AlfalfaGEDB | MsG0380011880.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380011880.01

KEGG: -
GO: GO:0043531
PFAM: PF00931

Nr:

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Swissprot:

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MsG0380011880.01.T01	Q9LRR4	33.981	927	543	16	1	882	9	911	2.60E-148	468
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Showing 1 to 8 of 8 entries

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Trembl:

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MsG0380011880.01.T01	G7IW70	91.568	925	58	1	1	905	147	1071	1701
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MsG0380011880.01.T07	G7IW70	95.115	348	17	0	1	348	724	1071	652
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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Network:

Co-expression Network

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MsG0180002195.01	MsG0380011880.01	0.801677	8.043347e-49	3.864352e-46
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Showing 1 to 2 of 2 entries

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PPI

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MsG0380011880.01.T01	MTR_3g020620	91.568	925	58	1	1	905	147	1071	1701
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Showing 1 to 10 of 2,217 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0380011880.01.T01	AT3G14470	33.981	927	543	16	1	882	9	911	2.65e-149	468
MsG0380011880.01.T01	AT3G14470	33.981	927	543	16	1	882	9	911	2.65e-149	468
MsG0380011880.01.T01	AT3G14460	33.443	915	557	22	1	882	6	901	3.56e-128	420
MsG0380011880.01.T01	AT3G50950	26.603	733	417	32	98	772	102	771	1.92e-40	161
MsG0380011880.01.T01	AT3G50950	26.603	733	417	32	98	772	102	771	1.92e-40	161
MsG0380011880.01.T01	AT3G46710	27.882	642	377	25	153	743	156	762	4.63e-35	144
MsG0380011880.01.T01	AT3G07040	26.990	515	326	17	149	635	163	655	7.04e-35	144
MsG0380011880.01.T01	AT3G46530	28.000	575	323	23	133	676	138	652	1.03e-34	143
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MsG0380011880.01.T01	AT4G27220	27.383	493	296	23	185	655	145	597	9.59e-31	130

Showing 1 to 10 of 369 entries

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Find 167 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 194 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGTGCTGTCTTTGAAGT+TGG	0.461463	3:-7316406	MsG0380011880.01.T01:intron
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AAAGAAGACGAAACCTGAGA+AGG	0.637145	3:+7316310	None:intergenic
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AAATGTAGAGTCTCCAAGGA+GGG	0.614340	3:+7314141	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 167 entries

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CRISPR-GE

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AAATATCAAGTTTAGTGCTG+TGG	+	Chr3:7313971-7313990	None:intergenic	30.0%
AAGTCCTACAAGTTCTATTA+TGG	-	Chr3:7314400-7314419	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%
ACAAGTTCTATTATGGATGA+TGG	-	Chr3:7314407-7314426	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%
AGTGTATGCATTTCAAAGTT+TGG	+	Chr3:7315382-7315401	None:intergenic	30.0%
ATCAACTTTCCAAATTGGTT+AGG	-	Chr3:7316222-7316241	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%
ATTGTAAAGAACCTTAGCAA+GGG	+	Chr3:7314558-7314577	None:intergenic	30.0%
CAATCCAATCTAGAAGAAAT+TGG	-	Chr3:7314983-7315002	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%
CAATTTCTTCTAGATTGGAT+TGG	+	Chr3:7314985-7315004	None:intergenic	30.0%
CATAACTTATCATACAGTAG+AGG	-	Chr3:7315478-7315497	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%
CGAACATAACTTACATGATA+TGG	-	Chr3:7315453-7315472	MsG0380011880.01.T01:CDS	30.0%

Showing 1 to 10 of 194 entries

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr3	gene	7313906	7316683	7313906	ID=MsG0380011880.01;Name=MsG0380011880.01
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Chr3	exon	7313906	7314748	7313906	ID=MsG0380011880.01.T08:exon:2523;Parent=MsG0380011880.01.T08
Chr3	CDS	7313906	7314748	7313906	ID=MsG0380011880.01.T08:cds;Parent=MsG0380011880.01.T08

Gene Sequence

>MsG0380011880.01.T08

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>MsG0380011880.01.T04

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Protein sequence

>MsG0380011880.01.T08

MGKLVNLRCLDISDTALREMPIQIAKLENLETLSDFLVGKHTGGLMVGELGKYPLLHGKLSISQLQNVNNPFEAVQANMKMKERIDKLVLEWDCGSTCSDSQIKSVVLEHLRPSTNLKSLTIKGYGGINFPNWLGDSLFTNMMYLRISNCGDCLWLPPLGQLGNLKELIIEGMQSVQIIGTEFYGSDSSPSFQPFPSLETLHFENMQEWEEWNLIGGMDKFSILKTLSLCKCPKLRLGNIPDKFLSLTEPELRECPLPVQSLPSLNHVFSQLMMFPLNSL*

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LSASVKVLLDKIVSSQFVDNFHSTKLDISLLEKLKTTLLRVQALYHSDDLLWIQAKLFNDYFKTTRLDFHDVGYLLDEINPQTLRCKVEAEYETLITPSQVSSSFKRFNGVTNSKLQKLIERLQFFSSRAQDQFSGSSSKSVWHQSPTSSIMDDGSCIYGRDNDINKLKHLLLSSDGDDGKIGIISIVGIEGIGKTTLAKVLYNDPEVKEKFELKVWSHVSKDFDDDLNVLETILDNLNINRNETSGVNIIYPKYLLVLDGVCDARSINWTLLMNITNVGETGSRIIITTQDEKVVLSIQTFALPMRTFLSVHYLTPLKSEDCWSLLAGHAFGECNDQRQSNLEEIGKEVANKCYGSPFAAVALGDILRNKLSPDYWNYVLESDIRLLIDHDVRPFIQLSYHYLSTPLKNCFAYCSIIPKKSIIEKNLVVQLWIAEGLVESSIDQEKVGEEYFDVLVSRSLMHRRSIGNEEPNFEMHTLVHDLATEVSSPHCINMDEHNLHDMVHNLSYSRGIYDSYDKFGQLNGLKDLRTFLALPLEERLPRCLLSNKVVHELLPTMKQLRVLSLSNYKSITEVPKSIGNLLYLRYLNLSHTKIERLPSETCKLYNLQFLLLSGCKRLTELPEDMGKLVNLRCLDISDTALREMPIQIAKLENLETLSDFLVGKHTGGLMVGELGKYPLLHGKLSISQLQNVNNPFEAVQANMKMKERIDKLVLEWDCGSTCSDSQIKSVVLEHLRPSTNLKSLTIKGYGGINFPNWLGDSLFTNMMYLRISNCGDCLWLPPLGQLGNLKELIIEGMQSVQIIGTEFYGSDSSPSFQPFPSLETLHFENMQEWEEWNLIGGMDKFSILKTLSLCKCPKLRLGNIPDKFLSLTEPELRECPLPVQSLPSLNHVFSQLMMFPLNSL*

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MKQLRVLSLSNYKSITEVPKSIGNLLYLRYLNLSHTKIERLPSETCKLYNLQFLLLSGCKRLTELPEDMGKLVNLRCLDISDTALREMPIQIAKLENLETLSDFLVGKHTGGLMVGELGKYPLLHGKLSISQLQNVNNPFEAVQANMKMKERIDKLVLEWDCGSTCSDSQIKSVVLEHLRPSTNLKSLTIKGYGGINFPNWLGDSLFTNMMYLRISNCGDCLWLPPLGQLGNLKELIIEGMQSVQIIGTEFYGSDSSPSFQPFPSLETLHFENMQEWEEWNLIGGMDKFSILKTLSLCKCPKLRLGNIPDKFLSLTEPELRECPLPVQSLPSLNHVFSQLMMFPLNSL*