AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480022328.01

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Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 40 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AAATGTTAATTTGTTGAAAG+TGG 0.365679 4:-71220880 None:intergenic
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AATAAAGGGAACATATGTTA+TGG 0.425934 4:+71220574 MsG0480022328.01.T04:CDS
GAAGCATGAGGCACCACATA+AGG 0.455779 4:-71220521 None:intergenic
ATCCTTACTGCATTGCCTGT+TGG 0.464824 4:+71220793 MsG0480022328.01.T04:CDS
AATGTTAATTTGTTGAAAGT+GGG 0.475928 4:-71220879 None:intergenic
GTGATAGAAGTTGGAATGAA+AGG 0.491481 4:-71220435 None:intergenic
AGCTATCAGTGAAGCATAGT+AGG 0.500815 4:-71220543 None:intergenic
CAGAAAACACCAATTCCAAC+AGG 0.507539 4:-71220808 None:intergenic
TTGATGCAAAATATAAACTA+AGG 0.516003 4:+71220656 MsG0480022328.01.T04:CDS
TAACGTGGTCACACTTGCCT+TGG 0.522411 4:-71220471 None:intergenic
TTCCAACAGGCAATGCAGTA+AGG 0.522793 4:-71220795 None:intergenic
AGTGCCTGTTGGTAAAAGAT+TGG 0.523234 4:-71220410 None:intergenic
CGCATCTCATATGAAGGTGA+TGG 0.549812 4:-71220766 None:intergenic
ATTTGACGCATCTCATATGA+AGG 0.568010 4:-71220772 None:intergenic
CCAATTCCATGTCTATGAGT+AGG 0.569725 4:-71220853 None:intergenic
TGCAATGTTTGATCATAATG+TGG 0.607647 4:+71220729 MsG0480022328.01.T04:CDS
GATCCATAAGCCTCTAAATG+TGG 0.613463 4:-71220602 None:intergenic
GCTACCATTTCTTCACAACA+TGG 0.625275 4:+71220315 MsG0480022328.01.T03:CDS
ACATTTCCTACTCATAGACA+TGG 0.628141 4:+71220847 MsG0480022328.01.T04:CDS
TCACCAATATTCACAAACCA+AGG 0.630187 4:+71220454 MsG0480022328.01.T04:CDS
GAAGCATAGTAGGAAGCATG+AGG 0.656130 4:-71220533 None:intergenic
TGGAGATTGTAGAACCACAA+AGG 0.686595 4:+71220335 MsG0480022328.01.T04:CDS
AATGAAAGGACAGTGCCTGT+TGG 0.722317 4:-71220421 None:intergenic
AAGTCATTAACTGTGTAACG+TGG 0.724428 4:-71220486 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTGATGCAAAATATAAACTA+AGG + Chr4:71220656-71220675 MsG0480022328.01.T04:CDS 20.0%
! AATAAAGGGAACATATGTTA+TGG + Chr4:71220574-71220593 MsG0480022328.01.T04:CDS 25.0%
! ATAGCTTCAAAGACAATAAA+GGG + Chr4:71220560-71220579 MsG0480022328.01.T04:CDS 25.0%
!!! TTATCACTTTTATCCTTATG+TGG + Chr4:71220508-71220527 MsG0480022328.01.T04:CDS 25.0%
GATAGCTTCAAAGACAATAA+AGG + Chr4:71220559-71220578 MsG0480022328.01.T04:CDS 30.0%
TGCAATGTTTGATCATAATG+TGG + Chr4:71220729-71220748 MsG0480022328.01.T04:CDS 30.0%
! GCTTTTACATGTTTGATTGA+TGG - Chr4:71220377-71220396 None:intergenic 30.0%
! TATTTTGCATCAAGTTCATG+TGG - Chr4:71220649-71220668 None:intergenic 30.0%
! TGAATATTGGTGATAGAAGT+TGG - Chr4:71220447-71220466 None:intergenic 30.0%
AAGTCATTAACTGTGTAACG+TGG - Chr4:71220489-71220508 None:intergenic 35.0%
ACATTTCCTACTCATAGACA+TGG + Chr4:71220847-71220866 MsG0480022328.01.T04:CDS 35.0%
ATCTCCATGTTGTGAAGAAA+TGG - Chr4:71220322-71220341 None:intergenic 35.0%
ATTTGACGCATCTCATATGA+AGG - Chr4:71220775-71220794 None:intergenic 35.0%
CTATGAAAAAGGTTCCTTTG+TGG - Chr4:71220352-71220371 None:intergenic 35.0%
GCATGCAATTATGTCAATCT+TGG + Chr4:71220693-71220712 MsG0480022328.01.T04:CDS 35.0%
GTGATAGAAGTTGGAATGAA+AGG - Chr4:71220438-71220457 None:intergenic 35.0%
TATGGATTTGCCACATTTAG+AGG + Chr4:71220592-71220611 MsG0480022328.01.T04:CDS 35.0%
TCACCAATATTCACAAACCA+AGG + Chr4:71220454-71220473 MsG0480022328.01.T04:CDS 35.0%
! GATTGATGGCTCTATGAAAA+AGG - Chr4:71220363-71220382 None:intergenic 35.0%
! GTAGCTTTTGTTCATCATAG+AGG - Chr4:71220300-71220319 None:intergenic 35.0%
! TTAGCCAATCTTTTACCAAC+AGG + Chr4:71220406-71220425 MsG0480022328.01.T04:CDS 35.0%
!! TTGCCTTGGTTTGTGAATAT+TGG - Chr4:71220460-71220479 None:intergenic 35.0%
AGAGGCTTATGGATCATTGA+TGG + Chr4:71220610-71220629 MsG0480022328.01.T04:CDS 40.0%
AGCTATCAGTGAAGCATAGT+AGG - Chr4:71220546-71220565 None:intergenic 40.0%
CAGAAAACACCAATTCCAAC+AGG - Chr4:71220811-71220830 None:intergenic 40.0%
CCAATTCCATGTCTATGAGT+AGG - Chr4:71220856-71220875 None:intergenic 40.0%
CCTACTCATAGACATGGAAT+TGG + Chr4:71220853-71220872 MsG0480022328.01.T04:CDS 40.0%
GATCCATAAGCCTCTAAATG+TGG - Chr4:71220605-71220624 None:intergenic 40.0%
GCTACCATTTCTTCACAACA+TGG + Chr4:71220315-71220334 MsG0480022328.01.T03:CDS 40.0%
TGGAGATTGTAGAACCACAA+AGG + Chr4:71220335-71220354 MsG0480022328.01.T04:CDS 40.0%
TTGCCACATTTAGAGGCTTA+TGG + Chr4:71220599-71220618 MsG0480022328.01.T04:CDS 40.0%
! AGTGCCTGTTGGTAAAAGAT+TGG - Chr4:71220413-71220432 None:intergenic 40.0%
AATGAAAGGACAGTGCCTGT+TGG - Chr4:71220424-71220443 None:intergenic 45.0%
ACTGCATTGCCTGTTGGAAT+TGG + Chr4:71220799-71220818 MsG0480022328.01.T04:CDS 45.0%
ATCCTTACTGCATTGCCTGT+TGG + Chr4:71220793-71220812 MsG0480022328.01.T04:CDS 45.0%
CGCATCTCATATGAAGGTGA+TGG - Chr4:71220769-71220788 None:intergenic 45.0%
TTCCAACAGGCAATGCAGTA+AGG - Chr4:71220798-71220817 None:intergenic 45.0%
! GAAGCATAGTAGGAAGCATG+AGG - Chr4:71220536-71220555 None:intergenic 45.0%
TAACGTGGTCACACTTGCCT+TGG - Chr4:71220474-71220493 None:intergenic 50.0%
! GAAGCATGAGGCACCACATA+AGG - Chr4:71220524-71220543 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 71220277 71220897 71220277 ID=MsG0480022328.01;Name=MsG0480022328.01
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Chr4 CDS 71220502 71220897 71220502 ID=MsG0480022328.01.T05:cds;Parent=MsG0480022328.01.T05
Gene Sequence

>MsG0480022328.01.T02

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>MsG0480022328.01.T05

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>MsG0480022328.01.T03

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>MsG0480022328.01.T01

ATGGAGATTGTAGAACCACAAAGGAACCTTTTTCATAGAGCCATCAATCAAACATGTAAAAGCACAGCTCATTTAGCCAATCTTTTACCAACAGGCACTGTCCTTTCATTCCAACTTCTATCACCAATATTCACAAACCAAGGCAAGTGTGACCACGTTACACAGTTAATGACTTTATCACTTTTATCCTTATGTGGTGCCTCATGCTTCCTACTATGCTTCACTGATAGCTTCAAAGACAATAAAGGGAACATATGTTATGGATTTGCCACATTTAGAGGCTTATGGATCATTGATGGATCAGCTACACTTCCACATGAACTTGATGCAAAATATAAACTAAGGTTCATTGATTTCATGCATGCAATTATGTCAATCTTGGTTTTTTCAGCTATTGCAATGTTTGATCATAATGTGGTTAACTGTTTCTTTCCATCACCTTCATATGAGGGAATTGGTGTTTTCTGTAGCATGCTGTTTGTTACATTTCCTACTCATAGACATGGAATTGGCTTCCCACTTTCAACAAATTAA

>MsG0480022328.01.T04

ATGGAGATTGTAGAACCACAAAGGAACCTTTTTCATAGAGCCATCAATCAAACATGTAAAAGCACAGCTCATTTAGCCAATCTTTTACCAACAGGCACTGTCCTTTCATTCCAACTTCTATCACCAATATTCACAAACCAAGGCAAGTGTGACCACGTTACACAGTTAATGACTTTATCACTTTTATCCTTATGTGGTGCCTCATGCTTCCTACTATGCTTCACTGATAGCTTCAAAGACAATAAAGGGAACATATGTTATGGATTTGCCACATTTAGAGGCTTATGGATCATTGATGGATCAGCTACACTTCCACATGAACTTGATGCAAAATATAAACTAAGGTTCATTGATTTCATGCATGCAATTATGTCAATCTTGGTTTTTTCAGCTATTGCAATGTTTGATCATAATGTGGTTAACTGTTTCTTTCCATCACCTTCATATGAGATGCGTCAAATCCTTACTGCATTGCCTGTTGGAATTGGTGTTTTCTGTAGCATGCTGTTTGTTACATTTCCTACTCATAGACATGGAATTGGCTTCCCACTTTCAACAAATTAA
Protein sequence

>MsG0480022328.01.T02

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