AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380014617.01

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MsG0380014617.01.T01 AT3G49670 33.813 139 88 3 4 138 118 256 2.55e-12 65.9
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MsG0380014617.01.T01 AT3G11010 38.028 142 86 1 5 144 123 264 4.29e-17 80.1
MsG0380014617.01.T01 AT3G11010 36.765 136 83 2 5 139 560 693 1.08e-15 75.9
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MsG0380014617.01.T01 AT3G14840 37.589 141 81 3 5 141 113 250 1.71e-12 66.6
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MsG0380014617.01.T01 AT1G12460 27.206 136 96 2 5 137 93 228 8.87e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT1G12460 30.597 134 90 2 15 145 79 212 9.74e-11 61.2
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MsG0380014617.01.T01 AT4G23740 36.765 136 81 4 15 146 80 214 1.69e-13 69.3
MsG0380014617.01.T01 AT5G05160 36.029 136 80 4 15 145 85 218 1.76e-13 69.3
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MsG0380014617.01.T01 AT3G43740 36.134 119 72 3 32 146 75 193 4.55e-12 63.5
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MsG0380014617.01.T01 AT2G27060 32.192 146 88 4 5 145 267 406 1.84e-11 63.5
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MsG0380014617.01.T01 AT5G49770 32.903 155 86 6 4 144 118 268 2.22e-11 63.2
MsG0380014617.01.T01 AT3G25560 38.144 97 57 1 2 95 104 200 1.90e-11 63.2
MsG0380014617.01.T01 AT3G49750 30.263 152 104 1 19 168 65 216 2.05e-11 62.4
MsG0380014617.01.T01 AT5G41180 29.801 151 87 2 15 146 86 236 2.21e-11 63.2
MsG0380014617.01.T01 AT1G60630 36.296 135 77 5 9 138 66 196 2.68e-11 62.8
MsG0380014617.01.T01 AT1G56120 42.056 107 56 4 5 109 145 247 2.69e-11 63.2
MsG0380014617.01.T01 AT1G56120 35.000 140 87 2 2 139 94 231 5.55e-11 62.0
MsG0380014617.01.T01 AT1G49750 28.495 186 123 6 2 180 218 400 2.71e-11 62.8
MsG0380014617.01.T01 AT5G49760 37.226 137 70 4 15 138 77 210 2.89e-11 62.8
MsG0380014617.01.T01 AT3G24480 26.277 137 98 2 26 160 121 256 2.95e-11 62.8
MsG0380014617.01.T01 AT3G43740 37.634 93 56 1 56 146 131 223 3.23e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT4G18760 37.121 132 79 2 3 131 212 342 3.28e-11 62.4
MsG0380014617.01.T01 AT4G18760 35.246 122 79 0 25 146 188 309 6.34e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT1G56145 33.571 140 89 2 2 139 237 374 3.81e-11 62.8
MsG0380014617.01.T01 AT2G36570 29.630 135 87 3 25 158 86 213 5.52e-11 62.0
MsG0380014617.01.T01 AT1G56145 33.571 140 89 2 2 139 237 374 5.52e-11 62.0
MsG0380014617.01.T01 AT1G56145 33.571 140 89 2 2 139 134 271 5.74e-11 62.0
MsG0380014617.01.T01 AT3G50230 40.909 88 51 1 51 138 101 187 6.51e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT3G50230 40.909 88 51 1 51 138 113 199 6.60e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT1G69990 40.566 106 60 1 15 117 77 182 6.92e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT4G13340 25.547 137 99 2 26 160 113 248 7.06e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT3G08680 34.513 113 71 1 5 117 94 203 8.16e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT3G08680 34.513 113 71 1 5 117 94 203 8.16e-11 61.6
MsG0380014617.01.T01 AT4G33970 27.333 150 101 4 4 150 230 374 9.70e-11 61.2

Find 39 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 47 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCATTCCAAATGGCATATTT+TGG 0.165050 3:+57249645 None:intergenic
CTTTCTCAAAACAAGTTAAT+TGG 0.165768 3:-57249968 MsG0380014617.01.T01:CDS
AATTGTTCCATCCTAATAAA+AGG 0.283466 3:+57249765 None:intergenic
TTTAACTGACACAACTGATT+TGG 0.290154 3:+57249728 None:intergenic
GAGATCCAGTTGTGAACTTT+GGG 0.327643 3:+57249939 None:intergenic
CATTGAGCTTGTTCCTTGAT+AGG 0.343909 3:+57249687 None:intergenic
TGCTTCCAAAATATGCCATT+TGG 0.351607 3:-57249650 MsG0380014617.01.T01:CDS
TTTGCCCATTGGTTCTCAAT+TGG 0.368200 3:-57249516 MsG0380014617.01.T01:CDS
AGAGATCCAGTTGTGAACTT+TGG 0.388908 3:+57249938 None:intergenic
CCATTTGGAATGAGACAATA+TGG 0.409879 3:-57249635 MsG0380014617.01.T01:CDS
GACATGTTGAAAATCTCAAT+AGG 0.413960 3:+57250010 None:intergenic
AGTTCACAACTGGATCTCTA+AGG 0.423329 3:-57249934 MsG0380014617.01.T01:CDS
ATGTCTGAAAATCTATTAGA+AGG 0.427776 3:-57250040 MsG0380014617.01.T01:CDS
AACTACAACTTCTAGATTTG+AGG 0.432468 3:-57249847 MsG0380014617.01.T01:CDS
TTGAAGAAATAATTCACATC+TGG 0.441019 3:+57249545 None:intergenic
TCAATCCCAAAGTTCACAAC+TGG 0.446733 3:-57249944 MsG0380014617.01.T01:CDS
TTTCAGGTAAAATTCCCAAC+TGG 0.453913 3:-57249814 MsG0380014617.01.T01:CDS
TTCAATGCTAGTTTGCCCAT+TGG 0.455334 3:-57249527 MsG0380014617.01.T01:CDS
ACTACAACTTCTAGATTTGA+GGG 0.458773 3:-57249846 MsG0380014617.01.T01:CDS
ACATGTTGAAAATCTCAATA+GGG 0.462862 3:+57250011 None:intergenic
TTGCAACAGAATAATCTCTC+TGG 0.482301 3:-57249902 MsG0380014617.01.T01:CDS
CGAGAGCTTGTCCATCCAGT+TGG 0.492826 3:+57249799 None:intergenic
TTGACATAATGGACCTATCA+AGG 0.503159 3:-57249700 MsG0380014617.01.T01:CDS
GGACAAGCTCTCGGAGTTGA+GGG 0.505119 3:-57249789 MsG0380014617.01.T01:CDS
CCATATTGTCTCATTCCAAA+TGG 0.506465 3:+57249635 None:intergenic
AATTTGCTCTGTGAAATGTA+AGG 0.507904 3:+57249571 None:intergenic
CATGTCCAGTCTTCAAATGT+TGG 0.508908 3:-57249993 MsG0380014617.01.T01:CDS
AAGATCCAACATTTGAAGAC+TGG 0.513206 3:+57249988 None:intergenic
GAGAGCTTGTCCATCCAGTT+GGG 0.517856 3:+57249800 None:intergenic
TGGACAAGCTCTCGGAGTTG+AGG 0.531042 3:-57249790 MsG0380014617.01.T01:CDS
AGGTAAAATTCCCAACTGGA+TGG 0.536265 3:-57249810 MsG0380014617.01.T01:CDS
ATAAACCAATTGAGAACCAA+TGG 0.539227 3:+57249511 None:intergenic
CAACTGGATGGACAAGCTCT+CGG 0.544378 3:-57249798 MsG0380014617.01.T01:CDS
TAAACCAATTGAGAACCAAT+GGG 0.560026 3:+57249512 None:intergenic
TTCGAATTCTGATCTTCACT+CGG 0.565381 3:+57249476 None:intergenic
ATTTGCTCTGTGAAATGTAA+GGG 0.565793 3:+57249572 None:intergenic
ATCTAGAAGTTGTAGTTGTG+AGG 0.574068 3:+57249853 None:intergenic
GAGGCTTCAGAGAGTTCAGA+TGG 0.606005 3:+57249872 None:intergenic
TATGGTGATGAAGATTATGA+CGG 0.657451 3:-57249617 MsG0380014617.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! GTTAAAAAAGATTGACATAA+TGG - Chr3:57249780-57249799 MsG0380014617.01.T01:CDS 20.0%
! AATTGTTCCATCCTAATAAA+AGG + Chr3:57249729-57249748 None:intergenic 25.0%
! ACATGTTGAAAATCTCAATA+GGG + Chr3:57249483-57249502 None:intergenic 25.0%
! ATGTCTGAAAATCTATTAGA+AGG - Chr3:57249451-57249470 MsG0380014617.01.T01:CDS 25.0%
! CTTTCTCAAAACAAGTTAAT+TGG - Chr3:57249523-57249542 MsG0380014617.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAAGAAATAATTCACATC+TGG + Chr3:57249949-57249968 None:intergenic 25.0%
!! ATAGATTTTCAGACATAAGA+AGG + Chr3:57249447-57249466 None:intergenic 25.0%
!! CACAATGAATACTTTTACAA+AGG - Chr3:57250056-57250075 MsG0380014617.01.T01:CDS 25.0%
AACTACAACTTCTAGATTTG+AGG - Chr3:57249644-57249663 MsG0380014617.01.T01:CDS 30.0%
ACTACAACTTCTAGATTTGA+GGG - Chr3:57249645-57249664 MsG0380014617.01.T01:CDS 30.0%
ATAAACCAATTGAGAACCAA+TGG + Chr3:57249983-57250002 None:intergenic 30.0%
ATTTGCTCTGTGAAATGTAA+GGG + Chr3:57249922-57249941 None:intergenic 30.0%
GACATGTTGAAAATCTCAAT+AGG + Chr3:57249484-57249503 None:intergenic 30.0%
TAAACCAATTGAGAACCAAT+GGG + Chr3:57249982-57250001 None:intergenic 30.0%
TTTAACTGACACAACTGATT+TGG + Chr3:57249766-57249785 None:intergenic 30.0%
! AATTTGCTCTGTGAAATGTA+AGG + Chr3:57249923-57249942 None:intergenic 30.0%
! TATGGTGATGAAGATTATGA+CGG - Chr3:57249874-57249893 MsG0380014617.01.T01:CDS 30.0%
! TCATTCCAAATGGCATATTT+TGG + Chr3:57249849-57249868 None:intergenic 30.0%
! TTAGGATGGAACAATTTTGA+AGG - Chr3:57249733-57249752 MsG0380014617.01.T01:CDS 30.0%
AAGATCCAACATTTGAAGAC+TGG + Chr3:57249506-57249525 None:intergenic 35.0%
ATCTAGAAGTTGTAGTTGTG+AGG + Chr3:57249641-57249660 None:intergenic 35.0%
CCATATTGTCTCATTCCAAA+TGG + Chr3:57249859-57249878 None:intergenic 35.0%
TGCTTCCAAAATATGCCATT+TGG - Chr3:57249841-57249860 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
TTCGAATTCTGATCTTCACT+CGG + Chr3:57250018-57250037 None:intergenic 35.0%
TTGCAACAGAATAATCTCTC+TGG - Chr3:57249589-57249608 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
! CCATTTGGAATGAGACAATA+TGG - Chr3:57249856-57249875 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
! TTGAGGGAGAACAAATTTTC+AGG - Chr3:57249661-57249680 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
! TTTCAGGTAAAATTCCCAAC+TGG - Chr3:57249677-57249696 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGACATAATGGACCTATCA+AGG - Chr3:57249791-57249810 MsG0380014617.01.T01:CDS 35.0%
AGAGATCCAGTTGTGAACTT+TGG + Chr3:57249556-57249575 None:intergenic 40.0%
AGGTAAAATTCCCAACTGGA+TGG - Chr3:57249681-57249700 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
AGTTCACAACTGGATCTCTA+AGG - Chr3:57249557-57249576 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
CATGTCCAGTCTTCAAATGT+TGG - Chr3:57249498-57249517 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
GAGATCCAGTTGTGAACTTT+GGG + Chr3:57249555-57249574 None:intergenic 40.0%
TCAATCCCAAAGTTCACAAC+TGG - Chr3:57249547-57249566 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
! CATTGAGCTTGTTCCTTGAT+AGG + Chr3:57249807-57249826 None:intergenic 40.0%
! GAGTTGAGGGTCCTTTTATT+AGG - Chr3:57249715-57249734 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
! TGAGGGTCCTTTTATTAGGA+TGG - Chr3:57249719-57249738 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
! TTCAATGCTAGTTTGCCCAT+TGG - Chr3:57249964-57249983 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
!! GGCATATTTTGGAAGCAAGA+TGG + Chr3:57249838-57249857 None:intergenic 40.0%
!! TTTGCCCATTGGTTCTCAAT+TGG - Chr3:57249975-57249994 MsG0380014617.01.T01:CDS 40.0%
CAACTGGATGGACAAGCTCT+CGG - Chr3:57249693-57249712 MsG0380014617.01.T01:CDS 50.0%
GAGAGCTTGTCCATCCAGTT+GGG + Chr3:57249694-57249713 None:intergenic 50.0%
GAGGCTTCAGAGAGTTCAGA+TGG + Chr3:57249622-57249641 None:intergenic 50.0%
CGAGAGCTTGTCCATCCAGT+TGG + Chr3:57249695-57249714 None:intergenic 55.0%
GGACAAGCTCTCGGAGTTGA+GGG - Chr3:57249702-57249721 MsG0380014617.01.T01:CDS 55.0%
TGGACAAGCTCTCGGAGTTG+AGG - Chr3:57249701-57249720 MsG0380014617.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 57249424 57250089 57249424 ID=MsG0380014617.01;Name=MsG0380014617.01
Chr3 mRNA 57249424 57250089 57249424 ID=MsG0380014617.01.T01;Parent=MsG0380014617.01;Name=MsG0380014617.01.T01;_AED=0.39;_eAED=0.39;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|221
Chr3 exon 57249424 57250089 57249424 ID=MsG0380014617.01.T01:exon:16229;Parent=MsG0380014617.01.T01
Chr3 CDS 57249424 57250089 57249424 ID=MsG0380014617.01.T01:cds;Parent=MsG0380014617.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380014617.01.T01

ATGTTTTCTGAATTGTCTGTCCTTCTTATGTCTGAAAATCTATTAGAAGGTGAGATCCCTATTGAGATTTTCAACATGTCCAGTCTTCAAATGTTGGATCTTTCTCAAAACAAGTTAATTGGATCAATCCCAAAGTTCACAACTGGATCTCTAAGGTTATTGTATTTGCAACAGAATAATCTCTCTGGATCTATACCATCTGAACTCTCTGAAGCCTCACAACTACAACTTCTAGATTTGAGGGAGAACAAATTTTCAGGTAAAATTCCCAACTGGATGGACAAGCTCTCGGAGTTGAGGGTCCTTTTATTAGGATGGAACAATTTTGAAGGAGAAATTCCAAATCAGTTGTGTCAGTTAAAAAAGATTGACATAATGGACCTATCAAGGAACAAGCTCAATGCTTCAATACCATCTTGCTTCCAAAATATGCCATTTGGAATGAGACAATATGGTGATGAAGATTATGACGGTTCTATTTTTGAATTCTCAATTCCCTTACATTTCACAGAGCAAATTATTCCAGATGTGAATTATTTCTTCAATGCTAGTTTGCCCATTGGTTCTCAATTGGTTTATGATGAAAGTTCACCGAGTGAAGATCAGAATTCGAAGTGCAGTTCAGAACAAAGCACAATGAATACTTTTACAAAGGTGATATCCTAG
Protein sequence

>MsG0380014617.01.T01

MFSELSVLLMSENLLEGEIPIEIFNMSSLQMLDLSQNKLIGSIPKFTTGSLRLLYLQQNNLSGSIPSELSEASQLQLLDLRENKFSGKIPNWMDKLSELRVLLLGWNNFEGEIPNQLCQLKKIDIMDLSRNKLNASIPSCFQNMPFGMRQYGDEDYDGSIFEFSIPLHFTEQIIPDVNYFFNASLPIGSQLVYDESSPSEDQNSKCSSEQSTMNTFTKVIS*