AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene28605

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MS.gene28605.t1 AT5G11650 25.510 196 133 7 7 197 110 297 8.15e-14 71.6

Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TATAATGCCCTGCTTACTTC+TGG 0.212230 7.4:-6502910 None:intergenic
TTCAGTTCTCCAAGAGTATA+AGG 0.225869 7.4:+6501473 MS.gene28605:intron
TACACCATACACAGCATATT+TGG 0.251718 7.4:-6501268 None:intergenic
TGCTGGTTCTTAACATTTCT+AGG 0.256347 7.4:-6502105 None:intergenic
AAACCTCACCCTTTCTCGTT+TGG 0.334146 7.4:-6501902 None:intergenic
TGCATAGTTAACCTTGTATA+AGG 0.346053 7.4:-6502143 None:intergenic
ACATAATGGCAACCATTTAC+AGG 0.354248 7.4:-6493840 None:intergenic
GTAACATGCATCAGGAGTTC+TGG 0.390797 7.4:+6493789 None:intergenic
TCGTTTGGCCGGATCTTTGA+AGG 0.412045 7.4:-6501887 None:intergenic
GTTAAACCATGCCACATTCC+AGG 0.412914 7.4:-6502973 None:intergenic
TCAGTTCTCCAAGAGTATAA+GGG 0.415803 7.4:+6501474 MS.gene28605:intron
ATAATGCCCTGCTTACTTCT+GGG 0.425265 7.4:-6502909 None:intergenic
TCATGGTTACAAGTCTCAAT+TGG 0.427472 7.4:-6503093 None:intergenic
ATTATGTTCTCCAAAGGCTC+TGG 0.439440 7.4:+6493856 MS.gene28605:CDS
AAAATTGATGACATCCTTTG+TGG 0.443208 7.4:-6501863 None:intergenic
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GTTCTTGTATGGAGAGTCCA+TGG 0.446963 7.4:+6501506 MS.gene28605:CDS
AATTGGATGTGTAGAATCAT+AGG 0.453394 7.4:-6503076 None:intergenic
GCTGGTTCTTAACATTTCTA+GGG 0.456674 7.4:-6502104 None:intergenic
CTCACCCTTTCTCGTTTGGC+CGG 0.464749 7.4:-6501898 None:intergenic
TGAAAAGTTGCACTCCCCTT+GGG 0.467830 7.4:-6493817 None:intergenic
GGAAAAGCTAGGTTCTTGTA+TGG 0.474126 7.4:+6501495 MS.gene28605:CDS
GTGAAAAGTTGCACTCCCCT+TGG 0.475498 7.4:-6493818 None:intergenic
AGAGCCTTTGGAGAACATAA+TGG 0.478092 7.4:-6493854 None:intergenic
AAGATCCGGCCAAACGAGAA+AGG 0.479104 7.4:+6501893 MS.gene28605:CDS
AGTTATCTTTGTGGCTTGAA+AGG 0.484287 7.4:+6503180 MS.gene28605:CDS
TGACAGACCCAGAAGTAAGC+AGG 0.496194 7.4:+6502902 MS.gene28605:CDS
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GTCTTTGCTGATGATACAAC+TGG 0.500765 7.4:-6503132 None:intergenic
AGAATCATAGGCAGCATTGT+TGG 0.502217 7.4:-6503064 None:intergenic
GTGGGAACTATCTTCCACTT+TGG 0.507430 7.4:-6501844 None:intergenic
ATGTGGCATGGTTTAACATC+TGG 0.519462 7.4:+6502979 MS.gene28605:CDS
TGATATACCAGGACAAGCCC+AGG 0.533416 7.4:+6502071 MS.gene28605:CDS
AGATCCGGCCAAACGAGAAA+GGG 0.539898 7.4:+6501894 MS.gene28605:CDS
AAATTGATGACATCCTTTGT+GGG 0.543046 7.4:-6501862 None:intergenic
ATCTGTTGCAGGTTATGGCA+TGG 0.558684 7.4:+6494171 MS.gene28605:intron
GGTGTCTTCAAGATTCATGC+TGG 0.560620 7.4:-6502122 None:intergenic
TCTTGAAGACACCTTATACA+AGG 0.565278 7.4:+6502132 MS.gene28605:CDS
TTAAACCATGCCACATTCCA+GGG 0.567753 7.4:-6502972 None:intergenic
AGGAGTTCTGGAGGAACCCA+AGG 0.572295 7.4:+6493801 None:intergenic
TACAACGTGTACCTTACACA+TGG 0.572631 7.4:-6501598 None:intergenic
GACAGACCCAGAAGTAAGCA+GGG 0.576720 7.4:+6502903 MS.gene28605:CDS
TGTGCCAAATATGCTGTGTA+TGG 0.584688 7.4:+6501264 MS.gene28605:CDS
AAGAGTATAAGGGAAAAGCT+AGG 0.585965 7.4:+6501484 MS.gene28605:CDS
TAGACTAACTGCTCCACCCA+TGG 0.587925 7.4:-6501523 None:intergenic
TTTCATTCTAATTTGCTGAG+TGG 0.595665 7.4:-6503218 None:intergenic
GTTGCCATTATGTTCTCCAA+AGG 0.597843 7.4:+6493850 MS.gene28605:CDS
TTCTTGTATGGAGAGTCCAT+GGG 0.602502 7.4:+6501507 MS.gene28605:CDS
GAGTGCAGTCGTTTCATGAG+AGG 0.608720 7.4:+6494193 MS.gene28605:CDS
GAAGGACATGGACAATCTGA+AGG 0.609980 7.4:+6501297 MS.gene28605:CDS
TTGTATGGAGAGTCCATGGG+TGG 0.611978 7.4:+6501510 MS.gene28605:CDS
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TTAAATTGTACCCTGGAATG+TGG 0.615904 7.4:+6502962 MS.gene28605:CDS
ACAACGTGTACCTTACACAT+GGG 0.621927 7.4:-6501597 None:intergenic
TCAATATGTTGATGACAACT+TGG 0.624135 7.4:-6501801 None:intergenic
GTGTCAATGTCTCATTGTCA+TGG 0.624411 7.4:-6503110 None:intergenic
AAGACAATTAAATTGTACCC+TGG 0.629319 7.4:+6502955 MS.gene28605:CDS
GTGTATGGTGTAGATTATGA+AGG 0.634571 7.4:+6501279 MS.gene28605:CDS
CCTTACACATGGGTGCGACA+AGG 0.636170 7.4:-6501587 None:intergenic
GGTGTAGATTATGAAGGACA+TGG 0.638840 7.4:+6501285 MS.gene28605:CDS
TTGTACCCTGGAATGTGGCA+TGG 0.642467 7.4:+6502967 MS.gene28605:CDS
GGAGTTCTGGAGGAACCCAA+GGG 0.647003 7.4:+6493802 None:intergenic
ACATGCATCAGGAGTTCTGG+AGG 0.672710 7.4:+6493792 None:intergenic
GTGGAAGATAGTTCCCACAA+AGG 0.681811 7.4:+6501849 MS.gene28605:CDS
ATGTTGATGACAACTTGGTG+TGG 0.690265 7.4:-6501796 None:intergenic
GTACTACAGAATGTGGAGTG+CGG 0.724286 7.4:+6501235 MS.gene28605:intron
GAGTTCTGGAGGAACCCAAG+GGG 0.724868 7.4:+6493803 MS.gene28605:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr7.4 gene 6493803 6503233 6493803 ID=MS.gene28605
chr7.4 mRNA 6493803 6503233 6493803 ID=MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605
chr7.4 exon 6493803 6493893 6493803 ID=MS.gene28605.t1.exon1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6493803 6493893 6493803 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6494182 6494214 6494182 ID=MS.gene28605.t1.exon2;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6494182 6494214 6494182 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6501244 6501390 6501244 ID=MS.gene28605.t1.exon3;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6501244 6501390 6501244 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6501478 6501608 6501478 ID=MS.gene28605.t1.exon4;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6501478 6501608 6501478 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6501778 6501915 6501778 ID=MS.gene28605.t1.exon5;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6501778 6501915 6501778 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6502055 6502153 6502055 ID=MS.gene28605.t1.exon6;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6502055 6502153 6502055 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 exon 6502859 6503233 6502859 ID=MS.gene28605.t1.exon7;Parent=MS.gene28605.t1
chr7.4 CDS 6502859 6503233 6502859 ID=cds.MS.gene28605.t1;Parent=MS.gene28605.t1
Gene Sequence

>MS.gene28605

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