AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004118.01

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MsG0180004118.01.T01 AT4G22950 32.624 141 82 2 10 150 3 130 4.58e-16 73.2
MsG0180004118.01.T01 AT5G51870 52.239 67 32 0 10 76 3 69 5.08e-16 72.8
MsG0180004118.01.T01 AT5G51870 32.867 143 85 1 10 152 13 144 5.35e-16 73.2
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MsG0180004118.01.T01 AT5G62165 47.761 67 35 0 10 76 3 69 3.04e-15 69.7
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MsG0180004118.01.T01 AT5G62165 47.761 67 35 0 10 76 3 69 6.63e-15 68.6
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MsG0180004118.01.T01 AT1G17310 51.899 79 36 1 8 86 58 134 1.02e-14 69.7
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MsG0180004118.01.T01 AT5G62165 47.761 67 35 0 10 76 3 69 1.13e-14 69.3
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MsG0180004118.01.T01 AT3G57230 44.118 68 38 0 9 76 2 69 1.19e-14 69.7
MsG0180004118.01.T01 AT4G24540 48.529 68 35 0 9 76 2 69 1.32e-14 69.3
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MsG0180004118.01.T01 AT5G62165 47.761 67 35 0 10 76 3 69 1.36e-14 68.6
MsG0180004118.01.T01 AT4G37940 44.118 68 38 0 9 76 2 69 1.91e-14 68.9
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MsG0180004118.01.T01 AT5G13790 38.095 105 56 1 9 113 2 97 2.28e-14 69.3
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MsG0180004118.01.T01 AT4G37940 44.118 68 38 0 9 76 2 69 2.92e-14 67.4
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MsG0180004118.01.T01 AT1G77950 40.845 71 41 1 9 78 2 72 6.79e-13 65.1
MsG0180004118.01.T01 AT1G77950 40.845 71 41 1 9 78 2 72 6.79e-13 65.1
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Find 29 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 35 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GTCCAATTGAATGGATGAAT+AGG 0.386988 1:+73631899 MsG0180004118.01.T01:CDS
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CTATGATTGTATCAACATTT+GGG 0.399030 1:-73631684 None:intergenic
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GGTGGGCTTGTCCAATTGAA+TGG 0.452982 1:+73631890 MsG0180004118.01.T01:CDS
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GCTGGTATGGTTGTAAGTTA+GGG 0.480457 1:+73631982 MsG0180004118.01.T01:CDS
AGCAATATATGCACCACAAA+GGG 0.513172 1:-73631617 None:intergenic
GCTCGCCAGCTTTCTTGAAG+AGG 0.524593 1:-73631588 None:intergenic
GCTCTCATTGTATTCTCACC+TGG 0.528422 1:+73631637 MsG0180004118.01.T01:CDS
AGTGGCCTCTTCAAGAAAGC+TGG 0.550735 1:+73631583 MsG0180004118.01.T01:CDS
AAACGTATTGGACAACATGC+TGG 0.551864 1:+73631964 MsG0180004118.01.T01:CDS
GCTCGCGCAATTTAGCGCTA+CGG 0.577293 1:-73631768 None:intergenic
TATTGGACAACATGCTGGTA+TGG 0.586014 1:+73631969 MsG0180004118.01.T01:CDS
AATGAAAACACGTTCTCACC+AGG 0.587082 1:-73631655 None:intergenic
CGATTTGCGTAAGAAGAATG+AGG 0.600173 1:+73631858 MsG0180004118.01.T01:CDS
CTGGTATGGTTGTAAGTTAG+GGG 0.622699 1:+73631983 MsG0180004118.01.T01:CDS
ACTTTCTCGAAGCGTCGTAG+TGG 0.635248 1:+73631565 MsG0180004118.01.T01:CDS
GAGCAATATATGCACCACAA+AGG 0.643897 1:-73631618 None:intergenic
GTAAGCCTCAACGAATTGCA+TGG 0.651547 1:-73631746 None:intergenic
CAAGTACCACCTCAAAACAA+TGG 0.661198 1:+73631721 MsG0180004118.01.T01:CDS
TGGCACCATGCAATTCGTTG+AGG 0.663336 1:+73631741 MsG0180004118.01.T01:CDS
AGTGCTTTAATCATGTCTAG+CGG 0.668258 1:+73631475 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTTTTTTCATGTCAATTTTT+TGG - Chr1:73631519-73631538 None:intergenic 15.0%
!! CCAACTTCAATTATTAAAAA+AGG + Chr1:73631924-73631943 MsG0180004118.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTATTAAAAAAGGCTTTGT+TGG + Chr1:73631933-73631952 MsG0180004118.01.T01:CDS 20.0%
!!! CCTTTTTTAATAATTGAAGT+TGG - Chr1:73631927-73631946 None:intergenic 20.0%
! CTATGATTGTATCAACATTT+GGG - Chr1:73631687-73631706 None:intergenic 25.0%
! TCTATGATTGTATCAACATT+TGG - Chr1:73631688-73631707 None:intergenic 25.0%
TCCAATTGAATGGATGAATA+GGG + Chr1:73631900-73631919 MsG0180004118.01.T01:CDS 30.0%
TTGGATCTTAAGAAACGTAT+TGG + Chr1:73631952-73631971 MsG0180004118.01.T01:CDS 30.0%
ACCCTATTCATCCATTCAAT+TGG - Chr1:73631904-73631923 None:intergenic 35.0%
AGCAATATATGCACCACAAA+GGG - Chr1:73631620-73631639 None:intergenic 35.0%
GACTCAAATTAATGATGCAC+TGG + Chr1:73631804-73631823 MsG0180004118.01.T01:CDS 35.0%
GTCCAATTGAATGGATGAAT+AGG + Chr1:73631899-73631918 MsG0180004118.01.T01:CDS 35.0%
TCTAGCGGAAAGAAAAATCA+AGG + Chr1:73631490-73631509 MsG0180004118.01.T01:CDS 35.0%
! AGAAGAATGAGGCTCAATTT+TGG + Chr1:73631869-73631888 MsG0180004118.01.T01:CDS 35.0%
AAACGTATTGGACAACATGC+TGG + Chr1:73631964-73631983 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
AATGAAAACACGTTCTCACC+AGG - Chr1:73631658-73631677 None:intergenic 40.0%
CAAGTACCACCTCAAAACAA+TGG + Chr1:73631721-73631740 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
CGATTTGCGTAAGAAGAATG+AGG + Chr1:73631858-73631877 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
GAGCAATATATGCACCACAA+AGG - Chr1:73631621-73631640 None:intergenic 40.0%
TATTGGACAACATGCTGGTA+TGG + Chr1:73631969-73631988 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
! AGAATGAGGCTCAATTTTGG+TGG + Chr1:73631872-73631891 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
! GGTGAGAACGTGTTTTCATT+TGG + Chr1:73631658-73631677 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
!! GAATGAGGCTCAATTTTGGT+GGG + Chr1:73631873-73631892 MsG0180004118.01.T01:CDS 40.0%
ACTCATTCTCACGCTTCTTC+TGG - Chr1:73631834-73631853 None:intergenic 45.0%
GCTCTCATTGTATTCTCACC+TGG + Chr1:73631637-73631656 MsG0180004118.01.T01:CDS 45.0%
GTAAGCCTCAACGAATTGCA+TGG - Chr1:73631749-73631768 None:intergenic 45.0%
!!! ATGGTGCCATTGTTTTGAGG+TGG - Chr1:73631730-73631749 None:intergenic 45.0%
!!! TGCATGGTGCCATTGTTTTG+AGG - Chr1:73631733-73631752 None:intergenic 45.0%
AGTGGCCTCTTCAAGAAAGC+TGG + Chr1:73631583-73631602 MsG0180004118.01.T01:CDS 50.0%
TGGCACCATGCAATTCGTTG+AGG + Chr1:73631741-73631760 MsG0180004118.01.T01:CDS 50.0%
! GGTGGGCTTGTCCAATTGAA+TGG + Chr1:73631890-73631909 MsG0180004118.01.T01:CDS 50.0%
!! ACTTTCTCGAAGCGTCGTAG+TGG + Chr1:73631565-73631584 MsG0180004118.01.T01:CDS 50.0%
GCTCGCCAGCTTTCTTGAAG+AGG - Chr1:73631591-73631610 None:intergenic 55.0%
GCTCGCGCAATTTAGCGCTA+CGG - Chr1:73631771-73631790 None:intergenic 55.0%
GGCGAGCTTTGCACCCTTTG+TGG + Chr1:73631604-73631623 MsG0180004118.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 73631487 73632002 73631487 ID=MsG0180004118.01;Name=MsG0180004118.01
Chr1 mRNA 73631487 73632002 73631487 ID=MsG0180004118.01.T01;Parent=MsG0180004118.01;Name=MsG0180004118.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|171
Chr1 exon 73631487 73632002 73631487 ID=MsG0180004118.01.T01:exon:5328;Parent=MsG0180004118.01.T01
Chr1 CDS 73631487 73632002 73631487 ID=MsG0180004118.01.T01:cds;Parent=MsG0180004118.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004118.01.T01

ATGTCTAGCGGAAAGAAAAATCAAGGTCGCCAAAAAATTGACATGAAAAAAATGAGCAATGAGAGCAACTTGCAAGTGACTTTCTCGAAGCGTCGTAGTGGCCTCTTCAAGAAAGCTGGCGAGCTTTGCACCCTTTGTGGTGCATATATTGCTCTCATTGTATTCTCACCTGGTGAGAACGTGTTTTCATTTGGTTACCCAAATGTTGATACAATCATAGATCATTATCTCTCTCAAGTACCACCTCAAAACAATGGCACCATGCAATTCGTTGAGGCTTACCGTAGCGCTAAATTGCGCGAGCTTAATGCTATGCTGACTCAAATTAATGATGCACTGGACATCCAGAAGAAGCGTGAGAATGAGTTGAGCGATTTGCGTAAGAAGAATGAGGCTCAATTTTGGTGGGCTTGTCCAATTGAATGGATGAATAGGGTCCAACTTCAATTATTAAAAAAGGCTTTGTTGGATCTTAAGAAACGTATTGGACAACATGCTGGTATGGTTGTAAGTTAG
Protein sequence

>MsG0180004118.01.T01

MSSGKKNQGRQKIDMKKMSNESNLQVTFSKRRSGLFKKAGELCTLCGAYIALIVFSPGENVFSFGYPNVDTIIDHYLSQVPPQNNGTMQFVEAYRSAKLRELNAMLTQINDALDIQKKRENELSDLRKKNEAQFWWACPIEWMNRVQLQLLKKALLDLKKRIGQHAGMVVS*