.gene24558.t1.exon11;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6207927 6207976 6207927 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6207666 6207842 6207666 ID=MS.gene24558.t1.exon12;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6207666 6207842 6207666 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 exon 6206596 6206689 6206596 ID=MS.gene24558.t1.exon13;Parent=MS.gene24558.t1
chr1.2 CDS 6206596 6206689 6206596 ID=cds.MS.gene24558.t1;Parent=MS.gene24558.t1
Gene Sequence

>MS.gene24558

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Protein sequence

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