AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036338.01

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MsG0780036338.01.T01 AT3G48810 22.314 363 248 2 47 408 313 642 3.96e-28 120
MsG0780036338.01.T01 AT4G11690 25.738 474 304 4 124 588 97 531 2.02e-48 177
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MsG0780036338.01.T01 AT1G79540 24.319 514 335 6 84 553 196 699 1.70e-37 149
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MsG0780036338.01.T01 AT3G16010 22.788 452 314 4 162 578 168 619 6.52e-31 128
MsG0780036338.01.T01 AT3G16010 26.577 444 264 13 183 577 118 548 2.47e-27 117
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MsG0780036338.01.T01 AT3G16010 23.611 288 172 8 28 313 392 633 2.93e-14 76.3
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MsG0780036338.01.T01 AT1G08610 19.630 270 217 0 81 350 274 543 3.79e-13 72.8
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MsG0780036338.01.T01 AT1G20300 24.855 346 248 4 240 580 165 503 8.52e-29 121
MsG0780036338.01.T01 AT1G20300 21.795 234 182 1 80 312 284 517 8.19e-13 71.6
MsG0780036338.01.T01 AT5G62370 23.542 463 335 7 124 580 240 689 8.04e-32 132
MsG0780036338.01.T01 AT5G62370 23.000 500 373 6 81 577 126 616 6.23e-31 129
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MsG0780036338.01.T01 AT5G62370 21.724 580 374 8 66 575 394 963 8.71e-28 119
MsG0780036338.01.T01 AT5G62370 24.125 257 185 4 327 578 91 342 1.13e-13 75.1
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MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 23.547 327 238 4 255 577 188 506 1.85e-25 111
MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 23.390 295 225 1 85 379 262 555 5.24e-23 103
MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 23.333 420 275 6 63 478 171 547 6.15e-23 103
MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 23.774 265 195 3 28 292 281 538 2.91e-19 92.0
MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 24.229 227 168 3 358 584 186 408 1.18e-17 87.0
MsG0780036338.01.T01 AT5G14820 20.705 227 180 0 73 299 354 580 4.66e-13 72.4
MsG0780036338.01.T01 AT5G46680 22.747 466 302 7 126 582 18 434 1.54e-31 128
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MsG0780036338.01.T01 AT5G18475 21.622 296 223 6 280 569 72 364 4.36e-13 72.4
MsG0780036338.01.T01 AT5G18475 27.564 156 103 3 434 584 198 348 2.77e-11 66.6
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MsG0780036338.01.T01 AT5G11310 19.593 393 295 7 78 453 93 481 2.82e-17 85.9
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MsG0780036338.01.T01 AT1G71210 19.703 538 388 10 40 542 315 843 1.01e-20 97.4
MsG0780036338.01.T01 AT1G71210 21.984 514 301 13 147 576 208 705 1.15e-14 78.2
MsG0780036338.01.T01 AT1G71210 21.266 395 293 7 196 582 187 571 9.67e-13 72.0
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MsG0780036338.01.T01 AT4G02750 20.327 551 345 14 88 579 97 612 1.58e-19 93.6
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MsG0780036338.01.T01 AT5G08305 19.518 415 313 9 84 495 71 467 2.56e-11 67.0
MsG0780036338.01.T01 AT3G61170 21.026 390 288 7 190 577 58 429 5.70e-16 82.0
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MsG0780036338.01.T01 AT4G33990 20.915 459 335 9 122 577 118 551 3.62e-14 76.3
MsG0780036338.01.T01 AT5G19020 23.035 369 219 9 207 571 92 399 4.49e-14 75.9
MsG0780036338.01.T01 AT5G19020 19.906 427 277 9 193 578 140 542 1.52e-13 74.3
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MsG0780036338.01.T01 AT1G56570 20.924 368 272 6 120 482 177 530 7.74e-12 68.6
MsG0780036338.01.T01 AT1G56570 24.199 281 201 7 88 365 281 552 1.07e-11 68.2
MsG0780036338.01.T01 AT3G60040 37.383 107 67 0 315 421 489 595 1.14e-12 71.2
MsG0780036338.01.T01 AT3G24000 19.677 310 208 4 300 578 99 398 1.15e-12 71.2
MsG0780036338.01.T01 AT4G21170 21.267 442 298 11 84 518 186 584 1.20e-12 71.2
MsG0780036338.01.T01 AT3G14730 19.762 420 306 9 122 530 127 526 1.38e-12 71.2
MsG0780036338.01.T01 AT3G14730 23.048 269 188 6 330 591 125 381 3.50e-12 69.7
MsG0780036338.01.T01 AT1G09410 19.038 520 356 16 62 572 67 530 1.42e-12 71.2
MsG0780036338.01.T01 AT1G34160 23.482 247 171 5 335 580 148 377 1.44e-12 70.9
MsG0780036338.01.T01 AT1G34160 25.210 238 165 5 185 421 138 363 3.83e-12 69.7
MsG0780036338.01.T01 AT1G59720 23.607 305 210 10 190 487 150 438 1.50e-12 70.9
MsG0780036338.01.T01 AT3G04750 20.792 404 258 10 166 560 172 522 1.55e-12 70.9
MsG0780036338.01.T01 AT1G68980 22.989 348 253 9 26 363 198 540 2.02e-12 70.5
MsG0780036338.01.T01 AT1G68980 22.800 250 189 2 55 303 339 585 5.37e-11 65.9
MsG0780036338.01.T01 AT1G68980 22.581 341 224 13 127 442 193 518 6.55e-11 65.9
MsG0780036338.01.T01 AT4G21880 22.648 287 204 5 60 339 323 598 2.02e-12 70.9
MsG0780036338.01.T01 AT4G21880 22.648 287 204 5 60 339 367 642 2.10e-12 70.9
MsG0780036338.01.T01 AT2G22070 20.121 497 336 14 116 577 44 514 2.20e-12 70.5
MsG0780036338.01.T01 AT4G36680 19.591 342 264 5 96 430 40 377 2.57e-12 69.3
MsG0780036338.01.T01 AT4G36680 20.866 254 182 4 17 253 89 340 6.25e-12 68.2
MsG0780036338.01.T01 AT1G34160 23.482 247 171 5 335 580 101 330 2.58e-12 70.1
MsG0780036338.01.T01 AT1G34160 25.210 238 165 5 185 421 91 316 4.25e-12 69.3
MsG0780036338.01.T01 AT3G20730 19.249 426 277 9 196 571 39 447 2.75e-12 70.1
MsG0780036338.01.T01 AT3G63370 20.849 518 337 14 88 557 215 707 3.16e-12 70.1
MsG0780036338.01.T01 AT1G03540 21.749 423 230 12 222 584 124 505 3.35e-12 69.7
MsG0780036338.01.T01 AT3G25970 18.089 492 380 7 81 569 30 501 3.43e-12 70.1

Find 119 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 135 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGAAATCATGCTCTTATATT+TGG 0.168816 7:+6655846 None:intergenic
ATTTGATGCTTTGTGTAAAT+TGG 0.174735 7:-6655680 MsG0780036338.01.T01:CDS
GACTCTCCATATAATTTAAA+AGG 0.185316 7:+6655425 None:intergenic
ACTTACACAATTATGATTAA+TGG 0.192466 7:-6655058 MsG0780036338.01.T01:CDS
TCATTAAGATAATGTGTTAT+TGG 0.205685 7:-6656596 None:intergenic
TGCATACACAGTTATAATTA+AGG 0.218959 7:-6654954 MsG0780036338.01.T01:CDS
CATTAAGATAATGTGTTATT+GGG 0.250926 7:-6656595 None:intergenic
AAGTTAAAAGAACGTATATT+TGG 0.296197 7:+6656336 None:intergenic
CTAAAGCTTTATCAAAATTA+CGG 0.305505 7:+6655869 None:intergenic
AGAGGCCCATGAGCTCTTTA+AGG 0.311173 7:-6655011 MsG0780036338.01.T01:CDS
TATCCATGGATACTTTCTTC+AGG 0.319306 7:-6655575 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTCGAGCAGTTCAAGAGTTT+CGG 0.351829 7:-6656261 MsG0780036338.01.T01:CDS
AGATAATGTGTTATTGGGAT+TGG 0.356641 7:-6656590 None:intergenic
CCAGAGTTTATTCAAAGAAA+TGG 0.389743 7:-6655536 MsG0780036338.01.T01:CDS
GCATACACAGTTATAATTAA+GGG 0.390562 7:-6654953 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATCTATACTGCCATGGTTAA+CGG 0.391077 7:-6655286 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTGGGATTGGACTAGAAAGT+TGG 0.400784 7:-6656577 MsG0780036338.01.T01:CDS
TAACAGCTTCCATAAGTTCA+TGG 0.403374 7:+6655233 None:intergenic
GAAGAAAGTATCCATGGATA+AGG 0.406037 7:+6655578 None:intergenic
CCATTTCTTTGAATAAACTC+TGG 0.409397 7:+6655536 None:intergenic
GTTACATGGCAATAAGAATC+AGG 0.415009 7:+6656126 None:intergenic
TTTGATGCTTTGTGTAAATT+GGG 0.416467 7:-6655679 MsG0780036338.01.T01:CDS
GTTTGAAGAATCCAAGGAAT+CGG 0.422372 7:-6655737 MsG0780036338.01.T01:CDS
TAGAAATCGTAGTGACTTTG+AGG 0.425612 7:-6655455 MsG0780036338.01.T01:CDS
CCTCCATTGCTTGGATGAGA+TGG 0.428500 7:-6655785 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTAAGGATATGAAGGAAAG+AGG 0.430282 7:-6654995 MsG0780036338.01.T01:CDS
GGATGAGATGGGAAGGGCTT+CGG 0.432338 7:-6655773 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATCCATGGATACTTTCTTCA+GGG 0.432371 7:-6655574 MsG0780036338.01.T01:CDS
AAGAAACAAGCCCGATTCCT+TGG 0.433579 7:+6655726 None:intergenic
ATATAAGAGCATGATTTCTC+AGG 0.438205 7:-6655842 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTGATTTCTTGTTACAAACT+AGG 0.438647 7:-6656377 MsG0780036338.01.T01:CDS
CACGTATACCATTGTCATTA+AGG 0.439674 7:-6656220 MsG0780036338.01.T01:CDS
TATAGTGAAATGATTGATAT+AGG 0.442656 7:-6654890 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTGAATACATTACTTTGCT+GGG 0.444431 7:+6655175 None:intergenic
ATTGTGTAAGTTACAGCATC+AGG 0.445951 7:+6655070 None:intergenic
TTAAAGAGCTCATGGGCCTC+TGG 0.451070 7:+6655013 None:intergenic
TAGTTGCATCCTCCATTGCT+TGG 0.455187 7:-6655794 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTAATTTGTTCATCCAGGC+AGG 0.455264 7:-6655100 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATTGAAGGTTTGTGTTCAGC+AGG 0.457238 7:-6655364 MsG0780036338.01.T01:CDS
CTTCATCGTGTTTAACCAAC+CGG 0.457437 7:+6656304 None:intergenic
TACAAACTAGGGAGAATGTT+GGG 0.457585 7:-6656365 MsG0780036338.01.T01:CDS
GCTATGTAAGAAGGGTGATT+TGG 0.458437 7:-6656196 MsG0780036338.01.T01:CDS
ACATTATAAGCAACAACGTC+GGG 0.464203 7:+6655496 None:intergenic
GCCTACACCGCGATTATTCG+TGG 0.466565 7:-6656009 MsG0780036338.01.T01:CDS
TGATTTCTTGTTACAAACTA+GGG 0.468084 7:-6656376 MsG0780036338.01.T01:CDS
CATTTCTTTGAATAAACTCT+GGG 0.468857 7:+6655537 None:intergenic
ACACATAAGATTATCATTGA+AGG 0.469137 7:-6655379 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTGTTTAATTTGTTCATCC+AGG 0.470428 7:-6655104 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATCTTATGTGTAGTAGAGTT+CGG 0.477190 7:+6655391 None:intergenic
CATTAAGGCGCTATGTAAGA+AGG 0.483298 7:-6656205 MsG0780036338.01.T01:CDS
ACTGTGTATGCAATGACATC+AGG 0.489785 7:+6654965 None:intergenic
TTCAAAGAAATGGAGGAAAG+AGG 0.490622 7:-6655526 MsG0780036338.01.T01:CDS
AACAGCGGGCACACGGAGAT+AGG 0.494396 7:-6654923 MsG0780036338.01.T01:CDS
TCATATCCTTAAAGAGCTCA+TGG 0.496886 7:+6655005 None:intergenic
TTTGAAGAATCCAAGGAATC+GGG 0.497696 7:-6655736 MsG0780036338.01.T01:CDS
AATAAACTCTGGGCTTCGAC+GGG 0.499257 7:+6655547 None:intergenic
TGCTTTGTGTAAATTGGGTA+AGG 0.500919 7:-6655674 MsG0780036338.01.T01:CDS
GTTTATTGTGCATTAGTCCA+TGG 0.501021 7:-6655904 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATTGATGAAATGAAGGAAGC+TGG 0.501050 7:-6656156 MsG0780036338.01.T01:CDS
AAGAAAGTATCCATGGATAA+GGG 0.505688 7:+6655579 None:intergenic
ATGGAAGCTGTTAAGTTGCT+AGG 0.506100 7:-6655223 MsG0780036338.01.T01:CDS
GCACAATAAACATACACATC+AGG 0.507419 7:+6655916 None:intergenic
AACAGCTTCCATAAGTTCAT+GGG 0.511660 7:+6655234 None:intergenic
GATGGGAAGGGCTTCGGAAG+TGG 0.515810 7:-6655767 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTACAAACTAGGGAGAATGT+TGG 0.518915 7:-6656366 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTAAGGGCTTGTTGAACAGC+GGG 0.520242 7:-6654937 MsG0780036338.01.T01:CDS
TGTAGGCATATTTATCTACA+TGG 0.524621 7:+6656025 None:intergenic
TGAGCTCTTTAAGGATATGA+AGG 0.525951 7:-6655002 MsG0780036338.01.T01:CDS
CATCAGGTGTAAATCCTGCC+TGG 0.529729 7:+6655086 None:intergenic
AGGTTTGTGTTCAGCAGGCA+AGG 0.529808 7:-6655359 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTGATGAAATGAAGGAAGCT+GGG 0.540775 7:-6656155 MsG0780036338.01.T01:CDS
CTCCATTGCTTGGATGAGAT+GGG 0.541390 7:-6655784 MsG0780036338.01.T01:CDS
CACTACACAACCCTTATCCA+TGG 0.544807 7:-6655589 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTAAATTATATGGAGAGTCA+AGG 0.551522 7:-6655421 MsG0780036338.01.T01:CDS
GGATGATGCAGTAGGTATGC+TGG 0.555008 7:-6655650 MsG0780036338.01.T01:CDS
CTTGTTGAACAGCGGGCACA+CGG 0.555727 7:-6654930 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTCCCATCTCATCCAAGCAA+TGG 0.555964 7:+6655782 None:intergenic
ACTACGATTTCTAAACAAAC+CGG 0.556568 7:+6655465 None:intergenic
TAACTTTCTTATCAACCGGT+TGG 0.556641 7:-6656319 MsG0780036338.01.T01:CDS
GCTTATAATGTACTAGCCGC+CGG 0.562977 7:-6655484 MsG0780036338.01.T01:CDS
GAATAAACTCTGGGCTTCGA+CGG 0.566120 7:+6655546 None:intergenic
ATTGCTTGGATGAGATGGGA+AGG 0.568663 7:-6655780 MsG0780036338.01.T01:CDS
AAAACATTGATTTCAAAACA+TGG 0.571574 7:+6656513 None:intergenic
TACCCTGAAGAAAGTATCCA+TGG 0.571618 7:+6655572 None:intergenic
CCCACGAATAATCGCGGTGT+AGG 0.575667 7:+6656008 None:intergenic
GCCCCTCAATAAAAGTTACA+TGG 0.579861 7:+6656112 None:intergenic
TCGTGTGATTGATGAAATGA+AGG 0.580862 7:-6656163 MsG0780036338.01.T01:CDS
TACTGCATTGTGCTGTACGA+AGG 0.581913 7:-6655146 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATTAAGGGCTTGTTGAACAG+CGG 0.582130 7:-6654938 MsG0780036338.01.T01:CDS
AGATATGTTTGAAGAATCCA+AGG 0.582285 7:-6655743 MsG0780036338.01.T01:CDS
AAACATTGATTTCAAAACAT+GGG 0.586255 7:+6656514 None:intergenic
TTAAGGATATGAAGGAAAGA+GGG 0.587693 7:-6654994 MsG0780036338.01.T01:CDS
CCTACACCGCGATTATTCGT+GGG 0.588299 7:-6656008 MsG0780036338.01.T01:CDS
TATAAGAGCATGATTTCTCA+GGG 0.592128 7:-6655841 MsG0780036338.01.T01:CDS
TGAAATGAAGGAAGCTGGGG+TGG 0.600389 7:-6656151 MsG0780036338.01.T01:CDS
TACGGCTATTACAATAACCA+TGG 0.601063 7:+6655887 None:intergenic
TTGCTTGGATGAGATGGGAA+GGG 0.604311 7:-6655779 MsG0780036338.01.T01:CDS
TGTTGAAATCTATACTGCCA+TGG 0.606530 7:-6655293 MsG0780036338.01.T01:CDS
TGCTCCAAGTTTACAAAACG+AGG 0.612308 7:-6656053 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTGTGTAAATTGGGTAAGG+TGG 0.613343 7:-6655671 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATTAAGGCGCTATGTAAGAA+GGG 0.614623 7:-6656204 MsG0780036338.01.T01:CDS
GAGTTTATTCAAAGAAATGG+AGG 0.617379 7:-6655533 MsG0780036338.01.T01:CDS
ATGAAGTCGATACGGCGTTG+TGG 0.618798 7:-6656287 MsG0780036338.01.T01:CDS
TTTCATATTCATCTTCAACA+TGG 0.622485 7:+6655198 None:intergenic
TAAACACGATGAAGTCGATA+CGG 0.622693 7:-6656295 MsG0780036338.01.T01:CDS
CCATCTCATCCAAGCAATGG+AGG 0.627333 7:+6655785 None:intergenic
GAAGGGTGATTTGGAAAACG+TGG 0.631035 7:-6656187 MsG0780036338.01.T01:CDS
GTAGGCATATTTATCTACAT+GGG 0.632095 7:+6656026 None:intergenic
GGTAAGGTGGATGATGCAGT+AGG 0.637844 7:-6655658 MsG0780036338.01.T01:CDS
CATATCCTTAAAGAGCTCAT+GGG 0.647465 7:+6655006 None:intergenic
TTATATGGAGAGTCAAGGTG+TGG 0.647828 7:-6655416 MsG0780036338.01.T01:CDS
TACATTATAAGCAACAACGT+CGG 0.649225 7:+6655495 None:intergenic
TGATGAAATGAAGGAAGCTG+GGG 0.655190 7:-6656154 MsG0780036338.01.T01:CDS
ACATAGCGCCTTAATGACAA+TGG 0.658966 7:+6656212 None:intergenic
TAAGACGAATTGCTTGCCAG+AGG 0.673313 7:-6655029 MsG0780036338.01.T01:CDS
ACGATTTCTAAACAAACCGG+CGG 0.681666 7:+6655468 None:intergenic
TGCTGTACGAAGGATATGAA+AGG 0.692933 7:-6655136 MsG0780036338.01.T01:CDS
ACAAAACCCACGAATAATCG+CGG 0.702955 7:+6656002 None:intergenic
TACACAATAACCGTTAACCA+TGG 0.703209 7:+6655276 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTGAACCTTTTAAATTATA+TGG - Chr7:6655974-6655993 MsG0780036338.01.T01:CDS 15.0%
!! AAGTTAAAAGAACGTATATT+TGG + Chr7:6655072-6655091 None:intergenic 20.0%
!! ACTTACACAATTATGATTAA+TGG - Chr7:6656347-6656366 MsG0780036338.01.T01:CDS 20.0%
!! TATAGTGAAATGATTGATAT+AGG - Chr7:6656515-6656534 MsG0780036338.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAACATTGATTTCAAAACA+TGG + Chr7:6654895-6654914 None:intergenic 20.0%
!!! AAACATTGATTTCAAAACAT+GGG + Chr7:6654894-6654913 None:intergenic 20.0%
!!! CTAAAGCTTTATCAAAATTA+CGG + Chr7:6655539-6655558 None:intergenic 20.0%
! ACACATAAGATTATCATTGA+AGG - Chr7:6656026-6656045 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAATCATGCTCTTATATT+TGG + Chr7:6655562-6655581 None:intergenic 25.0%
! ATTTGATGCTTTGTGTAAAT+TGG - Chr7:6655725-6655744 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! CAGACAATTAAAAAATGCAT+TGG + Chr7:6656081-6656100 None:intergenic 25.0%
! CATTTCTTTGAATAAACTCT+GGG + Chr7:6655871-6655890 None:intergenic 25.0%
! GACTCTCCATATAATTTAAA+AGG + Chr7:6655983-6656002 None:intergenic 25.0%
! GCATACACAGTTATAATTAA+GGG - Chr7:6656452-6656471 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! TGATTTCTTGTTACAAACTA+GGG - Chr7:6655029-6655048 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! TGCATACACAGTTATAATTA+AGG - Chr7:6656451-6656470 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! TTAAATTATATGGAGAGTCA+AGG - Chr7:6655984-6656003 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! TTGATTTCTTGTTACAAACT+AGG - Chr7:6655028-6655047 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCATATTCATCTTCAACA+TGG + Chr7:6656210-6656229 None:intergenic 25.0%
! TTTGAATACATTACTTTGCT+GGG + Chr7:6656233-6656252 None:intergenic 25.0%
! TTTGATGCTTTGTGTAAATT+GGG - Chr7:6655726-6655745 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTGAATACATTACTTTGC+TGG + Chr7:6656234-6656253 None:intergenic 25.0%
!!! ACTTGTTTAGAGCTTTTAAT+GGG - Chr7:6654962-6654981 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTTTAACTTTCTTATCAAC+CGG - Chr7:6655082-6655101 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
!!! TACTTGTTTAGAGCTTTTAA+TGG - Chr7:6654961-6654980 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTGTTTAATTTGTTCATCC+AGG - Chr7:6656301-6656320 MsG0780036338.01.T01:CDS 25.0%
AAAAATAACATGTCGGATTC+GGG - Chr7:6655321-6655340 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
ACTACGATTTCTAAACAAAC+CGG + Chr7:6655943-6655962 None:intergenic 30.0%
AGATATGTTTGAAGAATCCA+AGG - Chr7:6655662-6655681 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
ATCTTATGTGTAGTAGAGTT+CGG + Chr7:6656017-6656036 None:intergenic 30.0%
CAAAAATAACATGTCGGATT+CGG - Chr7:6655320-6655339 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
CCAGAGTTTATTCAAAGAAA+TGG - Chr7:6655869-6655888 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
CCATTTCTTTGAATAAACTC+TGG + Chr7:6655872-6655891 None:intergenic 30.0%
GAGTTTATTCAAAGAAATGG+AGG - Chr7:6655872-6655891 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
GTAGGCATATTTATCTACAT+GGG + Chr7:6655382-6655401 None:intergenic 30.0%
TACATTATAAGCAACAACGT+CGG + Chr7:6655913-6655932 None:intergenic 30.0%
TGAAAAATCCCATGAACTTA+TGG - Chr7:6656163-6656182 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
TGTAGGCATATTTATCTACA+TGG + Chr7:6655383-6655402 None:intergenic 30.0%
TTAAGGATATGAAGGAAAGA+GGG - Chr7:6656411-6656430 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
TTTAAGGATATGAAGGAAAG+AGG - Chr7:6656410-6656429 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! ATATAAGAGCATGATTTCTC+AGG - Chr7:6655563-6655582 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! GTTTTCAAAAAGCTAAGAAG+AGG - Chr7:6656567-6656586 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! TATAAGAGCATGATTTCTCA+GGG - Chr7:6655564-6655583 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! TGCCATGTAACTTTTATTGA+GGG - Chr7:6655291-6655310 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! TTGCCATGTAACTTTTATTG+AGG - Chr7:6655290-6655309 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCAGATATGGAAAAGCA+AGG - Chr7:6655459-6655478 MsG0780036338.01.T01:CDS 30.0%
!! AAGAAAGTATCCATGGATAA+GGG + Chr7:6655829-6655848 None:intergenic 30.0%
!! GTTCATGGGATTTTTCAATA+AGG + Chr7:6656160-6656179 None:intergenic 30.0%
AACAGCTTCCATAAGTTCAT+GGG + Chr7:6656174-6656193 None:intergenic 35.0%
ACATTATAAGCAACAACGTC+GGG + Chr7:6655912-6655931 None:intergenic 35.0%
ATCCATGGATACTTTCTTCA+GGG - Chr7:6655831-6655850 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
ATCTATACTGCCATGGTTAA+CGG - Chr7:6656119-6656138 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
ATTGATGAAATGAAGGAAGC+TGG - Chr7:6655249-6655268 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTGTAAGTTACAGCATC+AGG + Chr7:6656338-6656357 None:intergenic 35.0%
CACGTATACCATTGTCATTA+AGG - Chr7:6655185-6655204 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
CATATCCTTAAAGAGCTCAT+GGG + Chr7:6656402-6656421 None:intergenic 35.0%
GCACAATAAACATACACATC+AGG + Chr7:6655492-6655511 None:intergenic 35.0%
GCTGTGCAAAAATAACATGT+CGG - Chr7:6655314-6655333 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
GTTACATGGCAATAAGAATC+AGG + Chr7:6655282-6655301 None:intergenic 35.0%
GTTTATTGTGCATTAGTCCA+TGG - Chr7:6655501-6655520 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
GTTTGAAGAATCCAAGGAAT+CGG - Chr7:6655668-6655687 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TAAACACGATGAAGTCGATA+CGG - Chr7:6655110-6655129 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TAACAGCTTCCATAAGTTCA+TGG + Chr7:6656175-6656194 None:intergenic 35.0%
TAACTTTCTTATCAACCGGT+TGG - Chr7:6655086-6655105 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TACAAACTAGGGAGAATGTT+GGG - Chr7:6655040-6655059 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TACACAATAACCGTTAACCA+TGG + Chr7:6656132-6656151 None:intergenic 35.0%
TACGGCTATTACAATAACCA+TGG + Chr7:6655521-6655540 None:intergenic 35.0%
TAGAAATCGTAGTGACTTTG+AGG - Chr7:6655950-6655969 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TATCCATGGATACTTTCTTC+AGG - Chr7:6655830-6655849 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TCATATCCTTAAAGAGCTCA+TGG + Chr7:6656403-6656422 None:intergenic 35.0%
TCGTGTGATTGATGAAATGA+AGG - Chr7:6655242-6655261 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TGCTTTGTGTAAATTGGGTA+AGG - Chr7:6655731-6655750 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TGTTGAAATCTATACTGCCA+TGG - Chr7:6656112-6656131 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TTACAAACTAGGGAGAATGT+TGG - Chr7:6655039-6655058 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TTCAAAGAAATGGAGGAAAG+AGG - Chr7:6655879-6655898 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TTGATGAAATGAAGGAAGCT+GGG - Chr7:6655250-6655269 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TTTGAAGAATCCAAGGAATC+GGG - Chr7:6655669-6655688 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTGTAAATTGGGTAAGG+TGG - Chr7:6655734-6655753 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
! ATTAAGGCGCTATGTAAGAA+GGG - Chr7:6655201-6655220 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
! CATTCCTCGTTTTGTAAACT+TGG + Chr7:6655359-6655378 None:intergenic 35.0%
! GCCATGTAACTTTTATTGAG+GGG - Chr7:6655292-6655311 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
! TGAGCTCTTTAAGGATATGA+AGG - Chr7:6656403-6656422 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
!! GAAGAAAGTATCCATGGATA+AGG + Chr7:6655830-6655849 None:intergenic 35.0%
!! TGAGAGTGTGTTTTCAGATA+TGG - Chr7:6655449-6655468 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTAATTTGTTCATCCAGGC+AGG - Chr7:6656305-6656324 MsG0780036338.01.T01:CDS 35.0%
ACAAAACCCACGAATAATCG+CGG + Chr7:6655406-6655425 None:intergenic 40.0%
ACATAGCGCCTTAATGACAA+TGG + Chr7:6655196-6655215 None:intergenic 40.0%
ACGATTTCTAAACAAACCGG+CGG + Chr7:6655940-6655959 None:intergenic 40.0%
ACTGTGTATGCAATGACATC+AGG + Chr7:6656443-6656462 None:intergenic 40.0%
ATTGAAGGTTTGTGTTCAGC+AGG - Chr7:6656041-6656060 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
CTTCATCGTGTTTAACCAAC+CGG + Chr7:6655104-6655123 None:intergenic 40.0%
GCCCCTCAATAAAAGTTACA+TGG + Chr7:6655296-6655315 None:intergenic 40.0%
GCTATGTAAGAAGGGTGATT+TGG - Chr7:6655209-6655228 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
TGATGAAATGAAGGAAGCTG+GGG - Chr7:6655251-6655270 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
TGCTCCAAGTTTACAAAACG+AGG - Chr7:6655352-6655371 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
TGCTGTACGAAGGATATGAA+AGG - Chr7:6656269-6656288 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
TTATATGGAGAGTCAAGGTG+TGG - Chr7:6655989-6656008 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
TTCGAGCAGTTCAAGAGTTT+CGG - Chr7:6655144-6655163 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
! ATGGAAGCTGTTAAGTTGCT+AGG - Chr7:6656182-6656201 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
! CATTAAGGCGCTATGTAAGA+AGG - Chr7:6655200-6655219 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
! TTGGGATTGGACTAGAAAGT+TGG - Chr7:6654828-6654847 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTAAGGGCTTGTTGAACAG+CGG - Chr7:6656467-6656486 MsG0780036338.01.T01:CDS 40.0%
!! TACCCTGAAGAAAGTATCCA+TGG + Chr7:6655836-6655855 None:intergenic 40.0%
!!! CAGCGTTTTAAAGTTGTGTC+TGG + Chr7:6656548-6656567 None:intergenic 40.0%
AAGAAACAAGCCCGATTCCT+TGG + Chr7:6655682-6655701 None:intergenic 45.0%
AATAAACTCTGGGCTTCGAC+GGG + Chr7:6655861-6655880 None:intergenic 45.0%
ATTGCTTGGATGAGATGGGA+AGG - Chr7:6655625-6655644 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
CACTACACAACCCTTATCCA+TGG - Chr7:6655816-6655835 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
CTCCATTGCTTGGATGAGAT+GGG - Chr7:6655621-6655640 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
GAATAAACTCTGGGCTTCGA+CGG + Chr7:6655862-6655881 None:intergenic 45.0%
GCTTATAATGTACTAGCCGC+CGG - Chr7:6655921-6655940 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
TAAGACGAATTGCTTGCCAG+AGG - Chr7:6656376-6656395 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
TACTGCATTGTGCTGTACGA+AGG - Chr7:6656259-6656278 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
TAGTTGCATCCTCCATTGCT+TGG - Chr7:6655611-6655630 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
TTCCCATCTCATCCAAGCAA+TGG + Chr7:6655626-6655645 None:intergenic 45.0%
TTGCTTGGATGAGATGGGAA+GGG - Chr7:6655626-6655645 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
! GAAGGGTGATTTGGAAAACG+TGG - Chr7:6655218-6655237 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
!! TTAAGGGCTTGTTGAACAGC+GGG - Chr7:6656468-6656487 MsG0780036338.01.T01:CDS 45.0%
AGAGGCCCATGAGCTCTTTA+AGG - Chr7:6656394-6656413 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
AGGTTTGTGTTCAGCAGGCA+AGG - Chr7:6656046-6656065 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
ATGAAGTCGATACGGCGTTG+TGG - Chr7:6655118-6655137 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
CATCAGGTGTAAATCCTGCC+TGG + Chr7:6656322-6656341 None:intergenic 50.0%
CCATCTCATCCAAGCAATGG+AGG + Chr7:6655623-6655642 None:intergenic 50.0%
CCTACACCGCGATTATTCGT+GGG - Chr7:6655397-6655416 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
CCTCCATTGCTTGGATGAGA+TGG - Chr7:6655620-6655639 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
GGATGATGCAGTAGGTATGC+TGG - Chr7:6655755-6655774 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
GGTAAGGTGGATGATGCAGT+AGG - Chr7:6655747-6655766 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
TGAAATGAAGGAAGCTGGGG+TGG - Chr7:6655254-6655273 MsG0780036338.01.T01:CDS 50.0%
TTAAAGAGCTCATGGGCCTC+TGG + Chr7:6656395-6656414 None:intergenic 50.0%
CCCACGAATAATCGCGGTGT+AGG + Chr7:6655400-6655419 None:intergenic 55.0%
CTTGTTGAACAGCGGGCACA+CGG - Chr7:6656475-6656494 MsG0780036338.01.T01:CDS 55.0%
GCCTACACCGCGATTATTCG+TGG - Chr7:6655396-6655415 MsG0780036338.01.T01:CDS 55.0%
GGATGAGATGGGAAGGGCTT+CGG - Chr7:6655632-6655651 MsG0780036338.01.T01:CDS 55.0%
AACAGCGGGCACACGGAGAT+AGG - Chr7:6656482-6656501 MsG0780036338.01.T01:CDS 60.0%
GATGGGAAGGGCTTCGGAAG+TGG - Chr7:6655638-6655657 MsG0780036338.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 6654820 6656607 6654820 ID=MsG0780036338.01;Name=MsG0780036338.01
Chr7 mRNA 6654820 6656607 6654820 ID=MsG0780036338.01.T01;Parent=MsG0780036338.01;Name=MsG0780036338.01.T01;_AED=0.38;_eAED=0.38;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|595
Chr7 exon 6654820 6656607 6654820 ID=MsG0780036338.01.T01:exon:3606;Parent=MsG0780036338.01.T01
Chr7 CDS 6654820 6656607 6654820 ID=MsG0780036338.01.T01:cds;Parent=MsG0780036338.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780036338.01.T01

ATGTGTTATTGGGATTGGACTAGAAAGTTGGATTCTTTGTTTCTTGATATCATTGATCATTCTAAGCAAGACCCATGTTTTGAAATCAATGTTTTGTTTGATTCATTGTTTGAAAGTGTTGATGATGTGAATGAAGATCATTACTTGTTTAGAGCTTTTAATGGGTTTGTTAAAGCTTGTGTTAGTCGTAATATGTTTGATGAAGCTATTGATTTCTTGTTACAAACTAGGGAGAATGTTGGGATTTTGCCAAATATACGTTCTTTTAACTTTCTTATCAACCGGTTGGTTAAACACGATGAAGTCGATACGGCGTTGTGGTTATTCGAGCAGTTCAAGAGTTTCGGTTTGATCTTTAACGAGTACACGTATACCATTGTCATTAAGGCGCTATGTAAGAAGGGTGATTTGGAAAACGTGGATCGTGTGATTGATGAAATGAAGGAAGCTGGGGTGGATCCTGATTCTTATTGCCATGTAACTTTTATTGAGGGGCTGTGCAAAAATAACATGTCGGATTCGGGATATGCAGTGCTCCAAGTTTACAAAACGAGGAATGCCCATGTAGATAAATATGCCTACACCGCGATTATTCGTGGGTTTTGTAATGAATTGAAATTAGATGAAGCTGAGAGTGTGTTTTCAGATATGGAAAAGCAAGGACTTGTTCCTGATGTGTATGTTTATTGTGCATTAGTCCATGGTTATTGTAATAGCCGTAATTTTGATAAAGCTTTAGCCAAATATAAGAGCATGATTTCTCAGGGTATAAAGACAAATTGTGTGATTTTTAGTTGCATCCTCCATTGCTTGGATGAGATGGGAAGGGCTTCGGAAGTGGTAGATATGTTTGAAGAATCCAAGGAATCGGGCTTGTTTCTTGACAGTAAAGCTTACAATATTGTATTTGATGCTTTGTGTAAATTGGGTAAGGTGGATGATGCAGTAGGTATGCTGGATGAGTTGAAATCTATGCAAATCGATGTAGATATGAAACACTACACAACCCTTATCCATGGATACTTTCTTCAGGGTAAACCCGTCGAAGCCCAGAGTTTATTCAAAGAAATGGAGGAAAGAGGATTTAAACCCGACGTTGTTGCTTATAATGTACTAGCCGCCGGTTTGTTTAGAAATCGTAGTGACTTTGAGGTATTGAACCTTTTAAATTATATGGAGAGTCAAGGTGTGGAGCCGAACTCTACTACACATAAGATTATCATTGAAGGTTTGTGTTCAGCAGGCAAGGTTGAAGAAGCCAATGCATTTTTTAATTGTCTGAAAGTTAAAAGTGTTGAAATCTATACTGCCATGGTTAACGGTTATTGTGTAGCTGACCTTATTGAAAAATCCCATGAACTTATGGAAGCTGTTAAGTTGCTAGGCACCATGTTGAAGATGAATATGAAACCCAGCAAAGTAATGTATTCAAAAATATTTACTGCATTGTGCTGTACGAAGGATATGAAAGGTGCTCGCACTTTGTTTAATTTGTTCATCCAGGCAGGATTTACACCTGATGCTGTAACTTACACAATTATGATTAATGGTTATTGTAAGACGAATTGCTTGCCAGAGGCCCATGAGCTCTTTAAGGATATGAAGGAAAGAGGGATCAAACCTGATGTCATTGCATACACAGTTATAATTAAGGGCTTGTTGAACAGCGGGCACACGGAGATAGGCTCGCAGTTGTATAGTGAAATGATTGATATAGGAATGACACCAGACACAACTTTAAAACGCTGTTTTCAAAAAGCTAAGAAGAGGCAATTTCATCAGAGCTAG
Protein sequence

>MsG0780036338.01.T01

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