AlfalfaGEDB | MsG0780039881.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039881.01

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Find 79 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 166 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
ACTTTGGTTGTTGGAGCTTT+TGG	0.170093	7:-70053920	MsG0780039881.01.T01:CDS
TGTGAGGCAAGATAAATTTA+AGG	0.177355	7:-70054011	MsG0780039881.01.T01:CDS
TGGTCCTATGGTCATAAATT+TGG	0.205453	7:+70054528	None:intergenic
CTTGATGTTGCTAAGAGATT+TGG	0.251127	7:-70055937	MsG0780039881.01.T01:CDS
TAAATTTAAGGATTGTATAT+TGG	0.272214	7:-70053999	MsG0780039881.01.T01:CDS
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AAGCCTATTTGGATAGGTTT+TGG	0.287622	7:-70056059	MsG0780039881.01.T01:CDS
CAAATACAAGAATTAGCTTA+TGG	0.310421	7:-70054343	MsG0780039881.01.T01:CDS
GGATTGTATATTGGAAATAA+TGG	0.323777	7:-70053990	MsG0780039881.01.T01:CDS
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CTTAAACAGAATATAAATTA+AGG	0.339123	7:+70053753	None:intergenic
CTCTTGTCTAAGAACTTTGA+TGG	0.342242	7:+70054499	None:intergenic
TAGTGGAAGTTACTTCTTAT+GGG	0.342551	7:-70054311	MsG0780039881.01.T01:CDS
ACATAAACAACTGATCCTTT+TGG	0.342943	7:+70054400	None:intergenic
ATTTCTGATGGATTTGATAA+TGG	0.347773	7:-70056108	MsG0780039881.01.T01:CDS
TTGCCAAAACCTATCCAAAT+AGG	0.353712	7:+70056056	None:intergenic
GAAATAATGGAGGGTGATAA+AGG	0.354787	7:-70053977	MsG0780039881.01.T01:CDS
CAATGGAAGACTTTGGTTGT+TGG	0.355802	7:-70053929	MsG0780039881.01.T01:CDS
ATGTGACCTTGTAATGGATA+TGG	0.359919	7:+70056252	None:intergenic
CACCAAACAATGAACTTTGT+TGG	0.359955	7:+70056278	None:intergenic
ACAATTTGTTTCTCATCAAT+AGG	0.360098	7:+70054031	None:intergenic
TCGATTGGACAATGAAGATT+TGG	0.369442	7:-70054552	MsG0780039881.01.T01:CDS
GCTTATGGTTTGAGAGATAG+TGG	0.372510	7:-70054328	MsG0780039881.01.T01:CDS
CCCTTCATGTTGCAAAAGCT+TGG	0.387220	7:+70056209	None:intergenic
GTTCTAGCTCATGAGGCAAT+TGG	0.391905	7:-70054196	MsG0780039881.01.T01:CDS
GGTCCTATGGTCATAAATTT+GGG	0.396631	7:+70054529	None:intergenic
CAAAGTTTATTGCTGATGTT+TGG	0.398702	7:-70054072	MsG0780039881.01.T01:CDS
AGCCAACAAAGTTCATTGTT+TGG	0.399459	7:-70056280	MsG0780039881.01.T01:CDS
ATGGTGTTGTTGAAGAAGTT+GGG	0.404805	7:-70056089	MsG0780039881.01.T01:CDS
GCAAGTTCTTGCGGTGGTAA+AGG	0.407519	7:+70056163	None:intergenic
CAAGTTCTTGCGGTGGTAAA+GGG	0.407904	7:+70056164	None:intergenic
ATTATCAAATCCATCAGAAA+TGG	0.416142	7:+70056110	None:intergenic
ATTGCTGATGTTTGGAAGAT+GGG	0.421458	7:-70054064	MsG0780039881.01.T01:CDS
GTCTAAGAACTTTGATGGTA+TGG	0.429922	7:+70054504	None:intergenic
GCTAAGAGATTTGGAATTGT+TGG	0.430268	7:-70055928	MsG0780039881.01.T01:CDS
ACAATGAACTTTGTTGGCTA+TGG	0.440329	7:+70056284	None:intergenic
AATGGTGTTGTTGAAGAAGT+TGG	0.440595	7:-70056090	MsG0780039881.01.T01:CDS
TTCTAGCTCATGAGGCAATT+GGG	0.448006	7:-70054195	MsG0780039881.01.T01:CDS
CACATTGGAAGCATTGAGCT+TGG	0.462079	7:-70054143	MsG0780039881.01.T01:CDS
CATTGTGGTATTGCAATAGT+TGG	0.464533	7:+70054115	None:intergenic
ATCAGCAATAAACTTTGCAT+TGG	0.469343	7:+70054078	None:intergenic
AGCTTGGAGAATTGAAGCAT+TGG	0.481416	7:+70056225	None:intergenic
GGATTTATGTGACCTTGTAA+TGG	0.483894	7:+70056246	None:intergenic
TATTGCTGATGTTTGGAAGA+TGG	0.486553	7:-70054065	MsG0780039881.01.T01:CDS
ACATTGGAAGCATTGAGCTT+GGG	0.487477	7:-70054142	MsG0780039881.01.T01:CDS
TGATGGTATGGATGGTCCTA+TGG	0.493722	7:+70054516	None:intergenic
ACAATCGAAACCATTTCTGA+TGG	0.498083	7:-70056120	MsG0780039881.01.T01:CDS
GATACAAAGCCTATTTGGAT+AGG	0.500845	7:-70056065	MsG0780039881.01.T01:CDS
GTGTTACCATATCCATTACA+AGG	0.512570	7:-70056258	MsG0780039881.01.T01:CDS
AATAATTGTAGGTCGTCGAT+TGG	0.523193	7:-70054567	MsG0780039881.01.T01:intron
TGTCACACAATGGAAGACTT+TGG	0.530433	7:-70053936	MsG0780039881.01.T01:CDS
GACATGGTGCTCTCAGCTAA+AGG	0.542435	7:-70054218	MsG0780039881.01.T01:CDS
TGGCTAAATGATAAGCCAAA+AGG	0.546977	7:-70054415	MsG0780039881.01.T01:CDS
TGGCCCAAATTTATGACCAT+AGG	0.548331	7:-70054532	MsG0780039881.01.T01:CDS
GTACACTTTGCAAGTTCTTG+CGG	0.563735	7:+70056154	None:intergenic
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CRISPR-GE

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!	AAGAACTTTGATGGTATGGA+TGG	+	Chr7:70055548-70055567	None:intergenic	35.0%
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!!	ATGGTGTTGTTGAAGAAGTT+GGG	-	Chr7:70053964-70053983	MsG0780039881.01.T01:CDS	35.0%
!!	ATGTGACCTTGTAATGGATA+TGG	+	Chr7:70053804-70053823	None:intergenic	35.0%
!!	GCTCCCAAAAGATTTTGAAA+AGG	-	Chr7:70055790-70055809	MsG0780039881.01.T01:intron	35.0%
!!	TGATCAGACTTTAAAACGGA+GGG	+	Chr7:70054609-70054628	None:intergenic	35.0%
!!	TTGATCAGACTTTAAAACGG+AGG	+	Chr7:70054610-70054629	None:intergenic	35.0%
!!!	ATTTTGCTCGATTTGTTGGT+AGG	-	Chr7:70054316-70054335	MsG0780039881.01.T01:CDS	35.0%
	AAATTGTGTGTGCATGTGAG+AGG	+	Chr7:70054426-70054445	None:intergenic	40.0%
	AATTGTGTGTGCATGTGAGA+GGG	+	Chr7:70054425-70054444	None:intergenic	40.0%
	AGCTTGGAGAATTGAAGCAT+TGG	+	Chr7:70053831-70053850	None:intergenic	40.0%
	ATGGTTTCGATTGTGAAGGA+AGG	+	Chr7:70053927-70053946	None:intergenic	40.0%
	ATGTCCCCCAATTCAAATCT+TGG	+	Chr7:70054260-70054279	None:intergenic	40.0%
	CAATGGAAGACTTTGGTTGT+TGG	-	Chr7:70056124-70056143	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
	GCTTATGGTTTGAGAGATAG+TGG	-	Chr7:70055725-70055744	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
	GTACACTTTGCAAGTTCTTG+CGG	+	Chr7:70053902-70053921	None:intergenic	40.0%
	GTATCTGTCACAACCAAACA+TGG	-	Chr7:70054680-70054699	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
	TGGCCCAAATTTATGACCAT+AGG	-	Chr7:70055521-70055540	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
	TGGCTACACCCAAATTAACT+TGG	-	Chr7:70054720-70054739	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
	TGTCACACAATGGAAGACTT+TGG	-	Chr7:70056117-70056136	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!	ACTTTGGTTGTTGGAGCTTT+TGG	-	Chr7:70056133-70056152	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!	CAAGCTTTTGCAACATGAAG+GGG	-	Chr7:70053845-70053864	MsG0780039881.01.T01:exon	40.0%
!	CCAAGCTTTTGCAACATGAA+GGG	-	Chr7:70053844-70053863	MsG0780039881.01.T01:exon	40.0%
!	CTTTGGTTGTTGGAGCTTTT+GGG	-	Chr7:70056134-70056153	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!	GGGTGTTTTGTAACACATTG+TGG	-	Chr7:70055878-70055897	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
!	TCCAAGCTTTTGCAACATGA+AGG	-	Chr7:70053843-70053862	MsG0780039881.01.T01:exon	40.0%
!	TTTGGTTGTTGGAGCTTTTG+GGG	-	Chr7:70056135-70056154	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!!	ACATTGGAAGCATTGAGCTT+GGG	-	Chr7:70055911-70055930	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!!	TGGTGTTGTTGAAGAAGTTG+GGG	-	Chr7:70053965-70053984	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!!	TTCTAGCTCATGAGGCAATT+GGG	-	Chr7:70055858-70055877	MsG0780039881.01.T01:intron	40.0%
!!	TTGGATAGGTTTTGGCAAGT+AGG	-	Chr7:70054002-70054021	MsG0780039881.01.T01:CDS	40.0%
!!!	GTTTTTTGGTCTGACCATTG+TGG	+	Chr7:70055956-70055975	None:intergenic	40.0%
	AATGGAGGGTGATAAAGGCA+AGG	-	Chr7:70056081-70056100	MsG0780039881.01.T01:CDS	45.0%
	ATGCACCACATTGATCAAGC+TGG	+	Chr7:70056200-70056219	None:intergenic	45.0%
	CAAGCTCAATGCTTCCAATG+TGG	+	Chr7:70055912-70055931	None:intergenic	45.0%
	CAAGTTCTTGCGGTGGTAAA+GGG	+	Chr7:70053892-70053911	None:intergenic	45.0%
	CCCTTCATGTTGCAAAAGCT+TGG	+	Chr7:70053847-70053866	None:intergenic	45.0%
	GCTCGCTTCCACCAATAAAA+TGG	+	Chr7:70054840-70054859	None:intergenic	45.0%
	GGACTTCTTAAATGTTCGCG+AGG	-	Chr7:70055255-70055274	MsG0780039881.01.T01:intron	45.0%
	GTTTCGATTGTGAAGGAAGG+TGG	+	Chr7:70053924-70053943	None:intergenic	45.0%
	TGATGGTATGGATGGTCCTA+TGG	+	Chr7:70055540-70055559	None:intergenic	45.0%
	TGGGGGATACAAAGCCTATT+TGG	-	Chr7:70053983-70054002	MsG0780039881.01.T01:CDS	45.0%
	TGTGACCAGCTTGATCAATG+TGG	-	Chr7:70056192-70056211	MsG0780039881.01.T01:CDS	45.0%
	TTAGCAACATCAAGAGCCCA+AGG	+	Chr7:70054110-70054129	None:intergenic	45.0%
	TTGTGGATGGAACTCCACAT+TGG	-	Chr7:70055895-70055914	MsG0780039881.01.T01:intron	45.0%
!!	CACATTGGAAGCATTGAGCT+TGG	-	Chr7:70055910-70055929	MsG0780039881.01.T01:CDS	45.0%
!!	GCTAAAGGTTCTAGCTCATG+AGG	-	Chr7:70055850-70055869	MsG0780039881.01.T01:intron	45.0%
!!	GGTGTTGTTGAAGAAGTTGG+GGG	-	Chr7:70053966-70053985	MsG0780039881.01.T01:CDS	45.0%
!!	GTTCTAGCTCATGAGGCAAT+TGG	-	Chr7:70055857-70055876	MsG0780039881.01.T01:intron	45.0%
	CACTTTGCAAGTTCTTGCGG+TGG	+	Chr7:70053899-70053918	None:intergenic	50.0%
	GACATGGTGCTCTCAGCTAA+AGG	-	Chr7:70055835-70055854	MsG0780039881.01.T01:intron	50.0%
	GCAAGTTCTTGCGGTGGTAA+AGG	+	Chr7:70053893-70053912	None:intergenic	50.0%
	GTTCTTGCGGTGGTAAAGGG+TGG	+	Chr7:70053889-70053908	None:intergenic	55.0%
!!	GTTGGAGCTTTTGGGGAGCA+TGG	-	Chr7:70056142-70056161	MsG0780039881.01.T01:CDS	55.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr7	gene	70053756	70056319	70053756	ID=MsG0780039881.01;Name=MsG0780039881.01
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Gene Sequence

>MsG0780039881.01.T01

ATGGAGAAGAAAACCATAGCCAACAAAGTTCATTGTTTGGTGTTACCATATCCATTACAAGGTCACATAAATCCAATGCTTCAATTCTCCAAGCTTTTGCAACATGAAGGGGTAAGAGTGACATTAGTCACCACCCTTTACCACCGCAAGAACTTGCAAAGTGTACCACCTTCCTTCACAATCGAAACCATTTCTGATGGATTTGATAATGGTGTTGTTGAAGAAGTTGGGGGATACAAAGCCTATTTGGATAGGTTTTGGCAAGTAGGACCAAAAACTCTTGCTGAACTTATTGAAAAATTTGGTACTTTAGGTGACAAAGTTGATTGTGTTATTTATAATTCATTTTTTCCTTGGGCTCTTGATGTTGCTAAGAGATTTGGAATTGTTGGTGTTTGTTATCTCACTCAAAATATGTCGGTCGTCGATTGGACAATGAAGATTTGGCCCAAATTTATGACCATAGGACCATCCATACCATCAAAGTTCTTAGACAAGAGACTTAAAGATGATGAAGACTACGGCGTTGCACAATTCAAGACTAATGAAAAATGCATGGAATGGCTAAATGATAAGCCAAAAGGATCAGTTGTTTATGTTTCTTTTGGAAGTATGGTAAGTCTTGATGAGGAGCAAATACAAGAATTAGCTTATGGTTTGAGAGATAGTGGAAGTTACTTCTTATGGGTTGTTAGAGCTTCTGAAGAGACTAAGCTCCCAAAAGATTTTGAAAAGGACTCAAACAAAAGCTTAGTAGTGACATGGTGCTCTCAGCTAAAGGTTCTAGCTCATGAGGCAATTGGGTGTTTTGTAACACATTGTGGATGGAACTCCACATTGGAAGCATTGAGCTTGGGAGTTCCAACTATTGCAATACCACAATGGTCAGACCAAAAAACCAATGCAAAGTTTATTGCTGATGTTTGGAAGATGGGAATCAGAGCTCCTATTGATGAGAAACAAATTGTGAGGCAAGATAAATTTAAGGATTGTATATTGGAAATAATGGAGGGTGATAAAGGCAAGGAGATTAAGAGCAATGTCACACAATGGAAGACTTTGGTTGTTGGAGCTTTTGGGGAGCATGGAAGTTCTCAGAAAAACATTATAGAATTTGTGACCAGCTTGATCAATGTGGTGCATTGA

Protein sequence

>MsG0780039881.01.T01

MEKKTIANKVHCLVLPYPLQGHINPMLQFSKLLQHEGVRVTLVTTLYHRKNLQSVPPSFTIETISDGFDNGVVEEVGGYKAYLDRFWQVGPKTLAELIEKFGTLGDKVDCVIYNSFFPWALDVAKRFGIVGVCYLTQNMSVVDWTMKIWPKFMTIGPSIPSKFLDKRLKDDEDYGVAQFKTNEKCMEWLNDKPKGSVVYVSFGSMVSLDEEQIQELAYGLRDSGSYFLWVVRASEETKLPKDFEKDSNKSLVVTWCSQLKVLAHEAIGCFVTHCGWNSTLEALSLGVPTIAIPQWSDQKTNAKFIADVWKMGIRAPIDEKQIVRQDKFKDCILEIMEGDKGKEIKSNVTQWKTLVVGAFGEHGSSQKNIIEFVTSLINVVH*