AlfalfaGEDB | MsG0080047938.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080047938.01

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MsG0080047938.01.T01	AT1G67520	39.810	211	121	4	333	540	276	483	1.32e-35	143
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MsG0080047938.01.T01	AT5G63710	35.094	265	160	6	283	540	226	485	9.12e-35	140
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MsG0080047938.01.T01	AT1G69790	35.841	226	125	6	333	545	72	290	1.43e-34	136

Find 125 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 183 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AAAATTCTTGGAACACAATT+TGG	0.167088	contig152end:-60653	None:intergenic
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TATTGTAGGTTCAATTCTTT+TGG	0.176007	contig152end:+60045	MsG0080047938.01.T01:intron
CTGGGTCCGAAATTGAAATT+TGG	0.216873	contig152end:-59510	None:intergenic
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TGCTCTGCTGTTCTGTTATT+CGG	0.249417	contig152end:-61718	None:intergenic
TTGCAAATATCACAACTTAA+TGG	0.254909	contig152end:-59172	None:intergenic
CTTCTTCTTCTTATCAATAA+TGG	0.269865	contig152end:+59274	MsG0080047938.01.T01:CDS
CTGCCCACTAATTGTCTTGT+AGG	0.271264	contig152end:-59136	None:intergenic
ATCAAACCAAATTTCAATTT+CGG	0.286669	contig152end:+59504	MsG0080047938.01.T01:CDS
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TTGGAGCAGTCTTGAGCCTT+TGG	0.311516	contig152end:+61426	MsG0080047938.01.T01:CDS
CATTTAAGCTTCCCCATTGC+TGG	0.334764	contig152end:-61753	None:intergenic
CCATTGCTCAAAGTGGAGTT+TGG	0.338862	contig152end:+61407	MsG0080047938.01.T01:CDS
GGACACAACACTAAAATTCT+TGG	0.339935	contig152end:-60665	None:intergenic
TAGGAATCAGAAATGTAAAT+TGG	0.343622	contig152end:-59706	None:intergenic
AAATTTCTTGATAGAACTTC+AGG	0.351112	contig152end:-60724	None:intergenic
CGGAATGTTATTGCTAGAAA+TGG	0.358642	contig152end:+60783	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATCTTTGCAATGTTGCAATA+TGG	0.379763	contig152end:+61478	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATCAACGTGGTTCGTTTGCT+TGG	0.379869	contig152end:+60370	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATTTCCCTTCCAACTCGTTA+AGG	0.384712	contig152end:+59354	MsG0080047938.01.T01:CDS
TTCATCTAGCAAAACATTAT+GGG	0.390311	contig152end:-60596	None:intergenic
ATGATTGATCTTCGTTTCTC+AGG	0.402254	contig152end:-59654	None:intergenic
TGGAAGGGAAATTTAATAAG+AGG	0.405518	contig152end:-59343	None:intergenic
GCGCGAAAAGCACTTATTAG+AGG	0.411563	contig152end:+61609	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATGGTGTTATCTACCACTTC+AGG	0.413722	contig152end:+59445	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAGCTTTGTAGCGAACCATT+TGG	0.415906	contig152end:-60439	None:intergenic
TTATTGATTCTGAGTAAAAT+CGG	0.429494	contig152end:-59588	None:intergenic
ATGAAGATACTCAATTCCTT+TGG	0.435802	contig152end:-60533	None:intergenic
GTCTACAATTTGTTTCCAAA+TGG	0.435909	contig152end:+60424	MsG0080047938.01.T01:CDS
ACAGAACAGCAGAGCAAAGA+TGG	0.438530	contig152end:+61725	MsG0080047938.01.T01:CDS
TGGGAGAAGCTACAACAAAT+TGG	0.439135	contig152end:+60499	MsG0080047938.01.T01:CDS
CGAAAAGCATGAAATGCAAA+TGG	0.441673	contig152end:+59851	MsG0080047938.01.T01:CDS
AGGGAAATTTAATAAGAGGT+TGG	0.444492	contig152end:-59339	None:intergenic
AAGTCTGATATTTACAGTTA+CGG	0.444609	contig152end:+60763	MsG0080047938.01.T01:CDS
CAAACTCCACTTTGAGCAAT+GGG	0.449713	contig152end:-61406	None:intergenic
ATGAAATGGTCCTTGTTATC+CGG	0.452723	contig152end:-60472	None:intergenic
AATTTAATAAGAGGTTGGTT+AGG	0.456853	contig152end:-59334	None:intergenic
CCACTAATTGTCTTGTAGGT+TGG	0.461348	contig152end:-59132	None:intergenic
GGATAACAAGGACCATTTCA+TGG	0.462121	contig152end:+60474	MsG0080047938.01.T01:CDS
CTGCTGTTCTGTTATTCGGC+AGG	0.466366	contig152end:-61714	None:intergenic
GCTTCTCCCACCCCATGAAA+TGG	0.467574	contig152end:-60486	None:intergenic
TTGATGTCAAAGTGAATGAT+TGG	0.469528	contig152end:-60571	None:intergenic
ACAGCTGCTAAGGGTACCTT+GGG	0.471461	contig152end:+60691	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAGCTACAACAAATTGGTAT+TGG	0.475158	contig152end:+60505	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAAAGCACTTATTAGAGGAT+TGG	0.476874	contig152end:+61614	MsG0080047938.01.T01:CDS
CCACTTTGAGCAATGGGATG+AGG	0.478419	contig152end:-61400	None:intergenic
ATCAATGAAGTGGGAAGTAT+GGG	0.483010	contig152end:+60334	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAGATGGAGAAACCAGCAAT+GGG	0.483048	contig152end:+61741	MsG0080047938.01.T01:CDS
GACAGCTGCTAAGGGTACCT+TGG	0.484092	contig152end:+60690	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATCAGAAATGTAAATTGGAC+AGG	0.484267	contig152end:-59701	None:intergenic
CCAACCTACAAGACAATTAG+TGG	0.486242	contig152end:+59132	MsG0080047938.01.T01:CDS
GAGGCGTATATAAGAGACTT+TGG	0.489081	contig152end:-59943	None:intergenic
ATCTTTCCGTCAGTTTGAGT+TGG	0.489466	contig152end:+59800	MsG0080047938.01.T01:CDS
CCTCAAAATGCAAGAGCTGC+TGG	0.494004	contig152end:+61652	MsG0080047938.01.T01:CDS
TCTCTTATATACGCCTCTAC+AGG	0.505476	contig152end:+59949	MsG0080047938.01.T01:CDS
TAATCTACAAGGAATTTGAA+TGG	0.509723	contig152end:-59469	None:intergenic
TCATCGCATTGAACCTTGTA+TGG	0.512162	contig152end:+59737	MsG0080047938.01.T01:CDS
TGTGTCCATGACAGCTGCTA+AGG	0.514687	contig152end:+60681	MsG0080047938.01.T01:CDS
ACTTATCCCTACTCTATTGA+GGG	0.522162	contig152end:-61802	None:intergenic
ACGAAGATCAATCATCTCAA+TGG	0.524135	contig152end:+59662	MsG0080047938.01.T01:CDS
CCAAACTCCACTTTGAGCAA+TGG	0.526933	contig152end:-61407	None:intergenic
TTTCGGAAATGCAATTGTCT+GGG	0.529894	contig152end:-59528	None:intergenic
GGTACCCTTAGCAGCTGTCA+TGG	0.530084	contig152end:-60686	None:intergenic
GATAACAAGGACCATTTCAT+GGG	0.533592	contig152end:+60475	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAAAGAGTTCATCAATGAAG+TGG	0.535827	contig152end:+60324	MsG0080047938.01.T01:CDS
CATATTTCCACCGGATAACA+AGG	0.537338	contig152end:+60462	MsG0080047938.01.T01:CDS
TACTTATCCCTACTCTATTG+AGG	0.539677	contig152end:-61803	None:intergenic
TCATCTAGCAAAACATTATG+GGG	0.539790	contig152end:-60595	None:intergenic
TAAGGGTACCTTGGGATACA+TGG	0.541484	contig152end:+60699	MsG0080047938.01.T01:CDS
CACTTTGAGCAATGGGATGA+GGG	0.543169	contig152end:-61399	None:intergenic
CCTCATCCCATTGCTCAAAG+TGG	0.544810	contig152end:+61400	MsG0080047938.01.T01:CDS
TCAACATCCCTCAATAGAGT+AGG	0.545394	contig152end:+61795	MsG0080047938.01.T01:CDS
CTTTGATATTGCTGAACCAA+AGG	0.548233	contig152end:-61442	None:intergenic
CGTAGTCTATGTAATCTACA+AGG	0.552029	contig152end:-59480	None:intergenic
CAACATCCCTCAATAGAGTA+GGG	0.553395	contig152end:+61796	MsG0080047938.01.T01:CDS
CGAAATTCTCAACTTGGCTG+CGG	0.555113	contig152end:-61504	None:intergenic
TAGTAGCGAAATTCTCAACT+TGG	0.556868	contig152end:-61510	None:intergenic
TCAAAACAAGAACACTATGA+TGG	0.558170	contig152end:+59426	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAACTTGGAGAAGGAGCTCA+TGG	0.564329	contig152end:+60226	MsG0080047938.01.T01:CDS
CTACTATTCTTTCGAGCATG+AGG	0.565719	contig152end:+61527	MsG0080047938.01.T01:CDS
GGAATTGAGTATCTTCATCT+CGG	0.565918	contig152end:+60538	MsG0080047938.01.T01:CDS
CAACTAAGTCTAACCTGTAG+AGG	0.568125	contig152end:-59962	None:intergenic
TTCGGGCCAACTCAAACTGA+CGG	0.572668	contig152end:-59806	None:intergenic
TCAATCATCTCAATGGTCAC+AGG	0.573469	contig152end:+59669	MsG0080047938.01.T01:CDS
ACAAGGACCATTTCATGGGG+TGG	0.574966	contig152end:+60479	MsG0080047938.01.T01:CDS
ACAAAGCTTCATATTTCCAC+CGG	0.575922	contig152end:+60453	MsG0080047938.01.T01:CDS
CTCGAGTGAGATTCTTGTGG+CGG	0.579677	contig152end:+60270	MsG0080047938.01.T01:CDS
TCAGCATAAGAAAATCTAGC+AGG	0.582131	contig152end:-60172	None:intergenic
GAATTTGAATGGACCTGAAG+TGG	0.582471	contig152end:-59458	None:intergenic
TGGAAGAACAACGGTACGAA+AGG	0.584516	contig152end:+59871	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATTGGTATTGGTATAGCCAA+AGG	0.584989	contig152end:+60517	MsG0080047938.01.T01:CDS
TCTGAGTAAAATCGGTAAGG+TGG	0.585859	contig152end:-59580	None:intergenic
CAAGGACCATTTCATGGGGT+GGG	0.586594	contig152end:+60480	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAAGAGTTCATCAATGAAGT+GGG	0.587527	contig152end:+60325	MsG0080047938.01.T01:CDS
GAAAATGCTCAATGGTACAG+AGG	0.588953	contig152end:+60294	MsG0080047938.01.T01:CDS
GATTCTGAGTAAAATCGGTA+AGG	0.589876	contig152end:-59583	None:intergenic
TGAATCCTTAACGAGTTGGA+AGG	0.598211	contig152end:-59359	None:intergenic
GTGATGAATCCTTAACGAGT+TGG	0.603754	contig152end:-59363	None:intergenic
GAATCCTTAACGAGTTGGAA+GGG	0.603812	contig152end:-59358	None:intergenic
AAATGGTCCTTGTTATCCGG+TGG	0.605098	contig152end:-60469	None:intergenic
AAAATGCTCAATGGTACAGA+GGG	0.617098	contig152end:+60295	MsG0080047938.01.T01:CDS
AAAGATGGAGAAACCAGCAA+TGG	0.617111	contig152end:+61740	MsG0080047938.01.T01:CDS
GCAAACGAACCACGTTGATG+TGG	0.618901	contig152end:-60366	None:intergenic
CTCAATGGTACAGAGGGAGA+AGG	0.620075	contig152end:+60301	MsG0080047938.01.T01:CDS
TGTCAAAGTGAATGATTGGA+TGG	0.623934	contig152end:-60567	None:intergenic
TTCAGGCGCCATGTATCCCA+AGG	0.624763	contig152end:-60707	None:intergenic
GTACAATATAGGCAAAACTC+AGG	0.630797	contig152end:-59403	None:intergenic
TATGCTCAAGAGTCAAGACT+TGG	0.631404	contig152end:+59109	MsG0080047938.01.T01:CDS
GTGTCCATGACAGCTGCTAA+GGG	0.639871	contig152end:+60682	MsG0080047938.01.T01:CDS
CACAACTTAATGGACAAACG+TGG	0.643163	contig152end:-59162	None:intergenic
CAACCTACAAGACAATTAGT+GGG	0.650179	contig152end:+59133	MsG0080047938.01.T01:CDS
GCTCTCGAGTGAGATTCTTG+TGG	0.662139	contig152end:+60267	MsG0080047938.01.T01:CDS
CATCTAGCAAAACATTATGG+GGG	0.665813	contig152end:-60594	None:intergenic
GTGGCGGTGAAAATGCTCAA+TGG	0.665988	contig152end:+60286	MsG0080047938.01.T01:CDS
CAATGCGATGACACTGTCGT+AGG	0.671373	contig152end:-59725	None:intergenic
GGTTCAGCAATATCAAAGTG+CGG	0.675615	contig152end:+61447	MsG0080047938.01.T01:CDS
GAGTGCAAAGAATCATCGTG+TGG	0.680102	contig152end:+59310	MsG0080047938.01.T01:CDS
ACAAATTGTAGACAAGAGCA+CGG	0.682496	contig152end:-60414	None:intergenic
AAATGCAAATGGAAGAACAA+CGG	0.697131	contig152end:+59862	MsG0080047938.01.T01:CDS
GTTAAGGATTCATCACAACA+TGG	0.725148	contig152end:+59370	MsG0080047938.01.T01:CDS
ATAACAAGGACCATTTCATG+GGG	0.736100	contig152end:+60476	MsG0080047938.01.T01:CDS
AGATGGAGAAACCAGCAATG+GGG	0.747274	contig152end:+61742	MsG0080047938.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!!	TTTATCAATAATATTTTGTA+TGG	+	contig152end:59201-59220	MsG0080047938.01.T01:CDS	10.0%
!!	ATATAAAAAGAATTACAAAC+AGG	+	contig152end:60194-60213	MsG0080047938.01.T01:CDS	15.0%
!!	ATCAAACCAAATTTCAATTT+CGG	+	contig152end:59504-59523	MsG0080047938.01.T01:CDS	20.0%
!!!	AAGTTCTATCAAGAAATTTT+GGG	+	contig152end:60728-60747	MsG0080047938.01.T01:CDS	20.0%
!!!	GTTAAGTTTCAGAATTTTTT+CGG	-	contig152end:59548-59567	None:intergenic	20.0%
!!!	TTATTGATTCTGAGTAAAAT+CGG	-	contig152end:59591-59610	None:intergenic	20.0%
!!!	TTTTCATTTTTTATCTATGC+TGG	+	contig152end:59993-60012	MsG0080047938.01.T01:intron	20.0%
!	AAAAAATGTTGTGCAAATGT+TGG	+	contig152end:61000-61019	MsG0080047938.01.T01:intron	25.0%
!	AAAATTCTTGGAACACAATT+TGG	-	contig152end:60656-60675	None:intergenic	25.0%
!	AAATTTCTTGATAGAACTTC+AGG	-	contig152end:60727-60746	None:intergenic	25.0%
!	AAGTCTGATATTTACAGTTA+CGG	+	contig152end:60763-60782	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!	ATCCTTTACTCCAAAAATTT+CGG	+	contig152end:60618-60637	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!	ATTCATCTAGCAAAACATTA+TGG	-	contig152end:60600-60619	None:intergenic	25.0%
!	CTTCTTCTTCTTATCAATAA+TGG	+	contig152end:59274-59293	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!	GACAGTTAATATGTTATTGT+AGG	+	contig152end:60031-60050	MsG0080047938.01.T01:intron	25.0%
!	TAATCTACAAGGAATTTGAA+TGG	-	contig152end:59472-59491	None:intergenic	25.0%
!	TAGGAATCAGAAATGTAAAT+TGG	-	contig152end:59709-59728	None:intergenic	25.0%
!	TTCATCTAGCAAAACATTAT+GGG	-	contig152end:60599-60618	None:intergenic	25.0%
!	TTGCAAATATCACAACTTAA+TGG	-	contig152end:59175-59194	None:intergenic	25.0%
!!	AATTTAATAAGAGGTTGGTT+AGG	-	contig152end:59337-59356	None:intergenic	25.0%
!!	ATTGTAGGTTCAATTCTTTT+GGG	+	contig152end:60046-60065	MsG0080047938.01.T01:intron	25.0%
!!	GAAGTTCTATCAAGAAATTT+TGG	+	contig152end:60727-60746	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!!	TATTGTAGGTTCAATTCTTT+TGG	+	contig152end:60045-60064	MsG0080047938.01.T01:intron	25.0%
!!	TCAATAATATTTTGTATGGC+AGG	+	contig152end:59205-59224	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!!	TTTATTGATGGACGATTTAT+TGG	-	contig152end:60983-61002	None:intergenic	25.0%
!!!	CTATTTTAGAAAGAAAGAAG+AGG	+	contig152end:60102-60121	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!!!	TAGAGTTGATAAGTTTTTAG+AGG	+	contig152end:60132-60151	MsG0080047938.01.T01:CDS	25.0%
!!!	TCTTGTTTTGAGTACAATAT+AGG	-	contig152end:59417-59436	None:intergenic	25.0%
!!!	TGCACAACATTTTTTATTGA+TGG	-	contig152end:60995-61014	None:intergenic	25.0%
	AAAAGAGTTCATCAATGAAG+TGG	+	contig152end:60324-60343	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	AAAGAGTTCATCAATGAAGT+GGG	+	contig152end:60325-60344	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	AAATGCAAATGGAAGAACAA+CGG	+	contig152end:59862-59881	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	AAGCTACAACAAATTGGTAT+TGG	+	contig152end:60505-60524	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	AATAAGTTATGGATCCATTC+AGG	-	contig152end:60866-60885	None:intergenic	30.0%
	AGAGTAGAAATCTCAGAATT+TGG	+	contig152end:61551-61570	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	AGGGAAATTTAATAAGAGGT+TGG	-	contig152end:59342-59361	None:intergenic	30.0%
	ATCAGAAATGTAAATTGGAC+AGG	-	contig152end:59704-59723	None:intergenic	30.0%
	ATCTTTGCAATGTTGCAATA+TGG	+	contig152end:61478-61497	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	ATGAAGATACTCAATTCCTT+TGG	-	contig152end:60536-60555	None:intergenic	30.0%
	ATGTTATTGCTAGAAATGGT+TGG	+	contig152end:60787-60806	MsG0080047938.01.T01:intron	30.0%
	TCAAAACAAGAACACTATGA+TGG	+	contig152end:59426-59445	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
	TCAATTCTTTCCTATGATGA+GGG	-	contig152end:61174-61193	None:intergenic	30.0%
	TCATCTAGCAAAACATTATG+GGG	-	contig152end:60598-60617	None:intergenic	30.0%
	TGAATGGATCCATAACTTAT+TGG	+	contig152end:60865-60884	MsG0080047938.01.T01:intron	30.0%
	TGGAAGGGAAATTTAATAAG+AGG	-	contig152end:59346-59365	None:intergenic	30.0%
	TTGATGTCAAAGTGAATGAT+TGG	-	contig152end:60574-60593	None:intergenic	30.0%
	TTTATTGAATCCCTCATCAT+AGG	+	contig152end:61161-61180	MsG0080047938.01.T01:intron	30.0%
!	ACTCCAAAAATTTCGGATTT+TGG	+	contig152end:60625-60644	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
!	AGACCAAAATCCGAAATTTT+TGG	-	contig152end:60631-60650	None:intergenic	30.0%
!	ATAGTAGAACTCTAGAAGTT+GGG	-	contig152end:61379-61398	None:intergenic	30.0%
!	GTCTACAATTTGTTTCCAAA+TGG	+	contig152end:60424-60443	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
!	TTGTAGGTTCAATTCTTTTG+GGG	+	contig152end:60047-60066	MsG0080047938.01.T01:intron	30.0%
!	TTTTCAAATGGAAGTGATTC+AGG	+	contig152end:61120-61139	MsG0080047938.01.T01:intron	30.0%
!!	AAAAGCACTTATTAGAGGAT+TGG	+	contig152end:61614-61633	MsG0080047938.01.T01:CDS	30.0%
!!	CATTTTGTACAAGTTTGTTC+GGG	-	contig152end:59826-59845	None:intergenic	30.0%
!!	GCATTTTGTACAAGTTTGTT+CGG	-	contig152end:59827-59846	None:intergenic	30.0%
!!!	ATCCGAAATTTTTGGAGTAA+AGG	-	contig152end:60623-60642	None:intergenic	30.0%
	AAAAATTCACCACATCAACG+TGG	+	contig152end:60357-60376	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	AAAATGCTCAATGGTACAGA+GGG	+	contig152end:60295-60314	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	AAACGTAGACATGTCATCTT+CGG	+	contig152end:60820-60839	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	AACAGGTTTCACGAAAAACT+TGG	+	contig152end:60211-60230	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	AACTTGCAATTGTTGGACTT+TGG	+	contig152end:60942-60961	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	ACAAAGCTTCATATTTCCAC+CGG	+	contig152end:60453-60472	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	ACAAATTGTAGACAAGAGCA+CGG	-	contig152end:60417-60436	None:intergenic	35.0%
	ACGAAGATCAATCATCTCAA+TGG	+	contig152end:59662-59681	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	ATAACAAGGACCATTTCATG+GGG	+	contig152end:60476-60495	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	ATGATTGATCTTCGTTTCTC+AGG	-	contig152end:59657-59676	None:intergenic	35.0%
	CAACCTACAAGACAATTAGT+GGG	+	contig152end:59133-59152	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	CATCTAGCAAAACATTATGG+GGG	-	contig152end:60597-60616	None:intergenic	35.0%
	CATCTCCTTCCAATAAGTTA+TGG	-	contig152end:60877-60896	None:intergenic	35.0%
	CGGAATGTTATTGCTAGAAA+TGG	+	contig152end:60783-60802	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	CGTAGTCTATGTAATCTACA+AGG	-	contig152end:59483-59502	None:intergenic	35.0%
	CTCAATTCTTTCCTATGATG+AGG	-	contig152end:61175-61194	None:intergenic	35.0%
	CTTTGATATTGCTGAACCAA+AGG	-	contig152end:61445-61464	None:intergenic	35.0%
	GATAACAAGGACCATTTCAT+GGG	+	contig152end:60475-60494	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	GATTCTGAGTAAAATCGGTA+AGG	-	contig152end:59586-59605	None:intergenic	35.0%
	GCAAAGAAACTTGCAATTGT+TGG	+	contig152end:60935-60954	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	GGAATTGAGTATCTTCATCT+CGG	+	contig152end:60538-60557	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	GGACACAACACTAAAATTCT+TGG	-	contig152end:60668-60687	None:intergenic	35.0%
	GTACAATATAGGCAAAACTC+AGG	-	contig152end:59406-59425	None:intergenic	35.0%
	GTTAAGGATTCATCACAACA+TGG	+	contig152end:59370-59389	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	TAGTAGCGAAATTCTCAACT+TGG	-	contig152end:61513-61532	None:intergenic	35.0%
	TATTGCTAGAAATGGTTGGA+GGG	+	contig152end:60791-60810	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	TCAGCATAAGAAAATCTAGC+AGG	-	contig152end:60175-60194	None:intergenic	35.0%
	TGGATCCATAACTTATTGGA+AGG	+	contig152end:60869-60888	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	TGTCAAAGTGAATGATTGGA+TGG	-	contig152end:60570-60589	None:intergenic	35.0%
	TTATTGCTAGAAATGGTTGG+AGG	+	contig152end:60790-60809	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	TTGATGTGCTATATCCTGAA+TGG	+	contig152end:60849-60868	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
	TTTCACGAAAAACTTGGAGA+AGG	+	contig152end:60217-60236	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	TTTCGGAAATGCAATTGTCT+GGG	-	contig152end:59531-59550	None:intergenic	35.0%
!	ACATTTTCGTACACCATACA+AGG	-	contig152end:59753-59772	None:intergenic	35.0%
!	ATCAATGAAGTGGGAAGTAT+GGG	+	contig152end:60334-60353	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
!	ATGAAATGGTCCTTGTTATC+CGG	-	contig152end:60475-60494	None:intergenic	35.0%
!	CGAAAAGCATGAAATGCAAA+TGG	+	contig152end:59851-59870	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
!	GATAGTAGAACTCTAGAAGT+TGG	-	contig152end:61380-61399	None:intergenic	35.0%
!	GGCAAGAAGAACTTTTCAAA+TGG	+	contig152end:61108-61127	MsG0080047938.01.T01:intron	35.0%
!	TTTTCGGAAATGCAATTGTC+TGG	-	contig152end:59532-59551	None:intergenic	35.0%
!!	ATTGGTATTGGTATAGCCAA+AGG	+	contig152end:60517-60536	MsG0080047938.01.T01:CDS	35.0%
	AAAAATGAACAGCAGCGTTC+TGG	+	contig152end:61585-61604	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	AAAGATGGAGAAACCAGCAA+TGG	+	contig152end:61740-61759	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	AAGATGGAGAAACCAGCAAT+GGG	+	contig152end:61741-61760	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	AGATGTACGTATCCATATCG+AGG	+	contig152end:60892-60911	MsG0080047938.01.T01:intron	40.0%
	AGTTAACTCGATATCCTCTC+CGG	-	contig152end:61029-61048	None:intergenic	40.0%
	ATCGAGTGAAAAGGATTAGG+AGG	-	contig152end:61055-61074	None:intergenic	40.0%
	ATCTTTCCGTCAGTTTGAGT+TGG	+	contig152end:59800-59819	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	ATGGAAGTCATCGAGTGAAA+AGG	-	contig152end:61064-61083	None:intergenic	40.0%
	ATTTCCCTTCCAACTCGTTA+AGG	+	contig152end:59354-59373	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	CAAACTCCACTTTGAGCAAT+GGG	-	contig152end:61409-61428	None:intergenic	40.0%
	CAACTAAGTCTAACCTGTAG+AGG	-	contig152end:59965-59984	None:intergenic	40.0%
	CACTAACGATCAACTCACTT+TGG	+	contig152end:61087-61106	MsG0080047938.01.T01:intron	40.0%
	CATATTTCCACCGGATAACA+AGG	+	contig152end:60462-60481	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	CATCAATGAAGTGGGAAGTA+TGG	+	contig152end:60333-60352	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	CCAACCTACAAGACAATTAG+TGG	+	contig152end:59132-59151	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	CCACTAATTGTCTTGTAGGT+TGG	-	contig152end:59135-59154	None:intergenic	40.0%
	CTACTATTCTTTCGAGCATG+AGG	+	contig152end:61527-61546	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	CTGGGTCCGAAATTGAAATT+TGG	-	contig152end:59513-59532	None:intergenic	40.0%
	GAAAATGCTCAATGGTACAG+AGG	+	contig152end:60294-60313	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	GAATTTGAATGGACCTGAAG+TGG	-	contig152end:59461-59480	None:intergenic	40.0%
	GAGGCGTATATAAGAGACTT+TGG	-	contig152end:59946-59965	None:intergenic	40.0%
	GCTCATGGAACTGTGTTTAA+AGG	+	contig152end:60241-60260	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	GGATAACAAGGACCATTTCA+TGG	+	contig152end:60474-60493	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	GGTTCAGCAATATCAAAGTG+CGG	+	contig152end:61447-61466	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	GTCATCGAGTGAAAAGGATT+AGG	-	contig152end:61058-61077	None:intergenic	40.0%
	GTGATGAATCCTTAACGAGT+TGG	-	contig152end:59366-59385	None:intergenic	40.0%
	GTTGTGCAAATGTTGGAAAC+CGG	+	contig152end:61007-61026	MsG0080047938.01.T01:intron	40.0%
	TATGCTCAAGAGTCAAGACT+TGG	+	contig152end:59109-59128	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	TCAATCATCTCAATGGTCAC+AGG	+	contig152end:59669-59688	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	TCATCGCATTGAACCTTGTA+TGG	+	contig152end:59737-59756	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	TCTCTTATATACGCCTCTAC+AGG	+	contig152end:59949-59968	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
	TCTGAGTAAAATCGGTAAGG+TGG	-	contig152end:59583-59602	None:intergenic	40.0%
	TGCTCTGCTGTTCTGTTATT+CGG	-	contig152end:61721-61740	None:intergenic	40.0%
	TGGGAGAAGCTACAACAAAT+TGG	+	contig152end:60499-60518	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
!	AAATACGATGTTGAGTGTCG+AGG	-	contig152end:61343-61362	None:intergenic	40.0%
!	AAGCTTTGTAGCGAACCATT+TGG	-	contig152end:60442-60461	None:intergenic	40.0%
!	CACAACTTAATGGACAAACG+TGG	-	contig152end:59165-59184	None:intergenic	40.0%
!	GAATCCTTAACGAGTTGGAA+GGG	-	contig152end:59361-59380	None:intergenic	40.0%
!	GAGTTGATCGTTAGTGGTTA+TGG	-	contig152end:61083-61102	None:intergenic	40.0%
!	TGAATCCTTAACGAGTTGGA+AGG	-	contig152end:59362-59381	None:intergenic	40.0%
!	TTGGACTTTGGTGCATTCAA+TGG	+	contig152end:60954-60973	MsG0080047938.01.T01:intron	40.0%
!!	ATGGTGTTATCTACCACTTC+AGG	+	contig152end:59445-59464	MsG0080047938.01.T01:CDS	40.0%
!!	CAAAGTGAGTTGATCGTTAG+TGG	-	contig152end:61089-61108	None:intergenic	40.0%
	AAACTTGGAGAAGGAGCTCA+TGG	+	contig152end:60226-60245	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	ACAGAACAGCAGAGCAAAGA+TGG	+	contig152end:61725-61744	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	AGATGGAGAAACCAGCAATG+GGG	+	contig152end:61742-61761	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	ATCAACGTGGTTCGTTTGCT+TGG	+	contig152end:60370-60389	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	CACTTTGAGCAATGGGATGA+GGG	-	contig152end:61402-61421	None:intergenic	45.0%
	CATTTAAGCTTCCCCATTGC+TGG	-	contig152end:61756-61775	None:intergenic	45.0%
	CCAAACTCCACTTTGAGCAA+TGG	-	contig152end:61410-61429	None:intergenic	45.0%
	CCATTGCTCAAAGTGGAGTT+TGG	+	contig152end:61407-61426	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	CGAAATTCTCAACTTGGCTG+CGG	-	contig152end:61507-61526	None:intergenic	45.0%
	CGTATCCATATCGAGGATGA+AGG	+	contig152end:60899-60918	MsG0080047938.01.T01:intron	45.0%
	CTGCCCACTAATTGTCTTGT+AGG	-	contig152end:59139-59158	None:intergenic	45.0%
	GAGTGCAAAGAATCATCGTG+TGG	+	contig152end:59310-59329	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
	TGGAAGAACAACGGTACGAA+AGG	+	contig152end:59871-59890	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
!	AAATGGTCCTTGTTATCCGG+TGG	-	contig152end:60472-60491	None:intergenic	45.0%
!!	GCGCGAAAAGCACTTATTAG+AGG	+	contig152end:61609-61628	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
!!	TAAGGGTACCTTGGGATACA+TGG	+	contig152end:60699-60718	MsG0080047938.01.T01:CDS	45.0%
!!!	AGGTTCAATTCTTTTGGGGC+TGG	+	contig152end:60051-60070	MsG0080047938.01.T01:intron	45.0%
	ACAAGGACCATTTCATGGGG+TGG	+	contig152end:60479-60498	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CAAGGACCATTTCATGGGGT+GGG	+	contig152end:60480-60499	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CAATGCGATGACACTGTCGT+AGG	-	contig152end:59728-59747	None:intergenic	50.0%
	CCACTTTGAGCAATGGGATG+AGG	-	contig152end:61403-61422	None:intergenic	50.0%
	CCTCAAAATGCAAGAGCTGC+TGG	+	contig152end:61652-61671	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CCTCATCCCATTGCTCAAAG+TGG	+	contig152end:61400-61419	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CTCAATGGTACAGAGGGAGA+AGG	+	contig152end:60301-60320	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CTCGAGTGAGATTCTTGTGG+CGG	+	contig152end:60270-60289	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	CTGCTGTTCTGTTATTCGGC+AGG	-	contig152end:61717-61736	None:intergenic	50.0%
	GATCGCCTTCATCCTCGATA+TGG	-	contig152end:60907-60926	None:intergenic	50.0%
	GCAAACGAACCACGTTGATG+TGG	-	contig152end:60369-60388	None:intergenic	50.0%
	GCAAATGTTGGAAACCGGAG+AGG	+	contig152end:61012-61031	MsG0080047938.01.T01:intron	50.0%
	GCTCTCGAGTGAGATTCTTG+TGG	+	contig152end:60267-60286	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	GTGGCGGTGAAAATGCTCAA+TGG	+	contig152end:60286-60305	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	GTGTCCATGACAGCTGCTAA+GGG	+	contig152end:60682-60701	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	TGTGTCCATGACAGCTGCTA+AGG	+	contig152end:60681-60700	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	TTCGGGCCAACTCAAACTGA+CGG	-	contig152end:59809-59828	None:intergenic	50.0%
	TTGGAGCAGTCTTGAGCCTT+TGG	+	contig152end:61426-61445	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
!	CCAGCAGCTCTTGCATTTTG+AGG	-	contig152end:61655-61674	None:intergenic	50.0%
!!	ACAGCTGCTAAGGGTACCTT+GGG	+	contig152end:60691-60710	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
!!	TTGCTTGGCTTTTGCGCAGA+TGG	+	contig152end:60385-60404	MsG0080047938.01.T01:CDS	50.0%
	GCTTCTCCCACCCCATGAAA+TGG	-	contig152end:60489-60508	None:intergenic	55.0%
	GGTACCCTTAGCAGCTGTCA+TGG	-	contig152end:60689-60708	None:intergenic	55.0%
	TTCAGGCGCCATGTATCCCA+AGG	-	contig152end:60710-60729	None:intergenic	55.0%
!!	GACAGCTGCTAAGGGTACCT+TGG	+	contig152end:60690-60709	MsG0080047938.01.T01:CDS	55.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
contig152end	gene	59103	61816	59103	ID=MsG0080047938.01;Name=MsG0080047938.01
contig152end	mRNA	59103	61816	59103	ID=MsG0080047938.01.T01;Parent=MsG0080047938.01;Name=MsG0080047938.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.54;_QI=0\|0\|0\|1\|1\|1\|3\|0\|682
contig152end	exon	59103	59970	59103	ID=MsG0080047938.01.T01:exon:13805;Parent=MsG0080047938.01.T01
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contig152end	CDS	59103	59970	59103	ID=MsG0080047938.01.T01:cds;Parent=MsG0080047938.01.T01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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