AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034455.01

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MsG0680034455.01.T01 AT5G65700 28.102 548 319 18 70 599 481 971 4.14e-48 181
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MsG0680034455.01.T01 AT5G65700 28.102 548 319 18 70 599 481 971 4.14e-48 181
MsG0680034455.01.T01 AT5G65700 29.787 188 96 7 24 179 24 207 5.47e-11 66.2
MsG0680034455.01.T01 AT5G61480 27.505 549 336 18 79 603 500 1010 1.34e-47 180
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MsG0680034455.01.T01 AT5G63710 28.253 584 332 24 25 594 18 528 2.31e-47 175
MsG0680034455.01.T01 AT5G63710 28.253 584 332 24 25 594 53 563 3.81e-47 175
MsG0680034455.01.T01 AT5G53890 29.400 517 326 17 94 596 537 1028 4.86e-47 178
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MsG0680034455.01.T01 AT4G36180 28.299 576 345 18 44 594 583 1115 8.74e-47 177
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MsG0680034455.01.T01 AT5G45780 28.905 557 333 22 51 594 67 573 3.01e-44 167
MsG0680034455.01.T01 AT2G24230 26.568 542 334 19 107 597 320 848 3.26e-44 169
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MsG0680034455.01.T01 AT1G68690 29.369 412 239 16 215 596 263 652 1.89e-40 157
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MsG0680034455.01.T01 AT2G19210 27.459 488 284 15 121 595 418 848 5.63e-40 157
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MsG0680034455.01.T01 AT3G57830 29.250 400 214 12 60 403 60 446 9.35e-39 149
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MsG0680034455.01.T01 AT1G34110 26.433 541 326 19 81 597 561 1053 3.27e-38 152
MsG0680034455.01.T01 AT4G01330 31.359 287 184 7 322 604 167 444 6.40e-38 147
MsG0680034455.01.T01 AT4G01330 31.228 285 183 7 322 602 167 442 6.68e-38 146
MsG0680034455.01.T01 AT3G21340 25.500 600 348 20 7 595 352 863 6.74e-38 150
MsG0680034455.01.T01 AT2G37050 25.597 586 337 20 37 602 380 886 6.78e-38 150
MsG0680034455.01.T01 AT3G46400 25.789 570 297 21 46 595 384 847 7.38e-38 150
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MsG0680034455.01.T01 AT1G51805 26.215 576 323 20 32 595 339 824 1.34e-37 149
MsG0680034455.01.T01 AT3G59110 31.579 342 204 13 277 602 143 470 1.62e-37 146
MsG0680034455.01.T01 AT4G22130 24.528 689 403 28 1 598 12 674 1.71e-37 148
MsG0680034455.01.T01 AT4G01330 31.228 285 183 7 322 602 167 442 2.53e-37 145
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MsG0680034455.01.T01 AT5G16900 28.687 495 269 15 123 601 235 661 3.76e-37 147
MsG0680034455.01.T01 AT1G51810 26.122 490 305 16 117 595 278 721 4.81e-37 147
MsG0680034455.01.T01 AT5G16900 28.687 495 269 15 123 601 421 847 5.57e-37 147
MsG0680034455.01.T01 AT5G16900 28.687 495 269 15 123 601 421 847 5.57e-37 147
MsG0680034455.01.T01 AT4G02630 29.210 291 192 8 318 603 163 444 1.24e-36 143
MsG0680034455.01.T01 AT4G21410 27.451 408 247 12 201 589 125 502 1.33e-36 144
MsG0680034455.01.T01 AT3G02130 22.712 612 348 14 65 597 582 1147 1.35e-36 147
MsG0680034455.01.T01 AT3G02130 22.712 612 348 14 65 597 565 1130 1.48e-36 147
MsG0680034455.01.T01 AT2G04300 25.126 597 341 22 12 595 350 853 1.94e-36 146
MsG0680034455.01.T01 AT1G51820 24.237 557 333 17 46 595 113 587 2.40e-36 144
MsG0680034455.01.T01 AT2G37050 26.295 502 315 16 121 602 419 885 2.59e-36 145
MsG0680034455.01.T01 AT1G78530 28.772 285 186 6 318 597 76 348 2.68e-36 139
MsG0680034455.01.T01 AT2G04300 25.041 607 349 22 2 595 299 812 3.38e-36 145
MsG0680034455.01.T01 AT1G79620 27.681 401 236 12 216 598 575 939 3.67e-36 145
MsG0680034455.01.T01 AT4G21410 27.451 408 247 12 201 589 250 627 3.87e-36 144
MsG0680034455.01.T01 AT1G79620 27.681 401 236 12 216 598 549 913 3.96e-36 145
MsG0680034455.01.T01 AT2G14440 24.710 603 322 21 7 595 350 834 5.21e-36 144
MsG0680034455.01.T01 AT3G47570 27.555 548 303 19 80 598 517 999 6.12e-36 144
MsG0680034455.01.T01 AT3G24550 29.667 300 185 9 309 594 267 554 1.01e-35 142
MsG0680034455.01.T01 AT2G42960 31.597 288 178 10 318 598 184 459 1.05e-35 140
MsG0680034455.01.T01 AT2G42960 31.597 288 178 10 318 598 184 459 1.05e-35 140
MsG0680034455.01.T01 AT2G42960 31.597 288 178 10 318 598 184 459 1.05e-35 140
MsG0680034455.01.T01 AT2G42960 31.597 288 178 10 318 598 184 459 1.05e-35 140
MsG0680034455.01.T01 AT1G51820 24.237 557 333 17 46 595 375 849 1.13e-35 144
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MsG0680034455.01.T01 AT1G51790 24.648 568 318 20 39 595 378 846 4.91e-35 142
MsG0680034455.01.T01 AT1G75820 24.813 536 313 19 69 590 505 964 5.97e-35 141
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MsG0680034455.01.T01 AT1G56720 31.373 306 180 12 310 600 167 457 8.73e-35 138
MsG0680034455.01.T01 AT1G56720 31.373 306 180 12 310 600 167 457 8.73e-35 138
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MsG0680034455.01.T01 AT5G46330 26.296 540 331 18 81 597 662 1157 9.35e-35 141
MsG0680034455.01.T01 AT5G46330 33.918 171 105 6 14 180 20 186 7.11e-15 79.0
MsG0680034455.01.T01 AT1G51790 23.993 596 339 20 39 595 378 898 1.04e-34 140
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MsG0680034455.01.T01 AT1G49100 24.199 562 319 21 46 595 386 852 1.29e-34 140
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MsG0680034455.01.T01 AT2G28970 26.884 491 290 17 121 595 313 750 2.24e-34 139
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MsG0680034455.01.T01 AT2G30740 29.452 292 182 9 318 596 72 352 8.63e-34 132
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MsG0680034455.01.T01 AT2G30740 29.452 292 182 9 318 596 72 352 8.63e-34 132
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MsG0680034455.01.T01 AT1G07650 29.491 373 218 10 236 599 407 743 1.24e-33 137
MsG0680034455.01.T01 AT1G26150 27.456 397 235 15 237 598 330 708 1.50e-33 137
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MsG0680034455.01.T01 AT2G13800 26.589 598 333 26 27 594 29 550 1.81e-33 135
MsG0680034455.01.T01 AT4G27290 27.979 386 231 9 223 590 424 780 2.54e-33 136
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MsG0680034455.01.T01 AT1G05700 25.258 582 312 20 39 604 376 850 2.94e-33 136
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MsG0680034455.01.T01 AT1G06700 30.137 292 180 9 318 596 69 349 6.80e-33 130
MsG0680034455.01.T01 AT5G38560 26.975 367 210 12 254 598 289 619 7.48e-33 134
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MsG0680034455.01.T01 AT1G52310 29.603 277 189 4 324 598 198 470 7.95e-33 132
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MsG0680034455.01.T01 AT1G49730 27.174 368 231 13 168 517 179 527 1.04e-32 133
MsG0680034455.01.T01 AT4G23300 32.234 273 173 6 323 590 359 624 1.25e-32 133
MsG0680034455.01.T01 AT4G29050 27.990 393 223 15 221 599 290 636 1.31e-32 134
MsG0680034455.01.T01 AT4G29050 27.990 393 223 15 221 599 276 622 1.33e-32 133
MsG0680034455.01.T01 AT2G45340 24.419 688 383 29 27 602 28 690 1.62e-32 133
MsG0680034455.01.T01 AT4G32000 29.231 325 198 10 280 590 90 396 1.90e-32 130
MsG0680034455.01.T01 AT1G52310 29.603 277 189 4 324 598 275 547 2.12e-32 132
MsG0680034455.01.T01 AT4G23130 28.527 319 208 8 281 591 308 614 3.01e-32 132
MsG0680034455.01.T01 AT4G21400 29.562 274 177 6 323 589 355 619 3.09e-32 132
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MsG0680034455.01.T01 AT5G58940 26.536 407 246 13 236 603 39 431 9.89e-31 126
MsG0680034455.01.T01 AT5G58940 26.536 407 246 13 236 603 39 431 9.89e-31 126
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MsG0680034455.01.T01 AT5G54590 28.669 293 177 9 310 591 103 374 1.26e-30 125
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MsG0680034455.01.T01 AT4G13190 32.959 267 153 9 288 543 44 295 1.48e-30 122
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MsG0680034455.01.T01 AT4G34440 27.817 284 187 6 318 594 313 585 1.66e-30 127
MsG0680034455.01.T01 AT4G34440 27.817 284 187 6 318 594 313 585 1.66e-30 127
MsG0680034455.01.T01 AT1G51860 24.544 603 344 22 7 595 349 854 1.71e-30 127
MsG0680034455.01.T01 AT1G24030 25.000 352 236 11 265 603 10 346 1.83e-30 123
MsG0680034455.01.T01 AT5G06740 29.097 299 187 10 308 591 316 604 1.86e-30 127
MsG0680034455.01.T01 AT1G71830 28.916 332 206 14 279 594 260 577 1.89e-30 127
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MsG0680034455.01.T01 AT1G34210 33.553 152 90 5 56 200 59 206 4.25e-11 66.2
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MsG0680034455.01.T01 AT1G69790 26.562 320 192 10 307 601 58 359 7.49e-29 119
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MsG0680034455.01.T01 AT1G53430 27.532 385 235 11 218 594 552 900 7.86e-29 122
MsG0680034455.01.T01 AT4G00960 32.512 203 120 6 323 516 62 256 7.96e-29 116

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TCTTGTTTGAAAATTCTAAT+TGG 0.244404 6:-87907535 None:intergenic
GTCTACAGATATATTTGATT+TGG 0.251494 6:+87909255 MsG0680034455.01.T01:CDS
GGAGTTGCAAGAAAATTATT+TGG 0.255190 6:+87906465 MsG0680034455.01.T01:CDS
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GGATTATTGCCAAATCTTAC+AGG 0.276410 6:+87906349 MsG0680034455.01.T01:CDS
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AAAACTGATGTATATTGTTT+TGG 0.290554 6:+87909115 MsG0680034455.01.T01:CDS
TGGAGCATGGGCAAAGAAAA+TGG 0.299591 6:+87907472 MsG0680034455.01.T01:CDS
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TAGAAAACAACCTTAGTATA+TGG 0.308854 6:+87906188 MsG0680034455.01.T01:CDS
TTGGTATCACTTGTTCAAAT+TGG 0.316924 6:+87906212 MsG0680034455.01.T01:CDS
CATTCCAAGCTCACAGACTA+TGG 0.328357 6:+87908998 MsG0680034455.01.T01:CDS
TTTCTCAGGGTCAATACCTT+TGG 0.332537 6:+87906411 MsG0680034455.01.T01:CDS
TTATCATCAAAAGAACTCTT+TGG 0.337245 6:-87906592 None:intergenic
AGAAGCTTTGTTACTCATAA+GGG 0.352803 6:+87906108 MsG0680034455.01.T01:CDS
CTTTCATTTAATCATTTCTC+AGG 0.358044 6:+87906397 MsG0680034455.01.T01:CDS
AAAATTCCTGGTCATATATT+AGG 0.358760 6:+87909166 MsG0680034455.01.T01:CDS
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ATAAGAAGAGGATTCATGTT+TGG 0.369079 6:+87906713 MsG0680034455.01.T01:CDS
AAAACCAAACCTGTAAGATT+TGG 0.369688 6:-87906358 None:intergenic
GAGAAGCTTTGTTACTCATA+AGG 0.370590 6:+87906107 MsG0680034455.01.T01:CDS
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GTTGTTCATATTACAATTCA+AGG 0.388967 6:+87906238 MsG0680034455.01.T01:CDS
TTGGAAGAATACCTCTTGAT+TGG 0.392357 6:+87908840 MsG0680034455.01.T01:CDS
CTGAAACTTCTTTGCTTCAA+AGG 0.394033 6:+87906566 MsG0680034455.01.T01:CDS
ATCAATGATGGTTGATCAAA+AGG 0.399261 6:-87906502 None:intergenic
GATGATAATTCTGATCTTTG+TGG 0.400312 6:+87906607 MsG0680034455.01.T01:CDS
CAATGTGTCATATAATCATT+TGG 0.405630 6:+87906531 MsG0680034455.01.T01:CDS
TATAAAGCAACACTTGAAAC+TGG 0.409990 6:+87907635 MsG0680034455.01.T01:CDS
CAAGTAATGATCTTTCAGAT+TGG 0.411504 6:+87909206 MsG0680034455.01.T01:CDS
AAGTAATGATCTTTCAGATT+GGG 0.411640 6:+87909207 MsG0680034455.01.T01:CDS
AAGAAAATGGTATCTATTGT+AGG 0.427515 6:+87907485 MsG0680034455.01.T01:CDS
TATTGCACCTAGTTCTTCAA+TGG 0.428974 6:+87906684 MsG0680034455.01.T01:CDS
AACAACCTTAGTATATGGTT+TGG 0.438759 6:+87906193 MsG0680034455.01.T01:CDS
ATTATGCTAGAGATTATAAC+AGG 0.440108 6:+87909142 MsG0680034455.01.T01:CDS
TGATCTTTGTGGATATCCAT+TGG 0.451189 6:+87906618 MsG0680034455.01.T01:CDS
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AACAAAGCTTCTCTTTCTTG+TGG 0.471681 6:-87906097 None:intergenic
TTTGTTTCCATTGAAGAACT+AGG 0.472077 6:-87906691 None:intergenic
CTGATATGATGCCTGAGAAT+AGG 0.481759 6:+87909344 MsG0680034455.01.T01:CDS
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GAAGCCATAGTCTGTGAGCT+TGG 0.494330 6:-87909002 None:intergenic
ACTTTGTCTGAGCTTCTACA+TGG 0.495952 6:+87907830 MsG0680034455.01.T01:CDS
ATAGCAAAAGGAGGTGGTGC+AGG 0.500388 6:-87906664 None:intergenic
ATTATCAAAGACATAGCAAA+AGG 0.505635 6:+87908878 MsG0680034455.01.T01:CDS
GTCTTGATGGATTAGAACAT+TGG 0.511877 6:-87908963 None:intergenic
ACATTGAAACTTATCAATGA+TGG 0.514961 6:-87906514 None:intergenic
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TTCAAAACATAACTTTCTTG+AGG 0.527558 6:+87906296 MsG0680034455.01.T01:CDS
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TGGAAGGTAAATAGCCACTA+AGG 0.539370 6:-87906267 None:intergenic
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AATCAGCAGATGCAATTGCT+AGG 0.544928 6:+87907716 MsG0680034455.01.T01:CDS
TGATACCAAACCATATACTA+AGG 0.551310 6:-87906198 None:intergenic
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TGAGCTTGGAATGGTAACCT+TGG 0.574362 6:-87908988 None:intergenic
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TTTCATTTAATCATTTCTCA+GGG 0.580596 6:+87906398 MsG0680034455.01.T01:CDS
CATAGTCTGTGAGCTTGGAA+TGG 0.581692 6:-87908997 None:intergenic
AATTTGCATAGAAATTGGAC+AGG 0.587066 6:+87906154 MsG0680034455.01.T01:CDS
GAAATATTAGCAGAAAGAGA+AGG 0.590523 6:+87909277 MsG0680034455.01.T01:CDS
TTCAGATTGGGTTAGAACTG+TGG 0.592678 6:+87909219 MsG0680034455.01.T01:CDS
GAACTGTGGTGAATAATGAT+TGG 0.594669 6:+87909233 MsG0680034455.01.T01:CDS
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GCAGTACATGACTTATCCAA+TGG 0.595360 6:-87906634 None:intergenic
GTCTTGGTGCTAGAGGGTAG+AGG 0.596015 6:+87908815 MsG0680034455.01.T01:intron
GGTGCAATAGCAAAAGGAGG+TGG 0.599774 6:-87906670 None:intergenic
TGCAATTCAACATATTCCAA+AGG 0.604657 6:-87906427 None:intergenic
CAATGGAAACAAATAAGAAG+AGG 0.607193 6:+87906701 MsG0680034455.01.T01:CDS
AGTCTTGCTGTCCAATCAAG+AGG 0.624512 6:-87908851 None:intergenic
TCATTGCCTAATATATGACC+AGG 0.629803 6:-87909172 None:intergenic
AATGATGGTTGATCAAAAGG+TGG 0.640246 6:-87906499 None:intergenic
GATGATTTGAGATTTGCATG+TGG 0.657523 6:-87908941 None:intergenic
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CTAGGTGCAATAGCAAAAGG+AGG 0.716505 6:-87906673 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTATAATTTCAATACATTCA+AGG - Chr6:87907931-87907950 None:intergenic 15.0%
!!! CTAAATAATGTTATTTTCAT+TGG - Chr6:87908034-87908053 None:intergenic 15.0%
!! CTATAAATTTGCATAGAAAT+TGG + Chr6:87906149-87906168 MsG0680034455.01.T01:CDS 20.0%
!! TTAATCATTCTTTACAATCT+TGG - Chr6:87908244-87908263 None:intergenic 20.0%
!! TTTCATTTAATCATTTCTCA+GGG + Chr6:87906398-87906417 MsG0680034455.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAACTGATGTATATTGTTT+TGG + Chr6:87909115-87909134 MsG0680034455.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAAATTTCAAGTTTTTGATA+TGG + Chr6:87907556-87907575 MsG0680034455.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTATTTTCATTGGTTAATT+TGG - Chr6:87908025-87908044 None:intergenic 20.0%
!!! TATGTTGGTTAAAATTTATG+TGG - Chr6:87908497-87908516 None:intergenic 20.0%
!!! TCTTGTTTGAAAATTCTAAT+TGG - Chr6:87907538-87907557 None:intergenic 20.0%
!!! TTGTAATTTTAATACACCTA+GGG + Chr6:87908093-87908112 MsG0680034455.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTGTAATTTTAATACACCT+AGG + Chr6:87908092-87908111 MsG0680034455.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTTCCTTTTAACAAATTC+TGG - Chr6:87909085-87909104 None:intergenic 20.0%
! AAAAATAAAGGTCTGACTTT+AGG - Chr6:87907336-87907355 None:intergenic 25.0%
! AAAATTCCTGGTCATATATT+AGG + Chr6:87909166-87909185 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! AAGAAAATGGTATCTATTGT+AGG + Chr6:87907485-87907504 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! AAGAAACAAATATAGAGCAA+AGG - Chr6:87908341-87908360 None:intergenic 25.0%
! AAGTAATGATCTTTCAGATT+GGG + Chr6:87909207-87909226 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! AATAAGCTGAAAACAACTTA+TGG - Chr6:87907196-87907215 None:intergenic 25.0%
! ACATTGAAACTTATCAATGA+TGG - Chr6:87906517-87906536 None:intergenic 25.0%
! AGAAACAAATATAGAGCAAA+GGG - Chr6:87908340-87908359 None:intergenic 25.0%
! ATGATAAATGAACAACCTAA+AGG - Chr6:87908315-87908334 None:intergenic 25.0%
! ATTATAACAGGAAAAATTCC+TGG + Chr6:87909154-87909173 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! ATTATCAAAGACATAGCAAA+AGG + Chr6:87908878-87908897 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! ATTATGCTAGAGATTATAAC+AGG + Chr6:87909142-87909161 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! CAATGTGTCATATAATCATT+TGG + Chr6:87906531-87906550 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! CACTAACATTTATTATGTCT+TGG + Chr6:87908799-87908818 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
! CTTTCATTTAATCATTTCTC+AGG + Chr6:87906397-87906416 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! GACTAACAAAAAACACATTT+AGG + Chr6:87908063-87908082 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
! GAGAAGATAAAAATTGATGA+AGG - Chr6:87908913-87908932 None:intergenic 25.0%
! GTCTACAGATATATTTGATT+TGG + Chr6:87909255-87909274 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! GTTGTTCATATTACAATTCA+AGG + Chr6:87906238-87906257 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! TAGAAAACAACCTTAGTATA+TGG + Chr6:87906188-87906207 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! TATATGGGATTCACATAATT+TGG - Chr6:87908461-87908480 None:intergenic 25.0%
! TGTCATATAATCATTTGGTA+GGG + Chr6:87906536-87906555 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! TTATCATCAAAAGAACTCTT+TGG - Chr6:87906595-87906614 None:intergenic 25.0%
! TTCAAAACATAACTTTCTTG+AGG + Chr6:87906296-87906315 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! TTGATCTTCTGAATGATAAA+AGG - Chr6:87907777-87907796 None:intergenic 25.0%
! TTGCAAGAAAATTATTTGGA+TGG + Chr6:87906469-87906488 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
! TTTGCTTACTTCTAAGTAAA+TGG + Chr6:87907864-87907883 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
!! AATAAGCTAAAAACAGCTTT+TGG - Chr6:87907036-87907055 None:intergenic 25.0%
!! TAGTTTACGAAAACAACTTT+TGG + Chr6:87907234-87907253 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
!! TTATGTTATTTATCCAGACA+AGG + Chr6:87907132-87907151 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
!! TTCAACACTAAACTCATTTT+AGG - Chr6:87909370-87909389 None:intergenic 25.0%
!! TTTAGAAACAATGCACTTTT+TGG + Chr6:87906328-87906347 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTCTTATAGGGTATGTTTT+TGG + Chr6:87907452-87907471 MsG0680034455.01.T01:intron 25.0%
!! TTTTGTAAAAGACAAACTAG+AGG + Chr6:87906799-87906818 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGTTATGTTTTGAAGAAATG+TGG - Chr6:87906290-87906309 None:intergenic 25.0%
!!! ATTGCATAGTCTTAAAGTTT+TGG + Chr6:87906444-87906463 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGATATGGATGATTTGTTAA+GGG + Chr6:87907571-87907590 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGATATGGATGATTTGTTA+AGG + Chr6:87907570-87907589 MsG0680034455.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGTTTTTACCCAAAACTTA+AGG - Chr6:87908368-87908387 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTGCTATGTCTTTGATAA+TGG - Chr6:87908879-87908898 None:intergenic 25.0%
AAAACCAAACCTGTAAGATT+TGG - Chr6:87906361-87906380 None:intergenic 30.0%
AACAACCTTAGTATATGGTT+TGG + Chr6:87906193-87906212 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
AATTTGCATAGAAATTGGAC+AGG + Chr6:87906154-87906173 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
ATAAGAAGAGGATTCATGTT+TGG + Chr6:87906713-87906732 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
ATATATGAACTTGTCTCTGA+TGG + Chr6:87907806-87907825 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
ATCAATGATGGTTGATCAAA+AGG - Chr6:87906505-87906524 None:intergenic 30.0%
CAAGTAATGATCTTTCAGAT+TGG + Chr6:87909206-87909225 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
CAATGGAAACAAATAAGAAG+AGG + Chr6:87906701-87906720 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
GAAATATTAGCAGAAAGAGA+AGG + Chr6:87909277-87909296 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
GAATCCCATATAAATCTTGT+GGG + Chr6:87908469-87908488 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
GAATTTAACTGAGATAGCAT+TGG + Chr6:87909315-87909334 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
GATGATAATTCTGATCTTTG+TGG + Chr6:87906607-87906626 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
GGAGTTGCAAGAAAATTATT+TGG + Chr6:87906465-87906484 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
GTGTCATATAATCATTTGGT+AGG + Chr6:87906535-87906554 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
TACTTTAATGCGTTTCATGT+TGG + Chr6:87908630-87908649 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
TATAAAGCAACACTTGAAAC+TGG + Chr6:87907635-87907654 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
TGAATCCCATATAAATCTTG+TGG + Chr6:87908468-87908487 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
TGATACCAAACCATATACTA+AGG - Chr6:87906201-87906220 None:intergenic 30.0%
TGCAATTCAACATATTCCAA+AGG - Chr6:87906430-87906449 None:intergenic 30.0%
TTGGTATCACTTGTTCAAAT+TGG + Chr6:87906212-87906231 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
TTTCCATAACTCTCCTAAAT+AGG - Chr6:87907158-87907177 None:intergenic 30.0%
TTTGGATAAGCAGTTTAGTT+AGG - Chr6:87907308-87907327 None:intergenic 30.0%
TTTGTTTCCATTGAAGAACT+AGG - Chr6:87906694-87906713 None:intergenic 30.0%
! AGTGAGGATTCTGAAAAATT+AGG + Chr6:87907512-87907531 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
! TTCTTCCTTCCTTAAGTTTT+GGG + Chr6:87908356-87908375 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
! TTTCTTCCTTCCTTAAGTTT+TGG + Chr6:87908355-87908374 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
! TTTGGGATAAATAGTCACTT+TGG + Chr6:87908558-87908577 MsG0680034455.01.T01:intron 30.0%
! TTTTACCCAAAACTTAAGGA+AGG - Chr6:87908364-87908383 None:intergenic 30.0%
!! AGAAGCTTTGTTACTCATAA+GGG + Chr6:87906108-87906127 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
!! AGAGCAAATAGTCATTTTGA+TGG - Chr6:87908135-87908154 None:intergenic 30.0%
!! AGTCACCAGAATTTGTTAAA+AGG + Chr6:87909077-87909096 MsG0680034455.01.T01:CDS 30.0%
!! CTAAGGTTGTTTTCTATACA+AGG - Chr6:87906184-87906203 None:intergenic 30.0%
!!! ATGTTTTGAAGAAATGTGGA+AGG - Chr6:87906286-87906305 None:intergenic 30.0%
AACAAAGCTTCTCTTTCTTG+TGG - Chr6:87906100-87906119 None:intergenic 35.0%
AATGATGGTTGATCAAAAGG+TGG - Chr6:87906502-87906521 None:intergenic 35.0%
ACATTTCAACACACTTCTGT+TGG + Chr6:87908414-87908433 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
ACTAAACTGCTTATCCAAAC+AGG + Chr6:87907309-87907328 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
ATCTATTGTAGGAAACAGTG+AGG + Chr6:87907496-87907515 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
ATGGGATTCACATAATTTGG+TGG - Chr6:87908458-87908477 None:intergenic 35.0%
ATTGCCAAATCTTACAGGTT+TGG + Chr6:87906354-87906373 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
CATGAATGAATTGAGCAAGA+AGG + Chr6:87907688-87907707 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
CCTTTAACCCTAGGAAAATA+CGG + Chr6:87908280-87908299 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
CTAAACTGCTTATCCAAACA+GGG + Chr6:87907310-87907329 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
CTGAAACTTCTTTGCTTCAA+AGG + Chr6:87906566-87906585 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
GAACTGTGGTGAATAATGAT+TGG + Chr6:87909233-87909252 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
GGATCCCACAAGATTTATAT+GGG - Chr6:87908476-87908495 None:intergenic 35.0%
GGATTATTGCCAAATCTTAC+AGG + Chr6:87906349-87906368 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
TATGGTGTGTGAAAAGTTGT+TGG - Chr6:87908186-87908205 None:intergenic 35.0%
TCATTGCCTAATATATGACC+AGG - Chr6:87909175-87909194 None:intergenic 35.0%
TCTCTAAGTGTGTCTTCTAT+TGG + Chr6:87907956-87907975 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
TGATCTTTGTGGATATCCAT+TGG + Chr6:87906618-87906637 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
TGGATCCCACAAGATTTATA+TGG - Chr6:87908477-87908496 None:intergenic 35.0%
TGGGATTCACATAATTTGGT+GGG - Chr6:87908457-87908476 None:intergenic 35.0%
TGTGAGACGATTTGTCTATT+TGG + Chr6:87906933-87906952 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
TTCGTAGATGATGAGAGTAA+AGG - Chr6:87909031-87909050 None:intergenic 35.0%
TTGGAAGAATACCTCTTGAT+TGG + Chr6:87908840-87908859 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
! ATTGTTCGGTGGAAAAGATA+TGG - Chr6:87908204-87908223 None:intergenic 35.0%
! GATGATTTGAGATTTGCATG+TGG - Chr6:87908944-87908963 None:intergenic 35.0%
! TATTGCACCTAGTTCTTCAA+TGG + Chr6:87906684-87906703 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
! TCTTTTCCACCGAACAATTA+AGG + Chr6:87908206-87908225 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
! TGATTTGTACCTTTAACCCT+AGG + Chr6:87908271-87908290 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
!! AGGTTGTTTTCTATACAAGG+TGG - Chr6:87906181-87906200 None:intergenic 35.0%
!! CTTTGAAGCAAAGAAGTTTC+AGG - Chr6:87906568-87906587 None:intergenic 35.0%
!! GAGAAGCTTTGTTACTCATA+AGG + Chr6:87906107-87906126 MsG0680034455.01.T01:CDS 35.0%
!! GTCTTGATGGATTAGAACAT+TGG - Chr6:87908966-87908985 None:intergenic 35.0%
!! TATTATGTCTTGGTGCTAGA+GGG + Chr6:87908809-87908828 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
!! TTATTATGTCTTGGTGCTAG+AGG + Chr6:87908808-87908827 MsG0680034455.01.T01:intron 35.0%
AATCAGCAGATGCAATTGCT+AGG + Chr6:87907716-87907735 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
AATCGTCTCACAAGTGCTTA+TGG - Chr6:87906925-87906944 None:intergenic 40.0%
ACTTTGTCTGAGCTTCTACA+TGG + Chr6:87907830-87907849 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
AGGCCTATTTAGGAGAGTTA+TGG + Chr6:87907152-87907171 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
AGTGTGTTAGCACTCTTCTT+TGG + Chr6:87908540-87908559 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
ATTCAAGGAGTCAACCTTAG+TGG + Chr6:87906253-87906272 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
CGCACTCTAATCTCTTATGT+TGG - Chr6:87908512-87908531 None:intergenic 40.0%
CTAATCCATCAAGACAACCA+AGG + Chr6:87908971-87908990 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
CTGATATGATGCCTGAGAAT+AGG + Chr6:87909344-87909363 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
GAACTAGGTGCAATAGCAAA+AGG - Chr6:87906679-87906698 None:intergenic 40.0%
GCAGTACATGACTTATCCAA+TGG - Chr6:87906637-87906656 None:intergenic 40.0%
GTGTGTTAGCACTCTTCTTT+GGG + Chr6:87908541-87908560 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
TATCCAGACAAGGCCTATTT+AGG + Chr6:87907142-87907161 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
TGGAAGGTAAATAGCCACTA+AGG - Chr6:87906270-87906289 None:intergenic 40.0%
TTTCTCAGGGTCAATACCTT+TGG + Chr6:87906411-87906430 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
! CCGTATTTTCCTAGGGTTAA+AGG - Chr6:87908283-87908302 None:intergenic 40.0%
! CTCATTTTAGGCCTATTCTC+AGG - Chr6:87909358-87909377 None:intergenic 40.0%
! GTGTTAGGTAGAGGAGATTT+TGG + Chr6:87907605-87907624 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
! TTCAGATTGGGTTAGAACTG+TGG + Chr6:87909219-87909238 MsG0680034455.01.T01:CDS 40.0%
!! ACACCTAGGGACTATTTTGA+CGG + Chr6:87908106-87908125 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
!!! AGGGTATGTTTTTGGAGCAT+GGG + Chr6:87907460-87907479 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
!!! TAGGGTATGTTTTTGGAGCA+TGG + Chr6:87907459-87907478 MsG0680034455.01.T01:intron 40.0%
AACCCTAGGAAAATACGGTG+TGG + Chr6:87908285-87908304 MsG0680034455.01.T01:intron 45.0%
ATACGGTGTGGACAACCTTT+AGG + Chr6:87908297-87908316 MsG0680034455.01.T01:intron 45.0%
CATAGTCTGTGAGCTTGGAA+TGG - Chr6:87909000-87909019 None:intergenic 45.0%
CATTCCAAGCTCACAGACTA+TGG + Chr6:87908998-87909017 MsG0680034455.01.T01:CDS 45.0%
CTAGGTGCAATAGCAAAAGG+AGG - Chr6:87906676-87906695 None:intergenic 45.0%
GCGTGTCAGCCTTAATTGTT+CGG - Chr6:87908218-87908237 None:intergenic 45.0%
GGTAACCTTGGTTGTCTTGA+TGG - Chr6:87908979-87908998 None:intergenic 45.0%
TGAGCTTGGAATGGTAACCT+TGG - Chr6:87908991-87909010 None:intergenic 45.0%
TGGAGCATGGGCAAAGAAAA+TGG + Chr6:87907472-87907491 MsG0680034455.01.T01:CDS 45.0%
TGTCAGCCTTAATTGTTCGG+TGG - Chr6:87908215-87908234 None:intergenic 45.0%
! AGTCTTGCTGTCCAATCAAG+AGG - Chr6:87908854-87908873 None:intergenic 45.0%
! GTCCACACCGTATTTTCCTA+GGG - Chr6:87908290-87908309 None:intergenic 45.0%
! TCTCCTAAATAGGCCTTGTC+TGG - Chr6:87907148-87907167 None:intergenic 45.0%
! TGTCCACACCGTATTTTCCT+AGG - Chr6:87908291-87908310 None:intergenic 45.0%
!! TCAGCAGAAGTGTTAGGTAG+AGG + Chr6:87907596-87907615 MsG0680034455.01.T01:CDS 45.0%
!! AAGAAAAATATAAAAAAATT+AGG + Chr6:87907395-87907414 MsG0680034455.01.T01:intron 5.0%
!!! AATAAAATTATTTTTCTTAT+AGG + Chr6:87907440-87907459 MsG0680034455.01.T01:intron 5.0%
!!! ATAAAATTATTTTTCTTATA+GGG + Chr6:87907441-87907460 MsG0680034455.01.T01:intron 5.0%
!!! TAAATTTTCATAAAAAATAA+AGG - Chr6:87907348-87907367 None:intergenic 5.0%
ACGCCGTCAAAATAGTCCCT+AGG - Chr6:87908112-87908131 None:intergenic 50.0%
ATAGCAAAAGGAGGTGGTGC+AGG - Chr6:87906667-87906686 None:intergenic 50.0%
GAAGCCATAGTCTGTGAGCT+TGG - Chr6:87909005-87909024 None:intergenic 50.0%
GGTGCAATAGCAAAAGGAGG+TGG - Chr6:87906673-87906692 None:intergenic 50.0%
GTCTGACTTTAGGCCCTGTT+TGG - Chr6:87907326-87907345 None:intergenic 50.0%
GTGCTAGAGGGTAGAGGAAT+TGG + Chr6:87908821-87908840 MsG0680034455.01.T01:intron 50.0%
!! AGGGCATCAGCAGAAGTGTT+AGG + Chr6:87907590-87907609 MsG0680034455.01.T01:CDS 50.0%
!! GTCTTGGTGCTAGAGGGTAG+AGG + Chr6:87908815-87908834 MsG0680034455.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 87906031 87909432 87906031 ID=MsG0680034455.01;Name=MsG0680034455.01
Chr6 mRNA 87906031 87909432 87906031 ID=MsG0680034455.01.T01;Parent=MsG0680034455.01;Name=MsG0680034455.01.T01;_AED=0.18;_eAED=0.18;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|604
Chr6 exon 87906031 87906850 87906031 ID=MsG0680034455.01.T01:exon:18313;Parent=MsG0680034455.01.T01
Chr6 exon 87907462 87907851 87907462 ID=MsG0680034455.01.T01:exon:18314;Parent=MsG0680034455.01.T01
Chr6 exon 87908828 87909432 87908828 ID=MsG0680034455.01.T01:exon:18315;Parent=MsG0680034455.01.T01
Chr6 CDS 87906031 87906850 87906031 ID=MsG0680034455.01.T01:cds;Parent=MsG0680034455.01.T01
Chr6 CDS 87907462 87907851 87907462 ID=MsG0680034455.01.T01:cds;Parent=MsG0680034455.01.T01
Chr6 CDS 87908828 87909432 87908828 ID=MsG0680034455.01.T01:cds;Parent=MsG0680034455.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680034455.01.T01

ATGTTTTTGTTCATTCTTTCATTGAACATAGTCTTGTGTATTGAAATTGAAATCAAAGATTTTCATCCACAAGAAAGAGAAGCTTTGTTACTCATAAGGGATTCTTTAAATTCTTCATCTATAAATTTGCATAGAAATTGGACAGGACCACCTTGTATAGAAAACAACCTTAGTATATGGTTTGGTATCACTTGTTCAAATTGGCATGTTGTTCATATTACAATTCAAGGAGTCAACCTTAGTGGCTATTTACCTTCCACATTTCTTCAAAACATAACTTTCTTGAGGCAAATTGATTTTAGAAACAATGCACTTTTTGGATTATTGCCAAATCTTACAGGTTTGGTTTTCTTAGAAGAAGTTAAGCTTTCATTTAATCATTTCTCAGGGTCAATACCTTTGGAATATGTTGAATTGCATAGTCTTAAAGTTTTGGAGTTGCAAGAAAATTATTTGGATGGTGAAATTCCACCTTTTGATCAACCATCATTGATAAGTTTCAATGTGTCATATAATCATTTGGTAGGGAAAATTCCTGAAACTTCTTTGCTTCAAAGGTTTCCAAAGAGTTCTTTTGATGATAATTCTGATCTTTGTGGATATCCATTGGATAAGTCATGTACTGCTGAATCTCCTGCACCACCTCCTTTTGCTATTGCACCTAGTTCTTCAATGGAAACAAATAAGAAGAGGATTCATGTTTGGATTATTGTTTTGATTGCTATTGTTGCTGCTTTGTGTCTTTTTCTTATGATTATTGTTTTCTTGTTTTGTAAAAGACAAACTAGAGGAAATGAAACAAGAAGAAATGATTCAGCAAGGTATGTTTTTGGAGCATGGGCAAAGAAAATGGTATCTATTGTAGGAAACAGTGAGGATTCTGAAAAATTAGGCCAATTAGAATTTTCAAACAAGAAATTTCAAGTTTTTGATATGGATGATTTGTTAAGGGCATCAGCAGAAGTGTTAGGTAGAGGAGATTTTGGTGTTACATATAAAGCAACACTTGAAACTGGTAATGTTGTTGCAGTAAAGAGACTTAGTTACATGAATGAATTGAGCAAGAAGGAATTTAATCAGCAGATGCAATTGCTAGGAGAAATAAAGCATGAAAATGTAGCTGAAATTATCTCCTTTTATCATTCAGAAGATCAAAAGCTTGTCATATATGAACTTGTCTCTGATGGCACTTTGTCTGAGCTTCTACATGAGGGTAGAGGAATTGGAAGAATACCTCTTGATTGGACAGCAAGACTTGCCATTATCAAAGACATAGCAAAAGGTCTTGATTTCCTTCATCAATTTTTATCTTCTCACAAAGTTCCACATGCAAATCTCAAATCATCCAATGTTCTAATCCATCAAGACAACCAAGGTTACCATTCCAAGCTCACAGACTATGGCTTCTTACCTTTACTCTCATCATCTACGAAAAATGCAGAAAAGTTATCAATAAGCAAGTCACCAGAATTTGTTAAAAGGAAAAAGTTGACACACAAAACTGATGTATATTGTTTTGGTATCATTATGCTAGAGATTATAACAGGAAAAATTCCTGGTCATATATTAGGCAATGAAGTTGAAGAAACAAGTAATGATCTTTCAGATTGGGTTAGAACTGTGGTGAATAATGATTGGTCTACAGATATATTTGATTTGGAAATATTAGCAGAAAGAGAAGGACATGATGCAATGTTGAATTTAACTGAGATAGCATTGGAGTGTACTGATATGATGCCTGAGAATAGGCCTAAAATGAGTTTAGTGTTGAAGAGAATTGAAGAGATAGAGCAAATGATAAAAGACAATGAGTGA
Protein sequence

>MsG0680034455.01.T01

MFLFILSLNIVLCIEIEIKDFHPQEREALLLIRDSLNSSSINLHRNWTGPPCIENNLSIWFGITCSNWHVVHITIQGVNLSGYLPSTFLQNITFLRQIDFRNNALFGLLPNLTGLVFLEEVKLSFNHFSGSIPLEYVELHSLKVLELQENYLDGEIPPFDQPSLISFNVSYNHLVGKIPETSLLQRFPKSSFDDNSDLCGYPLDKSCTAESPAPPPFAIAPSSSMETNKKRIHVWIIVLIAIVAALCLFLMIIVFLFCKRQTRGNETRRNDSARYVFGAWAKKMVSIVGNSEDSEKLGQLEFSNKKFQVFDMDDLLRASAEVLGRGDFGVTYKATLETGNVVAVKRLSYMNELSKKEFNQQMQLLGEIKHENVAEIISFYHSEDQKLVIYELVSDGTLSELLHEGRGIGRIPLDWTARLAIIKDIAKGLDFLHQFLSSHKVPHANLKSSNVLIHQDNQGYHSKLTDYGFLPLLSSSTKNAEKLSISKSPEFVKRKKLTHKTDVYCFGIIMLEIITGKIPGHILGNEVEETSNDLSDWVRTVVNNDWSTDIFDLEILAEREGHDAMLNLTEIALECTDMMPENRPKMSLVLKRIEEIEQMIKDNE*