AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene77797


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MS.gene77797.t1 AT4G13180 25.121 207 148 5 113 317 19 220 8.86e-11 62.4

Find 82 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTTACTTAACTGAAAATATT+TGG 0.084717 8.1:-60566324 None:intergenic
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ACAAAGTACCTTGTGTTAAT+TGG 0.207521 8.1:-60550416 None:intergenic
AACTGAAATACATTGATATA+TGG 0.208099 8.1:+60556911 MS.gene77797:CDS
TATGTTAGCATGTTCTTCTT+TGG 0.220189 8.1:+60552147 MS.gene77797:CDS
CCTATTCGATGCAGCATCTT+TGG 0.221956 8.1:+60552109 MS.gene77797:CDS
TAAAATTAAGGACCGTATTA+GGG 0.252292 8.1:+60548965 MS.gene77797:CDS
TTTCTTAGGTTTGCTGCATA+TGG 0.268638 8.1:+60558280 MS.gene77797:intron
TGCAAACATACTCATAATAA+AGG 0.296956 8.1:-60548992 None:intergenic
AGAGCTTGAGAGAAGAATTT+GGG 0.296966 8.1:+60556711 MS.gene77797:CDS
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AACTGAAAATATTTGGGAAT+AGG 0.347590 8.1:-60566317 None:intergenic
CTATTCGATGCAGCATCTTT+GGG 0.371505 8.1:+60552110 MS.gene77797:CDS
TCACTTGACAAAGTCATTAC+AGG 0.377081 8.1:+60558324 MS.gene77797:CDS
CCAAAGATGCTGCATCGAAT+AGG 0.389170 8.1:-60552109 None:intergenic
GTAGGGATAGATCTAATGTT+TGG 0.401216 8.1:-60566244 None:intergenic
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TACTTTATGATTTAGGGATA+GGG 0.420330 8.1:+60555912 MS.gene77797:intron
CAAAGATGCTGCATCGAATA+GGG 0.423839 8.1:-60552108 None:intergenic
ACTGAAATACATTGATATAT+GGG 0.428120 8.1:+60556912 MS.gene77797:CDS
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TTAGCATGTTCTTCTTTGGT+TGG 0.440633 8.1:+60552151 MS.gene77797:CDS
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CATTTGGCGCAAGGAGGAAC+CGG 0.441028 8.1:+60566796 MS.gene77797:CDS
CCAGTAATCAAAACGTTGTA+AGG 0.443126 8.1:-60555046 None:intergenic
GCAAACATACTCATAATAAA+GGG 0.458245 8.1:-60548991 None:intergenic
TTTAGGGATAGGGTATGCTT+TGG 0.462514 8.1:+60555922 MS.gene77797:intron
GTCTGGCGCCAATACAAAAC+AGG 0.469357 8.1:+60565844 MS.gene77797:CDS
GGTATTCATTTAAAGATGAA+AGG 0.472334 8.1:+60556672 MS.gene77797:intron
ACAACGGATCTTCTCATGTC+TGG 0.473565 8.1:+60565827 MS.gene77797:CDS
TGGGTGAACCCTTAAAATTA+AGG 0.475028 8.1:+60548953 MS.gene77797:CDS
TATTTAGGCAATAAAGATGA+TGG 0.480267 8.1:+60557762 MS.gene77797:intron
GAGCACTTAGATTCGTCCAT+TGG 0.480435 8.1:-60550389 None:intergenic
TTCAATCTTCAATAATGTAC+CGG 0.490213 8.1:-60566815 None:intergenic
GGCTTCATTGATCTGTTGGT+AGG 0.494080 8.1:-60566262 None:intergenic
AATAAAGGGAGCCCCTAATA+CGG 0.518109 8.1:-60548977 None:intergenic
AAAGAGATTGAGTACCTTGG+AGG 0.520930 8.1:-60550950 None:intergenic
TCATCTGATGCTTCAGCAAG+TGG 0.524655 8.1:-60557529 None:intergenic
CGAAAGAGTTTCTAAAAGCA+GGG 0.525860 8.1:+60555945 MS.gene77797:CDS
CAATGAAGCCGACATACATC+CGG 0.527980 8.1:+60566275 MS.gene77797:CDS
ATTGACGGGGCAGGTTCAGA+TGG 0.528992 8.1:+60557817 MS.gene77797:CDS
AGAGATTTGCATTTGGCGCA+AGG 0.529215 8.1:+60566787 MS.gene77797:intron
TCAAGTAATTATTCCTCCAA+TGG 0.531551 8.1:+60550373 MS.gene77797:CDS
TTGATTACTGGCTCAACCAA+AGG 0.533805 8.1:+60555058 MS.gene77797:CDS
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TTTGGTGTTACAGCCAGGAA+TGG 0.553385 8.1:+60565802 MS.gene77797:intron
AAATATGACCTCCGCGAGGT+TGG 0.556067 8.1:-60557789 None:intergenic
ATGGTGTAGATCAATAATGC+TGG 0.558885 8.1:+60557484 MS.gene77797:intron
CACTTAGATTCGTCCATTGG+AGG 0.560843 8.1:-60550386 None:intergenic
CAGATGGAAGACCAACTCCT+AGG 0.562092 8.1:+60557833 MS.gene77797:CDS
GCTTCATTGATCTGTTGGTA+GGG 0.563819 8.1:-60566261 None:intergenic
GACATACATCCGGTTCCTCA+CGG 0.567787 8.1:+60566285 MS.gene77797:CDS
ACATACATCCGGTTCCTCAC+GGG 0.570978 8.1:+60566286 MS.gene77797:CDS
GTGGTTACAACAAACACACT+TGG 0.597765 8.1:+60557645 MS.gene77797:CDS
CTTGGCTGAACCAGCCGAAG+TGG 0.599008 8.1:+60565956 MS.gene77797:CDS
AATTTGGGGAGCAGCATGTG+TGG 0.600569 8.1:+60556726 MS.gene77797:CDS
AAAATTAAGGACCGTATTAG+GGG 0.606972 8.1:+60548966 MS.gene77797:CDS
AACGTTGTAAGGAGGAAGCA+TGG 0.614243 8.1:-60555035 None:intergenic
GTAATCAAAACGTTGTAAGG+AGG 0.617451 8.1:-60555043 None:intergenic
GAGCTTGAGAGAAGAATTTG+GGG 0.620456 8.1:+60556712 MS.gene77797:CDS
TTAGGCAATAAAGATGATGG+TGG 0.629231 8.1:+60557765 MS.gene77797:intron
ATTTGGGGAGCAGCATGTGT+GGG 0.636962 8.1:+60556727 MS.gene77797:CDS
GTGAGGAACCGGATGTATGT+CGG 0.640327 8.1:-60566283 None:intergenic
TAGGCAATAAAGATGATGGT+GGG 0.647346 8.1:+60557766 MS.gene77797:intron
TGATGGAAGAATCTCCTCCA+AGG 0.648059 8.1:+60550936 MS.gene77797:CDS
ACTTGCTGAAGCATCAGATG+AGG 0.650746 8.1:+60557531 MS.gene77797:CDS
ATTCTGTGCATGCAGTGAGG+TGG 0.668872 8.1:+60557626 MS.gene77797:intron
GAAAGAGTTTCTAAAAGCAG+GGG 0.670637 8.1:+60555946 MS.gene77797:CDS
TGGAGCAACAAAGAGAAGTG+TGG 0.673454 8.1:+60558300 MS.gene77797:CDS
ATGATGGTGGGCCAACCTCG+CGG 0.691592 8.1:+60557778 MS.gene77797:CDS
GATTTGCATTTGGCGCAAGG+AGG 0.693001 8.1:+60566790 MS.gene77797:CDS
GCTCTGATCCAATTAACACA+AGG 0.710634 8.1:+60550408 MS.gene77797:CDS
ACAGCCAGGAATGGTTACAA+CGG 0.726306 8.1:+60565811 MS.gene77797:intron
ATGGTGGGCCAACCTCGCGG+AGG 0.726382 8.1:+60557781 MS.gene77797:CDS
CTTGATGATATGCTGTCGAG+AGG 0.741135 8.1:+60557668 MS.gene77797:CDS
AATAGGCTTTCAAACCCGTG+AGG 0.759601 8.1:-60566300 None:intergenic
TTGAAAATATGACCTCCGCG+AGG 0.783707 8.1:-60557793 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr8.1 gene 60548952 60566836 60548952 ID=MS.gene77797
chr8.1 mRNA 60548952 60566836 60548952 ID=MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797
chr8.1 exon 60548952 60549003 60548952 ID=MS.gene77797.t1.exon1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60548952 60549003 60548952 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60550345 60550429 60550345 ID=MS.gene77797.t1.exon2;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60550345 60550429 60550345 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60550904 60550957 60550904 ID=MS.gene77797.t1.exon3;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60550904 60550957 60550904 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60552083 60552177 60552083 ID=MS.gene77797.t1.exon4;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60552083 60552177 60552083 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60555008 60555079 60555008 ID=MS.gene77797.t1.exon5;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60555008 60555079 60555008 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60555927 60555995 60555927 ID=MS.gene77797.t1.exon6;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60555927 60555995 60555927 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60556687 60556748 60556687 ID=MS.gene77797.t1.exon7;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60556687 60556748 60556687 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 exon 60556847 60556933 60556847 ID=MS.gene77797.t1.exon8;Parent=MS.gene77797.t1
chr8.1 CDS 60556847 60556933 60556847 ID=cds.MS.gene77797.t1;Parent=MS.gene77797.t1
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