AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048503.01

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MsG0080048503.01.T01 AT1G07570 39.557 316 174 7 432 735 40 350 3.47e-66 226
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MsG0080048503.01.T01 AT3G19700 27.391 847 432 26 14 738 181 966 1.86e-65 236
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MsG0080048503.01.T01 AT4G35600 38.591 298 158 7 452 735 80 366 1.75e-60 211
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MsG0080048503.01.T01 AT4G34440 33.505 388 222 8 375 735 206 584 1.94e-60 217
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MsG0080048503.01.T01 AT4G03230 39.519 291 169 5 447 736 678 962 2.17e-53 201
MsG0080048503.01.T01 AT4G23260 40.000 290 166 6 449 736 318 601 2.29e-53 197
MsG0080048503.01.T01 AT4G03230 39.519 291 169 5 447 736 520 804 2.29e-53 199
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MsG0080048503.01.T01 AT2G01950 27.510 767 474 27 13 738 404 1129 3.65e-53 201
MsG0080048503.01.T01 AT2G01950 26.646 319 196 12 3 310 221 512 3.64e-14 77.4
MsG0080048503.01.T01 AT2G01950 27.397 292 188 11 44 316 136 422 3.02e-13 74.3
MsG0080048503.01.T01 AT2G01950 24.269 342 207 10 1 310 143 464 5.87e-12 70.1
MsG0080048503.01.T01 AT3G02880 30.485 515 292 16 246 735 139 612 3.70e-53 196
MsG0080048503.01.T01 AT1G61370 37.542 301 179 6 449 747 340 633 4.15e-53 196
MsG0080048503.01.T01 AT2G25220 31.738 397 244 7 346 741 3 373 4.68e-53 189
MsG0080048503.01.T01 AT4G00970 39.419 241 139 3 441 678 326 562 5.07e-53 194
MsG0080048503.01.T01 AT1G77280 37.631 287 170 6 452 735 397 677 5.19e-53 197
MsG0080048503.01.T01 AT1G77280 37.631 287 170 6 452 735 397 677 5.19e-53 197
MsG0080048503.01.T01 AT3G28040 27.843 765 448 27 26 735 286 1001 5.60e-53 199
MsG0080048503.01.T01 AT3G28040 27.241 290 162 9 26 310 139 384 7.87e-14 76.3
MsG0080048503.01.T01 AT3G28040 29.694 229 137 5 107 317 97 319 4.02e-13 73.9
MsG0080048503.01.T01 AT1G11330 38.644 295 168 7 446 736 511 796 5.72e-53 198
MsG0080048503.01.T01 AT1G70740 35.806 310 188 5 446 755 49 347 6.04e-53 190
MsG0080048503.01.T01 AT1G11330 38.644 295 168 7 446 736 509 794 6.24e-53 198
MsG0080048503.01.T01 AT2G25220 31.738 397 244 7 346 741 52 422 7.70e-53 190
MsG0080048503.01.T01 AT1G16130 37.884 293 175 4 439 731 397 682 7.98e-53 197

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGACATCATTGAAACAAATT+TGG 0.112327 contig338end:+45051 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGTTCTGCTGCCGTCGTTTC+AGG 0.156396 contig338end:+45977 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTTTCTGTTGTTGAACCTTT+TGG 0.218301 contig338end:+45353 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGGAAGGCTTGGAGAGTTTC+AGG 0.222694 contig338end:+47641 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTTCATGGTAATTCGTTTAC+TGG 0.226653 contig338end:+45074 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAACCAAGACTTGCAAAATT+AGG 0.231637 contig338end:-45509 None:intergenic
ATACAGAACCTTTGGGTAAA+TGG 0.236081 contig338end:+44978 MsG0080048503.01.T01:CDS
CACGGTCGAGTATACAATTT+AGG 0.240075 contig338end:+47997 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
ACTAGACTTGCAGGAACTTT+TGG 0.244528 contig338end:+46586 MsG0080048503.01.T01:CDS
ATAGGGATTGTATGCTTAAT+TGG 0.254318 contig338end:+45812 MsG0080048503.01.T01:CDS
AATTTAGGGGATTTAGATTA+GGG 0.263249 contig338end:+48012 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
TTGAAACAAATTTGGGTTCA+TGG 0.263402 contig338end:+45059 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGTTTATCCTTTCCAATATC+AGG 0.272216 contig338end:-45692 None:intergenic
ACCGGTGGAAATCCTGATAT+TGG 0.291703 contig338end:+45680 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACTAGAGTCGGAACTAGATT+TGG 0.295717 contig338end:-45735 None:intergenic
TCCTCGTTGATGTCCATTGC+TGG 0.306683 contig338end:-47622 None:intergenic
CAATTTAGGGGATTTAGATT+AGG 0.307257 contig338end:+48011 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
GTTGTCGATTGCTCTCTTTC+CGG 0.313071 contig338end:-47515 None:intergenic
ATGACCCGTGTGGTAATAAT+TGG 0.314154 contig338end:+45411 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCACTTCCTAAGTTTCAAAA+TGG 0.316459 contig338end:+45239 MsG0080048503.01.T01:CDS
AATTTGCCTAATAGTTTATC+TGG 0.318946 contig338end:+44948 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCCAGCTTTGACTGATTTGA+AGG 0.319227 contig338end:+44902 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTTAGTGAAGAGAATATATT+GGG 0.322314 contig338end:+46097 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTTGGTGAGAACCGCGATTT+CGG 0.322645 contig338end:-46233 None:intergenic
GTATGGGATTGACTTGGATA+TGG 0.328842 contig338end:+47795 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTCCATTTCCCCTTTGTATA+CGG 0.330263 contig338end:-46137 None:intergenic
CTAGAGTCGGAACTAGATTT+GGG 0.333139 contig338end:-45734 None:intergenic
TTTCCAAGCAAGATATTTGA+TGG 0.333711 contig338end:-46493 None:intergenic
TAGCACCTCTTGTTGAGATT+TGG 0.336755 contig338end:+47743 MsG0080048503.01.T01:CDS
GCATTTGTTGGGATTGTGAT+AGG 0.340079 contig338end:+45794 MsG0080048503.01.T01:CDS
CAGCTATGGCGTGATTCTTA+TGG 0.340239 contig338end:+47483 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTTCAGGATCATTGCAGAAT+TGG 0.341956 contig338end:+47657 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAACAAAGATTGCAGTAAAA+AGG 0.343993 contig338end:+46164 MsG0080048503.01.T01:CDS
GACATCATTGAAACAAATTT+GGG 0.350181 contig338end:+45052 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTAGTTCTATACAGAACCTT+TGG 0.353008 contig338end:+44970 MsG0080048503.01.T01:CDS
CAACTTTGAGCAAGTTTAAG+AGG 0.361470 contig338end:-45380 None:intergenic
GTTTCGAATAATTTGTTGTA+TGG 0.365702 contig338end:+45620 MsG0080048503.01.T01:CDS
CCGTGTGGTAATAATTGGTT+AGG 0.366620 contig338end:+45416 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTAGTTCCGACTCTAGTTC+TGG 0.372732 contig338end:+45740 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAATGTGGAGGCTGGTAATA+TGG 0.373044 contig338end:+46036 MsG0080048503.01.T01:CDS
CAAGGTTCGACACAGGCATT+TGG 0.384106 contig338end:+46252 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAACAATTCTTAAGACTAGA+AGG 0.392101 contig338end:-44804 None:intergenic
AGTATACCGCCCCGGTCTCC+TGG 0.393678 contig338end:+47925 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAGTTCCTGCAAGTCTAGTC+TGG 0.396022 contig338end:-46582 None:intergenic
GGAATTTGCCACTGAGGAAA+AGG 0.397948 contig338end:-44783 None:intergenic
CTCTTAAACTTGCTCAAAGT+TGG 0.400152 contig338end:+45381 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGTTGAATATCTTCATGGTT+TGG 0.402072 contig338end:+46438 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCATTCCAGACTAGACTTGC+AGG 0.407405 contig338end:+46577 MsG0080048503.01.T01:CDS
CGCGCTAAAGTAGCTGACTT+TGG 0.408375 contig338end:+46523 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGTCTTTGAATACATGCCTC+AGG 0.415839 contig338end:+46318 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTGTCTTTCAATTCTCTTGA+AGG 0.416547 contig338end:+44924 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTGACAAACAATTATCTTCA+AGG 0.416938 contig338end:+45215 MsG0080048503.01.T01:CDS
AACGACGGCAGCAGAACTTC+CGG 0.426874 contig338end:-45972 None:intergenic
TGATCATGATTCGATAAATC+AGG 0.427689 contig338end:-45104 None:intergenic
CACATAACAAACACCACAAC+CGG 0.428409 contig338end:-45839 None:intergenic
TTGAGAGATAATCAGTTAAC+CGG 0.433566 contig338end:+45143 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAACTACCAGATAAACTATT+AGG 0.441440 contig338end:-44954 None:intergenic
AAACCATCAAATATCTTGCT+TGG 0.443780 contig338end:+46490 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGAGGTGTTGAATATCTTCA+TGG 0.449067 contig338end:+46433 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAACTAGATTTGGGGCTGTC+AGG 0.451635 contig338end:-45725 None:intergenic
AAAATAAGTGTTGCAGCATC+CGG 0.457377 contig338end:+45953 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACGGTCGAGTATACAATTTA+GGG 0.457942 contig338end:+47998 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
GCCTCATCAGCGTCCCGACA+TGG 0.460283 contig338end:+47702 MsG0080048503.01.T01:CDS
TAGTTCTATACAGAACCTTT+GGG 0.462045 contig338end:+44971 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGCACTCCATGGCTATTGCT+TGG 0.462770 contig338end:+46276 MsG0080048503.01.T01:CDS
CACCGTATACAAAGGGGAAA+TGG 0.464553 contig338end:+46135 MsG0080048503.01.T01:CDS
ATTCTTATGGAGATGATAAC+CGG 0.466137 contig338end:+47496 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGCATACTAGCAAGCTCCTT+AGG 0.466957 contig338end:-45578 None:intergenic
TGATGTACCACAATCGCATT+CGG 0.467880 contig338end:-45902 None:intergenic
TTGAGTGTTGGAGCATTTGT+TGG 0.470031 contig338end:+45782 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGACATCAACGAGGAAGGCT+TGG 0.473348 contig338end:+47630 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAGTAGGCTTTCCATTGCCT+TGG 0.474636 contig338end:+46402 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTTGACAATGATATTGATAG+AGG 0.476175 contig338end:+45269 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTTCTGGAGGTGAAGATAAG+AGG 0.478450 contig338end:+45756 MsG0080048503.01.T01:CDS
CATTATCGACTTTCAAAACA+AGG 0.478589 contig338end:+45466 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAATTAACAACTGTTAAACT+TGG 0.479134 contig338end:-45194 None:intergenic
TATGGGATTGACTTGGATAT+GGG 0.480309 contig338end:+47796 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTTGTTGAGATTTGGAAGC+CGG 0.480508 contig338end:+47750 MsG0080048503.01.T01:CDS
CCATACATGTCATCAGCATC+AGG 0.480761 contig338end:-47778 None:intergenic
AGAACATACACCTTGTTACA+TGG 0.483409 contig338end:+47551 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGTCTTTCAATTCTCTTGAA+GGG 0.489541 contig338end:+44925 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTAGTCAACATCTCTTTGAC+TGG 0.490862 contig338end:+46347 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTTAATTGGTGTACCGGTTG+TGG 0.491830 contig338end:+45826 MsG0080048503.01.T01:CDS
CCTGATGCTGATGACATGTA+TGG 0.491994 contig338end:+47778 MsG0080048503.01.T01:CDS
CGTCACTCTGGAGATGGAAA+TGG 0.492106 contig338end:+45926 MsG0080048503.01.T01:CDS
AATTTGATAGATGTGAGTAT+TGG 0.496139 contig338end:+44753 MsG0080048503.01.T01:CDS
ATCTATCAAATTACTCATGT+TGG 0.497209 contig338end:-44742 None:intergenic
GGAGATGTGGTTGTTAAAAC+CGG 0.497248 contig338end:+45662 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTCTTTGACTGGAAAGATGA+CGG 0.500036 contig338end:+46358 MsG0080048503.01.T01:CDS
GCCGTCGTTTCAGGAGGGAC+TGG 0.501039 contig338end:+45986 MsG0080048503.01.T01:CDS
CATTTGTTGGGATTGTGATA+GGG 0.503017 contig338end:+45795 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACCTTCAAATCAGTCAAAGC+TGG 0.503024 contig338end:-44903 None:intergenic
CTGAAATAGTTGGTGACAAT+GGG 0.506148 contig338end:+46194 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGACAAACAATTATCTTCAA+GGG 0.508174 contig338end:+45216 MsG0080048503.01.T01:CDS
ATCAGCAAATCCAGGAGACC+GGG 0.508468 contig338end:-47935 None:intergenic
TGTATGCTTAATTGGTGTAC+CGG 0.514019 contig338end:+45820 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTTTGACTGGAAAGATGAC+GGG 0.514727 contig338end:+46359 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCCAATATCAGGATTTCCAC+CGG 0.514771 contig338end:-45681 None:intergenic
GGTGTATGTTCTCGTCTGCT+TGG 0.516753 contig338end:-47540 None:intergenic
GAATTTGCCACTGAGGAAAA+GGG 0.522003 contig338end:-44782 None:intergenic
GATAAGAGGAAATTGAGTGT+TGG 0.524068 contig338end:+45770 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGTAAGTTGCAGAATCTTGA+AGG 0.526699 contig338end:+47835 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAGAGTAATAATAAACTCAA+TGG 0.526745 contig338end:+45005 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGTTTAAGAGGATAGCCAAA+AGG 0.526936 contig338end:-45368 None:intergenic
CGTGTGGTAATAATTGGTTA+GGG 0.527183 contig338end:+45417 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTCACTACGTATCCCATGTC+GGG 0.527282 contig338end:-47715 None:intergenic
TGAGTGTTGGAGCATTTGTT+GGG 0.527406 contig338end:+45783 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTGAAATAGTTGGTGACAA+TGG 0.528407 contig338end:+46193 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCATCAGCATCAGGTTTAGC+CGG 0.529883 contig338end:-47769 None:intergenic
AATCAGCAAATCCAGGAGAC+CGG 0.531443 contig338end:-47936 None:intergenic
AGGCATTTGGTTGCACTCCA+TGG 0.532211 contig338end:+46265 MsG0080048503.01.T01:CDS
GCTGTACACATCTAACTTTG+TGG 0.533858 contig338end:-47464 None:intergenic
GTCGTTTCAGGAGGGACTGG+TGG 0.534611 contig338end:+45989 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGTCAGATACCGTCGTTTCG+CGG 0.539140 contig338end:+45641 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCGTGCATCGGAAGATGTAA+AGG 0.539332 contig338end:-47959 None:intergenic
CATCATCGTCACTCTGGAGA+TGG 0.541336 contig338end:+45920 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACCGTCGTTTCGCGGAGATG+TGG 0.546312 contig338end:+45649 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAGTTAGATGTGTACAGCTA+TGG 0.548172 contig338end:+47469 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAACTTGCTCAAAGTTGGCA+AGG 0.550662 contig338end:+45386 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGGCAAGCCACTGCTGTGCA+AGG 0.550730 contig338end:+47677 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAAAGCAAAGCATTAACAAG+TGG 0.552038 contig338end:-45335 None:intergenic
TCTGCTGCCGTCGTTTCAGG+AGG 0.553366 contig338end:+45980 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAGGCTCCCTTGCACAGCAG+TGG 0.554742 contig338end:-47684 None:intergenic
CATTTCCCCTTTGTATACGG+TGG 0.555855 contig338end:-46134 None:intergenic
CTTGGAAGCGAAGTTAAAGA+TGG 0.557655 contig338end:-45176 None:intergenic
CCCATGTCGGGACGCTGATG+AGG 0.558129 contig338end:-47703 None:intergenic
GTAAAGGAATCAGCAAATCC+AGG 0.558420 contig338end:-47943 None:intergenic
GCATTAACAAGTGGACTACA+TGG 0.561963 contig338end:-45326 None:intergenic
TCAAACTCCGAATGCGATTG+TGG 0.562395 contig338end:+45895 MsG0080048503.01.T01:CDS
CGAAATCGCGGTTCTCACCA+AGG 0.562541 contig338end:+46234 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGTGTTCAAAATGTGGAGGC+TGG 0.566328 contig338end:+46028 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTGGTACATCATCGTCACTC+TGG 0.566914 contig338end:+45914 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACCAGTCCCTCCTGAAACGA+CGG 0.568023 contig338end:-45987 None:intergenic
TAACTTTGTGGTGACACGGC+CGG 0.569184 contig338end:-47452 None:intergenic
TGCAACTTACTCACAGCTTG+AGG 0.572134 contig338end:-47823 None:intergenic
TGATTCGATAAATCAGGTAT+CGG 0.573459 contig338end:-45098 None:intergenic
CATCTAACTTTGTGGTGACA+CGG 0.577740 contig338end:-47456 None:intergenic
TCTCACCGGTACTCTACCTA+AGG 0.577953 contig338end:+45562 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGCAAGCCACTGCTGTGCAA+GGG 0.579380 contig338end:+47678 MsG0080048503.01.T01:CDS
GTCTTTGAATACATGCCTCA+GGG 0.580713 contig338end:+46319 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGTTTCGTATTGTTCGTCGA+AGG 0.582525 contig338end:+47876 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACCACATCTCCGCGAAACGA+CGG 0.584955 contig338end:-45650 None:intergenic
GGCTTCCAAATCTCAACAAG+AGG 0.585038 contig338end:-47748 None:intergenic
AGGATGCAATCTGAAATAGT+TGG 0.585786 contig338end:+46184 MsG0080048503.01.T01:CDS
CAAATGCCTGTGTCGAACCT+TGG 0.587114 contig338end:-46251 None:intergenic
CTGCTGCCGTCGTTTCAGGA+GGG 0.587930 contig338end:+45981 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTGACAATGATATTGATAGA+GGG 0.591956 contig338end:+45270 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTAGTTCGACTTGCTCCAGA+AGG 0.592969 contig338end:+46547 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACGGGTTGAAACCACTCGGA+TGG 0.593635 contig338end:+46377 MsG0080048503.01.T01:CDS
ATTATCGACTTTCAAAACAA+GGG 0.596113 contig338end:+45467 MsG0080048503.01.T01:CDS
CGGTCGAGTATACAATTTAG+GGG 0.596614 contig338end:+47999 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
CCTCATCAGCGTCCCGACAT+GGG 0.599300 contig338end:+47703 MsG0080048503.01.T01:CDS
TATATGGCACCAGAGTATGC+AGG 0.599504 contig338end:+46610 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGAGTTCAAGTCCGAAATCG+CGG 0.599688 contig338end:+46222 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTAGCAACATCCAAGGCAA+TGG 0.601783 contig338end:-46413 None:intergenic
ATCGAGTAGTGTTCAAAATG+TGG 0.602049 contig338end:+46021 MsG0080048503.01.T01:CDS
GAAGAGAATATATTGGGCAA+AGG 0.602437 contig338end:+46103 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCTCAAAATTCATCGTGCAT+CGG 0.603163 contig338end:-47971 None:intergenic
ATGTGATTACCTGCATACTC+TGG 0.603451 contig338end:-46619 None:intergenic
TGACATGTATGGGATTGACT+TGG 0.603868 contig338end:+47789 MsG0080048503.01.T01:CDS
GCAATGGACATCAACGAGGA+AGG 0.606586 contig338end:+47625 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTTCGTCCAAGCAATAGCCA+TGG 0.607056 contig338end:-46282 None:intergenic
GAGAATATATTGGGCAAAGG+CGG 0.607190 contig338end:+46106 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGGAAATCCTGATATTGGAA+AGG 0.607686 contig338end:+45685 MsG0080048503.01.T01:CDS
ACATCTAGCACTTTCAGTTG+AGG 0.609109 contig338end:-45599 None:intergenic
CTTGCTAACAATAATCTCAC+CGG 0.611607 contig338end:+45548 MsG0080048503.01.T01:CDS
CCTAACCAATTATTACCACA+CGG 0.612126 contig338end:-45416 None:intergenic
GGAAGCGAAGTTAAAGATGG+TGG 0.614680 contig338end:-45173 None:intergenic
TACAAAGGGGAAATGGACGT+TGG 0.615341 contig338end:+46142 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAGCTCCTTAGGTAGAGTAC+CGG 0.615452 contig338end:-45567 None:intergenic
ATTCACTACGTATCCCATGT+CGG 0.616033 contig338end:-47716 None:intergenic
ATTGCCTTGGATGTTGCTAG+AGG 0.617231 contig338end:+46415 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTGATGCTGATGACATGTAT+GGG 0.618096 contig338end:+47779 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTCACCTCCAGAACTAGAGT+CGG 0.618411 contig338end:-45747 None:intergenic
GATGTGGTTGTTAAAACCGG+TGG 0.624986 contig338end:+45665 MsG0080048503.01.T01:CDS
AAAGGTCATTGATCCAGCAA+TGG 0.625660 contig338end:+47609 MsG0080048503.01.T01:CDS
TCAGCAAATCCAGGAGACCG+GGG 0.638997 contig338end:-47934 None:intergenic
TTCTCACCAAGGTTCGACAC+AGG 0.646168 contig338end:+46245 MsG0080048503.01.T01:CDS
GGGCTGTCAGGTGAGTCACG+AGG 0.649109 contig338end:-45713 None:intergenic
AACACCTCTAGCAACATCCA+AGG 0.655080 contig338end:-46419 None:intergenic
ATTTAGGGGATTTAGATTAG+GGG 0.655819 contig338end:+48013 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR
TAAAGATGGTGGAACAACAC+CGG 0.656152 contig338end:-45162 None:intergenic
GTGTGGTAATAATTGGTTAG+GGG 0.656319 contig338end:+45418 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTAGAAGGAATTTGCCACTG+AGG 0.656828 contig338end:-44789 None:intergenic
CACAGTCGAGTATACCGCCC+CGG 0.658738 contig338end:+47917 MsG0080048503.01.T01:CDS
AACCACTCGGATGGAAGAGT+AGG 0.659477 contig338end:+46386 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTCTGCGGAACCATGTAACA+AGG 0.661028 contig338end:-47561 None:intergenic
TAGAGTCGGAACTAGATTTG+GGG 0.663530 contig338end:-45733 None:intergenic
AGCCTACTCTTCCATCCGAG+TGG 0.663877 contig338end:-46388 None:intergenic
ATGTTGGTGAAGAAATCACT+TGG 0.669889 contig338end:-44726 None:intergenic
GAGTAGTGTTCAAAATGTGG+AGG 0.675324 contig338end:+46024 MsG0080048503.01.T01:CDS
AGTTCCGACTCTAGTTCTGG+AGG 0.678369 contig338end:+45743 MsG0080048503.01.T01:CDS
CTAACCAATTATTACCACAC+GGG 0.702051 contig338end:-45415 None:intergenic
TCCAGCAATGGACATCAACG+AGG 0.720271 contig338end:+47621 MsG0080048503.01.T01:CDS
GCAAATCCAGGAGACCGGGG+CGG 0.720841 contig338end:-47931 None:intergenic
GATGACGGGTTGAAACCACT+CGG 0.723976 contig338end:+46373 MsG0080048503.01.T01:CDS
TTGATGGTTTCAGATCCCTG+TGG 0.730433 contig338end:-46477 None:intergenic
TGGCAAGGTAATGACCCGTG+TGG 0.757669 contig338end:+45401 MsG0080048503.01.T01:CDS
TGTTGACTAAGAGTTCCCTG+AGG 0.826509 contig338end:-46334 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATTGAAATTTGATTATA+AGG + contig338end:46950-46969 MsG0080048503.01.T01:intron 10.0%
!! ACTTAAAACTAAATATCAAT+CGG - contig338end:47256-47275 None:intergenic 15.0%
!!! ATTTTCAAAAGTTTAAACAA+GGG - contig338end:46915-46934 None:intergenic 15.0%
!!! TATTTTCAAAAGTTTAAACA+AGG - contig338end:46916-46935 None:intergenic 15.0%
!! AAATTAACAACTGTTAAACT+TGG - contig338end:45197-45216 None:intergenic 20.0%
!! AAGAGTAATAATAAACTCAA+TGG + contig338end:45005-45024 MsG0080048503.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTGCATAAAAATCTCTATA+TGG + contig338end:47121-47140 MsG0080048503.01.T01:intron 20.0%
!! TTTAGTGAAGAGAATATATT+GGG + contig338end:46097-46116 MsG0080048503.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTAGTGAAGAGAATATAT+TGG + contig338end:46096-46115 MsG0080048503.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTAATTCCTAAACAAAC+AGG + contig338end:47178-47197 MsG0080048503.01.T01:intron 20.0%
! AAACAATTCTTAAGACTAGA+AGG - contig338end:44807-44826 None:intergenic 25.0%
! AATTTAGGGGATTTAGATTA+GGG + contig338end:48012-48031 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! AATTTGATAGATGTGAGTAT+TGG + contig338end:44753-44772 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! AATTTGCCTAATAGTTTATC+TGG + contig338end:44948-44967 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! AGTTGATTAGAAAGAATACT+TGG + contig338end:47273-47292 MsG0080048503.01.T01:intron 25.0%
! ATCTATCAAATTACTCATGT+TGG - contig338end:44745-44764 None:intergenic 25.0%
! GACATCATTGAAACAAATTT+GGG + contig338end:45052-45071 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! GTTGCACATATTAATTATCT+AGG + contig338end:46685-46704 MsG0080048503.01.T01:intron 25.0%
! TATAGCAGAAAAATTCTGAA+GGG - contig338end:44832-44851 None:intergenic 25.0%
! TGACAAACAATTATCTTCAA+GGG + contig338end:45216-45235 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! TGACATCATTGAAACAAATT+TGG + contig338end:45051-45070 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! TTATAGCAGAAAAATTCTGA+AGG - contig338end:44833-44852 None:intergenic 25.0%
! TTGACAAACAATTATCTTCA+AGG + contig338end:45215-45234 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
! TTGACAATGATATTGATAGA+GGG + contig338end:45270-45289 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTGTTCAGTATAATTCTG+CGG - contig338end:47579-47598 None:intergenic 25.0%
!!! ATTATCGACTTTCAAAACAA+GGG + contig338end:45467-45486 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTCTTTTCTAAAGAATTCA+GGG - contig338end:44878-44897 None:intergenic 25.0%
!!! GTTTCGAATAATTTGTTGTA+TGG + contig338end:45620-45639 MsG0080048503.01.T01:CDS 25.0%
AAACCATCAAATATCTTGCT+TGG + contig338end:46490-46509 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
AAACTACACATGTACTGTAT+TGG - contig338end:46818-46837 None:intergenic 30.0%
AAATTGGCTGTAGATGATAA+GGG - contig338end:47204-47223 None:intergenic 30.0%
ACAATCTTAATGAGTGTGAT+AGG + contig338end:47001-47020 MsG0080048503.01.T01:intron 30.0%
ACATGTACTGTAAAGTAGAA+AGG - contig338end:46849-46868 None:intergenic 30.0%
AGAAGAATTACCAATATGCT+AGG - contig338end:47379-47398 None:intergenic 30.0%
ATAGGGATTGTATGCTTAAT+TGG + contig338end:45812-45831 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
ATTCTTATGGAGATGATAAC+CGG + contig338end:47496-47515 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
ATTTAGGGGATTTAGATTAG+GGG + contig338end:48013-48032 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CAATTTAGGGGATTTAGATT+AGG + contig338end:48011-48030 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
GAACAAAGATTGCAGTAAAA+AGG + contig338end:46164-46183 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
GAACTACCAGATAAACTATT+AGG - contig338end:44957-44976 None:intergenic 30.0%
GACATTTCAACCTACTTTAA+GGG + contig338end:46873-46892 MsG0080048503.01.T01:intron 30.0%
GTTGACAATGATATTGATAG+AGG + contig338end:45269-45288 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
TCACTTCCTAAGTTTCAAAA+TGG + contig338end:45239-45258 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
TGACATTTCAACCTACTTTA+AGG + contig338end:46872-46891 MsG0080048503.01.T01:intron 30.0%
TGATCATGATTCGATAAATC+AGG - contig338end:45107-45126 None:intergenic 30.0%
TGATTCGATAAATCAGGTAT+CGG - contig338end:45101-45120 None:intergenic 30.0%
TGTCTTTCAATTCTCTTGAA+GGG + contig338end:44925-44944 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
TGTTGAATATCTTCATGGTT+TGG + contig338end:46438-46457 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
TTGAGAGATAATCAGTTAAC+CGG + contig338end:45143-45162 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
TTTCCAAGCAAGATATTTGA+TGG - contig338end:46496-46515 None:intergenic 30.0%
! ACAACAAATTTTCATCCACA+GGG + contig338end:46462-46481 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
! GATTAATAGCTTTTGCACTA+AGG + contig338end:45292-45311 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
! TAGTTCTATACAGAACCTTT+GGG + contig338end:44971-44990 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
! TTGAAACAAATTTGGGTTCA+TGG + contig338end:45059-45078 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
! TTTCAAAACAAGGGTTTTAC+TGG + contig338end:45476-45495 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
!! CATTATCGACTTTCAAAACA+AGG + contig338end:45466-45485 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
!! CGATGAATTTTGAGAATACA+CGG + contig338end:47979-47998 MsG0080048503.01.T01:exon 30.0%
!! GCTTCTTTTCTAAAGAATTC+AGG - contig338end:44879-44898 None:intergenic 30.0%
!!! CTTGTTTTGAAAGTCGATAA+TGG - contig338end:45468-45487 None:intergenic 30.0%
!!! GCTATAAATGCTAGTTTTGT+TGG + contig338end:44846-44865 MsG0080048503.01.T01:CDS 30.0%
AAGTTAGATGTGTACAGCTA+TGG + contig338end:47469-47488 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
ACATCACAAGGTATGCAAAT+TGG - contig338end:47220-47239 None:intergenic 35.0%
ACGGTCGAGTATACAATTTA+GGG + contig338end:47998-48017 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
AGAACATACACCTTGTTACA+TGG + contig338end:47551-47570 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
AGTAAGTTGCAGAATCTTGA+AGG + contig338end:47835-47854 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
AGTTTAAGAGGATAGCCAAA+AGG - contig338end:45371-45390 None:intergenic 35.0%
ATACAGAACCTTTGGGTAAA+TGG + contig338end:44978-44997 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
ATCGAGTAGTGTTCAAAATG+TGG + contig338end:46021-46040 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
ATTTCCCTAACACGTTAAAC+TGG + contig338end:47411-47430 MsG0080048503.01.T01:intron 35.0%
CAAATTGGCTGTAGATGATA+AGG - contig338end:47205-47224 None:intergenic 35.0%
CAACTTTGAGCAAGTTTAAG+AGG - contig338end:45383-45402 None:intergenic 35.0%
CATACCAGTTTAACGTGTTA+GGG - contig338end:47418-47437 None:intergenic 35.0%
CATTCATCTGACACAAAAGT+AGG - contig338end:46713-46732 None:intergenic 35.0%
CCTAACCAATTATTACCACA+CGG - contig338end:45419-45438 None:intergenic 35.0%
CGTGTGGTAATAATTGGTTA+GGG + contig338end:45417-45436 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
CTAACCAATTATTACCACAC+GGG - contig338end:45418-45437 None:intergenic 35.0%
CTTGCTAACAATAATCTCAC+CGG + contig338end:45548-45567 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GAACAAAAACTCGTTCGAAA+AGG + contig338end:47591-47610 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GAACCAAGACTTGCAAAATT+AGG - contig338end:45512-45531 None:intergenic 35.0%
GAAGAGAATATATTGGGCAA+AGG + contig338end:46103-46122 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GATAAGAGGAAATTGAGTGT+TGG + contig338end:45770-45789 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GGTTTATCCTTTCCAATATC+AGG - contig338end:45695-45714 None:intergenic 35.0%
GTGTCTTTCAATTCTCTTGA+AGG + contig338end:44924-44943 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GTGTGGTAATAATTGGTTAG+GGG + contig338end:45418-45437 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
GTTCATGGTAATTCGTTTAC+TGG + contig338end:45074-45093 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
TCATACCAGTTTAACGTGTT+AGG - contig338end:47419-47438 None:intergenic 35.0%
TCTCAAAATTCATCGTGCAT+CGG - contig338end:47974-47993 None:intergenic 35.0%
TGGAAATCCTGATATTGGAA+AGG + contig338end:45685-45704 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
TGTATGCTTAATTGGTGTAC+CGG + contig338end:45820-45839 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
TTAGTCAACATCTCTTTGAC+TGG + contig338end:46347-46366 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
TTTCAGGATCATTGCAGAAT+TGG + contig338end:47657-47676 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
TTTCGCAACATTCTCGAATA+GGG + contig338end:46770-46789 MsG0080048503.01.T01:intron 35.0%
! AAAATAAGTGTTGCAGCATC+CGG + contig338end:45953-45972 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! ACATTTTGAACACTACTCGA+TGG - contig338end:46022-46041 None:intergenic 35.0%
! AGGATGCAATCTGAAATAGT+TGG + contig338end:46184-46203 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! ATGTTGGTGAAGAAATCACT+TGG - contig338end:44729-44748 None:intergenic 35.0%
! ATTTCAACCTACTTTAAGGG+AGG + contig338end:46876-46895 MsG0080048503.01.T01:intron 35.0%
! CACAACAAATTTTCATCCAC+AGG + contig338end:46461-46480 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! CATTTGTTGGGATTGTGATA+GGG + contig338end:45795-45814 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! CTCTTAAACTTGCTCAAAGT+TGG + contig338end:45381-45400 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! CTTTCTGTTGTTGAACCTTT+TGG + contig338end:45353-45372 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! GAAAGCAAAGCATTAACAAG+TGG - contig338end:45338-45357 None:intergenic 35.0%
! GTAGTTCTATACAGAACCTT+TGG + contig338end:44970-44989 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! TCTCCTAATTTTGCAAGTCT+TGG + contig338end:45506-45525 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! TCTTTTGACCATTTACCCAA+AGG - contig338end:44989-45008 None:intergenic 35.0%
! TGCAGGAACTTTTGGATATA+TGG + contig338end:46594-46613 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTCGCAACATTCTCGAAT+AGG + contig338end:46769-46788 MsG0080048503.01.T01:intron 35.0%
!! AGAGGTGTTGAATATCTTCA+TGG + contig338end:46433-46452 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
!! CTGAAATAGTTGGTGACAAT+GGG + contig338end:46194-46213 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
!! TATGGGATTGACTTGGATAT+GGG + contig338end:47796-47815 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
!! TCTGAAATAGTTGGTGACAA+TGG + contig338end:46193-46212 MsG0080048503.01.T01:CDS 35.0%
!!! CACGCTTATTTTGTCTTCTA+CGG - contig338end:45865-45884 None:intergenic 35.0%
!!! CGAACACCATTTTGAAACTT+AGG - contig338end:45248-45267 None:intergenic 35.0%
AAAGGTCATTGATCCAGCAA+TGG + contig338end:47609-47628 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
AAATGTGGAGGCTGGTAATA+TGG + contig338end:46036-46055 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
AATATCAATCGGCGAAGTAG+AGG - contig338end:47245-47264 None:intergenic 40.0%
ACATCTAGCACTTTCAGTTG+AGG - contig338end:45602-45621 None:intergenic 40.0%
ACCTTCAAATCAGTCAAAGC+TGG - contig338end:44906-44925 None:intergenic 40.0%
ACTAGAGTCGGAACTAGATT+TGG - contig338end:45738-45757 None:intergenic 40.0%
AGTTGCTACACATAGATACG+GGG - contig338end:47351-47370 None:intergenic 40.0%
ATATCAATCGGCGAAGTAGA+GGG - contig338end:47244-47263 None:intergenic 40.0%
ATGACCCGTGTGGTAATAAT+TGG + contig338end:45411-45430 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
ATGTGATTACCTGCATACTC+TGG - contig338end:46622-46641 None:intergenic 40.0%
ATTCACTACGTATCCCATGT+CGG - contig338end:47719-47738 None:intergenic 40.0%
CACATAACAAACACCACAAC+CGG - contig338end:45842-45861 None:intergenic 40.0%
CACGGTCGAGTATACAATTT+AGG + contig338end:47997-48016 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
CAGTTGCTACACATAGATAC+GGG - contig338end:47352-47371 None:intergenic 40.0%
CATCTAACTTTGTGGTGACA+CGG - contig338end:47459-47478 None:intergenic 40.0%
CCAGTTGCTACACATAGATA+CGG - contig338end:47353-47372 None:intergenic 40.0%
CCGTGTGGTAATAATTGGTT+AGG + contig338end:45416-45435 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
CGGTCGAGTATACAATTTAG+GGG + contig338end:47999-48018 MsG0080048503.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
CTAGAGTCGGAACTAGATTT+GGG - contig338end:45737-45756 None:intergenic 40.0%
CTCTTTGACTGGAAAGATGA+CGG + contig338end:46358-46377 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
CTGATGCTGATGACATGTAT+GGG + contig338end:47779-47798 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGAAGCGAAGTTAAAGA+TGG - contig338end:45179-45198 None:intergenic 40.0%
GAATTTGCCACTGAGGAAAA+GGG - contig338end:44785-44804 None:intergenic 40.0%
GAGAATATATTGGGCAAAGG+CGG + contig338end:46106-46125 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
GAGTAGTGTTCAAAATGTGG+AGG + contig338end:46024-46043 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
GCTGTACACATCTAACTTTG+TGG - contig338end:47467-47486 None:intergenic 40.0%
GGAGATGTGGTTGTTAAAAC+CGG + contig338end:45662-45681 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
GTAAAGGAATCAGCAAATCC+AGG - contig338end:47946-47965 None:intergenic 40.0%
GTATGATATGTCACAGTCAC+CGG + contig338end:47433-47452 MsG0080048503.01.T01:intron 40.0%
GTCCATTTCCCCTTTGTATA+CGG - contig338end:46140-46159 None:intergenic 40.0%
GTCTTTGAATACATGCCTCA+GGG + contig338end:46319-46338 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TAGAGTCGGAACTAGATTTG+GGG - contig338end:45736-45755 None:intergenic 40.0%
TAGCACCTCTTGTTGAGATT+TGG + contig338end:47743-47762 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TCCAATATCAGGATTTCCAC+CGG - contig338end:45684-45703 None:intergenic 40.0%
TCTTGTTGAGATTTGGAAGC+CGG + contig338end:47750-47769 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TCTTTGACTGGAAAGATGAC+GGG + contig338end:46359-46378 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TGACATGTATGGGATTGACT+TGG + contig338end:47789-47808 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TGATAAGGGCCTGTTTGTTT+AGG - contig338end:47190-47209 None:intergenic 40.0%
TGATGTACCACAATCGCATT+CGG - contig338end:45905-45924 None:intergenic 40.0%
TGTCTTTGAATACATGCCTC+AGG + contig338end:46318-46337 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
TGTTTCGTATTGTTCGTCGA+AGG + contig338end:47876-47895 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! AAACTTGCTCAAAGTTGGCA+AGG + contig338end:45386-45405 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! ACTAGACTTGCAGGAACTTT+TGG + contig338end:46586-46605 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! AGCTTTTGCACTAAGGTTGT+TGG + contig338end:45299-45318 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! GCATTTGTTGGGATTGTGAT+AGG + contig338end:45794-45813 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! GTTATAACCCTTTTCCTCAG+TGG + contig338end:44775-44794 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTTGCCACCGTATACAAA+GGG + contig338end:46128-46147 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
! TGGAATGAAGCTTTTCCTTC+TGG - contig338end:46565-46584 None:intergenic 40.0%
! TTTTGCCACCGTATACAAAG+GGG + contig338end:46129-46148 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
!! GCATTAACAAGTGGACTACA+TGG - contig338end:45329-45348 None:intergenic 40.0%
!! GTATGGGATTGACTTGGATA+TGG + contig338end:47795-47814 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
!! TAAAGATGGTGGAACAACAC+CGG - contig338end:45165-45184 None:intergenic 40.0%
!! TCCAGCTTTGACTGATTTGA+AGG + contig338end:44902-44921 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
!! TGAGTGTTGGAGCATTTGTT+GGG + contig338end:45783-45802 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGAGTGTTGGAGCATTTGT+TGG + contig338end:45782-45801 MsG0080048503.01.T01:CDS 40.0%
AACACCTCTAGCAACATCCA+AGG - contig338end:46422-46441 None:intergenic 45.0%
AAGCTCCTTAGGTAGAGTAC+CGG - contig338end:45570-45589 None:intergenic 45.0%
AAGTTCCTGCAAGTCTAGTC+TGG - contig338end:46585-46604 None:intergenic 45.0%
AATCAGCAAATCCAGGAGAC+CGG - contig338end:47939-47958 None:intergenic 45.0%
ACCGGTGGAAATCCTGATAT+TGG + contig338end:45680-45699 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
AGTGTTCAAAATGTGGAGGC+TGG + contig338end:46028-46047 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
ATTGCCTTGGATGTTGCTAG+AGG + contig338end:46415-46434 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
CAACTGGCATCCTAGCATAT+TGG + contig338end:47366-47385 MsG0080048503.01.T01:intron 45.0%
CACCGTATACAAAGGGGAAA+TGG + contig338end:46135-46154 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
CAGCTATGGCGTGATTCTTA+TGG + contig338end:47483-47502 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
CATTTCCCCTTTGTATACGG+TGG - contig338end:46137-46156 None:intergenic 45.0%
CCATACATGTCATCAGCATC+AGG - contig338end:47781-47800 None:intergenic 45.0%
CCGTATCTATGTGTAGCAAC+TGG + contig338end:47350-47369 MsG0080048503.01.T01:intron 45.0%
CCTGATGCTGATGACATGTA+TGG + contig338end:47778-47797 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
CTAGAAGGAATTTGCCACTG+AGG - contig338end:44792-44811 None:intergenic 45.0%
GAAGTAGAGGGAACATCACA+AGG - contig338end:47232-47251 None:intergenic 45.0%
GATGTGGTTGTTAAAACCGG+TGG + contig338end:45665-45684 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
GGAAGCGAAGTTAAAGATGG+TGG - contig338end:45176-45195 None:intergenic 45.0%
GGAATTTGCCACTGAGGAAA+AGG - contig338end:44786-44805 None:intergenic 45.0%
GGCTTCCAAATCTCAACAAG+AGG - contig338end:47751-47770 None:intergenic 45.0%
TACAAAGGGGAAATGGACGT+TGG + contig338end:46142-46161 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
TATATGGCACCAGAGTATGC+AGG + contig338end:46610-46629 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
TCAAACTCCGAATGCGATTG+TGG + contig338end:45895-45914 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
TCATCAGCATCAGGTTTAGC+CGG - contig338end:47772-47791 None:intergenic 45.0%
TCATTCCAGACTAGACTTGC+AGG + contig338end:46577-46596 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
TCGTGCATCGGAAGATGTAA+AGG - contig338end:47962-47981 None:intergenic 45.0%
TCTAGCAACATCCAAGGCAA+TGG - contig338end:46416-46435 None:intergenic 45.0%
TGAGTTCAAGTCCGAAATCG+CGG + contig338end:46222-46241 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
TGCAACTTACTCACAGCTTG+AGG - contig338end:47826-47845 None:intergenic 45.0%
TTCACCTCCAGAACTAGAGT+CGG - contig338end:45750-45769 None:intergenic 45.0%
TTCACTACGTATCCCATGTC+GGG - contig338end:47718-47737 None:intergenic 45.0%
TTCTGCGGAACCATGTAACA+AGG - contig338end:47564-47583 None:intergenic 45.0%
TTTCGTCCAAGCAATAGCCA+TGG - contig338end:46285-46304 None:intergenic 45.0%
! GCATTGACCTCCCTTAAAGT+AGG - contig338end:46886-46905 None:intergenic 45.0%
! GGTTTTGCCACCGTATACAA+AGG + contig338end:46127-46146 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
! GTTGTCGATTGCTCTCTTTC+CGG - contig338end:47518-47537 None:intergenic 45.0%
! TCTAGTTCCGACTCTAGTTC+TGG + contig338end:45740-45759 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
! TGTTGACTAAGAGTTCCCTG+AGG - contig338end:46337-46356 None:intergenic 45.0%
! TTAGTTCGACTTGCTCCAGA+AGG + contig338end:46547-46566 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
! TTGATGGTTTCAGATCCCTG+TGG - contig338end:46480-46499 None:intergenic 45.0%
!! CTTAATTGGTGTACCGGTTG+TGG + contig338end:45826-45845 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTCTGGAGGTGAAGATAAG+AGG + contig338end:45756-45775 MsG0080048503.01.T01:CDS 45.0%
AACCACTCGGATGGAAGAGT+AGG + contig338end:46386-46405 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
AGGAAGGCTTGGAGAGTTTC+AGG + contig338end:47641-47660 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
AGGCATTTGGTTGCACTCCA+TGG + contig338end:46265-46284 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
ATCAGCAAATCCAGGAGACC+GGG - contig338end:47938-47957 None:intergenic 50.0%
CAAATGCCTGTGTCGAACCT+TGG - contig338end:46254-46273 None:intergenic 50.0%
CAAGGTTCGACACAGGCATT+TGG + contig338end:46252-46271 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
CTACACATAGATACGGGGCA+TGG - contig338end:47346-47365 None:intergenic 50.0%
CTTGGTGAGAACCGCGATTT+CGG - contig338end:46236-46255 None:intergenic 50.0%
GAGTAGGCTTTCCATTGCCT+TGG + contig338end:46402-46421 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
GCAATGGACATCAACGAGGA+AGG + contig338end:47625-47644 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
GGCATACTAGCAAGCTCCTT+AGG - contig338end:45581-45600 None:intergenic 50.0%
GGTGTATGTTCTCGTCTGCT+TGG - contig338end:47543-47562 None:intergenic 50.0%
GTGGTACATCATCGTCACTC+TGG + contig338end:45914-45933 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
TAACTTTGTGGTGACACGGC+CGG - contig338end:47455-47474 None:intergenic 50.0%
TCCAGCAATGGACATCAACG+AGG + contig338end:47621-47640 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
TCCTCGTTGATGTCCATTGC+TGG - contig338end:47625-47644 None:intergenic 50.0%
TCTCACCGGTACTCTACCTA+AGG + contig338end:45562-45581 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
TGCACTCCATGGCTATTGCT+TGG + contig338end:46276-46295 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
TTCTCACCAAGGTTCGACAC+AGG + contig338end:46245-46264 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
! CATCATCGTCACTCTGGAGA+TGG + contig338end:45920-45939 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
! CGCGCTAAAGTAGCTGACTT+TGG + contig338end:46523-46542 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
! CGTCACTCTGGAGATGGAAA+TGG + contig338end:45926-45945 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
! GAACTAGATTTGGGGCTGTC+AGG - contig338end:45728-45747 None:intergenic 50.0%
!! AGTTCCGACTCTAGTTCTGG+AGG + contig338end:45743-45762 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
!! GATGACGGGTTGAAACCACT+CGG + contig338end:46373-46392 MsG0080048503.01.T01:CDS 50.0%
AACGACGGCAGCAGAACTTC+CGG - contig338end:45975-45994 None:intergenic 55.0%
ACCACATCTCCGCGAAACGA+CGG - contig338end:45653-45672 None:intergenic 55.0%
ACCAGTCCCTCCTGAAACGA+CGG - contig338end:45990-46009 None:intergenic 55.0%
AGCCTACTCTTCCATCCGAG+TGG - contig338end:46391-46410 None:intergenic 55.0%
AGTTCTGCTGCCGTCGTTTC+AGG + contig338end:45977-45996 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
CGAAATCGCGGTTCTCACCA+AGG + contig338end:46234-46253 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
GGACATCAACGAGGAAGGCT+TGG + contig338end:47630-47649 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
GGTCAGATACCGTCGTTTCG+CGG + contig338end:45641-45660 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
TCAGCAAATCCAGGAGACCG+GGG - contig338end:47937-47956 None:intergenic 55.0%
TGGCAAGGTAATGACCCGTG+TGG + contig338end:45401-45420 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
! ACGGGTTGAAACCACTCGGA+TGG + contig338end:46377-46396 MsG0080048503.01.T01:CDS 55.0%
ACCGTCGTTTCGCGGAGATG+TGG + contig338end:45649-45668 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
CACAGTCGAGTATACCGCCC+CGG + contig338end:47917-47936 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
CCTCATCAGCGTCCCGACAT+GGG + contig338end:47703-47722 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
CTGCTGCCGTCGTTTCAGGA+GGG + contig338end:45981-46000 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
GGCAAGCCACTGCTGTGCAA+GGG + contig338end:47678-47697 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
GTCGTTTCAGGAGGGACTGG+TGG + contig338end:45989-46008 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
TCTGCTGCCGTCGTTTCAGG+AGG + contig338end:45980-45999 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
TGGCAAGCCACTGCTGTGCA+AGG + contig338end:47677-47696 MsG0080048503.01.T01:CDS 60.0%
AGTATACCGCCCCGGTCTCC+TGG + contig338end:47925-47944 MsG0080048503.01.T01:CDS 65.0%
CCCATGTCGGGACGCTGATG+AGG - contig338end:47706-47725 None:intergenic 65.0%
GAGGCTCCCTTGCACAGCAG+TGG - contig338end:47687-47706 None:intergenic 65.0%
GCAAATCCAGGAGACCGGGG+CGG - contig338end:47934-47953 None:intergenic 65.0%
GCCGTCGTTTCAGGAGGGAC+TGG + contig338end:45986-46005 MsG0080048503.01.T01:CDS 65.0%
GCCTCATCAGCGTCCCGACA+TGG + contig338end:47702-47721 MsG0080048503.01.T01:CDS 65.0%
GGGCTGTCAGGTGAGTCACG+AGG - contig338end:45716-45735 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig338end gene 44723 48079 44723 ID=MsG0080048503.01;Name=MsG0080048503.01
contig338end mRNA 44723 48079 44723 ID=MsG0080048503.01.T01;Parent=MsG0080048503.01;Name=MsG0080048503.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|1|0.5|1|1|1|2|95|814
contig338end exon 47449 48079 47449 ID=MsG0080048503.01.T01:exon:2809;Parent=MsG0080048503.01.T01
contig338end exon 44723 46631 44723 ID=MsG0080048503.01.T01:exon:2808;Parent=MsG0080048503.01.T01
contig338end CDS 44723 46631 44723 ID=MsG0080048503.01.T01:cds;Parent=MsG0080048503.01.T01
contig338end CDS 47449 47984 47449 ID=MsG0080048503.01.T01:cds;Parent=MsG0080048503.01.T01
contig338end three_prime_UTR 47985 48079 47985 ID=MsG0080048503.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0080048503.01.T01
Gene Sequence

>MsG0080048503.01.T01

ATGCCAAGTGATTTCTTCACCAACATGAGTAATTTGATAGATGTGAGTATTGGTTATAACCCTTTTCCTCAGTGGCAAATTCCTTCTAGTCTTAAGAATTGTTTAGCCCTTCAGAATTTTTCTGCTATAAATGCTAGTTTTGTTGGTATAATCCCTGAATTCTTTAGAAAAGAAGCTTTTCCAGCTTTGACTGATTTGAAGGTGTCTTTCAATTCTCTTGAAGGGAATTTGCCTAATAGTTTATCTGGTAGTTCTATACAGAACCTTTGGGTAAATGGTCAAAAGAGTAATAATAAACTCAATGGCACACTTTCTGTTTTGCAAAATATGACATCATTGAAACAAATTTGGGTTCATGGTAATTCGTTTACTGGTCCGATACCTGATTTATCGAATCATGATCAGTTGTTTGATGTTAGTTTGAGAGATAATCAGTTAACCGGTGTTGTTCCACCATCTTTAACTTCGCTTCCAAGTTTAACAGTTGTTAATTTGACAAACAATTATCTTCAAGGGTCACTTCCTAAGTTTCAAAATGGTGTTCGTGTTGACAATGATATTGATAGAGGGATTAATAGCTTTTGCACTAAGGTTGTTGGTCAACCATGTAGTCCACTTGTTAATGCTTTGCTTTCTGTTGTTGAACCTTTTGGCTATCCTCTTAAACTTGCTCAAAGTTGGCAAGGTAATGACCCGTGTGGTAATAATTGGTTAGGGGTTGTTTGTTCTAGTGACAACATTACCATTATCGACTTTCAAAACAAGGGTTTTACTGGCAGTATATCTCCTAATTTTGCAAGTCTTGGTTCTTTGACGAAGTTGCTTCTTGCTAACAATAATCTCACCGGTACTCTACCTAAGGAGCTTGCTAGTATGCCTCAACTGAAAGTGCTAGATGTTTCGAATAATTTGTTGTATGGTCAGATACCGTCGTTTCGCGGAGATGTGGTTGTTAAAACCGGTGGAAATCCTGATATTGGAAAGGATAAACCTCGTGACTCACCTGACAGCCCCAAATCTAGTTCCGACTCTAGTTCTGGAGGTGAAGATAAGAGGAAATTGAGTGTTGGAGCATTTGTTGGGATTGTGATAGGGATTGTATGCTTAATTGGTGTACCGGTTGTGGTGTTTGTTATGTGCCGTAGAAGACAAAATAAGCGTGATGACAAAGTTCAAACTCCGAATGCGATTGTGGTACATCATCGTCACTCTGGAGATGGAAATGGTGTGAAAATAAGTGTTGCAGCATCCGGAAGTTCTGCTGCCGTCGTTTCAGGAGGGACTGGTGGATTTAGTCCATCGAGTAGTGTTCAAAATGTGGAGGCTGGTAATATGGTGATTTCGATTCAAGTTTTGAGAGAAGTTACAAACAATTTTAGTGAAGAGAATATATTGGGCAAAGGCGGTTTTGCCACCGTATACAAAGGGGAAATGGACGTTGGAACAAAGATTGCAGTAAAAAGGATGCAATCTGAAATAGTTGGTGACAATGGGTTGAATGAGTTCAAGTCCGAAATCGCGGTTCTCACCAAGGTTCGACACAGGCATTTGGTTGCACTCCATGGCTATTGCTTGGACGAAAATGAGAAACTTCTTGTCTTTGAATACATGCCTCAGGGAACTCTTAGTCAACATCTCTTTGACTGGAAAGATGACGGGTTGAAACCACTCGGATGGAAGAGTAGGCTTTCCATTGCCTTGGATGTTGCTAGAGGTGTTGAATATCTTCATGGTTTGGCACAACAAATTTTCATCCACAGGGATCTGAAACCATCAAATATCTTGCTTGGAAATGATATGCGCGCTAAAGTAGCTGACTTTGGATTAGTTCGACTTGCTCCAGAAGGAAAAGCTTCATTCCAGACTAGACTTGCAGGAACTTTTGGATATATGGCACCAGAGTATGCAGTCACCGGCCGTGTCACCACAAAGTTAGATGTGTACAGCTATGGCGTGATTCTTATGGAGATGATAACCGGAAAGAGAGCAATCGACAACAACCAAGCAGACGAGAACATACACCTTGTTACATGGTTCCGCAGAATTATACTGAACAAAAACTCGTTCGAAAAGGTCATTGATCCAGCAATGGACATCAACGAGGAAGGCTTGGAGAGTTTCAGGATCATTGCAGAATTGGCAAGCCACTGCTGTGCAAGGGAGCCTCATCAGCGTCCCGACATGGGATACGTAGTGAATGTGTTAGCACCTCTTGTTGAGATTTGGAAGCCGGCTAAACCTGATGCTGATGACATGTATGGGATTGACTTGGATATGGGTTTGCCTCAAGCTGTGAGTAAGTTGCAGAATCTTGAAGGAATGAGCAACACACTCGATGTTTCGTATTGTTCGTCGAAGGCTGCAAGTTATGAGAATACACAGTCGAGTATACCGCCCCGGTCTCCTGGATTTGCTGATTCCTTTACATCTTCCGATGCACGATGA
Protein sequence

>MsG0080048503.01.T01

MPSDFFTNMSNLIDVSIGYNPFPQWQIPSSLKNCLALQNFSAINASFVGIIPEFFRKEAFPALTDLKVSFNSLEGNLPNSLSGSSIQNLWVNGQKSNNKLNGTLSVLQNMTSLKQIWVHGNSFTGPIPDLSNHDQLFDVSLRDNQLTGVVPPSLTSLPSLTVVNLTNNYLQGSLPKFQNGVRVDNDIDRGINSFCTKVVGQPCSPLVNALLSVVEPFGYPLKLAQSWQGNDPCGNNWLGVVCSSDNITIIDFQNKGFTGSISPNFASLGSLTKLLLANNNLTGTLPKELASMPQLKVLDVSNNLLYGQIPSFRGDVVVKTGGNPDIGKDKPRDSPDSPKSSSDSSSGGEDKRKLSVGAFVGIVIGIVCLIGVPVVVFVMCRRRQNKRDDKVQTPNAIVVHHRHSGDGNGVKISVAASGSSAAVVSGGTGGFSPSSSVQNVEAGNMVISIQVLREVTNNFSEENILGKGGFATVYKGEMDVGTKIAVKRMQSEIVGDNGLNEFKSEIAVLTKVRHRHLVALHGYCLDENEKLLVFEYMPQGTLSQHLFDWKDDGLKPLGWKSRLSIALDVARGVEYLHGLAQQIFIHRDLKPSNILLGNDMRAKVADFGLVRLAPEGKASFQTRLAGTFGYMAPEYAVTGRVTTKLDVYSYGVILMEMITGKRAIDNNQADENIHLVTWFRRIILNKNSFEKVIDPAMDINEEGLESFRIIAELASHCCAREPHQRPDMGYVVNVLAPLVEIWKPAKPDADDMYGIDLDMGLPQAVSKLQNLEGMSNTLDVSYCSSKAASYENTQSSIPPRSPGFADSFTSSDAR*